1QI2 | Genus

Total Genus 122

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	SVVEEHGQLSISNGELVNERGEQVQLKGMSSHGLQWYGQFVNYESMKWLRDDWGINVFRAAMYTSSGGYIDDPSVKEKVKEAVEAAIDLDIYVIIDWHILSDNDPNIYKEEAKDFFDEMSELYGDYPNVIYEIANEPNGSDVTWGNQIKPYAEEVIPIIRNNDPNNIIIVGTGTWSQDVHHAADNQLADPNVMYAFHFYAGTHGQNLRDQVDYALDQGAAIFVSEWGTSAATGDGGVFLDEAQVWIDFMDERNLSWANWSLTHKDESSAALMPGANPTGGWTEAELSPSGTFVREKIRESAS

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__78458674771339__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__78458674771339__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1QI2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__78458674771339__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"78458674771339","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1QI2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__78458674771339__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus agaradhaerens
publication title	Insights into ligand-induced conformational change in Cel5A from Bacillus agaradhaerens revealed by a catalytically active crystal form. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE B
total genus	122
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	1999-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1qi2A00

3WDHA 1VBRA 2VNCA 1JYVA 2CHNA 2OWXA 3MUIA 4CD7A 3ZT5A 5BCAA 5FKYA 4PMZA 3K8KA 4DWSC 3L2LA 1CEOA 4MDOA 3ZSSA 5FOOA 3AXXA 5I5RA 4FLRA 1HP5A 4GIAA 4HTYA 1TCMA 1D2KA 2J74A 4QLLA 3N17A 4AD1A 1OT2A 3AQUA 1B1YA 5AC4A 2QPSA 3CPUA 3VGFA 4FF5A 3E1F1 3SCUA 3ZR6A 5D9NA 4NF7A 3N04A 5A2BA 1BTCA 3PZMA 4U33A 1BHGA 1UQYA 3VNYA 1NWTA 4PSPA 1ISYA 4JKLA 3ARQA 3WD1A 3MANA 3W81A 2PC8A 3WL0A 5DMYA 5HOSA 4H8HA 4F9DA 2JE8A 2XYLA 1JNEA 1RPKA 2CBJA 4EKJA 1VEPA 2GVYA 1LWJA 3SUSA 1KQZA 5AY7A 1WDQA 3OLGA 1C7TA 1WDSA 3ZM8A 3BGAA 1TG7A 1JZ5A 2WHMA 3N12A 1GZJA 2FGZA 3N18A 1UA3A 2BVTA 1M01A 2JF6A 2E0PA 4EAMA 2EBNA 4HMCA 1SMDA 2DDXA 1EGZA 1WZAA 2VX5A 3MO4A 4X0VA 2BS9A 4AD4A 2HVMA 5A8OA 5E0CA 4J3WA 2ZE0A 3PZGA 4F66A 1I75A 4TX8A 5D9OA 3TA9A 1XGZA 4WF7A 1U2YA 3ZSTA 3A47A 4JAWA 4GI8A 3U5YA 1CTNA 1GORA 3UR8A 4QDMA 4D6IA 5ECUA 3AHZA 1JXKA 1R86A 4AIEA 2G3JA 3WNNA 2A3EA 2B31A 4WK9A 5M3WA 2VR4A 3D5HA 4CD4A 2ZUWA 1QI4A 1JD7A 2VQUA 3EDEA 2X09A 3WNOA 3DYMA 1R87A 1OGGA 3EDKA 1J0ZA 4HP5A 5GNZA 3WUBA 3AZRA 1OCQA 4DUWA 2WBKA 4P7OA 2RGMA 3J7HA 2XG9A 1HX0A 2ZUNA 4XUYA 2ZX5A 4MB1A 1H11A 4HA3A 2J7HA 3WQ5A 2IUZA 4A3YA 3W38A 1GHRA 3CUFA 2JALA 1MW3A 4NSBA 1KCLA 4QCEA 1ZBWA 1JGIA 5DEZA 4PSRA 4AXNA 4MAVA 3WQVA 1E15A 2EPNA 3VTRA 1B31A 2BXYA 2CNCA 2GJXB 2WVVA 2G4FA 3GH5A 5FL1A 5I0DA 1JZ7A 1MW1A 2D3LA 1HVQA 1HJQA 5EMYA 3PHAA 2VZUA 4YPJA 4DUVA 5CGTA 3VDCA 4EK7A 1Q6CA 2VZTA 1V3IA 1UWQA 9CGTA 4TTGA 4Q22A 2VMFA 2NSXA 3GNPA 4UOJA 2A3BA 1EA9C 2BHZA 3NYDA 3VIIA 5C8BB 4P8XA 2OSYA 4AMCA 4QP0A 3VIOA 4ZENA 3T09A 1Q4NX 1B3ZA 3T2QA 6CGTA 3UG4A 4CN6A 1F4HA 4U5KA 2FDMA 2DSUA 1V3KA 3BAJA 4W5UA 4DM2A 1PX4A 2VRKA 4YHGA 4ATLA 2WCSA 2C0HA 3BH4A 1GPFA 4D6JA 1HVXA 1E56A 1EIBA 2E3ZA 2WANA 3UR7A 3SCVA 5I3DA 3W25A 4P8VA 3PTKA 2TAAA 3VD4A 1W32A 4P8WA 4UNIA 1UUQA 2FH6A 4V28A 3AIBA 1NWSA 4HU8A 2XM2A 4FK9A 1CXIA 4UFHA 1CGYA 8A3HA 3SIMA 1V0MA 5CSUA 4M24A 3NIYA 2GSJA 4XX6A 4LQ1A 4RL3A 3W0KA 2XVNA 3WD0A 2CXGA 1B3VA 1NP2A 2JEQA 4CU8A 4KH2A 2XPKA 4WIWA 1MXDA 1QHOA 3FAXA 2QHAA 1PPIA 3CHEA 3WQ6A 1CXHA 3WMBA 4GZJA 1XD0A 2CESA 4BCEA 4XV0A 3BAYA 3W27A 1MW0A 4DM1A 2DT1A 3VU2A 1HJSA 2WZHA 1HL9A 2PBOA 3GXFA 5A8QA 3OGVA 3VOCA 1VJZA 2CBVA 1DWFM 4PMRA 2PWGA 4JIEA 1UD6A 1WAWA 3VMNA 2YBTA 1C90A 4UZUA 1EH9A 1W1VA 1WCGA 3VO0A 3FNDA 1LL6A 4QAWA 4WJXA 4ACYA 1UR4A 1JZ3A 3IAPA 4J3UA 1KGUA 2VTFA 2ZX6A 2GDVA 1E9LA 1SR0A 1YHTA 3VILA 1EO7A 3CUIA 4U3AA 1UH4A 4EE9A 1PIGA 1OGBA 1V0NA 2E9MA 3AS3A 4J3SA 4AZGA 3UG5A 4N0RA 1HJWA 1UQZA 1GJWA 2D23A 1LWHA 1VIWA 5EFDA 4L4OA 1LG2A 2W66A 2XUCA 1CIUA 5A3HA 2WHJA 3N9KA 4H8VA 1W1TA 3A4XA 1HXJA 5CPQA 4OKDA 3VKKA 1D3CA 2YDQA 2JEPA 1Y7VA 3IJ9A 1HKMA 1VFFA 3BAWA 4NZCA 4ZE4A 3AHTA 2UY3A 2AMGA 4M56A 3TONA 2YL5A 4KGLA 3BC9A 3M7SA 4FLOA 3AHYA 1P6WA 4NI3A 3AMGA 4TTUA 5I79A 1DP0A 2Y2WA 2W62A 3ZQ9A 3RIKA 1E4IA 3VGHA 3POCA 3W6LA 1N82A 1QNPA 4PCSA 2D20A 3T0DA 3N1AA 1M04A 1JNDA 1KQYA 3B9DA 1AQMA 1J0HA 4AZCB 3A3HA 5I24A 1CZ1A 4UZSA 1DTUA 1H09A 2FHFA 3WH5A 3CUJA 4Z2JA 1JG9A 3WUEA 2YDSA 3NSXA 4W85A 2DPEA 4P7QA 2V38A 2CPUA 2E4TA 3VX1A 3GBEA 4XB3A 2ZIDA 3UG3A 5IDIA 2WWCA 4UFIA 4XZWA 4WLCA 2DT2A 2ZUTA 1O6IA 3N11A 4MB5A 3L4YA 3AYRA 1QHPA 3L4VA 4BS0A 4UQDA 5CJ5A 3UCQA 3CH9A 4MDPA 4F79A 1W9VA 1JFXA 4AW7A 4F9JA 2PWFA 4B9YA 3W53A 1DWGM 1NOUA 3AZSA 3KL0A 4JL1A 3T08A 3U57A 4Z2KA 1ZJBA 1K6AA 2ZUSA 1BQCA 2OYLA 4FLSA 1GOWA 2CIPA 1PEZA 1CXKA 1R7OA 1V3MA 3SCNA 3KL5A 5KEZA 3CZLA 3UESA 3AROA 3K1DA 1JI1A 3NUKA 2Y8VA 2VRJA 2J75A 4BA0A 4AC1X 4QFUA 1US3A 2X0YA 4J27A 1HJXA 2PWDA 1EO5A 3VDBA 2WC3A 3K46A 1QOXA 2D22A 3JUGA 1HT6A 2WLYA 1OIFA 4MNLA 3ARUA 5JUVA 1JZ6A 2HISA 1V6UA 4Q7NA 1V3LA 1WZKA 4S3KA 4W7UA 4UFKA 1Z32X 1KCKA 1VEMA 3AIUA 3EMQA 1MW2A 1YQ2A 3OZOA 2QPUA 2WKLA 3ARSA 1J0YA 3RMEA 1TVPA 2XWEA 1NARA 1ZBVA 1WPCA 4M29A 4JFTA 1UD5A 2WBGA 3ZMRA 1E0VA 4IUGA 3THCA 4QLKA 4IISA 3SCWA 1EDGA 1B90A 2BVDA 4CU7A 2BY3A 3AMDA 3VD9A 4Z2IA 2WMIA 3OLDA 3SCRA 2X05A 2VL4A 3EBVA 1G94A 2J7FA 1JDCA 2EPMX 1EDQA 2WKGA 1M03A 2F61A 3EDFA 2EPLX 1J12A 1V02E 3VVGA 2W67A 4D71A 4YHEA 1E70M 1E43A 2D0FA 1PJ9A 1CWYA 4J3XA 4TUFA 2XVGA 2X1IA 3VGGA 1JYWA 5FL0A 2J78A 3OIHA 3CGTA 2WB5A 4BQ4A 3WF2A 4OIFA 1UOKA 1K9TA 1V0LA 4JFWA 1OSEA 5A6KA 5C71A 2XFYA 4TVUA 3I3EA 1E73M 1EQPA 5A6MA 4JFVA 4AZBA 4E4PA 1V08A 1QI3A 3ARRA 1TR1A 4D6HA 1WZLA 4B16A 3MSDA 4P7NA 4ZE5A 2BFGA 5ABFA 2PB1A 2G41A 4HPHA 1MWOA 1ZBKA 1QW8A 4AZ7A 1W9XA 3WD4A 5E6ZA 1ISWA 1LQ0A 1UWTA 3WDIA 5A6BD 5HPOA 3LPFA 3WEMA 4W8LA 1CYGA 4M1RA 4AD5A 4UQBA 1JF6A 3WEZA 3VIJA 1JDDA 2GDUA 1VB9A 3WMCA 4HOXA 4PYSA 3W6MA 2WYSA 4DWSD 1UZ1A 3MKKA 4MPKA 4X0NA 3T2OA 3AIQA 5A6AA 4BZYA 2E8YA 1XH1A 3WNKA 4OJYA 3HJEA 1KGWA 3M6DA 3VNZA 1E0XA 3CZEA 2J8FA 2WAGA 4EANA 5HXMA 1XYZA 5CG0A 3CUGA 1JD9A 2BV9A 1C8XA 1XCWA 4CU6A 5AYIA 5F7UA 2V3EA 1XRVA 1KR0A 4X9YA 1QI0A 1J10A 1GQJA 5EB8A 5E70A 2VZSA 2ZXDA 5A8MA 2C7FA 5JBDA 1TA3A 4PMUA 3ARPA 4Z2LA 4W7WA 3N13A 4J28A 1TE1A 3CHCA 5LA1A 1J18A 2WMFA 1GONA 1C8QA 1H3GA 1VAHA 2ZUVA 2DT0A 1CXEA 4RE4A 2E9LA 3ZJ6A 1WZMA 3IJ8A 1C91A 1CENA 1OD0A 1HN1A 4PMDA 2GK1A 3SUVA 3II1A 4QCFA 1BVNP 4B9ZA 1MXGA 2VURA 4PTVA 2J7BA 3NCOA 2O9PA 3AS1A 3BSGA 4U3CA 3ARTA 4JCLA 3FW6A 4D6DA 2VC9A 1JI2A 1KFWA 5A6LA 2WZEA 1GOIA 3WKZA 1EOKA 5A6SA 1NH6A 1W3LA 2FHBA 1GUVA 1CNVA 1BYAA 3OB8A 3CHFA 3AOFA 1G9HA 1XSIA 2UY4A 1H1NA 4UOZA 7TAAA 1WE5A 2J8GA 1XV8A 2J47A 3TTOA 1GOMA 4K68A 5M5DA 3AXIA 4HOZA 4MNMA 1BVZA 4L4PA 5DFAA 4WSKA 1CLXA 2WM0A 1JL8A 1I1XA 2ZUUA 3IAQA 1VF8A 1V0KA 1UR2A 1UKTA 2DT3A 4PMXA 5M17A 3PZNA 2WVVB 4CVWA 4J7RA 1E71M 5BRPA 1IZJA 4WKAA 5AC5A 3L4UA 3SCPA 3PZUA 1LL7A 4W7VA 4U2ZA 5GQBA 1CGWA 1GOKA 4PTWA 2DEPA 1UKPA 4DUXA 4B15A 2X2YA 2JIWA 1HF6A 5EBAA 3WEOA 5I77A 1CGTA 4RE3A 5CPSA 5ABEA 3GH7A 1NM9A 1QNSA 3WY1A 1XSKA 3KL3A 5BXPA 4UFLA 4ZFMA 3W24A 1B3XA 2W91A 2DIEA 1G01A 4R27A 1E6RA 4FMVA 2XIIA 5GNYA 1E6ZA 2GJPA 1V02A 3WDJA 3FHQA 4H04A 1QHZA 2WC7A 1Q6EA 3VGEA 4PMYA 1H2JA 1DEDA 1JYXA 1KXTA 4V2XA 3AIWA 4PCTA 3GDBA 2OYMA 2RGLA 5E9AA 2VOTA 1EOMA 4JFSA 4MAZA 4AISA 1WKYA 1MFUA 2CERA 3WH9A 1LG1A 2JFEX 1JXJA 8CGTA 3VDHA 3OZPA 3TOPA 1J9YA 1GVYA 1UH2A 2UY2A 4IM4A 1HNYA 3LMYA 3IANA 2BY0A 1OM0A 1BLIA 5CXPA 3SUWA 1ECEA 2YJQA 1RD6A 4V27A 5LA2A 2AAAA 2GUYA 1XCXA 1W2VA 4UFMA 1VJSA 5DT7A 5E0FA 3WQ8A 4W86A 5A69A 4UQEA 4CKQA 4JKKA 2YOCA 1GQKA 1UD3A 2E8ZA 5CLWA 4GXPA 4HZ7A 5E6YA 4W8AA 3PBGA 3ARZA 3ZT7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QI2A

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