1R86A

Crystal structure of the extracellular xylanase from geobacillus stearothermophilus t-6 (xt6, monoclinic form): the e159a/e265a mutant at 1.8a resolution
Total Genus 147
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
KPHISALNAPQLDQRYKNEFTIGAAVEPYQLQNEKDVQMLKRHFNSIVAENVMKPISIQPEEGKFNFEQADRIVKFAKANGMDIRFHTLVWHSQVPQWFFLDKEGKPMVNETDPVKREQNKQLLLKRLETHIKTIVERYKDDIKYWDVVNAVVGDDGKLRNSPWYQIAGIDYIKVAFQAARKYGGDNIKLYMNDYNTEVEPKRTALYNLVKQLKEEGVPIDGIGHQSHIQIGWPSEAEIEKTINMFAALGLDNQITALDVSMYGWPPRAYPTYDAIPKQKFLDQAARYDRLFKLYEKLSDKISNVTFWGIADNHTWLDSRADVYYDANGNVVVDPNAPYAKVEKGKGKDAPFVFGPDYKVKPAYWAIIDHK
5010015020025030035035030025020015010050
050100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
publication title Crystal structure of the extracellular xylanase from Geobacillus stearothermophilus T-6 (XT6, monoclinic form): The E159A/E265A mutant at 1.8A resolution
rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 147
structure length 371
sequence length 371
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2003-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1r86A00
2J75A 3W53A 1H1NA 1UH3A 2XM1A 1BYBA 2W4XA 5JIPA 1D3CA 2JIWA 3AXHA 2XFYA 3I3EA 1RP8A 3EDKA 2VCCA 1JAEA 2DIJA 3WBAA 2XGBA 4WKHA 2J7BA 1GOIA 2WPGA 4H2CA 1J11A 2ZUTA 4PMOA 1B3ZA 4UQBA 4B15A 1SMDA 2EJ1A 2WHJA 3OB8A 4JCLA 1UR1A 4MB1A 4PMRA 2OYMA 4QCFA 1F4AA 1E4NA 1CBGA 5DT7A 2W92A 1UQZA 2JEPA 3VUPA 2E8ZA 2G8ZA 4UOZA 3BAYA 1JNEA 4HPGA 1GOWA 5FIPA 3VIJA 3SCQA 2WVVB 1FHDA 1C8YA 4B9ZA 4M29A 1DEDA 3AHYA 4Z2JA 4W5UA 1TMQA 3LPFA 4IM4A 3GXMA 4AZ7A 1W9UA 2DGAA 3MMWA 3SCRA 4Z2LA 1G01A 5IHSA 4HA1A 3BH4A 1RH9A 2DPEA 3QHOA 1TUXA 1JFXA 5I77A 2PWGA 3RPMA 2WVVA 4AD4A 2VZVA 3AIEA 5IFTA 1LWHA 3CHEA 1GJWA 1UHVA 3VINA 1JF5A 2F61A 3D5HA 1FH9A 3CPUA 2YA2A 4GZEA 5D9OA 5CPTA 5E70A 2QPSA 1TCMA 1ISYA 5BXRA 5M3WA 3VGDA 3WUBA 1Q6CA 2XGIA 2D24A 5EFDA 4M56A 4UTFA 3PTKA 4LPCA 4JFTA 3HU7A 2O9TA 1XD0A 3K4DA 1VIWA 5ABGA 4FLQA 1EQPA 1K9TA 3ZR5A 1M7XA 4AZCB 3VD9A 3J7HA 3AOFA 3LPOA 4BA0A 1PX3A 1W9XA 1W2VA 3CZEA 2VZTA 1H11A 4PCTA 3F5LA 5ABFA 1JF6A 3IK2A 2QHAA 1TZ7A 4AZCA 3EBVA 1JG9A 2XFFA 3F4VA 4DM1A 5ABEA 3PN8A 2FGZA 1M04A 3JUGA 4J28A 3AMDA 3PZIA 4Z2IA 4DUXA 4CD7A 2WANA 4FLOA 2VMFA 4MNMA 2D23A 4PMNA 2YOCA 1GCYA 1E3XA 3CO4A 3KE0A 3THDA 3WMCA 2Z1KA 3U5UA 5CLTA 1AQHA 2O9PA 1CGUA 1JZ2A 1E3ZA 4ZEPA 1PAMA 2J7HA 1Q6GA 1QNPA 2FHFA 4ML4A 3PBGA 2JFEX 2W61A 4S3KA 1FP8A 5FD0A 2QPUA 3NDZA 1HKMA 1PZ2A 4TVCA 4KWUA 3BLPX 1UG6A 1UR0A 3WMSA 1A3HA 2UY3A 1JI1A 3RJYA 5GNYA 1XYZA 1SFSA 4L4PA 5HPCA 2ZOXA 4B3KA 1MQRA 5F7UA 2W67A 4AZ6A 2YDRA 3WD4A 2PWEA 1O6IA 1MYRA 1X6LA 2BVYA 4GI9A 1BLIA 1NH6A 2ZX9A 3W26A 1KBBA 1EHNA 4CCEA 4UR9A 2YBTA 1OD8A 3OLGA 4PUEA 4HPHA 3PHAA 3T2QA 2VOTA 5AC5A 3N13A 2EPKX 2O9RA 4JFWA 1Z32X 4P7OA 4JZ5A 4BZYA 2X8RA 1LL6A 5BROA 1VBRA 1JDCA 3W6MA 1V0KA 4U2ZA 2YDSA 1CEOA 1MW1A 4AY1A 5GPRA 1JYXA 2CITA 3VMPA 2V5CA 3WD0A 1JZ4A 1HP5A 3WH7A 2CEQA 1KWGA 2FDMA 1HL9A 4X9YA 2DSUA 2G41A 1WZAA 1N82A 1VENA 4GINA 3VIMA 3CZLA 3WBEA 2J7GA 3WD3A 3WMBA 2WAGA 3KWXA 3O6AA 4ZXOA 3A4AA 3U7VA 1J01A 3GXFA 3CHDA 3POHA 4W86A 2VQUA 1OCQA 4MB4A 5AY7A 1TE1A 1ZJAA 3SCTA 3BCFA 4C7DA 1P6WA 4AIOA 3ZSTA 3WH8A 5EB8A 1FOBA 2V5DA 1K6AA 4PSPA 1XSJA 2GJPA 1G94A 3RJXA 3RDKA 3VIHA 1HJQA 4M80A 4H7VA 3TP4A 4QAWA 2D0GA 4F9DA 2YDQA 4E2OA 1OIFA 1SR0A 1VB9A 5E0CA 3HJEA 3BAIA 3MUIA 3WFLA 1VBUA 2YIHA 4X0VA 2CHNA 4W5ZA 3B9EA 4NRSA 2FHBA 5JBDA 1C7TA 1NQ6A 2GVYA 4ZENA 3N1AA 1KXTA 2G4FA 2DT1A 2Y8KA 6A3HA 1KQYA 4ZE5A 2EEXA 4E8CA 3AHZA 3GXIA 3SURA 1JGIA 1AQ0A 2YA0A 4J7RA 3EDEA 4JL1A 3VD5A 1UYQA 5CZKA 3UG3A 1RP9A 2DIEA 3DYMA 2D3NA 4TVUA 1JD7A 2VL4A 2VR4A 4OJYA 1KGUA 4WF7A 1LF1A 3AIUA 3WDQA 1TFVA 2D0FA 2DT2A 4XZWA 4RE4A 1E6XM 2WBGA 4U33A 1V3IA 4AD1A 1B2YA 1AQMA 4RE3A 4KRTA 1E73M 4TX8A 1HP4A 3AMCA 1Q6EA 3WY1A 2WCSA 5A2BA 2XYLA 4AXNA 3K8MA 4IPNB 1A47A 2GFTA 2J7DA 4Q22A 1CGXA 4WIWA 3K4AA 1G0CA 1R8LA 4ATLA 3OGSA 1PBGA 1KR0A 3SCVA 4PMZA 3CMJA 3BAXA 2VVSA 2X09A 3WD2A 2WSKA 2HVMA 1NM9A 5BRQA 1K9EA 3SCUA 3WQVA 2GSJA 1E6ZA 1WNOA 3AICA 4RL3A 4QFUA 4MB5A 3VOCA 3IAQA 3WDRA 5HBFA 5I0DA 1BAGA 1HX0A 2XVLA 1JZ6A 1UWTA 1UKTA 1WZKA 1IZJA 2WC3A 3AIRA 1HT6A 3PZTA 4PMDA 4CD4A 4F8XA 2D2OA 1XSKA 5A6BD 3MMDA 5LA1A 4AW7A 4HP5A 4N42A 9CGTA 5EMYA 1H09A 3RO8A 3FAWA 1D7FA 1V6XA 2DDXA 3WH5A 4XX6A 1NWUA 1Q6DA 1M01A 1G1YA 2ZUNA 3KL0A 2OSWA 3S6TA 5AC4A 1VJSA 4JHZA 3GNPA 5M17A 5C71A 5M5DA 1J0KA 1R86A 3AFBA 4JFUA 1LWJA 1WDPA 3T0DA 4H8HA 1V3HA 2TAAA 3WF4A 2ZX8A 3THCA 4A3HA 4EANA 4AMCA 3AIVA 4JAWA 3ZJKA 1UR8A 3PZVA 1DHKA 1EHAA 3W81A 1FHLA 2CPUA 5D9PA 1QVBA 2BXZA 3AHTA 5CSYA 2VC9A 3WELA 1NWTA 3VO0A 3VMOA 4Q7NA 2J79A 1QHOA 3CH9A 5FCZA 1JIBA 4PUDA 1C93A 3N18A 4MAZA 3SUVA 4BQ4A 1ODUA 4NSBA 2OYKA 2XM2A 3ZM8A 4OOUA 4J3WA 3BAWA 2CKSA 1DP0A 1FFQA 4OKDA 4W7WA 1MWOA 1WZMA 4ZFMA 1GOOA 1ZJBA 4AIUA 3NDYA 1UR9A 1QBAA 4WK9A 4Z2GA 3MSDA 5A8OA 1UH2A 1EDGA 4QLLA 3OZOA 3KL3A 4CU6A 3VX1A 1OM0A 1PZ3A 2X1IA 3N12A 2YL5A 2DT3A 1MQQA 1KXHA 2C0HA 3ARRA 3U5YA 1QNOA 2PI6A 3GH4A 1HIZA 3A6OA 3QGVA 3VU2A 1B0IA 1E1EA 4U2YA 1FA2A 1CTNA 1M53A 1NOUA 4W8BA 2X0YA 3IJ9A 4LGXA 1BSIA 2NT0A 5CG0A 3OGRA 5I3DA 1UWUA 2WSPA 4PMXA 3NCOA 3OA5A 3U7BA 4QLKA 1C91A 4V27A 2F8QA 3T0BA 4CVWA 5A8PA 2CYGA 2VVNA 2UWFA 2ZXAA 1J0IA 1CYGA 4MDOA 5AYBA 7TAAA 5CQ1A 3NYDA 4PBGA 3VM7A 4GQQA 4GO8A 2CETA 2EPLX 4UCFA 2E4TA 4K68A 3SCNA 1JZ5A 1QNQA 3ZJ8A 1BG9A 1E6PA 3BLKA 3WEZA 3UETA 1UR4A 1CXKA 1KCKA 3ZMRA 3HMCA 1CXHA 3W38A 1UD6A 3VGGA 1E6NA 1W9PA 1GHRA 3A4WA 1VFFA 2B31A 3WQWA 4UFHA 5A69A 1QI2A 2OYLA 2J8FA 1X1NA 1JNDA 3ZSSA 5A6SA 4CUCA 2WNWA 4PTMA 3CZJA 1BF2A 3ZOAA 4IPLA 3ZT7A 1VFOA 2ZUUA 4C7FA 1CPUA 3CMGA 2WVTA 4AEFA 1QOXA 1SMAA 4P7NA 4ATWA 3AMLA 2F2HA 2Z1SA 5D9NA 3ARTA 1HVXA 4R5EA 2J7EA 3L2LA 3KEHA 4P8UA 4TXEA 1E5NA 1F4HA 2OSYA 1EDTA 4D6JA 1ISWA 5A95A 4D6GA 2QV4A 1KFWA 1E15A 1EDQA 5E0FA 2WK2A 1ECEA 2W91A 3SCPA 1BQCA 4MNKA 2X0HA 3LPPA 3AS0A 2EPOA 1HF6A 1UQYA 4LYPA 4EKJA 2BY0A 5BYWA 2JF6A 4WLCA 5HPOA 4ATDA 3AXXA 3VNYA 2J78A 3BCDA 4E4PA 4W8AA 1KGWA 2UY2A 1CXFA 3WQ6A 4TX6A 5CGTA 3RIKA 2D0HA 4P7LA 1KBKA 3WDJA 4PYSA 4W84A 3AXIA 2BXYA 3VDCA 4GZIA 4LYRA 2VJXA 2Y24A 3BC9A 2VCAA 1LL7A 4QDMA 1ITCA 2ZXBA 5ABFB 2O9OA 2ZUVA 2WLYA 4CGTA 3L4YA 3WFZA 3MU7A 2FH6A 3VGBA 5CJ5A 3IANA 3T0AA 1YQ2A 4D6EA 3WUFA 4Z2HA 1Q4NX 1WPCA 2UY5A 2PBGA 2GK1A 2YBUA 3ZQ9A 4W85A 4LQ1A 3EDFA 3WDIA 3CHFA 3VDAA 3SCOA 4NF7A 3CUJA 1H5VA 1U33A 3NIYA 3UERA 3G6LA 4W88A 3RM9A 4R27A 4WJXA 2CXGA 4AC1X 4JFVA 2VR5A 2ZUMA 1CGTA 1GOQA 4UFLA 3QOMA 1EO5A 1AVAA 3ARXA 3AIQA 4Z2KA 1CWYA 1E71M 1J12A 1OGGA 5CSUA 3ARZA 3K8LA 2BV9A 3O2LA 3FXYA 1HJXA 2VQTA 2XVPA 2CESA 4PRWA 4XV0A 5A6AA 1MFVA 3GH7A 6TAAA 3AIBA 4TOQA 5BWFA 1ZU8A 1ZS2A 1E1FA 5LA2A 5GNXA 3B8SA 3SUTA 3VTRA 3VM5A 8CGTA 1SYTA 3MS8A 1S46A 5HOSA 3L4UA 5E6ZA 1OWQA 1OBAA 1FH8A 5I78A 1V0MA 1CXIA 1GPFA 1Y7VA 1CGWA 4V2XA 4H41A 1CECA 3OLEA 1W1TA 1V02A 2J7CA 1K9DA 1BTCA 3CUIA 2XVKA 4AD5A 3AS3A 6CGTA 1LQ0A 1C3FA 2W5FA 3ARYA 1BFNA 5CXPA 1C92A 2XSBA 2OLHA 2WMIA 2A3AA 1EIBA 2DT0A 1XRVA 3T2OA 4UOQA 3MMUA 4UFJA 2WKLA 2QMJA 4DUWA 2XPKA 1GUVA 3ALGA 2YKKA 2GJXB 4UQDA 1JDDA 3W29A 4KRUA 1UKPA 3N04A 5LYRA 3WNKA 1L0PA 4HA4A 2MANA 2FHCA 1UD8A 1JYNA 1UH4A 2YLLA 3UEQA 2RGMA 4W7UA 7A3HA 3FY1A 3UG4A 3QOKA 1H2JA 1XH0A 1LJYA 5HDRA 3WENA 3LPGA 3MV01 5CPSA 4PMVA 4J3TA 5I79A 2GJXA 1O7AA 1V3LA 4DM2A 5DT5A 4HMEA 1E56A 4QP0A 1DWGM 5D9MA 3VIFA 2A3HA 2BHZA 1CXLA 3AZSA 3L4VA 2VZUA 3BSGA 5IFPA 1OGBA 3LMYA 3CZGA 1AMYA 1UZ1A 1W1PA 1MXDA 2ZIDA 5D8ZA 5E09A 1WDRA 3NUKA 2FH8A 1RPKA 2XIIA 4JKMA 4B16A 1XHGA 1UWRA 1UWSA 4PTXA 1B3YA 1I75A 1VRXA 4JFSA 3VIKA 4M24A 3EMCA 5D8WA 3M46A 1BYCA 4U5KA 3DYPA 2WC7A 3CZ8A 3ARQA 2JALA 4HZ8A 1BGAA 1W1VA 2EXOA 1V02E 3PZGA 1V6UA 4OBSA 1BVNP 1U2YA 3ZR6A 1E0WA 1EXPA 1LLOA 2WZEA 3AIWA 2BNJA 3OG2A 3NSMA 2EQDA 3VKKA 2CCRA 3CUHA 1H3GA 1VAHA 4EK7A 4QLJA 4W89A 2WC4A 1GVYA 1PIFA 3ZO9A 4GI8A 1QW9A 4MJ4A 2BHUA 1E55A 2C7FA 1GOKA 1H0GA 4UQCA 3BSHA 1QPKA 3BXWA 3WL1A 2V3DA 2EPMX 4CD8A 4CN1A 4M8UA 1XGZA 2WCGA 2XHYA 3WF1A 5DEZA 3VGFA 3W0KA 1OIMA 1W9BM 3L4ZA 2C8NA 1KQZA 4LX4A 2YL8A 4FMVA 4MTVA 4JL2A 3EDJA 2OWCA 2WHMA 1ISZA 1WB0A 5A6KA 2D1ZA 1UD2A 3O9NA 2QF8A 5FL0A 3N15A 2IXUA 3VDBA 3TTQA 2WCAA 1ZB5A 3MSGA 3WNNA 1VFUA 2BFGA 2E9LA 1CNVA 2OSXA 4CD6A 1US3A 5A1AA 4AYSA 1IZKA 5CLWA 3GNOA 4DWSB 3IAPA 3CUFA 2YA1A 4X0NA 1KXVA 3NSNA 3TTOA 5C70A 4BQ2A 3MANA 4FLRA 3M07A 4D72A 3RM4A 2ZXDA 3FW6A 1MW2A 1X6NA 4CN6A 1MXGA 1B1YA 3AZTA 1B90A 3AMKA 4CU7A 1E6SM 1ZL1A 4MDPA 4BQ5A 3VDHA 3PZNA 4WKAA 1UA7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2J75 A;  3W53 A;  1H1N A;  1UH3 A;  2XM1 A;  1BYB A;  2W4X A;  5JIP A;  1D3C A;  2JIW A;  3AXH A;  2XFY A;  3I3E A;  1RP8 A;  3EDK A;  2VCC A;  1JAE A;  2DIJ A;  3WBA A;  2XGB A;  4WKH A;  2J7B A;  1GOI A;  2WPG A;  4H2C A;  1J11 A;  2ZUT A;  4PMO A;  1B3Z A;  4UQB A;  4B15 A;  1SMD A;  2EJ1 A;  2WHJ A;  3OB8 A;  4JCL A;  1UR1 A;  4MB1 A;  4PMR A;  2OYM A;  4QCF A;  1F4A A;  1E4N A;  1CBG A;  5DT7 A;  2W92 A;  1UQZ A;  2JEP A;  3VUP A;  2E8Z A;  2G8Z A;  4UOZ A;  3BAY A;  1JNE A;  4HPG A;  1GOW A;  5FIP A;  3VIJ A;  3SCQ A;  2WVV B;  1FHD A;  1C8Y A;  4B9Z A;  4M29 A;  1DED A;  3AHY A;  4Z2J A;  4W5U A;  1TMQ A;  3LPF A;  4IM4 A;  3GXM A;  4AZ7 A;  1W9U A;  2DGA A;  3MMW A;  3SCR A;  4Z2L A;  1G01 A;  5IHS A;  4HA1 A;  3BH4 A;  1RH9 A;  2DPE A;  3QHO A;  1TUX A;  1JFX A;  5I77 A;  2PWG A;  3RPM A;  2WVV A;  4AD4 A;  2VZV A;  3AIE A;  5IFT A;  1LWH A;  3CHE A;  1GJW A;  1UHV A;  3VIN A;  1JF5 A;  2F61 A;  3D5H A;  1FH9 A;  3CPU A;  2YA2 A;  4GZE A;  5D9O A;  5CPT A;  5E70 A;  2QPS A;  1TCM A;  1ISY A;  5BXR A;  5M3W A;  3VGD A;  3WUB A;  1Q6C A;  2XGI A;  2D24 A;  5EFD A;  4M56 A;  4UTF A;  3PTK A;  4LPC A;  4JFT A;  3HU7 A;  2O9T A;  1XD0 A;  3K4D A;  1VIW A;  5ABG A;  4FLQ A;  1EQP A;  1K9T A;  3ZR5 A;  1M7X A;  4AZC B;  3VD9 A;  3J7H A;  3AOF A;  3LPO A;  4BA0 A;  1PX3 A;  1W9X A;  1W2V A;  3CZE A;  2VZT A;  1H11 A;  4PCT A;  3F5L A;  5ABF A;  1JF6 A;  3IK2 A;  2QHA A;  1TZ7 A;  4AZC A;  3EBV A;  1JG9 A;  2XFF A;  3F4V A;  4DM1 A;  5ABE A;  3PN8 A;  2FGZ A;  1M04 A;  3JUG A;  4J28 A;  3AMD A;  3PZI A;  4Z2I A;  4DUX A;  4CD7 A;  2WAN A;  4FLO A;  2VMF A;  4MNM A;  2D23 A;  4PMN A;  2YOC A;  1GCY A;  1E3X A;  3CO4 A;  3KE0 A;  3THD A;  3WMC A;  2Z1K A;  3U5U A;  5CLT A;  1AQH A;  2O9P A;  1CGU A;  1JZ2 A;  1E3Z A;  4ZEP A;  1PAM A;  2J7H A;  1Q6G A;  1QNP A;  2FHF A;  4ML4 A;  3PBG A;  2JFE X;  2W61 A;  4S3K A;  1FP8 A;  5FD0 A;  2QPU A;  3NDZ A;  1HKM A;  1PZ2 A;  4TVC A;  4KWU A;  3BLP X;  1UG6 A;  1UR0 A;  3WMS A;  1A3H A;  2UY3 A;  1JI1 A;  3RJY A;  5GNY A;  1XYZ A;  1SFS A; 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