1R2RA

Crystal structure of rabbit muscle triosephosphate isomerase
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
SRKFFVGGNWKMNGRKKNLGELITTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALSEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
publication title Closed conformation of the active site loop of rabbit muscle triosephosphate isomerase in the absence of substrate: evidence of conformational heterogeneity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 90
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2003-09-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1r2rA00
1TPWA 3W7KA 4S2CA 1RR2A 1OFBA 3W7EA 5DCDA 1YPIA 4O11A 1FWWA 3GR8A 3P7YA 4ADUA 4Y90A 2V30A 1LZOA 4MOZA 3G18A 1D3GA 1TRDA 3C0JA 1KM4A 1PCWA 2QCEA 4DPQA 2B7QA 4JIPA 1F74A 1GVRA 1WBHA 3C3NA 4R7JA 3E12A 5T26A 5HQEA 3W7NA 2TSYA 3NQMA 3I7SA 5HWNA 5K2ZA 3W83A 2HS8A 5CZ0A 4LS2A 3RU6A 3PS7A 3W7QA 2VEPA 1ME7A 1TPH1 3TAKA 4AEOA 1VS1A 4UTIA 3S1UA 5D2TA 4NJGA 5CPNA 3L21A 3M16A 1O60A 4ZQOA 1VRDA 3WK0A 3C8FA 1Q6RA 3W75A 5TIMA 2YFOA 3KXQA 4JYEA 1OF8A 3EWWA 1SW0A 2DJXA 4MYAA 4A29A 4UMCA 5AFDA 3R89A 1VPXA 3I7QA 2VFFA 3EKZA 4CNNA 3F1QA 3TC7A 2IQTA 2ZBTA 3FKRA 1AG1O 4PH6A 3LV5A 1WOBA 2ZZ4A 3E96A 4N6EA 3NQDA 3W07A 2QJGA 4JXCA 3TROA 2D73A 3GX9A 1QDSA 1U5JA 1ONRA 2GJLA 2ZZ7A 4OE7A 1JUEA 4LV4A 3W87A 4FIRA 4FF7A 3N34A 4N9BA 5EYWA 5BMWA 4A2RA 1LBFA 4FB7A 2ZDRA 3TW7A 1B3OA 5KZEA 3KRZA 1KTCA 4Q32A 5AHEA 1A5SA 4UFKA 3U8GA 4O50A 3NQVA 2QCDB 1XBYA 3TMQA 2VELA 3HG3A 2E68A 1TCDA 4Q4KA 1IGSA 3PR2A 1OX5A 4A2SA 3G1SA 5CPMA 1EWEA 1K8XA 1KFLA 3G22A 1TO3A 5G2IA 1LYXA 3W7DA 4Z1AA 1I2OA 1F6KA 2B7PA 5G4WA 1D3HA 1RZMA 3HQ1A 4AAJA 3W7RA 3EWUA 2FPTA 3NDOA 2ZQ0A 4JY9A 2QR6A 3MI2A 3V75A 2WKJA 1OABA 3M5YA 2J9XA 2JGYA 3V1PA 3C6CA 1OFPA 4JTKA 1AW2A 1SUXA 3DENA 4MLRA 4AF0B 2FIQA 1LBMA 1T99A 2Y7GA 3QJAA 3BGJA 3QPYA 1W3NA 4Z0JA 3P5ZA 2ZFAA 2V2DA 1VYRA 5HNRA 3GXPA 4P2VA 2QCDA 2G95A 2V81A 1PE1A 2WV8A 1L6YA 1B4KA 5EA9A 5F2GA 2E09A 4PCFA 2QUUA 2WPBA 3O6YX 3O15A 3I7RA 4M6VA 3L0KA 2QUVA 3HB9A 2ZCGA 5KZMA 3TQKA 3UYCA 1N8FA 5J5DA 1TJRA 1YYAA 3P8IA 2VENA 2FJKA 5FF7A 5CPOA 1P1XA 3UY8A 4ZZ9A 5FEXA 3THQA 3S42A 1Q45A 4K36A 4XQ6A 1VCVA 3PB2A 1G7UA 2LLEA 2V82A 3KFTA 3PM6A 1O94A 5GVJA 1TRIA 3WJWA 4XTDA 4IQLA 4DO6A 5G5IA 1QOQA 5D09A 4J9JA 5LKYA 4MZYA 4JGDA 3PG8A 3FEMA 4IJBA 3VE9A 3NOEA 1JUBA 3NZRA 3M47A 2VKZG 1OG0A 2EPHA 2ZZ1A 1JUKA 3NG3A 1YXYA 3JS3A 4YMZA 3LHVA 2XN2A 4JNMA 5DY2A 1L6SA 2YGYA 4EOUA 3DU0A 1MSSA 1RQHA 1S5VA 1OFQA 4PL1A 5AYYA 3T44A 3CB8A 1O95A 4CCDA 1WDWA 3LCGA 1Q6OA 4FO4A 1H7WA 2A0NA 2BSLA 3ELFA 4LVGA 3EXRA 1T96A 3KOFA 3GAKA 2QAFA 3W7LA 2CZ5A 3UPWA 3H53A 1QPRA 3MYPA 4ZVJA 5DXXA 3UWUA 3B0UX 3IGXA 3PUOA 2NWSA 1IXQA 3SFKA 5LNWA 3EWBX 4AHQA 4JTFA 1EUNA 3M41A 4UTLA 3TQ0A 1W54A 5KZDA 2W0UA 3IV3A 4K37A 3LGEA 1IIHA 3NA8A 1EP2A 2VFGA 2VFIA 1ICSA 2CLFA 2EHHA 1TIMA 4FNPA 1AK5A 2R94A 4CCEA 3CWNA 3O63A 3P61A 1SQ7A 4X2RA 4TMBA 3NM3A 5D30A 3ABQA 3KRUA 3KRSA 1WA3A 4MY8A 3W1NA 1H7OA 4QISA 3W23A 5F1UA 5HJLA 5CZTA 4UTTA 5CSRA 4A21A 1MZHA 1QO5A 3TNOA 4CQ9A 3LXBA 1KM1A 1ADOA 3W1RA 1VCGA 4O8RA 4WJEA 5EY5A 1K02A 4TU1A 3EXTA 2WOQA 5FEWA 1SZNA 2DZSA 2HTMA 4R33A 4O19A 4M19A 2ZZ3A 4AWSA 1EWDA 4TIMA 4LRTA 4LVFA 3TU9A 1OVDA 2E5CA 4UMAA 4ZQNA 1EUAA 1GPWA 1LLWA 1Q3NA 4E0CA 3TK7A 2X30A 3W1UA 1J4EA 2ZZ2A 1LP6A 4O16A 2Y63A 4CNOA 3EX1A 3SJ3A 4ONVA 4YXGA 4S2BA 1TV5A 1QPNA 4GE8A 3WJZA 4NXSA 1BWKA 2VEKA 1F7BA 5DXYA 3QEZA 3JRKA 3P5YA 1L2UA 1LLZA 1LRNA 1TPEA 2VFEA 2B7NA 5KTLA 1W37A 2CLEA 4IXHA 1ME9A 1SSGA 2C1HA 3S9YA 3QF0A 1SO5A 3KVJA 4TR9A 4LT9A 1ALDA 5I3JA 3LHYA 3M1ZA 4LOCA 2RHGA 5D04C 1TTIA 2V5LA 3CEUA 1FDYA 1TPC1 4ML9A 4K7YA 2E6FA 1FWSA 1WV2A 1S5WA 1GOXA 4IMCA 4EWND 3H54A 1ZENA 3M43A 4MKNA 2YW4A 2F84A 3AO0A 4WY0F 3EX6A 3NXFA 2Z6IA 4FNSA 2WQPA 5AN7A 1IXNA 2ZA2A 2VEIA 1JR1A 5D03A 1TPDA 5G1TA 3W1XA 4JTSA 4Y96A 4ZL1A 5DLCA 5D02A 1F05A 3FFSA 4X9SA 3MO7A 1F5ZA 3UZ5A 1FX6A 3MHUA 1KFKA 1X1ZA 3SY5A 1RQEA 3UWVA 1H1ZA 3DBPA 3QZEA 3W7MA 1MEHA 2TMDA 3NQEA 3W86A 1Q6QA 4E2DA 1UUOA 4UTKA 5FF3A 2WJZA 3NEVA 4UTHA 3DAQA 4WY0B 1IXOA 3OA3A 3RLVA 2A7RA 3BG3A 3MJYA 1OK4A 4AVFA 3QH2A 4RCXA 2J24A 4NNCA 3HMJG 1I2PA 2JK2A 1T8XA 1HO4A 3G3DA 1R46A 1DQXA 3W2LA 3G1DA 1S5TA 5IBXA 2ABBA 3FLUA 1B57A 1W56A 4DEFA 4JTIA 5SWUA 3ATYA 4KWWA 3UNDA 1GQNA 4AB4A 4A22A 1UUMA 2C3ZA 1KFJA 5K3VA 2CZEA 3FYOA 2PCQA 2X1RA 5AB3A 4JX4A 5EL1A 4M6PA 4UC5A 5LGXA 3LERA 4LTSA 2FB3A 4IPJA 3BLFA 2UV8G 4K7VA 1R2SA 3FA5A 1THFD 3W76A 3SZ8A 4RZ5A 4UR7A 5BMXA 3OIXA 1UBSA 2Z6JA 4RX0A 1QPOA 3G0XA 2NUWA 3PSWA 1QR7A 4O0KA 4WY0A 3LCFA 3PBUA 3QRHA 3NQ8A 4ZMGA 5E93A 3L65A 5HUPA 3B0VC 3B04A 4XWUA 3FJ6A 1ML1A 4GBUA 4UFIA 5AC6A 4M5PA 3UWWA 4OGZA 1K7EA 1QNVA 2V8ZA 3B8DA 5HINA 3M6YA 5AHMA 4PA8A 4RJEA 4LS1A 2RDUA 3TQVA 3U2OA 5LGZA 1XDMA 2G97A 2ZRZA 2W6RA 4UIOA 3OVPA 3STCA 3PUDA 4MZ1A 3KVMA 3NM1A 3MW7A 1F73A 5FF2A 3L9CA 1MO0A 3W9ZA 5D2XA 2PRLA 1VLWA 4BWLC 4PODA 2A7NA 3LI1A 4P61A 2DZTA 3NPWA 2BX7A 3S5OA 4UFLA 1H5YA 2QKFA 1LM1A 4LVBA 3W1LA 3MMTA 1TYGA 4WOQA 4LV9A 1Z42A 3QW3A 2J88A 4JTGA 4QITA 1R2RA 1FCUA 2ZRYA 5EPDA 3F4NA 1WBJA 2Y62A 3LHWA 2X16A 1KV8A 4AHOA 5I3GA 4O4WA 2C14A 1WYIA 3DFPA 3N14A 4UTWA 4O28A 3PAJA 1C8VA 2GJNA 4O4VA 4JTHA 3ZWSA 4KFOA 3L2IA 4UUIA 3EKLA 5DBTA 5I3FA 3BW3A 1VH7A 1I2NA 4XKYA 1FCQA 3Q58A 4XZ9A 4LY8A 4UMBA 4IGHA 3MP4A 2OZ0A 1OK6A 2BTMA 2EAWA 3STGA 1HFBA 4AMAA 3CPRA 1K03A 2NWRA 4JYFA 1XM3A 3ZFHA 4Z1DA 4MYXA 4WXYA 4PC8A 5E0KA 1RPXA 1KA9F 4U4MA 1OFOA 3G1VA 3NR0A 4NJHA 3GNNA 1QMLA 1QOPA 3O6DA 1JQXA 4LWWA 5HR7A 3GZ3A 3M5ZA 1JCLA 4NU7A 4JDBA 2WNQA 1GTHA 3GNDA 1XUZA 4TX9A 2BXVA 4RXGA 1GWJA 3W2NA 3PSVA 4O17A 1P5BA 2O7SA 5F1VA 4RZ4A 3S1XA 3B05A 3S1WA 3BGGA 3P8JA 5F2LA 1BTMA 1NF0A 3VNDA 3UWQA 3NQGA 3E9AA 4L4LA 3W2JA 5LNUA 1KTBA 4XUGA 5DN1A 4O0ZA 2CU0A 2Y6ZA 5BOOA 3JR2A 4LUJA 1SFJA 2PRHA 5F4XA 1FDJA 1OX4B 2CLIA 2X1UA 4U28A 1SZFA 2O7QA 5AOUA 1W3TA 3LCXA 4MPQA 3MYOA 4JDYA 4UTMA 3HG2A 2GQAA 3HGSA 3L0GA 3W6YA 4BWLA 4BR1A 2CZDA 1B9BA 2C19A 4Z0SA 1RD5A 3CIWA 1AW5A 4GUGA 1QO2A 1W5MA 4LS0A 1JQVA 1EP1A 4IX2A 4KKXA 4Q33A 1KV5A 1DHPA 1XC4A 1W5QA 2QAPA 1DV7A 3T78A 5AYXA 2TYSA 3SIZA 2Y7DA 2E77A 4OWGA 4LNYA 2A5HA 3P74A 4IUOA 3KVKA 2X1TA 5K9CA 4Z08A 2I9EA 3MP3A 4ICNA 5AHIA 1NF7A 1OFDA 3OG3A 4CLMA 4FXRA 1RV8A 2H8XA 1YXCA 4NX5A 3I68A 3IIPA 2CLMA 2RDWA 2GQ8A 3BK0A 4RKAA 3R12A 4GFSA 3TR2A 4GWEA 2YR1A 4N4PA 3NQ6A 1FCVA 1M6JA 1TV7A 2VC6A 1OX4A 1H1YA 1TTPA 2OX1A 1AL8A 3TFXA 3MHGA 5G1YA 3A21A 4HPXA 3B0PA 1TREA 3MBFA 3MI3A 2V5BA 1UCWA 5CZJA 3C2OA 3HPXA 3TDFA 3N3MA 8TIMA 5LNVA 2GVLA 5CSSA 2NX9A 3G24A 3F4WA 1EEPA 2A85A 3RK8A 1VC4A 4A3UA 3LHZA 5DY3A 3WJYA 3LRKA 3THAA 1QWGA 4GJ1A 1ZALA 2VOMA 3NZ1A 4HKPA 5FESA 4MIMA 1C29A 1XBZA 4OU1A 2Q3RA 1D9EA 1KBJA 1KBIA 1ZAJA 1RVGA 1ZAHA 2EKCA 2DZPA 1VLIA 2ZRVA 3BVJA 4C1KA 1FCBA 3DFTA 4I7UA 1UB3A 4GUHA 3G1XA 1H61A 3SR7A 4OBTA 3FOKA 1A5AA 4HNUA 3HGOA 3MHFA 4JR5A 4JS3A 2FPVA 1BWLA 4CCCA 2J27A 1GT8A 4QJ1A 2H3DA 3BPWA 1DJQA 1FQ0A 4TMCA 5EBUA 3G0SA 1SZGA 3RF9A 3QPZA 2DZVA 1JCYA 4DO4A 2R91A 3T55A 5U7SA 1FUYA 2G96A 5G4EA 3W84A 2A1YA 2NXIA 3IEBA 3C56A 3LLDA 3NVTA 5F4SA 4EF8A 3DKLA 4ZQPA 3L5MA 2I14A 4NVTA 4HNNA 3NYZA 2VFDA 1R47A 3LX9A 3FYPA 4JTTA 4MY9A 3G1YA 2WO5A 1OYAA 5AHFA 2ZRUA 3GXTA 3TV8A 1OFAA 2Q8ZA 1A5BA 1XBXA 3EXSA 4EF9A 3PBWA 1JRCA 1YDOA 2CLOA 4HN4A 5K4ZA 5H91A 1YPFA 4K38A 1EPXA 5I3HA 3A5FA 2NV1A 1EP3A 2DZWA 2FLIA 4FNUA 1XI3A 3C52A 1ZY9A 2WSRA 1IF2A 4JD4A 3SSJA 1YXDA 4FXSA 4YCPA 2Y85A 3HO8A 3RFAA 4IXXA 1ZAIA 3LCHA 1I45A 4FX7A 3O07A 4RK8A 5E1QA 5D2WA 1XXXA 1G4SA 2QJIA 4IOTA 1O5KA 3LLFA 3TCEA 1DQWA 4JICA 1LROA 1W31A 4N6FA 1O5XA 5F4WA 3UWZA 5LHEA 5FF4A 1W0MA 2WNNA 1H50A 3GLCA 3N9SA 2V2CA 3LOTA 4NJJA 3BARA 4E38A 3UQNA 3VE7A 4RR4A 2PRMA 1FXQA 1ME8A 3HJZA 2R14A 2JKEA 1LRTA 3HBLA 4PEKA 3W2MA 3W74A 1PIIA 2RDTA 1PVNA 2DU2A 3G0UA 4QSHA 4Y8FA 3UY7A 3LM7A 2ISSA 2NX1A 4N4QA 4KFPA 1HO1A 3GDLA 3G1HA 3DKJA 3BG9A 3P80A 1DKWA 1EIXA 1XDLA 3EX3A 1DORA 4G1KA 3W22A 3LTYA 2GQ9A 2XFWA 1LRQA 4XBKA 3DFNA 3EWYA 1YDNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZP4 A;  1RR2 A;  3E2S A;  3T1G A;  4O11 A;  1FWW A;  4ADU A;  4Y90 A;  5BCA A;  1E40 A;  3MCN A;  1XLJ A;  2FDM A;  1MI3 A;  1PCW A;  5GJM A;  4DPQ A;  4H6R A;  3E12 A;  1GOO A;  1TZ9 A;  4WRH A;  4GVF A;  3VGG A;  1EXB A;  3T8L A;  4MHB A;  3URN A;  3RU6 A;  3R25 A;  3CMG A;  4OUI A;  2PDN A;  1ME7 A;  1HVX A;  1P0B A;  4UTI A;  5DT7 A;  4WSJ A;  3TTY A;  5D2T A;  5CPN A;  4CQD A;  1Z7A A;  1QW7 A;  4UBP C;  4ZQO A;  3IAP A;  1JF6 A;  4JTQ A;  3R43 A;  1VRD A;  3WK0 A;  1I0B A;  2VDG A;  1JAE A;  2YFO A;  4JN7 A;  2PBO A;  5TNV A;  1VAH A;  3MKK A;  3ARU A;  4B3K A;  4XIA A;  1UKS A;  1ZJB A;  1K9F A;  1QI5 A;  3TC7 A;  1FTX A;  1S2V A;  2ZBT A;  1UD8 A;  1W6T A;  3CHC A;  1NH6 A;  1BXC A;  4N6E A;  3NQD A;  4GYF A;  4JXC A;  5XIM A;  3TRO A;  3GX9 A;  3W28 A;  3CBW A;  1ONR A;  2F9R A;  2ZZ7 A;  2QS8 A;  3DYO A;  4MSS A;  3NUK A;  5CGM A;  2XIM A;  2DQX A;  2XYL A;  2BVW A;  3WBX A;  4FB7 A;  4ECL A;  1B3O A;  2GFT A;  2QW5 A;  1YE4 A;  4N42 A;  1A5S A;  3VKC A;  3U8G A;  6ENL A;  4O50 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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