1QNVA

Yeast 5-aminolaevulinic acid dehydratase lead (pb) complex
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
342
structure length
328
Chain Sequence
MHTAEFLETEPTEISSVLAGGYNHPLLRQWQSERQLTKNMLIFPLFISDNPDDFTEIDSLPNINRIGVNRLKDYLKPLVAKGLRSVILFGVPLIPGTKDPVGTAADDPAGPVIQGIKFIREYFPELYIICDVCLCEYTSHGHCGVLYDDGTINRERSVSRLAAVAVNYAKAGAHCVAPSDMIDGRIRDIKRGLINANLAHKTFVLSYAAKFSGNLYGPFCYQLPPAGRGLARRALERDMSEGADGIIVKPSTFYLDIMRDASEICKDLPICAYHVSGEYAMLHAAAEKGVVDLKTIAFESHQGFLRAGARLIITYLAPEFLDWLDEEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title MAD Analyses of Yeast 5-Aminolaevulinic Acid Dehydratase. Their Use in Structure Determination and in Defining the Metal Binding Sites
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
molecule tags Dehydratase
total genus 90
structure length 328
sequence length 342
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 1999-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1qnvA00
2Y85A 1DBTA 3S5NA 2BSLA 2X30A 3L0NA 2CLLA 4OV4A 4PODA 1TJPA 4ZQRA 1TTIA 3LB0A 2WOQA 1TPFA 4UIOA 2CFFA 2VFHA 4A2SA 1PCKA 3IGUA 3OVPA 1DJQA 1SW0A 4JY8A 3PB2A 2A21A 3TCEA 1HFBA 3UWVA 4BWLA 4E2DA 1U5JA 3PSVA 4HN4A 3ATZA 1EX5A 1T96A 5C5YA 4H6KA 1TRIA 1DOSA 1LBMA 3VE7A 4PA8A 1H5YA 1I2OA 3G0UA 1I8JA 2RDTA 3IGSA 4NQ1A 1TTJA 4EWND 1QAPA 3UD6A 2ZRUA 2QCGA 4N9DA 3S1XA 3WFAA 4GUJA 3NG3A 3A5VA 2DJLA 3C4UA 3GNDA 4AAJA 3PWAA 1P0NA 4IUOA 4K38A 4JYEA 5DXXA 3TSMA 1GPWA 5CG7A 3NQAA 2NZLA 2EF9A 1ME9A 1SFJA 5DBUA 4HSNA 2JK2A 5AB3A 2FIQA 1XC4A 3U6WA 3N34A 3WJYA 3E9AA 4FXSA 1H50A 4WJEA 5C54A 1Z44A 1Q6RA 3W7NA 4OU1A 1VPXA 3BLEA 3BPWA 4GUFA 3WK3A 3NPVA 3NQ6A 3O6YX 3HG5A 1Q3NA 5CSRA 4K7YA 1EA0A 3BW4A 4JX4A 4A29A 3HPXA 1FWSA 3S1VA 1NFBA 5J5RA 1KFCA 3E0IA 4EF9A 3NXFA 4B5NA 2ISVA 1AW1A 2ZA2A 5HWMA 2GVJA 3M41A 3N9SA 2VENA 3W88A 2GOUA 3STCA 1K7EA 3O06A 5CZSA 1RQEA 4CQ9A 3M47A 5BW6A 2YSWA 4UTJA 4UTIA 3LBMA 3C61A 1H7RA 3S0CA 3M5ZA 3UZ5A 5F2GA 4QSHA 1Z48A 3L5AA 4OHQA 4LS2A 3MBDA 2JKPA 3KX6A 5AHEA 4CLMA 4P61A 5DN1A 3CT7A 2E6YA 3W23A 1OK6A 1RQBA 1WOAA 1NVMA 5DELA 3T7VA 1W54A 5A5WA 4GUGA 4XUGA 1B9BA 3PUEA 4O8RA 1PS9A 1TTQA 4FNTA 1XXXA 4UNLA 1B57A 2B4GA 3M1ZA 3QPZA 3P84A 1WDWA 5FEWA 3W1RA 1DKWA 1UBSA 4FX6M 2Y6ZA 4NJIA 3PR2A 4MIMA 3FFSA 5D32A 1JJKA 1FDZA 1I2RA 1RV8A 4ZMGA 2WSQA 1JRBA 4HNUA 1IXOA 4FHAA 5K4XA 1K8ZA 1W1ZA 3E02A 3FKKA 3LRMA 1P4CA 4LY8A 5K9XA 3L68A 4WUIA 4ZQNA 2H3DA 1L6YA 3TKFA 1X7FA 3I65A 1QWGA 2ZDRA 4NNCA 5D2VA 5EYWA 5LNRA 1S5TA 3THAA 3GK0A 2YXGA 2A7RA 2VFGA 3QMTA 3EKLA 1LM1A 4PL2A 5CGQA 1YXCA 1JCNA 5LNUA 4MY8A 1SUXA 1BTMA 3AJXA 5H91A 3SI9A 2PRLA 3PC0A 5KTLA 1IXNA 3W1AA 3MJYA 3NQ2A 3LI1A 3U2OA 5LSMA 2NXIA 3UPWA 2OX1A 4JR5A 3ABSA 2C19A 2G95A 2NUXA 2UV8G 2GVGA 5EBUA 3BLIA 5SWUA 4D2JA 3NNTA 3BLFA 1ZY9A 3LGEA 5G1YA 3BK0A 3CC1A 2FTPA 4JTLA 2I9EA 4IOTA 4UMBA 2TYSA 3C0JA 5D2WA 3W9ZA 1O5KA 1F5ZA 5TBOA 1FCQA 1KV5A 4G1KA 3G1YA 4LVGA 5AHFA 2J6XA 3KVKA 3W1LA 3R89A 2W0UA 3VI2A 3KAOA 1S5WA 3TSDA 1FDYA 4O18A 4XKYB 3NA8A 4UMAA 3W86A 4Y6GA 1DHPA 5I3GA 5KSWA 1FXQA 2OMAA 2Q8ZA 4CQAA 3UNDA 3USBA 4U4MA 4FX7A 3LHUA 3W1NA 2DZSA 1VYSX 4U28A 1I2NA 2DZVA 4OBTA 5L6UA 4JGDA 3IVTA 1YTDA 5TIMA 4JY9A 3BG9A 4O16A 3CIWA 2CZEA 2FDSA 2OT0A 5LHEA 1W37A 2O7SA 1VR6A 5G2HA 1QCWA 2VFIA 1LLZA 3C2OA 4NJHA 2H6RA 3ABRA 1MSSA 2A1YA 1IXPA 1M5WA 2QEZA 1EP1A 3MP4A 4L4LA 3TU9A 4YCPA 1XDMA 4GUHA 2ZA3A 1FX6A 1ICSA 3M16A 3LHVA 1TV7A 3A5FA 1LBFA 3ABQA 1TPWA 4XBSA 2VEIA 3LRLA 2EAWA 3S8HA 3N2XA 4FB7A 3NL3A 4JNMA 5FEXA 4MZ1A 2Z0IA 4GJ1A 3KOFA 3NGJA 4HNNA 1TSIA 3LCXA 2H8ZA 4UTUA 5I3HA 5TQLA 3C2RA 4LS0A 1FXPA 3W75A 1VCVA 1GVQA 4KKXA 4JIQA 4S2CA 3TX9A 1KFKA 4OT7A 3FKRA 1F6PA 3S1UA 1JCJA 3W7QA 1FY6A 1ICQA 3LV6A 2GVLA 4BI6A 3DKJA 1BWLA 2V30A 4YMZA 1OX5A 3P82A 1TYGA 1PHQA 1FCBA 2R14A 3H55A 1RVGA 1OFOA 2QJHA 1JR1A 4ZVJA 4JXCA 2Z6JA 3DH7A 3LI0A 4FEZA 5G4EA 3Q94A 3DU0A 1VLWA 4NNBA 5K7JA 4UFHA 4GNJA 3TMQA 3NDOA 3W83A 1VLIA 4LC6A 1HO4A 3AO0A 1LROA 3LDVA 4PTNA 1WQ5A 4OV9A 1FDJA 5G1TA 3QW3A 3W22A 1YDOA 4R7JA 3SZ8A 4RCXA 1WXJA 5AC8A 4Z0SA 1H7PA 1DL3A 4FO4A 3PY2A 3SSJA 3GNNA 4NJGA 4R33A 3LCFA 1TPC1 1G4SA 3EXRA 1XL9A 3LM7A 3O07A 3W7KA 2QCDA 2BZNA 1O94A 1XDLA 4N9CA 4UTTC 1AW2A 3LXCA 1N8FA 1KM1A 3NZRA 1YXDA 5T26A 3L5MA 4IX0A 4NX0A 4BK9A 4TMCA 2ISWA 3P81A 3NQGA 1W56A 2J27A 4O4VA 4CQ8A 2FQIA 5LNSA 3DBPA 1JCLA 2J24A 1VRDA 1LRNA 2HSAA 1B4KA 1WA3A 2QCEA 3CLMA 1HG3A 4I7VA 1ZALA 4EF8A 3GX9A 4WY0F 2ZTKA 2E6FA 4I9AA 3HBLA 2WPBA 4XBKA 3HG3A 2Y61A 4E0CA 3QPYA 4MLRA 4OGZA 3QJAA 4AEOA 4RKAA 1EP3A 1L2UA 3CTLA 1VYRA 1H60A 1FWNA 2YW4A 4P2VA 4WOZA 3ABOA 3PB0A 1X8FA 1X1OA 5HULA 4M7SA 4YWIA 3THQA 1ADOA 2FJKA 1JCXA 1SZNA 5AYXA 1KFJA 1OFDA 2X1SA 4MY9A 3W2JA 2OCZA 1OFAA 1LOLA 1LORA 3B04A 5HJLA 3TAOA 2B7OA 4EVZA 3UWWA 2V81A 1KTNA 2ZFAA 3ZR4A 4ZQMA 4BF9A 3CU2A 2GQAA 1R47A 3P5YA 2CWNA 3FLUA 1TMHA 3P8JA 2ABAA 2J9XA 1DV7A 3D0CA 3VCRA 3W2LA 2QAPA 3DXIA 3TR2A 2NX3A 4JTJA 3S5OA 1SZEA 3B06A 3G3DA 2NX1A 4RZ5A 4JEQA 2PE4A 4IXHA 3N14A 3NQVA 4JYDA 3G8EA 3BV4A 4NZFA 2FB2A 3W85A 3TQVA 2ZA1A 3NR0A 4UXDA 2RFGA 1NAL1 1AL7A 4KWVA 3GR7A 1FBAA 1N7KA 2DZWA 3DFSA 4O0KA 1RQHA 3WK0A 1LBLA 3W6YA 3W72A 2WNQA 4JTSA 2QUUA 5AFDA 4CNOA 2YYUA 2P1FA 1KM0A 2ATMA 4QIUA 1TPH1 3TFCA 1ONRA 1AMKA 3GR8A 3QW4B 4OE7A 1LTDA 3OEXA 3B05A 1M7OA 2Y63A 3E49A 1R30A 5D2TA 4FNSA 1H7XA 3L9CA 4UCGA 4M7TA 4WY0A 3STFA 3F4NA 4UC5A 1D9EA 1VJIA 3O15A 2QUVA 5C2XA 3TQKA 3EXTA 4M5PA 5HUPA 4O1CA 4O50A 1RPXA 5U4NA 3HGOA 4LUJA 4IMCA 1ML1A 3GVGA 1H1ZA 2Y70A 3S6DA 4LU0A 4JX5A 1PE1A 2VELA 3MYOA 5FF3A 3CM4A 1Z42A 3EXSA 4RXGA 1ZCOA 4GE8A 3HB9A 4FNRA 3P62A 4JTHA 4X9SA 1YDNA 3LTYA 1LLWA 3U8GA 5F4XA 3NAVA 3E96A 3S5ZA 3PBUA 2PRHA 3EWBX 2E5CA 1ME8A 5G5IA 3G0SA 1QR7A 3QF0A 3HMJG 5IBXC 2RHGA 1Y0EA 1QNVA 4JTIA 1SO6A 3IRDA 3IIVA 3S9YA 4KFPA 5AHIA 5HQEA 3F4WA 3TUUA 5D37A 3W2NA 3KFTA 1GZGA 4ADTA 4N4PA 1UASA 3T44A 1O5XA 4K8HA 1KM2A 3W7EA 1WBJA 2ZCGA 4JDBA 5HWNA 3QYQA 4XQ6A 2B7QA 3LHWA 4TU1A 1Q6LA 3O6DA 5D33A 1A5AA 2C13A 1W3IA 3DFNA 1G4EA 1SW3A 4O15A 1TRDA 3M5VA 3R5EA 3BGJA 1QPRA 4MOZA 2EPHA 2NUWA 3I7QA 3G1DA 1G4PA 2HS8A 4DXVA 4OQVA 3LCIA 1KTBA 2ABBA 1G7VA 1S5VA 5AN7A 4KFNA 1F7BA 1KM5A 4LRSA 3G22A 3TC6A 2D73A 2J9ZA 4PL1A 3W3OA 3CIXA 3DI0A 4O53A 3IVUA 3P80A 1TPB1 1SW7A 3CEUA 3DFPA 3R12A 2AAMA 5GVJA 2QUTA 2I1OA 5KZEA 3MI6A 1V7YA 4JN6A 4N9BA 5FF7A 2ISSA 2Y88A 1W8SA 4UTTA 3KHJA 4QJ1A 5D05A 4O17A 4PEKA 4JTGA 3GLCA 3W1XA 2JGYA 3O16A 2WSYA 3MW7A 2E6AA 4M6QA 4HKPA 3EX4A 1WX0A 3PBWA 2DZPA 2XN2A 1VS1A 4DF1A 5AC7A 3NYZA 4ONVA 5CZJA 3W7HA 2NXHA 4KFOA 1K8XA 1IIHA 3UXAA 3CWOX 5E0KA 3STGA 4LWWA 5KMYA 4MFDA 3GDTA 4WXYA 4DF0A 2V8ZA 1OFQA 2CW6A 3MP3A 3F03K 2B7PA 3WJXA 1HO1A 3NQ7A 3L67A 1Q6OA 5LHFA 2ZZ4A 3OVQA 3I7SA 3T78A 1G7UA 4C1LA 1K02A 4FIQA 5DXYA 2A5HA 5HINA 3W7IA 3UZJA 3FIGA 1PVNA 4UTLA 4UNKA 4JD4A 4QM1A 4AWTA 1H7OA 3NVTA 3W1TA 1OABA 3C52A 2QCLA 3R13A 2BX7A 2BXVA 3NQ8A 3RF9A 4O54A 1ZFJA 2KZHA 4Q32A 3UXDA 1JUKA 3NQFA 2V9DA 2FFCA 3LCGA 2Z6IA 3P8IA 3QSRA 2B7NA 1N55A 4HPJA 5D09A 3LERA 2E1DA 1LP6A 4O12A 5DY2A 3TAKA 4WQ6A 4LC8A 1TTPA 4O4WA 2O7QA 4Y96A 1ZAIA 4IMGA 1W5MA 3TMLA 4Z0JA 2V2CA 2GQ8A 4O28A 2C1HA 3LTPA 3T55A 3B0PA 4RZ6A 1MEWA 5HNRA 3O63A 4MYAA 3VE9A 4HIBA 1T8XA 4K6AA 2VXNA 2ZZ5A 3FA5A 4PCFA 1GOXA 2Q3OA 1YYAA 4LV4A 4IPIA 3HGRA 1QPNA 1GVRA 4TR9A 1UCWA 2CLFA 2ZRXA 3NQEA 3C8FA 4E2BA 5CPOA 1OX4A 1VGAA 3PM6A 2CLHA 3W2MA 3HG4A 4ICNA 3T40A 3W71A 1H61A 2P10A 2G5WA 4ADSA 5BRBA 5F2LA 3CHVA 3MP5A 4IQLA 3WK2A 3W7RA 1R2TA 1H1YA 4X22A 2TRSA 4WZHA 2TSYA 2WNNA 1JULA 1KA9F 1MZHA 1O4UA 2CLMA 1EWDA 3P74A 1ZENA 1G6CA 2R94A 3W7MA 3KRSA 4CNNA 1W5PA 4MPQA 2FPTA 3GDRA 5CSSA 1FWRA 1SO5A 1Z41A 2WJZA 2A7PA 3L2IA 4LVAA 2V0TA 1A50A 5AOUA 3R2GA 3W87A 4K36A 1O95A 2CZDA 4LUIA 3LTSA 1W3TA 1J2WA 1GVSA 3M7WA 3TIMA 1GQNA 3LXAA 3B4UA 3FEMA 3W1PA 1JCYA 5EKYA 1NEYA 2PC4A 4CNPA 1A5BA 4MFEA 2BLEA 3HJZA 4QISA 1FCUA 1HL2A 1TIMA 2R8WA 1W0MA 3GB6A 1UUMA 3A22A 2VFFA 5EMUA 2DU2A 1YTKA 1KFBA 4Z1AA 3IVSA 1YPFA 3M9YA 2Y7EA 4JTTA 5ABTA 4UTKA 4N6FA 1F76A 3P67A 4O57A 5IBXA 3SIZA 2ZTJA 3SR7A 1VHCA 4BWLC 1R2SA 1C29A 3QRHA 5LNWA 3KVMA 3LCHA 3TDFA 2EHHA 2NX9A 1SZFA 4RK8A 5DY3A 3RNDA 1OF6A 4Z1BA 3UPBA 1TQXA 4UFIA 4AF0B 2Y62A 3FS2A 2DZTA 5HUOA 3TH6A 3W7PA 2Y89A 2GPTA 2VOMA 4NJKA 5A8GA 2ZZ3A 3G1FA 4MUZA 1G4TA 3O1NA 1TREA 1DQXA 1LRTA 1FUYA 1GEQA 3TA6A 3C2FA 3NL2A 3S42A 3MO7A 1B4EA 3LBCA 5D2YA 5KITA 1VZWA 5FI8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2W61 A;  1DBT A;  4GI8 A;  2BSL A;  1EFZ A;  2CLL A;  4OV4 A;  4ZQR A;  1TTI A;  1MDL A;  3LB0 A;  2WOQ A;  1RY0 A;  1VFL A;  2DIJ A;  4P8X A;  1QPK A;  1PCK A;  4JY8 A;  3PB2 A;  3TCE A;  1MYR A;  1S2C A;  4BWL A;  3THC A;  4E2D A;  4H8N A;  1KCK A;  3L2L A;  2PEV A;  1C8Q A;  2D3N A;  4W7U A;  4L1G A;  1XHG A;  3MS8 A;  3PNU A;  3UGV A;  1LBM A;  1ECE A;  1R7A A;  2INZ A;  4GD0 A;  4G5D A;  4C7D A;  1R3R A;  3G0U A;  2RDT A;  3CO4 A;  2V6A A;  4UR9 A;  3S1X A;  1RCX B;  2DJL A;  3HUR A;  5IRP A;  3GTX A;  3EB3 A;  2GGH A;  5CG7 A;  4PE8 A;  3TTO A;  5EB8 A;  1SFJ A;  2XVG A;  3CUJ A;  2V3G A;  3HPA A;  3GH5 A;  2QPU A;  1AMY A;  3D3A A;  4LAO A;  3REQ A;  2EPN A;  3E9A A;  2JQX A;  2VI0 A;  4GXW A;  5DQP A;  5GNX A;  2YL5 A;  5C54 A;  1Z44 A;  3AUJ A;  3GM8 A;  3W7N A;  2VDH A;  2W67 A;  3NPV A;  3O6Y X;  3AIV A;  4LCS A;  4H2C A;  4JX4 A;  3HPX A;  3S1V A;  1A3H A;  1W9D M;  3T9P A;  4CNS A;  1KFC A;  3B8T A;  3AIB A;  2ZA2 A;  5HWM A;  2HWG A;  4AEF A;  5C7V A;  3CMJ A;  3M41 A;  1DJG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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