1QOQ | Genus

Total Genus 98

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	98
sequence length	268
structure length	254
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of Wild-Type Tryptophan Synthase Complexed with the Natural Substrate Indole-3-Glycerol Phosphate. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
total genus	98
structure length	254
sequence length	268
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	1999-11-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1qoqA00

3FKKA 2WKJA 3UWZA 3W71A 5GVJA 2XN0A 1N8FA 1HO4A 3KAOA 2DZPA 4U4MA 2GQ8A 3QW4B 1FWWA 1G67A 1UBSA 2OT1A 1I2NA 3G0UA 1PS9A 1KM1A 3EX1A 4OQVA 2QDGA 5CPLA 3HOJA 1DKWA 3L66A 1PCWA 5LHFA 4ZZ9A 1XI3A 2YYTA 4NJKA 2Y7EA 3LX9A 4BI7A 2B4GA 4JN6A 1VYRA 5DY2A 3CIWA 5AB3A 1XDMA 3L5LA 3LOTA 4BK9A 3CEPA 4LC6A 3M0ZA 1K7EA 3W07A 1O4UA 3U6WA 3TJXA 1QDSA 1SR9A 4JXCA 3LCWA 4RZ6A 2AGKA 4MUZA 3W1XA 1QFEA 1TTPA 4UTWA 1JCLA 3M47A 1ICPA 4HSNA 4UFJA 1O5XA 1T96A 2B7OA 2P10A 3KVKA 3NL6A 3BGGA 2QCCA 3PB0A 4LVGA 3P84A 2PE4A 3VE7A 1ADOA 3LV5A 1B3OA 3EXSA 2C6QA 4JDBA 1I8JA 5AHEA 3A21A 1SO3A 2J9YA 3MI6A 3W2UA 2H8XA 1L6SA 2QJIA 1S5VA 1KM6A 5EBUA 3THQA 1H60A 4R53A 4UTTA 4DF1A 4XBSA 4LS2A 2NWSA 4NNBA 1YPFA 4KFOA 1H7XA 3TX9A 3NQ2A 2ZZ1A 2Q8LA 3EWWA 4AB4A 4MZ8A 5D32A 4FO4A 3KVJA 4Z0JA 4DEFA 3W2MA 1JUKA 3EKLA 4RZ5A 3L65A 5F4WA 3UXDA 3QEZA 4HSOA 1TCDA 3IIVA 3Q37A 2J88A 3NDOA 3P8JA 1GZGA 4Z1AA 3QW3A 3QMTA 4N4QA 1KW1A 1DHPA 1KBIA 1ZCOA 2CLIA 2DZVA 3N2MA 4E2DA 2GOUA 1S5TA 3CU2A 4M7SA 5KZMA 1OFQA 1LRTA 4RCXA 4MYAA 1LOSA 4Y96A 4O0ZA 3EKZA 4GUGA 5F2IA 1K03A 1F73A 5AHLA 4TMCA 5D33A 2NX9A 1YADA 3KRSA 3P67A 3UWQA 3CTLA 3R13A 2V82A 3NL3A 3FYOA 5MHBA 3PBWA 3UPWA 3N34A 4I9AA 2ISWA 5A5WA 3IVUA 3N19B 4ZQNA 5L9FA 3LTYA 2GPTA 3W85A 4R34A 1KFJA 4JTHA 3R89A 3HGJA 4N6FA 1KFLA 5I3IA 1V5XA 3T78A 5ABTA 2YYUA 1QNVA 2OX1A 3DFNA 3S5ZA 4ICNA 3SY5A 4NVTA 3O1NA 4XWUA 3GLCA 1LM1A 2H3BA 1RZMA 1SO5A 3HMJG 4UMCA 3EXRA 3GKAA 1KFCA 1FWNA 2ZA1A 1VHNA 4O28A 3G22A 4BWLA 4X9SA 3UNDA 2ZRUA 4HIBA 4UTLA 4LUIA 4AAJA 5KTLA 2C18A 2PCQA 1GVSA 2QR6A 3P61A 3BW3A 2RH9A 3S42A 4BWLC 4LVDA 2YFNA 4CCEA 7TIMA 4MYXA 4DPPA 5HR7A 1JRBA 3EX4A 3GYEA 1WOAA 3I7QA 3I7RA 5DY3A 1NVMA 2GJLA 1A5AA 3NPXA 2VENA 4NXKA 1OFPA 4UXDA 3DH7A 3P60A 1ZNNA 1VC4A 3NL2A 4UIOA 1O95A 1VCFA 3GDKA 3E9AA 1K8YA 3C2FA 4JTGA 3DZ1A 3P80A 1H5YA 2NZLA 5HULA 4LS0A 1D3HA 2X1RA 1W31A 1WXJA 2ZRVA 2ZRYA 3MI2A 3M5ZA 4NU7A 2JBMA 5AYXA 1GVOA 3GDRA 3TNOA 1KFBA 3CEUA 2QCGA 3P7YA 4WY0F 2CU0A 4UNLA 3RFAA 4DPQA 5SWUA 1H1ZA 1R46A 1R2SA 2FTPA 1B9BA 3CM4A 3PSVA 1TTJA 3LRMA 4ALDA 4JTJA 1PVNA 2OMAA 1KFKA 3WJSA 3A5VA 4IUOA 1M6JA 2QCHA 4M6VA 4KWWA 4EWND 4FNUA 4MVAA 3K30A 3L0KA 3FJ6A 1DJQA 1F7BA 2E6YA 5G1YA 1Z48A 2FIQA 1W5PA 3IIPA 3LHWA 2C3ZA 3ZWTA 4UFMA 3C3NA 4YCPA 3GXPA 1I45A 4O8RA 3WJWA 5KSWA 1TRIA 4R7JA 2FPTA 4CQ9A 2ZTJA 3DFTA 3LBCA 3W7MA 4A22A 2DZTA 2BWGA 4IPIA 5FI8A 3WFAA 3B0PA 1AL8A 5F4SA 4MOZA 1OABA 1JRCA 3DENA 1M5WA 4UFIA 1EUNA 4BR1A 1WQ5A 3LLFA 1OFBA 2DJLA 4EF8A 2E5CA 3NPWA 5K7JA 1TB3A 4W9TA 1UJPA 5E93A 1XBXA 2P1FA 3TC7A 1YDOA 3LHYA 2FPVA 3LCXA 4AHPA 3W87A 3MMTA 4XTDA 4LVBA 3MHGA 4FIQA 3NQEA 4UTIA 5I3JA 1H7PA 1YTKA 4K36A 4MIMA 1CX9A 4FF7A 4IXHA 3W74A 4K39A 3DHFA 1OF6A 4ZQRA 4LY8A 3DKJA 1QMLA 2YW3A 3W7RA 3UY8A 1WAUA 1RR2A 4ZQMA 1FWSA 3EX3A 3LXCA 2VEIA 5F1UA 4K8EA 2ZRXA 1A5CA 4MPQA 3GR7A 3W23A 4GFSA 4QNWA 1MEHA 5E0KA 4Z1DA 4D2JA 1FCUA 3RF9A 3C2OA 1EA0A 1YPIA 4IOTA 5LNWA 1OX4A 4GNJA 2CLLA 1YDNA 5AHMA 1GVFA 3GAYA 5E1QA 2DJXA 3BW2A 3W2NA 2QUVA 2YW4A 2DORA 3DAQA 5LHEA 1C8VA 4Z1BA 2ZCGA 1TPH1 3W1AA 4X22A 4N9CA 3I7SA 3TCEA 3VFLA 1JUBA 2CLOA 2A6LA 3TMLA 1TJRA 2DU2A 2VEPA 2ALDA 4OE7A 3S1VA 1T99A 5CPMA 1JCXA 1VGAA 2QUTA 2ZA2A 4EF9A 4IGHA 4KFNA 5DXXA 2VOMA 3OVPA 1OK4A 1W3TA 2WSRA 4ORIA 2V8ZA 2NUYA 3GZ3A 3SFKA 1XFBA 1XKYA 3TU9A 1IXOA 1AW2A 3WK1A 4WUIA 3G1VA 3C8FA 5EA9A 4AEOA 3RU6A 3IVSA 1NF0A 3WK0A 3EX2A 3QC3A 3TE9A 2Q3RA 4Y9AA 3OVRA 3LRLA 3W7EA 5LKYA 1DJNA 1PV8A 2QCDA 3DFPA 4I7WA 4PODA 4Q32A 4B5NA 3W84A 3L68A 3MYPA 4EVZA 3GR8A 3NA8A 3NEVA 1JJKA 2CW6A 1BWKA 2QKFA 3HPSA 4IXXA 4O1CA 4Q33A 5BNKA 1H50A 3DXIA 1J4EA 3AJXA 5CSRA 4O50A 1MXSA 5DCEA 5LNRA 3EWUA 1IXPA 2H3DA 3SI9A 3W76A 3T44A 1SZFA 4NQ1A 2CZ5A 1FX6A 3W1NA 4JIQA 5K4XA 5HWMA 4RV8A 3LHZA 2Y7FA 1GG1A 1F6KA 2UV8G 3OBKA 2Z0IA 4CLMA 2GQAA 4XQ6A 3QRHA 4GJ1A 1LYXA 2V0TA 1TTQA 2JK2A 4JTSA 4M7TA 3W7IA 3F1QA 3G1AA 5FEWA 2O7SA 3S5NA 1GWJA 2ZRZA 2HMCA 5HQEA 3QMRA 2ZZ3A 4GUHA 1SUXA 4HHPA 4FXRA 3P74A 3W3OA 1KM2A 2QF7A 4NX0A 4CCCA 1AMKA 3GNDA 4MY1A 1X6UA 4TIMA 2EPHA 2VC6A 4UFLA 3SZ8A 2JKAA 3G1SA 4S2CA 2ISSA 4FB7A 2PRMA 1P0NA 4LV9A 5I3FA 2A6NA 1W5QA 4DF2A 1QR7A 1EPXA 5I3GA 5J5RA 3NO5A 1LDCA 3O8AA 2NUWA 1T8XA 4TX9A 1MEWA 4EOUA 5D38A 4ADUA 3HG2A 3BARA 2GUUA 2G97A 2X1TA 3W7GA 1QCWA 3MUXA 4OT7A 3QPYA 2TRSA 1ZJIA 2DZUA 5K9DA 1H51A 4DQWA 4AF0A 4NXSA 2RDTA 4OU1A 2CLHA 3PY2A 1TPB1 1XBZA 3QQ0A 3LDVA 4OWGA 3QQ1A 4UNKA 2CLEA 1GYLA 1YXYA 3T55A 4NJGA 2E77A 2WO5A 3RK8A 2W79A 5G1TA 3DHDA 2ZZ5A 2ZZ2A 1ZY9A 3IV3A 3GB6A 4L4LA 2BLEA 1IIGA 1DV7A 3V75A 3PF3A 3PAJA 4ZVJA 1M7OA 2YPIA 3G24A 1HTIA 3GKFA 5AYYA 3TK7A 4C1KA 1H7NA 5TBOA 4HKPA 2ABAA 1TPUA 5G4WA 2DZWA 3JR2A 1IGSA 2NXGA 3LERA 1PL9A 4MFEA 4GBUA 1TYGA 3WJYA 3VCRA 4DBEA 4UFHA 4AVFA 2Q3OA 3TFXA 3G1YA 2B0MA 2HSAA 4BI5A 1LTDA 1Q45A 3HG5A 1TRDA 3RLVA 4YMZA 3FFSA 5EPDA 4OBTA 4XUGA 1SW0A 4FNRA 3BV4A 1TIMA 3A22A 2Q8ZA 1HFBA 1K8XA 3MP4A 3T7VA 3BK0A 1YXCA 3QH2A 3PBUA 4K37A 1EX5A 2WJZA 3I6RA 3L2IA 4O4VA 1LZOA 3VNDA 5KITA 1GQNA 3PVFA 1FXPA 4UTWC 3W7QA 2Y6ZA 3NNTA 1KTCA 3B0UX 3LXAA 1VZWA 4JTLA 2EGZA 3TMQA 1EWEA 3W1QA 3F03K 3KVMA 1VLIA 2RKXA 4I7VA 3PULA 2ATMA 3O6CA 3S5YA 1TSIA 2NV1A 5C2XA 2H8ZA 4BF9A 1I4NA 1SO6A 2WV8A 3O05A 4RXGA 4PL1A 2V9DA 3EWXA 1OF8A 1TREA 4LRSA 4P2VA 1MSSA 3NZ1A 1WA3A 1SZGA 5CSSA 3UZJA 3SW6A 4UTTC 4LW7A 3O07A 1ICSA 5TQLA 2A2IA 3NQVA 4MJMA 3SJ3A 2BTMA 1OX6A 4ZQCA 1A5SA 4QM1A 3UWWA 3UY7A 1K02A 2ISVA 5FF0A 2EHHA 3LRKA 3UXAA 5F1VA 1IXQA 1UUOA 3UQNA 1TPC1 1HG3A 3KXQA 2IQTA 4A3UA 2Z2UA 2CLKA 1GEQA 2R91A 2ZZ4A 4RKAA 1Z41A 5HWJA 3W7HA 1UB3A 4X2RA 1H7WA 1P4CA 2VFHA 2V30A 4LUJA 3QM3A 4O10A 3UZ5A 3CT7A 4IJBA 3W7CA 3O6DA 4JNMA 5AHIA 1D3GA 1H61A 1TO3A 3NQAA 3PM6A 2VFGA 1LP6A 2F84A 3S9YA 4QJ1A 2PC4A 4K7YA 4TU1A 1I2QA 2CZFA 1FCBA 1K8ZA 3R2GA 3CQ0A 2ZZ7A 1QWGA 1JCYA 3CB8A 3USBA 4EIVA 5AHFA 3LHTA 5D30A 3W73A 3LI0A 4N02A 4TR9A 2A0NA 4MLJA 3V1PA 1NF7A 3W7OA 1GG0A 1O94A 5DCDA 2BSLA 4G1KA 1TMHA 3NQDA 4WXZA 1LBFA 4O54A 1A50A 3W22A 1YTEA 4A21A 3BLEA 1W3NA 4OV9A 3VE9A 1A53A 4JR5A 4BFAA 1QPQA 1X7FA 2J6XA 2Y63A 2X1UA 3LV6A 1TV7A 4YLWA 1VYPX 1AK5A 1H63A 4FX8A 2ZA3A 1EP2A 4WQ6A 1VCGA 3WJXA 2EAWA 3QSTA 3TXVA 1TV5A 1RQBA 2YFOA 3IRDA 3FOKA 5J5DA 1K3UA 1WX0A 2EF9A 1NSJA 2C0AA 3N3MA 5HNRA 1RQHA 4KKXA 1KTBA 1TPDA 2JGYA 4ML9A 4QNEA 3SECA 5AC7A 1KV8A 4FXSA 2R94A 4FX6M 1DORA 3L67A 2QCFA 4XKYA 4K6AA 1VPXA 3MP3A 3PB2A 4A29A 1M7PA 4GC4A 1Z42A 3IGUA 1KV5A 5EY5A 4E38A 2E6AA 3QJAA 2CZEA 2R8WA 1VS1A 1MZHA 2A21A 4JYFA 3QMSA 1YXDA 5HUPA 3KRZA 4MJZA 1HUVA 2QAFA 4YXGA 4CCDA 3QF0A 3PG8A 4MLRA 3BPWA 2BXVA 4PFMA 4AXKA 1F5ZA 2FJKA 3TW7A 3BGJA 1OFRA 2GQ9A 1OHLA 2LLEA 1VCVA 3GAKA 1FDJA 3TAKA 1OYCA 4FNPA 3GDTA 4CNNA 3TFCA 3TROA 3FEMA 3OIXA 4O4WA 3DBPA 4FNSA 2ATSA 3L9CA 1OFEA 5G4EA 4NJHA 3ELFA 2Z6JA 3TSMA 3OG3A 1QO2A 1W1ZA 1EB3A 3QSRA 2VFEA 1J2WA 3RMJA 4XBKA 2C19A 1NEYA 5HMSA 4O57A 2ZDRA 3GDLA 4LOCA 1NFBA 2WQPA 3HGRA 4UMAA 3ATZA 2ZBTA 4DO4A 4JTIA 4E0CA 4PL2A 1WOBA 3M5VA 1K7FA 3W2JA 4QITA 3INPA 1F76A 3LTPA 1QPNA 3FKRA 4JD4A 3M5YA 4UC5A 1JQXA 4RZ4A 4IX0A 1KFEA 8TIMA 1LBMA 4WOZA 5KINA 3P62A 2D73A 3C52A 4IMGA 3PWAA 3HO8A 3E49A 3N73A 4FNQA 4O0KA 1SZEA 5KMYA 4HPXA 3G1HA 3W83A 3M6YA 3KFTA 2Y88A 4KFPA 1LOLA 5D09A 5K9CA 1XBVA 2RDWA 1W8SA 1XL9A 3QFEA 3IIXA 3TA6A 2WPBA 1THFD 4H4IA 3NAVA 2NXHA 4WX2A 5DXYA 3E96A 2H6RA 5D2VA 1X1ZA 3CWNA 5D05A 3S1UA 2QJHA 1G4SA 2QCEA 5AC8A 5DLCA 4GE8A 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1UUMA 4GUIA 3UD6A 2QCMA 1OVDA 3W7DA 4ZQPA 1SSGA 3GNNA 4O1BA 3M43A 1HL2A 2RFGA 4P61A 5FEZA 4JTUA 4LV4A 1LLWA 1RV8A 3MJYA 2A1YA 4U28A 4ORMA 1ICQA 3HGOA 5F4XA 1GPWA 2TSYA 4AWUA 4IMDA 4MY9A 4XTIA 1ME9A 1BWLA 1SSDA 3ZS4A 2OCZA 5H91A 1SU5A 4JTTA 4YCOA 2A7NA 3LLDA 2C1HA 1GVQA 3G0XA 1P1XA 4S2BA 1DOSA 4NZJA 4PEKA 5DN1A 2E5DA 4QSHA 3KVLA 3CPRA 3HBLA 1CW2A 4N9EA 4HNUA 4O17A 3T4CA 3O16A 2Y85A 1JR1A 1FWTA 3OA3A 1FUYA 4PH6A 2NXIA 2JGQA 4JY9A 2JKPA 5DCBA 4Z0SA 3PS7A 4O14A 1XUZA 2G5WA 4K7VA 1G7UA 1L6YA 1SFJA 3NM1A 1V7YA 4Y6GA 3IVTA 4ADSA 2A85A 4JX5A 5G2WA 2E6DA 2R14A 3M41A 3EX6A 4O13A 1KLZA 3SGUA 3DI1A 1C29A 1JCJA 4JGDA 1I2PA 3DFQA 1Q6QA 3MHFA 1KM0A 1KA9F 3AO0A 2NUXA 3NM3A 5D04C 4HNVA 1GTEA 2XN1A 5C5YA 1LOQA 4JX6A 5K2ZA 1XXXA 1XC4A 3NG3A 5AOUA 5FF4A 3Q58A 1TPEA 2W0UA 4M6QA 3G3DA 3I65A 3DFSA 3MO7A 4UTMA 3HJZA 3PBVA 3W6YA 4TO8A 1PIIA 3G8EA 4TMBA 3GVGA 4JDYA 2ZQ0A 2V2CA 1H1YA 3Q2DA 1TPWA 3KOFA 3D0CA 1ZAIA 4IMCA 1Y0EA 5C6MA 2QAPA 2KZHA 4GXMA 3LB0A 2FQIA 1EEPA 2NWRA 2YX0A 3TUUA 3CHVA 3TJLA 5H2ZA 2I1OA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QOQA

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