1S5TA

Crystal structure analysis of a mutant of dihydrodipicolinate synthase--residue thr44 to val44
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGVTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIKEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of Three Site-directed Mutants of Escherichia coli Dihydrodipicolinate Synthase: Further Evidence for a Catalytic Triad
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 105
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2004-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1s5tA00
1M5WA 2Q3RA 3LM7A 5F2LA 3QZEA 2GQ8A 5A8GA 1VCFA 3QFEA 4BI5A 3PY2A 1GJPA 1EWEA 2ZA3A 4JIQA 3HG2A 3G1DA 2A6LA 3BARA 5A5WA 4O16A 1G4EA 4N9EA 3LXBA 1FDZA 1IF2A 3NL6A 1JJKA 1IIGA 3WK2A 4K8EA 3NYZA 1UCWA 4UFIA 3G1SA 2VFGA 3D0CA 1VLWA 1KBIA 1F76A 4FX8A 4N6FA 3STGA 1IGSA 4UR8A 1KM3A 4TMCA 2E5BA 1OX4B 4QQ3A 3DFPA 1JUBA 3LCIA 3LI1A 4XKYA 1VH7A 3FLUA 3W2MA 3WFAA 1OFRA 3KRSA 4OQVA 4UTWA 3NZ1A 1RZMA 3R89A 4HKPA 4J9JA 1OFOA 5CG7A 4CNPA 3HOJA 4IX0A 3PF3A 5HR6A 2H90A 2NUXA 3A24A 2DZPA 2VEKA 4UFLA 4LV9A 2J88A 4UTLA 4MJMA 4ZQMA 3EX3A 4N2YA 1ONRA 4ALDA 2QJHA 5L9FA 1B4EA 3TIMA 4N9DA 3C2EA 4HIBA 1TV5A 3PSWA 5CPLA 4CCCA 2A6NA 1TPH1 2EGZA 3P5YA 4X2RA 3MO7A 2NZLA 3P67A 1XXXA 2QCDB 4AH7A 1FCVA 4O4VA 5K9XA 3LGEA 1G7UA 3N2XA 5AC8A 3A22A 3FYPA 1PCWA 3L67A 1VCVA 3OVPA 3QC3A 1XL9A 2VKZG 3CEUA 3M41A 3W7DA 3FFSA 1ZALA 3L5LA 3DKJA 1W5PA 2ALDA 3H55A 2AGKA 4K7VA 5G2WA 1MEWA 1JCYA 3NPUA 1W3NA 3S9YA 2A4AA 2Z0IA 5AHMA 3W6YA 3O16A 3P74A 5EY5A 3W84A 4KFPA 5BMWA 5D2TA 1VS1A 2NXIA 5HMSA 4IMGA 4R53A 3QQ1A 2OJPA 4EF9A 1KW1A 1ZNNA 2QUUA 4FXSA 3MHGA 5J5RA 1LOQA 5U7SA 1BKSA 1XCFA 3A5VA 2D73A 4O50A 5TBOA 1KM4A 5F2GA 1H7RA 2CLFA 4NJJA 1NEYA 1VYSX 1Z48A 1T0OA 3HG5A 4ICNA 4IMEA 2J27A 3T4CA 4NJKA 5LGXA 2C19A 3E96A 5D2WA 4XUGA 3KRZA 3MBFA 4BI6A 4GJ1A 4BWLA 3N2MA 3KVLA 3STFA 4O10A 1XDLA 5CZ0A 4QJ1A 1VYPX 5FF7A 3TXVA 3G0UA 3W88A 1YTEA 4M6QA 3C56A 3MYOA 3U2OA 2YR1A 2Q8LA 1RPXA 4RXGA 4EWND 3JR2A 4LRSA 1NAL1 2H3BA 3C2VA 2WNQA 1N55A 2DZVA 3RLVA 2J9XA 2C18A 3GB6A 5F4WA 3AJXA 1P0NA 2VFFA 3NQ7A 5HUOA 1W0MA 5D09A 4MLJA 4RLIA 2QUVA 4Z0SA 2LLEA 1YPFA 4O4WA 3TKFA 3KXQA 4MUZA 1CW2A 5D2VA 4PA8A 2RKXA 2I14A 5AYZA 5CSSA 3TFCA 4OT7A 1ME8A 1KLZA 1R47A 1A5BA 2CW6A 3ZFHA 3EKLA 3YPIA 1T99A 3F1QA 4H3DA 5F2IA 4I7UA 5FF4A 4ZQOA 1PL9A 2NLIA 4NJIA 1C9DA 1XC4A 5BW6A 3WJWA 1TSIA 1ZY9A 4DO6A 1HL2A 4N9CA 3AO0A 4A22A 4AHPA 2GVJA 3A21A 2VFDA 3BW2A 1LOLA 2ZZ6A 3R2GA 1EB3A 1P0KA 3NQFA 1KTNA 1K8YA 1A5AA 2RDTA 3TC6A 1OK4A 4BF9A 3N3MA 2QEZA 1JUKA 3N34A 1G69A 4XTIA 3W2KA 3NOEA 3LRLA 1TPC1 1WX0A 1X6UA 1WBJA 2NXHA 5C54A 1A53A 2YW4A 4P61A 3BLEA 3H54A 4LNYA 1WXJA 1I2RA 2Y61A 3SFKA 2ZZ1A 3E9AA 1TB3A 3NR0A 2Y63A 1YDNA 5AC6A 4FNTA 1K03A 2NX1A 4EF8A 3LB0A 4LS2A 4AAJA 1LRQA 3TSBA 5CKSA 3NA8A 4IGHA 5LNUA 4FNUA 4UFMA 3W1NA 4WZHA 1PS9A 1QWGA 2C16A 5F1UA 5F1VA 3W7LA 1L9WA 3O6DA 4GUHA 4OBTA 4S2BA 1FY6A 1JRCA 4H4IA 1EWDA 4XWUA 4Y96A 2ZZ3A 5IBXC 4MJZA 5KZDA 1X1OA 2FB3A 1P4CA 1OX6A 3PS7A 2B0MA 4LC6A 4JXCA 4LY8A 5D37A 3LERA 2X1SA 3LCWA 1B9BA 3W7PA 4AVFA 3ATYA 4DF2A 4CCEA 3GIYA 4JYFA 4XBSA 4K7YA 2ZQ0A 3GVGA 4MLRA 2J9ZA 4OV9A 2Q3OA 4MIMA 4DELA 4RR4A 1GTHA 3NG3A 2CWNA 3QQ0A 3DHDA 5D38A 4U4MA 1Z44A 2Y6ZA 4HNVA 4WY0A 2DU2A 3USBA 2WSYA 3NM1A 5AC7A 1TPEA 4WX2A 1YXYA 1LDCA 3VE7A 2WOQA 4IXXA 1NVMA 4OV4A 5BMXA 1DL3A 2RDWA 2P10A 3HB9A 2PURA 1F2JA 1MO0A 1VGAA 1UB3A 4JTKA 4M19A 2EKCA 3NZRA 3GR8A 3OHIA 4AF0A 1GG1A 4Z1DA 5L6UA 3DFTA 4UMAA 3RLUA 2JKPA 1W8SA 3W1AA 1DQWA 4FX6M 3MW7A 1FWSA 5LHEA 3PAJA 1GVOA 1AG1O 3BVJA 3CIXA 5FF3A 3W1MA 2CLOA 4WUIA 5FESA 4DO5A 2DZUA 2Q8ZA 3L0KA 1RR2A 4L4MA 3TE9A 5I3IA 3EWWA 2V2CA 1QAPA 3MP3A 1H51A 1ME7A 1NF0A 1K02A 3H53A 3L65A 4H6KA 4S1FA 3W07A 4ADTA 1XUUA 4UIOA 3HMJG 1OG0A 3FJ6A 1BEUA 1SO5A 4GFSA 2WSRA 3G1FA 4IQLA 3WJSA 4XZ9A 5FEZA 2G95A 3WJXA 4HNTA 5LSMA 4MVAA 3V75A 3IV3A 3F4NA 4LVFA 3CQ0A 4FNQA 3EWBX 1IXQA 4DF0A 4I9AA 2QCEA 2V2DA 2E5CA 2AAMA 4NXKA 3HGSA 1GEQA 3HGRA 3UWUA 3JRKA 4O17A 3P61A 4HPXA 2Y7EA 1MEHA 3DHFA 4YWIA 4RZ6A 1GQNA 3TUUA 3G8RA 3R8RA 2Y62A 3MMTA 3NQCA 3CU2A 3P8IA 3W7RA 1H7PA 4JX4A 3QMTA 1SU5A 5D05A 1DV7A 1G67A 2VXNA 5KZMA 3GKFA 3LHUA 2RDUA 3INPA 3QH2A 5LGZA 4NZJA 2GPTA 1PCKA 1X7FA 2QCHA 3E49A 5F4SA 3S0CA 5D02A 4PEKA 1KLYA 4MKNA 5IM51 5G2HA 2ZYFA 4O53A 3CPRA 2ZBTA 4N6EA 4X9SA 2DZWA 4I7WA 4TU1A 1B57A 1ZCOA 4ORIA 3OG3A 1B4KA 4IMCA 3W86A 3G8EA 1DORA 1W5QA 1X1ZA 5FEXA 5HUPA 5C55A 1FCQA 1OFDA 3SR7A 2GUUA 4UTKA 4NJGA 4MZYA 4UFHA 4FIRA 5DCEA 4UMCA 3S1XA 4OGZA 3FKKA 2XFWA 1O4UA 3QEZA 3TQVA 2X2GA 3S1WA 1NSJA 4UUIA 2WNZA 4Z1BA 2HS6A 1VHNA 3OIXA 3G18A 1Q6QA 1DOSA 3QSTA 4DF1A 2PRMA 1GYNA 1QDSA 2HMCA 1UASA 2V0TA 4DBDA 2QJIA 4AB4A 4JDBA 2NX9A 3G1XA 3W7GA 4UTHA 3GK0A 4Z0JA 4DPPA 3GZ3A 5EL1A 1D3HA 2P1FA 3VE9A 1SSDA 3TMLA 1P1XA 2PC4A 3EX2A 3K30A 5DXXA 4WOZA 3SGZA 1KTCA 4GUJA 3W7QA 4ML9A 4IPJA 3DFSA 1SFLA 3RF9A 3FKRA 4QSHA 5DBTA 2EAWA 4LC8A 1YXCA 4UTTC 4IXHA 5CPMA 5HWMA 4FHAA 3EX1A 3PUOA 3IVUA 3SSJA 4HNUA 3TFXA 4BK9A 2W6RA 5G1TA 1M6JA 3TC7A 3DGRA 3C8FA 1GT8A 1OF8A 3CHVA 3HF3A 5EBUA 2ZRWA 1V7YA 1OX5A 5K9CA 2C14A 5K2ZA 3S6DA 1SO4A 1H62A 4K6AA 2JBMA 1QOPA 3Q37A 1T8XA 2ZRUA 4NVTA 3VFLA 4O54A 4TMBA 1YYAA 1L2UA 4LU0A 2V5BA 1OK6A 3IEBA 1SQ7A 2EHHA 3PC0A 3ZWSA 4AXKA 4O11A 4UFJA 2FPTA 1YTDA 1FCBA 2IQTA 1YADA 4FIQA 5K7JA 2G96A 1TPWA 3G24A 1SSGA 3WK0A 4GC4A 3CT7A 3ATZA 3C2OA 4M5PA 3CWNA 3QPYA 2V5LA 3T78A 3GDMA 3I65A 3N9RA 3JS3A 3M0ZA 3KX6A 1A5CA 3W71A 4XKYB 3NEVA 4O18A 3U6WA 3LRKA 5CZJA 5E1QA 4LVDA 3WJYA 3PUDA 2ZZ7A 3S1VA 4X3ZA 3HPZA 2X1UA 1K7EA 1S3HA 3MYPA 1R30A 2FPVA 5HNRA 3P60A 5DELA 5DY3A 4L4LA 1L6YA 3EXRA 1F6KA 1DVJA 1IXNA 3PB2A 4JD4A 4KKXA 5AHEA 1OF6A 1EA0A 3W1TA 3BG9A 1JVNA 5D2XA 2YFNA 1ICPA 2OT0A 1S5TA 3W2UA 1W3TA 3GLCA 4JTUA 1GVRA 2B7QA 3UXAA 3BO9A 3DAQA 4DPQA 5CPNA 4QIUA 1SZFA 3W87A 5IBXA 4QNWA 4JICA 2DZSA 2CLMA 3PWAA 4O15A 2JK2A 5AYXA 3LBCA 4ADSA 3IIOA 1H63A 1EP3A 4CQ9A 1FDJA 2PE4A 1KTBA 3O6YX 3PBVA 4ORMA 1TPFA 2WKJA 1G4TA 4Q4KA 4WXYA 1P5BA 4OE7A 5AHIA 1TV7A 1H5YA 3BW3A 5AHFA 2CLIA 5H2ZA 1H7WA 2B4GA 5I3JA 5BRBA 2VFEA 4GBUA 3HIJA 4JN6A 2H8XA 2Z1BA 2FDSA 5KSWA 2TMDA 1FWRA 5FI8A 3GKAA 4ZL1A 4JTEA 4UCGA 3W1LA 3I68A 1ZAHA 1JCJA 1JCMP 5H91A 3TSMA 4CQ8A 3PUEA 4ZZ9A 3G1HA 4RZ5A 2XN1A 1O94A 1JCXA 3N14A 4GUGA 1HTIA 1WBHA 3UPBA 4Q32A 2FLIA 3ABSA 2ZFAA 3LOTA 2QCCA 3T55A 1LRTA 4LW7A 5EKYA 3FEMA 3NQMA 1DBTA 1NF7A 4A29A 3B8DA 1RVGA 3IGXA 2YFOA 1B3OA 3S5NA 3KRUA 1H1YA 4GWEA 4NX5A 4QISA 5K9DA 3SECA 2TRSA 4UC5A 4YCPA 1UUOA 4Z1AA 4GUFA 2ZZ2A 4FO4A 4HSOA 3NDOA 1F6PA 1F74A 2I1OA 3KVKA 4GE8A 3W2LA 3LRMA 3IGSA 1FCUA 2E6AA 4HN4A 1GVFA 3TK7A 1G7VA 3TW6A 1W56A 3W2JA 2QKFA 2EPHA 1H1ZA 1THFD 3W2NA 5HULA 3KOFA 2ISVA 3W1PA 4GNJA 4O12A 1L6SA 4AWSA 3W1UA 1K3UA 2DJXA 3FJLA 3DXIA 3LHVA 5FF2A 3LTPA 1N7KA 3EWYA 3QJAA 4O13A 1TPB1 1PHQA 2E5DA 4DEFA 2Z6JA 3BGGA 3S42A 4FB7A 1Q45A 3C4UA 5HINA 3CC1A 5DLCA 3GAKA 3UZJA 4WD0A 5KINA 2ZA1A 1EUAA 1LROA 3W7JA 1HG3A 1XBXA 4E2BA 4EVZA 1I4NA 5CGQA 1ZFJA 3G0SA 3NVTA 3NQEA 3SJ3A 4IUOA 3SW6A 1LBLA 3LDVA 1IIHA 3LV6A 1G6CA 1ZENA 3I7SA 3GXTA 4UMBA 2FFCA 3TW7A 3GX9A 4JTIA 4OHQA 1JUEA 2DJLA 4DO4A 1SR9A 3TSDA 1HO1A 1OVDA 2V8ZA 2PRHA 1LCOA 2ZTJA 4O57A 5C5YA 1TMHA 3PB0A 4XTDA 3HGJA 4JIPA 3M7WA 3KVJA 3NM3A 1TTJA 5KZEA 5D33A 3CIWA 2CU0A 4HSNA 3M5XA 4RXFA 3LXAA 4FF7A 3NNTA 2NWRA 3M43A 2NUWA 4LVAA 4IMDA 2JGYA 2NV2A 1HO4A 4KFOA 4LRTA 4JY9A 2GQAA 5K4XA 5ABTA 5BNKA 1MSSA 1PIIA 1FDYA 3OEXA 1FUYA 2NUYA 2E09A 3PULA 3GNDA 4RKAA 3CLMA 3B06A 2G5WA 1WOAA 2QCMA 3EX4A 3TROA 4FNSA 3Q2DA 3TA6A 1SW3A 4G1KA 2CLKA 2X1TA 5AHNA 4WQ6A 3NQGA 2C13A 1H7NA 4FNRA 3TMQA 1RQEA 1OYCA 1XKYA 4E0CA 3TQ0A 2A2IA 4OWGA 3W76A 3W7IA 4JS3A 4YMZA 3QW4B 2OX1A 4MYAA 2A7NA 3MP4A 1TTQA 3LHTA 2FPYA 1OYBA 3SGUA 1KM1A 1RQHA 2X30A 3CB8A 1WQ5A 2O7SA 1SPQA 1S5VA 4AEOA 4ZMGA 1GZGA 5I3KA 5TIMA 4ZQNA 2BTMA 4YL2A 2CZFA 1FBAA 3UWWA 4TIMA 1HUVA 1GTEA 2C15A 4I7VA 2EF9A 5G4EA 4WY0F 4UTTA 5AFDA 3P5ZA 1BWLA 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 1Z41 A;  4POD A;  6ALD A;  3NQV A;  4QAI A;  4O0K A;  1AW1 A;  5HJL A;  3E12 A;  2OT1 A;  4TR9 A;  1ZAJ A;  1FXQ A;  2WNN A;  3FIG A;  3N19 B;  3P8J A;  3I6R A;  1KFL A;  4PL2 A;  3MHF A;  4LVG A;  2F84 A;  1KV5 A;  4O1B A;  3IGU A;  5FEW A;  3W70 A;  2YX0 A;  3P81 A;  3B0U X;  1RQB A;  3ELF A;  3B05 A;  2JKA A;  1F73 A;  2C6Q A;  3C61 A;  3LCL A;  2R94 A;  2X16 A;  3EB2 A;  3T7V A;  3P80 A;  3RU6 A;  4IOT A;  2HS8 A;  2OCZ A;  4Y8F A;  2QAP A;  4B5N A;  4JYD A;  3EKZ A;  1SZN A;  1D9E A;  4QIT A;  3HQ1 A;  1JQX A;  3TCE A;  3M16 A;  2NXG A;  1LYX A;  4MOZ A;  2YYT A;  3BG5 A;  3G1Y A;  1W3I A;  3NPW A;  4NXS A;  1LM1 A;  3A23 A;  2F7F A;  2YXG A;  3C2F A;  1TCD A;  2XN0 A;  1IXP A;  2A0N A;  3NQ2 A;  1WOB A;  4NQ1 A;  3MWA A;  2ISW A;  3P84 A;  4XBK A;  2KZH A;  2JKE A;  3W1R A;  1TPV A;  1KV8 A;  2DZT A;  1JCL A;  3KHJ A;  1H7X A;  2FIQ A;  4O0Z A;  2GVL A;  4QNE A;  2V2H A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1M5W A;  4LYQ A;  3JUG A;  5A8G A;  3AAL A;  5CPS A;  2PD5 A;  3KEH A;  3QFE A;  5FJU A;  2PSN A;  2CHR A;  3RU8 X;  4BA0 A;  1M01 A;  4LNC A;  5DO8 A;  5JBF A;  3VOJ A;  2FMO A;  4Y9N A;  3CQI A;  1KGW A;  4O16 A;  3K1G A;  3LXB A;  5CC5 A;  3NL6 A;  3BUR A;  4K8E A;  4XIM A;  3GZA A;  3G1S A;  1EKO A;  1ELS A;  4CD4 A;  1KBI A;  2W91 A;  1V79 A;  1F76 A;  4FX8 A;  1IEI A;  1OX4 B;  3B8U A;  1JUB A;  3KZP A;  4V2X A;  4PUU A;  4ECL A;  4LBR A;  3KRS A;  1JAK A;  4DBW A;  3GVV A;  2FGL A;  3B3D A;  1VRX A;  1SJA A;  1XYZ A;  1E3X A;  1SMA A;  5HR6 A;  3LPG A;  3A24 A;  4F0K A;  2VEK A;  4TVC A;  2FTW A;  4UTL A;  2PWG A;  2QJH A;  1Q7M A;  1B4E A;  1KCL A;  4HIB A;  4YTU A;  5EFF A;  5CPL A;  4BCE A;  1TPH 1;  5I77 A;  3U3H A;  4ZEN A;  3V4B A;  1BGG A;  1MDL A;  4LGX A;  2Z7G A;  1FCV A;  4AH7 A;  4UQE A;  2BOD X;  2CBJ A;  3H70 A;  2HK1 A;  4WEV X;  4YTS A;  5AC8 A;  4OEC A;  3MUA A;  1P6C A;  3OVP A;  5ABG A;  2OU4 A;  5KET A;  3Q65 A;  1SFS A;  2ADA A;  3M41 A;  3W7D A;  3GTH A;  3H7U A; 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 1RVK A;  1DJZ A;  1KLZ A;  2D23 A;  4LF1 A;  3ZFH A;  1E70 M;  1T99 A;  3BJF A;  1XIB A;  1R3W A;  3OTR A;  2WCA A;  3SY1 A;  1B3Z A;  3ID7 A;  1V6V A;  2NQ9 A;  3RX2 A;  1PL9 A;  2NVA A;  2PLC A;  1GHS A;  4J4K A;  5I07 A;  3WJW A;  1C7T A;  3GM8 A;  4DO6 A;  1HL2 A;  3SCR A;  1SJB A;  2OOD A;  2XVN A;  2QPU A;  6REQ A;  3NCO A;  1KTN A;  1K8Y A;  1R3T A;  3GFY A;  1OK4 A;  3N3M A;  4WJX A;  4L65 A;  1JUK A;  1JF5 A;  1OGG A;  3LRL A;  4MB1 A;  2O9T A;  1WBJ A;  3WH6 A;  1E6X M;  7A3H A;  1QI5 A;  3VD5 A;  2WXD M;  2HJP A;  2Y61 A;  2DZB A;  3AWO A;  3ARU A;  1UPM B;  1KCZ A;  4WK9 A;  4ZOC A;  1YDN A;  5A2A A;  3URN A;  5XIN A;  5AC6 A;  1K03 A;  4EF8 A;  3B9O A;  4LS2 A;  4F8X A;  1R3Q A;  1LWI A;  5AYB A;  3L4Z A;  3AIR A;  1NDV A;  3MMW A;  4QLJ A;  1XW8 A;  1PS9 A;  2C16 A;  5F1U A;  5F1V A;  1PJ9 A;  4X2P A;  4OBT A;  1JRC A;  4PFH A;  4US5 D;  1XGE A;  4XWU A;  2Z24 A;  4MJZ A;  1YBQ B;  3HPF A;  4U3C A;  2PI6 A;  1X1O A;  2FB3 A;  1OX6 A;  3C8N A;  3SUT A;  1B9B A;  4AVF A;  3GVQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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