1QHZ | Genus

Total Genus 120

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	SVVEEHGQLSISNGELVNERGEQVQLKGMSSHGLQWYGQFVNYESMKWLRDDWGINVFRAAMYTSSGGYIDDPSVKEKVKEAVEAAIDLDIYVIIDWHILSDNDPNIYKEEAKDFFDEMSELYGDYPNVIYEIANEPNGSDVTWGNQIKPYAEEVIPIIRNNDPNNIIIVGTGTWSQDVHHAADNQLADPNVMYAFHFYAGTHGQNLRDQVDYALDQGAAIFVSEWGTSAATGDGGVFLDEAQVWIDFMDERNLSWANWSLTHKDESSAALMPGANPTGGWTEAELSPSGTFVREKIRESAS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__248908656998221__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__248908656998221__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1QHZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__248908656998221__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"248908656998221","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1QHZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__248908656998221__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus agaradhaerens
publication title	Insights into ligand-induced conformational change in Cel5A from Bacillus agaradhaerens revealed by a catalytically active crystal form. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE B
total genus	120
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	1999-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1qhzA00

5A2AA 2FGZA 4AD4A 2W62A 3AOFA 4HA4A 2WHMA 1B90A 5GNYA 3BMWA 1BYBA 4GI9A 3WN6A 4L4OA 3RCNA 3WQVA 2V5DA 3WQWA 1OIFA 1OD8A 4NZCA 1PX4A 3AICA 5IHSA 4J3XA 4P7NA 2WMGA 4AW7A 4HP5A 3VDCA 3AZTA 1BHGA 3DECA 2GUYA 3MV11 4UFHA 4PMUA 3AHZA 3BSGA 1MQQA 4LQ1A 3AYRA 2D24A 1W3HA 1XRVA 5A6AA 4AZ7A 2VX7A 1BYAA 1JI2A 3UETA 3BLKA 1H4PA 3CIVA 3OGSA 4ZEPA 1H3GA 1CIUA 1NOFA 1CXHA 4JZ5A 1E72M 2RGMA 4UZUA 3VVGA 2VZUA 1UOKA 3K8MA 3WQ5A 5GQBA 1XHGA 1JYWA 2PBGA 4MB3A 2BY3A 3TA9A 1E4MM 4J3UA 4JFTA 3DYOA 1UKOA 4CD8A 3A4WA 4QCEA 4WSJA 3VUPA 2VX5A 1WKYA 1V3KA 3KE0A 3F5KA 3VMNA 3WDQA 5DMYA 3WY1A 2WKGA 3T08A 3SUSA 4U5IA 3D3AA 1GHSA 4IISA 1HJXA 5A6SA 3NIYA 1B31A 3MMUA 1SFSA 1G01A 2WAGA 4ZE5A 3PTQA 4E8CA 1E6QM 3F5LA 3WUEA 1E73M 1CWYA 2YDQA 1A3HA 3CZEA 2E8ZA 1SMAA 2WYSA 1DEDA 1HT6A 1HKMA 2WVUA 5I0DA 3WIJA 4PN2A 2D1ZA 3WF0A 1EO5A 4BF7A 1EGZA 2WVVA 2J77A 1J0KA 3GBDA 4JFUA 2BS9A 2VX4A 4AD0A 3CHFA 5HPOA 1HF6A 4M1RA 4JHOA 2EPMX 1OWQA 1C90A 1EH9A 3MU7A 5A3HA 5ABFB 2WBKA 2J7HA 4W5UA 3N9KA 2IXVA 3ALGA 2A3BA 1HKKA 1TMQA 2XVNA 2ZUWA 1NQ6A 1TFVA 3CUJA 3EDKA 1HN1A 3AXXA 3VNYA 2VT0A 1V3LA 2XWDA 4MNJA 1E6ZA 2GVYA 1GQJA 1CLXA 2CETA 1UWQA 1GOMA 5CLWA 4NF7A 4M81A 5DT5A 3PTKA 3CZJA 1MW2A 4F66A 3OLIA 1TUXA 1VENA 4PMRA 5DT7A 1JNEA 1ZS2A 4W85A 1C93A 3KL3A 2W4XA 1UQZA 3S6TA 4UQDA 1US3A 2CITA 1PBGA 2VRKA 5I77A 4EKJA 3UCQA 3DYPA 5BXRA 2VCBA 3AXIA 1OD0A 4J28A 1UHVA 1LF1A 3ZR5A 1W1VA 3W29A 3EDEA 3ARSA 1UR4A 1VJSA 5BROA 3ZQ9A 4TOQA 2BY1A 1V03A 1XYFA 1UR2A 1B9ZA 5CXPA 5C71A 3GH4A 3WD3A 4HTYA 2J7CA 5FOOA 2UY3A 4K68A 3OB8A 2F8QA 1GUVA 4AZCB 4DM2A 1MXDA 4D6EA 4E4PA 3RO8A 4TUFA 3IJ7A 3HU7A 2BXYA 5EB8A 5DFAA 4OBRA 1NWSA 4ZENA 3ARQA 2EJ1A 4AXNA 1JDDA 1TZ7A 2JIWA 4PSRA 1C7SA 2FDMA 4NRRA 3T0BA 4ZXOA 2IXUA 1HP4A 1ZL1A 4U31A 3RM9A 3WL1A 5LA1A 1K6AA 3VKKA 1ISWA 2ZUUA 4JFSA 1JXKA 3AMCA 3I3DA 1WCGA 3VX0A 4PEEA 1UD3A 2PF0A 3LPPA 1NOWA 1UD4A 2WZEA 1SMDA 3RM4A 3U5YA 2VR4A 2Y8KA 1I75A 4V28A 5EFFA 3ZJ6A 1CGVA 4NI3A 4LYQA 1E5JA 4R27A 3VGBA 4HOXA 4D6GA 4W7VA 3GBEA 2OWCA 3CMJA 2JEQA 1EQCA 1WO2A 1O6IA 4D71A 4CU8A 3OIHA 2D0GA 3FW6A 4PUEA 3WNPA 1BVNP 3BAXA 1PX8A 1PIGA 3VD7A 1HVQA 3BH4A 4PSPA 1JZ7A 5I5RA 3A4AA 3BCDA 1ECEA 1ESWA 2IUZA 4M80A 4RE2A 3L4XA 2DDXA 3BC9A 3CUHA 2WKLA 4AD5A 4D6CA 3RM8A 1QHOA 1AMYA 4D6FA 4CU6A 4CCDA 4QCFA 1C7TA 2DT3A 4PMDA 2Y2WA 4MAZA 3AZRA 3AIUA 4QAWA 3RJXA 1HXJA 2WW5A 3KZSA 3GXIA 4JKKA 1Q4NX 5ABGA 3A47A 1VFMA 2XSAA 3POHA 2X0YA 2DT0A 1BAGA 1HP5A 1UH2A 1JZ6A 3AQUA 3VTRA 4AZ5A 2NT0A 1QNRA 2C0HA 3ARVA 1FP8A 1F4AA 4ATDA 2X2YA 1DHKA 1VEOA 5A8QA 2CBUA 4MADA 3CHDA 3E1F1 2W63A 3WF1A 3OLDA 1WZKA 2ZX7A 4TX8A 3WFLA 5A69A 4YHGA 1LL7A 3AHYA 2FHBA 3WF3A 5EBAA 5A6JA 3MANA 3NYDA 1EHNA 5LYRA 2J79A 3U57A 4W8AA 2WANA 3EYPA 1R7OA 4XUYA 2DT2A 4PTVA 1UH3A 1R7AA 1C91A 1NWRA 5A8NA 3SCRA 4EK7A 3UG4A 5D9NA 4UFJA 3MMWA 1U33A 1LLOA 1UQYA 5A1AA 1W1PA 2J7GA 5D8WA 4DUXA 3CUGA 2VVNA 1WZMA 2ZE0A 3WH7A 3L4WA 3CBWA 4AYSA 1HVXA 5HNNA 1AQMA 4D6HA 5HXMA 1QW8A 2DPEA 4X9YA 1UUQA 1XSKA 1E15A 1FFRA 3WD4A 3PZ9A 1BSIA 5JIPA 4OOZA 3VNZA 1UR1A 3WKZA 3RJYA 4B15A 2PWHA 1B30A 4GI6A 2XJ7A 1X6NA 3WDIA 3SCUA 3ZIZA 4JCMA 3ZJ7A 4AZ6A 4DWSA 1UWTA 3RIKA 2VJXA 3RMEA 1E6NA 2E9BA 3EBVA 1VFUA 4FF5A 2PWGA 2DH2A 2VI0A 2V3DA 4D1JA 2A3HA 3ARWA 3VILA 4F9JA 4MAVA 2XWEA 1E55A 2BHYA 4XB3A 2J7FA 3VIPA 3WNKA 3ZT7A 3IJ8A 2PWDA 4FLOA 1CYGA 5IFTA 4YN5A 4BCEA 3EDDA 1XCXA 3AIBA 1TE1A 4DUVA 2BY2A 4LPCA 1FA2A 1OGGA 2DSUA 4H7VA 2XFFA 2XUCA 3WSUA 2YL9A 1QOXA 1GONA 1JIBA 3B9DA 3MSDA 1EO7A 1TA3B 2X8RA 4BQ2A 3GNOA 4XX6A 2VR5A 4CCCA 2BXZA 2XGIA 4IPNB 2PI6A 2CEQA 3AIWA 4GO8A 4P8VA 4PYSA 2VURA 1V0KA 1ZJBA 1M53A 3AHTA 3AFBA 4PCTA 2EEXA 3CZ8A 4W87A 1CXFA 5CPTA 3SUUA 1CZ1A 4CD4A 4DM1A 2WMKA 3TTYA 3T09A 3WMBA 2ZUVA 4C7GA 1B3VA 5CGTA 4N42A 2J8FA 4YHEA 3UG5A 1EDQA 4GIAA 4PRWA 3O9NA 5BXPA 3AIQA 3VGDA 1FH8A 2DSVA 3EMCA 1NARA 1R87A 1G5AA 6A3HA 2GJXA 1WDSA 4KMQA 1PAMA 2WB5A 3VX1A 4U2YA 2YL8A 7A3HA 1Q6FA 4OIFA 4Q22A 1BPLB 5AC4A 1QI0A 2JF6A 2QPSA 3ARRA 2G3MA 1VIWA 1BYDA 1H11A 4S3KA 1JZ5A 3K4AA 1ZU8A 4MJ2A 2GDVA 2J62A 2FGLA 2O9TA 3AYSA 3MV01 1GCYA 3MSGA 2VL4A 3AIRA 4W8BA 4HOZA 4AIEA 1W9UA 2VZVA 1HKIA 1GVIA 3ZT6A 4F9DA 1MVYA 2EPNA 1ITXA 1ISXA 1FH9A 4EAMA 2CCRA 5C8BB 3NJ3A 1XD1A 2ZUMA 3UG3A 4PUDA 4PMZA 5CZKA 2WLYA 1J0YA 2C8NA 4TVCA 1E3XA 3L4UA 3WNLA 4E8DA 4AEEA 2VZTA 3O2LA 3WDHA 5I6SA 4ACZA 1UYQA 4PCSA 1JYXA 1GPFA 3GXDA 1EXPA 2E9LA 3WL0A 3WNOA 2J74A 1DWAM 3A3HA 3WBEA 3N12A 4MTVA 2WC7A 5A2CA 1VBRA 1QW9A 3II1A 2J7EA 4HMDA 4GZJA 3CHCA 1IT0A 2WC4A 5A6KA 2YL5A 1CPUA 3SEPA 2WVTA 2V3EA 3AS1A 3BCFA 4UZSA 2VQUA 4GQRA 5A6LA 2YL6A 1FHLA 3HN3A 3WENA 2NT1A 2WPGA 3MMDA 4HZ8A 4WJXA 3K4DA 3OGVA 4B9YA 1B2YA 3NDYA 2UY5A 5GNXA 3SCOA 4HU8A 2WCAA 5ABHA 1ISYA 3ZM8A 3HJEA 1UKPA 4AD2A 3A6OA 5FL1A 1WB0A 3RPMA 2NW0A 3A4XA 4LGXA 1BFNA 4KGJA 1GOKA 5A8PA 4P7RA 4UQEA 4P7QA 5HPCA 2CYGA 2OYMA 2D20A 2PWFA 2D0FA 2XHYA 1R8LA 2ZWZA 2CESA 1GORA 1IV8A 1JZ4A 1E0XA 1BYCA 4X0NA 3DHPA 1NH6A 3AMGA 4M82A 1UZ1A 4HU0A 2YA1A 2ZUTA 2YA0A 3K8LA 2JFEX 2PC8A 1B3WA 1M04A 1WDPA 2E0PA 5E6ZA 4WSKA 3VOCA 2GFTA 2AOSA 1KR1A 1LL4A 4D6IA 3L4YA 4UTFA 2VO5A 4PMNA 5A6BA 3VIJA 4ACYA 2Y5EA 5E9AA 2O9RA 1JZ8A 1B0IA 4HMCA 2E9MA 2EPKX 3MUAA 5FD0A 3ARXA 2O9PA 3MO4A 1HJUA 2WLZA 2DGAA 1GVYA 1CDGA 1CGTA 3U7BA 4JAWA 1G0CA 3PN8A 1SR0A 4W8LA 5M5DA 2WHJA 1ODUA 3WD2A 3I3BA 3AIVA 3AI0A 1JD7A 1KCLA 3TP4A 1CTNA 4MNMA 3N1AA 1EHAA 1V0NA 3OA5A 1GJUA 1UWRA 4OJYA 4UFLA 1VJZA 1LJYA 5HDRA 4UQCA 1J10A 3W6LA 3W82A 5ABFA 4PMVA 3EDFA 4A3HA 2PBOA 1DWGM 5CG0A 2C7FA 5FL0A 4CD7A 1EIBA 1E6PA 3QHNA 1PZ2A 3MUY1 5LA0A 3ZSTA 3VINA 1XH0A 1BGAA 1OIMA 5A6MA 1KR0A 2GDUA 1LG1A 3GXFA 2G4FA 5JBFA 2X05A 4CU7A 4RE3A 1KGWA 4ZXLA 3WD0A 2QLYA 3W25A 4FLRA 1UD2A 2VCAA 2A3AA 3EMZA 3IJ9A 2YKKA 4UOJA 2EQDA 1F4HA 1EDTA 1KBKA 4J27A 4H2CA 1ISZA 1U2YA 4UFMA 1XC6A 1OGSA 1QPKA 3EDJA 3WF4A 1VB9A 3ZR6A 5M3WA 3VDHA 5KEZA 4W84A 1JL8A 4RL3A 1FP9A 4LX4A 1NOUA 2UWFA 4AIUA 1BLIA 1HL9A 3AHVA 5GPRA 1W1TA 2OYLA 4MB4A 3ZT5A 3DYMA 1S46A 3SCSA 4NSBA 4B16A 1QNSA 3IK2A 4AC1X 1M7XA 1EA9C 1DP0A 3M6DA 3OZOA 1JNDA 2YA2A 3ZJKA 1XV8A 5BCAA 1C3FA 2ZX9A 4JL2A 4CCEA 1MQRA 4W7UA 4P8UA 3L2LA 4S3JA 3T2OA 1OGBA 5F7UA 1ZBCA 1BF2A 3W24A 4AZCA 1E9LA 1Q6EA 2WK2A 1NM9A 2DH3A 3UR7A 2WM0A 1LWJA 2ZICA 3AS3A 1US2A 1GNXA 4R5EA 3GH5A 5EMYA 4CVUA 3CGTA 2D3LA 3N13A 2BVDA 1JD9A 3CO4A 2A3EA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5DEZ A;  1BGG A;  4CVW A;  4TX6 A;  1QVB A;  1R86 A;  1JF5 A;  2DIJ A;  3FAW A;  4HZ6 A;  1V3I A;  4X0V A;  2VTF A;  3PZN A;  1VF8 A;  1B3Z A;  1V6W A;  2G3I A;  5JUV A;  2CBI A;  4PTM A;  3ARO A;  3FY1 A;  4WK9 A;  5A95 A;  3CPU A;  2F2H A;  1LQ0 A;  3AZS A;  1K9F A;  3PZG A;  4PMY A;  4JKL A;  4KRT A;  3ZOA A;  2D22 A;  4H04 A;  1L0P A;  4DUW A;  1UWU A;  4UQA A;  3TOP A;  4CD5 A;  1LWH A;  1W32 A;  1H49 A;  2QPU A;  2W61 A;  3WH5 A;  2OWW A;  4EAN A;  5JBE A;  3KL5 A;  8A3H A;  4PMO A;  3BGA A;  3W6M A;  1HNY A;  4PMQ A;  2W5F A;  5CSU A;  4H8U A;  4CN1 A;  4ZFM A;  3VM5 A;  3S2C A;  4ATW A;  3F4V A;  1UKT A;  2GJR A;  3BAK A;  1VFO A;  5BXS A;  3THD A;  1CXE A;  2QMJ A;  1MW1 A;  1GOW A;  3T0A A;  3RIL A;  1I1W A;  5BYW A;  5I3D A;  2HIS A;  3DHU A;  7TAA A;  1W2V A;  1E6S M;  1PIF A;  3AMK A;  3WH8 A;  2YDR A;  1BQC A;  3FXY A;  1DTU A;  3U7V A;  5IXE A;  1V02 E;  3AJ7 A;  1E3Z A;  1HJW A;  1H09 A;  5I2U A;  3N15 A;  4Z2H A;  2D2O A;  2GJX B;  2XPK A;  3PTM A;  4H8H A;  2VC9 A;  4AZH A;  3VM7 A;  1BG4 A;  1JFH A;  5FIP A;  1D3C A;  3CUF A;  2WHK A;  2JIE A;  3CLW A;  3MUI A;  4W88 A;  1MFU A;  4AZI A;  4BQ4 A;  3GNP A;  2Z1S A;  3BMV A;  3WFZ A;  5ABE A;  4UFK A;  6CGT A;  4HPG A;  4E2O A;  3ARY A;  3WBA A;  2GJP A;  1W3J A;  2BHU A;  1UKS A;  5CGM A;  1B1Y A;  2CER A;  1CEC A;  3HMC A;  1UWS A;  4JIE A;  3GZA A;  2X1I A;  3GNR A;  3BAJ A;  2QMK A;  1JAK A;  1XSI A;  1V6V A;  4QLJ A;  1V0L A;  3N11 A;  3CH9 A;  3T2Q A;  4BA0 A;  1KQY A;  1EOK A;  4B3K A;  1K9D A;  1TR1 A;  1XCW A;  4GQQ A;  4B9Z A;  1V08 A;  4J7R A;  4TVD A;  1LG2 A;  2DT1 A;  1XYZ A;  4Z2G A;  1J0H A;  3SCW A;  1OT1 A;  3WUB A;  3BSH A;  4ACZ B;  4WIW A;  1UD5 A;  3K8K A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QHZA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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