1QO2 | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	241
structure length	241
Chain Sequence	MLVVPAIDLFRGKVARMIKGRKENTIFYEKDPVELVEKLIEEGFTLIHVVDLSNAIENSGENLPVLEKLSEFAEHIQIGGGIRSLDYAEKLRKLGYRRQIVSSKVLEDPSFLKSLREIDVEPVFSLDTRGGRVAFKGWLAEEEIDPVSLLKRLKEYGLEEIVHTEIEKDGTLQEHDFSLTKKIAIEAEVKVLAAGGISSENSLKTAQKVHTETNGLLKGVIVGRAFLEGILTVEVMKRYAR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Thermotoga maritima
publication title	Structural Evidence for Evolution of the Beta/Alpha-Barrel Scaffold by Repeated Gene Duplication and Fusion pubmed doi rcsb
molecule keywords	water
total genus	88
structure length	241
sequence length	241
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.16: 1-(5-phosphoribosyl)-5-
pdb deposition date	1999-11-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1qo2A00

5AN7A 3MHFA 4DELA 1R2RA 5C55A 4RX0A 3V1PA 4IMFA 1MEIA 2NV2A 3S5NA 3LI1A 2YYTA 3W7GA 1QPQA 3P5YA 2FLIA 1F73A 1GVRA 2FB2A 1JR1A 3HGSA 4XZ9A 5D37A 3DFOA 3M1ZA 1FXPA 2ZFAA 5FEPA 4CQ8A 2J9XA 4BI7A 3UWUA 1GQNA 3PG9A 4PEKA 3MUXA 4X3ZA 5U4NA 5F4SA 1AW1A 1QDSA 3UPWA 1OX6A 2I9EA 1A5AA 4ORIA 2PC4A 3TW7A 1ZCOA 4TO8A 4XWUA 5IM51 1KLZA 3VE9A 1VCGA 5HINA 2E5BA 3TUUA 5EKYA 2ZCGA 4O8RA 1HFBA 3LRKA 3P61A 4JY8A 3V75A 3W1PA 3CPRA 3WJXA 1W5QA 5DELA 2YFOA 1W37A 3RFAA 2PRMA 1SO4A 3W70A 3P7YA 2EKCA 4IQLA 4ADTA 4GRSA 4Z1DA 3SY5A 4IUOA 5L9FA 3TAOA 1H63A 4ONVA 3HG5A 3MJYA 4AH7A 4LVGA 5AFDA 3W1NA 3T55A 4XQ6A 3EWYA 3DFSA 3TAKA 3E96A 3T4CA 3A23A 4JTJA 1G69A 3W86A 2R8WA 4Z1CA 2QJGA 2X2GA 3DI0A 2VFGA 3MI3A 4UMAA 4BI5A 3CU2A 2ZRXA 4OHQA 4ZQRA 2ZZ2A 2ZRZA 3MI6A 1DQWA 3PR2A 1VHNA 2VFIA 2CZ5A 3G22A 1Z41A 4L4LA 1PHWA 3ABSA 3L5LA 4O57A 1R47A 3QSTA 1FXQA 1WA3A 5BMWA 1GVSA 4POCA 3PS7A 2ZQ0A 1GYLA 2PCQA 3P60A 4CCCA 1PVNA 2FIQA 3I65A 2CU0A 1YLVA 3W7IA 1O5XA 4AMAA 1YXCA 3EWUA 3B8DA 2DP3A 2CLHA 3TMQA 3M5VA 1IGSA 2WSQA 3L67A 1QCWA 4ORMA 1GVFA 3C56A 3S9YA 1SSGA 1RVGA 4NJJA 1UJPA 2YCEA 1CW2A 4JS3A 4ZQCA 3W73A 5K2ZA 3SFKA 3ZFHA 5K9DA 3MBDA 2CLFA 5G4WA 4UUIA 5FF4A 3TIMA 1F05A 1ONRA 4G1KA 3TFCA 1LROA 3W7DA 2Z2UA 4GBUA 4WY0B 3BV4A 1KTBA 2G97A 3IEBA 5FF7A 3LBMA 1NVMA 3CB8A 1K7EA 4DO4A 2ZRWA 1MXSA 3LLFA 3QW3A 4JTGA 4M6VA 3E9AA 1M7PA 4FHAA 1KTNA 2VEMA 3PSWA 2E09A 3T40A 2C0AA 3PBYA 1S5WA 2WSYA 1LBFA 2OT1A 3STFA 1F6KA 3O1NA 3DKJA 5D32A 3W1AA 1VH7A 3TXVA 1JCNA 3KVJA 3N34A 2OZ0A 3G0UA 2ZTJA 2QUVA 3MP5A 3KRSA 3T78A 3Q2DA 2J24A 4MY9A 2NUYA 3KFTA 1V5XA 5G1YA 4YXGA 2DZVA 1AMKA 2H8XA 5I3GA 2VEIA 4UR8A 1SQ7A 2D73A 2ZYFA 1SR9A 1LBLA 4D2JA 5K7JA 1TV5A 3LCLA 3S0CA 1K8ZA 4MJZA 4RKAA 3TQ0A 2QCGA 1DHPA 4IX2A 2VXNA 3W07A 3HMJG 3RMJA 3MW7A 1S3HA 1F6PA 2E77A 1KM6A 4H3DA 4GUJA 2QEZA 5CZ0A 3W7QA 2R94A 3W2MA 4JR5A 3K30A 3R12A 1KM0A 3O6YX 2QCEA 3VFLA 3GAYA 3UZJA 4WY0A 3NPWA 4UTJA 2A21A 3GNNA 4I7VA 3LERA 3EWBX 4XUGA 3TV8A 3OBKA 4YLWA 3WJSA 1OK4A 5D2XA 2QR6A 2ZZ6A 3QC3A 1VC4A 5BOOA 1EWEA 3BW4A 2P0OA 3B4UA 2ISWA 1RPXA 1P0KA 3M16A 3Q37A 4CQAA 3S1XA 4CNPA 3P74A 3L66A 4FNTA 3IGXA 3LGEA 4JTKA 3EWXA 1SFLA 3F1QA 4ADSA 5CG7A 2A1YA 1M7OA 3NM1A 1H51A 4LVAA 1Q6RA 3KVMA 4IMDA 3CEUA 2E5CA 4JYFA 2Z6IA 2YPIA 5LGXA 3AJXA 2DZXA 3HF3A 3W88A 4GXMA 5EMUA 1VGAA 3MHUA 3AO0A 4B5NA 4Z0SA 1AL7A 1OABA 3W1MA 4RXFA 1M5WA 1RZMA 1TTIA 1KW1A 3C2OA 3W7KA 3W7NA 3W1LA 1HO1A 2F7FA 3GXPA 4I9AA 2ZBTA 5D33A 1XFBA 4OGZA 1A53A 4M19A 3O8AA 4WXZA 1K8YA 1LZOA 4R53A 1TPFA 1DKWA 4O15A 3BG5A 3BLIA 2JGQA 4TMBA 5CZJA 4MOZA 3CLMA 4FX6M 5AC6A 1KBIA 3CIXA 4UCGA 2BWGA 1JUKA 4DO5A 1EP2A 4KKXA 4WJEA 2C14A 2YGYA 1GT8A 2ZZ3A 4NXKA 3L68A 2CZFA 1HL2A 2V2HA 4P2VA 1NF7A 1JQXA 1LLZA 4UMCA 4M6QA 2TMDA 1BWLA 5F2IA 3HG2A 4XTIA 4HIBA 4WZHA 4Z0JA 1HG3A 1FDYA 1W54A 1XM3A 5KSWA 3O06A 3W2NA 1C29A 3CQ0A 4Y96A 3KX6A 1DJNA 4HPJA 3GAKA 2Y85A 5L6UA 1GVQA 3EKLA 1IF2A 2EPHA 4KWVA 3LB0A 1RQBA 4OV9A 1DBTA 3PM6A 3LV6A 4HNUA 5IBXC 3IIVA 3NQCA 4LVDA 1PV8A 1A5BA 1GVOA 3H55A 1VYPX 2Z1BA 3HJZA 1J2WA 3SSJA 1QPNA 1YYAA 1KTCA 5G4EA 5BNKA 4RJEA 1LRNA 3QRHA 4NVTA 4JX4A 1OFAA 2QF7A 4DBEA 4IX0A 3W7RA 1O60A 4TR9A 1JUBA 3W22A 5D2TA 5J5DA 2E6FA 2ZRYA 3OIXA 3SGZA 1X1ZA 1MO0A 4LUIA 1FCUA 1YADA 3L5AA 3CIWA 1QO2A 1AK5A 3VE7A 4H4IA 3WK2A 4O4VA 5C2XA 5C5YA 2WO5A 2LLEA 4WY0F 2DJLA 3N9SA 4EF8A 5H91A 3TROA 3A21A 5G5IA 3QF0A 4PFMA 3DKLA 4JXCA 1YPIA 5DY3A 1GJPA 1UUMA 1IXNA 4DPQA 3W7LA 3KOFA 4FNRA 4JTTA 2OMAA 1LLWA 1SZFA 2FFCA 2V9DA 2H90A 4AWSA 4PC8A 3G1HA 4NXSA 1JQVA 3DXIA 1GTEA 3GYEA 4A21A 1Z44A 3OG3A 5AHLA 5KMYA 1W1ZA 1ICPA 1XUZA 3INPA 4K8HA 3MP3A 2A85A 4U4MA 2Q3RA 3LRMA 3A22A 3E02A 1N7KA 3EX1A 4WX2A 3W71A 3O6DA 3ABOA 4UFKA 4JTFA 5GVJA 1MEHA 4Q33A 1OFBA 2X1RA 2EHHA 1XDMA 1KV5A 4NJGA 2A6NA 3TCEA 2NUWA 4UTKA 1W56A 1KM2A 3P82A 3D0CA 1QAPA 1TPC1 4W9TA 2CLOA 3M9YA 3IGUA 1YPFA 4FX8A 4K7YA 3W7EA 3GDTA 4OU1A 3IVUA 1TPH1 2YSWA 3RF9A 1OX4B 1K8XA 1X7FA 3GX9A 4UC5A 1I2NA 3QSRA 2EGZA 2B7OA 4RZ5A 1L6WA 3FFSA 3SW6A 2VFDA 4HSNA 4HPXA 3W3OA 3L5MA 3A24A 3G0SA 3EKZA 3IVTA 4JX5A 3G1YA 1H7XA 2J88A 1H7RA 1GTHA 2CLEA 4DQWA 4HSOA 4ICNA 2Y88A 4I7UA 4PA8A 2VOMA 5BW6A 3IIXA 2XN2A 3EXRA 5AB3A 4UTTC 1TIMA 5CZTA 3MI2A 1CI1A 4MFDA 3WJZA 4Y6GA 5D30A 1T0OA 4WOQA 3ZWTA 3NDOA 3OVRA 1H62A 4UTTA 4JGDA 5AC8A 1Q6QA 2ALDA 2RH9A 5I3JA 4QNWA 2X16A 2CWNA 3VKJA 2NX3A 3W7CA 2V0TA 1Q45A 4FO4A 4S1FA 1LBMA 1QPOA 3OVQA 4M5PA 4JYEA 3P84A 4ZL1A 4BFAA 4ZQNA 3M44A 4IJBA 2A7NA 2EF9A 3W2KA 4Z08A 2ABBA 4AB4A 3NEVA 3NGJA 4RZ6A 1KV8A 5D09A 2QCNA 3EX3A 1VPXA 3I68A 3KVKA 3SI9A 1QO5A 3LTYA 4AXKA 2NV1A 2GUUA 2WQPA 4YL2A 1OX4A 3NQ2A 1R2SA 3DFPA 3MWAA 3A9IA 4LU0A 4JX6A 3DHDA 4RR4A 3VCRA 3GDLA 1DOSA 4RK8A 1ME7A 3FS2A 4MYAA 4DEFA 3DFNA 4JICA 3G0XA 2J9YA 1OF8A 3QH2A 2PURA 3PC0A 4IGHA 2WPBA 2ISSA 3H53A 5LHEA 1K7XA 1C8VA 2OX1A 1AL8A 1TQJA 1ZALA 3W74A 1W8SA 2HTMA 5MHBA 4DPPA 5T26A 1FDJA 3M7WA 3NL5A 3B03A 3W2UA 4N9EA 4O52A 4C1KA 3IVSA 3KVLA 3PF3A 5FF2A 1C9DA 1D3GA 3CHVA 3G18A 1VLIA 5LHFA 2PE4A 3YPIA 3CWNA 4R7JA 3P80A 3DU0A 2ABAA 3FKKA 2HS6A 4NZFA 1TSIA 3PWAA 4XTDA 3BO9A 4UTHA 2VFFA 1YXDA 4NU7A 1WX0A 4HN4A 3THQA 5G2IA 4LS2A 5AHMA 4MZYA 2X1SA 3GIYA 1W3IA 5D05A 2GVLA 2KZHA 1SW0A 2CW6A 2V5LA 3BG9A 1DJQA 2C15A 4R33A 5C54A 3NPVA 4UNLA 2FQIA 2VEPA 1KLYA 1S5TA 1DVJA 4NT0A 5KTLA 1EUNA 1UB3A 3KRZA 3SGUA 4JIPA 3LCIA 1PCWA 5D2WA 3TSBA 3BGGA 3N3MA 2TYSA 2NZLA 2Q8ZA 1KBJA 2BXVA 4GJ1A 2H3DA 3QMTA 2E1DA 1KFLA 4UIOA 3DHFA 2R91A 4C1LA 2NWSA 1TV8A 3CT7A 4HNTA 2AQWA 3L21A 3PB0A 3O16A 4DBDA 4LVBA 5E1QA 4IXXA 5K3VA 1YXYA 1ZAIA 5E0KA 2CLIA 3DH7A 4N6FA 5C6MA 2AAMA 2AGKA 2B7NA 4QM1A 3GLCA 3HOJA 2I1OA 5TIMA 3PB2A 1J5TA 4AHOA 5LSMA 3I7QA 3EXSA 3STCA 5LNRA 1W31A 4IOTA 2GVGA 4J9JA 1IXOA 2V82A 4JY9A 1ZY9A 2BSLA 2ZZ7A 3CTLA 5AHEA 3B0VC 3KXQA 1G4SA 1TPB1 3W1UA 5LNUA 4K37A 5DCEA 2V2DA 2X1UA 4QJ1A 3M6YA 5DBTA 3NPUA 1GG1A 3LCGA 4ML9A 3EX2A 3TW6A 2X1TA 3WJYA 2BLEA 1V7YA 1FCQA 4O1BA 1OYAA 3R2GA 5DCDA 3NQFA 3W75A 4R34A 3PSVA 5CPMA 5CSSA 1CX9A 1T96A 4ALDA 4UFMA 4QIUA 1YDNA 3NL6A 4K38A 1K03A 1NAL1 5AOUA 5F4XA 3LHZA 1LOSA 1LOQA 3ATZA 4LRTA 1IIHA 1O4UA 3BLEA 3RU6A 2ZRVA 1TO3A 1A5CA 1JULA 2FPVA 3N19B 2OCZA 3LXAA 3UYCA 4Y90A 2W0UA 3UWQA 5I3IA 4LC6A 7TIMA 4X22A 4LWWA 1TQXA 1RQHA 3BGJA 3W87A 3C52A 2B0MA 2WNZA 3ANYA 5HR6A 1TJPA 3RLVA 3W84A 5KZMA 3NQMA 3B04A 3L65A 3PBWA 3L0NA 2G96A 5FF0A 2QAPA 1QMLA 1Q6LA 1WDWA 5F2LA 1DV7A 4BF9A 3S8HA 3ZR4A 1JJKA 3NVTA 4FB7A 3G1VA 3G1AA 4LV4A 4MZ8A 1I2RA 3S5YA 3TH6A 4JTIA 4Q32A 3W6YA 4FNSA 4E0CA 5HUOA 5LGZA 1WV2A 1L6YA 1TTPA 4O1CA 5F1UA 1K3UA 3LHYA 4H6KA 1AW5A 1ICSA 2ZZ5A 1NF0A 1OJXA 3QMRA 2I14A 3MMTA 1AW2A 3M5XA 5AYXA 3MHGA 4AAJA 3C2RA 1ADOA 1VRDA 2VFEA 4K36A 4FNUA 3EEGA 1KFKA 1SSDA 2X30A 4YWIA 5CSRA 2FDSA 2WSRA 3O05A 3CC1A 1JCXA 1YTEA 8TIMA 2Y7FA 3TQVA 3W7MA 2ATMA 3EX4A 3HQ1A 4NJIA 3C2EA 4IPJA 3UY8A 1S5VA 4P61A 2B4GA 2UV8G 3B0UX 1L2UA 4LS0A 3NA8A 1NSJA 4UNKA 3P5ZA 3TE9A 1OHLA 2NX9A 1PIIA 1VYRA 5D38A 4FXSA 4O11A 4JYDA 5G2WA 4KFOA 3UNDA 4IWWA 5CGQA 4O1AA 5KZEA 4CQ9A 2GQ9A 3LV5A 2J6XA 3LXBA 1PE1A 2QDHA 4NJKA 1SO6A 1ME8A 3Q58A 4Q4KA 2O7QA 5I3HA 3TU9A 2RKXA 4S2BA 3GNDA 1FWNA 3NYZA 4ADUA 2QAFA 1ICQA 1FWSA 1D3HA 3GVGA 4GUIA 1T99A 3ABRA 4GFSA 3S5ZA 1LM1A 3S42A 2XN1A 3A5FA 5AHFA 4E2DA 3O07A 3FJ6A 5DXYA 4RZ4A 2XFWA 3U6WA 1P4CA 1XL9A 5EBUA 6ALDA 1F2JA 3QYQA 3GR7A 5KITA 1I4NA 1HO4A 2Y62A 3RK8A 4FF7A 4UFIA 3B0PA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1QO2A

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