1Q3N | Genus

Total Genus 72

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
sequence length	284
structure length	272
Chain Sequence	MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structures of Escherichia coli KDO8P synthase complexes reveal the source of catalytic irreversibility. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
total genus	72
structure length	272
sequence length	284
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2003-07-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1q3nA00

5C54A 3LLFA 4NXKA 3STFA 1NFBA 3L5LA 1MEHA 1LLWA 4OWGA 5AYYA 4XTDA 4UTLA 1GEQA 1QCWA 1VS1A 2FJKA 1M7OA 5C5YA 5AB3A 1PE1A 3TROA 3H55A 1GVQA 1XKYA 1SR9A 3NG3A 1K03A 1O5KA 3HPSA 4NJHA 5AHMA 3S6DA 3QW3A 3HJZA 1YXCA 1AK5A 4O1BA 3SFKA 1OFDA 3L2IA 1IXQA 4K38A 1OHLA 5F4SA 3CLMA 3NYZA 3VFLA 4UFJA 2ZRWA 3O06A 5LSMA 2OMAA 3NPXA 4JYFA 1WV2A 4MLJA 1KTBA 4QM1A 3O1NA 3HGRA 3EKZA 4BI6A 4BI5A 1NSJA 3C2EA 1TB3A 3ABSA 3EWBX 5DXXA 4M6PA 3LERA 1K7FA 2E5DA 4AHQA 3TC7A 3FYOA 3O07A 3U2OA 3P5YA 2OX1A 3FS2A 3TFXA 5CG7A 1JUBA 4JTSA 1YTDA 3PULA 5HUOA 5G4WA 4ZQMA 3MYOA 3W1LA 2A1YA 4P2VA 3P74A 3LTYA 3FOKA 3U6WA 1OYCA 1QPNA 1A5CA 4IX2A 5GVJA 5EMUA 5IM51 1DHPA 3SY5A 4UTIA 4EVZA 2QF7A 2JKEA 4CQ8A 3DI1A 3UXDA 2C13A 3MBFA 4AWUA 3LHYA 1OFBA 1U83A 3TE9A 4BFAA 3W1PA 3O15A 5EL1A 3PUEA 3B04A 1H63A 4A21A 5AYZA 1VLIA 3GKFA 5BNKA 2Y63A 1UCWA 1GWJA 3TK7A 4L4LA 1J4EA 3N34A 4LRSA 5D03A 5F2IA 1TPEA 3QFEA 4WZHA 3NQ6A 4KWVA 3GKAA 2R94A 1CI1A 1O4UA 4ZQOA 4ZQNA 2FIQA 4FNSA 4N9CA 1X7FA 4GRSA 3WJXA 2C19A 1ICSA 1NF0A 3OG3A 3W1RA 3NR0A 3SW6A 4S1FA 5AOUA 4CNPA 4YCPA 5TBOA 4FNQA 3DU0A 3N73A 4WXYA 4JICA 3CPRA 3G0SA 4FXRA 1YPFA 2YYUA 1W3IA 5KTLA 2ZA2A 1W1ZA 1S5TA 1H7PA 3E02A 3L0NA 1HO4A 1HFBA 4ZL1A 4LVBA 4NU7A 5DELA 2QCGA 3P5ZA 2A21A 1R2TA 3E0IA 2QCLA 4ICNA 3GDLA 4H3DA 5FEXA 1L2UA 5LNRA 3LCFA 2DORA 4Y9AA 1TPDA 3Q37A 3C4UA 3NQVA 5AC8A 5E93A 4YWIA 2ZZ4A 1IXOA 3PC0A 3EWWA 1VCFA 1UBSA 5HWJA 4ZMGA 2JKPA 2DZVA 5HJLA 3GAKA 2E68A 4XBKA 2E6DA 3EX3A 3QW4B 3T78A 3MWAA 2OCZA 3L0KA 3V75A 1Q6LA 1RPXA 2XN0A 2X1TA 4ADTA 5D33A 4O12A 4LVAA 4FX6M 3LCWA 1JQXA 3PM6A 1VGAA 3W7PA 2ZRXA 4OE7A 3NM1A 5HR6A 3TSBA 1F6PA 4LOCA 4AF0B 3TIMA 1F74A 2X30A 1ZALA 3PBVA 3W7HA 2BLEA 3SZ8A 2Z2UA 2PURA 2HS6A 3W7NA 3TMQA 3G3DA 2DP3A 4O11A 1FDZA 3TC6A 2PE4A 5A5WA 3L66A 4H4IA 1G67A 3W1AA 1SW7A 3A5FA 1BWKA 4OHQA 4FNRA 3NQDA 2Y88A 1L6WA 4U4MA 3ZFHA 3VKJA 1O95A 1Q6RA 4BF9A 4TMCA 3O05A 1PVNA 5LGXA 1K8ZA 4TR9A 3ZR4A 3NZRA 1HUVA 4LC6A 1XBYA 1JCYA 1KM0A 4PCFA 2DU2A 4MLRA 3LM7A 2VENA 3DGRA 1QR7A 2NWRA 3NQCA 1ME7A 4DO5A 4L4MA 2DZPA 8TIMA 4CNOA 2YCEA 5L6UA 1UASA 2NXHA 2C0AA 3LHUA 1XL9A 3L0GA 4TIMA 2ZCGA 3VE9A 3MHGA 2GQAA 4JTJA 3I65A 2RHGA 5DBTA 4GWEA 5C2XA 4BR1A 5KZDA 1SZFA 1KM2A 5HWMA 2BZNA 4S2BA 1SW3A 2VC6A 3TXVA 5AYXA 2ZBTA 1J5TA 4N6FA 3W23A 1EIXA 2Z6JA 3NQEA 3TH6A 1HL2A 3W6YA 1W5OA 4UTTC 4JX4A 3ZS4A 1VRDA 4X9SA 2V2HA 3UD6A 2QR6A 1K02A 4JY8A 1GPWA 4Q4KA 2DZTA 1F5ZA 2H3DA 5J5DA 3OEXA 3LCGA 5HQEA 3RFAA 3VCRA 5I3HA 2Y61A 4YL2A 5KZMA 5F4XA 1PHWA 4CNNA 4MOZA 4EIVA 1LRQA 4TMBA 2V2DA 3S1XA 1K8YA 3P84A 3W75A 3RNDA 1TTPA 2AQWA 1XI3A 1LBFA 2A5HA 3MBDA 3W76A 5G1TA 1K7XA 3S1WA 2Y7EA 5EA9A 2QCMA 4NX5A 5I3JA 1OYBA 1FUYA 4B5NA 1LLZA 1YDVA 3LX9A 2V81A 3GNDA 3V1PA 4O28A 1TTQA 5I3IA 2E6AA 3UNDA 1I2PA 2Y62A 1PIIA 3NQGA 2VXNA 4CQ9A 4IXHA 3TW7A 1Z48A 3WK3A 3N3MA 1TV5A 3EXRA 1XXXA 3S9YA 4LVGA 4FX8A 1GVRA 3HPZA 4GNJA 4FNUA 1TPC1 2RDWA 2ISSA 4NJGA 4A2RA 3PB2A 3B0VC 2V82A 4WUIA 3WK0A 2QKFA 4TU1A 5C55A 2G95A 2QEZA 3NGJA 5EPDA 4O17A 4QNWA 3M0ZA 1G4EA 1LRNA 3IVSA 2ZTKA 3BO9A 3BW2A 2CLMA 3E12A 4KFNA 3FJLA 1WA3A 2A2IA 4UC5A 3W71A 3QPZA 2I9EA 2YSWA 3WFAA 3NQAA 3SSJA 4GUHA 4UNKA 1F05A 2E6YA 2NXIA 2BSLA 1WXJA 4LUJA 4JTTA 3R13A 1OF8A 3W73A 1F6KA 3H54A 4CCDA 5CSRA 2CLKA 3G1VA 3FIGA 1F73A 1ZY9A 2EF9A 1OFPA 1W3NA 2WKJA 3PAJA 5FEWA 3P7YA 3UWVA 3DHFA 3TXZA 3BG3A 1ZAHA 3NPVA 1ZJIA 1H61A 5D2TA 4JTGA 1JCNA 2J88A 3C56A 4RXGA 1FWTA 1KTNA 7TIMA 4LVDA 5DY3A 3QSRA 1H7XA 3DFNA 3R89A 1X8FA 4GFSA 4J9JA 2V8ZA 3BARA 3NDOA 4FO4A 3P8JA 1FXPA 5D38A 3W7DA 4O16A 4HNVA 5AHLA 4FHAA 3LCHA 5AFDA 1BTMA 3DBPA 5CZ0A 2H8ZA 2G97A 3N9SA 3M7WA 2ALDA 3KRUA 3EXSA 2WV8A 3UPWA 3W2UA 3SECA 5F2LA 3SIZA 1DQXA 3A22A 4I7VA 3W74A 3HO8A 1FDJA 4O13A 5D09A 3MUXA 1KW1A 4NT0A 4UXDA 3W9ZA 2GQ8A 1ZCOA 1VLWA 5DY2A 4ALDA 1H7OA 1OX6A 1KTCA 4XTIA 2WNQA 5LZLA 4IUOA 3HF3A 3SI9A 1A5AA 3S0CA 3GDRA 4WOQA 3M5YA 3HOJA 2NV2A 3W1TA 3HMJG 1K8XA 2CFFA 3WJZA 3TAOA 4UIOA 5HNRA 3KVMA 3ZWSA 1WYIA 3O63A 4JYDA 3F4NA 4WX2A 5FF4A 1TTJA 1GVSA 2ZYFA 4RZ6A 4M6VA 1FXQA 1EP1A 2BWGA 4M7SA 5FEZA 4NZFA 4UMAA 3ATYA 4FNPA 4UFIA 1DOSA 2ATSA 3GNNA 3ANYA 1FQ0A 3EX6A 5HINA 1W8SA 3P60A 1ZNNA 1SO4A 3MO7A 5CPMA 4A22A 3W7OA 4XZ9A 1TTIA 1X6UA 4JTUA 1EUNA 1DKWA 2AAMA 1QWGA 4C1LA 3UQNA 1AG1O 4BWLC 2YW4A 4O19A 1KV5A 2B7PA 1QO2A 4I9AA 1F76A 5D2VA 3TW6A 1VZWA 3HG4A 1ALDA 1FWWA 1A53A 1GVOA 1GTEA 4UTKA 3GB6A 3M44A 4LT9A 3GXTA 1EP2A 5LHEA 1ZAIA 3KX6A 1N8FA 1JR1A 1EWDA 3G1SA 1XDLA 2J6XA 3O6DA 3DH7A 2GUUA 1L6YA 3HQ1A 3M5VA 4FEZA 2LLEA 4HNTA 3UZJA 3LTSA 2EHHA 3G0XA 1R47A 1XUUA 5KSWA 1OX4A 4GUJA 4O14A 3N2MA 1N55A 3EXTA 4PEKA 4IMCA 3EWYA 1OK4A 1VPXA 1W37A 4NJJA 5K9XA 5CKSA 1H51A 4PL1A 3QSTA 4DQWA 2YGYA 1GJPA 3MHFA 5E0KA 2RDUA 4BK9A 3R8RA 1VJIA 3W72A 3A24A 1TPFA 1ONRA 1LBMA 4RCXA 2QAPA 3IGXA 4UMCA 2YR1A 4LWWA 3N14A 3W7RA 3WK2A 2TPSA 1EWEA 4OT7A 1Q6QA 1SU5A 1IF2A 4AHPA 4Y6GA 4MZ1A 3DZ1A 1DV7A 3IIZA 3PSVA 1MEIA 1R30A 4JX6A 4UR7A 3EB2A 1FCBA 4OV9A 2CZDA 4IXXA 5FI8A 3VI2A 3LBCA 3DFPA 3ABOA 2V30A 4O0ZA 1OVDA 3C2FA 3QQ1A 3LCLA 5K7JA 1C29A 2VFDA 4U28A 2A7RA 4GBUA 1KM3A 1TQXA 3ABRA 1QPRA 3GVGA 4RXFA 1P5BA 2YX0A 1VH7A 1RVGA 3S5NA 1R2SA 1B57A 3TQKA 4ZQRA 3W7MA 3UWZA 1ZENA 4QJ1A 4UMBA 3S5OA 5MHBA 3MI6A 2X16A 4A29A 4UTTA 1B9BA 4QQ3A 3WJWA 3QRHA 2J27A 2ZZ5A 4DBEA 2CLLA 1IXNA 3VNDA 3THAA 3NXFA 4AEOA 3S5YA 1I2RA 4WY0B 1UJPA 2WQPA 2I1OA 2J24A 2FQIA 2X1UA 5FF0A 4KWWA 4JDBA 4DO4A 2V2CA 1KM1A 4TO8A 1VHNA 3T4CA 4JGDA 4LUIA 4MUZA 3T44A 1K3UA 3LRKA 3PY2A 1ME8A 4Y96A 1YLVA 4UFKA 3A5VA 1QDSA 2ZZ1A 4GXMA 5AHEA 3LRLA 4R53A 4NUWA 3QM3A 1HG3A 1TO3A 2RH9A 2HSAA 2HMCA 1I2NA 4IPIA 1JQVA 1L9WA 3TA6A 1I2QA 4K7VA 3NM3A 2NLIA 4E2DA 4HNUA 1IGSA 5DCDA 1T99A 4RZ5A 5J5RA 4MZYA 1LROA 4IPJA 1JCJA 1SQ7A 1THFD 3EX1A 4GE8A 5F1UA 4AWTA 4WQ6A 1VR6A 1WX0A 1RQEA 1EB3A 4RR4A 4GJ1A 1FCVA 3OVRA 4LU0A 1TREA 1V7YA 2EPHA 3M5XA 3RLVA 5G5IA 2ZZ3A 2GOUA 3LTPA 3A23A 2EGZA 1T8XA 2QUUA 3TMLA 3FJ6A 5D2WA 4BI7A 3AO0A 3UY8A 3IIOA 1O5XA 4IMDA 1I45A 3LGEA 5F4WA 5LNUA 4GUIA 1Z41A 3O8AA 4RZ4A 3HGSA 3W7GA 1J2WA 4Q32A 2TMDA 1IIGA 2QJIA 5T26A 5D37A 2Y89A 5D04C 4LW7A 2V0TA 3QEZA 3E96A 4LNYA 1K7EA 4PFMA 5BMWA 1H5YA 3GK0A 2E1DA 3BG5A 4IX0A 1W54A 1OJXA 3W22A 4JNMA 2OJPA 4X22A 3BK0A 4RKAA 3KRSA 5DCBA 5C6MA 2NV1A 4ZQCA 3NQ7A 2WSYA 5BMXA 1TPB1 4XUGA 4MJZA 3SGZA 3NPWA 3YPIA 1KM5A 1FBAA 1GG0A 2P0OA 3P8IA 3A21A 3WK1A 1CX9A 3DAQA 1OFRA 1I8JA 1Y0EA 3HGOA 3DKLA 1FCQA 3DKJA 3KOFA 1XDMA 4UR8A 1KM6A 2WJZA 1OABA 4O4VA 4AMAA 3TJLA 2GVJA 2Q8ZA 3H53A 3DFQA 4JR5A 2QDHA 2GPTA 3RLUA 3ATZA 5FF7A 3UWWA 3KVKA 5DXYA 3C2OA 1KFJA 1OFOA 3MW7A 3OA3A 2E5BA 3O16A 5DCEA 3W83A 1VCGA 2VFGA 2GVLA 1JCMP 2QCFA 2YPIA 4PTNA 5K4XA 4JTFA 4H6KA 3DFOA 2ISWA 2VEPA 1YDOA 1KM4A 1W0MA 5G1YA 4FF7A 3RF9A 1KFCA 2JBMA 4JEQA 1I2OA 1Q6OA 1VYRA 3QZEA 1H1ZA 5K9CA 5CPOA 3B03A 4HSOA 3L65A 3TQVA 3CHVA 5LHFA 1D9EA 3WJSA 3IEBA 4A2SA 1XM3A 4JTHA 4LY8A 3E9AA 3LCXA 4XBSA 1NVMA 5HUPA 4PH6A 2ZFAA 4AF0A 3NZ1A 3PB0A 3GDTA 1KBIA 3P82A 1DJNA 3TSDA 3UWYA 4K8EA 3G1AA 1FX6A 3CU2A 4MVAA 2VEKA 1B4EA 2GVGA 3LHTA 1G6CA 4NVTA 1TPH1 4UTWC 4M19A 5CZJA 1E51A 2E6FA 2DZWA 1N7KA 4JS3A 4XKYA 1LBLA 3OHIA 2CZEA 1P4CA 3N19B 3W1UA 1Q45A 1TV8A 3BLFA 2C1HA 5SWUA 3C8FA 3NA8A 3LCIA 3LI0A 4AAJA 3W7CA 3L9CA 4UFLA 2GJNA 4RX0A 4EOUA 4K39A 3NL2A 3G8RA 1WDWA 1PCWA 1KFLA 4N9BA 2O7QA 4BWLA 4ZZ9A 1JCXA 4NZJA 1XBXA 1ICPA 5CPLA 5E1QA 3IIVA 2TRSA 3JS3A 1SZNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2E5C A;  2G0W A;  3WH9 A;  3K1G A;  3C0J A;  4Q33 A;  2DY3 A;  3P0W A;  1RBA A;  4AZ7 A;  3B8V A;  3AIB A;  1D7F A;  3T40 A;  3FGC A;  4EXA A;  3PJX A;  1OK6 A;  4PMQ A;  4S38 A;  1GCY A;  2E9M A;  2HDJ A;  1LZO A;  1XFC A;  2OT1 A;  3TN6 A;  4DLF A;  1QW7 A;  2FLI A;  3E49 A;  2VKZ G;  1PCK A;  1RLC L;  2G50 A;  1W1Y A;  4HIB A;  1JD7 A;  5CPS A;  3PFM A;  1EEP A;  1HT6 A;  3F4C A;  3JVA A;  4LGX A;  2E09 A;  3SUW A;  5B7Z A;  4P8U A;  4EPK A;  4LYK A;  4KQN A;  3LMZ A;  3S42 A;  3BZJ A;  4K1G A;  4F0H A;  4BHY A;  1VYP X;  2ZX5 A;  3AML A;  4GIS A;  1ITX A;  3RU6 A;  2G96 A;  4JTL A;  3SCO A;  2Z1S A;  3IVU A;  1PB0 A;  3EX4 A;  4S3A A;  1VBR A;  3NL5 A;  1W9P A;  3H2O A;  5F1V A;  1CXL A;  4IWW A;  2J7F A;  1UR2 A;  3CL8 A;  3Q58 A;  4NZ4 A;  4I9M A;  3TFC A;  2GGG A;  1E0V A;  1MDR A;  1VP5 A;  3V4B A;  3WLM A;  3FFS A;  3RXZ A;  2OGJ A;  1V02 A;  4LV4 A;  1PWL A;  1UKO A;  2XFR A;  4GQR A;  3C52 A;  3GD6 A;  3ALG A;  1IZJ A;  2XIS A;  3LGD A;  3NUK A;  4IP4 A;  4OU1 A;  3IIX A;  1O60 A; 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