1QOP | Genus

Total Genus 99

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	99
sequence length	267
structure length	265
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLAIIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__486099754210111__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__486099754210111__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1QOP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__486099754210111__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"486099754210111","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1QOP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__486099754210111__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbe5b98f36f252ee2d6d7c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbe5b98f36f252ee2d6d7c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbe5b98f36f252ee2d6d7c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbe5b98f36f252ee2d6d7c/pdb.gz): 461 ms

reading 265 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

265 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:264});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
publication title	Crystal Structure of Wild-Type Tryptophan Synthase Complexed with the Natural Substrate Indole-3-Glycerol Phosphate pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus	99
structure length	265
sequence length	267
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	1999-11-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1qopA00

1M7OA 1YDOA 3CWNA 1YPFA 5FF2A 3G24A 3GR8A 5AHMA 1LDCA 2VELA 3NQFA 5J5RA 2BLEA 1LORA 4HNTA 4R53A 3CT7A 4Q4KA 2CLLA 1AW2A 1QO2A 3R12A 3TQKA 4ADTA 3LCLA 2FTPA 1FWWA 1IIHA 4O12A 1DOSA 5L9FA 1D9EA 2JGQA 2JKPA 1A5AA 1DJNA 5F2LA 4TMCA 1EPXA 4O57A 3TJXA 4NJIA 1I4NA 4GUFA 4KFOA 3H55A 4AEOA 4LY8A 4NX0A 4W9TA 3W7GA 3V1PA 3NQ2A 4O19A 2CLHA 1OX6A 5CPNA 3UWYA 2GQ9A 2ATSA 3OHIA 1LRNA 3W1PA 3NZRA 3G3MA 1DQXA 3E12A 3LHWA 4I7WA 5BRBA 4UMAA 5L6UA 4JTKA 3GNDA 1EB3A 3DKLA 3GKFA 1LBLA 5D37A 4HSOA 1JVNA 5AHFA 1RD5A 1V5XA 3G1AA 4WX2A 2DZUA 3I7QA 3VCRA 3G1HA 1MXSA 3TXZA 3W7CA 1JUKA 3W71A 4ZVJA 3KFTA 1UBSA 3Q2DA 2IQTA 2VFDA 5CG7A 4WOQA 3CU2A 1EWEA 2DJXA 1F2JA 1OX4A 3LBCA 3LBMA 4NVTA 3PF3A 4MY1A 1JCJA 1K8ZA 2NX9A 3TSMA 1ZCOA 3NNTA 4LTSA 4K8EA 1JCXA 3QMTA 4NXKA 1FCQA 1EUAA 4PA8A 1AK5A 3PBYA 3DFQA 1W54A 4FNPA 3GXTA 1H7RA 1TV5A 4H6KA 4JYDA 3BLEA 3S9YA 1F6PA 3STEA 1A53A 2W6RA 2NZLA 3PUOA 4RZ4A 2C15A 1X1OA 2YPIA 1OX5A 4QISA 3MO7A 4G1KA 2ZZ1A 2D73A 3MBFA 4U4MA 2QAPA 2XN1A 4H4IA 3DU0A 3LERA 4R34A 1OX4B 1WX0A 1SZNA 5LGXA 2VFEA 1P0NA 5TBOA 2ZZ6A 1GZGA 2VEPA 3N2MA 4LRTA 2R14A 4UTUA 5EBUA 1TJRA 2NUXA 1O94A 2CZFA 3MYPA 4POCA 3UXAA 2QCHA 3L5AA 4S1FA 3L5MA 4UFHA 1OABA 4RCXA 4N4QA 1J4EA 3STCA 2Y7GA 5LKYA 3GXNA 1K7XA 5IBXA 1F5ZA 1MEWA 3W22A 3QRHA 3N73A 2Z1BA 2FFCA 3OVQA 3QPZA 5F4WA 3SR7A 5FI8A 1GWJA 4WJEA 2VENA 2NX3A 3AO0A 3NPXA 2YDAA 1W56A 4FNRA 2WJZA 1L6WA 4LT9A 2FQIA 5EA9A 4AHQA 3GAKA 3LHZA 7TIMA 1H50A 3CEUA 5K9XA 1THFD 1PCKA 1Z42A 3G1VA 4BI7A 3QJAA 5FEXA 2QCGA 3IVUA 1P0KA 3LB0A 3IVSA 2NLIA 3LTSA 4H3DA 2Y62A 3W2NA 3C61A 3H54A 3N14A 3QC3A 4DPQA 5AC8A 1TPC1 8TIMA 2J9YA 1QFEA 1JJKA 3CM4A 1UASA 4EWND 1SPQA 1KFEA 3A5VA 2CLIA 3O6DA 2FPYA 1R47A 1O5XA 4OBTA 3W1XA 1LOLA 3VKJA 3W1UA 4WXZA 3THAA 2DJLA 4MZ8A 1W5OA 4DO4A 1Z44A 1TPDA 1DBTA 4BF9A 4PTNA 4HHPA 5DLCA 2B7OA 1WQ5A 4JNMA 2QKFA 3TUUA 1Z41A 4FX8A 3C2FA 5IBXC 4FNUA 5C54A 2FPVA 5F2GA 1FWSA 1VLWA 4UTJA 3HJZA 3HGRA 2V9DA 5CPLA 5DY3A 3PUEA 3GVGA 4AWSA 3UWQA 4O0KA 4CNPA 3LV6A 4PL1A 1UUOA 4NZFA 3W84A 2I1OA 4YLWA 4YCPA 2GJLA 3W87A 1I8JA 2QUVA 4Z1CA 2QCCA 1MEIA 3ZWTA 5BOOA 4AF0A 1FDJA 1TTPA 4JD4A 2QAFA 4RJEA 1OYCA 2J9XA 1OFRA 2WSRA 1TMHA 3WK3A 1XM3A 2NWRA 3V75A 3ZS4A 3M5YA 1LP6A 3Q94A 4UXDA 1LROA 3TIMA 4FF7A 2JBMA 4NNBA 5T26A 2ZTKA 1TRDA 4JXCA 3TH6A 1PS9A 1T96A 3CIXA 3T7VA 3WK2A 5EMUA 4MYXA 1WOBA 1K7FA 4ZQCA 2DZTA 1FQ0A 3VFLA 1VZWA 1O60A 3O05A 1XBYA 1TPVA 4X22A 3SZ8A 4A22A 1W0MA 3NM1A 3CEPA 3RMJA 4FIRA 5J5DA 3B0UX 1LLWA 3FLUA 1H7OA 1OF8A 5HJLA 2O7SA 4MJZA 5KZEA 1SZFA 1SFJA 4ML9A 3NZ1A 3B8DA 1JULA 2NXGA 2GUUA 3NQCA 4NJGA 2E77A 4NXSA 3M43A 2CFFA 1PCWA 1JCNA 3HIJA 4YWIA 3W85A 3LCWA 3W9ZA 4M5PA 2DZVA 3BG9A 4WY0A 3ABRA 3NQEA 3DGRA 3NQAA 3W2MA 3IIOA 3L0KA 5KZDA 2VFHA 4CQ8A 2Y70A 3QMSA 1W3TA 4ZMGA 3ABOA 5HQEA 2R91A 1PHQA 3ANYA 3UD6A 1FWRA 1LOQA 1SUXA 4C1KA 2WO5A 2HS6A 4OWGA 1PL9A 4I7UA 3G8RA 3GDMA 4FXSA 4ZZ9A 3G1DA 1KM2A 4AHOA 2PURA 4UTWA 1PE1A 3PY2A 1GG1A 3TC6A 1L6SA 3W7HA 3B0VC 2Z6JA 3FJ6A 2E68A 1QOPA 1QPRA 1RZMA 1EEPA 4GNJA 3T78A 3KX6A 3W2LA 3W6YA 2QJIA 3ABSA 1OJXA 1VS1A 2JKEA 5MHBA 4JTUA 1WAUA 1GPWA 3W83A 3N9SA 3TR2A 1VJIA 5AC7A 3PB2A 3T4CA 5BMXA 1ZAHA 5G2HA 4KWWA 5AHLA 1RQEA 4S2CA 2B0MA 2ZRXA 3W7NA 3PBUA 3LCIA 1Y0EA 2HS8A 1J5TA 2H90A 3C2OA 1AW5A 3BGJA 3M5XA 1YDNA 4DXVA 3UPBA 2LLEA 3W1LA 4O15A 4M6PA 1EA0A 1FWTA 3S1VA 2NXHA 1ALDA 1GVQA 1QMLA 2R94A 1LCOA 1GJPA 5D2XA 3I7SA 2A1YA 5KZMA 1G4SA 1TQXA 5H2ZA 1QPOA 3W7IA 5E93A 4PH6A 3NA8A 3EXRA 1S5TA 5I3KA 1H7XA 2ISSA 2G95A 2C0AA 1Q6RA 1TPFA 2HMCA 4O54A 3B04A 4O1DA 4UIOA 3NXFA 3DFNA 2CLKA 3NPUA 2A6LA 4UTWC 3IIPA 3OG3A 3UWWA 2Z0IA 4LWWA 3MI3A 4JTSA 3M5VA 1QCWA 1ICSA 2A21A 3N2XA 3QQ1A 3HF3A 3R8RA 3RFAA 3NO5A 2CW6A 3TNOA 3NR0A 4UNKA 2DP3A 3TAKA 1GQNA 1GVFA 2RDUA 3NVTA 5G1YA 3O6CA 3LRMA 3BG3A 1G6CA 3UNDA 1RV8A 4NUWA 1UJPA 2ZA1A 2QUTA 2VFGA 2V5LA 2V30A 1AW1A 3L0NA 4CQ9A 1V7YA 2EPHA 4O4WA 4ZQMA 4EF8A 3S0CA 3LDVA 3OA3A 5EPDA 3M1ZA 4EOUA 1FDZA 1Q6LA 3LLFA 1PHWA 5CPMA 2YSWA 1OYBA 2EF9A 1EP3A 2XN2A 2OZ0A 4IXXA 5G4EA 2C14A 1FXPA 1ADOA 3M16A 1KM5A 5AN7A 1H1YA 2Y7EA 3P74A 1OK6A 1AG1O 1RPXA 2ISVA 4TU1A 3BPWA 3CB8A 4XBKA 3N34A 3DH7A 4N6FA 3W2KA 1RVGA 2A6NA 3DBPA 2V5BA 2ZRZA 3NL5A 4WXYA 2ZQ0A 4ORMA 3GIYA 4LS0A 2TMDA 5D32A 1R30A 1QNVA 4FX6M 2A7PA 3LXAA 5I3FA 3HMJG 4JTGA 1Z48A 4LW7A 3C4UA 1KBIA 2GPTA 5HR7A 3IIZA 3GDKA 3UY7A 4NNCA 1K03A 3KRZA 3UYCA 2P1FA 5AB3A 3PB0A 1R2RA 1QDSA 4RX0A 3WJSA 3L2IA 4K36A 4N9BA 2VFIA 1HO1A 2B7QA 3Q37A 2W79A 1YTDA 3EEGA 2W0UA 3C52A 3FS2A 3PC0A 4EVZA 1Q6OA 5KITA 2CU0A 2GVGA 1YXDA 1KTCA 1I2QA 3BK0A 3TQVA 2J88A 4JIPA 3PAJA 3W73A 2QEZA 2VEMA 3NQMA 5HR6A 4FIQA 2ZRYA 3HPSA 4OGZA 1Q6QA 3G18A 2H3BA 2HTMA 1X1ZA 2AQWA 3HBLA 1XCFA 5LNWA 2TPSA 3A21A 1ME7A 3BW2A 1O5KA 1EWDA 2JGYA 1YYAA 2ZZ4A 1RR2A 1X7FA 3NQDA 5BW6A 1ZFJA 3EXSA 4AWTA 4IXHA 3L9CA 3FJLA 3R5EA 4A3UA 2EAWA 2DZWA 2OX1A 3E49A 4JX4A 2A2IA 3FKRA 4KFNA 2E5DA 3G0UA 2YFOA 1SW3A 1VR6A 3DKJA 2RKXA 1FUYA 3P5ZA 4HPJA 3NDOA 4O14A 3EWZA 3W7QA 3L21A 3A9IA 1NF0A 4Y6GA 2OT0A 3QF0A 4GXMA 4NT0A 1KFLA 3PS7A 2ZCGA 2YW3A 1AL7A 1TV8A 4XKYA 1VGAA 1YXCA 1AL8A 4QNWA 3W2JA 5DCBA 2NX1A 2VC6A 1IXNA 4HKPA 4RKAA 3W1RA 1I45A 3L5LA 5G5IA 4CCCA 2X2GA 4Q32A 3C6CA 1K02A 3M6YA 2QJHA 2CLFA 1IGSA 4UR8A 5LNUA 4DEFA 5C2XA 4Z0SA 2WPBA 1HG3A 2RFGA 5CGQA 3GAYA 1A5BA 1ICPA 2C18A 1GYNA 3B05A 3FYOA 3IRDA 4K6AA 2P0OA 3OVPA 2VOMA 4OHQA 5DY2A 3LCFA 5AYYA 3MYOA 2X1UA 1YPIA 3SJ3A 1N55A 1ZAIA 5E0KA 4FXRA 4UTMA 3TE9A 1JCYA 3S8HA 4MKNA 3PWAA 5DCDA 5G2IA 1VC4A 2AAMA 2ZDRA 1KV8A 3W7JA 2B7PA 2V2DA 3P84A 2I9EA 5EYWA 1NVMA 3NQ8A 4UCGA 1MEHA 3GK0A 1H63A 3HG5A 4IX2A 4AH7A 5KMYA 4MZYA 4ADUA 3A22A 4DO5A 1OFQA 4XWUA 3QSRA 3ATZA 2PCQA 2CZDA 2VFFA 2ISWA 4O17A 4OV4A 4JDBA 3NYZA 3N3MA 2VEKA 3MP5A 4OE7A 1DJQA 4R7JA 1MSSA 3W1NA 1S5WA 2E5CA 4UTIA 3SGZA 3HQ1A 2C1HA 1K8XA 3S5YA 4Y9AA 4EF9A 2BXVA 2Y85A 5LHFA 4A29A 1B3OA 3GKAA 4RXGA 1A5CA 2QCLA 3OIXA 1SZEA 4M6QA 1JQVA 1SW7A 1IF2A 4BI6A 3MI6A 4E2DA 4QQ3A 5BNKA 4DQWA 2G97A 1XBXA 1W5MA 2JKAA 4BI5A 4QNEA 1BKSA 3LX9A 3C56A 4DO6A 4Y90A 5HUOA 4K39A 3LLDA 1OFBA 5AC6A 5K9DA 4GC4A 3EWWA 4UMBA 5LHEA 4FNTA 5EY5A 4DF0A 3RU6A 2ZRWA 1JQXA 3EKZA 1ONRA 3B0PA 1QPNA 5D2WA 2BZNA 3TFXA 4RLIA 4JIQA 4K7VA 3TW6A 2XN0A 1TPH1 1GYLA 2BTMA 3W7DA 3LXCA 5LNRA 1JR1A 3C8FA 1RQHA 5DN1A 3NM3A 2RHGA 3PG9A 3E96A 1QR7A 4EIVA 1KLYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QOPA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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