1QFEA

The structure of type i 3-dehydroquinate dehydratase from salmonella typhi
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
MKTVTVKNLIIGEGMPKIIVSLMGRDINSVKAEALAYREATFDILEWRVDHFMDIASTQSVLTAARVIRDAMPDIPLLFTFRSAKEGGEQTITTQHYLTLNRAAIDSGLVDMIDLELFTGDADVKATVDYAHAHNVYVVMSNHDFHQTPSAEEMVSRLRKMQALGADIPKIAVMPQSKHDVLTLLTATLEMQQHYADRPVITMSMAKEGVISRLAGEVFGSAATFGAVKQASAPGQIAVNDLRSVLMILHNA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The two types of 3-dehydroquinase have distinct structures but catalyze the same overall reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE)
molecule tags Lyase
total genus 89
structure length 252
sequence length 252
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 1999-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1qfeA00
3ZWTA 4YMZA 5CPMA 2NXGA 3LV5A 1X7FA 3C0JA 2B7PA 5FF4A 3FYOA 5F2IA 4JXCA 1S3HA 4HNTA 3W7IA 2NX9A 4DF0A 1CX9A 2O7QA 4TMBA 5I3FA 4NNBA 3IIXA 4A21A 1OFDA 3W7OA 4HIBA 3WJSA 1OABA 2QF7A 1RZMA 2JGQA 3PSWA 5K9CA 3WK2A 3TXVA 1VC4A 3SI9A 3G3DA 3PG9A 3G1YA 2RH9A 3W1MA 3HMJG 3STGA 2Y7GA 3EWUA 4IPIA 5CPOA 2C18A 2TMDA 1VYSX 3EWBX 4HNNA 4ALDA 3LOTA 5D30A 1XCFA 1H60A 1Q6OA 3IIPA 3QZEA 3TU9A 1EWEA 4FX8A 5FEPA 3HJZA 3TH6A 2FJKA 2ZA2A 6ALDA 3SECA 5D09A 3W1QA 3C56A 3PS7A 1M6JA 3GB6A 4O11A 3W7EA 3W84A 2ZRXA 3PVFA 3EWZA 1JCYA 2E09A 3GX9A 3PBUA 1K03A 5D05A 5IM51 2ZZ2A 2NZLA 2ZRZA 3S5YA 2ZRWA 2DZUA 5K7JA 3B0VC 3S1WA 2DZXA 4TMCA 1Y0EA 4MYAA 3ZR4A 2D73A 5K4XA 4NJHA 3RU6A 4UTTA 4FO4A 2RFGA 2V8ZA 3S5ZA 2OJPA 1XC4A 3FJ6A 4HNVA 3UWYA 3NM3A 1OYBA 1D3HA 4CQ8A 1N7KA 3LXBA 1I2OA 1JUEA 1TQJA 1VQTA 2VENA 2DZWA 3N2XA 3UY8A 4NUWA 4WQ6A 2FIQA 2WNQA 3CPRA 4OGZA 4CCDA 1QNVA 3B0PA 1GVRA 3KVKA 1JCLA 2WNZA 5HWMA 4LUIA 1VHNA 3BO9A 2ZA3A 4NQ1A 3TA6A 5G5IA 4LT9A 1G6CA 1KM2A 1H7NA 1QPRA 1W3NA 3TSBA 4FNPA 3FIGA 3BK0A 1HO4A 2DZSA 3MP4A 4ZQRA 5AOUA 1RVGA 2F84A 4WOZA 1MO0A 4IGHA 2E5CA 3GKAA 4IMGA 2J6XA 4C1LA 3NQCA 1RPXA 1KM1A 2PURA 1YADA 5EL1A 1R2SA 1T0OA 2VELA 1JQXA 5FI8A 3O16A 1XBXA 3DH7A 1QO5A 3MBFA 4AWSA 1WDWA 3MI6A 4UTLA 1W5MA 1H7XA 1JJKA 4LS2A 4JS3A 2DU2A 2P10A 1HTIA 2QJGA 3HPSA 3IVUA 3T7VA 4AH7A 1H7PA 2Y85A 4JTLA 1G4PA 3MI2A 1QMLA 3LERA 2EPHA 1VR6A 4JY9A 4KWWA 3F03K 5U4NA 4N4QA 2BWGA 4XUGA 5FEWA 2QAPA 4UMBA 3LCGA 3HGOA 3TNOA 4CLMA 2CLFA 2I1OA 3WFAA 4K8EA 5HUOA 1YXYA 4ZQOA 1ZENA 2RDUA 4MLRA 1H7RA 4DO6A 3O6DA 1O60A 3DGRA 3UWZA 4NJIA 1KA9F 5F2GA 4QNWA 3NL2A 1ZALA 1JCJA 4FIQA 4UFLA 1H61A 2QUUA 3BVJA 2QCFA 3HGSA 3B04A 3NL5A 4O53A 4L4LA 3V1PA 4JNMA 4S1FA 3MUXA 4B5NA 3LTSA 1GVSA 3O07A 4ZQPA 5ABTA 5BMXA 4H4IA 3TDFA 1PV8A 2CLKA 1WA3A 1MZHA 2OMAA 1VYPX 1XM3A 3ZWSA 1QFEA 4E0CA 3S5NA 2Z6IA 4P61A 5KZDA 3PB0A 5G2HA 4DEFA 5LNVA 1F7BA 3QSRA 2A85A 1VRDA 3ABQA 5HR6A 4Q32A 3HB9A 5AYXA 3P5YA 1W54A 3QF0A 5AHMA 2NWRA 2E77A 3HG2A 1K8XA 1NFBA 4UNLA 2H3DA 2R94A 1UB3A 4WXZA 4RJEA 1QPQA 4AXKA 1GYNA 3NAVA 1QAPA 3C2VA 2C14A 3L9CA 5HWJA 3O8AA 4PA8A 3GR7A 3GXPA 3LCWA 2AAMA 4MY1A 2FLIA 1I2PA 3HBLA 2ZBTA 1QWGA 3BW2A 3P81A 3M5YA 3M5XA 2VFEA 5D32A 4GRSA 5K9XA 1Q6LA 1ZAIA 3HPZA 1OFOA 1WV2A 1KM5A 2Q8LA 4WJEA 1A5BA 3HG3A 1XXXA 3EWWA 4UTIA 2EAWA 3TFCA 5LGZA 2YR1A 3W7LA 2P0OA 2CZEA 1V5XA 3W7CA 2LLEA 4CQ9A 4DPPA 3HG4A 1SQ7A 4IXXA 2Z2UA 1ZAJA 3PSVA 3R2GA 4QJ1A 4H3DA 3PAJA 1H62A 2VFFA 1F6PA 3UZ5A 4JIQA 4LVAA 4R34A 1C29A 1AG1O 3G1DA 3A5FA 5A5WA 2HS6A 4JX5A 4AWTA 1TPFA 2Y88A 1TJPA 4IMDA 1EX5A 1VYRA 1MEHA 5D2XA 3P84A 3L21A 3S42A 2Y7FA 2A6NA 1DKWA 1LLWA 3UWWA 3W86A 3NQMA 4RXFA 3G22A 2ZZ5A 4RCXA 3F4NA 4IOTA 4M6QA 2GVJA 2V2DA 5FESA 1R46A 1I2RA 4K36A 1EUNA 3CQ0A 5AHFA 4O0KA 1GG1A 2WQPA 4WD0A 3FOKA 3RF9A 3MMTA 2H8XA 3DBPA 3HQ1A 3L5MA 3W7RA 1DL3A 5EA9A 4ADUA 1YDNA 4EVZA 2HS8A 3THQA 5FEXA 1Z41A 3C61A 4BR1A 4MJZA 4OU1A 3EX1A 3TC6A 1H50A 3W23A 3W2MA 3USBA 3GLCA 5A8GA 4TX9A 1DHPA 3WK0A 2X30A 5I3GA 2YYTA 2KZHA 2FPYA 1GYLA 3SW6A 3R13A 3S0CA 3OG3A 2QKFA 4N6EA 2FFCA 1P4CA 2E6YA 3BW3A 4ORIA 3S9YA 3EKZA 2Q3OA 2YXGA 5AYYA 4A2SA 1DOSA 4DO4A 3UWQA 4WXYA 5FEZA 3UWUA 4TIMA 2Y7EA 4L4MA 1H7OA 4O1CA 4KFPA 2BLEA 3LHWA 3UPBA 5KMYA 3GVGA 1YXCA 1SW0A 3NPWA 4ONVA 2H8ZA 3LCXA 3O63A 4BF9A 4MVAA 1LZOA 3LV6A 2CWNA 2J88A 2ZQ0A 5J5RA 3EX4A 4HNUA 4E2BA 1X8FA 1RQHA 5E1QA 2ZZ3A 4MLJA 4X2RA 1TPUA 4RLIA 1HUVA 4JX6A 1FCQA 3IGSA 3P7YA 4MOZA 1XFBA 1IXQA 2NUWA 3P8JA 3KAOA 4O12A 1PCWA 4PL1A 3OHIA 1G7UA 4YCPA 3W1AA 1EB3A 1KM6A 4N9DA 4ZMGA 5CGQA 3OBKA 5CSSA 2C19A 3OVPA 1P5BA 2JKPA 2RDWA 3NDOA 3T4CA 3THAA 1LRNA 1B4KA 2E6FA 4BI5A 3LHTA 5EYWA 1M7OA 2NV2A 3STEA 1FQ0A 1W31A 1D9EA 3CHVA 4GUIA 4LVBA 4BI6A 2VEPA 1JUKA 2NUXA 4X3ZA 2WSQA 2WNNA 5K2ZA 3GXTA 4IUOA 1XI3A 4QM1A 4IWWA 3L0KA 1FWSA 4HN4A 4MY8A 1F5ZA 5F2MA 1KLYA 1G69A 2J9XA 1OK6A 3NPVA 3D0CA 3U8GA 1LTDA 3NQ2A 4MJMA 5AHEA 1AW5A 1SSDA 3VFLA 3TQKA 4AHPA 3PUEA 3V75A 4JTJA 4CQAA 3GIYA 2DZVA 1T8XA 4OHQA 1I2QA 1K7XA 1QPNA 3DKLA 3EKLA 2P1FA 3LCFA 2ABAA 1F05A 4H6KA 1RR2A 2ZCGA 1GG0A 3DHDA 3TROA 1KM3A 2YFOA 3FLUA 1NF0A 5I3JA 3ABOA 2C6QA 4XQ6A 4J9JA 2QCHA 1PHWA 1LRTA 2W0UA 4FXSA 1TREA 3G8RA 3PBYA 1EA0A 2IQTA 3NQ8A 3I7RA 1BKSA 4LS1A 1AL8A 4O8RA 1UBSA 2TYSA 3NGJA 4W9TA 4D2JA 4JTKA 4M19A 1JR1A 4HHPA 4Y9AA 3PWAA 3N34A 1XL9A 3W7GA 1L9WA 3TSMA 4NU7A 2X16A 4MYXA 1NF7A 2GQAA 4Z1CA 4UTWA 3W76A 5HMSA 4LRTA 1VCFA 3LBCA 3LRKA 3B03A 3P74A 4S2CA 2YSWA 4I7UA 2YPIA 2DJXA 1W56A 1VPXA 3BPWA 2ZTJA 1RD5A 4RV8A 2V9DA 4WUIA 1TPEA 5T26A 1TV7A 4ML9A 3LLFA 2A2IA 5D2YA 4HPXA 3M47A 1KTBA 4KFNA 1H63A 4GUGA 3STCA 2ALDA 1OF6A 1PL9A 1T96A 5E0KA 2X2GA 4POCA 2QJIA 4RX0A 3KVLA 1FBAA 2ISVA 3LBMA 4O14A 3M7WA 1ZAHA 1O4UA 5LHFA 1DBTA 3NYZA 3DAQA 1IXNA 2QDHA 5D2TA 4P2VA 2ATMA 4IMCA 3UYCA 3KVMA 1A50A 3VI2A 5DLCA 3CU2A 1H7WA 2WKJA 1OFBA 4RK8A 3TIMA 3E96A 1W0MA 4DPQA 4NXKA 1UJPA 1JCNA 4OV4A 5KSWA 2QCGA 3N73A 3H54A 4QSHA 4MZ8A 3BGJA 1IF2A 2G95A 2Y6ZA 3IV3A 3LI1A 4BK9A 3NQVA 4UFMA 1FUYA 1O5KA 2PRHA 5D03A 5F1UA 1TCDA 2PRMA 1AMKA 1TIMA 4RXGA 1TPWA 1WOAA 1DORA 5D37A 1WOBA 3BLEA 2BZNA 3MHUA 3T55A 3IIVA 3KRSA 3O06A 4JICA 2NWSA 3HF3A 4O19A 1QPOA 2CFFA 1UUMA 3TK7A 1JULA 1ZY9A 3O05A 1OK4A 3I68A 2AGKA 4JTSA 2GVGA 3GNNA 4MPQA 4DF2A 2VFIA 3PG8A 3QH2A 3TW6A 5AHNA 4IXHA 3UNDA 2HTMA 1G4SA 2V2CA 2X1SA 3UQNA 1KTNA 3SGZA 1TPDA 3G0SA 3A22A 2CLHA 3O1NA 1DQWA 4JYEA 2OX1A 1OYAA 1H51A 4OWGA 3N3MA 4LOCA 4Z0SA 4Z1AA 3TR2A 2J27A 2E6AA 5LSMA 3BLIA 5HUPA 2NXIA 3P8IA 3G1SA 2QCMA 3NQFA 3U6WA 3EXTA 1VCGA 3KOFA 2JGYA 5CZ0A 3L0GA 4HSOA 4TO8A 4RZ5A 4ADTA 3IGUA 5HINA 2OT0A 3LX9A 5G4EA 5AC6A 4JDBA 1FCBA 3IEBA 1C9DA 4LNYA 4FNSA 1QR7A 2ZRUA 3RK8A 5I3IA 3GK0A 4O0ZA 3ATYA 3BG3A 5LNRA 4O57A 3C2OA 1PIIA 3NOEA 3O15A 5DY2A 3G0XA 3GDKA 2CU0A 2Y62A 4DQWA 4CNOA 1EP2A 2ZZ7A 3C3NA 3NQAA 4N6FA 2C15A 1DV7A 2DZTA 2V0TA 4UMCA 2ZRYA 3I7SA 4EIVA 1VZWA 3LLDA 1WQ5A 3B8DA 4JTIA 4PL2A 3W72A 2H90A 1FWRA 1OX6A 1HL2A 4ZQMA 1FDJA 5HR7A 4FIRA 1KW1A 2PCQA 5D38A 2E5BA 2A6LA 4K6AA 5LKYA 3KX6A 1R2TA 2O7SA 3GDRA 5L9FA 1O5XA 1DQXA 4UTTC 3EX3A 3QMTA 3I7QA 3IGXA 1LBLA 5DCDA 5G2WA 3IRDA 4GBUA 4LV9A 4UIOA 1XBZA 2PE4A 3DFSA 5HULA 4NZFA 5DN1A 3LXAA 4GUFA 2NX3A 1Q6QA 4BWLA 2RHGA 2Y7DA 1J5TA 3LHUA 1M5WA 1VCVA 3FA5A 4GUHA 2GJNA 4N4PA 4M6VA 3T44A 1JCMP 5IBXA 3PC0A 3H53A 3PF3A 1B57A 2QCCA 1OF8A 1TMHA 4UR7A 4FF7A 1LROA 4AWUA 2XFWA 4ZVJA 3DFPA 1SO5A 3MW7A 3K30A 3FKRA 1SPQA 3QW3A 1A5SA 1IGSA 2TRSA 3YPIA 3M43A 5CPLA 5DBUA 4MUZA 4MKNA 3LTYA 3HO8A 4EOUA 3P67A 4EF8A 1C8VA 2E5DA 4IPJA 1TB3A 3G18A 3QQ0A 1P1XA 5DCBA 3BG5A 2J9YA 1ZFJA 2E1DA 3CB8A 2GJLA 2ZDRA 2QAFA 3LTPA 2XN0A 1TPC1 1AW1A 3L5LA 4Z1BA 2ISWA 1E51A 1F2JA 2BXVA 3W87A 1ICPA 1ONRA 3LRMA 3NQGA 5E93A 1TTIA 4A2RA 2R91A 1X6UA 1GTHA 3W83A 3TMQA 4EF9A 4UFJA 4PFMA 3R89A 3GDMA 3QC3A 1B9BA 2ZFAA 3IVTA 4Q33A 1O94A 1W5QA 3NQDA 4ZQNA 5EBUA 1K02A 2OCZA 4UCGA 4O16A 1AW2A 2VFDA 4K37A 2FB2A 3G1FA 4M5PA 4DO5A 1L6WA 3FJLA 3PUOA 4FNRA 5J5DA 4O10A 1P0KA 1VH7A 1V7YA 4RKAA 3GDLA 4FXRA 4KFOA 4LS0A 4O50A 2Q3RA 4XKYB 4M7SA 4R53A 2Y89A 3W85A 1L2UA 3DKJA 1EWDA 5L6UA 2YCEA 5G2IA 4WY0F 3GYEA 3PY2A 1FY6A 3TX9A 3UY7A 1GPWA 5BOOA 1A5AA 2ISSA 3LCIA 3SR7A 3W75A 1IIHA 1Q3NA 1NSJA 1EP1A 3LDVA 3SZ8A 2QDGA 3W6YA 3R12A 3Q58A 5BW6A 1O95A 1RQEA 5EY5A 3Q2DA 3EXSA 1LLZA 1L6YA 2C3ZA 1FXPA 3CWOX 3GKFA 1N8FA 5DY3A 5I3KA 2GQ9A 4O28A 4CCEA 3KFTA 1OVDA 1GTEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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