1Q6G | Genus

Total Genus 179

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	179
sequence length	490
structure length	490
Chain Sequence	NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILTFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural and Enzymatic Analysis of Soybean {beta}-Amylase Mutants with Increased pH Optimum pubmed doi rcsb
molecule keywords	beta-amylase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Glycine max
total genus	179
structure length	490
sequence length	490
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2003-08-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1q6gA00

5A8MA 2CBJA 4PMVA 1RP9A 1RP8A 4MAVA 1HJQA 3AICA 3OGVA 2ZIDA 4BCEA 3WSUA 2YL9A 1AQHA 3S2CA 2W4XA 4LYPA 2BS9A 1U33A 1JZ4A 1WZLA 3WDHA 3GTNA 3AISA 3WMCA 2G41A 4BQ2A 1CGYA 1HP5A 4HTYA 3W29A 1BYCA 1JGIA 3EDKA 3VOCA 1BGAA 4Y7EA 2Y5EA 1BVNP 4AIOA 5A6KA 2EO7A 2BXYA 2QPSA 2W5FA 4HZ7A 4JKMA 4J3WA 1CGVA 2ZXQA 1OIMA 4PMOA 3W27A 5CSYA 1V0LA 1QW9A 2A3CA 5FOOA 3BSGA 4J3TA 4B3LA 4AEFA 1VFFA 1BAGA 4AC1X 4FLRA 1TMQA 3EMCA 3BCDA 2UY4A 5DO8A 2AOSA 1MVYA 3K8LA 1UWRA 2QMJA 3VU2A 2WKLA 2A3BA 3J7HA 4P7LA 4JZ5A 4M1RA 3CZ8A 1QI5A 4N42A 2ZUWA 1SMDA 4F79A 1CGXA 2DIJA 3CO4A 4KWUA 1DTUA 4IPNB 3WDJA 3SUTA 1CEOA 1GOIA 2A3AA 4M24A 3UETA 3U7VA 3WQ5A 4UFJA 2VZTA 3ZSSA 2V3EA 1UYQA 2XFYA 1JDAA 4MNMA 4AIEA 3CLWA 3MU7A 5AC4A 3ZO9A 4DUWA 1NWSA 2J7CA 3G6LA 3VGDA 4D6IA 2QF8A 3VM5A 3VNYA 1BFNA 5JBDA 5A94A 1ZU8A 4HZ6A 1W9PA 1KCKA 1W9DM 1H5VA 3E1F1 3VNZA 4MB5A 5DT5A 3WDIA 3WNOA 3QHNA 1HN1A 4W7VA 5HPOA 1QI3A 1E1FA 1CLXA 1V02E 2V5DA 3AIVA 1VB9A 2E8ZA 1HL8A 2MANA 4OZOA 3AHZA 1GVYA 3WH6A 3FW6A 4Q7NA 6TAAA 2VT0A 2YA2A 4MDOA 2FGZA 4XZBA 3VGEA 3A4WA 3VUPA 1CDGA 2GJRA 1EDQA 1JZ2A 4H8VA 3NYDA 2YIHA 3N15A 2W66A 1G9HA 1GVIA 1W1YA 3UCQA 5GPRA 4PRWA 5BXSA 5D9PA 3K8KA 3HJEA 2D0HA 4CU8A 1NH6A 4EANA 2VTFA 3ECQA 1JYNA 3MMWA 3LPGA 2EPOA 2F8QA 1E5JA 2BFGA 4OUEA 3T0DA 3WELA 1FH8A 5BWFA 4F9JA 1QBBA 4ATDA 2ESCA 3M46A 1UH3A 1DHKA 2EPNA 4IISA 4S3JA 1W2PA 3VVGA 1GJUA 3N17A 4ZE4A 2XVGA 4GXPA 4GI8A 4JKKA 2OSXA 2VVNA 2W91A 1FOBA 3PZOA 1UWIA 1F4AA 1VENA 1B90A 1W3JA 3ARWA 1Q6GA 2NW0A 1UQZA 2J79A 4Z2IA 4WJXA 1J0HA 1XYFA 3VX0A 4GKLA 3VIIA 1PX4A 3GM8A 4JFWA 4PN2A 5A3HA 1J0IA 1OGBA 2VQTA 1JZ8A 1HX0A 4P8VA 1M04A 1JAEA 1NWTA 2Z1KA 1ZJBA 2VRQA 2XVKA 1CYGA 1P6WA 9CGTA 3VGGA 1B9ZA 3D3AA 1YQ2A 3WL1A 1UR2A 4XZWA 3TTQA 1E43A 1AMYA 1QVBA 3MSGA 2V3DA 4JIEA 1CENA 1I75A 3VDHA 1ZS2A 1PIFA 5JIPA 2UWFA 5E9AA 1WNOA 2QPUA 1R7OA 1CXLA 4UTFA 1KGUA 2ZUTA 2PWDA 1UH2A 1MW2A 4FLSA 3WIJA 1JF6A 4KMQA 1E4NA 3OLIA 2JIWA 2E9LA 3CMJA 1W91A 2D22A 1L8NA 7CGTA 1KFWA 2XUCA 1CBGA 1WAWA 1OGGA 4MNLA 1JZ7A 1Q4NX 1HJXA 1KWKA 3QHOA 4PSPA 2DT3A 2PWEA 2GVYA 1J10A 2WAGA 4FMVA 2JALA 1HJUA 1WE5A 3WD1A 2XGBA 3TTYA 1EDGA 1M03A 1MQPA 3WH9A 3AMCA 4CU6A 3N9KA 1KXHA 4H41A 2V3FA 4D6DA 3GH5A 1E6SM 1EA9C 4BQ5A 4ZENA 3AROA 2VRKA 2J7DA 3T0BA 5CPTA 1UD3A 3LMYA 3JUGA 3ZR6A 7TAAA 4CN1A 5BRQA 2ZX8A 2WHLA 5CG0A 2EEXA 4PSRA 4URIA 4J3XA 3VIGA 5D9MA 4C7GA 3VO0A 3EBVA 4A4AA 4J3SA 1MW1A 2QLYA 3WDPP 3WN6A 1NARA 3W6LA 3ZSTA 1E5NA 2DSZA 2J8GA 1V3MA 1FFQA 4YHEA 4D6FA 1OD8A 4JAWA 3IAPA 1QNPA 1AVAA 1HXJA 1JNDA 4QLKA 3BC9A 2AAAA 5FCZA 4F66A 3NSMA 1E9LA 4QLJA 2YDRA 2VVSA 1WZMA 3KL3A 5HBFA 5I77A 3ZT6A 2JEQA 3GXMA 2DT0A 4GO9A 1BLIA 5I3DA 3K46A 1CXIA 3OGSA 2X1IA 5E09A 1ITXA 1C8YA 3U7BA 3ZM8A 3BMVA 4B15A 1UA3A 1JD9A 5AYIA 2D3LA 2WXDM 1BVZA 1D3CA 1R87A 4M81A 2O92A 3MV11 2QV4A 1BSIA 2OWXA 3G6MA 4UFMA 2J62A 5I79A 3L2MA 1V3LA 5GNZA 5A69A 4CVUA 2WMJA 4PEEA 2G3NA 3ARRA 1B3VA 1EXPA 3IJ8A 5I78A 3HU7A 3WL0A 1UA7A 1AQMA 2YL5A 2ZUVA 1UR9A 2GSJA 3N04A 1CWYA 1XH2A 3FAXA 2DGAA 3II1A 4TX6A 1DWIM 1E73M 1E6XM 2EBNA 1VRXA 2W92A 5ABGA 2JE8A 3MANA 5LYRA 4PMNA 3UR8A 1H11A 3BAWA 5D8ZA 1JL8A 3GNOA 3VD3A 1W9UA 2DEPA 4LGXA 4B9ZA 5M17A 5IDIA 4FLOA 1CGUA 3BAJA 3N11A 1HKJA 1GW1A 2WZEA 4W8LA 2V3GA 3CZGA 1ZBWA 1GONA 1B2YA 1C8QA 2DSWA 3ARZA 3B9DA 5FL1A 3O2LA 2EPLX 2JIEA 2OYLA 2OSWA 5AYBA 2XM1A 2YDQA 2YBTA 3CIVA 1KXTA 1LL6A 1FP8A 1XGZA 3VGBA 3ARVA 3ZIZA 3WEMA 3AS2A 3MO4A 4TVUA 4KGLA 3L4YA 4GQQA 3KL0A 1NWUA 3BH4A 4UFIA 1MW0A 4CCEA 2NT1A 3LPPA 3MSDA 3PBGA 3WEZA 1DWGM 5CLTA 1KWGA 4DWSC 1V0KA 1KQYA 3VDAA 1GPFA 1UKPA 1PAMA 3WD0A 5EFFA 3BLKA 4A3HA 5IXEA 1UKQA 1CGTA 1OSEA 1S46A 3HMCA 3AZRA 3UG5A 3WH8A 5M5DA 1E0WA 1TUXA 5ECUA 3VMNA 2WB5A 4PCSA 5IFPA 1FHLA 1XD0A 4WSJA 3MMUA 3PZUA 5AY7A 2CERA 2TAAA 5I0DA 2UY3A 3CZJA 2BY0A 1JZ6A 1UR8A 1R8LA 1W1VA 2V38A 3L4VA 3WD2A 1V6WA 3SUWA 3EDFA 5E6YA 4DWSA 1V3KA 1XSIA 2G3MA 2BY1A 4PMDA 4UFHA 4A3YA 2FGLA 2J7HA 1SR0A 2CHOA 3SUUA 1HKIA 1E71M 4ML4A 2W63A 3VMOA 2PWFA 3CMGA 2DSKA 4HOXA 3WNPA 5HXMA 2WZHA 3IAQA 3L4TA 3GYCA 1GHRA 2WPGA 4AMCA 2ZICA 4CVWA 1I1WA 2HVMA 3N1AA 5ABFA 2YL8A 4WKHA 3NCOA 1WZAA 4M56A 4CD7A 2WCGA 2NSXA 3ARUA 1VFOA 1KQZA 1B3YA 3S6TA 4LQ1A 3PZMA 4OIFA 3KWXA 3N13A 1G1YA 4QDMA 5ABEA 1OB0A 1ODZA 2D1ZA 4NRRA 2CHNA 2W61A 3LPFA 1QI0A 1UD5A 3WBAA 5GQBA 4RE3A 3A6OA 2CPUA 4X0VA 1LWHA 1KGWA 1MWOA 3KEHA 1W1PA 4ZE5A 1IV8A 4NI3A 4AXNA 2VR4A 4LX4A 1CECA 1HNYA 4UZSA 1V6UA 1F4HA 1TG7A 1BQCA 3FAWA 2VCBA 4FLQA 3RMEA 1Q6FA 1Q6CA 1JZ3A 1RD6A 1H4PA 4UFLA 3LPOA 5DEZA 4B9YA 4JCLA 1OD0A 4ZFMA 3MUAA 5A8PA 2VX4A 3OLDA 1M01A 1NWRA 3W26A 2W62A 3WKZA 2VOTA 2YA1A 3W4RA 1W32A 5M3WA 3SCOA 1G01A 1B3XA 1MFUA 3UG4A 1UOKA 4AD4A 1QNQA 1UH4A 2WMGA 2WSKA 3WNLA 4UR9A 5EB8A 3ZOAA 1CPUA 3WD3A 5LA1A 2C8NA 1EOMA 2WC7A 2AMGA 2WVVA 4MJ2A 3WF2A 5I5RA 2DH3A 2J77A 3W37A 4PMYA 2XJ7A 1ISWA 2ZUSA 3PZ9A 5HOSA 1C90A 3BGAA 4PTMA 1NOFA 2OWCA 3DYOA 4WK9A 2CBUA 4LYRA 1KXVA 1JYWA 4HA3A 4JFTA 4P7RA 4U2ZA 1EO5A 4W87A 4C7DA 1TVNA 3BAYA 2VI0A 4J7RA 2EPMX 4BF7A 3AMKA 3EMQA 4UQ9A 3CH9A 4CKQA 2A3HA 3HN3A 1LG1A 3T0AA 4MB3A 4D1JA 4N0RA 4CD5A 3POHA 1WDSA 3QHMA 4TUFA 1BYBA 5E70A 4QLLA 4ZXLA 3VM7A 2VX7A 1LJYA 5A1AA 3OBAA 1C8XA 3AJ7A 2C7FA 1AQ0A 5CQ1A 1WPCA 2X0HA 4H7VA 1QBAA 4Z2HA 3ZR5A 5TD4A 1TE1A 1UR1A 3WQ6A 3ZQ9A 1OWQA 4GPNA 4AIUA 1H3GA 2J7EA 2XIBA 2VX6A 1B3ZA 2ZOXA 1ISVA 3ZT5A 1CZ1A 5A2CA 3A4AA 3RCNA 1OBAA 3WF0A 2XWEA 1V08A 1D7FA 2D23A 1HF6A 4J28A 5LA2A 1QNRA 4OJYA 1UWQA 3WNNA 1JD7A 2XYLA 2WC3A 3SIMA 1WDPA 1HKKA 2JF6A 1JZ5A 1E55A 1VBUA 1OM0A 3WUGA 4AZ6A 4PYSA 3CZKA 4CN4A 1C7TA 4HU8A 3CBWA 1K9FA 4X0NA 2VZUA 5BCAA 1WCGA 2PWGA 3VPLA 4WLCA 4XV0A 3OG2A 1DWHM 3SCVA 1GUVA 1W3KA 1E15A 2ZWYA 3OA5A 3KE0A 1V6VA 2UY2A 3WMSA 3CUJA 4XUYA 1W9XA 1J18A 4C7FA 2EXOA 2CIPA 2O9PA 4L4OA 2RGLA 1ISXA 1JDCA 3WBEA 3ZT7A 2OYMA 2OYKA 3CTTA 1V03A 3PHAA 2XFRA 2VR5A 3PTKA 4FF5A 3GH4A 4UZUA 1E0VA 4D6JA 3AIQA 4UQEA 4TTUA 5DMYA 5A6AA 1OCQA 2B31A 2X09A 3WUBA 4AWEA 3EDJA 1WDRA 3AMLA 1GOQA 4ACYA 1NOUA 1PJ9A 4PMZA 2WYSA 4JHZA 4OOUA 1UWUA 6A3HA 2WK2A 4DWSD 4U3CA 2PB1A 4AZCB 1M53A 1OT1A 3AYRA 3TTOA 3AZTA 5FL0A 3RM9A 3PZGA 4WIWA 1W1TA 5A6BD 4IUGA 2JF7A 3W81A 4M82A 2DDXA 4HOZA 8A3HA 4AD5A 2VUYA 1PEZA 3VIFA 3PZVA 1E1EA 4GZEA 2Y2WA 4U2YA 2DSUA 3O9NA 2Y8KA 4UCFA 3WQWA 2CESA 3L4ZA 2ZE0A 3VINA 2HISA 4ATWA 3M7SA 3RM8A 4RE4A 4UQDA 1GCYA 2C0HA 2GJPA 4YPJA 1LLOA 1H2JA 1E6ZA 2PC8A 3W25A 1QNSA 3BSHA 1PZ3A 2FHFA 5KZ6A 1HP4A 2G3JA 1ODUA 2ZXDA 2D2OA 1EQCA 1HVXA 3ALGA 1E4IA 3WNMA 2X0YA 2WLZA 4PTXA 2WW5A 3W53A 1ZBKA 1R85A 2G8ZA 5EFDA 4NF7A 2XIIA 3BAKA 3ZJ7A 4E2OA 1QI4A 4BS0A 4NZCA 1VF8A 4GINA 3BLPX 1ZBCA 3AIRA 3UG3A 3EDEA 4JFVA 2YLAA 1TR1A 3RILA 3AIWA 1EIBA 4HP5A 4UNIA 5DFAA 5GNYA 3VDBA 3SCWA 4H2CA 2WVTA 3OLEA 4NRSA 3ARYA 1FP9A 4W7WA 1BF2A 1JYVA 3DHUA 3AHYA 4IPLA 3PZQA 4V28A 4CD6A 1LL4A 3B8SA 3PZIA 4GIAA 1SYTA 2GDVA 3MMDA 1C7SA 3DYMA 3RO8A 3NUKA 2FDMA 2WMIB 4B16A 4P7NA 2X2YA 4D71A 4UQBA 2VJXA 3PZTA 3AIUA 1J11A 1E6PA 1EH9A 4D6CA 2ZUMA 2F61A 1JAKA 3EDDA 2J8FA 2CYGA 3NDYA 4W93A 3MV01 1B3WA 1GZJA 4UFKA 3ALFA 4MDPA 3AQUA 3GZAA 1EQPA 1TA3B 2GK1B 4JL1A 3IANA 2ZUNA 4W8BA 3T2OA 3TTSA 2J4GA 4LYQA 2FH8A 3WENA 4HOWA 4E4PA 5CLWA 3QGVA 5CGMA 1Q6DA 4OKDA 2G4FA 3VIKA 3MUZ1 2VL4A 1UWTA 2BXZA 1E56A 2VCCA 4HU0A 5A6SA 5I23A 5KEZA 2VQUA 2XWDA 3NSXA 4PUDA 4HPHA 2CKSA 3A3HA 1MXGA 2PBGA 2PI6A 3T08A 1ZBVA 4HMCA 2DT2A 3PZNA 2D24A 5JIWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3VMP A;  2J7F A;  4AD0 A;  3W0K A;  4AW7 A;  1N82 A;  3OZO A;  4FK9 A;  3SCP A;  2WMI A;  3CZE A;  3SCU A;  1NP0 A;  2O9T A;  1E0X A;  4V27 A;  2GJX A;  4Q22 A;  4P8W A;  3SCT A;  3BAX A;  4QP0 A;  1HJW A;  3QOM A;  1K9E A;  2WNW A;  2YBU A;  1QI2 A;  3L2L A;  2WVU A;  4LXF A;  3WUE A;  1JIB A;  1I1X A;  2OWW A;  3ARP A;  4CU7 A;  1QNO A;  1JXK A;  2WVV B;  1CXH A;  1XCW A;  4WKF A;  1TA3 A;  5D9O A;  3PTM A;  3APG A;  1GJW A;  2NT0 A;  4F8X A;  2WMH A;  3FN9 A;  4P8U A;  5E0C A;  1TCM A;  1LQ0 A;  2J75 A;  4M29 A;  3RJY A;  5A6B A;  3ZJ8 A;  3GDB A;  1CTN A;  5FIP A;  1BYD A;  3W28 A;  2VZV A;  1UR4 A;  3NIY A;  5D4Y A;  1QHP A;  4LPC A;  1R7A A;  4TXE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ZU8 A;  3BLI A;  1Z8A A;  1W9D M;  4MB5 A;  3WNO A;  4P61 A;  2DJX A;  4W7V A;  1S5W A;  4MZY A;  1CLX A;  1C9W A;  4YVP A;  2VUN A;  5DRC A;  3AIV A;  5FJT A;  1OK4 A;  2E8Z A;  3HV8 A;  5LGX A;  4OZO A;  2PRL A;  3W23 A;  5AC8 A;  4IIG A;  1VLI A;  4MDO A;  2I16 A;  5EMU A;  5C9W A;  3SBF A;  3WLR A;  4LTS A;  1N7K A;  3N4F A;  3GUG A;  3A4W A;  3IAC A;  1K70 A;  2AKZ A;  2C71 A;  2GJR A;  1SUX A;  4REQ B;  3NYD A;  3N15 A;  2QJM A;  2RJG A;  4M51 A;  3K8K A;  1GQN A;  2D0H A;  4NNC A;  1FWF C;  4CU8 A;  2QII A;  3PJT A;  3LER A;  3C5Q A;  2VTF A;  2FJU B;  3BK0 A;  2BBF A;  5AOU A;  1E5J A;  2GQ8 A;  2BFG A;  3K1G A;  3T0D A;  1EP3 A;  4R53 A;  1JCL A;  1QBB A;  4L56 A;  2B7N A;  2XDF A;  4ATD A;  3KS6 A;  3RX4 A;  2B81 A;  2VGG A;  4AG0 A;  2ZE3 A;  1OYA A;  1WOA A;  4RDV A;  2ZTJ A;  4GI8 A;  4Q8U A;  2C14 A;  2A4A A;  2W91 A;  1FCQ A;  1FOB A;  1UWI A;  1F4A A;  3G18 A;  1VEN A;  4M6V A;  3IJ6 A;  2HWG A;  3NQ6 A;  2J79 A;  2HBX A;  4Z2I A;  3VUS A;  3VX0 A;  5RUB A;  1PX4 A;  1QUM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1Q6GA

Total Genus

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Chain Sequence

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