1Q6OA

Structure of 3-keto-l-gulonate 6-phosphate decarboxylase with bound l-gulonaet 6-phosphate
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
LPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAKIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIELTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYHRSRDAQAAGVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVTGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELW
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Structural Evidence for a 1,2-Enediolate Intermediate in the Reaction Catalyzed by 3-Keto-l-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase, a Member of the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
total genus 88
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2003-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1q6oA00
4FX6M 5J5RA 4ORIA 1KA9F 4LY8A 1PE1A 5D33A 3V75A 1XC4A 4IWWA 3OA3A 3UWUA 1OFPA 1LDCA 3T40A 1P0KA 3EKZA 4IPJA 1TB3A 1NF7A 3G1FA 1H50A 1K8XA 1ZJIA 1VJIA 2R14A 1QFEA 1ME7A 3GB6A 1KFCA 2BX7A 3EX2A 5T26A 1KFBA 5HR7A 1ZALA 2A7PA 1OFEA 2VENA 4FNUA 1G4EA 4TMCA 1RZMA 4GJ1A 3CTLA 3G24A 1XL9A 3BPWA 4HNVA 2G5WA 1TQXA 2WO5A 1ZENA 2ABBA 4BR1A 1SO5A 2J27A 3M6YA 2G95A 2F84A 3W1QA 2V9DA 1LBLA 3FIGA 1RR2A 1QPQA 5LNUA 2R91A 4EF8A 4UTKA 2AGKA 4LRSA 1VYPX 4RR4A 4C1LA 5LZLA 1GVFA 3IEBA 4I7VA 2YFNA 2YYTA 3PB2A 3QF0A 4NQ1A 5LSMA 2G96A 3PBYA 1I2QA 5H91A 1VHCA 3KAOA 4GUJA 3D0CA 2RDWA 1AK5A 3P5YA 2J6XA 3DFQA 1EEPA 1KFJA 3UWWA 2DZUA 3M5ZA 4JD4A 3NQ2A 3O1NA 3MBFA 3GDTA 4I7UA 1TPB1 3WJZA 3UY8A 1OFOA 4DF2A 2VC6A 1HTIA 4PL2A 5FEZA 3I7RA 3W7LA 3HBLA 3NL5A 1TO3A 4DQWA 1LOSA 3CM4A 4BI6A 3DKLA 1B9BA 1K7EA 3W84A 2ZZ7A 1FXPA 3PB0A 1DKWA 4WQ6A 1OYBA 1N7KA 5F1UA 3LTSA 4BI7A 3G1HA 3I6RA 1G4PA 3IGXA 3UPWA 2X30A 5BMWA 5ABTA 1JCYA 1HFBA 4DEFA 1QAPA 3GDRA 5AYYA 1DJNA 1W5QA 3PM6A 1PHQA 4O53A 1H7PA 3DENA 3E49A 4ALDA 5HWNA 4E2BA 3S1UA 4FIQA 4AWTA 3NL3A 3C4UA 1W5PA 4FNRA 1XBVA 3QMRA 5K4XA 3O15A 3W1TA 4O1CA 2FLIA 4LV9A 1BTMA 4QITA 4O15A 1PS9A 3R89A 1ZNNA 3EKLA 1SO4A 1TQJA 4DO4A 4XTDA 5EA9A 2A6LA 2QR6A 1T8XA 1AMKA 1GOXA 4JXCA 5BRBA 3LRMA 4K7VA 1XDLA 1LOLA 1GTHA 1G67A 4JY9A 4TIMA 3HGSA 4O19A 4WJEA 4Z0SA 2PRLA 1RV8A 3LCGA 3QEZA 4UC5A 1OF8A 1EX5A 3QPZA 5CG7A 3BLIA 1Q6RA 1TPC1 3QMSA 4FXSA 5HMSA 1YDOA 2EKCA 4NVTA 5I3GA 3G0SA 3TROA 3B0UX 4NZJA 3MHFA 4MPQA 2CU0A 2Y6ZA 1JCXA 3UZ5A 3CT7A 1YDNA 1F05A 2WNQA 1DQXA 2QKFA 1EUAA 5K3VA 3PBVA 1QPRA 2TSYA 4FF7A 5BMXA 5D2XA 1KLZA 4XTIA 4OT7A 1W56A 1R46A 2W79A 1I45A 3TAOA 3KHJA 3F1QA 3I7QA 3PBWA 2BWGA 3GR7A 1A5BA 2ZTJA 1XFBA 3WK1A 4N6FA 1VCVA 5LHEA 4GUFA 5TQLA 4IXHA 1ONRA 4UXDA 3O63A 3B04A 3DFNA 2TRSA 4A2RA 5D09A 1WDWA 1BKSA 1D9EA 4M6PA 3HO8A 1VS1A 2VFGA 1O60A 2CZDA 3EWWA 2EPHA 1L9WA 1SO6A 4EVZA 1SQ7A 2KZHA 4PCFA 5LKYA 5H2ZA 1T0OA 2CLKA 1G6CA 2GJNA 3WK2A 5DXXA 3GIYA 2WSYA 5E0KA 3VE9A 2TMDA 4XBKA 3NQFA 1M6JA 5D05A 2R94A 3DU0A 5EKYA 1SZNA 1XKYA 2PRMA 4M7SA 3DHDA 5AHEA 1FWSA 1IGSA 1YTKA 1LTDA 4ZQPA 2W6RA 3ATZA 2ISVA 3LRKA 3L5MA 3KVKA 4E0CA 4CCEA 4UFIA 3PUDA 3UQNA 2Z1BA 3BV4A 1Z48A 3GAKA 3N19B 4EWND 1B57A 1N55A 3GK0A 3BVJA 3GYEA 3LV5A 1HO1A 4JN6A 1QDSA 4QM1A 3ZS4A 1YPFA 1YXDA 5D2YA 5AN7A 3TQVA 2B7QA 5K9XA 4JIPA 2VOMA 4LU0A 4WY0A 3F4NA 1IXQA 1TIMA 3SW6A 4JYEA 4AAJA 3TJLA 3KRZA 2RKXA 3A5FA 1EA0A 3PULA 3GDMA 3IIPA 4WY0B 2VELA 3NQDA 4RZ6A 1EB3A 5D02A 4R53A 4NJKA 2VFDA 1RQEA 3TJXA 2P0OA 3STFA 3UNDA 3T4CA 1WA3A 2H8XA 1TCDA 1OJXA 1AW5A 1FWTA 4WOZA 1KM1A 1XDMA 4S2CA 3C6CA 1TPWA 5D32A 2DZTA 4K7YA 1TTIA 1WYIA 4BWLC 2ZCGA 3MBDA 3LHZA 2CFFA 4UR8A 3M9YA 4UTUA 4JNMA 3M1ZA 3M5YA 1Z44A 3B4UA 4AF0B 3N73A 1VPXA 3LXAA 3T7VA 2ABAA 2E6FA 1JCJA 5FF0A 5D38A 5SWUA 1U83A 5C5YA 1LRNA 1RD5A 3E9AA 1W54A 2E5CA 2ZZ1A 3W7GA 1KBJA 4LUJA 3NGJA 4JIQA 3W88A 3A9IA 2ZRWA 3C2OA 2RDUA 1Q6LA 4AXKA 2JBMA 4IX0A 5KZMA 5DELA 1B3OA 2DU2A 3ZFHA 2QJHA 3LB0A 3TA6A 3GAYA 3P84A 2FQIA 4FX7A 4MFDA 5CZ0A 2XN2A 2FDSA 2VFHA 3QC3A 4OGZA 3N9SA 4E38A 3NOEA 2WPBA 1H61A 2QCMA 4XUGA 3NL6A 3SZ8A 2PURA 5LNSA 3EXRA 2VEKA 5F4WA 3DFTA 3I68A 3P5ZA 4DPPA 5AC8A 5HINA 3M41A 1KFLA 3UY7A 4MY9A 4JYDA 1LORA 1OK4A 3BARA 3S5ZA 1VQTA 4BK9A 1LBFA 4LS0A 5FEWA 1F7BA 4K38A 4BWLA 1KFEA 3W2LA 3PVFA 1I4NA 4UTHA 5I3JA 5AYZA 5EY5A 4IMCA 3AO0A 3HB9A 3NA8A 3PBUA 2X1RA 2J9ZA 4LOCA 1JVNA 2AQWA 3NM1A 4M7TA 3TXZA 3HG5A 2V82A 2TPSA 3N34A 3B05A 4O52A 1Q6OA 2YZRA 3E12A 3BW3A 2ZZ3A 3LX9A 3QH2A 1KM6A 3GKAA 2TYSA 2V5BA 1LLWA 3TW6A 4RK8A 3QPYA 3TE9A 1GG1A 2OJPA 3L0GA 1GVSA 3CEUA 2NXIA 3IVTA 3MWAA 1N8FA 3TR2A 4MKNA 2QJGA 4UTTC 4CLMA 4L4LA 4Y96A 5AHFA 3RNDA 3QYQA 1FXQA 4RX0A 3S5YA 1ZAIA 4PFMA 4HT3A 2C0AA 3W1MA 2NWRA 4R33A 5EYWA 1EP3A 4L4MA 4JTEA 4NXSA 2ZYFA 5TBOA 3SIZA 2C6QA 4LNYA 1KTBA 3F4WA 3HQ1A 2YXGA 3NVTA 1ME9A 2BXVA 3P74A 3EX3A 4JTHA 2GOUA 5DXYA 3TMLA 1XCFA 3USBA 2B7PA 1HG3A 1IIGA 4J9JA 4Q4KA 4N9BA 3N2XA 4Y9AA 1BEUA 5AC6A 5I3KA 5FF7A 4U28A 2O7QA 4KWVA 3PAJA 4Z1CA 3W85A 3TDFA 1QO2A 1ICSA 4LS2A 3GXNA 3T78A 3PC0A 4JTGA 1HUVA 1Q6QA 3V1PA 3UXAA 1DBTA 3FKRA 1KM2A 1A50A 3THQA 2X2GA 2OZ0A 1DJQA 4O16A 2E5DA 3LTYA 1AL8A 1WBHA 1OX6A 3IGUA 4MY1A 3B8DA 4LTSA 5FEXA 3HJZA 1IF2A 4PODA 3TQ0A 4WY0F 1GT8A 1TMHA 2VFEA 1A5AA 5EMUA 4HNTA 3IV3A 4NNBA 5BW6A 2V5LA 3JS3A 2CLFA 4O54A 1R2SA 4ZMGA 1GZGA 1SZEA 5G4WA 2H6RA 5F2MA 4OWGA 3C3NA 3M7WA 3NQGA 2ATSA 1GPWA 5D2WA 3MYOA 4LVDA 3O6CA 4LVFA 5FF3A 1FDJA 3CWOX 4FXRA 4JEQA 3O6DA 5BNKA 5E93A 5E1QA 3CB8A 3CC1A 4B5NA 1KM0A 1J4EA 3W3OA 2WSRA 1WOAA 3JRKA 4WUIA 5IBXA 4M19A 4GRSA 1JQXA 2A6NA 2ZRUA 1H62A 3W7MA 3M43A 1KBIA 3P62A 5CPMA 4O1AA 4K8HA 3FKKA 4ML9A 1AW2A 4O14A 5HUPA 1O4UA 4FIRA 1G4TA 3QZEA 3Q2DA 4TR9A 1ME8A 4YXGA 4ZQNA 4QNWA 3DGRA 2V30A 4IMDA 4LV4A 4ONVA 5AHLA 1FDYA 5L9FA 5IM51 4O28A 4UFLA 4JTIA 3TC6A 1K8YA 5DY2A 1I2RA 1F74A 3L0NA 4MFEA 2JK2A 1EUNA 4O50A 2A2IA 5A5WA 1GVRA 1S5WA 4K8EA 5DN1A 3L67A 4ORMA 5G4EA 3W7JA 3VFLA 1W0MA 3W7QA 2V2DA 3VE7A 4HPXA 3W76A 5DCEA 2GUUA 2DZVA 4QJ1A 3W9ZA 1AG1O 1RVGA 4O13A 2CWNA 2CLEA 3BK0A 3NDOA 4MZ8A 2ZRZA 4GUHA 2CLLA 2VKZG 2DZPA 4PC8A 3FYPA 3DHFA 4A29A 1OX4A 3NQMA 3TAKA 1C8VA 1LZOA 2QDGA 5CZTA 4ZQRA 1XUUA 4A3UA 3THAA 1NF0A 2V0TA 1QCWA 1XXXA 2QCHA 1WX0A 3QW4B 4GBUA 5FF4A 3W7EA 1MXSA 4AEOA 1SSGA 1F6PA 3W7PA 4CQ9A 2A1YA 4Z08A 3G1AA 3S9YA 3UWVA 3LCXA 3DI1A 2YGYA 2WNNA 2Y88A 1PCWA 1JJKA 4NUWA 3RLUA 3GVGA 3QMTA 3FLUA 1H5YA 4HPJA 4NT0A 1JUBA 2NXGA 2QAFA 2ZBTA 4LW7A 3EXTA 2FIQA 3EWXA 4YCPA 1ICPA 1K8ZA 4AWUA 1OF6A 4O8RA 1B4KA 3CLMA 1S5TA 3C56A 3T44A 1TPEA 2YYUA 1G7UA 2NUWA 2YDAA 4AHOA 5KZEA 5LHFA 1WBJA 3W87A 1H7NA 3WK0A 4AWSA 1TREA 3BG9A 3HPXA 3SI9A 5G1YA 4UFHA 1GYLA 2Y85A 2NLIA 1TJPA 3LHUA 2QUTA 2Y63A 1YXYA 2NV1A 5K4ZA 2ZZ6A 1YPIA 3PSWA 1T99A 1LBMA 2RFGA 2EGZA 1KM3A 5EBUA 4UTLA 1TPFA 2WQPA 2ZDRA 1ZHAA 3PUEA 1S3HA 4U4MA 3PG9A 3O06A 1HL2A 2ZZ5A 4KWWA 2CZEA 3ATYA 1FX6A 2NXHA 1YTDA 5CZSA 3N14A 1V5XA 1NEYA 3UWQA 3S42A 3BGGA 2BLEA 4ZZ9A 1K7FA 3FYOA 1TPH1 4G1KA 3W7CA 3RFAA 4UNLA 2NX3A 5DCBA 3QQ0A 1VGAA 3UYCA 3W7KA 4FNSA 3IVUA 1P5BA 5BOOA 1TTJA 3A24A 3OG3A 2NWSA 3TXVA 1DV7A 2G97A 1O95A 3EX4A 4IGHA 4JTSA 4RKAA 2OMAA 5FI8A 1FDZA 3W1XA 4O4WA 4NNAA 2FB2A 4FHAA 3HPSA 3L5AA 3DH7A 3HG3A 4IJBA 4LRTA 1IIHA 1W5MA 2RDTA 3JR2A 3GNDA 1SW7A 3NQ6A 1WQ5A 3O05A 4K39A 2FPTA 1KLYA 1R30A 4I7WA 4AHPA 5CPOA 2QUUA 3W70A 5I3FA 2Y61A 3C0JA 1MSSA 4YWIA 4ZL1A 3OHIA 3GLCA 1F2JA 5D2VA 1LRQA 2GQ8A 5G1TA 1GQNA 2BZNA 1FCQA 3MMTA 4Z1DA 1W3NA 4IMGA 5LNRA 4AB4A 4CNOA 3G0UA 2Z6IA 2WSQA 4MZ1A 5TIMA 3LV6A 4CQ8A 4HKPA 4ICNA 4QQ3A 4ADTA 3R13A 3PS7A 4MOZA 4RCXA 1GYNA 2NUXA 2CZFA 4MY8A 5HJLA 3RMJA 3RK8A 3G1VA 3TFCA 1A5SA 2QCEA 3FEMA 1SW0A 3SY5A 1UUOA 4R34A 4NJGA 1UJPA 3DZ1A 3CHVA 3ZWSA 5K2ZA 1EPXA 5AHMA 4Z0JA 1FY6A 4MYAA 5G2WA 3OIXA 3TIMA 3LHWA 3P82A 2VEIA 4O17A 3BLEA 3E02A 3C2FA 4JX6A 1V7YA 1NAL1 1MO0A 4POCA 4CNPA 2ISWA 3C2EA 4PTNA 2QJIA 1ZAJA 1QNVA 4FNQA 5LNWA 2ZRXA 3STGA 2YW3A 3GXPA 3BW4A 4C1KA 3W1LA 1JUEA 4UTWC 3DBPA 4BFAA 3TV8A 5DY3A 2Z2UA 4X22A 4NZFA 5AHNA 3W1RA 2HMCA 4N9DA 1VC4A 2OT0A 3MP3A 3LLFA 3GZ3A 3EB2A 1TV8A 2WJZA 3UWYA 3G3DA 2H90A 1D3GA 1X1OA 3G18A 3IIXA 2FPYA 4O0KA 4MLJA 3MP5A 1TPDA 3W7DA 4ADSA 5FF2A 1JUKA 4O4VA 3TFXA 1S5VA 2VFIA 5KITA 3VNDA 2X1UA 1YXCA 2GVLA 1QOQA 3DFPA 5AB3A 3LTPA 3DFOA 3NQ7A 3NZRA 2ZQ0A 4E2DA 2JKAA 4P61A 4X3ZA 1TTPA 3H53A 1EWEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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