1QI0 | Genus

Total Genus 120

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	SVVEEHGQLSISNGELVNERGEQVQLKGMSSHGLQWYGQFVNYESMKWLRDDWGINVFRAAMYTSSGGYIDDPSVKEKVKEAVEAAIDLDIYVIIDWHILSDNDPNIYKEEAKDFFDEMSELYGDYPNVIYEIANEPNGSDVTWGNQIKPYAEEVIPIIRNNDPNNIIIVGTGTWSQDVHHAADNQLADPNVMYAFHFYAGTHGQNLRDQVDYALDQGAAIFVSEWGTSAATGDGGVFLDEAQVWIDFMDERNLSWANWSLTHKDESSAALMPGANPTGGWTEAELSPSGTFVREKIRESAS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__192251498968779__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__192251498968779__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1QI0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__192251498968779__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"192251498968779","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1QI0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__192251498968779__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbdf7c1ca6e19fe5b45a3c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbdf7c1ca6e19fe5b45a3c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbdf7c1ca6e19fe5b45a3c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbdf7c1ca6e19fe5b45a3c/pdb.gz): 109 ms

reading 302 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

302 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:301});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus agaradhaerens
publication title	Insights into ligand-induced conformational change in Cel5A from Bacillus agaradhaerens revealed by a catalytically active crystal form. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE B
total genus	120
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	1999-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1qi0A00

1EHNA 2WC3A 4AYSA 5F7UA 1FA2A 2WC7A 2OYLA 2CERA 4H8HA 2DH2A 3UG3A 1OGBA 2JF7A 2DT1A 1MWOA 1B0IA 3SUTA 4PTXA 1VRXA 3AXIA 4PSRA 5BROA 4ZENA 1ISVA 4EKJA 3OG2A 3ARQA 1GPFA 1J12A 1XYZA 3WQ6A 4IM4A 3RM4A 3OIHA 3NUKA 1UD3A 4CCEA 2PI6A 4D72A 1ZJBA 5DT7A 4XB3A 3L4YA 1PBGA 3CIVA 2DT0A 3GXMA 3CGTA 3VDBA 3BAJA 4AZGA 4TX8A 4GZJA 2FHCA 4AD2A 1ZBCA 4U5IA 2EPLX 1VENA 5M5DA 1G9HA 3FAWA 2CEQA 3MUY1 4YPJA 1OB0A 4AZ5A 1AMYA 4X9YA 2A3BA 3OB8A 1XC6A 1JYNA 5I0DA 1GVYA 4CN4A 4LXFA 1XSKA 3BAXA 4UQCA 1PZ3A 1QW9A 3WFZA 3WF4A 1W3JA 3WFLA 1V0LA 1W1PA 2E9LA 3OA5A 3W81A 4CN1A 5ECUA 5IHRA 5I77A 2WHKA 4GI9A 5DF0A 3TTYA 5E6YA 3NSMA 1DHKA 2YBTA 2YLLA 3ZSTA 1JZ8A 2VJXA 2JE8A 3A4WA 3AIRA 3BH4A 3FHQA 4B9ZA 1D3CA 1BGGA 4FLOA 1UD2A 4WKHA 1E6ZA 1JD9A 3GH7A 1KGXA 4BQ5A 2XJ7A 1X6NA 1I75A 1E4MM 3BAKA 1BFNA 2X2YA 4M1RA 1HKJA 1GUVA 3MMUA 1G0CA 1OINA 3MSDA 2VX6A 4U31A 3ZIZA 2WHMA 2ZUSA 2VX4A 1KQYA 2VZUA 4UR9A 2ZXAA 1JZ2A 1BYAA 4MB5A 3DHPA 4ATLA 1YQ2A 4AC1X 1V6YA 3LPGA 2VRQA 3GTNA 1OCQA 4AD1A 3FHAA 1BVNP 1RP8A 4Z2LA 1KR0A 3AS3A 1V02A 1W9VA 3ARYA 1UKQA 4AZCB 1K9EA 2E9MA 2WWCA 4QLJA 1JF6A 4DUWA 3GXDA 4ZEPA 6TAAA 1E43A 4RE2A 2TAAA 2J7BA 1HKIA 4RE4A 1W2PA 2C7FA 3CZGA 3QHNA 4UQDA 2ZX7A 2WKGA 3EMZA 4NI3A 1PPIA 5A6KA 3MU7A 5HXMA 5CLWA 3WSUA 2CKRA 1UWQA 1EHAA 1KQZA 1E6SM 2XM2A 3U7VA 4UFKA 2NT0A 4Y7EA 1X6LA 1J01A 1W1VA 1ZL1A 2WSKA 1OD0A 4U3CA 1YHTA 4LYQA 2VZSA 2G8ZA 3ZM8A 5DFAA 1R7AA 3I3BA 4JIEA 4OBSA 3W4RA 2ZUWA 4X0NA 3N13A 1UKSA 1J10A 1CBGA 1TA3A 5GNZA 4AIUA 3ARPA 1OBAA 3EDKA 1HVXA 2WCAA 4C7FA 1JDDA 5D8ZA 2WANA 3G6LA 4TVDA 2WVVA 4S3KA 3SCWA 3AROA 3WF1A 2XWEA 5GNYA 4U2YA 3VINA 2J25A 1QNRA 2J7HA 2HISA 3W37A 4Z2HA 4TUFA 3SCTA 4P8UA 4HOXA 3M46A 3HJEA 1W9UA 1W91A 1KBKA 2BY2A 3RM8A 3T2QA 2FH6A 5E0FA 2VQUA 1HJXA 1QI2A 1QW8A 4A3HA 1NWRA 1BGAA 1QNPA 4KWUA 2IXVA 3VD9A 1Z32X 1VFMA 1Q6EA 3FN9A 1GQKA 3UESA 2QMJA 3AJ7A 4HPHA 1C7TA 4UQEA 4PCTA 3WELA 5C71A 1NWTA 4OOUA 2CHOA 4CD8A 3I3EA 3U7BA 3WENA 3MV01 2WLZA 1DWGM 2BNJA 1J0IA 3AFBA 4BQ4A 2OSXA 2WBGA 1MQQA 2ESCA 3VGBA 4E8DA 1R7OA 3NDZA 3VMNA 1JG9A 4D6DA 5BRPA 3PZOA 3VUPA 1JZ6A 2CETA 3L4WA 4TXEA 3WQWA 4ATDA 3PBGA 4BS0A 1JYVA 3VD4A 4W7VA 4PRWA 4D1IA 3FXYA 5LYRA 3CO4A 2VNCA 1XSIA 2D23A 4UFLA 3VGFA 1OT2A 3A47A 1WDRA 1XCXA 1QI4A 3SEPA 5A6BA 1SMAA 4Z2GA 3OLIA 2VZOA 3KL3A 2V5DA 3ZMRA 1H4PA 1WNOA 2XVKA 2J77A 1BYCA 1HXJA 1Q4NX 1MW3A 3TA9A 1EIBA 1JXKA 2BHZA 3W25A 1W32A 1H41A 4PUEA 3DHUA 2OWWA 4N42A 3VPLA 2EXOA 2D3NA 2VUYA 1V08A 5I78A 4PYSA 2A3CA 2J8FA 3O6AA 2CCRA 4HMDA 1LLOA 3WUEA 1CWYA 3CZKA 4L4OA 1IZKA 4P7LA 3WMBA 4QCEA 2J7GA 4BCEA 5IDIA 3THDA 3N12A 2GJXB 1E56A 3ZT7A 4DWSB 3PZQA 3UCQA 1UWTA 1O6IA 4CD7A 3A4XA 1EQPA 4XUYA 1LWJA 1GJUA 4IISA 2XHYA 3MUIA 3FY1A 3A3HA 1C93A 1V6VA 4C7DA 3CHCA 2UY5A 2EEXA 5BYWA 1OM0A 3WMCA 4DM2A 3CZLA 3CUGA 2CPUA 3BXWA 3VU2A 2PWDA 3GZAA 1UD4A 2WWDA 2DQXA 3BCDA 1H11A 1SR0A 3GBEA 4WJXA 3ZT5A 2D2OA 1OIFA 2CHNA 4CD4A 2ZUUA 3N1AA 5CJ5A 4PMVA 4ZFMA 1TE1A 4HZ7A 3WD4A 1E1FA 4MB4A 3L4UA 1EOKA 4TTGA 3AIQA 1KBBA 2VURA 3BAWA 1OGGA 3PTMA 5EB8A 1W9PA 2YL5A 4PMYA 3N18A 2C8NA 4YHEA 2GDVA 2EPNA 2ZXDA 3OLGA 4WKFA 3LPOA 4HMCA 3UR7A 4QFUA 1MXDA 2ZUNA 2IXUA 4PMZA 4ACZB 1GCYA 5KEZA 4E8CA 4TVUA 2XG9A 4PMNA 2YDQA 1MFVA 2J7FA 4GPNA 1OWQA 5E09A 3MUZ1 4HU0A 2YL9A 1LG2A 4J3TA 3AYSA 3ZSSA 3T08A 2EO7A 1MVYA 1R87A 3W6MA 4BZYA 4W85A 3PHAA 3SCVA 3SCQA 3IJ9A 1Q6FA 1VFFA 1HT6A 3K1DA 2MANA 3IJ8A 4RE3A 5ABHA 2WNWA 2BY0A 1OT1A 1PIFA 2YDRA 1VFUA 1E6RA 3M6DA 4PN2A 4ZXOA 2CBIA 4PEEA 2VCCA 2D22A 1F4HA 5CPSA 1QBBA 1XH0A 2GSJA 2J75A 1VAHA 4JL2A 1UWIA 2XVNA 2ZX8A 3W38A 3WH6A 1OGSA 5EFFA 4D6GA 2QPUA 3QR3A 5A94A 5BXSA 3CUJA 2XSAA 5FKYA 3W28A 3RJYA 1LL4A 2WYSA 4JL1A 2WZIA 2W67A 1BYBA 5JIWA 4CKQA 5CGMA 4XX6A 1UG6A 1XSJA 1LG1A 1L8NA 3CLWA 3NCOA 5GQBA 1HP4A 1NM9A 1GOQA 5ABEA 4J28A 2W63A 4CU6A 1K9DA 3VOCA 2JF6A 4HA3A 3VVGA 4Q7NA 4OJYA 1V3HA 1UKPA 3DYOA 2E4TA 1PZ2A 4CN6A 1B9ZA 3AXHA 2OWXA 3D5HA 2YJQA 1UA7A 1HN1A 3T2OA 2E3ZA 1CLVA 1GHRA 1AVAA 4PMXA 4D71A 1CDGA 2XIIA 1EDQA 2E8YA 1DEDA 2GJRA 4JCLA 1J0YA 2F61A 3K4DA 1HP5A 5DMYA 4AZIA 1QHPA 3K8KA 3WUFA 5I3DA 3W29A 4AWEA 5D8WA 3WF3A 1E1EA 3ARVA 3W82A 4NZCA 2F2HA 1JGIA 3ARTA 3AXXA 3AIBA 3GM8A 1HKKA 3AS2A 1BVZA 3GH4A 3ARRA 2V38A 4FMVA 1FH7A 1DTUA 4R5EA 4CU7A 2J4GA 2OSWA 4IPNB 1E6NA 3WUGA 4CD5A 5LA0A 2W61A 2YA0A 1LF1A 5AY7A 4JHOA 2WMIA 1I1XA 5EFDA 1CXLA 2G41A 3CTTA 4F9JA 1QI0A 1CXFA 2X8RA 2DSWA 3CPUA 2ZE0A 1M7XA 4UOZA 1BTCA 4GO9A 1PEZA 4GQRA 4D6EA 3GNRA 1VEPA 4EANA 4M29A 2V3GA 2DT2A 1G01A 5IHSA 3K4AA 4Z2IA 2PWGA 3BCFA 3O2LA 1N82A 1MXGA 5E6ZA 1E40A 4AEFA 1WZMA 3B9AA 2EPMX 1JZ7A 4P8WA 3LPPA 2YA2A 1M01A 3WEMA 1XH2A 1JYWA 2ZX6A 1E55A 1CXEA 2GJPA 1BPLB 1EXPA 3BAYA 4MNLA 4P7OA 4F66A 1QHZA 1QPKA 5I2UA 4V27A 1UZ1A 3UG5A 5JUVA 2GK1A 3WQ8A 4QCFA 1VB9A 5DEZA 1SFSA 4MNJA 4WSKA 1XD1A 2VX7A 5ABFB 3HN3A 2E9BA 2WVSA 4AISA 2CESA 3WNMA 1WDPA 5D9OA 1J0HA 2WSPA 3GDBA 1E6XM 1B2YA 1DP0A 1C3FA 3ZT6A 5CG0A 1GOMA 5I23A 2Y4SA 3VKKA 5BXTA 1ZJAA 2XUCA 1HJVA 3WN6A 3SUUA 4D6CA 5M3WA 4F8XA 1TG7A 1UR4A 3RDKA 2WMHA 4D6JA 4U3AA 3AIEA 3GXFA 1ODZA 2DSVA 4PMOA 3VIHA 4U5KA 2XPKA 1VBRA 2FDMA 3WQVA 3EDDA 1HX0A 3U5UA 3VIOA 2GUYA 4KMQA 1LWHA 5GPRA 3VMPA 3AMCA 3WD3A 3WL1A 2EBNA 6A3HA 5FL0A 1GJWA 1CLXA 2JFEX 2FGLA 2VVNA 3FW6A 1G5AA 2ZIDA 1CGYA 2G3MA 1ISYA 3SCSA 1FOBA 3TONA 1KCKA 3G6MA 2WMFA 3EYPA 4F9DA 2VZTA 1C91A 2VR5A 1K6AA 3CMJA 3MANA 3ZJ6A 4H2CA 4PTMA 5FOOA 1V3LA 4GIAA 2A3HA 4UZSA 5FD0A 4NF7A 3TTQA 4MJ2A 2AAAA 1LQ0A 2ZXBA 2WZEA 3PTQA 2EPOA 4AW7A 5I6SA 1GHSA 1W1TA 3NYDA 2CNCA 3VIIA 1NH6A 4UCFA 3W24A 1GW1A 1KXQA 2D0GA 1HJSA 1CYGA 1V3IA 3U5YA 4HOZA 8CGTA 1KCLA 1TR1A 3W26A 4HOWA 3W53A 1H49A 1J0KA 4M8UA 3IAPA 1L0PA 4A4AA 1NARA 1UKTA 1UZ4A 3ARZA 2PBGA 1GZJA 3AZTA 3S6TA 4BF7A 3K8LA 4TVCA 3QHOA 4KGLA 3WBEA 2QHAA 1JF5A 4GXPA 1JNEA 2DPEA 3PZMA 1UUQA 1KR1A 2J7CA 3EDEA 4W8LA 1DWHM 1CIUA 4UZUA 3WF2A 1H5VA 1CGWA 1MQPA 1WPCA 2QLYA 3BSHA 4U2ZA 1UH4A 1OSEA 2Z1SA 1XGZA 3D3AA 2JALA 1H2JA 3A4AA 3T0BA 4UQBA 2CBUA 1W3HA 1CENA 2QV4A 4MNKA 1QI3A 2BY1A 4KRUA 4EE9A 3RMEA 5FL1A 4RL3A 2GFTA 2VMFA 1F4AA 3UETA 2J7EA 3WEOA 1CPUA 1HJWA 5AYIA 1ZBVA 1PJ9A 4W5ZA 1GOKA 4HU8A 4GQQA 2PWFA 3N9KA 2Z1KA 2JEQA 1PIGA 1E70M 1KWGA 5GNXA 9CGTA 2W62A 2J74A 1XH1A 2WCSA 3B8SA 2OYMA 2DT3A 1GOOA 3ARUA 3AS1A 1E5NA 2AOSA 4L4PA 3AMKA 3FAXA 1JDAA 1RH9A 5A2AA 4AZ6A 1BF2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3IIX A;  4JIH A;  2GQ3 A;  2R14 A;  1TWI A;  1B4K A;  3P8I A;  3C0S A;  1NF7 A;  1P0E A;  1BG4 A;  1R85 A;  2GWG A;  4DYE A;  4GUI A;  3UVA A;  3W6L A;  1EX5 A;  3R94 A;  4M24 A;  3O1N A;  4NYY A;  3ZJ7 A;  4XIM A;  3VE7 A;  4QQU A;  1FY6 A;  1GQL A;  5K9C A;  3P5Y A;  3MSR A;  1THF D;  2EF9 A;  2O9P A;  2D0H A;  3CMF A;  3AXK A;  5I3F A;  2ZZ6 A;  2BV9 A;  4HN4 A;  1UR8 A;  4R27 A;  1JCJ A;  1GYM A;  1J93 A;  3S47 A;  4P8V A;  3QM3 A;  1E6Q M;  3WCZ A;  1T40 A;  4PCS A;  1B31 A;  3H2O A;  3SIM A;  4NNB A;  1DV7 A;  1UAS A;  4OKD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1EHN A;  2WC3 A;  4AYS A;  5F7U A;  1FA2 A;  2WC7 A;  2OYL A;  2CER A;  4H8H A;  2DH2 A;  3UG3 A;  1OGB A;  2JF7 A;  2DT1 A;  1MWO A;  1B0I A;  3SUT A;  4PTX A;  1VRX A;  3AXI A;  4PSR A;  5BRO A;  4ZEN A;  1ISV A;  4EKJ A;  3OG2 A;  3ARQ A;  1GPF A;  1J12 A;  1XYZ A;  3WQ6 A;  4IM4 A;  3RM4 A;  3OIH A;  3NUK A;  1UD3 A;  4CCE A;  2PI6 A;  4D72 A;  1ZJB A;  5DT7 A;  4XB3 A;  3L4Y A;  1PBG A;  3CIV A;  2DT0 A;  3GXM A;  3CGT A;  3VDB A;  3BAJ A;  4AZG A;  4TX8 A;  4GZJ A;  2FHC A;  4AD2 A;  1ZBC A;  4U5I A;  2EPL X;  1VEN A;  5M5D A;  1G9H A;  3FAW A;  2CEQ A;  3MUY 1;  4YPJ A;  1OB0 A;  4AZ5 A;  1AMY A;  4X9Y A;  2A3B A;  3OB8 A;  1XC6 A;  1JYN A;  5I0D A;  1GVY A;  4CN4 A;  4LXF A;  1XSK A;  3BAX A;  4UQC A;  1PZ3 A;  1QW9 A;  3WFZ A;  3WF4 A;  1W3J A;  3WFL A;  1V0L A;  1W1P A;  2E9L A;  3OA5 A;  3W81 A;  4CN1 A;  5ECU A;  5IHR A;  5I77 A;  2WHK A;  4GI9 A;  5DF0 A;  3TTY A;  5E6Y A;  3NSM A;  1DHK A;  2YBT A;  2YLL A;  3ZST A;  1JZ8 A;  2VJX A;  2JE8 A;  3A4W A;  3AIR A;  3BH4 A;  3FHQ A; 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Chain Sequence

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Chord Diagram

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