1Q6F | Genus

Total Genus 180

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	180
sequence length	490
structure length	490
Chain Sequence	NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIYVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural and Enzymatic Analysis of Soybean {beta}-Amylase Mutants with Increased pH Optimum pubmed doi rcsb
molecule keywords	beta-amylase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Glycine max
total genus	180
structure length	490
sequence length	490
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2003-08-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1q6fA00

3WD0A 1PX8A 4ACZB 4WKHA 3BAXA 4W89A 1NWRA 3M7SA 2OLHA 2XG9A 1MW1A 4GPNA 2YBTA 3N11A 4JL1A 2PWHA 1PJ9A 2XUCA 2W4XA 2YDQA 3ZSTA 4EK7A 2GK1B 5CG0A 1KCLA 5E09A 1PIFA 3WDQA 3ZR5A 3N13A 5CZKA 2QLYA 4FF5A 1W2VA 1V03A 2WVVA 3BGAA 2VX7A 3CUJA 5GNXA 1MVYA 3N12A 2WZHA 4LYQA 3W6MA 4HZ7A 2WWDA 3VIIA 1JGIA 1E40A 4HOWA 1BYBA 1R7OA 2DT0A 1UYQA 3OBAA 2BXYA 3WBEA 1VBRA 2JEQA 4W86A 1V3LA 2FH8A 4PSPA 2DSZA 1MYRA 2AMGA 1M01A 1KR0A 3SCTA 3A3HA 1UR1A 3DHPA 1W9BM 3PZNA 1JAEA 1KXTA 2YA2A 4FLOA 1E70M 4XX6A 2E4TA 1WNOA 2V5DA 1Q6EA 4OOUA 4BQ5A 3L4UA 1HX0A 2OSYA 1Y7VA 4B9ZA 1CXFA 2YL6A 4W85A 5GNYA 3MSDA 2D1ZA 4PMVA 3MANA 1UD2A 2ZWZA 4A3YA 3SCVA 3AIUA 1EDGA 1GHRA 5KZ6A 3ZT7A 2CNCA 5DO8A 4UFMA 4H8VA 1BVNP 2XWEA 2WANA 3ALGA 2G8ZA 2WM0A 1HL9A 3AFBA 4RE3A 1BQCA 1E56A 4DM2A 1GOOA 1CWYA 2QV4A 1D2KA 1V02E 1QNSA 1G9HA 1QPKA 4KGLA 5AC4A 1HKIA 1BG9A 3SCWA 4JHOA 1B90A 1E6ZA 3TA9A 1H5VA 1GPFA 5DF0A 4TVCA 2A3CA 5AYIA 3RCNA 3SURA 4W5ZA 2XJ7A 1TVPA 2GFTA 1EIBA 4UZUA 1VRXA 2EPOA 2NT0A 4QLLA 2YL9A 2WC7A 4H7VA 1B31A 1MFVA 3MU7A 9CGTA 3VIKA 3F5LA 3ZJ8A 4D6FA 1FFQA 4Z2KA 3PZUA 1W1YA 3WUFA 2PBGA 4H2CA 4AZ5A 2D3NA 2G3IA 3ZO9A 4AD3A 1TVNA 2WLZA 3F4VA 4P7NA 7TAAA 3SEPA 1EDQA 1XHGA 2V3FA 2CCRA 3GNRA 4JKKA 1W9DM 3CUGA 2ZX9A 3QHOA 1K9FA 1GOIA 2XTKA 2YLLA 3ARVA 4PN2A 3AHTA 3I3BA 3VD5A 2Y2WA 5DT7A 4BA0A 1E6XM 4CGTA 1HJXA 2BY2A 4PMNA 1LL7A 2JF6A 1MXGA 4PTVA 3EMQA 4AYSA 1B30A 2V5CA 1UR2A 3DYMA 2XVPA 3A4WA 4NRSA 3EDEA 1EO7A 1KXQA 3KE0A 4LX4A 4HA3A 1SMDA 5E0CA 1XSKA 2E0PA 1J01A 2BHZA 1D3CA 1Q6DA 3EMCA 1K6AA 3QOMA 1JI1A 3THCA 2W92A 2VZTA 4UQBA 1ISYA 2CBIA 3AIRA 1BYAA 3EMZA 1B3VA 1RP9A 3LPPA 2GVYA 1ZBVA 3OA5A 4YHGA 5I78A 4X9YA 1C90A 3U5UA 1J0HA 3ZT6A 5BRQA 2ZXAA 1QI5A 3GBDA 3AMLA 4QCEA 1FH9A 4AZ6A 1E4LA 5D4YA 3VTRA 5LA0A 2FGLA 3I3EA 5HNNA 3T2PA 3DC0A 2DT2A 4GI8A 1E3ZA 3GTNA 3IANA 3NSXA 4R27A 4TTGA 4V28A 5I0DA 1KXHA 1UWQA 4JIEA 3OLEA 2OWCA 3VIPA 4GXPA 4TOQA 4MAVA 1B3YA 1W9PA 4GKLA 4J3XA 1CXHA 3POHA 1B0IA 3G6MA 3CHCA 3WNPA 1VFUA 1E6RA 1JXJA 2J79A 2VZUA 1ITCA 2ZX7A 1XYZA 1GONA 1JDAA 3UR7A 2VZSA 4H8HA 4D72A 5I77A 4BS0A 2ZUMA 3W28A 1V3HA 2JE8A 4UQ9A 4UOZA 2ZX6A 4HZ6A 4PMRA 2W66A 1UD8A 1JD7A 2G41A 4J7RA 3QHNA 4W7VA 5EFFA 3WH6A 2D24A 2CEQA 3VO0A 3CZGA 1JZ4A 3RILA 4Z2IA 3KZSA 1NWTA 3WQ6A 5A6KA 3L2LA 4W5UA 5DEZA 1JYWA 3WMSA 1W9UA 1DWFM 1E4MM 4XV0A 5C8BB 2J8FA 4AZBA 1PPIA 5BCAA 1HP4A 3WSUA 2WMJA 1B1YA 1G5AA 2XWDA 1KXVA 4FK9A 3IK2A 4PBGA 3ZMRA 1UWUA 2C8NA 4DWSA 2J7HA 3K4DA 3AHYA 4D6DA 2GSJA 3CUIA 3CPUA 1UH4A 3IAPA 2XSAA 2VRKA 1VFOA 3CIVA 1BF2A 4OIFA 4HA4A 1IT0A 2WB5A 3WNNA 1JZ8A 4FLQA 3GH4A 3WQVA 1UH3A 4OOZA 2YDSA 1NP0A 4XUYA 2DDXA 4AD2A 2BHUA 4R5EA 1CEOA 1J12A 3VDAA 1UH2A 1HXJA 2CHOA 5E6YA 1WCGA 4AZ7A 4CCDA 1MW2A 3M07A 1ZJAA 1W3LA 1EOMA 3POCA 2G4FA 5EFDA 2WMFA 4CU8A 4YPJA 2G3JA 1B9ZA 3W26A 2E9BA 1HKJA 5DFAA 4BCEA 1G1YA 4N0RA 3W24A 1UHVA 5I79A 3F5JA 5D9PA 4WIWA 3WN6A 2VTFA 2CESA 3MMWA 1QI2A 1K9EA 1UA7A 1WZMA 1AQHA 1J0IA 1V3JA 3TTQA 1UR4A 3VGHA 1EQCA 3VMNA 4AZCA 1E4NA 3U7VA 2CBVA 5CPSA 1JIBA 5ABGA 2UY5A 2F8QA 2XVKA 2X2YA 1EXPA 4OUEA 1H1NA 3PZIA 3VM5A 2EO7A 1UG6A 2BNJA 3W38A 2BFGA 4S3KA 4UCFA 4GO9A 5I24A 4UFIA 1FH7A 5A8PA 6A3HA 5JUVA 3AS2A 1AVAA 4JKLA 4P8XA 4PMZA 4QCFA 2A3EA 4U2YA 4Z2GA 1QW9A 1EDTA 5A2CA 2OYKA 1I1XA 2FDMA 5A3HA 3WDPP 4GQQA 2EEXA 3WMCA 3CTTA 3MKKA 2WKGA 1GOMA 1BYCA 2E8ZA 3L4YA 4PTWA 1X6NA 1XCXA 3NSNA 4ZE4A 3VX1A 4QFUA 4JFTA 1KBBA 3PTMA 2WMIB 2ZXQA 3BSGA 2HVMA 3ARQA 3SUVA 1UKPA 3VVGA 2VCBA 3ZIZA 3BCDA 1GHSA 4M24A 1GOKA 3NJ3A 2GDUA 3AICA 4U2ZA 2XHYA 3AI0A 3VIMA 1G94A 3HU7A 1QBAA 3F5KA 1ISZA 4JCMA 4D6IA 1XGZA 1UR8A 3VU2A 2VUYA 1SR0A 4J3VA 2XM1A 3CLWA 1E0XA 3U57A 3VIOA 1KR1A 4Q7NA 3WNKA 2XVLA 1V08A 3O9NA 2VX6A 4KRTA 4NZCA 2WHMA 3CUFA 1VAHA 2WPGA 3EDJA 1WKYA 4W7WA 1CPUA 8A3HA 1BPLB 2TAAA 4HOZA 5FL0A 1WP6A 1OD8A 2YA1A 1R85A 1UWIA 2VR4A 5LA2A 3UERA 1E55A 3RDKA 3S2CA 1LLOA 5A2BA 1CZ1A 2BS9A 3B9EA 1I1WA 1W1VA 4JCLA 5D9NA 3SCUA 1JFHA 4GZEA 1V6XA 2YL8A 2B31A 3CZ8A 3FNDA 5LA1A 4TUFA 1LL6A 4CU6A 3AS1A 3FW6A 1A47A 1VF8A 3TOPA 5FL1A 2WWCA 4AD0A 5TD4A 1TUXA 2ZUUA 5A2AA 1JL8A 4D1IA 1JZ5A 2ZUTA 3OLIA 1F4AA 2OYMA 3A6OA 4DUXA 1H49A 3RJYA 2GUYA 2CYGA 3DECA 1O7AA 3PZ9A 2BY1A 3UETA 4UR9A 4U5KA 4JHZA 3N18A 1CENA 3FY1A 1W9VA 1GJUA 2DSWA 1RP8A 3W27A 5A69A 1E6QM 3CMGA 3WL0A 1BLIA 2VRQA 3VX0A 1JZ6A 4WSKA 4DWSC 3HMCA 1HKKA 1TFVA 1FP9A 3ZSSA 1CXEA 4LQ1A 3N9KA 3K8KA 3RMEA 4AD5A 2UWFA 3MV11 3BMVA 1EGZA 3AHZA 1WDPA 1GOWA 2PWGA 3CHDA 1MW0A 4J3SA 5HPCA 3T0AA 3CHEA 3WNLA 5A6BA 2OYLA 4AIEA 3W81A 4W93A 1ISVA 2DIJA 1XH0A 4M80A 4ACZA 4P7LA 3GXFA 4PUEA 1NWUA 1WDSA 1CDGA 5GNZA 4H04A 4EE9A 2ZUWA 4UQCA 1CGXA 1UWTA 1KBKA 3ARPA 3AS0A 1GOQA 3N17A 4QDMA 2CHNA 4BZYA 3VNZA 1QNPA 5BROA 5JBFA 1DWIM 2XVNA 5EMYA 1UZ4A 3WD3A 4C7FA 2J7BA 1ZBWA 4JL2A 1JF6A 2WZEA 1NARA 3WDJA 2PBOA 4CN1A 4E8CA 1LF1A 3HN3A 3FXYA 4L4OA 2V3DA 2VZVA 4HA1A 5F7UA 2Z1SA 2CIPA 3K8MA 3T0DA 2WSKA 4PSRA 1DEDA 3AYSA 4F66A 1KGXA 1ZBKA 4TX6A 3UG3A 1BVZA 1LJYA 1GQJA 5D8ZA 3WDHA 1ISXA 3CZKA 1OGBA 1UD3A 1ODZA 1E0VA 1JF5A 3W25A 1NWSA 1ZS2A 4MJ4A 1V0MA 2CXGA 2ZUVA 1M7XA 4XB3A 3TP4A 1HJQA 4LYPA 2DSVA 2J25A 2W91A 3WEZA 1BAGA 5BXSA 1E1FA 1PZ2A 1ISWA 1L8NA 2J47A 1VFFA 1JYVA 2WBGA 3SCOA 4HMEA 5HBFA 2WZIA 1W91A 1W9XA 4EAMA 3II1A 1U30A 2ZWYA 4F79A 3MUAA 1CNVA 1GQIA 3CHFA 4HP5A 3ARWA 2E3ZA 4PUDA 3AIVA 3PHAA 2BHYA 4Z2LA 5D9MA 4B9YA 2VCCA 4E8DA 4C7DA 1SMAA 3L4VA 5I3DA 3WH9A 5FCZA 4TXEA 1XV8A 3G6LA 3ZJ6A 1ODUA 4M8UA 1R7AA 4P7QA 1XRVA 2DIEA 4PYSA 4FLSA 5JBEA 2WVTA 2MANA 3RM4A 5C70A 1QHOA 5A94A 4BQ2A 1WO2A 3WKZA 4AMCA 2CETA 3WF0A 4RE4A 3GDBA 4AIUA 1UD6A 2J7DA 2A3HA 1HKMA 3OG2A 1CYGA 1KWKA 2JIWA 3TTSA 1C91A 1WPCA 2J75A 4E2OA 5E70A 4AZGA 3PZOA 3ARTA 3IJ8A 2JALA 1KQYA 4LYRA 1KCKA 5BXRA 3RM8A 3GNPA 1Q6GA 1BG4A 2O9RA 1GCYA 1JD9A 2IXUA 2J8GA 4HPHA 1AMYA 1EHAA 4M56A 3WL1A 3T2OA 4RE2A 3EDKA 1CGYA 3WEMA 4MADA 1O6IA 4AEEA 2IUZA 5DMYA 3BAYA 3NSMA 1TCMA 5A6AA 1C8YA 1IZJA 3OIHA 1PX3A 1JNDA 2AOSA 3AIWA 4X0NA 5I5RA 3WENA 2CERA 3M46A 3MMDA 4QAWA 5BYWA 1B3WA 4D6GA 1OB0A 1Q6CA 1E73M 1WAWA 1J11A 1W2PA 4KWUA 1GNXA 1BFNA 4TVUA 1QI3A 3NUKA 4MJ2A 4MAZA 3PBGA 5JIPA 3VD7A 1JYNA 3WD2A 1VB9A 1EQPA 3AXHA 1QI4A 2YBUA 3WQWA 3VGGA 4AZHA 3SCRA 4W8LA 2D20A 2PWDA 3SUUA 3WNMA 1E71M 1H11A 1UQZA 1CIUA 3NDZA 3VMPA 1FA2A 3FAWA 3AHXA 1AQ0A 3O2LA 4UFJA 2YIHA 4NF7A 2GJXB 1BHGA 2NW0A 1M53A 3N1AA 2VL4A 4HPGA 1OGGA 2XYLA 4PMOA 4KGJA 1WE5A 5GQBA 2WW5A 2X8RA 2J7FA 2YJQA 1EHNA 1OCQA 3ARSA 5BRPA 4XZBA 3OZPA 2UY4A 4CU7A 1L0PA 5ABFA 3OB8A 3VD9A 2CITA 4UQDA 1K9DA 5IFTA 4UTFA 1YHTA 1J0ZA 1HVXA 2BVTA 2DT1A 5E6ZA 1GQLA 3AZTA 2OWWA 4AD1A 1M03A 2ZXBA 2WAGA 2CBUA 1TZ7A 6TAAA 3BH4A 3U7BA 4UFHA 5CPTA 1PEZA 4D6HA 4CD7A 5HPOA 3WDIA 2VMFA 2BY0A 1D7FA 3L4WA 1VENA 4HZ8A 1IV8A 1JNEA 2J77A 2Q8XA 3RPMA 2G3MA 5CPQA 1QNQA 2ZXDA 3OGSA 2XFFA 4ZENA 4P8VA 1Q4NX 1DWGM 1QI0A 4HOXA 4ATLA 2VX4A 4CKQA 2VURA 3GM8A 2NSXA 3W4RA 4HU8A 2Y5EA 4AXNA 3U5YA 4AZCB 1E4IA 3IJ9A 4H41A 4LGXA 3OGVA 4WF7A 1AQMA 1SFSA 2ZICA 2WHLA 4IUGA 2Y24A 2JIEA 1H3GA 1EA9C 3FN9A 1OSEA 3T0BA 4YHEA 3VIFA 1W3KA 4PMYA 3BCFA 3BAKA 1EH9A 4AZIA 2F2HA 1JI2A 1VEMA 2E8YA 4MNJA 1G01A 1GUVA 3M6DA 3ZT5A 1UD4A 2D3LA 1E5JA 1CXLA 4A3HA 1FH8A 1OIFA 2CPUA 3MUY1 3VMOA 4CUCA 1XH2A 2JEPA 3WH5A 3APGA 2W63A 5CGTA 4IISA 5EBAA 5BXPA 5CLTA 1HJWA 1QNOA 3L4TA 2GJRA 3ZQ9A 1PZ3A 2J7EA 1TA3A 1BSIA 2VCAA 2UY2A 3AZSA 4NSBA 3NYDA 3OZOA 1PX4A 2VI0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1Q6FA

Total Genus

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