1Q6L | Genus

Total Genus 84

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	214
structure length	214
Chain Sequence	SLPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAKIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIELTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYHRSRDAQAAGVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVTGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural Evidence for a 1,2-Enediolate Intermediate in the Reaction Catalyzed by 3-Keto-l-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase, a Member of the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	84
structure length	214
sequence length	214
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2003-08-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1q6lA00

3FJLA 3NGJA 1G4TA 4N4QA 1M6JA 3NQEA 2TRSA 2NV2A 1YLVA 2RHGA 4O17A 1VCGA 5J5DA 3UPBA 1TPH1 3ZWSA 1CW2A 4AF0A 3BW2A 2BX7A 1KV8A 1SPQA 3NZRA 3DXIA 4MZ1A 2F84A 1GJPA 1YTKA 4E0CA 3KVLA 3SSJA 4ORIA 3EKZA 2E5BA 1GWJA 1D3GA 1VYSX 2B7NA 2EGZA 4Q4KA 4LNYA 4K37A 4MJMA 4O50A 3EWXA 2W79A 4UR8A 3A5FA 4MYXA 2V2DA 3BW4A 3W1LA 1M5WA 4EWND 3W1UA 2C14A 2J27A 3TJLA 3EX2A 3BLIA 5K7JA 5CG7A 1BWLA 4ONVA 3LCGA 3M1ZA 4N9DA 4JTKA 1KFKA 1FCUA 3W23A 1KTBA 3Q2DA 1RQBA 4N9EA 5G5IA 3SGZA 3MP3A 3VKJA 4IMCA 4JTJA 1TO3A 3CPRA 5K4ZA 1RQEA 3ATYA 3OBKA 3GDKA 5D33A 3UXDA 3OA3A 1K03A 2C19A 2WO5A 3QJAA 2V9DA 1YADA 2CZ5A 1JRCA 1TQJA 2FQIA 1KFLA 2QCGA 4P2VA 3VE7A 2ATSA 3MI6A 4NJIA 4NXKA 1XBXA 4LW7A 3PULA 1EP1A 3NQVA 1CI1A 2GVLA 5TIMA 1YXDA 1LRNA 2X1RA 3G0XA 5LNRA 3LCIA 1X8FA 1W37A 3SZ8A 1LBFA 1VHCA 2C18A 2QCNA 3M5YA 2BWGA 4S2BA 3LHTA 5HWMA 1TIMA 1FCVA 2VELA 1ALDA 1T8XA 5CPOA 3TW6A 1FWTA 3T7VA 5EMUA 1JQXA 5FF4A 3TNOA 4OV4A 4AH7A 1QOQA 1TJRA 1JRBA 2ABBA 2CZDA 2FB2A 4O16A 1KW1A 5CZJA 3ZWTA 1H7OA 1KM4A 2ZRWA 4Q33A 4HSNA 4RZ5A 3EX4A 1QNVA 1SFLA 2CLKA 2QCLA 3CIWA 4K8EA 4KFPA 1QPQA 4BF9A 1I2RA 3GVGA 3G24A 3DH7A 5D03A 4PL1A 3W7RA 1ONRA 1IF2A 3HGRA 4MPQA 8TIMA 4O18A 3S5YA 2QJHA 5HNRA 2VEMA 4RV8A 4UTMA 3M5XA 3W7HA 2NXGA 1YXCA 5T26A 2ATMA 4QSHA 4O15A 3O6DA 4AMAA 4XQ6A 3B04A 1TJPA 4IXHA 4AHPA 3NM1A 2HTMA 3C6CA 3F4WA 4BR1A 2A2IA 3NM3A 3CB8A 3S1UA 4JTSA 1XL9A 4OV9A 3CT7A 4YL2A 4CLMA 3W22A 2TMDA 2A7NA 4LVBA 5HWJA 2V0TA 2XN1A 1SZFA 4RJEA 1HUVA 3GIYA 3GZ3A 1EX5A 4WD0A 2YFNA 4YLWA 5F4WA 4KFNA 3L21A 3PS7A 3L67A 3P74A 3KRUA 1FWSA 3C2VA 5G4WA 3GR7A 3DBPA 1P0KA 4N9CA 2WV8A 5HR6A 4FB7A 3S9YA 3DKJA 5E93A 3O16A 1FWRA 2E1DA 2PCQA 3IGSA 3LHVA 3LRLA 4Y96A 3SJ3A 1XCFA 5FI8A 4JYDA 1SO6A 3W7IA 2QEZA 2V81A 3W88A 1H7XA 1FCQA 4A3UA 3TXZA 1ZY9A 1YDNA 4MFDA 3NG3A 6TIMA 1R2SA 2X30A 2ZTKA 4JXCA 2A21A 2YW3A 3S5ZA 4UCGA 3W1TA 3NXFA 4UNLA 1G4PA 3O63A 4GE8A 3W7JA 1RD5A 1QDSA 5D2XA 3HJZA 5TQLA 5HR7A 1V7YA 3G18A 1LBLA 3LDVA 5AC8A 4UFJA 3B05A 1ZHAA 3HBLA 1B4KA 1SFJA 2QUUA 4R7JA 4UTIA 1LCOA 1QWGA 3S1XA 1DHPA 3W2MA 1AW1A 5FF3A 4N4PA 3ABRA 3DAQA 3EWBX 4N9BA 4ZQPA 2RFGA 5GVJA 2XFWA 5IM51 4FNTA 5D2TA 4M7SA 1JR1A 2I1OA 5KZEA 3NQDA 3B06A 4C1KA 2FFCA 3PG9A 4RXGA 4WZHA 3C2EA 4NQ1A 3BGJA 1L2UA 4QQ3A 4JICA 3NDOA 5AHFA 4NXSA 4DF2A 3QRHA 4FX8A 5DCDA 3MBFA 1GVRA 2GVJA 4XBSA 1SSGA 1XBZA 4JX4A 3LBCA 1YYAA 3IRDA 1OX4A 4FEZA 3BO9A 4ADTA 2ZZ4A 4EF9A 5EY5A 1TQXA 2Z2UA 3B0UX 3P61A 2Y61A 3QEZA 4R53A 3RF9A 4H4IA 2QCEA 3FJ6A 5F1VA 5C5YA 3R2GA 3IVUA 2Y63A 4MFEA 5HINA 4N6FA 1GG1A 3M5VA 3DI1A 2DU2A 1BTMA 4QNWA 1VJIA 4LS1A 1VC4A 3UYCA 5EBUA 3H54A 6ALDA 1OF6A 2YPIA 4XWUA 1FXQA 1IIGA 2CLIA 1J5TA 3KVMA 4JTLA 3QC3A 4X9SA 3P80A 2XN2A 5IBXC 3G1VA 4LVAA 5AHLA 2AAMA 5KZMA 2Y7EA 1T99A 2NWSA 4AHOA 1KV5A 1NF0A 2VFIA 2B4GA 3N73A 4K6AA 4ZQRA 3PF3A 3QW4B 3FKKA 4IMDA 1XDMA 1W56A 3E49A 4U28A 4UFKA 3EXSA 3RLVA 3R5EA 1SW3A 4CNOA 1F05A 3HG5A 4I7WA 4K38A 2DZWA 3M9YA 1P0NA 1MO0A 2FTPA 2E5DA 3USBA 1Q6QA 4AHQA 1ZAJA 3HG3A 3LI1A 1XDLA 1KBIA 3GXTA 3W72A 3W9ZA 1YDOA 2E6YA 4POCA 3TA6A 1FWNA 3GDTA 1NVMA 5FF7A 3G1FA 3KOFA 2E6DA 1F6PA 2JBMA 2G96A 1XC4A 4EIVA 4O8RA 4ORMA 5F4XA 2NX9A 3OEXA 1YPFA 2OX1A 1K8XA 1P1XA 1XBYA 4O52A 1VLWA 2PC4A 3ABOA 3AJXA 4GC4A 4C1LA 2QAFA 1NAL1 2A4AA 3O6YX 5U4NA 3STFA 1A5SA 1QPRA 1SR9A 2WQPA 1IXPA 2YCEA 3HIJA 3W1AA 4FNPA 1GTEA 2H6RA 3EXTA 1TPEA 1ADOA 2B7PA 1Z44A 2Q3RA 1AW5A 4JTFA 1E51A 5G4EA 2GOUA 3N3MA 3THQA 1KM1A 5DCEA 4JD4A 2GVGA 2R14A 4IX0A 4DELA 1H61A 1Q3NA 2ZZ7A 4TX9A 1MEWA 1K7FA 4PODA 2IQTA 5H2ZA 1S5TA 2CU0A 1GT8A 2QCDB 1IIHA 1RV8A 3IEBA 1EIXA 3C3NA 2RDWA 4ZVJA 4PC8A 1KFEA 4PA8A 4TO8A 1LDCA 4OE7A 2QUTA 3WJSA 5HULA 3TC7A 5DELA 1TTIA 2TYSA 1MSSA 3EEGA 4OQVA 3W7QA 4IXXA 1W0MA 3UD6A 3GB6A 1CX9A 2JKAA 1OX5A 1WOBA 1AL7A 3TE9A 1Z41A 2QCHA 4UMBA 3GKFA 4BWLA 2XN0A 1LLWA 4TIMA 5SWUA 5HJLA 2C15A 3CHVA 3LBMA 4IX2A 2H8ZA 2DZXA 1C8VA 1SSDA 4JIQA 4BI6A 2QAPA 3TMQA 2JGYA 3PB2A 4ADSA 4UTTA 1SO4A 3LTSA 2QUVA 4O1AA 1H7WA 3NPUA 3QMRA 4JN6A 3HGJA 3LB0A 3L5MA 1J4EA 3BLFA 4DXVA 3KX6A 4O0KA 5CSSA 1OFRA 2DJLA 3NQFA 5K9CA 4HKPA 1JCLA 1U5JA 2TPSA 5G2IA 4UTWA 5AHIA 5AN7A 4MZ8A 4OBTA 3O06A 3G0SA 3PY2A 4EOUA 4UFIA 2YDAA 3S6DA 3QW3A 3W1NA 1I2NA 4WUIA 3PUEA 5AYYA 4HIBA 2PRLA 2WSQA 3EX6A 3LHYA 5G1TA 3TKFA 3DHFA 3UZ5A 3NL3A 4JDYA 3F4NA 1TPUA 4FHAA 2NUXA 1OK4A 4RLIA 4NUWA 4NZFA 2HMCA 4S2CA 4KFOA 2UV8G 3IGXA 3TX9A 4HPJA 3W73A 3H55A 2CWNA 1G6CA 1QMLA 2CZEA 4M6VA 3W84A 4MUZA 1HO4A 3DFNA 1KM5A 2QDGA 3RU6A 3FEMA 2NX3A 1OYBA 3GKAA 3S1VA 5BNKA 1N8FA 1XXXA 2X1SA 3NL6A 4NJJA 3NPXA 5DY2A 1P4CA 3UQNA 2X1UA 1WXJA 4IUOA 2A6NA 3BVJA 5FEPA 3C56A 3T4CA 2OMAA 4FNQA 3RNDA 4E38A 1WOAA 4DBEA 3LHZA 4WX2A 1HFBA 1KM0A 5E0KA 5KITA 1SQ7A 2ZRYA 4O10A 3G0UA 3MW7A 4PEKA 5EYWA 3W87A 1H1ZA 3IVTA 1BKSA 4JY9A 5KZDA 4GUHA 1I45A 4FXRA 1EPXA 3HQ1A 5H91A 3CU2A 2ABAA 4GXMA 4N6EA 4I9AA 3EWZA 3UXAA 1WX0A 3TUUA 1S3HA 1QO5A 3ABSA 5LGZA 1K8YA 4GBUA 5HUOA 4Z1CA 1FWWA 2DJXA 3W7KA 2ZBTA 1TPDA 1VH7A 3LXCA 3W7PA 2C1HA 3LERA 4HT3A 3HPSA 1TB3A 3MO7A 5I3IA 1M7PA 1SZNA 4YCOA 3CM4A 3CEPA 4NJHA 2P1FA 4QITA 3SIZA 2ALDA 3HGSA 2A6LA 3P8JA 2CLHA 4CCCA 1A50A 1PHQA 1H7RA 2V82A 4OT7A 4AF0B 1OJXA 4I7VA 3DZ1A 2ZRUA 3WJYA 1I4NA 2FIQA 2OT1A 3S5NA 1AMKA 1ZNNA 1UBSA 5F4SA 1NEYA 3W1MA 2ZRVA 3UWWA 1H60A 1X6UA 4AVFA 1ZJIA 1FUYA 1HG3A 4JR5A 1O5KA 3G22A 3LCLA 3FLUA 4NNCA 4Y90A 2QJGA 3WK0A 2EF9A 4WY0F 3K30A 1GYNA 1OFAA 1OFPA 3PSWA 1B3OA 4A22A 1Z48A 4MIMA 5L6UA 3LCHA 5BRBA 1MEHA 3CLMA 3W75A 3STCA 1TV5A 3WJZA 1PVNA 4O53A 3GDMA 4WY0A 3HF3A 2Q8LA 2Z0IA 3MP4A 4Y9AA 3R12A 3G1DA 4MOZA 1AW2A 1SZGA 4XKYA 4Z0JA 4ML9A 2NLIA 4GWEA 3E96A 3TJXA 5CGQA 4JTUA 1W5OA 3W1QA 5CZSA 1QOPA 3HB9A 3B8DA 3BG3A 1OFDA 1XI3A 1ZCOA 1VS1A 4PH6A 2V2HA 3NA8A 1W3TA 4BI7A 4MJZA 1LTDA 5C55A 2I9EA 3LCWA 2Z1BA 4IPJA 4P61A 3GDRA 5KSWA 4HNTA 1N55A 5FESA 3S1WA 2WNNA 4IGHA 2ZZ6A 1BEUA 1TRIA 5AHEA 1KFBA 1FX6A 1LM1A 4LS0A 5E1QA 2G5WA 3P81A 1W5MA 1XUZA 3PBYA 4ZMGA 1THFD 2ZCGA 1JCNA 2YFOA 4CNPA 1GOXA 3HPZA 2AGKA 3I7RA 3BARA 3G3MA 3HPXA 1H7PA 2E68A 3UWYA 3INPA 3W7CA 4NNAA 3NO5A 4FNUA 3N2MA 3FYOA 1EWDA 5DY3A 3G8EA 5CPLA 2VFHA 4IJBA 2D73A 4A2RA 1NSJA 1PL9A 2J24A 3G1XA 2Y70A 1RQHA 3M47A 1ZALA 5DN1A 4UR7A 3LXAA 3SR7A 2QCMA 3E0IA 5D02A 3NL2A 1W31A 3VE9A 4LVGA 1YDVA 4G1KA 4NVTA 4NT0A 1D3HA 3SFKA 2G95A 1VR6A 1TPWA 3GLCA 3H53A 2ZZ2A 4IMFA 1SO5A 4GFSA 5I3JA 2B7QA 1G7VA 4GUFA 5DLCA 2E6AA 2VEKA 1KTCA 2Y7GA 3OVQA 2PRHA 1FQ0A 2HS6A 4Y6GA 3TW7A 5HWNA 5A8GA 3ZR4A 3W2LA 3GX9A 1N7KA 4KWVA 2VEIA 3EWYA 1W5QA 3GAYA 1KM2A 2Y7DA 4X3ZA 1YTDA 1W54A 2H3DA 2VFEA 1OFBA 5G2WA 1JCYA 2ZYFA 4O1DA 3EB2A 1VRDA 1IGSA 4NU7A 3L5AA 4IPIA 1S5VA 3CQ0A 3JR2A 3LI0A 5LNWA 3TROA 3EWUA 4GRSA 3TH6A 5D2WA 3TMLA 2VXNA 3NQCA 3TR2A 4UTTC 4NJKA 3S5OA 1I2PA 4UTHA 3P84A 3NQ2A 4OU1A 2GUUA 3W71A 3IGUA 3PUDA 4DPPA 1OFEA 5LNSA 3B0PA 3IV3A 2HSAA 3LHUA 2FPVA 2OJPA 1LYXA 4MVAA 5DCBA 1F6KA 4NX0A 4JTTA 2C3ZA 3M5ZA 1W3NA 3HMJG 3A23A 3TXVA 4HNUA 1TYGA 4LVFA 1D9EA 3W85A 5D38A 2OT0A 2V5LA 2QR6A 4WJEA 2Q8ZA 3W6YA 3MHGA 2WSYA 4DBDA 3ABQA 1EEPA 3W7OA 3TQ0A 4MLRA 2TSYA 5F2MA 1QO2A 4L4LA 1EB3A 1OX6A 1K8ZA 1GVOA 4O14A 5LKYA 4W9TA 3NOEA 3M16A 4ALDA 3IIOA 3SECA 3I7SA 2R94A 3SW6A 2ZDRA 5F2GA 1ME7A 4FX6M 3PBUA 1GVFA 3LM7A 3P62A 5I3GA 7TIMA 4O57A 1OYAA 1VCFA 5FEXA 3PB0A 1WAUA 1PCWA 4ZQCA 3DENA 4FNRA 1PS9A 4J9JA 3OVPA 4EVZA 3NPVA 3GXNA 4QNEA 3G3DA 1OK6A 1T96A 5HMSA 4I7UA 3G1SA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1Q6LA

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