1QOXA

Beta-glucosidase from bacillus circulans sp. alkalophilus
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
449
structure length
449
Chain Sequence
SIHMFPSDFKWGVATAAYQIEGAYNEDGRGMSIWDTFAHTPGKVKNGDNGNVACDSYHRVEEDVQLLKDLGVKVYRFSISWPRVLPQGTGEVNRAGLDYYHRLVDELLANGIEPFCTLYHWDLPQALQDQGGWGSRITIDAFAEYAELMFKELGGKIKQWITFNEPWCMAFLSNYLGVHAPGNKDLQLAIDVSHHLLVAHGRAVTLFRELGISGEIGIAPNTSWAVPYRRTKEDMEACLRVNGWSGDWYLDPIYFGEYPKFMLDWYENLGYKPPIVDGDMELIHQPIDFIGINYYTSSMNRYNPGEAGGMLSSEAISMGAPKTDIGWEIYAEGLYDLLRYTADKYGNPTLYITENGACYNDGLSLDGRIHDQRRIDYLAMHLIQASRAIEDGINLKGYMEWSLMDNFEWAEGYGMRFGLVHVDYDTLVRTPKDSFYWYKGVISRGWLDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title The Crystal Structure of Beta-Glucosidase from Bacillus Circulans Sp. Alkalophilus: Ability to Form Long Polymeric Assemblies
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
total genus 177
structure length 449
sequence length 449
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 1999-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1qoxA00
1BYDA 2NW0A 3WH5A 1ZS2A 2J7GA 3L4XA 4IUGA 2J25A 1F4HA 3VOCA 4D6IA 3II1A 3WEOA 1Z32X 2AMGA 3VINA 3AFBA 1X1NA 4GQRA 1MQRA 1HJUA 1K9DA 3WENA 4W7UA 2YA2A 5DT5A 1GOOA 3SCTA 1KXQA 4QLKA 1KCKA 1JZ3A 1XH0A 2GDVA 3M07A 3G6MA 1HKJA 4JFTA 4GIAA 4U31A 3BC9A 4AIEA 2JALA 1B1YA 4D71A 1X6NA 1UQZA 2CHNA 1ISZA 3SUUA 1OT2A 2GJRA 3HJEA 4IPLA 2G41A 1ITXA 2NT0A 2PBOA 3QHMA 4H41A 3MU7A 2VO5A 1ISXA 2BV9A 1BYCA 1TE1A 2XFRA 5BXSA 1WDRA 2DSWA 5BYWA 3ARRA 7CGTA 4E8CA 5CG0A 2JF6A 2VT0A 1SYTA 3VM5A 4P8VA 5LYRA 5E9AA 2WVSA 1UR2A 5A2BA 4J7RA 1MFVA 1CDGA 4W86A 2CBIA 1B9ZA 3WBEA 4D6JA 1KWGA 1BQCA 4H8UA 5JBEA 4XB3A 1E4LA 1EQCA 3GNPA 2JF7A 2G4FA 2C8NA 3B9EA 4N0RA 1E6QM 5LA1A 3ZJ6A 3ARZA 1FP8A 1FA2A 4PMZA 2OWWA 4AMCA 3ARWA 2CETA 3PN8A 3AYRA 1E72M 3BCDA 2Y8VA 7A3HA 4OKDA 3EMQA 2VZOA 1NWSA 3WD0A 2OYLA 1VFOA 1V02E 2WCGA 2EPKX 2UY2A 5ABFB 2VX5A 2WZHA 5FKYA 1JZ8A 1D3CA 1EH9A 1UD8A 3DYPA 1ZU8A 2WLZA 2ZXAA 1JYNA 4Z2LA 1KBKA 3FN9A 2UY3A 1H4PA 2WMIB 3K4DA 1UR0A 2YOCA 5EMYA 1HKMA 3AHXA 3W82A 1C8YA 3PZMA 5A69A 3PZNA 3LPPA 4PTVA 1QPKA 3ARQA 4CN4A 1CZ1A 3RO8A 4BF7A 3MUIA 1AVAA 4XX6A 4BA0A 1E6XM 5I6SA 4W8AA 4W85A 1XH1A 1LLOA 1NARA 3NCOA 4OJYA 3U5YA 1L8NA 3L4ZA 3WFLA 1GJUA 1U33A 4J28A 4DWSB 1W91A 1VBRA 2CCRA 4TX6A 1B3YA 4HA1A 3QOKA 2BNJA 1G5AA 4GO9A 4OBSA 1BGGA 3AJ7A 3VX0A 1JI2A 1LL7A 4Z2GA 3FW6A 1J0HA 2V3DA 2XVLA 1J0IA 3THCA 1J01A 1D7FA 3UEQA 3WUFA 3W25A 4UQAA 1M7XA 3IJ8A 4P7RA 1IZKA 4PMRA 1EDQA 1CXKA 4D6DA 5AY7A 3RILA 1J0JA 3VDAA 3T2PA 3AIQA 3RM4A 2QF8A 3CHDA 2XVKA 1EDGA 5GNYA 3SCOA 1E0XA 4HMEA 4L4PA 2YLLA 3U57A 1EQPA 1MW0A 4KRUA 1GCYA 3SEPA 3OGSA 2VRQA 5DT7A 3VNZA 2FH8A 3WMSA 2AOSA 4H8VA 3B9AA 5GQBA 3IJ7A 1OGBA 2VQUA 4QLJA 1V08A 4MNKA 2ZUUA 5EFDA 3RM8A 3VO0A 6A3HA 4H04A 5I79A 5DF0A 3VU2A 2C7FA 4PUDA 3THDA 1JZ7A 4LX4A 2Y8KA 2ZXDA 3GTNA 4LPCA 4QCEA 1WB0A 3OB8A 1DWHM 2WMHA 5CPQA 2YL8A 1V6YA 1CECA 4M8UA 1PX8A 5M3WA 2YL9A 1H41A 5DO8A 3K8LA 4AEEA 3A47A 1WE5A 3N13A 5DEZA 1WDQA 4CU6A 3MO4A 1C7TA 5FL0A 2D1ZA 3WNNA 1LG2A 4DWSD 3WDHA 4S3JA 4LGXA 1CNVA 2BVYA 1CGWA 1GORA 2WB5A 2DIJA 4PTXA 2DSKA 4TTUA 1MFUA 2ZUTA 2QLYA 4AC1X 2Y2WA 3NJ3A 1KR0A 2X09A 1TFVA 2VOTA 1PX4A 2WXDM 4MB5A 2ZUNA 3GH5A 4OZOA 3VILA 1XRVA 4AYSA 1GOIA 5DMYA 3MMWA 1W32A 1UWQA 4AZCA 5I3DA 1NWUA 3O2LA 4BZYA 4XZBA 2OYMA 4MNMA 2VI0A 1JXKA 1WZKA 2GSJA 1G0CA 1WPCA 1IV8A 3APGA 4ATWA 3VVGA 1OIMA 4PMDA 1CXEA 1H3GA 3SIMA 5A6JA 1BHGA 3L2MA 2WHMA 3L4WA 1C93A 3HU7A 4MB1A 3KZSA 4LQ1A 1MQQA 1W1VA 1K9FA 1W3JA 4PCTA 1DEDA 3A3HA 1B0IA 1E3XA 1EO7A 1XCWA 2DT0A 1NH6A 5D8WA 3ARSA 5I2UA 4QCFA 5CPSA 1RP8A 5I23A 4HOWA 3N1AA 1UKPA 1DWFM 4GI9A 3IJ9A 2PC8A 5HDRA 1BF2A 5D9NA 1KGXA 3ZSSA 1UA7A 2CBUA 2VZSA 1QI5A 2WZEA 1GHRA 1JYVA 2PF0A 4JHZA 3E1F1 4B16A 2BVTA 2XFYA 3O9NA 5JUVA 2WVVA 4Z2IA 4JFSA 5C71A 2ZIDA 3D3AA 3VIOA 1H11A 4RE4A 3CZJA 1BPLB 1CBGA 5HNNA 3FHAA 3DYMA 1GQIA 1FFQA 5E70A 1VRXA 1TVPA 4AY1A 5A95A 3W37A 2V5DA 3SCPA 1K6AA 2D0HA 4ATLA 1KR1A 1CXIA 5DFAA 1W9XA 2W67A 3VKKA 5HOSA 3AIVA 2XGIA 3AHYA 1EGZA 8CGTA 3NSMA 4W88A 2CNCA 1E6PA 3EBVA 2YDRA 3UERA 4UQBA 2O9PA 1B2YA 2YBUA 4PMYA 1B3ZA 1JYWA 3PTKA 5IHRA 3RDKA 3WN6A 1KBBA 1E40A 2MANA 1UKTA 2WMFA 1HJVA 3WMBA 2CBJA 4R5EA 3CBWA 3U7VA 1UR8A 4M24A 4AXNA 1RH9A 2A3EA 3EDJA 3ZOAA 1UH3A 3AS0A 4PBGA 3CMGA 1KXVA 2ZX5A 4D6EA 2CPUA 3VD4A 3CUFA 4HOZA 2A3BA 4W89A 3T0DA 1KGWA 2DH3A 3D5HA 2OSYA 1R85A 1UWSA 2J7EA 3VIKA 4DM2A 4W5ZA 1TA3B 2J7HA 3ZSTA 5JIWA 2ZUVA 2GFTA 2BXZA 1CWYA 3GZAA 4AD3A 1W1TA 3AMDA 1JF6A 5A6AA 2XM1A 4FLSA 4W7WA 1LL4A 1NOUA 3AIRA 3NSNA 2EPLX 3A6OA 2GJXA 5M5DA 1ZBWA 4AD1A 2Q8XA 2WKGA 2EXOA 2PWEA 4M56A 1MW2A 1NP0A 2WSPA 3U7BA 3N18A 3NDZA 4P7QA 1QHPA 1QI4A 1QNPA 3SUTA 4D6FA 4PUEA 4UNIA 1HL9A 3KWXA 1E6RA 3MKKA 3CZLA 3N17A 3W6LA 1MVYA 1XYFA 3SCNA 1G01A 1MQPA 1LL6A 2DPEA 5AC4A 1GOQA 3K8KA 1GZJA 3NUKA 5D8ZA 3WQWA 3M46A 3AZSA 2XM2A 3WDPP 2G8ZA 4HOXA 3ARVA 1AQHA 3AS3A 1CEOA 4AEFA 4WSKA 5GPRA 3LPOA 3K1DA 2EJ1A 4DUVA 1GUVA 2J8GA 1OD8A 1ZBKA 4CGTA 2WC7A 2ZX9A 4D6HA 2BHYA 3PZVA 4XZWA 5I78A 4BCEA 3RJYA 1HJWA 1LWHA 2QHAA 1E5JA 2XSBA 4UFIA 2VZUA 1FH8A 2CIPA 5I5RA 2J8FA 4U2ZA 2CKRA 2WMGA 4P7LA 3SCUA 3AROA 5CLWA 1US3A 4GZJA 3NSXA 4BS0A 3B9DA 3K4AA 2XVGA 1R87A 3PHAA 1LG1A 5BXPA 3VPLA 3VGEA 1V3IA 1WAWA 3WL1A 3SUWA 1CENA 3IAPA 1XSIA 3VX1A 3AISA 3VIFA 3ARYA 3A4AA 1ESWA 3U5UA 1CTNA 2GK1B 3WFZA 3BAYA 1W1YA 1V3KA 2RGLA 3MSDA 1V3LA 4J3UA 1V3MA 4UQCA 3VNYA 2XPKA 3SCQA 5FIPA 2D0FA 4CCEA 3AXIA 4J3SA 2EEXA 2WANA 1ECEA 2YKKA 3WD3A 1HIZA 1QNSA 1MW3A 1Q6EA 1H0GA 1UG6A 1VEMA 1FH7A 4ZFMA 4WKHA 4A4AA 1GQJA 4MB3A 1OWQA 2V5CA 3M7SA 5A8PA 2AAAA 1XYZA 2YA1A 2WHKA 1W9BM 4CD8A 1HP4A 3WH9A 4FK9A 2J47A 1E0WA 1G1YA 3SUSA 3AMGA 4ZENA 1CXLA 3RM9A 4AZ5A 4UTFA 5BRPA 2ZE0A 5KEZA 4JL2A 4TXEA 2BY3A 1GVIA 3NYDA 1R8LA 3AICA 1US2A 4PYSA 4WLCA 4LXFA 4M1RA 2VVSA 3AMKA 1GQLA 2YJQA 1JFHA 3GXDA 4B3LA 3WF4A 1SR0A 2PI6A 1HT6A 1ODZA 3AHVA 3OBAA 5A1AA 4X0NA 5FD0A 1L0PA 2XTKA 4Z2KA 2B31A 4XUYA 2BXYA 4J3VA 1QBBA 3VGHA 1PX3A 4AZ7A 5C70A 1E43A 2O9RA 2NT1A 4QP0A 1ISVA 3UG5A 2X0HA 3AHTA 1C3FA 4HMCA 3VM7A 4HTYA 1GW1A 3BLKA 3KEHA 2XWEA 1B90A 1ZJAA 2JIEA 3BSGA 1R7OA 3ZT7A 3CLWA 3OLDA 1H1NA 5D9PA 3WDQA 3IANA 1CIUA 3RIKA 2BY0A 3ARXA 4NZCA 3M6DA 1G94A 4AZBA 2DSUA 3BMVA 1DP0A 1EOKA 4Q7NA 1PJ9A 3CMJA 1GHSA 1JFXA 3FXYA 3CH9A 1OT1A 1IZJA 1AQMA 2D24A 3ZMRA 1WCGA 3WBAA 4L4OA 4Q22A 4MJ2A 3EDKA 4YN5A 5IXEA 3T09A 2WCSA 3CGTA 2D3LA 2IUZA 3I3EA 1UD4A 3QOMA 3FAWA 3AXXA 2JIWA 1PAMA 2JEPA 4RE3A 3IK2A 4WK9A 1EDTA 4CD7A 1ZBVA 5CZKA 2J7FA 5A6BD 1E9LA 5C8BB 4W7VA 1V3HA 3AIWA 4AD4A 3CZ8A 4TX8A 1UWUA 1GOMA 2QPUA 4Z2HA 5HPOA 1J18A 3MS8A 3HMCA 3VGBA 2EBNA 4UCFA 4PMNA 4C7GA 2WHLA 3VGDA 2WNWA 4H8HA 4WKAA 2W61A 3UCQA 2HVMA 2W5FA 1M03A 1SMAA 1CXHA 5ABFA 4F9JA 1DWAM 4W8LA 1XHGA 4U3AA 4QLLA 3W29A 3WELA 1WO2A 3PZTA 4CCDA 1JZ4A 1E73M 3TONA 3CZEA 3EDDA 4TTGA 4CD6A 3F5KA 1CLVA 4YPJA 2YL5A 2GUYA 3IAQA 2BVDA 1CGTA 3L4UA 2YDSA 2WMIA 3N15A 1F4AA 2CITA 3OZPA 5EB8A 1N82A 3VIPA 1UR1A 2E0PA 3WEZA 3GXMA 2V3FA 1KWKA 5BRQA 3QGVA 1LJYA 1OINA 4ZXOA 3T0AA 2VZTA 4MAZA 2UY5A 4PSRA 4M82A 4TVDA 3ZJKA 4AD5A 3PTQA 5JIPA 2ZWYA 1H2JA 1I1XA 2Z1KA 1XCXA 4DWSA 1EO5A 4EK7A 4CVWA 4NSBA 3ECQA 3VIHA 3O6AA 1HJXA 5ABHA 4HZ8A 3UR7A 3ZQ9A 4H2CA 3WF0A 2Y4SA 5JBFA 4UFMA 2DEPA 3W27A 5M03A 1M53A 1CLXA 4KGLA 3ZR5A 3UETA 3I3BA 3AI0A 3MUY1 4ATDA 5CGMA 1B3VA 2XVPA 3KL0A 2EO7A 3GM8A 1UR9A 5I24A 1C90A 1XV8A 3L4YA 1OIFA 4JHOA 5BXRA 2NSXA 2VURA 1WDPA 3GXFA 1VFMA 2PB1A 1H0IA 4GI8A 4J3XA 4ACZB 2GDUA 4JFVA 3ZM8A 3AZTA 2PWHA 2G3NA 2QMKA 1QNRA 1VFUA 4UOZA 4DM1A 4D6CA 1BG4A 1G9HA 5IFPA 3WH7A 1UWTA 1E5NA 4F66A 1OSEA 1E70M 5CPTA 4B15A 3W81A 4NF7A 3MANA 1H49A 3EYPA 4PN2A 4P8UA 1TVNA 4W8BA 2RGMA 5CSYA 1CPUA 3PZUA 3WKZA 1VAHA 1TMQA 1A3HA 1HVXA 2X8RA 1NQ6A 2X2YA 1NM9A 1E56A 4K68A 1IT0A 5A2CA 2XIIA 3WDIA 3DHPA 1V0KA 4V27A 2E9MA 5ECUA 1QW9A 1A47A 5AYBA 1QHZA 3BAXA 2W66A 5TD4A 4MB4A 2E40A 1QNOA 2OSWA 2DQXA 3WF3A 2D2OA 4D1IA 2A3HA 4A3YA 3T08A 2E9BA 2WM0A 3AHZA 1HKIA 2VUYA 1B30A 2YLAA 1K9EA 1I75A 3AMCA 2V3EA 1BYBA 2X0YA 3PZOA 4U5IA 3PZIA 4CN1A 4DUWA 1P6WA 2O9OA 5EBAA 1CXFA 1JXJA 2X1IA 4HZ6A 1J10A 2VL4A 1E6NA 4CKQA 1WKYA 3WD4A 1JF5A 3VD3A 1OCQA 9CGTA 2WCAA 3BAIA 4GXPA 4XV0A 1AMYA 3EDFA 4JFUA 1BG9A 4AD2A 3W53A 3BLPX 2D3NA 3ARPA 4JZ5A 1LF1A 1W2VA 3WNPA 3ZR6A 4IPNB 3L4VA 3WUBA 1EIBA 1FOBA 1MWOA 3KE0A 2EPMX 2FH6A 4E2OA 1OGGA 1J0YA 5IFTA 4TVCA 2ZX8A 2ZOXA 2OSXA 4J3WA 3AS2A 4W84A 3WF2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BYD A;  2NW0 A;  3WH5 A;  1ZS2 A;  2J7G A;  3L4X A;  4IUG A;  2J25 A;  1F4H A;  3VOC A;  4D6I A;  3II1 A;  3WEO A;  1Z32 X;  2AMG A;  3VIN A;  3AFB A;  1X1N A;  4GQR A;  1MQR A;  1HJU A;  1K9D A;  3WEN A;  4W7U A;  2YA2 A;  5DT5 A;  1GOO A;  3SCT A;  1KXQ A;  4QLK A;  1KCK A;  1JZ3 A;  1XH0 A;  2GDV A;  3M07 A;  3G6M A;  1HKJ A;  4JFT A;  4GIA A;  4U31 A;  3BC9 A;  4AIE A;  2JAL A;  1B1Y A;  4D71 A;  1X6N A;  1UQZ A;  2CHN A;  1ISZ A;  3SUU A;  1OT2 A;  2GJR A;  3HJE A;  4IPL A;  2G41 A;  1ITX A;  2NT0 A;  2PBO A;  3QHM A;  4H41 A;  3MU7 A;  2VO5 A;  1ISX A;  2BV9 A;  1BYC A;  1TE1 A;  2XFR A;  5BXS A;  1WDR A;  2DSW A;  5BYW A;  3ARR A;  7CGT A;  4E8C A;  5CG0 A;  2JF6 A;  2VT0 A;  1SYT A;  3VM5 A;  4P8V A;  5LYR A;  5E9A A;  2WVS A;  1UR2 A;  5A2B A;  4J7R A;  1MFV A;  1CDG A;  4W86 A;  2CBI A;  1B9Z A;  3WBE A;  4D6J A;  1KWG A;  1BQC A;  4H8U A;  5JBE A;  4XB3 A;  1E4L A;  1EQC A;  3GNP A;  2JF7 A;  2G4F A;  2C8N A;  3B9E A;  4N0R A;  1E6Q M;  5LA1 A;  3ZJ6 A;  3ARZ A;  1FP8 A;  1FA2 A;  4PMZ A;  2OWW A;  4AMC A;  3ARW A;  2CET A;  3PN8 A;  3AYR A;  1E72 M;  3BCD A;  2Y8V A;  7A3H A;  4OKD A;  3EMQ A;  2VZO A;  1NWS A;  3WD0 A;  2OYL A;  1VFO A;  1V02 E;  2WCG A;  2EPK X;  2UY2 A;  5ABF B;  2VX5 A;  2WZH A;  5FKY A;  1JZ8 A;  1D3C A;  1EH9 A;  1UD8 A;  3DYP A;  1ZU8 A;  2WLZ A;  2ZXA A;  1JYN A;  4Z2L A;  1KBK A;  3FN9 A;  2UY3 A;  1H4P A;  2WMI B;  3K4D A;  1UR0 A;  2YOC A;  5EMY A;  1HKM A;  3AHX A;  3W82 A;  1C8Y A;  3PZM A;  5A69 A;  3PZN A;  3LPP A;  4PTV A;  1QPK A;  3ARQ A;  4CN4 A;  1CZ1 A;  3RO8 A;  4BF7 A;  3MUI A;  1AVA A;  4XX6 A;  4BA0 A;  1E6X M;  5I6S A;  4W8A A;  4W85 A;  1XH1 A;  1LLO A;  1NAR A;  3NCO A;  4OJY A;  3U5Y A;  1L8N A;  3L4Z A;  3WFL A;  1GJU A;  1U33 A;  4J28 A;  4DWS B;  1W91 A;  1VBR A;  2CCR A;  4TX6 A;  1B3Y A;  4HA1 A;  3QOK A;  2BNJ A;  1G5A A;  4GO9 A;  4OBS A;  1BGG A;  3AJ7 A;  3VX0 A;  1JI2 A;  1LL7 A;  4Z2G A;  3FW6 A;  1J0H A;  2V3D A;  2XVL A;  1J0I A;  3THC A;  1J01 A;  1D7F A;  3UEQ A;  3WUF A;  3W25 A;  4UQA A;  1M7X A;  3IJ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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