1RD5A

Crystal structure of tryptophan synthase alpha chain homolog bx1: a member of the chemical plant defense system
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
SRPVSDTMAALMAKGKTAFIPYITAGDPDLATTAEALRLLDGCGADVIELGVPCSDPYIDGPIIQASVARALASGTTMDAVLEMLREVTPELSCPVVLLSYYKPIMFRSLAKMKEAGVHGLIVPDLPYVAAHSLWSEAKNNNLELVLLTTPAIPEDRMKEITKASEGFVYLVSVNGVTGPRANVNPRVESLIQEVKKVTNKPVAVGFGISKPEHVKQIAQWGADGVIIGSAMVRQLGEAASPKQGLRRLEEYARGMKNALG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the structural basis of the catalytic mechanism and the regulation of the alpha subunit of tryptophan synthase from Salmonella typhimurium and BX1 from maize, two evolutionarily related enzymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain, chloroplast
molecule tags Lyase
source organism Zea mays
total genus 94
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.8: Indole-3-glycerol-phosphate lyase.
pdb deposition date 2003-11-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1rd5A00
3A24A 1KM5A 1YTDA 1A53A 1DV7A 2Y7FA 2VELA 4MZ1A 3L65A 3SZ8A 5MHBA 2GQ8A 1T8XA 3DAQA 2Q8ZA 3NAVA 4LS1A 3C4UA 3LBCA 1EWDA 2ZTJA 4BR1A 4CCDA 2CWNA 4E0CA 1JCJA 1F05A 1VS1A 1SO3A 1LCOA 4JEQA 2XN2A 4MY1A 1H7NA 4PFMA 2GUUA 3C2FA 3UQNA 5H91A 2HS8A 5IM51 2QJHA 1UCWA 5U7SA 5SWUA 3N73A 1SQ7A 2E6AA 3MBDA 5HULA 2AGKA 5D2YA 2DJXA 4JYFA 5BMWA 1GWJA 4ADSA 2F7FA 5D2XA 3NQAA 1DJQA 2FPYA 2QCDB 5AHLA 1H50A 1VYRA 4NJIA 1GVSA 2QJGA 3GKAA 2V81A 1SPQA 4UFMA 4JTGA 3BVJA 2A21A 1PVNA 4UNLA 1TPDA 2H6RA 2P10A 5F4SA 3OVQA 4X9SA 4ZQMA 3ELFA 2ZRVA 4QISA 4C1LA 3BGJA 5CZTA 1SZEA 3HPSA 3FYPA 1HL2A 4TX9A 3S1WA 5KSWA 4WD0A 1P1XA 1T96A 2GVJA 4X2RA 2WV8A 3AO0A 2QCFA 1QNVA 3TXVA 3NQGA 1X1ZA 2ATMA 1OG0A 4A2RA 1KW1A 3G1HA 4RXFA 3BV4A 1GEQA 1T99A 5F4XA 3INPA 1KM1A 3C2RA 2V2DA 3WFAA 3DFSA 4GXMA 3PVFA 2ZQ0A 2X1RA 1A50A 4Z1DA 3BARA 2UV8G 2OX1A 4AF0B 1TTIA 1QPQA 3UWWA 5KITA 3P62A 4K36A 3EWUA 3DFTA 3OVPA 4BI5A 4CLMA 2EAWA 4BI6A 3ABQA 2OT1A 1RQBA 2FPTA 2VEIA 2WKJA 4AXKA 3IIOA 1OFAA 2VKZG 3T40A 1V7YA 2C1HA 4IJBA 1E51A 4KWWA 3I7RA 1TV7A 1JUKA 3NR0A 3TC7A 4KFOA 4JIQA 3U8GA 1RR2A 2JK2A 3PBYA 1QWGA 2Y88A 2X2GA 1YXYA 1B9BA 3MI3A 5G4EA 5LKYA 4TMCA 2J27A 4FX6M 4TO8A 2ZA3A 2H8XA 1DJNA 5E0KA 3DXIA 3UYCA 1FCUA 3QSRA 3NG3A 1RVGA 4JXCA 1TB3A 2E09A 4IUOA 2OJPA 4FEZA 4K7YA 3NL3A 3F4NA 3EWBX 4FO4A 3NQCA 3GKFA 4E2BA 3W1TA 5BRBA 2YGYA 3C0JA 1XUZA 1VH7A 3N9RA 3BLIA 2FIQA 3EKZA 2J9ZA 3W73A 2NX1A 2BLEA 3ZFHA 4I9AA 3W1MA 4GJ1A 1F73A 1XDMA 5AYYA 1R47A 3GNNA 4YL2A 2C19A 4MOZA 1Z41A 3KAOA 2DJLA 1TPEA 3IVSA 2YYTA 2WNQA 3PF3A 3QPZA 2WQPA 1EUNA 3GR8A 4O8RA 3ZWTA 3DGRA 3OVRA 1HO1A 3H53A 3HG2A 3B0UX 3WJSA 4A2SA 3O16A 5C55A 4LOCA 2Y85A 4AH7A 2VFDA 3GDKA 3A5VA 4MZYA 5EA9A 4FNRA 4XTIA 1KBJA 1I2QA 3E12A 3TDFA 3VI2A 1Y0EA 3GAYA 2ZRXA 3DHFA 4NT0A 3LHTA 4N02A 2Q8LA 1G67A 5K3VA 5D37A 3BK0A 3W7JA 1GG1A 5KMYA 3W7DA 3P60A 3OIXA 3W1XA 1GYLA 1UB3A 3SFKA 2PE4A 3TK7A 2A4AA 4UIOA 1VGAA 3R8RA 1XUUA 3LCLA 2JGQA 3EKLA 1OYBA 4TU1A 1AL7A 3W75A 3W7RA 1B57A 1W54A 3LCHA 1OFQA 3DZ1A 1KM6A 3W23A 1VQTA 4RKAA 2KZHA 1OFDA 2WNNA 3EX2A 1F2JA 3IVUA 3TFXA 1EPXA 3W7PA 2BSLA 2VEPA 3W84A 3QQ0A 4N4QA 4B5NA 3BLEA 4IX0A 5CGQA 4KFPA 2NWSA 1LDCA 3OHIA 3M5YA 1EWEA 1R30A 4HNUA 2VXNA 1C8VA 3EXRA 4FX7A 1T0OA 3WK0A 2AAMA 4MJMA 5HNRA 1TPC1 2I1OA 3PY2A 1TPB1 2QCNA 5K9DA 4TMBA 1AG1O 3GDLA 4LUIA 4ALDA 3W2MA 4WQ6A 3Q2DA 3ZR4A 4NNAA 1K7XA 3T4CA 1W31A 4NJJA 5AHIA 3L66A 1LYXA 3KFTA 1MEIA 4O18A 3MHUA 2WSQA 5D32A 2A85A 2LLEA 1XBYA 1R46A 2BTMA 4NX0A 5D38A 3W70A 1Z48A 5E1QA 1OFOA 3CWOX 5LNWA 2QKFA 2TRSA 3G3MA 1GT8A 4JTIA 1ZNNA 1QDSA 4OV4A 4UTWC 4GUHA 4CNOA 2PURA 1LOLA 1RQEA 2FLIA 2J24A 3P5ZA 3TAKA 3PM6A 5DCBA 4E2DA 4JYDA 1TQJA 4R34A 5CPMA 4UXDA 3S1XA 2QCCA 3HGRA 4DEFA 1QMLA 1FUYA 4POCA 3QEZA 4XKYB 4LS0A 2VFFA 2Y7EA 2CLKA 4HSOA 5FESA 3L67A 2ABAA 1G7VA 4PODA 1W5OA 4O1BA 4MY9A 1TSIA 2ZRZA 3FJLA 3CEPA 3IEBA 3W3OA 3NEVA 2ZZ3A 3NQFA 4Z0JA 4UMCA 2I9EA 2X30A 4UTTA 3C2EA 4QIUA 3RNDA 4NVTA 2ZFAA 1DHPA 4LC8A 3VKJA 3DU0A 4YCPA 3LTPA 2RDWA 3TW6A 2NLIA 3JRKA 3F03K 3HOJA 3EX1A 3S5OA 3LHYA 3EEGA 2Y61A 2I14A 3UPBA 3UPWA 4GUJA 2QCGA 4Y96A 4TR9A 3O15A 2TPSA 3EXTA 3PG9A 1G69A 4X3ZA 4EOUA 1VCFA 1TPUA 2A1YA 1YLVA 2Y62A 5AB3A 3NZ1A 3CEUA 4M6PA 4RLIA 3NQ6A 4FNPA 5DY3A 1YADA 2ISVA 4LTSA 2V9DA 4NZJA 3PS7A 1QPRA 3PAJA 4JTHA 5DY2A 4M7SA 4AB4A 5I3GA 1K8XA 4JS3A 4ZVJA 2A0NA 4AHOA 4DBEA 1X1OA 2XFWA 3TSMA 4IMEA 4FNUA 3EX3A 4O10A 4IMCA 5HMSA 3EX6A 2QCDA 4UFJA 3E02A 5TQLA 4UTUA 3NVTA 2QCHA 2R91A 3LLFA 1OFBA 4ZQPA 2NV1A 3GDTA 2ATSA 3D0CA 4U28A 3Q58A 1FBAA 3BW2A 1F76A 3LERA 5FI8A 1DVJA 3W76A 4O16A 1L6SA 3TSDA 3C2VA 2Z6IA 5AHMA 3LOTA 1NEYA 3G8EA 1LP6A 3CHVA 1XM3A 4UTKA 1ME9A 3DH7A 3KHJA 3RK8A 4R33A 3LBMA 3HGSA 3QYQA 4A21A 3TE9A 3MI2A 4JR5A 1QOQA 1SR9A 1IF2A 3QMTA 3GZ3A 1VCGA 5G2IA 1EX5A 1H63A 2FQIA 3LHVA 3UWUA 2YFNA 1OX4B 1OX5A 4JTEA 3O8AA 1GJPA 1SO6A 4HN4A 2B7PA 1YPIA 3G18A 1W1ZA 1SO5A 3RU6A 5T26A 3CIWA 1TRDA 1PS9A 3IGXA 1JRCA 1FCVA 5FF3A 1OHLA 5KZMA 3A22A 2HSAA 4O54A 4XBSA 2NXGA 3P81A 1J5TA 4N9BA 1W5NA 3S1VA 4GFSA 3PB2A 4JX6A 4FXRA 1L6WA 1EP3A 4N9DA 4ICNA 3C2OA 1VLWA 2PRMA 1GPWA 3PBUA 4S1FA 3M1ZA 4PH6A 3M6YA 3NNTA 3DFOA 2B4GA 4A3UA 4JTKA 3C61A 1M7PA 2J9XA 4PC8A 1WXJA 4Y9AA 1SW0A 3NM3A 3FKKA 1DL3A 1WA3A 4BFAA 3W2LA 1KLZA 2JKPA 1TQXA 3B0PA 3L5MA 4BK9A 2ABBA 2EF9A 2V5LA 2RH9A 4L4LA 4UUIA 5AC6A 3S0CA 5EPDA 4FIQA 1OFPA 4RXGA 4CQ8A 1SZNA 1PV8A 2BZNA 2OT0A 1K3UA 4PL1A 2OMAA 1DQXA 1WOBA 1K03A 2WPBA 3M5XA 2VFGA 1TCDA 2D73A 4HHPA 3T44A 1VR6A 3T7VA 2Y63A 3W71A 2DZVA 2ZTKA 4HPJA 3K30A 3QPYA 2G95A 3V1PA 2E5CA 1CI1A 5IBXA 1WX0A 1O5XA 3LCIA 3W1LA 3PBWA 2EPHA 3THQA 3TROA 3NZRA 2QR6A 3TJLA 1I2OA 4AVFA 1XDLA 1W8SA 3SW6A 4CCCA 3UXAA 3HG3A 3N19B 1HTIA 4UTTC 5EY5A 4JX4A 3G1DA 2Y70A 5KZDA 3QJAA 3G0SA 3GXNA 5G2WA 2ZRUA 2ISWA 3WK2A 3B0VC 4JYEA 4GUGA 3W7LA 4O28A 3QQ1A 2C3ZA 1KV8A 3LHWA 3E96A 3F4WA 1TTPA 4IMFA 4OBTA 3W72A 2VOMA 2X1SA 1JQXA 5L6UA 4MKNA 1NF0A 1YDNA 1ZJIA 3GDMA 4JTTA 3RF9A 4IMGA 2ZBTA 1H7OA 3TIMA 5F2LA 1JRBA 1H7XA 1ML1A 1N8FA 2BX7A 4LY8A 1I2NA 4JTSA 4UMAA 4QAIA 5G1YA 3S1UA 3W1AA 2ZDRA 1MEWA 2DZPA 1JQVA 1W0MA 2CLOA 2Z1BA 4UTJA 5K7JA 5KINA 4FIRA 3MP3A 1P0KA 1JULA 2VENA 1W37A 3TUUA 4RJEA 3W1PA 4HPXA 4MVAA 1YXDA 3S6DA 3QMRA 4RR4A 1XBZA 3KXQA 1SW3A 3LLDA 4Q33A 3TAOA 1G7UA 3NL2A 5G5IA 2C16A 4ZQRA 4PA8A 3LM7A 2YFOA 4LT9A 1RZMA 3TH6A 2WJZA 5J5RA 1W5MA 1G4SA 2ZYFA 4FXSA 3M44A 1VJIA 4OT7A 5CSRA 4LVDA 1JJKA 2V2HA 1TPH1 3RMJA 5FF0A 1ZAJA 1OK4A 4O1AA 2FB3A 3ATZA 1OYCA 4JTFA 3ATYA 1XL9A 3OBKA 1XC4A 2PC4A 3DFNA 4RV8A 3B03A 5AOUA 3M16A 4YMZA 5I3IA 3KVKA 2ZZ4A 4S2CA 4K8EA 5F4WA 5EKYA 1KFEA 3ABSA 5E93A 2QEZA 3CIXA 3EX4A 3WJXA 2CLFA 2YYUA 2E6DA 4XKYA 3DKLA 4GRSA 3CU2A 2P1FA 4QNEA 1HG3A 4G1KA 3NQEA 2CLEA 1XI3A 4DO5A 2HS6A 3JS3A 4RCXA 1BWLA 3EWXA 1TV5A 1BEUA 1KV5A 4IMDA 2R8WA 3BG9A 4IOTA 3W88A 3GYEA 4GWEA 4BI7A 4IXXA 2E5BA 2PRHA 4P2VA 3R89A 3NDOA 1GQNA 3TQ0A 4Z1BA 5CPLA 1RQHA 3T78A 4K39A 1VLIA 1O60A 2PCQA 1DKWA 4UFIA 2NX9A 3O6YX 2DZTA 2ZCGA 1FXQA 5HWJA 1SZFA 1IGSA 3TXZA 1ALDA 1F5ZA 1RPXA 3P5YA 3PUDA 4LV4A 3P61A 5HQEA 2YPIA 3TX9A 4UNKA 1WAUA 5C2XA 4HNTA 1LLZA 5DCEA 5DXXA 2RFGA 2CZFA 4LRTA 4IX2A 5I3FA 1AMKA 4XBKA 2DORA 3EWWA 1UJPA 3NL5A 1L9WA 2R94A 3CPRA 5CPNA 5LNUA 1TRIA 3HG4A 1VPXA 4AMAA 2G96A 1H51A 2VEKA 5LNRA 3WJZA 4FB7A 2NXHA 5G1TA 2Z2UA 4DPQA 1KM3A 1FX6A 5K9XA 1SZGA 2A2IA 1GVFA 2CW6A 5G4WA 3TQVA 3FJ6A 4D2JA 1FWTA 1LZOA 3B06A 4JY9A 3OG3A 1KBIA 1TPWA 1VCVA 4N6FA 1H61A 1N7KA 1PL9A 3LTSA 4N9CA 4AHPA 1AW5A 1KM2A 3S42A 4EVZA 3QM3A 3TQKA 3G1SA 1CX9A 4NX5A 1I8JA 3PB0A 2DZUA 3CLMA 1OYAA 1WDWA 1LOQA 4GBUA 3MJYA 2YZRA 4FNSA 2J6XA 3W2KA 3PC0A 3QH2A 4LNYA 4Y90A 3HBLA 1FWSA 1ONRA 1OX4A 2QUVA 2WSYA 3I7QA 4WZHA 3UY8A 2CLIA 2XN0A 4PTNA 3IVTA 3LV6A 1EP1A 1A5SA 3Q94A 4UR8A 4ZQOA 4NJKA 5AHEA 2W6RA 4NUWA 1XXXA 5LNSA 4DF0A 2TMDA 1L6YA 2W0UA 1ZCOA 3S5ZA 3M5ZA 3C6CA 3L9CA 4ZQCA 3O06A 1G6CA 2V0TA 1W3IA 1NSJA 1M7OA 2V8ZA 4IPJA 2A6NA 3W87A 3HPXA 2FTPA 1U5JA 5DLCA 2NUYA 1YXCA 1BKSA 5D09A 4Y6GA 4O12A 2GJNA 3HB9A 4WX2A 2QDHA 1PCWA 1YTEA 2BXVA 5FEPA 3GAKA 1LBMA 3IGUA 1XFBA 1R2SA 1RD5A 2H90A 4MLJA 1H7PA 3M47A 3QMSA 3VE7A 5ABTA 2FDSA 3NQVA 5C5YA 1TTJA 2EHHA 3MHFA 3A9IA 2FPVA 2QAPA 2Q3OA 4MZ8A 2V2CA 3S9YA 4WJEA 1VYPX 1M5WA 4WOQA 4Y8FA 4Z1CA 4HNVA 3CB8A 4PEKA 4LU0A 1XBVA 3P8IA 3HGOA 3GVGA 3NQ8A 5LZLA 3BG5A 4MIMA 3LXAA 1G4TA 5HR7A 1ZHAA 3W7IA 2GJLA 3W1RA 2WSRA 4JX5A 1UUMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2G3F A;  4DBS A;  4UCF A;  3BAJ A;  4J5N A;  4BF7 A;  2PUZ A;  5MHB A;  1WO2 A;  1EA9 C;  4QLJ A;  1Q5M A;  4R7O A;  1PWL A;  2JAL A;  3KBJ A;  3OBA A;  1IE7 C;  1VS1 A;  3E5P A;  4JEQ A;  1H7N A;  2GUU A;  2ADA A;  1V77 A;  3TN3 A;  1I0D A;  1A5O C;  3IV8 A;  1TJ0 A;  4W7U A;  1R87 A;  3LNP A;  2E6A A;  3MBD A;  4ACZ A;  2ZX8 A;  4JYF A;  5BMW A;  1Q7Q A;  3T42 A;  2F7F A;  5D2X A;  4WLC A;  3NQA A;  4D6D A;  1XD1 A;  3PJX A;  5AHL A;  4FOK A;  1B0I A;  2WZM A;  2PDW A;  3DYM A;  3T0B A;  1BLI A;  2P8C A;  1DWF M;  3TOP A;  1SPQ A;  3NXL A;  3SSZ A;  5HMD A;  3I10 A;  4MKS A;  4FXF A;  1PVN A;  2ZVR A;  2YA1 A;  3G1R A;  3K8M A;  3GNP A;  1F07 A;  1Q85 A;  1E4M M;  3SCU A;  4C1L A;  4ZEP A;  3WUB A;  3FYP A;  5I78 A;  4TX9 A;  5KSW A;  5ENL A;  1NWT A;  3A64 A;  3V3W A;  2GVJ A;  4Q4S A;  3AO0 A;  4QS6 A;  4PMD A;  1J6P A;  3TXV A;  3NQG A;  1X1Z A;  1XWY A;  3QYS A;  4A2R A;  2P53 A;  4RXF A;  1ZBK A;  3BV4 A;  5DMY A;  1T99 A;  5F4X A;  1DID A;  4EXA A;  2PDG A;  1AZ1 A;  4GXM A;  2CXG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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