1PVNA

The crystal structure of the complex between imp dehydrogenase catalytic domain and a transition state analogue mzp
Total Genus 128
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
367
structure length
362
Chain Sequence
AKYYNEPCHTFNEYLLIPGLSTVDCIPSNVNLSTPLVKFQKGQQSEINLKIPLVSAIMQSVSGEKMAIALAREGGISFIFGSQSIESQAAMVHAVKNFRYLVGAGINTRDFRERVPALVEAGADVLCIDSSDGFSEWQKITIGWIREKYGDKVKVGAGNIVDGEGFRYLADAGADFIKIGIGGGSICITREQKGIGRGQATAVIDVVAERNKYFEETGIYIPVCSDGGIVYDYHMTLALAMGADFIMLGRYFARFEESPTRKVTINGSVMKEYWGEGSSRARNWQRYDLGGKQKLSFEEGVDSYVPYAGKLKDNVEASLNKVKSTMCNCGALTIPQLQSKAKITLVSSVSIVEGGAHDVIVK
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (12-14)AH7 (331-349)TI1 (23-26)3H2 (28-30)EMPTYS4 (49-50)S2 (35-36)TVIII1 (46-49)S3 (40-41)TII1 (41-44)AH1 (65-74)TVIII2 (50-53)AH3 (242-253)S5 (54-56)S6 (77-80)O1 (57-59)TI2 (59-62)TIV1 (60-63)AH2 (86-98)TII'1 (281-284)S7 (235-238)TIV2 (239-242)TI3 (316-319)S8 (257-260)TVIII3 (262-265)TIV4 (306-309)S10 (308-311)AH4 (268-281)TIV3 (282-285)TVIII4 (283-286)S9 (287-292)AH6 (321-325)S11 (351-352)S12 (355-358)S1 (15-17)TIV5 (312-315)AH5 (295-304)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Tritrichomonas foetus
publication title The Immunosuppressive Agent Mizoribine Monophosphate Forms a Transition State Analogue Complex with Inosine Monophosphate Dehydrogenase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
total genus 128
structure length 362
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date 2003-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00478 IMPDH IMP dehydrogenase / GMP reductase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1pvnA00
1L9WA 4U28A 3HGRA 2EAWA 3DU0A 4XUGA 4CQ9A 1P0NA 1VYSX 4XKYA 4JN6A 2Z6IA 4LVFA 5D33A 3VKJA 4DQWA 1BEUA 2Y70A 2I1OA 1M7PA 4BI6A 2I9EA 3VI2A 3RF9A 1KFLA 3NQ7A 2NLIA 4ZQOA 4Q32A 4O28A 1M5WA 4DO5A 4GC4A 2FPTA 2QCDB 5BRBA 1GVSA 5EYWA 3V1PA 4ORIA 2NXIA 4YXGA 3L5LA 4PL1A 1X1ZA 3NL5A 4I7UA 4UFLA 5LZLA 3R2GA 3W1TA 1OYAA 2W0UA 4A21A 4N6FA 4N9EA 2YSWA 1EPXA 2NWRA 1C29A 3QMRA 2BX7A 4MY1A 1OFQA 3GX9A 5F2IA 4NXSA 3TMLA 4A2RA 2B4GA 1XBXA 3AJXA 3MBDA 3NQGA 5C6MA 1OFDA 3PBYA 1TV5A 4NQ1A 4O10A 4AF0B 2E77A 3W6YA 4JX4A 3D0CA 2CFFA 1ZAJA 1RPXA 3LX9A 5J5DA 4DF0A 5HJLA 2HTMA 3BGGA 2UV8G 5I3IA 3W2UA 3S1WA 5DY2A 4LVDA 3LBMA 3NQMA 2CLFA 3HGSA 3NA8A 1LZOA 2B7OA 3BGJA 3NG3A 1HUVA 4ZQCA 3HIJA 1OVDA 3SECA 1SZGA 5FEXA 4E38A 1Q3NA 3U2OA 1EEPA 2R8WA 2OMAA 2VEKA 4RR4A 2A1YA 3ZWSA 1FCBA 1L2UA 3M5YA 3H55A 2VC6A 1K8ZA 1W3IA 4RK8A 2TRSA 2VFGA 5CKSA 2NWSA 1SW3A 1UB3A 3R13A 3W9ZA 3KVMA 3NQ2A 4UTWC 1QO5A 4A2SA 3QPZA 4N02A 3NDOA 3LXBA 5KZEA 2NXHA 1KV5A 1Q6QA 4DO6A 4DPQA 2H3BA 1EP3A 3PBWA 3NO5A 4BR1A 4CNPA 4M5PA 3EKLA 5FF4A 2V0TA 2WV8A 3QZEA 1Q6RA 2ATMA 3NOEA 4GUHA 1SFJA 3PG8A 1FWTA 3TK7A 5K4ZA 3DI0A 3M43A 1F05A 4HNTA 3NQ6A 3NZRA 2YW4A 1ME8A 3QM3A 1TPUA 3EX2A 1R30A 3S9YA 1NFBA 3E02A 3PY2A 2QKFA 1B9BA 3PVFA 1KFKA 3HGJA 4UR7A 5DCEA 4Z0JA 3P74A 2O7QA 4OGZA 1KLYA 4ZMGA 3S1VA 4FNPA 3S1XA 4AH7A 2C1HA 2VFDA 4CLMA 1N7KA 4RZ4A 3G22A 3ABSA 3SFKA 3KRUA 4RX0A 5L6UA 1GOXA 2QCCA 3W7GA 1AK5A 5F1VA 3LI1A 3TU9A 3P5ZA 4YCOA 3VE7A 3NQFA 4UTTC 4UMBA 3TKFA 4OU1A 1DVJA 2OT0A 2H8ZA 2H8XA 3CIXA 1KM2A 1FCVA 5AC7A 3A24A 3DFPA 3PS7A 3KVKA 2Q3RA 1OFRA 3CIWA 3EWWA 3G1AA 1OX5A 2E5BA 2GVLA 2ZZ1A 2E1DA 2X1RA 4L4MA 1MEWA 1R2RA 4XQ6A 5D2XA 5D02A 1QPOA 3KVLA 2J6XA 1ZNNA 1JQVA 5TIMA 2ZRUA 1YDVA 1OABA 1WYIA 4LNYA 1YXYA 2C0AA 1KM6A 1LRTA 3E12A 1NAL1 2CLOA 1LBFA 5EMUA 5U4NA 2ZCGA 2E09A 2Q3OA 3G8RA 4IPJA 1AL7A 5DCBA 3TSMA 1JR1A 3DBPA 2PCQA 1VZWA 3N34A 1SZNA 1ME7A 5D05A 1E51A 4N2YA 4JTFA 4TO8A 4BK9A 4JICA 3G3MA 4TMCA 4MJMA 2YDAA 1WOBA 3DKJA 3UY8A 4GUIA 2A0NA 5D04C 5HWJA 1OK6A 1QO2A 3G1HA 3GB6A 3QMTA 3NQEA 5D30A 3DH7A 3O05A 4JEQA 3P5YA 1YLVA 1T8XA 2G96A 3FA5A 4DPPA 4NJKA 2E6DA 4M6VA 1W5QA 4HNVA 3N9SA 3VE9A 4JXCA 5FI8A 3FJLA 4CCCA 5HINA 3IRDA 3DFNA 4GFSA 1YDNA 1HTIA 3NM3A 4EVZA 3TCEA 4UFMA 4MUZA 4K37A 4QQ3A 2ZA2A 2V2HA 2WNNA 3O6YX 1TQJA 5IBXC 2GJLA 3F03K 1L6YA 1ADOA 1F6KA 3OEXA 4JTHA 5FF2A 5LGZA 1UUMA 3M5XA 5FF7A 4WJEA 1TPC1 5D38A 3QW4B 1TJRA 1KFJA 4LS2A 3L0NA 2H3DA 3DFOA 1P4CA 3GVGA 3QQ1A 1OG0A 4JGDA 4Q4KA 3R89A 1ZAHA 2NX3A 5AYZA 3W7EA 4AB4A 4Z1AA 4IWWA 4FNRA 2ISSA 3W7QA 2XN2A 1TRIA 3W71A 1AW5A 1EX5A 1YTEA 1AW1A 1JRBA 4N6EA 4FIRA 2P1FA 2Y7DA 3ABOA 5G2HA 2Z2UA 3E9AA 2FPVA 3LHUA 3TA6A 1RZMA 5MHBA 1SZEA 4JDBA 4EF9A 3BLIA 1QOQA 1R2TA 1GZGA 3ZR4A 1S5TA 2ALDA 4GNJA 4Z1DA 3NPUA 3IIZA 2AAMA 3I68A 1FDYA 4K38A 4ADSA 3W7RA 2FTPA 6ALDA 1VLWA 2E6FA 3DHDA 3TR2A 1GJPA 4LVBA 2Y61A 4BF9A 1OX6A 3O8AA 4X9SA 2Z6JA 1H51A 4QISA 1SW7A 2DZSA 5LGXA 3EWXA 4UIOA 3L0KA 4JTGA 1WDWA 3SW6A 1LCOA 1RQHA 2RDUA 3UXDA 2OT1A 1DORA 4XZ9A 1SO4A 3N19B 4IUOA 3F4WA 3GDRA 1I2PA 4XTDA 2ZRWA 3DFSA 4JTLA 1H7PA 4MIMA 1W37A 1ZAIA 1SQ7A 4MY8A 4IGHA 3L65A 4UNKA 1H60A 1WA3A 3CM4A 3WJWA 3TH6A 3T7VA 1DJQA 1K02A 4DELA 1Z44A 1T0OA 2X30A 3QYQA 2CW6A 3DZ1A 5AHNA 3W7KA 2FFCA 1W8SA 1G7UA 4WXZA 3WK0A 1TREA 3HPZA 5A8GA 3NQDA 5D2WA 3HO8A 3UPWA 4DF2A 1D9EA 1FXPA 1EP2A 1VH7A 2V9DA 2E5CA 3KOFA 4I7WA 2NX1A 4ZZ9A 3KRZA 4HKPA 3CTLA 2R91A 4O54A 1XL9A 2QAPA 2A21A 1JCXA 3TMQA 3B06A 3SR7A 2YX0A 2VEIA 4BWLC 4AHOA 2B7QA 1KFCA 2RFGA 4UTUA 1CI1A 2NUYA 4O15A 4YCPA 1HL2A 3UQNA 4UMAA 4FEZA 4AWUA 5HWNA 4MVAA 4LC6A 2DP3A 3QRHA 4NZFA 3PUEA 3S0CA 3RMJA 4FNUA 3O63A 3QQ0A 2QCMA 1LBMA 4G1KA 3S6DA 2ZZ3A 2Y7GA 2Y7FA 2RH9A 3T40A 3SZ8A 4HPXA 4K7VA 5D09A 5AHLA 4S2BA 2CLIA 1FQ0A 4JX6A 1EUNA 4K6AA 4WY0A 4FX6M 5F2LA 4MY9A 5LNUA 5CSRA 3HF3A 4H3DA 3BG5A 4W9TA 3LRLA 3TQ0A 3UNDA 2Y85A 2XFWA 4X3ZA 3I7QA 3TUUA 4AHPA 4O13A 2E68A 2DZTA 1VGAA 2ZZ6A 4A3UA 1J5TA 3W85A 4UTWA 4S2CA 2CU0A 1IIHA 4JIPA 2QCLA 3PR2A 1YPIA 3EB2A 5KINA 3OA3A 1F7BA 5SWUA 1TYGA 3IGSA 4NJIA 3EWZA 1QPQA 1QOPA 2F84A 3EX3A 1F73A 1EIXA 1DBTA 4TX9A 4O16A 3GKFA 2WSQA 2DZUA 4AHQA 3SSJA 3KXQA 3N2XA 2H6RA 1HO4A 3C0JA 3W74A 1J2WA 3PWAA 2RHGA 1UCWA 2JKPA 1LTDA 1SR9A 2OX1A 2OZ0A 4C1KA 4LY8A 4L4LA 1OFAA 2J9ZA 4LOCA 4WZHA 4C1LA 3FYPA 2D73A 2WPBA 1GWJA 1JCJA 4JNMA 2A6NA 2C14A 2PE4A 3ZWTA 1G6CA 1TJPA 2C16A 2A7PA 3QFEA 1KTCA 1DQWA 5KMYA 3N14A 5D37A 2CLMA 2YPIA 1H7NA 2ZA3A 2GOUA 2EPHA 1HO1A 3ABRA 5HWMA 4Y6GA 4UTTA 1ML1A 4IMEA 3LXAA 1M7OA 3UZJA 5HR6A 4UR8A 3TQVA 3NQCA 3W7NA 5AC6A 1XDLA 2DZXA 2EKCA 3PULA 4FNQA 5E0KA 1VS1A 2A2IA 4RZ5A 3LHVA 3GLCA 4JDYA 5TBOA 4AWSA 3MO7A 2NX9A 4K8HA 1KFEA 4M6PA 1V7YA 4CQAA 4LTSA 3C2VA 1VCVA 5DY3A 4U4MA 1VRDA 3EWUA 3A9IA 4M19A 4PODA 2JK2A 5BW6A 1LLZA 1VPXA 3T4CA 5CPLA 1FXQA 2GUUA 4JTEA 3PUOA 4XTIA 3C6CA 4NNAA 2ZDRA 3M9YA 3CWOX 1PHQA 3TW6A 1VCFA 1H50A 2ZZ2A 1W3NA 1GG1A 1XUZA 2BLEA 3PAJA 3M6YA 3BK0A 2ZZ4A 1FWWA 3ATZA 3OG3A 3W2KA 4E2BA 4KFPA 4GRSA 2QEZA 3LI0A 1CX9A 4LV4A 3LXCA 2AQWA 5L9FA 4OT7A 3O07A 4UMCA 4IX0A 3P67A 5U7SA 2C3ZA 2ABBA 2VFIA 4R53A 4LS1A 1LRQA 1TMHA 1K7EA 1AL8A 2BZNA 2GQ8A 1YYAA 2ZRVA 3LERA 3LLFA 4XBSA 2PC4A 3THQA 3HMJG 3A21A 1QMLA 4UFKA 2Y89A 4XBKA 1LM1A 1W56A 1H7WA 4UC5A 1OX4B 4K39A 5G5IA 3G24A 1I2QA 4Z1CA 2RDTA 4JYDA 1LROA 3W1PA 5C2XA 5IBXA 2J9XA 3QPYA 2Q8LA 1HG3A 2YZRA 3W1RA 3H53A 3THAA 1ME9A 1TRDA 2VEPA 2BXVA 4YL2A 3ATYA 4UTMA 3LCHA 3T78A 3ABQA 5CZTA 2ZRXA 1XKYA 4OWGA 4GJ1A 1EA0A 2VELA 3NPWA 1OFOA 1F5ZA 2ISVA 4BI7A 3BV4A 1FY6A 3W1MA 4PC8A 3GDKA 2A5HA 1SFLA 3GXNA 1GTEA 4M6QA 1O60A 3DHFA 3WK1A 1QPRA 5AHIA 4O18A 3GZ3A 4NU7A 1SO5A 4OE7A 3W3OA 2ISWA 2DZVA 1PL9A 3W07A 1VCGA 3LCGA 5BNKA 4O4VA 1GYLA 1FWRA 1ALDA 3W23A 1ICQA 3B03A 1DKWA 4QNEA 3RLVA 1TTJA 4AMAA 1WBJA 2Z1BA 5H91A 2A85A 1G7VA 2WNZA 1OFPA 2VFEA 1IXNA 4MFEA 4O0KA 2B7NA 4EWND 4HHPA 1MZHA 1NF0A 1TSIA 4IMCA 4NXKA 5K7JA 3PBUA 3W73A 1TPH1 1DQXA 3FIGA 3OVRA 4RJEA 1JCNA 2NV2A 5D2YA 2ZZ7A 2QUVA 3STCA 4ADUA 3MP4A 3EXSA 4ADTA 1LRNA 4HNUA 1A5CA 1W54A 3R12A 2W6RA 5FEZA 1TPB1 2TMDA 4GWEA 4CQ8A 1KLZA 1A5AA 3HOJA 4Z08A 3W22A 4MFDA 3W1AA 2RKXA 1GYNA 3NVTA 1LOQA 8TIMA 2BSLA 2VEMA 3DI1A 3NAVA 4IQLA 4MYAA 4Z1BA 1TPFA 5F4WA 4GUFA 1IXOA 3NEVA 3DFTA 1GPWA 1VQTA 4POCA 3GDLA 4J9JA 1A5BA 5AFDA 3OVQA 1G69A 2FQIA 3B04A 1UBSA 4O14A 1MSSA 2P0OA 5AHEA 1JRCA 3EEGA 1D3GA 1ICPA 4NJJA 1P0KA 5TQLA 4I9AA 4O11A 5K9XA 1W0MA 3P7YA 1X1OA 2CLKA 4RLIA 3T44A 1Z48A 1IXQA 2VXNA 3FFSA 4JS3A 1A53A 1KTNA 2YGYA 3UZ5A 2QJHA 1K3UA 1H62A 3NYZA 4BWLA 3USBA 3LB0A 3LV5A 5I3GA 2TSYA 4MZ8A 4OBTA 5G1TA 2Y62A 4MLRA 1H7OA 3TJLA 4FB7A 4Y90A 3LGEA 3T55A 2V2CA 3GXPA 3MP5A 3QW3A 1CW2A 4MLJA 5DXYA 3RLUA 1B4EA 3SGZA 3W7CA 5DBTA 3IIXA 3G3DA 3I7RA 2WOQA 3DKLA 4RV8A 3IGUA 3B05A 2QCFA 4WY0F 3I6RA 5C54A 1PS9A 5CZSA 4NJGA 4HN4A 1WV2A 4JTSA 5LHFA 3LCXA 3G0SA 3W1XA 2IQTA 5AHFA 4X2RA 2YYUA 5DELA 3UWYA 5K9DA 1H63A 4RXGA 3WFAA 2X16A 3N9RA 3ANYA 4FXRA 4MOZA 3TNOA 3GYEA 1L6SA 4NNCA 1G4PA 2W79A 1RQBA 5F2GA 5HMSA 5CGQA 1DOSA 2G95A 1W5MA 3MUXA 1KM1A 3M7WA 4JY8A 3SY5A 1KBIA 2YW3A 1KBJA 3W7IA 3CEUA 2AGKA 3TX9A 1K7XA 3TE9A 2DZWA 4BFAA 1SPQA 1IIGA 5BMWA 3N3MA 3W7LA 1XC4A 5EL1A 3IEBA 3C56A 3TFXA 4NJHA 4YLWA 3SI9A 3G1XA 3PB0A 2V5BA 1WXJA 4TU1A 3G8EA 4S1FA 4TMBA 5K4XA 4ZQPA 3LM7A 5G1YA 1ZALA 5LKYA 1JUEA 1FCUA 3JS3A 4HT3A 2GVJA 4KKXA 2EF9A 4LVGA 1O94A 2NV1A 4IX2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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