1QOQA

Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with indole glycerol phosphate
Total Genus 98

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
268
structure length
254
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (1-14)TI2 (92-95)S4 (125-128)EMPTYS1 (18-24)TIV2 (45-48)TII1 (24-27)S2 (48-51)AH2 (30-43)AH3 (62-74)TVIa1 (26-29)AH4 (78-91)AH11 (235-244)AH12 (248-266)O1 (171-173)TIV3 (54-57)S3 (97-101)TI3 (128-131)AH5 (103-108)AH6 (111-121)AH7 (136-146)S5 (149-150)3H1 (133-135)S6 (152-154)TI4 (155-158)AH8 (160-169)S7 (174-177)TIV4 (211-214)AH10 (217-226)S9 (230-233)TI1 (57-60)AH9 (193-203)S8 (208-211)TI5 (244-247)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Crystal Structure of Wild-Type Tryptophan Synthase Complexed with the Natural Substrate Indole-3-Glycerol Phosphate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus 98
structure length 254
sequence length 268
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 1999-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1qoqA00
1PHWA 4WX2A 4ZQCA 3W83A 3DU0A 3W85A 2DORA 4O19A 1TRIA 2WSYA 1TREA 1OYCA 3SIZA 4FNUA 1I2RA 1JCMP 3YPIA 1YDVA 1PVNA 4MZYA 3T4CA 3I7QA 3BK0A 1T0OA 2CZ5A 3PWAA 5C54A 3G0XA 1K7EA 1KFBA 4RCXA 5EY5A 5CPMA 3M43A 4O4WA 3UY8A 1OG0A 2RDTA 4UR8A 2V5BA 3TH6A 2YW3A 1OYBA 3DBPA 1YPFA 3T44A 2ZZ6A 4FNSA 3L5AA 1O5KA 4KWWA 3S1XA 4N9BA 4LNYA 4JTTA 5LNWA 2X2GA 3SGZA 3EKLA 3PB0A 1L6YA 4YCOA 1Z48A 1BWLA 2VEKA 1QWGA 1GG0A 3GB6A 5CPNA 4R33A 4UFIA 2VEPA 3KX6A 4XQ6A 1GTHA 1P0KA 5F4WA 1DORA 1W3IA 3W7OA 2BXVA 3DZ1A 3CM4A 4EVZA 1DKWA 2X1TA 1RR2A 3WJZA 4JTUA 2HS6A 3RLUA 4CCDA 1PE1A 1HO4A 3CIXA 2Y7EA 2XN0A 2V9DA 2Y7GA 3LHVA 3NZ1A 3GAKA 1Q45A 3HPXA 3HOJA 4Y90A 5BNKA 3BW2A 4X9SA 2WQPA 3PG9A 3DENA 4YCPA 1FWRA 3W1UA 1BWKA 1MEWA 1EP2A 5KMYA 3QRHA 5SWUA 5FF3A 4RXGA 2FJKA 5LGXA 5GVJA 5BOOA 4M6PA 3N9SA 1T8XA 4JTFA 3LERA 4BR1A 1MZHA 3CHVA 1V7YA 4DBDA 4LUJA 4Y8FA 3G1YA 5HMSA 3TXVA 2ZA3A 1QAPA 4IMGA 4A2RA 2QJHA 1SFLA 1OFPA 2A4AA 3LGEA 3FKKA 3FOKA 4MYXA 3RLVA 3E9AA 1TPH1 3F4NA 1JR1A 4MFEA 3W1LA 3KRSA 4QNEA 2V8ZA 4N9DA 1ME9A 2ISWA 3KFTA 3DI1A 2I1OA 4TIMA 3DKLA 2B4GA 1W31A 4B5NA 4OU1A 1W54A 3BW3A 3GDTA 1JRCA 4UMBA 3EX3A 2EKCA 1F76A 1ZALA 2CLEA 2E6YA 3QC3A 1GZGA 3P81A 4M6QA 1I2OA 3WK0A 2OMAA 1MEHA 4WUIA 5D2TA 5KSWA 2YSWA 3F4WA 4HKPA 3EEGA 2ZRXA 4NXSA 2A21A 1XUUA 4O4VA 2JKEA 1TPVA 3NO5A 4YLWA 4UTTA 4UFHA 5DELA 3M47A 3EXSA 3HMJG 2Z6IA 3KHJA 3IIOA 1MSSA 3W74A 3KVMA 4UC5A 3IEBA 5IBXA 3WK2A 2OX1A 4I7UA 4NZFA 2NXGA 3VI2A 4IUOA 3W72A 3L0KA 1TV8A 4AMAA 2HTMA 4QJ1A 4M7TA 4GJ1A 2A7PA 3TU9A 1LBFA 5TBOA 3QW3A 5FF0A 2E77A 2E09A 1X6UA 2HMCA 3G1VA 2QCGA 4XKYA 3GVGA 3HJZA 3W7IA 3I65A 3NOEA 4IOTA 4PEKA 3P5ZA 1C29A 2QCFA 3H55A 3M5YA 1FXQA 3RFAA 3PSWA 1ML1A 4LT9A 2FDSA 1Q6RA 2LLEA 3LCLA 1MXSA 4UTWC 3TK7A 3SGUA 2X1SA 4OE7A 1KBJA 4DO4A 1KFJA 2ALDA 3W2MA 3HF3A 3JS3A 1ZAJA 3M0ZA 4XKYB 1EIXA 5KTLA 2RKXA 4WZHA 1ME7A 2A7RA 3WJWA 3B04A 3WJXA 3C8FA 3G3DA 3W2UA 5DXXA 4QISA 4LU0A 3SY5A 5D03A 1A5BA 4UMCA 3OA3A 4HIBA 1KM3A 3A5FA 4MJZA 1B3OA 3NQAA 1I2PA 1OABA 2NUXA 3B0PA 2JKAA 4JTKA 3TMQA 3W9ZA 1R47A 4RX0A 5U4NA 1F5ZA 4LS0A 3E12A 4BI6A 3DI0A 5AHLA 5G2IA 5D09A 1Q6LA 3FJ6A 4JX5A 4YMZA 3AO0A 4AHPA 1H1YA 1OVDA 1ZNNA 2OT0A 1K8YA 2QKFA 3NPWA 3W1XA 4NX5A 5DLCA 4M5PA 4MLRA 3CEPA 4TR9A 2CZDA 1L9WA 2NV1A 1NF0A 1ZCOA 1SZFA 5HR6A 3TFCA 2OJPA 2A0NA 2GQ9A 4K38A 4IMEA 1XBYA 1VCFA 3QF0A 3TAOA 1G69A 1GYLA 3NQEA 3M6YA 2VELA 3TW6A 3JRKA 1OFRA 1R46A 1X1ZA 1W5PA 3W1AA 3NM3A 1S5WA 1OJXA 1GVFA 2UV8G 1K8XA 2ABAA 1J5TA 3LTYA 3R8RA 3ANYA 1KLZA 3EWWA 3QM3A 4GXMA 1KM5A 1KTCA 2X1RA 4QITA 3G18A 1KFCA 5LNVA 1QPRA 3RF9A 4HNUA 2CW6A 4NJGA 1G6CA 3S5ZA 3B4UA 2YXGA 4Z1AA 1O5XA 1NF7A 3PR2A 1LBLA 3KRZA 2YGYA 1SW0A 4P61A 4MZ1A 2PC4A 4S2BA 4JD4A 4IMCA 5AHEA 4JTLA 4JGDA 4N9CA 4R53A 3NQDA 3F03K 2NXIA 2YFNA 2Y7DA 3FKRA 5HUOA 4GWEA 4ZQRA 3UWUA 2EGZA 3R13A 1VRDA 3E0IA 4HSNA 1DBTA 1WA3A 2QCCA 2V30A 2CFFA 4O1BA 4LW7A 5K2ZA 2DJXA 1WX0A 2DJLA 4YWIA 3LV6A 3BG5A 1K03A 4XZ9A 4N4QA 2QR6A 2JBMA 2Q8LA 4WY0A 4IX0A 1OX6A 3RK8A 2A85A 5CSRA 1OK6A 1UUOA 1XDMA 5HQEA 1IGSA 3G1XA 3NL2A 1O95A 3L5MA 3U6WA 1LRTA 4CQAA 3NVTA 2NWSA 2PRMA 1HUVA 1FDZA 4ALDA 3M1ZA 3BPWA 3MJYA 1DVJA 3MYPA 3QJAA 4NXKA 3ELFA 3Q2DA 1TPDA 4TO8A 1KA9F 3OVQA 4UTHA 3UZJA 3G1HA 1PHQA 1SO5A 5TIMA 1LRQA 3TAKA 2GQAA 3B05A 1TO3A 4YL2A 3TROA 2R91A 3TKFA 2H3BA 2XN1A 1UUMA 1M6JA 4DBEA 4IXXA 3G1AA 4MPQA 1WQ5A 3P62A 3IVUA 1LBMA 2R94A 1NEYA 1KTNA 1ALDA 3LX9A 2Y89A 1IIHA 3QPZA 2Z0IA 3T40A 2GQ8A 2HSAA 3DHDA 3CLMA 3CQ0A 3FEMA 3NA8A 3W1QA 3LCGA 1GPWA 3EKZA 3NPXA 3DFTA 3QMSA 1TPC1 2ZA1A 4IGHA 1RD5A 2ZRVA 3B0UX 4ADUA 1S5TA 3GR7A 2X30A 1H61A 1GJPA 2H8ZA 3SSJA 4TX9A 5AYXA 4MY1A 5G5IA 3W7CA 1SO3A 3DFPA 1EEPA 1GVRA 1DV7A 1EWEA 5C6MA 1AW5A 2YZRA 3KAOA 4OV9A 1WOBA 4I9AA 4KFPA 3GLCA 1SW3A 2DU2A 3S9YA 3G8RA 4EF9A 4I7VA 1VJIA 3S0CA 1TPEA 5K4XA 3DAQA 4MUZA 4Z0JA 3GKFA 2E6FA 1OK4A 1RVGA 2V81A 1FCVA 4GRSA 2Z1BA 5AC8A 5HULA 1EUNA 5EL1A 3TR2A 1B9BA 2DZWA 7TIMA 2BZNA 3LHZA 5CZ0A 1YXYA 2NV2A 1TTJA 3BLEA 4FB7A 3UWWA 4WXYA 4UTKA 1HG3A 5DXYA 2VKZG 1TMHA 3QSRA 3LRKA 3NL3A 5KZEA 1FX6A 2JK2A 3ZWTA 3FJLA 3LRMA 3UWYA 3W23A 3LI1A 3PB2A 4BI5A 2P0OA 3AJXA 5CPLA 3NNTA 5K3VA 1G7UA 1AW2A 1I45A 2V5LA 2VOMA 2X1UA 2A7NA 1DOSA 1OFBA 2C0AA 1NAL1 2BLEA 5E1QA 5AB3A 3MMTA 1JCLA 2NXHA 2GJLA 2E6AA 2W79A 2QUVA 5LKYA 3P67A 1LLWA 1FBAA 5C2XA 1M7PA 4JTHA 2VFEA 1FWNA 1OFAA 4NU7A 3W7DA 1WAUA 4DPQA 4O15A 3W6YA 4I7WA 4NX0A 4PODA 3TA6A 3OVRA 4FXSA 3CEUA 1ONRA 3LRLA 3S1WA 4NUWA 3KVLA 4IMFA 3LXBA 3QH2A 3L2IA 2G95A 2EF9A 3W2KA 4PL1A 4GC4A 5I3HA 1Z41A 3EX4A 3P80A 4XBSA 3L0NA 3U2OA 5D2VA 3SR7A 2R14A 4UTUA 3ZWSA 4JR5A 2KZHA 1H63A 5G2WA 3OIXA 3IGUA 3TSMA 4Z1CA 1C9DA 3LCIA 4ORIA 5EYWA 3HPZA 4O8RA 2I14A 1PIIA 3WJYA 3LI0A 1OFDA 2G96A 1G4TA 2E6DA 3EWXA 3TSBA 3W71A 3W7RA 3S8HA 4AH7A 1ZJIA 4O1DA 2CLKA 3GIYA 1B4KA 3VE9A 3W1RA 3S1UA 3HG2A 1CX9A 3LCHA 2PRHA 2A6LA 2O7QA 4O16A 4AF0A 1VZWA 1GOXA 3NXFA 1G4EA 5G1TA 1RZMA 3NG3A 3BG3A 1KLYA 2AQWA 1AW1A 3FLUA 3B0VC 2ZZ1A 5HWMA 4ZMGA 3HGOA 5K7JA 1X1OA 3N2MA 3M7WA 1U5JA 1HTIA 5CKSA 4BWLA 3W7KA 1Q6QA 4AVFA 1THFD 3PF3A 4LRSA 4JDBA 3W7MA 4QM1A 4AF0B 4O10A 1F2JA 4PA8A 4FNRA 5ABTA 3QW4B 1XXXA 5F1UA 4JNMA 2E5DA 4NNAA 3JR2A 3W07A 3NDOA 5D04C 3OVPA 2ZFAA 5D37A 3TDFA 4EF8A 3STFA 1W8SA 4E38A 3S1VA 3MP5A 3Q94A 1E51A 3TJXA 3EXTA 2ZRWA 4O11A 1EPXA 1LROA 3BG9A 3UPBA 1T99A 3EWZA 4K8HA 4PH6A 1AL7A 3NAVA 4X3ZA 1TIMA 4UFKA 1ZAIA 4ZQOA 4FIRA 3P82A 4IQLA 1LOSA 3TMLA 4O0KA 4DF1A 4AEOA 1F74A 3W2LA 1ZAHA 4DO6A 1TB3A 1I8JA 1XDLA 3WFAA 1I4NA 5CSSA 4JIPA 2JGQA 4JTJA 3I68A 1W56A 4CLMA 4JY8A 4MZ8A 3C0JA 3NR0A 3P84A 3TX9A 1H7NA 3MI6A 3TXZA 3ZR4A 3BW4A 3I7SA 1W5MA 4RZ5A 3G3MA 2E1DA 3OHIA 2GUUA 1DJNA 5E0KA 3CC1A 4UNKA 3O6DA 1LTDA 4BF9A 3V1PA 3K30A 1U83A 4O57A 3QMTA 2VFFA 3W87A 1TQJA 2GVJA 1KFKA 4LV4A 5EKYA 1JCNA 1JRBA 5AHFA 4O53A 3W86A 3W84A 1SUXA 4LOCA 4NVTA 1W3TA 3L9CA 4M19A 3GDRA 1C8VA 1N55A 5HUPA 5C5YA 1AMKA 4CNOA 2BSLA 1EUAA 1H7RA 2HS8A 2QJGA 3HG4A 1SZNA 2W6RA 3LCWA 1VC4A 8TIMA 1H7WA 1SR9A 1WXJA 1PS9A 3G0SA 3O16A 5DY2A 3TV8A 4K39A 3N34A 1Y0EA 1LM1A 5L6UA 3HGSA 2B7PA 2WNQA 5LNUA 4O17A 1G4PA 4FXRA 4FX6M 1DQWA 3LB0A 1CW2A 3P60A 2NUYA 1LCOA 1ZENA 5D33A 4DF0A 4W9TA 3LXCA 4QQ3A 3FFSA 5FEWA 5LNSA 1HO1A 3MHUA 4O50A 2Y63A 4KFOA 3SI9A 1QNVA 4N4PA 1LORA 3BLFA 1TJPA 1R2TA 2V0TA 1ZY9A 3TQVA 3W7HA 2NLIA 4LWWA 4FX8A 1XKYA 2B7NA 1XC4A 3W1NA 3TQKA 3W2JA 3HPSA 5FEZA 5A5WA 1AK5A 4WQ6A 4K37A 4ML9A 1IXOA 2H3DA 3W73A 5HNRA 4N6FA 3STEA 1TTQA 4ZZ9A 1FY6A 4DEFA 4LTSA 3L66A 3MW7A 3A23A 3H54A 4OGZA 4K7VA 3HGRA 1BEUA 1LYXA 1VGAA 2WSRA 1DL3A 1N7KA 3ATYA 5KZDA 1TV5A 1TRDA 1B57A 2ZRUA 2BTMA 2YX0A 3SZ8A 5HR7A 4LVBA 4JTGA 4Q4KA 1VCVA 3NYZA 3GDLA 1TTIA 4CNPA 5G2HA 4UIOA 1MEIA 3E49A 5L9FA 2C14A 1P4CA 3LBMA 1VHNA 5EPDA 4PTNA 3P5YA 1R30A 2YYTA 1QFEA 3G1DA 1PCWA 4RXFA 5I3IA 4N6EA 3PC0A 3R2GA 2E68A 1TPWA 4KFNA 2ZZ7A 1WYIA 1IXPA 2WO5A 2VXNA 3BV4A 1SFJA 3M41A 4UTTC 3T7VA 1HL2A 3B03A 5FEPA 2FPTA 5D38A 1GEQA 2ABBA 3Q37A 4HSOA 5AC6A 4HPJA 5FEXA 3ABQA 4HHPA 3VKJA 3KOFA 3BGGA 5IBXC 2VFHA 1FCUA 2G97A 5F4XA 4CNNA 1FCBA 1VPXA 5CZJA 2QJIA 2E5CA 1YDOA 4JX4A 2J88A 4MLJA 1EX5A 1OFQA 4UXDA 4QAIA 3GK0A 2Y85A 4GBUA 1H62A 4YXGA 1LDCA 2J9YA 2P10A 2Q3OA 4DO5A 3GDMA 3GKAA 2C18A 3WK3A 2GJNA 3TSDA 1ADOA 3D0CA 4J9JA 3SJ3A 4IPJA 2H8XA 2QCEA 3DH7A 5CPOA 4FHAA 4WD0A 3LTPA 3BO9A 1S3HA 4LVDA 4JEQA 4AAJA 1KM1A 4LC6A 3U8GA 1YADA 3PUDA 4JXCA 3MP4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PHW A;  3W83 A;  2DOR A;  4O19 A;  3OVG A;  1TRE A;  2DSZ A;  3L4W A;  4HBK A;  2R1M A;  3SCW A;  1JPH A;  4U2Y A;  5LIK X;  1JCM P;  4IIG A;  4LBU A;  1OCN A;  3P2V A;  1W91 A;  3I7Q A;  4DZA A;  4IG2 A;  4GIR A;  2WJE A;  4FLR A;  1K7E A;  3KOX A;  3H7U A;  4O4W A;  2VQT A;  4C1N B;  2V5B A;  4M3P A;  4FS9 A;  3PTM A;  4XO7 A;  1XG3 A;  4N9B A;  4UBP C;  2X2G A;  2MAN A;  1BAG A;  4JFT A;  3PB0 A;  3GSM A;  2E3Z A;  4REQ A;  3GC5 A;  5KET A;  2FHF A;  1BWL A;  2YDR A;  1GG0 A;  3CJP A;  1XLM A;  3TR9 A;  3VNM A;  1KBB A;  1EJV C;  3AMC A;  4UFI A;  1S1P A;  3QN3 A;  3T42 A;  1H1N A;  1DOR A;  4UQC A;  1RLC L;  5XIM A;  2VD8 A;  4EVZ A;  1DKW A;  4IQE A;  4LYK A;  4KET A;  2X1T A;  3LPG A;  1CXI A;  3WJZ A;  4JTU A;  2HS6 A;  4CCD A;  4CCZ A;  5JIP A;  3FXY A;  3CIX A;  4L6D A;  2XN0 A;  2Y7G A;  3WMB A;  4Y90 A;  5BNK A;  3BW2 A;  7REQ A;  1P6C A;  4X9S A;  2WQP A;  1I75 A;  3DEN A;  1YIX A;  1BWK A;  3OGV A;  4Q3M A;  1XII A;  1OB0 A;  5KMY A;  5SWU A;  2UY3 A;  3B8T A;  4B92 A;  2Q02 A; 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