1QOXA

Beta-glucosidase from bacillus circulans sp. alkalophilus
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
449
structure length
449
Chain Sequence
SIHMFPSDFKWGVATAAYQIEGAYNEDGRGMSIWDTFAHTPGKVKNGDNGNVACDSYHRVEEDVQLLKDLGVKVYRFSISWPRVLPQGTGEVNRAGLDYYHRLVDELLANGIEPFCTLYHWDLPQALQDQGGWGSRITIDAFAEYAELMFKELGGKIKQWITFNEPWCMAFLSNYLGVHAPGNKDLQLAIDVSHHLLVAHGRAVTLFRELGISGEIGIAPNTSWAVPYRRTKEDMEACLRVNGWSGDWYLDPIYFGEYPKFMLDWYENLGYKPPIVDGDMELIHQPIDFIGINYYTSSMNRYNPGEAGGMLSSEAISMGAPKTDIGWEIYAEGLYDLLRYTADKYGNPTLYITENGACYNDGLSLDGRIHDQRRIDYLAMHLIQASRAIEDGINLKGYMEWSLMDNFEWAEGYGMRFGLVHVDYDTLVRTPKDSFYWYKGVISRGWLDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title The Crystal Structure of Beta-Glucosidase from Bacillus Circulans Sp. Alkalophilus: Ability to Form Long Polymeric Assemblies
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
total genus 177
structure length 449
sequence length 449
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 1999-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1qoxA00
4W87A 3UG3A 3WH8A 2XVGA 5HXMA 4PMYA 4F9JA 4B9ZA 2VOTA 4IPLA 3CTTA 1OT1A 3PZMA 4CU8A 5ABEA 2YA1A 1K9DA 3MKKA 4FLOA 3EMCA 3FW6A 1KWGA 3VIMA 1W9DM 5A8NA 1PX3A 5A69A 3AZTA 3SCOA 4PTVA 1GOMA 3D5HA 1V6WA 4CD6A 1PIFA 1U33A 4UFMA 4AY1A 1JFXA 3L4XA 2VCAA 2ZE0A 4W5UA 4TXEA 5ABFB 3MUY1 1AQMA 1QNPA 3E1F1 2CESA 4AW7A 3AS3A 3CBWA 1MXDA 1VBRA 4Z2IA 3VD3A 3WF0A 1ISYA 2VQUA 1W2VA 3CUHA 4U5KA 5BXSA 1EIBA 1JYNA 3VUPA 1GOWA 2ESCA 3PTMA 4KGLA 1LJYA 2O9TA 3LPOA 1GQIA 2ZOXA 1E55A 1BGAA 1IZKA 1MW2A 1BYAA 4M82A 4MB4A 4ML4A 4P7QA 3UR7A 4W7VA 2X05A 2WSKA 2W66A 3OGRA 4J27A 4UQ9A 2WKGA 5BYWA 3ARYA 2V5DA 3QHNA 2WVTA 4J3VA 1TVPA 3K4AA 2VZOA 5FD0A 5A95A 3N18A 4JHZA 3SCNA 1C91A 1W1PA 2D3LA 3ZJ6A 3OLEA 3WH6A 1E4LA 1ZL1A 6A3HA 3A47A 4TTUA 5IHSA 2J8GA 1E4MM 2WVVB 2WANA 1Q6EA 1ZBKA 3A3HA 1M04A 2CIPA 2QV4A 1V0MA 1PAMA 5IFTA 3ZO9A 5E6YA 1J0KA 1BQCA 1CDGA 4YN5A 3VIIA 2Z1KA 4H8HA 2CNCA 3II1A 5A94A 5E70A 4LYPA 2J47A 1L8NA 1B1YA 2O9OA 5A6BA 3BLKA 2W91A 3WQ6A 3AIRA 1JD7A 3OZOA 5JIPA 1JYVA 2DH2A 1V02A 1UWUA 3AMLA 2XTKA 1J0ZA 2VRKA 3WDHA 4C7DA 4D72A 2CERA 4MB1A 5KZ6A 3WH7A 1UWRA 1CXFA 2EJ1A 4M80A 2VTFA 3AHYA 4GQQA 3SCPA 1G5AA 3T08A 3AQUA 4TVDA 3WSUA 4YHGA 2VVNA 2QMJA 4AIUA 1EXPA 1KR0A 1TFVA 4C7GA 3BLPX 4K68A 2ZXDA 3M07A 4PMXA 2DSZA 4TVUA 3T2PA 3AHZA 3CHEA 5A2AA 3VDHA 3ZJKA 4KH2A 2WZHA 3A4WA 4MAVA 1C8YA 3CUJA 2GVYA 2VX6A 2EXOA 1KFWA 1B90A 4IPNB 1WDQA 3GXDA 1QW9A 1GVIA 2ZX9A 4BS0A 4F66A 2E9LA 1TA3A 3AISA 2YA0A 5DFAA 4CCEA 3AIWA 3ZR6A 4GO9A 1J10A 1J0JA 1EDQA 3RJXA 3KEHA 3JUGA 4J28A 1HJSA 3DYOA 1V3IA 1CXKA 1PPIA 3F5KA 3WL1A 4U31A 1DWAM 4ZXLA 5A8MA 3BSHA 3WUGA 2XFFA 5A6AA 2X8RA 2VZSA 2VX5A 1XRVA 4PCTA 4W84A 3UEQA 1D2KA 2OSYA 2W63A 1B2YA 5CGTA 1E6XM 4JL1A 3VX1A 2ZICA 3WFLA 4UZSA 4AIOA 4W8AA 1NQ6A 1XHGA 2D3NA 4WIWA 1BSIA 1GUVA 1JYXA 3DECA 3OIHA 1DEDA 3HU7A 3UR8A 3FHAA 2XPKA 1FH7A 1MW0A 1I75A 3GTNA 4D71A 3L4UA 1WB0A 1CGTA 3MANA 2C7FA 3OGVA 1JD9A 1F4HA 1HVXA 3VGEA 3SUUA 2CBVA 1GORA 2VJXA 2J7DA 2WYSA 5AY7A 1LQ0A 1UKTA 5GPRA 1E5NA 2DEPA 2J75A 2YDQA 4AEEA 2BVTA 3TA9A 3L4YA 2WB5A 1JG9A 4W85A 2CHOA 3VGBA 4JFWA 3OBAA 4PTXA 5LA1A 2J77A 3WF4A 2OYMA 3PZOA 4CN1A 3CZ8A 1GOKA 2G3NA 1BYDA 1GQJA 3TTOA 1DHKA 1W1YA 3WNNA 2JF6A 3WD0A 2QPSA 4MDPA 5EMYA 3EDJA 4UQDA 3GXFA 4GI8A 3WNLA 2UY2A 1J0IA 3KE0A 4UCFA 1HJQA 3KL3A 3BAKA 4BQ4A 3PN8A 1GCYA 1CTNA 2XFRA 2Z1SA 3BAXA 3FNDA 2XHYA 3ZT6A 1XGZA 4KRUA 1BG4A 2IXVA 1JFHA 1N82A 2J7BA 3AFBA 3NSXA 3M6DA 2WLZA 2WC4A 1UR2A 2OWXA 1CXEA 4KWUA 3ARTA 5JBFA 4ZE5A 3ZOAA 3EMQA 5CJ5A 3AS1A 1E0XA 4FLRA 1B3XA 5D9OA 2ZXBA 4GI6A 2X0YA 1M53A 2WBGA 2E8ZA 1I1WA 1R7AA 3QGVA 2FHCA 3WD4A 1BVNP 4P8WA 4UFHA 4A3HA 2BXYA 4H8VA 3W24A 3GH4A 5ABFA 4PN2A 3ZJ7A 2ZX8A 5I77A 5CLTA 1CGYA 1Q6DA 4HPHA 1O6IA 4GO8A 5M3WA 4TTGA 1F4AA 2G8ZA 1OGGA 3WDJA 1H2JA 4XX6A 1SFSA 4HMEA 1DWFM 1OWQA 2YOCA 2JALA 4MAZA 4JCMA 3WL0A 4W88A 3RDKA 3WIJA 1VAHA 4S3JA 2YDRA 4W5ZA 1KGXA 1NOUA 2XYLA 4W93A 2Y8VA 1RD6A 5CPQA 2EBNA 3WDRA 1NM9A 1XYFA 2ZWZA 4HU0A 3WENA 5FKYA 3PBGA 3DYMA 2YLLA 5E9AA 3GDBA 4HA1A 1NP2A 4CVWA 3UCQA 5CLWA 2GJPA 4JKLA 3WF2A 3U5UA 2A3CA 3AMDA 3I3DA 3F5LA 5DT7A 1H09A 3OZPA 3W53A 4B16A 1RP8A 2X2YA 4CUCA 5A1AA 1JNEA 1JDDA 3GXMA 2G3JA 1R7OA 3BAJA 1EA9C 3VO0A 2D20A 4OOUA 5HNNA 2BVDA 4QP0A 1IV8A 1ECEA 4WSKA 1H3GA 1MQRA 2WVVA 1UZ1A 5HPCA 1CECA 5C71A 4OKDA 3VM7A 3UG4A 2BVYA 1CXLA 5D9MA 3OLDA 3PZ9A 1JF6A 4F9DA 4P7RA 2WCSA 3ARUA 1HT6A 2O9RA 3WH5A 2VI0A 4JL2A 4AD5A 3AZRA 3SCUA 3CZJA 3FAXA 5IXEA 1QVBA 4MADA 5I2UA 1B3YA 1H4PA 1OB0A 4H2CA 2FGLA 3N11A 3UESA 4GZIA 5BROA 4W7UA 2J78A 1GVYA 3SCTA 1C92A 2D0HA 2IXUA 2WMJA 5LA2A 2G41A 1MWOA 4P7OA 4PMZA 2A3BA 3WEZA 1E43A 5CPTA 3NJ3A 5I5RA 2EQDA 2ZUMA 3WNOA 3K1DA 1W9UA 1HKMA 4UFLA 1E73M 3QR3A 3AS0A 2YL5A 1VEOA 1KQZA 5BXTA 2W4XA 2XVNA 1JYWA 1B0IA 1ISZA 4CGTA 1WZMA 3WEMA 3VDBA 4DWSC 1KGUA 4H41A 3AIUA 4URIA 1E15A 1JZ4A 2CPUA 3MSDA 4N0RA 3POHA 2CBIA 4NZCA 1UWSA 3ZT5A 1BGGA 1VFMA 3ARXA 5I6SA 4UOQA 1JAKA 2VZTA 1AVAA 3L2LA 1UD6A 2QPUA 3J7HA 4P8XA 1A47A 1TR1A 2ZUNA 3CGTA 1OGBA 2VRQA 1LWHA 5A6MA 1JXJA 1HKJA 4QCEA 4WSJA 3AYRA 1HKIA 1H49A 1ZS2A 4KRTA 4U33A 4CKQA 3DC0A 1AQ0A 4PMVA 2WWDA 1UQZA 1NWRA 1MQQA 1UKOA 4MNLA 4PSRA 4AWEA 4H8UA 1US2A 4LYQA 3W38A 3THDA 5FIPA 1ZU8A 2XGBA 2WMIB 3RPMA 1SR0A 4IUGA 1NH6A 1UD8A 3T0DA 1XCWA 1E4IA 1JZ6A 3QHOA 5EBAA 1BTCA 2BHYA 1OBAA 1R87A 1GJUA 2NT0A 1DWIM 4DM1A 1LF1A 5E0FA 1CBGA 4WJXA 1VRXA 4OOZA 6CGTA 1NP0A 2E4TA 4CVUA 1GQLA 2GK1B 1UA3A 1E72M 5FL1A 2BHZA 4AZ6A 4U3AA 5A6BD 4JFSA 2YL6A 3I3BA 3NSMA 3TP4A 1E70M 5HBFA 2MANA 1JZ5A 1EDTA 2GJXB 2BY2A 2BY0A 3WQWA 2XSAA 2BNJA 3A4XA 4U2ZA 2YL9A 3VKKA 1VEPA 1J11A 5CG0A 3VIKA 3U57A 1ITCA 3VVGA 2Y5EA 1HVQA 2PWFA 3PTQA 1W32A 3WQVA 2WBKA 1ISWA 4DWSB 4AD4A 2E3ZA 4QDMA 2VZUA 1OM0A 4PEEA 4E8CA 4X9YA 5LA0A 2VX4A 5DMYA 2CITA 3WUBA 2VO5A 1FFQA 5GNXA 5TD4A 3T0BA 4HMCA 4HZ8A 3IJ7A 1E4NA 4J3TA 1JI1A 5E6ZA 4J3SA 3ZMRA 2JF7A 2XM2A 2V3FA 4L4OA 3K8MA 1WCGA 1EOKA 1KR1A 1KGWA 1M7XA 4MDOA 2J7CA 2ZUUA 5LYRA 2V3EA 1GHRA 3WD3A 2VC9A 1GHSA 1UG6A 1Z32X 4HTYA 1VFOA 4D1JA 2YA2A 1P6WA 1E56A 4PRWA 2ZIDA 3EDKA 2XG9A 1V0NA 3CIVA 2VCBA 3T2OA 3WELA 4QCFA 3WY1A 3SUVA 3DHUA 1W9BM 1GZJA 1R86A 5A3HA 3AHTA 1WO2A 2C8NA 2O92A 1TE1A 4TOQA 1TMQA 1S46A 4W8BA 5HOSA 4EE9A 3AHVA 5BCAA 4YHEA 2JIWA 1D7FA 3MUAA 4FLQA 2CCRA 1VJZA 1HKKA 3AMCA 3RM8A 4TUFA 2WZEA 1WAWA 5E0CA 2W92A 1W91A 4A4AA 1JI2A 3TOPA 3WN6A 1HL9A 1NOWA 1CPUA 1CIUA 1CXHA 4PMQA 1ZJBA 1QBAA 1EHNA 3CMJA 2HVMA 3BMVA 5D9PA 3T09A 2WM0A 4B15A 1XD1A 4QLJA 3VNZA 2F2HA 3S6TA 1JF5A 2BY1A 1MFUA 3VMOA 1EH9A 4IM4A 4CD5A 3B9DA 4HA4A 3CPUA 5D9NA 1GOOA 5I3DA 3PTKA 1V0KA 1Q4NX 3VILA 2J8FA 2JIEA 2PB1A 3RM9A 2J25A 4UZUA 2Y4SA 2WHLA 2ZUTA 4DUXA 1BHGA 4EANA 1V6XA 4CD4A 3AIQA 1V03A 5HPOA 1V08A 1E6NA 3MMUA 1XD0A 1RP9A 1JDAA 4W8LA 2E8YA 1QOXA 1WP6A 3WF3A 1K9FA 1ESWA 3ARPA 1XSKA 2EPLX 1JZ8A 2XIBA 4Z2JA 3IJ9A 5DO8A 1FOBA 1E6RA 5I78A 2FDMA 1JL8A 2WC7A 3F4VA 4ZXOA 2DGAA 4EKJA 1PBGA 2CHNA 4JFVA 1B9ZA 4BF7A 3N15A 1R85A 1J0YA 1HP4A 4ZFMA 4LQ1A 1EDGA 1TZ7A 5D4YA 1PIGA 3U7BA 5IFPA 5M5DA 8A3HA 1E6ZA 4H7VA 3CZKA 4UFKA 1WE5A 2W67A 3VMNA 2PC8A 1QI0A 4U2YA 3AHXA 4XB3A 5FOOA 1BG9A 1VJSA 3NYDA 1IZJA 3WDQA 3W27A 1HX0A 1PX8A 1W2PA 3WMSA 2GUYA 3VGGA 2V5CA 3VOCA 1CXIA 1VFFA 2J7HA 4D6GA 1V6UA 4W86A 3S2CA 4AD2A 1WDPA 4WLCA 3EDEA 3PHAA 1PJ9A 3OB8A 3WNKA 2D0FA 1HF6A 3WBAA 3MS8A 3EDDA 3CHFA 4Q22A 5DEZA 2OSXA 3WD1A 2PWGA 2W5FA 1W1TA 2WPGA 1NOFA 1LL6A 1ZBVA 3CMGA 3UETA 4V2XA 3HJEA 2TAAA 3CZLA 2QLYA 3UG5A 2DT0A 4ZEPA 4KMQA 1MYRA 2BV9A 1X1NA 1E0WA 1V6VA 1V3JA 3LPFA 3ARWA 3A4AA 2EPKX 3ZM8A 3ZJ8A 1B30A 1UR1A 4UFJA 3ECQA 3AIEA 1XYZA 4PMRA 4N42A 4V28A 1DP0A 3L4TA 3WQ8A 1BF2A 1EOMA 5I24A 2XGIA 4DUWA 3VIHA 1Y7VA 5JUVA 3FXYA 2CYGA 5IHRA 3VPLA 1H5VA 4GI9A 1W9PA 3AMGA 3AS2A 1J01A 1XV8A 4AZCB 5A6JA 2B31A 2WK2A 2VCCA 4Z2LA 1ITXA 4D6CA 4AYSA 1X6LA 1E40A 4GZEA 3NDZA 3MMWA 4HZ6A 2J4GA 5D8ZA 2XJ7A 2WMIA 4FK9A 3A6OA 4OIFA 1U30A 4NSBA 4OJYA 4UQAA 2ZUVA 2VX7A 5A6SA 2DT3A 1WZLA 2D1ZA 4D6EA 4FLSA 5BXPA 2WSPA 4AD3A 1QI2A 1UKPA 3ZSSA 3MMDA 3O9NA 3QHMA 1QI4A 1V3KA 2GK1A 3AICA 1EHAA 4PUEA 4DM2A 3U7VA 3W28A 3K8LA 1BPLB 4J7RA 3AI0A 3GXIA 5EFFA 1CENA 3EBVA 1QNRA 4MTVA 4RE4A 4GZJA 4ACZB 1G94A 2X09A 5DF0A 1VENA 3BAYA 4A3YA 1UUQA 3ARQA 2DIJA 3PZNA 4TVCA 3NSNA 1ZBWA 1BAGA 2BHUA 2UY3A 2GJXA 1QHZA 3DYPA 1UWQA 4MNJA 1QI5A 2AMGA 1K9TA 1UD5A 3N13A 1A3HA 5A6LA 3ARVA 3MUIA 3LMYA 2A3HA 3AYSA 1BYCA 4GXPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4W87 A;  3UG3 A;  3WH8 A;  2XVG A;  5HXM A;  4PMY A;  4F9J A;  4B9Z A;  2VOT A;  4IPL A;  3CTT A;  1OT1 A;  3PZM A;  4CU8 A;  5ABE A;  2YA1 A;  1K9D A;  3MKK A;  4FLO A;  3EMC A;  3FW6 A;  1KWG A;  3VIM A;  1W9D M;  5A8N A;  1PX3 A;  5A69 A;  3AZT A;  3SCO A;  4PTV A;  1GOM A;  3D5H A;  1V6W A;  4CD6 A;  1PIF A;  1U33 A;  4UFM A;  4AY1 A;  1JFX A;  3L4X A;  2VCA A;  2ZE0 A;  4W5U A;  4TXE A;  5ABF B;  3MUY 1;  1AQM A;  1QNP A;  3E1F 1;  2CES A;  4AW7 A;  3AS3 A;  3CBW A;  1MXD A;  1VBR A;  4Z2I A;  3VD3 A;  3WF0 A;  1ISY A;  2VQU A;  1W2V A;  3CUH A;  4U5K A;  5BXS A;  1EIB A;  1JYN A;  3VUP A;  1GOW A;  2ESC A;  3PTM A;  4KGL A;  1LJY A;  2O9T A;  3LPO A;  1GQI A;  2ZOX A;  1E55 A;  1BGA A;  1IZK A;  1MW2 A;  1BYA A;  4M82 A;  4MB4 A;  4ML4 A;  4P7Q A;  3UR7 A;  4W7V A;  2X05 A;  2WSK A;  2W66 A;  3OGR A;  4J27 A;  4UQ9 A;  2WKG A;  5BYW A;  3ARY A;  2V5D A;  3QHN A;  2WVT A;  4J3V A;  1TVP A;  3K4A A;  2VZO A;  5FD0 A;  5A95 A;  3N18 A;  4JHZ A;  3SCN A;  1C91 A;  1W1P A;  2D3L A;  3ZJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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