1Q6CA

Crystal structure of soybean beta-amylase complexed with maltose
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Enzymatic Analysis of Soybean {beta}-Amylase Mutants with Increased pH Optimum
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-amylase
molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
total genus 180
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2003-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1q6cA00
3WUEA 3W26A 1FFQA 1W1VA 1CZ1A 1UWQA 4P7RA 4PTMA 4B9YA 1DWIM 1VBUA 3LPGA 1PZ3A 1ITCA 5E6YA 2PWFA 1OIFA 3WN6A 1A47A 1LWHA 2EXOA 1KBBA 3WH7A 3NJ3A 1NOWA 2J7EA 2NT0A 2WZEA 5CLTA 4AWEA 1MQPA 1V3KA 3PHAA 2ZX6A 1CLVA 3DHUA 3FN9A 2E9MA 3WFLA 1J11A 1SMDA 1JXJA 5A2BA 1HVQA 2DSUA 1RH9A 3VNZA 5E70A 3EMQA 3RM4A 5EB8A 3ECQA 4AZCB 4JHOA 4OKDA 3WENA 2CXGA 3A3HA 2VCBA 1GPFA 2UY2A 5I2UA 1UR8A 4JFWA 1G94A 3TP4A 3RIKA 4W86A 3AHVA 1WNOA 1WZMA 3RMEA 2XVGA 1CGTA 2Y24A 4MNMA 4BQ5A 1Q6DA 1FP9A 1PJ9A 4AZ6A 5GNZA 3VX1A 1HJVA 2WLYA 4HU0A 3L2MA 1C8QA 2J47A 6TAAA 1GONA 5BXTA 1WDRA 4DUWA 3VIGA 1HKKA 1EHNA 3AIQA 4WSKA 2CBVA 5DO8A 1WB0A 4HMDA 4GXPA 3OLIA 4QCFA 1KXQA 4CUCA 2CKSA 3AHZA 4L4OA 4UR9A 4X9YA 3T08A 3MS8A 2BVDA 2VZTA 4R5EA 4UQCA 3K8LA 4W89A 1UR0A 1H41A 1WPCA 3OZOA 2W5FA 1OM0A 4HMEA 2J74A 5CPTA 5FKYA 5A2AA 1J0YA 3WDQA 2QMKA 1UKPA 3UERA 3WNLA 2EJ1A 2VCAA 3WDJA 1EOKA 4UQ9A 1JAEA 4OUEA 1CYGA 2WBKA 3TONA 2A3BA 8A3HA 2CETA 2VL4A 4PMOA 4Z2JA 1JGIA 3PZTA 2PC8A 2F2HA 2J77A 2UWFA 5A6AA 4W7WA 3SCOA 1UYQA 3W53A 2O9OA 1U2YA 4WKHA 3VILA 9CGTA 2D3LA 1V0LA 3ZJ7A 4TUFA 2VQUA 4P7OA 4ML4A 2J8FA 2CKRA 1Y7VA 4D1IA 5FD0A 5HPOA 2WSPA 2Y5EA 4WKFA 5D9NA 1W9DM 3SIMA 4GI9A 3VIIA 1E15A 1VFOA 4KH2A 4CKQA 1C91A 5AYIA 4EK7A 5CSUA 1ISWA 1FP8A 3FNDA 4PMYA 2W61A 1M53A 2YA2A 4Z2LA 5I78A 2DT1A 3WQWA 3BAYA 3OGRA 4PUEA 2VVSA 2FHCA 4V27A 1JG9A 2WWCA 5I23A 5JIWA 2EPOA 1AQHA 4IPNB 4QDMA 1OGGA 1JF6A 3FHQA 1HKIA 2W63A 2YL8A 4H8UA 1TR1A 5D4YA 4FK9A 3VIOA 4NZCA 2ESCA 3VGEA 3AICA 3L4VA 4QCEA 2JEPA 3T0DA 1UWTA 1GNXA 1PEZA 4FMVA 2QHAA 3VGDA 3QHNA 5DEZA 1J0KA 1B2YA 1VBRA 1G1YA 3CZJA 3NSMA 2CBIA 2JF6A 4JKLA 4JCLA 4AIUA 2FH8A 3ZM8A 1PX3A 1HJQA 1QHPA 5LA2A 2WVTA 1UWIA 1KQYA 1GUVA 1UKOA 4GI6A 4W5UA 1CXKA 4MNJA 4V28A 3AFBA 2WCSA 4HA3A 3MSGA 1EQPA 2CCRA 2A3CA 4UZUA 3BCDA 1L0PA 4BQ2A 3WH6A 2DIJA 2WMKA 1WCGA 3M46A 2BHUA 3QHMA 4H04A 4HA4A 2D23A 1OINA 1J18A 4MB1A 4WLCA 2WVVB 1R87A 1X6LA 3WSUA 3BLPX 1XCXA 3ZMRA 1DWJM 1K9TA 1UZ4A 4M82A 2XM1A 2WHMA 1VEMA 1ESWA 4QAWA 1QBBA 4HP5A 2WVSA 3MMWA 2XYLA 3WBAA 2XJ7A 1RP9A 2DIEA 4D71A 3CUIA 3K8MA 4A3YA 4GIAA 2GJXB 2CYGA 1JF5A 4NSBA 1C90A 4PCTA 1OBAA 4W84A 4FLOA 3DECA 4FLRA 5DT5A 1W2VA 4JL1A 3GXIA 4JFTA 1VENA 2ZIDA 3VD4A 3WNPA 1ZBKA 3GDBA 5CPSA 4MAZA 2CHNA 2G8ZA 1IT0A 1TE1A 4PUDA 4P8VA 1S46A 3GH7A 1MXGA 3SUTA 2NT1A 1BLIA 5A6BA 3WNKA 4UOZA 2CERA 1MFUA 1K9DA 5I77A 2XSAA 4ACYA 1QI4A 3IAQA 1M7XA 2W4XA 1JL8A 1TUXA 4IISA 2D0HA 3WDHA 3SCVA 5A8NA 2XWEA 3CUGA 5CXPA 4U5KA 1GOWA 4WKAA 3T2OA 3EDFA 1CXFA 1ISXA 3IJ9A 1QI3A 5E6ZA 4AIOA 1EDTA 1J0HA 1D3CA 1J9YA 1Q6FA 4V2XA 4H7VA 5GQBA 2YBTA 5CQ1A 1E56A 2FHBA 1E4MM 5DFAA 1JI1A 3ARZA 4P7NA 5FL1A 1XSIA 1I1XA 2PB1A 4MDOA 4AY1A 1K9EA 4H41A 4AMCA 4D6DA 1C8XA 4D6CA 3AZSA 2GVYA 1E4IA 3BAWA 3MV11 4JL2A 2G3IA 3SCWA 2BY3A 1DEDA 1VJZA 5ABGA 3S2CA 5C71A 4Z2HA 3W24A 3I3EA 2YDQA 3WUBA 1CNVA 1CPUA 2YIHA 4XZWA 3AMKA 4DM1A 1MVYA 1ZB5A 3TTOA 1VFFA 5A3HA 1NWRA 4AISA 3K1DA 1V6WA 3A4XA 3NIYA 1R85A 4JKKA 1ZBCA 4PMZA 2QLYA 1QNOA 1QNRA 3IAPA 2V5CA 1JYVA 4CCEA 1EOMA 5GNYA 3PN8A 4C7DA 3WH8A 4CU6A 5A2CA 2D3NA 2DDXA 2EPLX 4KRTA 1ISYA 3WL0A 4LPCA 2DPEA 4XZBA 3CHCA 3VIMA 4E4PA 1OIMA 4MB4A 3AZTA 1HKJA 2NW0A 1GOIA 3L4UA 3QHOA 3WELA 2DT3A 3EDDA 4ACZB 5CZKA 2VC9A 3SCUA 1V6VA 2GJXA 3U7BA 3MV01 1H1NA 4PTWA 4CGTA 5BWFA 5EBAA 2W91A 3FAXA 3UR7A 4ATLA 2XFRA 3LPFA 4TXEA 1PIFA 1V3IA 4JKMA 4UFMA 4W87A 1UWRA 5D9PA 1EO7A 5JBFA 2XVPA 2YL5A 2X8RA 4MAVA 2WHKA 2EQDA 4D6EA 1SYTA 1UOKA 2GK1B 4RE2A 1JFXA 3MUY1 1N82A 3IK2A 1E6SM 1JD7A 4D6JA 4FF5A 1V6UA 4PBGA 2IXVA 3AXXA 4AZ5A 1QHOA 2VX7A 1PAMA 2ZUUA 1BYDA 3AMDA 4XUYA 1LL7A 3WDRA 5EFFA 1B3VA 1E3XA 3WD2A 4W88A 3WEOA 2WPGA 3VVGA 4HZ6A 2ZX9A 1E0VA 2D1ZA 1XV8A 2DT2A 1WZAA 1HP5A 1HXJA 2O9PA 3CTTA 1HN1A 1KGUA 4JFUA 1ZBWA 2ZX5A 2V38A 3EDJA 4AYSA 1OT2A 3EMZA 3SCNA 2WHJA 3N1AA 7TAAA 1C7TA 3MUZ1 3T09A 1UQZA 3BSHA 6A3HA 1E6RA 1MXDA 4LXFA 4AD2A 2C8NA 3M07A 1HF6A 1XSKA 3AIVA 1ECEA 1FFRA 4PCSA 4M8UA 3BGAA 4DUVA 2JIWA 3CIVA 2PI6A 2ZXBA 1E4NA 2WC7A 4Z2GA 3N13A 3GXDA 1EGZA 3VGHA 1OCQA 3WKZA 4LQ1A 1HIZA 2OWXA 3O6AA 3SUSA 1ZU8A 2FDMA 3SUVA 2OSWA 2ZOXA 5HOSA 4WJXA 4BQ3A 2JFEX 3VGFA 4PMQA 1WAWA 2O92A 5A8QA 1UR2A 4OJYA 4DM2A 1E6XM 1JDAA 2FGZA 1IZKA 3SCSA 3CZEA 3K8KA 4QLKA 1XC6A 1IV8A 3TTQA 3KWXA 3SURA 3ARUA 5A6KA 4CU8A 3PZGA 3VGBA 2WWDA 3AS1A 4LYPA 4PMXA 4PEEA 1OB0A 1GOQA 1KXHA 1UHVA 2XFYA 5LYRA 4MDPA 4P7QA 2BV9A 3PZMA 5C8BB 1V08A 2WMFA 3AS3A 1J01A 2FGLA 4TTUA 1BGAA 2VZVA 1OD0A 1W1PA 3CGTA 5BCAA 4W93A 2E4TA 4UQDA 3WNMA 4J3UA 1E5NA 3D5HA 3ZSTA 1QOXA 1VFUA 3CHEA 4BZYA 1WO2A 1NQ6A 2J7HA 1GZJA 1UG6A 1GOMA 1UKSA 4X0VA 1NP2A 1PBGA 2BVYA 4ACZA 5A1AA 4LYRA 4F9JA 1M03A 3W27A 3WQ6A 3ZR6A 1NM9A 2QPUA 1ZJBA 1JYWA 4AD3A 3BAKA 2XSBA 4E2OA 3ZR5A 1V02E 5C70A 1OGBA 1SMAA 4DWSB 4JZ5A 3CMGA 4FLSA 4UFKA 2E9BA 3QGVA 3KL0A 2XFFA 4CCDA 2CHOA 1H09A 1B3XA 1RD6A 3ARSA 1XH0A 3VIJA 3KL3A 2VTFA 2XGIA 1BFNA 3PZIA 3DHPA 4TVUA 2PWEA 2VO5A 3MMDA 4K68A 4GKLA 3PZQA 4LYQA 5M03A 2OYKA 1E9LA 1DP0A 2XVNA 1G01A 1HJSA 3BH4A 1FOBA 1VF8A 1LQ0A 4ZXLA 1FHLA 1CENA 4HU8A 4J3XA 3T2QA 4J27A 3W6LA 2CBJA 1KWGA 1E43A 2YA1A 3N18A 4HOWA 1VEPA 2VX6A 4UOQA 3II1A 1U30A 4X0NA 2J78A 3N12A 1W9VA 3ARTA 2YBUA 3WQ5A 2DEPA 2XWDA 4IM4A 1WKYA 3W37A 1HKMA 3DC0A 2J25A 3AXIA 5FOOA 4CD4A 1LWJA 3GBDA 3HMCA 4Q7NA 3GH4A 1XYFA 4A3HA 2WW5A 1KXVA 3U57A 1EA9C 1B3WA 2QPSA 5A8PA 3SUUA 2XTKA 4W7UA 2UY5A 3THCA 2XVKA 1JDDA 4QFUA 3AXHA 2JIEA 1KQZA 4MADA 5BXRA 3GTNA 1H11A 2HVMA 1JIBA 1VAHA 3L4WA 1F4AA 1J12A 1UKTA 4J3VA 1HNYA 2J7FA 1E6NA 1KR1A 1PIGA 2A3AA 1ITXA 1JFHA 3BXWA 1VB9A 4OBRA 4J28A 3VX0A 1GVIA 1TA3B 2GSJA 3PBGA 3WNNA 1WDSA 2OWCA 2CNCA 4F79A 2OSYA 2WK2A 3OBAA 1D7FA 2VZUA 1O6IA 4TX6A 2IXUA 5TD4A 4LGXA 1TZ7A 3LMYA 3A4WA 2QV4A 3W0KA 3E1F1 4PMVA 2VUYA 1E1FA 2J8GA 2PWHA 1VJSA 4PYSA 1RPKA 4UFJA 4CCCA 3VU2A 4AZCA 1MQRA 2ZICA 2JF7A 1W3LA 4UCFA 5HPCA 2GUYA 2O9TA 2BHYA 3ARXA 3ZJ8A 4BA0A 2C0HA 1VEOA 3AQUA 3UESA 4UQEA 4JIEA 4F66A 5LA1A 1BAGA 2J7DA 1OWQA 2A3EA 4HPHA 1UD2A 3AYRA 2YL9A 3ARVA 3OA5A 4C7FA 2WC3A 2DQXA 4D6HA 4DWSA 3BAIA 2QMJA 1BPLB 1MW2A 3PTQA 5BRQA 1WZLA 4U31A 3S6TA 3LPOA 4W8LA 2FHFA 1W3JA 1MW1A 3CBWA 1B3ZA 2X05A 2YOCA 1F4HA 1O7AA 2OSXA 4AIEA 1BYBA 4RE3A 5BRPA 4PMUA 1HL8A 3IANA 1G0CA 3U5YA 1Q6GA 4UQBA 5BXSA 3WF3A 3VIHA 4CD8A 3AOFA 3EYPA 1MWOA 3N04A 1UWUA 2YL6A 3AYSA 2ZX8A 4UZSA 4PN2A 1UD3A 5HDRA 4AZIA 1ODUA 2J62A 4DWSC 2XGBA 2EPKX 1IZJA 2BY0A 2B31A 4U5IA 2WSKA 1DWAM 3ZT7A 4M29A 5CJ5A 2VX4A 3WEMA 3ZSSA 3VGGA 4Y7EA 2YLAA 3GNRA 4W8BA 3OLDA 1EQCA 3MUIA 3CMJA 4JCMA 3VIKA 3AIEA 5GPRA 5I0DA 1CWYA 1Q6CA 2G3MA 3MU7A 2WANA 1FH9A 3WD1A 2WMIB 2WBGA 1BF2A 4D72A 5I6SA 4WK9A 1MW0A 4U2ZA 3L4ZA 2ZE0A 4UFHA 2ZUTA 1CIUA 4KGLA 5D8ZA 3WF2A 1CGUA 1OT1A 2F8QA 4GQQA 1W2PA 3ARYA 1E6PA 2Y8KA 5CG0A 1GCYA 4ZENA 1UD4A 3K4DA 3HU7A 5D9MA 1Z32X 3FHAA 1EIBA 3L4YA 4PMRA 2PBGA 2VRQA 5M3WA 5IHRA 3SEPA 3F5JA 3SUWA 2Y2WA 4U2YA 1JAKA 7A3HA 1UH2A 3WQVA 2DH2A 1TA3A 4AZHA 3BAJA 4WF7A 1GOKA 3DYOA 5FIPA 3VOCA 1TMQA 5I5RA 1V3LA 1U33A 3VKKA 4C7GA 2NSXA 2XM2A 1QI2A 1QW8A 5ECUA 1BQCA 4GZJA 3AS2A 5JIPA 2G3JA 3ZQ9A 1W9UA 4TVCA 1GQLA 1WZKA 3LPPA 1QNQA 4XV0A 1UR1A 2BS9A 2BXZA 2VQTA 4S3KA 4PMNA 4JAWA 4XB3A 3W81A 3B9DA 3GNPA 5ABEA 4NI3A 3VD7A 1KGWA 2PF0A 3PTKA 3UR8A 2AOSA 1V0MA 1K9FA 4CD7A 4HTYA 4HZ7A 3CLWA 3FY1A 1JZ5A 4IPLA 3ZT5A 5JBEA 4KGJA 2X1IA 5HXMA 3WF1A 3G6MA 1WP6A 1ZJAA 1KCKA 2E9LA 5DF0A 1WDPA 4J3TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WUE A;  3W26 A;  1FFQ A;  1W1V A;  1CZ1 A;  1UWQ A;  4P7R A;  4PTM A;  4B9Y A;  1DWI M;  1VBU A;  3LPG A;  1PZ3 A;  1ITC A;  5E6Y A;  2PWF A;  1OIF A;  3WN6 A;  1A47 A;  1LWH A;  2EXO A;  1KBB A;  3WH7 A;  3NJ3 A;  1NOW A;  2J7E A;  2NT0 A;  2WZE A;  5CLT A;  4AWE A;  1MQP A;  1V3K A;  3PHA A;  2ZX6 A;  1CLV A;  3DHU A;  3FN9 A;  2E9M A;  3WFL A;  1J11 A;  1SMD A;  1JXJ A;  5A2B A;  1HVQ A;  2DSU A;  1RH9 A;  3VNZ A;  5E70 A;  3EMQ A;  3RM4 A;  5EB8 A;  3ECQ A;  4AZC B;  4JHO A;  4OKD A;  3WEN A;  2CXG A;  3A3H A;  2VCB A;  1GPF A;  2UY2 A;  5I2U A;  1UR8 A;  4JFW A;  1G94 A;  3TP4 A;  3RIK A;  4W86 A;  3AHV A;  1WNO A;  1WZM A;  3RME A;  2XVG A;  1CGT A;  2Y24 A;  4MNM A;  4BQ5 A;  1Q6D A;  1FP9 A;  1PJ9 A;  4AZ6 A;  5GNZ A;  3VX1 A;  1HJV A;  2WLY A;  4HU0 A;  3L2M A;  1C8Q A;  2J47 A;  6TAA A;  1GON A;  5BXT A;  1WDR A;  4DUW A;  3VIG A;  1HKK A;  1EHN A;  3AIQ A;  4WSK A;  2CBV A;  5DO8 A;  1WB0 A;  4HMD A;  4GXP A;  3OLI A;  4QCF A;  1KXQ A;  4CUC A;  2CKS A;  3AHZ A;  4L4O A;  4UR9 A; 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 1OGG A;  1JF6 A;  3FHQ A;  1HKI A;  2W63 A;  2YL8 A;  4H8U A;  1TR1 A;  5D4Y A;  4FK9 A;  3VIO A;  4NZC A;  2ESC A;  3VGE A;  3AIC A;  3L4V A;  4QCE A;  2JEP A;  3T0D A;  1UWT A;  1GNX A;  1PEZ A;  4FMV A;  2QHA A;  3VGD A;  3QHN A;  5DEZ A;  1J0K A;  1B2Y A;  1VBR A;  1G1Y A;  3CZJ A;  3NSM A;  2CBI A;  2JF6 A;  4JKL A;  4JCL A;  4AIU A;  2FH8 A;  3ZM8 A;  1PX3 A;  1HJQ A;  1QHP A;  5LA2 A;  2WVT A;  1UWI A;  1KQY A;  1GUV A;  1UKO A;  4GI6 A;  4W5U A;  1CXK A;  4MNJ A;  4V28 A;  3AFB A;  2WCS A;  4HA3 A;  3MSG A;  1EQP A;  2CCR A;  2A3C A;  4UZU A;  3BCD A;  1L0P A;  4BQ2 A;  3WH6 A;  2DIJ A;  2WMK A;  1WCG A;  3M46 A;  2BHU A;  3QHM A;  4H04 A;  4HA4 A;  2D23 A;  1OIN A;  1J18 A;  4MB1 A;  4WLC A;  2WVV B;  1R87 A;  1X6L A;  3WSU A;  3BLP X;  1XCX A;  3ZMR A;  1DWJ M;  1K9T A;  1UZ4 A;  4M82 A;  2XM1 A;  2WHM A;  1VEM A;  1ESW A;  4QAW A;  1QBB A;  4HP5 A;  2WVS A;  3MMW A;  2XYL A;  3WBA A;  2XJ7 A;  1RP9 A;  2DIE A;  4D71 A;  3CUI A;  3K8M A;  4A3Y A;  4GIA A;  2GJX B;  2CYG A;  1JF5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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