1RD5A

Crystal structure of tryptophan synthase alpha chain homolog bx1: a member of the chemical plant defense system
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
SRPVSDTMAALMAKGKTAFIPYITAGDPDLATTAEALRLLDGCGADVIELGVPCSDPYIDGPIIQASVARALASGTTMDAVLEMLREVTPELSCPVVLLSYYKPIMFRSLAKMKEAGVHGLIVPDLPYVAAHSLWSEAKNNNLELVLLTTPAIPEDRMKEITKASEGFVYLVSVNGVTGPRANVNPRVESLIQEVKKVTNKPVAVGFGISKPEHVKQIAQWGADGVIIGSAMVRQLGEAASPKQGLRRLEEYARGMKNALG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the structural basis of the catalytic mechanism and the regulation of the alpha subunit of tryptophan synthase from Salmonella typhimurium and BX1 from maize, two evolutionarily related enzymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Zea mays
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain, chloroplast
total genus 94
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.8: Indole-3-glycerol-phosphate lyase.
pdb deposition date 2003-11-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1rd5A00
4LNYA 3M5XA 2E5CA 4I9AA 2WO5A 2E6AA 5I3IA 1LRQA 2Y70A 3W22A 3S0CA 3MI6A 2ZRXA 2Y85A 3ABSA 3Q37A 5LSMA 3V1PA 4N2YA 1K3UA 4U4MA 1TREA 4IMCA 4UUIA 3S1UA 3N9RA 4IQLA 5BNKA 2VFHA 1KM1A 3DI0A 2Y6ZA 2B7NA 4P61A 1OFEA 3DFTA 3BLFA 2VC6A 1VYRA 3MO7A 1T99A 3W7NA 1OYBA 1F76A 1JJKA 3QFEA 3GXTA 5EBUA 2WJZA 1DHPA 5KSWA 4KKXA 5FF2A 1TTPA 3G0UA 2VFGA 3R2GA 3G0XA 5D2YA 1UJPA 3O15A 5CPOA 3W7IA 3HG3A 1EUNA 1TYGA 3L0NA 4QQ3A 4IPIA 2H90A 2Q3OA 3G1DA 3FJ6A 3EX6A 5C6MA 1WV2A 1MSSA 5DY2A 2GJNA 5L9FA 4MZYA 1R47A 4HNNA 2QCHA 1UB3A 4CNNA 4MY8A 3QW3A 1GVFA 4UTWA 3GZ3A 5K9XA 3N9SA 5FEZA 5DXYA 3T44A 3DHFA 1F74A 1QMLA 4WJEA 3NL6A 1OVDA 1K7XA 1G4TA 2YXGA 1A5BA 2ATSA 4LVDA 1FQ0A 2ZA2A 3L5AA 3LERA 4JD4A 4O1BA 3NGJA 1U83A 4CCDA 3S5NA 1I2QA 2QJGA 5FF3A 5MHBA 1KM5A 2NXGA 4RK8A 3LV6A 3FOKA 1VLIA 1I2OA 1GVSA 1SO4A 3LLFA 4LT9A 5KZEA 1YPFA 5LNUA 3HB9A 5K2ZA 3R8RA 5AC6A 3SIZA 1SFLA 1I4NA 3NPXA 3QMTA 2JKPA 1X8FA 2NWRA 2JGQA 1JUEA 4UFHA 2A5HA 3GAKA 2DZVA 4FB7A 2HS6A 3B0UX 5F2IA 1QWGA 3JS3A 4O13A 1GG0A 5H91A 4KFNA 1G69A 4CQAA 2GOUA 5AC7A 1S5VA 1GYLA 2WNZA 3RF9A 3PG8A 3TMQA 2VFDA 4TMCA 3TDFA 1A50A 4LS2A 3LI0A 3CC1A 1WQ5A 3W75A 4WX2A 3FLUA 4O53A 3CHVA 5D38A 1TPWA 5ABTA 3LCFA 4JNMA 3R12A 4LTSA 4A22A 1HL2A 1VCVA 1BTMA 4PEKA 2GVGA 3CU2A 3QQ0A 2QCMA 2ZTKA 3UZJA 2W79A 4AWTA 3SGZA 1XUUA 4PA8A 3BW4A 5HINA 4MJMA 3ANYA 1XKYA 3DFPA 3KFTA 4FIQA 2ISSA 4UTHA 3O16A 1OFBA 4D2JA 5L6UA 2Z0IA 2G95A 3TJLA 2ZFAA 3W1XA 3W7LA 4ML9A 1FWSA 1IXPA 3W1QA 2QEZA 4Y6GA 3ZWSA 4EWND 1LZOA 1FWWA 1IIGA 2BLEA 3TMLA 4ZL1A 1JCNA 1KFKA 1VJIA 4LUJA 4LS0A 5FESA 4ZQMA 2Q3RA 5D2XA 2PCQA 4HSOA 5F2MA 2E5BA 3EX3A 3W7OA 4MFEA 2LLEA 4JYEA 2YDAA 3ZWTA 1KW1A 3TSBA 3UWYA 2ZRWA 3FKKA 1OFQA 3UY7A 1QFEA 2QCDA 1EWEA 3E9AA 4K8EA 3UQNA 3LHZA 4BWLA 2WPBA 4UXDA 4JIPA 4ADSA 2XFWA 4CNOA 1KTNA 3TQKA 2ZZ7A 2QCNA 3Q58A 1KTBA 4GJ1A 3W7PA 1THFD 4I7UA 1P1XA 1YADA 3QRHA 4PH6A 3EWUA 3NL3A 4AF0A 1EUAA 3QEZA 2GQAA 5F4SA 3W2MA 1JRBA 1LCOA 1GQNA 3BW3A 1KBJA 3BW2A 4BK9A 3S1XA 2FPTA 3B03A 2YSWA 2Y7GA 1CW2A 4O18A 3N3MA 3Q94A 3V75A 3QC3A 3W84A 4EF8A 1FX6A 1VCFA 1N8FA 3PAJA 3THQA 5D2VA 5F4XA 2FB3A 4A2RA 1KFBA 4CLMA 5AFDA 2GQ9A 3PUOA 4MIMA 4PCFA 4O50A 4HSNA 1WBHA 3NQDA 3MWAA 2QCLA 3TA6A 3TR2A 3O6DA 2FB2A 1PE1A 3QZEA 5D04C 3LV5A 5CPLA 2X30A 4JICA 2AAMA 3DAQA 4UTTA 2C16A 4GBUA 4WXZA 3WK1A 2X1UA 1QO5A 1UCWA 3EKLA 4QIUA 3MUXA 2ATMA 1P0NA 1FCQA 1R2SA 3C2VA 3VCRA 1SSDA 1HO4A 4P2VA 4WUIA 5K3VA 3SECA 1LRNA 2Q8ZA 3MJYA 3GXNA 1LDCA 4KFOA 3P7YA 1AK5A 1AL7A 2Y62A 3GAYA 2EF9A 3B0PA 3TE9A 4JIQA 3G1SA 3P62A 3I7SA 3C2FA 3MI3A 1B9BA 1LBFA 2YFNA 1DQXA 4K36A 4S1FA 3CWNA 3MI2A 1TV8A 3PR2A 1RZMA 1NFBA 1L6SA 3W2JA 3SY5A 3OG3A 3EWXA 4DPQA 3F4NA 4O1CA 2VXNA 4GUHA 4KWWA 3K30A 4XZ9A 3ZS4A 1MXSA 4Y90A 3OIXA 1OYAA 1H7NA 1Y0EA 5LNRA 2CZDA 4IWWA 1RQEA 3O05A 1BWLA 4YCOA 2FLIA 3DFOA 1QCWA 2P1FA 2YGYA 3W85A 3LHWA 3TSMA 3HBLA 1FWNA 3B05A 2ZQ0A 3GB6A 3NQEA 2J9YA 1SFJA 2JK2A 1Z44A 1VGAA 5CPNA 3P61A 5G1YA 3BG3A 3L21A 2DZWA 3TQ0A 2NV2A 3LTYA 2E1DA 2QJHA 4GXMA 3DZ1A 3EX2A 4QNEA 2VENA 3W7HA 2E09A 1YXCA 4ONVA 2GVLA 2X1RA 4IOTA 2JBMA 3LTPA 3IIZA 3WJZA 4MZ1A 4K8HA 4NZFA 2DJXA 1I2RA 1EP2A 2WNNA 4JDYA 3L5LA 1TO3A 1ZCOA 4N9EA 1S5TA 3LCHA 3G1XA 1OK6A 2X16A 2B7QA 4FNSA 4ORMA 1T0OA 1TPUA 3LM7A 4N9BA 1GOXA 1K03A 3L65A 1VHCA 3MHUA 5HWJA 2OCZA 1LROA 4FXRA 3NPWA 5D32A 2YZRA 3QPZA 1FDZA 4HIBA 1O60A 4H3DA 4JX6A 4RXFA 4UCGA 3TAOA 1GYNA 1YDOA 3WJSA 3G24A 3EB2A 2CFFA 1FUYA 1R46A 2E77A 1H61A 3ABOA 4UIOA 1KBIA 5HUOA 2QUUA 5CZSA 4JTHA 5F1VA 4JYDA 2RDTA 5KZDA 4NU7A 3LCGA 5D30A 5K7JA 1TPEA 4RKAA 5I3HA 1XBZA 3LLDA 1RVGA 1LTDA 1TV7A 1TJRA 1U5JA 1D9EA 3L66A 3TKFA 4GUGA 1DJNA 3CPRA 1WOBA 4LRSA 4QJ1A 3C3NA 2PRMA 4Q4KA 1Q6RA 3HIJA 1W54A 3I7RA 2TMDA 3W87A 5E1QA 4HT3A 3JRKA 4WY0B 4RLIA 4NJIA 4WZHA 3A5FA 2QCDB 3DFSA 3N2XA 1ZNNA 5TBOA 3RNDA 5G4EA 3W9ZA 1W5MA 1Q6OA 3ATZA 2EGZA 4NNAA 3HGOA 3UWZA 1KFEA 1MEHA 3OHIA 3QJAA 3L2IA 3PY2A 3LBCA 3W88A 1G67A 1OX6A 1VC4A 3O63A 4AF0B 3W1MA 2W0UA 1KM6A 1V7YA 4MY1A 4MYXA 3I6RA 1ZALA 1RV8A 2Y89A 2ZRVA 4FNTA 4DF1A 4R33A 4HNVA 1MEWA 1GWJA 2Y88A 3W1AA 2X1TA 3RLUA 1QR7A 1TTQA 1V5XA 3HPZA 3BPWA 3NA8A 3STFA 2NLIA 3FKRA 3W7DA 3MP4A 5LKYA 1Q3NA 3BGGA 2G96A 1EIXA 4O19A 1ML1A 4E2BA 3FFSA 1YYAA 3GDRA 3OBKA 5T26A 1TCDA 2X1SA 5TIMA 4KFPA 1ZFJA 4WXYA 1W3IA 3DHDA 5FI8A 4TMBA 3LB0A 3NQMA 1EX5A 8TIMA 1F5ZA 1WYIA 2GUUA 3W76A 1L2UA 2GJLA 3PSVA 5AYXA 2FPVA 3C6CA 2ZRZA 3UXDA 4UTJA 3DI1A 1HFBA 4EF9A 3R89A 4O10A 4C1KA 3FJLA 2G5WA 1ADOA 1GVQA 1ZAIA 4HN4A 1VH7A 5LNWA 2XN0A 1AMKA 3STEA 3W70A 5CZJA 1IXQA 3IIPA 2A6LA 1D3HA 3DFQA 2GQ8A 2FDSA 3BO9A 4UTIA 3UWVA 5HR7A 1H1YA 4HHPA 1H51A 5HNRA 2G97A 2WV8A 5D03A 4TIMA 4X22A 4O0KA 1VCGA 5HJLA 5AC8A 1ALDA 1F05A 5EY5A 4UTUA 1DOSA 3DKJA 4ZQNA 4MZ8A 2H8XA 4IMFA 2OT0A 2YCEA 4Z1AA 1DL3A 2ABBA 2DORA 1PHWA 3ATYA 3NXFA 1AL8A 3L68A 2C18A 1G6CA 3D0CA 1JCLA 4EIVA 2NXHA 3C2EA 3M16A 5FEWA 1JCJA 3U2OA 3VE7A 1LOQA 5G2HA 5AYZA 3I68A 4MLJA 3U8GA 4JEQA 1H7PA 3NL5A 3M47A 4ZQRA 1DJQA 1SZGA 3BK0A 1BEUA 1JCXA 2FQIA 4GFSA 2ZZ1A 5BMXA 4M7SA 2QUVA 2QF7A 3LHUA 4PTNA 2F84A 3E12A 4AB4A 3E96A 4XQ6A 3W7GA 1LM1A 1TIMA 4O16A 2VOMA 4MVAA 1SPQA 2YR1A 3P82A 1OFAA 3NEVA 2XN1A 3KRUA 4JTEA 1GZGA 3DH7A 3MBFA 1JULA 1ZENA 2C6QA 4ZZ9A 1GTEA 4ZVJA 3W74A 3AO0A 1Z42A 3W7QA 3FYOA 4I7WA 3CT7A 4QISA 3GKAA 4O12A 3W2NA 1OFOA 3MYOA 1EA0A 3U6WA 3R5EA 1B4EA 2CLOA 4QITA 2YYUA 3GKFA 4ZQPA 5HUPA 1XDLA 3SI9A 1MEIA 5E0KA 5KZMA 3G1AA 2Z6IA 5AHNA 2V5LA 2YW4A 3HG5A 5FF4A 3LCLA 4AHPA 2JKAA 4AHOA 3LRLA 3QQ1A 4AHQA 2J88A 2V2HA 4OGZA 5BRBA 4IUOA 4NZJA 3LI1A 5I3JA 3SZ8A 4FNRA 3TSDA 4Y8FA 2W6RA 1GG1A 2NUXA 4PODA 1X6UA 3ZR4A 1I8JA 1R30A 1YPIA 3DENA 3L0KA 1LLWA 3GDTA 3B04A 4JTKA 2OZ0A 5J5DA 4JX5A 3NNTA 3CTLA 4K38A 2C13A 2CLMA 2Y61A 4RV8A 1BWKA 3NVTA 5HWMA 3HG2A 1VLWA 3TH6A 4OWGA 4N9CA 3T78A 4LWWA 3ABRA 3W83A 5HQEA 2BX7A 1PHQA 1DBTA 1OFPA 4IGHA 3IRDA 2A7NA 1ICQA 4N6EA 4JTGA 5DBTA 4CQ9A 3GDLA 3SR7A 1H7OA 3HF3A 3HQ1A 3ABQA 1ME7A 2AQWA 4UTLA 4AWSA 1NAL1 1AW5A 4LV9A 4FNQA 1FWTA 1P0KA 1TPDA 1O4UA 2OJPA 2Y7FA 2NXIA 1TB3A 2O7QA 1OX4A 1OFDA 4YXGA 5K9DA 2V9DA 4BI5A 1XI3A 5IM51 1H7XA 3O07A 1VRDA 2H6RA 5G5IA 3EWZA 3PWAA 1OYCA 1SZFA 4WY0A 1A53A 3F4WA 4MUZA 1J5TA 3TQVA 3RU6A 1KM2A 3MHFA 4O52A 4O15A 1CX9A 1F6KA 2VELA 3EWBX 1PL9A 4JTIA 1QOQA 5EKYA 3GR8A 4NX5A 3M1ZA 1K02A 4Z08A 3W3OA 4JTJA 2YW3A 4GC4A 4ALDA 1W31A 2ZTJA 3L67A 1NF0A 3I65A 4HKPA 2CW6A 2C1HA 3JR2A 1GJPA 2RDWA 3A22A 3LCIA 3TAKA 1JUKA 3G3DA 1H62A 1FXPA 1YXYA 4AXKA 3EKZA 3P81A 3OVRA 4AH7A 2R94A 4H4IA 4Y96A 5IBXA 2ZA1A 3SFKA 1KV8A 2ALDA 3W71A 1KFLA 4H6KA 1TPVA 1EP1A 3AJXA 1NVMA 3LRKA 5C54A 3T40A 3M6YA 3NQAA 3QM3A 3G1VA 1TPB1 3RFAA 2HS8A 4K7YA 4IXXA 3PBWA 1ICPA 3RLVA 1KLYA 3W2LA 1B57A 4CNPA 1E51A 2QAFA 2ISVA 4NXKA 3LCWA 2YX0A 1XBVA 4B5NA 3ZFHA 3NM3A 1LYXA 3GVGA 4XWUA 4A2SA 1TQXA 4OT7A 2NUYA 2QCCA 3M44A 3TJXA 3NL2A 2A2IA 3PVFA 2NV1A 2VEKA 3GDMA 5G4WA 1GT8A 5HR6A 2C0AA 3C4UA 1JQXA 1SZEA 2OMAA 4NJKA 3TW7A 4UFKA 1H7RA 3NQFA 1A5AA 2QCGA 4JY8A 3I7QA 1QPRA 1TQJA 3BG9A 1DORA 3NQVA 3PBUA 4LVAA 4X2RA 2QAPA 2AGKA 4AWUA 2PURA 4LC6A 3EEGA 5K4XA 2Y7DA 3LRMA 4HPXA 2BZNA 4Y9AA 3W6YA 5FF0A 3W2KA 3IGUA 2J9ZA 2ZZ3A 4MY9A 1JCMP 3FA5A 2A21A 2JGYA 5CGQA 2FTPA 4GUIA 3W07A 4NVTA 2O7SA 3B8DA 3W2UA 5I3FA 3BG5A 1OFRA 3LXCA 3IGXA 1EWDA 1FY6A 5CZ0A 1WDWA 4OBTA 4GUFA 1JCYA 1G4PA 4TO8A 2J24A 3S8HA 3UWQA 1N55A 3HPSA 3PBYA 4UTWC 4DO5A 1QPOA 5D09A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TV4 A;  4A4A A;  2E6A A;  3B40 A;  2YCL B;  1H2J A;  3W22 A;  2A3A A;  2BB0 A;  4J7R A;  2ZRX A;  3ABS A;  8XIM A;  3Q37 A;  2GL5 A;  5IFT A;  3KCO A;  2PGE A;  4UUI A;  3S1U A;  3N9R A;  1HW6 A;  2P53 A;  3URN A;  1BVW A;  1KM1 A;  4AFY A;  2Y6Z A;  3VIO A;  3BLF A;  2VC6 A;  1VYR A;  3UU0 A;  4XIA A;  1T99 A;  1F76 A;  4W8B A;  4F0L A;  4C90 A;  3IWP A;  1JAE A;  3FDK A;  1U5H A;  5FF2 A;  3G0U A;  3G0X A;  1OCQ A;  3WQG A;  1PYF A;  3WLH A;  2FHF A;  1BRL A;  4GIS A;  3L0N A;  2PGW A;  3WLR A;  2JIE A;  2YBT A;  3G1D A;  4GVF A;  2CIT A;  1MSS A;  5DY2 A;  4MZY A;  4HNN A;  3GC4 A;  1H1N A;  1DJI A;  3QW3 A;  5I2U A;  3WDH A;  2AL1 A;  1XF0 A;  4ZB0 A;  5K9X A;  1E1C A;  2Z2B A;  4J3S A;  1KFW A;  1QML A;  1GK8 A;  3UZX A;  4XZH A;  1XFC A;  1A5B A;  4JD4 A;  1XLF A;  4O1B A;  1I2Q A;  5CEW A;  5MHB A;  1KM5 A;  2YCI X;  5LA1 A;  2BS9 A;  1UKT A;  3THC A;  4LT9 A;  4I90 A;  1US2 A;  3OQ8 A;  3K1D A;  3SUT A;  3LNM A;  3RIT A;  1W2P A;  2DEP A;  4MHB A;  3LMZ A;  4S3E A;  2JGQ A;  3BAI A; 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