1R85 | Genus

Total Genus 151

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	151
sequence length	371
structure length	371
Chain Sequence	KPHISALNAPQLDQRYKNEFTIGAAVEPYQLQNEKDVQMLKRHFNSIVAENVMKPISIQPEEGKFNFEQADRIVKFAKANGMDIRFHTLVWHSQVPQWFFLDKEGKPMVNETDPVKREQNKQLLLKRLETHIKTIVERYKDDIKYWDVVNEVVGDDGKLRNSPWYQIAGIDYIKVAFQAARKYGGDNIKLYMNDYNTEVEPKRTALYNLVKQLKEEGVPIDGIGHQSHIQIGWPSEAEIEKTINMFAALGLDNQITELDVSMYGWPPRAYPTYDAIPKQKFLDQAARYDRLFKLYEKLSDKISNVTFWGIADNHTWLDSRADVYYDANGNVVVDPNAPYAKVEKGKGKDAPFVFGPDYKVKPAYWAIIDHK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Geobacillus stearothermophilus
publication title	Mapping glycoside hydrolase substrate subsites by isothermal titration calorimetry. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	151
structure length	371
sequence length	371
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2003-10-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1r85A00

1QHZA 4D6EA 1XSJA 2W91A 1BYAA 1V3IA 2EPNA 5M3WA 2WC4A 3U5UA 3WBEA 2CETA 2RGMA 1GOQA 3KEHA 4P7LA 1IT0A 2ZXAA 3RM8A 1HKJA 1MXDA 4GPNA 1ITCA 4HP5A 4D72A 3AHTA 2XPKA 4H7VA 4GI6A 1VJSA 1J0ZA 4E2OA 1JI1A 3PTQA 3WUBA 4JL1A 3FN9A 1K9EA 2OWCA 1E0VA 1RH9A 3PZOA 1KBBA 4H41A 3WDPP 1C3FA 3SUVA 2WLZA 1JNDA 2BVDA 1OBAA 2Z1SA 4W86A 1XC6A 3WUEA 4C7FA 2DT0A 3RM4A 2BS9A 1GOWA 4ZE4A 2EPMX 4BQ2A 4RL3A 1WDRA 3SCTA 1GHRA 1UWTA 4PMXA 4NSBA 2WNWA 1TVNA 2WHKA 3AXHA 1W1YA 2NT0A 4J7RA 3RJXA 4IISA 4OJYA 5BRPA 2PWDA 3VD9A 4HTYA 2PWEA 3BAKA 2Z1KA 1UH2A 2CNCA 4M56A 5BYWA 3NJ3A 4AZHA 1DWIM 1KGWA 1V6YA 1E6PA 2F8QA 1HVQA 1KBKA 1VFUA 2F61A 5I23A 4AD0A 1UUQA 4D71A 4D1IA 5IHSA 3APGA 2WLYA 2GK1A 3KL3A 4TUFA 4D6DA 1YQ2A 1A3HA 2VR5A 3PTMA 4JZ5A 1H11A 2PB1A 3MV01 1Q6EA 4CCEA 3GZAA 4EANA 4F9JA 2A3CA 3NUKA 1JF6A 1ITXA 2DEPA 1ISYA 4KGLA 1JGIA 1KB3A 1X1NA 2XVGA 1DP0A 4CD4A 2OYMA 4DUVA 3GXFA 2DQXA 3FXYA 5JIPA 1MYRA 4NRSA 3GBEA 5D8WA 4NF7A 3POHA 2WHMA 3T2PA 3IAQA 4HPGA 2PBOA 1R87A 4P7RA 4CUCA 2X2YA 3D3AA 3TTQA 2OLHA 4IPLA 2E3ZA 2DT1A 4W5ZA 4K68A 3OGRA 3AMCA 4BF7A 3L4YA 1C8YA 2PWHA 4AXNA 1MQPA 1PIGA 1I75A 1U2YA 1QI2A 1I1XA 1UWSA 3EMZA 3NIYA 3KZSA 1B3VA 1V0KA 3U7VA 3VIPA 4AZ7A 1TA3B 4UNIA 1E1FA 4MADA 1KCLA 1R86A 4HU8A 2V3FA 2CBUA 1KR0A 5BRQA 1Q4NX 1J0KA 2WC7A 4LX4A 3RIKA 3UG3A 5KZ6A 3RM9A 1GJUA 1FFRA 4WF7A 1E1EA 4C7GA 1OWQA 1E55A 3AZSA 3DC0A 1JI2A 5I6SA 2D0HA 3PTKA 3W26A 3BAWA 2VX6A 4J28A 2JF7A 2CPUA 1G01A 1UD5A 1JZ3A 1E43A 5E6YA 2WMIB 3QHNA 1DWAM 2XGIA 2HISA 4W93A 1A47A 4EE9A 5HBFA 1HJVA 5AC5A 3TA9A 4MNLA 3PZMA 2E9MA 5E0FA 1H41A 2HVMA 3VX1A 2WMGA 3MS8A 1UZ1A 1QW8A 4AZ5A 2J7EA 3GBDA 4XV0A 4UOZA 2WWDA 2FDMA 3SCOA 2C0HA 1XYZA 1FOBA 2XHYA 4MDOA 1BVNP 2J7FA 3TOPA 3VIGA 1ZS2A 4TVUA 1V0LA 2OSYA 4CN1A 3PZIA 1KWKA 1HN1A 5E70A 1GONA 5GNXA 1JFXA 1BYBA 3BCDA 3IJ8A 2VR4A 1SMAA 3CMJA 3AIEA 3AYSA 4JFVA 1EHAA 4W7WA 5A95A 4ATDA 1G5AA 3MSDA 2VC9A 3AS2A 4FF5A 2WMKA 1XSKA 1B30A 1U33A 2VO5A 3WEZA 1BG4A 1XCXA 5CXPA 1GQLA 3ZQ9A 1LQ0A 1PX8A 1HNYA 3WL1A 2G4FA 1J01A 2BXYA 4JCMA 3AFBA 3WNLA 3ZJ6A 3VDAA 1WP6A 3ZSTA 1LG2A 4AZGA 2CIPA 3EDFA 1BGAA 4UFKA 3T2QA 3BLKA 1H4PA 4KRTA 1E4NA 1WDQA 3CHCA 3F4VA 1V6WA 1S46A 1UQYA 3GNOA 3W82A 3ARSA 4M8UA 1V0NA 4PTMA 3ZT6A 4E4PA 1LL4A 2QPUA 2VRQA 2DSKA 3CMGA 1OIMA 2WMIA 4MB4A 5CQ1A 2GVYA 1H5VA 2WZHA 1JZ2A 4QP0A 4WKHA 5A1AA 4P8WA 3ZJKA 1GPFA 1E6NA 4E8DA 2BY1A 3WDQA 5JBFA 4UQEA 3AXIA 1ISXA 3DYOA 2VQTA 1V3HA 3BSHA 1SMDA 1VBRA 2J79A 2YL9A 4QLKA 5EB8A 2VRJA 1AVAA 5CSUA 3ZO9A 2XGBA 4ZXOA 2J25A 4M24A 3LPGA 1JG9A 4BQ3A 1CEOA 4ATWA 1EA9C 5HNNA 1NWTA 2E9LA 2GDUA 4HMCA 3WF4A 2J7HA 2TAAA 4H8VA 4FK9A 3CIVA 1E71M 1W9VA 1TR1A 1EO5A 2OYLA 3TTOA 3F5JA 3VIOA 1NM9A 2AAAA 1O6IA 2DH3A 4W84A 4MTVA 3CUIA 1PZ3A 1XV8A 3AMDA 3K4DA 3CLWA 3D5HA 4AD1A 5FIPA 3MUZ1 4UFHA 1QW9A 4TOQA 3WFZA 1QI5A 1QI4A 1WZLA 3M6DA 4Z2KA 3N11A 2X0HA 3WBAA 2E4TA 3AMKA 4WIWA 1XHGA 1UR0A 3T0DA 2VVNA 3OG2A 3ARTA 4P8UA 5DF0A 4F8XA 1QVBA 1OGGA 3NCOA 3WNMA 4JFSA 3WF0A 1V6XA 4GIAA 1TFVA 3MMUA 2WSKA 2YL8A 4MNJA 4UFMA 1NH6A 1LWHA 5LYRA 4QCFA 4AZCB 2YA1A 2DGAA 1EXPA 4M82A 4QCEA 5FL0A 2W63A 2Y8KA 3POCA 3ZOAA 4XX6A 3ZM8A 1GVIA 4HZ6A 1NOFA 4RE3A 3IAPA 1JAEA 3W4RA 4JAWA 2MANA 3EBVA 1CGYA 3NSNA 1BG9A 3AJ7A 5CPSA 1RP9A 3VVGA 3HMCA 4FLRA 1CXKA 3BAIA 2JIEA 1JDDA 1B31A 4BQ5A 1SR0A 3O9NA 3NDZA 1E5JA 1JXJA 2A3BA 1HP4A 3WH7A 2JFEX 3BXWA 4GQRA 1GOOA 2XUCA 1OB0A 2WAGA 4FLQA 1E72M 1BSIA 4XZWA 1OCQA 2J75A 4H2CA 1V3KA 3MMDA 2D3LA 3U57A 5A94A 1E4LA 3WKZA 5EFDA 1NWUA 1TCMA 5FCZA 1TG7A 1WE5A 1MW2A 1QOXA 2D3NA 3WIJA 1CNVA 4GO9A 3AISA 2DIEA 1UWQA 2D0GA 5I5RA 3T0AA 1W91A 3ZJ7A 4PMRA 2X1IA 4JFUA 3WQVA 1JFHA 3W6MA 1K9FA 3PZ9A 2QMKA 4URIA 3VIKA 3GNPA 4M1RA 4PTVA 3I3DA 3WH9A 2PF0A 4JFTA 3PZVA 1H3GA 1CDGA 4AD5A 2VX5A 2XM2A 6CGTA 4W89A 2XIBA 1UKPA 3DYPA 4BA0A 1FHLA 5CG0A 4LGXA 5CLTA 2V3GA 5A8PA 1B1YA 1OT2A 5F7UA 4MJ4A 7CGTA 4E8CA 5D9NA 1JZ5A 3AS1A 3A3HA 1M03A 3PZQA 1VF8A 3GNRA 5E0CA 4AZCA 5FL1A 5JBDA 4U31A 1ZBKA 3GYCA 4S3KA 1ODZA 4PUEA 7A3HA 2WM0A 1CWYA 1K6AA 4L4PA 1PJ9A 4X0NA 2X8RA 1OGSA 2VL4A 1MQQA 1QI0A 4V27A 1KCKA 4H04A 1BHGA 4EAMA 4D6IA 1DEDA 3T08A 1I1WA 3WD2A 5DMYA 1TUXA 4L4OA 1WZKA 4Q22A 1MFUA 1QNPA 3VIIA 1CXHA 1H0IA 4MPKA 1AMYA 2QV4A 3WD4A 1ISWA 1DWJM 3W25A 4IM4A 4D6GA 2YBUA 5CJ5A 1W3KA 1NWRA 3AXXA 5I79A 4B15A 2Y5EA 1KFWA 5JUVA 4D6JA 2JE8A 1BYCA 5EMYA 4J3WA 3M07A 5A8NA 3AI0A 3CUGA 5ABHA 5A6BA 3EMCA 2E8YA 3VMPA 1J0HA 1GQKA 4AWEA 5A6KA 2JF6A 1H1NA 3GXIA 2JEQA 4JHOA 5DEZA 4AW7A 4JKMA 4YHEA 4JHZA 4JKLA 2W67A 1D3CA 1JYXA 2ZIDA 3WQ5A 1E0XA 4HA3A 2VX4A 3K4AA 1ZU8A 1VBUA 5GNYA 1LL6A 2XFFA 3WDJA 3QHOA 4V2XA 4CU6A 1GHSA 4V28A 1XD0A 3VGEA 1BLIA 3TP4A 4HOXA 1J0JA 1E6XM 2O9OA 1E40A 3AZRA 1UH3A 3BMWA 4UQBA 4J3SA 1HX0A 2YLLA 4CU7A 4WSKA 1KXQA 3L4XA 3ARWA 2WVUA 2OWXA 1JZ4A 3TTYA 2NW0A 1G9HA 2OSXA 3THCA 2D2OA 4PMVA 1W1PA 3GXMA 1UR8A 3RJYA 2CITA 3AIRA 1JDCA 2FGZA 4UOJA 4AISA 3EMQA 4EKJA 1M7XA 1GVYA 4W85A 4OUEA 2ZX7A 3UEQA 3VIMA 1KWGA 3UCQA 1OSEA 3N9KA 4HA1A 3AYRA 3OLIA 1KQYA 3S6TA 4PSRA 2ZUMA 4PMUA 2VZVA 3K8MA 3WSUA 3F5LA 3VDCA 4HU0A 4U3CA 3OZPA 2E8ZA 2O9RA 4LXFA 3CUHA 2V5CA 1JYNA 3LPPA 4PTXA 2CHOA 3OLGA 4A3HA 8A3HA 3I3BA 1HP5A 1Q6CA 2O9PA 2VJXA 3GM8A 2QHAA 1O7AA 4UQAA 3LMYA 4F66A 2QLYA 1ECEA 2J77A 1UG6A 3VD7A 3ARXA 3WEMA 1V02E 4CKQA 2V5DA 3W37A 1GOIA 1WZMA 1HXJA 3WF2A 1R85A 3PZNA 1CYGA 3A4WA 1CIUA 2G8ZA 4GZJA 3L4TA 5DT7A 1XD1A 4MNMA 1J12A 2WVVB 1C90A 2GUYA 2PWGA 3EDDA 1R7AA 4U33A 1YHTA 4MAZA 2YLAA 1OM0A 4JCLA 2W66A 2NT1A 5HDRA 1BFNA 4XUYA 1G0CA 4AIOA 3WD3A 1Z32X 2YDQA 2ZXDA 1E6ZA 1OT1A 4HZ8A 4KGJA 1CLVA 3ALFA 3MV11 5A6JA 1TMQA 3MU7A 5GNZA 1CECA 1W3JA 4M29A 4PYSA 1ZBVA 2J7BA 2D20A 4UOQA 1JF5A 3OLEA 2A3AA 2UY5A 1Y7VA 5A2BA 3L2MA 1J11A 2J7GA 5M17A 3B8SA 2DSWA 3CPUA 3ARYA 1UD4A 3WD0A 3WMBA 1EO7A 2VZSA 3CBWA 4OOUA 3E1F1 1HIZA 3M46A 1LF1A 2XSAA 1RP8A 3BAYA 1AQ0A 1W2VA 4YN5A 1KGUA 3ARPA 5A69A 1J10A 1E9LA 5ABFB 1FH9A 4GZEA 2CCRA 3CZLA 3RO8A 3W27A 1EGZA 2EPOA 4PMQA 5IFTA 4TTUA 5D9OA 1IZJA 2XVNA 2WXDM 4NI3A 3DHUA 4F9DA 3ARVA 3VDBA 2GSJA 1EIBA 4J3VA 2PI6A 3SUUA 2XVLA 2E40A 1B9ZA 3N1AA 3S2CA 2ZX8A 4A3YA 5GPRA 4OZOA 1KQZA 3CZKA 4KMQA 1E73M 4X0VA 3DYMA 3CH9A 1PBGA 5IXEA 4PCTA 3IJ7A 3WY1A 5TD4A 2YA2A 2PBGA 2Y4SA 4ZENA 3SCPA 4PMZA 2XG9A 3VM5A 1E6QM 1CGUA 3SCUA 1FFQA 3VMOA 3VGGA 1K9DA 2WVVA 4WK9A 3VILA 3WDIA 2EPLX 1LWJA 3AHZA 4AC1X 1W9BM 3CHDA 1ISZA 1PX4A 3CUJA 3AIUA 3MUIA 2WZIA 4HA4A 2IUZA 3QOMA 4DWSD 1GQJA 1UD3A 1XCWA 3B9AA 3NYDA 1UA3A 2VRKA 3ALGA 2ZXQA 2G3JA 2CBJA 2VX7A 4BQ4A 4TTGA 1E0WA 4M80A 1NOWA 1UH4A 3IANA 3GH7A 1XRVA 2A3EA 2D23A 4OIFA 3SUWA 4CCDA 4QFUA 4HZ7A 2VURA 2JEPA 2BVYA 1PZ2A 3THDA 3EDEA 2YJQA 3WELA 3MKKA 1R8LA 2V38A 5IDIA 2VNCA 2WCAA 3T09A 2ZUVA 5ABFA 3BH4A 1PEZA 3BAXA 3MMWA 3VOCA 2YOCA 2XFRA 1XH0A 3AHXA 4PMYA 1KR1A 1LLOA 1VJZA 2BXZA 2XJ7A 4XZBA 1QHPA 4GZIA 3PZTA 4UQ9A 4XB3A 4PEEA 2OYKA 1ZBWA 5E09A 1B3WA 2VCAA 1CGWA 2YL6A 5DT5A 1OD8A 3K1DA 4HMDA 1CGTA 3VM7A 5C70A 2FHFA 5BROA 5AC4A 1C7SA 1HJUA 2YDSA 3AMGA 3AIVA 1UQZA 2CERA 4U5IA 2D24A 3L4VA 5D8ZA 5HPCA 4UFJA 1WDSA 2AOSA 1UWUA 5I3DA 3G6LA 5LA2A 2CXGA 1MW1A 2BFGA 3VO0A 2ZX6A 4BZYA 5A6SA 2D0FA 2YKKA 3VGHA 3W6LA 4B3LA 5A2CA 1J0YA 3HN3A 3SCNA 1EH9A 3FNDA 4HMEA 1OIFA 2ZUTA 4P8XA 5JIWA 1GORA 4N0RA 4ACZB 4CD8A 1VB9A 3UG5A 3WQ6A 2CBVA 3WF1A 5FKYA 3AICA 1KXVA 3ECQA 4PRWA 4BCEA 3UERA 3OGSA 1E4MM 1JZ7A 1UWRA 2J7CA 2C7FA 2ESCA 1QPKA 3OBAA 4ZXLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2EJ1 A;  5GQB A;  2IXU A;  5I0D A;  1E6R A;  3DHP A;  3VKK A;  1JD7 A;  1SFS A;  4JL2 A;  4P7Q A;  4W8B A;  2ZWY A;  2XII A;  1RD6 A;  4ZE5 A;  1JAK A;  4PBG A;  1M01 A;  2VMF A;  3OGV A;  4MAV A;  2ZUS A;  5JBE A;  3WN6 A;  1HKM A;  1Q6F A;  3DEC A;  4B3K A;  3PZG A;  4MNK A;  3ZR6 A;  1N82 A;  1VAH A;  4R27 A;  4P7O A;  1HVX A;  5E9A A;  3N15 A;  1W3H A;  5CLW A;  4QAW A;  4GI8 A;  2OWW A;  1E5N A;  3A47 A;  4UFL A;  3WFL A;  1VRX A;  2CYG A;  4TXE A;  2WBG A;  3MSG A;  1QHO A;  2G3N A;  5BXR A;  3IJ9 A;  3FW6 A;  2WVS A;  1HJQ A;  3KL0 A;  1C93 A;  4KH2 A;  3U7B A;  5FOO A;  3AML A;  1RPK A;  2CEQ A;  1QBB A;  9CGT A;  1WKY A;  3T2O A;  1ODU A;  4GKL A;  1UKT A;  4Q7N A;  3K46 A;  1ZL1 A;  1H09 A;  5D4Y A;  4ZEP A;  1UZ4 A;  5ABG A;  4Z2L A;  2EEX A;  2WKG A;  4CGT A;  1XH1 A;  3SCV A;  3BCF A;  1HKI A;  1W1T A;  2O9T A;  3AHY A;  4NZC A;  3W29 A;  4GI9 A;  3GH5 A;  4AZB A;  1UD2 A;  3WD1 A;  5HPO A;  5AYI A;  4TVD A;  1CLX A;  4PUD A;  1FP8 A;  1W9D M;  1IZK A;  3GH4 A;  1E4I A;  3GTN A;  1XGZ A;  4DWS A;  4Z2I A;  2WHL A;  4W5U A;  1XSI A;  4H8U A;  3SCS A;  1DTU A;  3FAX A;  3AS0 A;  1BGG A;  2ZWZ A;  3WQ4 A;  2XWE A;  4LYR A;  3B9D A;  1WO2 A;  2C8N A;  3AIB A;  1W1V A;  3VNY A;  1MXG A;  3I3E A;  4GIN A;  2Y24 A;  1E70 M;  4J3U A;  3PZU A;  4PMD A;  4DM2 A;  4AYS A;  4WJX A;  2DIJ A;  2XSB A;  4QLJ A;  5IHR A;  3OIH A;  4GQQ A;  3VD5 A;  5LA0 A;  1C92 A;  3W81 A;  2V3D A;  1UD8 A;  2GK1 B;  1ISV A;  2J8G A;  1D7F A;  3KL5 A;  2BHZ A;  4OKD A;  1J9Y A;  5BXP A;  4UFI A;  3EDJ A;  3VGD A;  2QPS A;  3KE0 A;  1GOM A;  4HPH A;  5BXS A;  2WCS A;  2J47 A;  3VIH A;  2GJR A;  1CZ1 A;  4AD4 A;  1C8X A;  4UCF A;  4WKF A;  2W5F A;  1K9T A;  3MO4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1R85A

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