1S5TA

Crystal structure analysis of a mutant of dihydrodipicolinate synthase--residue thr44 to val44
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGVTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIKEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of Three Site-directed Mutants of Escherichia coli Dihydrodipicolinate Synthase: Further Evidence for a Catalytic Triad
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 105
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2004-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1s5tA00
1TRDA 4Z1CA 1Q45A 1EWDA 1WXJA 2PURA 4RX0A 1O60A 3FEMA 3E49A 3ABOA 1TV5A 3W7KA 3P82A 3W1AA 4AXKA 2BSLA 3NL5A 1A5SA 2W79A 1KM2A 4IXXA 3W1QA 4LC8A 4L4LA 4N4QA 1A5AA 2DZSA 1UCWA 4NNCA 4UR7A 3W1XA 3NG3A 4MOZA 5LHEA 2EPHA 2YZRA 1AL7A 1K7FA 1SO4A 5J5RA 1GQNA 1ZNNA 5FEZA 4NQ1A 4BR1A 1YLVA 4O52A 3TJXA 3W1PA 1GYNA 3P8JA 4AH7A 3W72A 1VGAA 3W87A 3P7YA 2V2CA 3E0IA 3RMJA 3TU9A 4OT7A 2YGYA 3EXRA 2VXNA 3VI2A 3W2JA 3IIZA 1FUYA 4MLJA 2CZFA 1JCYA 5BMWA 2DZTA 3PG8A 3UQNA 4UC5A 5K9XA 2R8WA 2GQ9A 3EKLA 4A22A 3ABQA 3NL6A 1O95A 4O11A 5HR7A 4HT3A 2ABBA 1EA0A 1Z41A 2W6RA 3TXZA 4BI6A 1S5WA 2NX1A 4HNNA 1XCFA 1EWEA 1G4SA 3QQ1A 3QMSA 3MP5A 1RQEA 1IIHA 1R2RA 4N9BA 2J88A 1TYGA 4JS3A 1W1ZA 1SU5A 2R94A 3LGEA 3PF3A 2WNNA 4OE7A 3W7OA 1RV8A 2H90A 1SFLA 1A50A 3W7NA 5F1UA 1MEHA 3L0KA 3UPWA 5DCDA 3WK3A 5CG7A 1OJXA 4O1AA 3NAVA 4MY9A 4PCFA 3W2NA 3RK8A 3PR2A 3L5LA 5AC8A 1LTDA 1TPDA 5FI8A 3NA8A 3D0CA 3R5EA 4O16A 1YTDA 2CLLA 3P62A 3BO9A 2CZDA 3TFXA 4DF0A 4MYXA 2Z6IA 4EF8A 1ZFJA 3SZ8A 3PM6A 4O54A 3IVTA 5BRBA 4AHQA 3GK0A 5FESA 1KM6A 3GIYA 1QOPA 2QDHA 4AWTA 2QDGA 4RV8A 1P0NA 3NPUA 1JQXA 3W1NA 4RZ6A 2VKZG 2E68A 4LVBA 1Q6LA 4XBKA 4BFAA 2GQ8A 3QPZA 3HPSA 3W7EA 1X8FA 2J24A 3KVKA 4PH6A 2HS8A 3M47A 3NQ8A 2A85A 4LNYA 4CNPA 4YCOA 3C4UA 5HR6A 4FXRA 2C15A 5LHFA 4NJKA 3LTPA 3C2FA 5K2ZA 1DHPA 3OBKA 1K02A 3NL3A 4HHPA 4TU1A 3GDLA 1LOQA 2J9XA 3O07A 2QKFA 4O13A 1N7KA 4MJMA 4N02A 1XUZA 2H6RA 3SFKA 3SJ3A 3LXBA 3L21A 2EHHA 5K9DA 5I3FA 4ZVJA 3NPXA 3L5AA 4UXDA 4UTLA 3LERA 1DJNA 3B06A 1ICSA 1NFBA 1KM0A 1F6PA 2EKCA 4ICNA 4LW7A 2ZTKA 1IGSA 2WPBA 1ADOA 5FF3A 5HJLA 3M5YA 5DXYA 3T55A 4WXZA 4O0KA 5D02A 1OFDA 4LS1A 4NJGA 5LSMA 3EX1A 1OYCA 5K3VA 1OFAA 1ZCOA 3S6DA 3GKFA 4GBUA 2GJNA 3NZRA 4CNNA 1SZFA 1JRBA 1PS9A 1KLYA 3B8DA 2Z0IA 1K8XA 2J9ZA 2V9DA 5G4WA 3G0SA 3LBCA 1W3TA 3C3NA 1TJPA 1AMKA 5D2TA 4FIQA 2R91A 4FNTA 1BWKA 4AEOA 1B57A 2JGYA 3NXFA 1PHQA 1TTPA 2GJLA 4MZ8A 1TQJA 1FWRA 1H1ZA 3S42A 4O0ZA 4QJ1A 3GDKA 3TAKA 4RKAA 1DQXA 4Z08A 1W8SA 5AHFA 3PSWA 3W7IA 2QCDA 2BWGA 1I2OA 1JQVA 3TROA 2QJHA 3T4CA 4JYFA 4GRSA 2TSYA 1V7YA 3LV6A 3FYOA 3TW7A 1TV8A 1H7XA 1RZMA 3DU0A 1Y0EA 1TPVA 4IQLA 3MHUA 5KSWA 2YW3A 1OX4A 2YCEA 4A3UA 5U4NA 1EX5A 4JTFA 3LHUA 4Q32A 4NX0A 3G3DA 3KOFA 2DORA 3SSJA 4WY0A 4E2DA 1QR7A 1KA9F 1KFBA 1AW1A 3GXTA 4O28A 3G1VA 4X3ZA 5HWNA 3V75A 3F1QA 3K30A 3BK0A 3LI1A 4YMZA 2V8ZA 4OQVA 3RU6A 1D3HA 3WJWA 3NZ1A 4RXGA 3TX9A 1XDLA 4O8RA 2JKPA 2Z2UA 4IX2A 2YR1A 3C61A 1NF7A 1VJIA 4WOQA 4FO4A 2QCNA 1NAL1 4NJHA 5H2ZA 2NXGA 4H4IA 2C3ZA 3L65A 1KM4A 3WK1A 3TNOA 4UUIA 5F1VA 3PBYA 1E51A 1FCQA 3ATZA 4E2BA 4LVGA 2G97A 2E6AA 3QRHA 4A2SA 3MW7A 5AHIA 2J27A 4Y8FA 4LUJA 1BWLA 2Z1BA 5HNRA 4PEKA 3GXNA 3QFEA 2ZZ2A 3SGZA 3FYPA 5DCBA 3RLVA 1R47A 4LY8A 4X9SA 1TPWA 3W7CA 1TPB1 1SZEA 3N9RA 2EAWA 2D73A 4UTWC 1T8XA 4O17A 1X6UA 3EWYA 3LOTA 3RLUA 1QOQA 1TB3A 2XN2A 3DHFA 2ZRWA 3NPWA 2PC4A 4LU0A 5D33A 3HG3A 3W1LA 1IIGA 2JGQA 1I2NA 4JX4A 2YDAA 2FPTA 4UTUA 5IBXA 4PL2A 3LTYA 4LS2A 3UWQA 3VE7A 4G1KA 2V82A 5CPMA 1SSDA 1B4EA 4O53A 2YYTA 4FX6M 1FXQA 2Q3OA 3T78A 4JTGA 1K8ZA 1X1OA 5AYXA 3PB0A 3LHTA 3LRMA 1VZWA 1K7XA 3OVQA 5EY5A 2E6DA 3TA6A 1W5QA 5AC6A 3LX9A 3PY2A 2F7FA 5KITA 1PV8A 1G4TA 2BXVA 1GJPA 1RQBA 5HULA 2V5BA 1I45A 3CHVA 1DV7A 3ANYA 2NWSA 1N8FA 3SIZA 2CLMA 2CLHA 4S2BA 2C14A 2Y6ZA 2ZBTA 2NV1A 1TJRA 1U5JA 1OFOA 1LCOA 3MMTA 1W37A 3GB6A 3MHGA 3G1HA 2NZLA 3B03A 1F5ZA 2DU2A 4MZ1A 3C2OA 4TO8A 5TIMA 1KLZA 3LCLA 1UJPA 4KWWA 2X1UA 3EEGA 3GDTA 4GUHA 4I9AA 2YYUA 4FHAA 3IIVA 3ZR4A 1OK6A 1JCJA 3FIGA 4FNQA 4K8EA 4ZZ9A 4CQAA 3MHFA 3N34A 3UD6A 5AFDA 4K38A 2DJXA 5AHLA 4QAIA 3W2KA 3T40A 3S1XA 2A6LA 3B0VC 2B7NA 3LCFA 5L6UA 1F6KA 2QCMA 5BOOA 1QPOA 3O16A 2R14A 1H50A 2CLEA 1QFEA 4ZQNA 4HSOA 5TBOA 3NDOA 3THQA 4PC8A 1KFLA 3F4WA 5A8GA 3N3MA 1PE1A 4DPPA 2VFGA 4FIRA 1XFBA 3TQKA 3WJZA 2Y88A 1P1XA 1JCMP 1WV2A 2O7SA 1FCUA 4DXVA 1JRCA 3QW3A 4YWIA 3BVJA 3I68A 4KFOA 3FJLA 5KMYA 3WFAA 1M5WA 4DBEA 5C54A 3LB0A 3CT7A 3HGJA 4CCDA 4ZQPA 1KM1A 3I7QA 1T96A 1LBMA 1H7NA 1XUUA 4TMBA 1QAPA 3HG2A 1WAUA 3DFTA 2OT1A 4QNWA 4TX9A 4UFMA 3V1PA 2DZUA 4JICA 5G1TA 2E6FA 1XKYA 5HWMA 3W2LA 1JCNA 2YXGA 1FDZA 4RR4A 3SW6A 1PCWA 2FTPA 1GWJA 4IMFA 1VH7A 5D32A 3UY8A 1TTQA 5HUPA 3EX6A 3NGJA 4MFDA 2ZYFA 3U8GA 2J9YA 2E5CA 1ZAIA 4UFIA 3C2EA 1P4CA 1T0OA 3PBWA 1UASA 4FNUA 1LBFA 1YADA 3HB9A 5G2HA 1KV5A 2EF9A 1Z42A 4C1KA 5AHNA 5LNSA 3WJYA 4MIMA 1HTIA 1GEQA 3TSBA 3EWWA 1PL9A 2IQTA 3CU2A 3E12A 3W1UA 1YYAA 1FWTA 4DQWA 2YSWA 1R2TA 2NX3A 4N4PA 1W54A 3NO5A 1VHNA 1UUMA 4HIBA 4OBTA 5LNRA 4JTKA 5ABTA 4UMBA 3R8RA 3S9YA 3L0NA 3PVFA 5E93A 5D03A 1T99A 2I14A 1H5YA 2HMCA 4GE8A 2ZZ7A 5BW6A 1VYSX 3GAKA 5KZMA 3S5YA 5EPDA 1W31A 1K8YA 3BLIA 3O6YX 1LORA 2G5WA 2EGZA 3VKJA 1YDNA 3DFSA 1TMHA 1EB3A 1TQXA 3G24A 5LGXA 3AJXA 3UYCA 2X1TA 3MBFA 1VQTA 5F4XA 1XC4A 3I6RA 4QQ3A 2YFNA 3ATYA 2VFIA 4TIMA 4NT0A 1F74A 4JTUA 4N9CA 4O4VA 3M5VA 5AB3A 1XL9A 3STCA 1Q3NA 3H54A 1DORA 1KFEA 3MP3A 1SW0A 2YX0A 3NVTA 4OHQA 5G4EA 1W5PA 1O5KA 3TSMA 1QPQA 4UFJA 3ZS4A 2OZ0A 2V0TA 1FCBA 3W71A 2FPYA 4POCA 1TTIA 3W7JA 3GR7A 1TPFA 3TV8A 3BGGA 4LRTA 1H63A 5D2WA 2Q3RA 2PE4A 1UBSA 2A7NA 3E96A 2OMAA 1YDOA 1G4EA 2CW6A 5LZLA 1H7RA 4BWLA 2X30A 4ML9A 1H7OA 4GUGA 3HMJG 1SO3A 3PUEA 7TIMA 1JCLA 4HNTA 2ZRYA 3HPZA 2CFFA 1LP6A 2QAFA 3MI2A 1XI3A 4FB7A 4AVFA 2A0NA 5E1QA 1PHWA 2W0UA 3FKKA 4FXSA 2BZNA 4NZFA 3O8AA 3HO8A 4AF0A 4NZJA 1QNVA 4YXGA 1UUOA 1N55A 3L9CA 3DZ1A 1H7PA 3FOKA 4RCXA 1IF2A 1YPIA 5DN1A 5F4WA 4FX7A 3EWZA 5C6MA 3B04A 1LRNA 2UV8G 1GVQA 2Y85A 4WOZA 3S8HA 4DO6A 1BKSA 4JGDA 4TR9A 3MBDA 1ZALA 2JKEA 2DZWA 1VHCA 5MHBA 4DO5A 1Z44A 4XKYB 1GTEA 1TV7A 5CPNA 3BARA 3NQAA 4UTMA 2LLEA 1LBLA 1F76A 2DJLA 3EWBX 4OV4A 3G8EA 4JTEA 1H1YA 3W7DA 1L6WA 5AHEA 1MZHA 4JY8A 4JX5A 4NJJA 1O4UA 3DENA 4UNKA 4K39A 3G1XA 1S5VA 5G5IA 4JD4A 3C56A 5F2GA 4NXSA 4XWUA 2V2HA 1FY6A 3GYEA 1OFBA 1TO3A 3BW2A 3KVJA 5AN7A 4DEFA 4MKNA 1XM3A 3O15A 4EOUA 3R89A 2Y7FA 2B4GA 3DHDA 3PWAA 1C8VA 1O94A 3NQCA 4JXCA 4M6PA 4WUIA 3SI9A 3VCRA 1BEUA 3PBVA 2E5BA 2B7QA 4MY1A 1VLWA 4AWUA 2FIQA 3NQ2A 5I3JA 5K7JA 4O18A 4ZQCA 3TCEA 3LLFA 4IX0A 5TQLA 1RQHA 1J5TA 4GWEA 1FQ0A 1JR1A 3ELFA 1U83A 2Y7EA 1KFKA 4JTLA 4U4MA 5LNWA 2I9EA 5EKYA 1H61A 5KTLA 3LCHA 4Z0SA 1SR9A 2BX7A 3PBUA 4M7TA 3A23A 1VYRA 2VENA 3EWUA 1C29A 2A7RA 3O6CA 4AWSA 2QAPA 3B0PA 3O1NA 2C6QA 3PS7A 3S5OA 3WJSA 5G2IA 3QH2A 4QITA 2TYSA 2QF7A 2CZEA 4UTJA 3EX2A 1SZGA 4LVFA 4Y90A 4DBDA 3QPYA 4RXFA 1DOSA 1L6YA 2WNZA 3GXPA 4X2RA 1A53A 4Z1BA 2ZA1A 4JEQA 4UTHA 3LHWA 2VEIA 3W1RA 2A6NA 4XTIA 4GC4A 4QNEA 1G7VA 5LNUA 1YPFA 4CQ9A 3LCGA 4NX5A 3DH7A 1HFBA 2VFFA 1OX6A 1SW7A 5D2YA 3P84A 3TSDA 4EWND 3TJLA 1QWGA 4PFMA 3W9ZA 3I7SA 3QZEA 3ZWTA 1G7UA 4AAJA 1K7EA 5C5YA 4JYEA 1HUVA 2V81A 3GNNA 2ZZ1A 3TK7A 1CI1A 3CIWA 2OJPA 4UTWA 1NVMA 3AO0A 4RLIA 4Q4KA 2OX1A 5KZDA 3DFQA 3L68A 4LV4A 4K7YA 1FWNA 1K3UA 3W86A 2QCHA 1H62A 4UIOA 2AAMA 3P61A 3W85A 1SO6A 1M7OA 4JDYA 4ADTA 5K4ZA 4WY0F 1XBZA 2E1DA 4R7JA 3E02A 4WQ6A 3TMQA 4O1BA 4D2JA 4UFKA 4EIVA 4X22A 1FDYA 1ALDA 1GVOA 1C9DA 1EP3A 3TKFA 1X1ZA 2ZZ5A 1KBIA 4CNOA 3M9YA 3LLDA 1VRDA 3BW3A 3IVSA 1O5XA 4JN6A 3IGUA 3R12A 1ME7A 3S5NA 3HGRA 3H53A 2QUUA 1B3OA 1F2JA 5CPLA 5AC7A 2TRSA 2B7OA 3C8FA 2A21A 1I8JA 3ZFHA 2NX9A 2E5DA 5LGZA 2QJIA 4UMAA 1M6JA 3QMRA 1NF0A 1EUAA 2H8XA 3L5MA 3RFAA 3W6YA 1WQ5A 3A24A 4FF7A 2QCEA 4J9JA 1TPH1 3CIXA 3LDVA 4JIQA 1QPRA 4FX8A 1MEWA 2FPVA 1J2WA 2YPIA 3TDFA 5KZEA 1FCVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1X6N A;  2PDQ A;  2CKR A;  4Z2I A;  2PUR A;  1O60 A;  3KBJ A;  1TV5 A;  1NAR A;  4AXK A;  1TIW A;  1FOB A;  3W1Q A;  1EHA A;  4LC8 A;  5H8P A;  2DZS A;  5JQ9 A;  3EA1 A;  3VKK A;  1FP9 A;  3A9B A;  5J5R A;  1ZNN A;  2YZ5 A;  3EB3 A;  5FEZ A;  3SCS A;  4NQ1 A;  4LB3 A;  4O52 A;  1L6G A;  5JIP A;  1GYN A;  2E40 A;  4AH7 A;  3BDK A;  2V2C A;  1EDG A;  3MPG A;  2TOD A;  4IJR A;  3W2J A;  3IIZ A;  1FUY A;  4GZI A;  2CZF A;  3ISI X;  4YHG A;  2WKG A;  1W1Y A;  5BMW A;  3UQN A;  1C8Y A;  3ITC A;  5K9X A;  2GQ9 A;  5HQM A;  2Z26 A;  2G4J A;  2PF8 A;  4XIA A;  5HR7 A;  4Y9O A;  4AZ6 A;  2XM2 A;  3W4R A;  2YIH A;  2ABB A;  3EPM A;  4QHR A;  4C6I A;  2Q71 A;  4AEE A;  4HNN A;  2BOF X;  3DER A;  4NHV A;  1S46 A;  2J88 A;  4JS3 A;  2R94 A;  4G56 A;  3VA8 A;  2H90 A;  4HZ8 A;  5F1U A;  3L0K A;  2OPJ A;  3P0W A;  3BAX A;  3JUG A;  3W2N A;  4C6C A;  3RK8 A;  4JQ1 A;  4B5U A;  3S2C A;  4TV6 A;  4HTB A;  1NDY A;  2ZXQ A;  2OQH A;  2NW0 A;  5AVN A;  3AXM A;  4JQ3 A;  2PDK A;  4JNZ A;  1J0H A;  1E56 A;  2CLL A; 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