1S5VA

Crystal structure analysis of a mutant of dihydrodipicolinate synthase--residue tyr107 to phe107
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYFNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIKEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of Three Site-directed Mutants of Escherichia coli Dihydrodipicolinate Synthase: Further Evidence for a Catalytic Triad
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 107
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2004-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1s5vA00
1JQXA 2ZYFA 3UQNA 1O5KA 5DELA 1AG1O 2ZRUA 3TE9A 1OX4B 2ZA3A 3G0UA 5MHBA 2GVGA 3ZS4A 4RCXA 3W2NA 2Z6IA 1K7EA 1GQNA 4ZQNA 3CTLA 5E1QA 4JX5A 3GXTA 4DF2A 3RFAA 2Q3OA 2BXVA 4AHPA 3W7MA 2ZTKA 1SO5A 3LGEA 3NG3A 3VI2A 3NL3A 3IRDA 3ABSA 1KBJA 1UUMA 4LUIA 3QW3A 4M5PA 3LCLA 3GXPA 3HBLA 3WK2A 2WV8A 1GVOA 1IF2A 1W56A 3W7KA 1G4SA 4UFMA 4WXZA 1W54A 3F1QA 1L9WA 1OX4A 2V82A 1BTMA 3VE9A 1ME9A 1GJPA 1GT8A 2CLEA 3DFTA 3JR2A 1H1ZA 3KX6A 3VKJA 4LVBA 1SPQA 1OFQA 2QJGA 3P8IA 1YPIA 1EWDA 2A85A 3R89A 2JGYA 3A22A 1OHLA 4PFMA 4FNRA 3UYCA 1W5NA 3PB0A 5D2WA 2FFCA 2YGYA 1TTIA 4TMCA 4NX0A 1XXXA 1YDNA 3PSWA 1PVNA 5TQLA 1VHNA 4PL2A 4FXSA 2Z6JA 2G96A 3E49A 4J9JA 3C2RA 4AHQA 1TPH1 4TMBA 5HR7A 2UV8G 5BRBA 1EB3A 3BW2A 2ZDRA 4O1CA 3C61A 1VPXA 1W5OA 3W1TA 1VYPX 4RKAA 5D09A 1CI1A 4JTUA 2J6XA 5L9FA 4NU7A 3GK0A 3T44A 1R47A 2QAPA 3BG3A 4AF0B 2ISVA 2RFGA 2VEPA 4GRSA 1WDWA 3WK0A 1TO3A 4BFAA 1LRQA 3CB8A 4BI6A 3C3NA 4Y8FA 3GKAA 2OJPA 3TROA 1R30A 4AVFA 3A9IA 4TU1A 1MEHA 3KXQA 2Q8ZA 3FOKA 4LVFA 1RQBA 4OHQA 2AGKA 3S5YA 2VEMA 3O06A 3NQCA 4ADUA 3MBFA 4I7UA 2TYSA 4QQ3A 1FXPA 1TMHA 2ZA1A 3DH7A 3BARA 1K3UA 4JNMA 5IM51 2DZTA 3NQ2A 1O5XA 3GR8A 4JY8A 1DHPA 3GX9A 4JTKA 5C6MA 4N02A 1OABA 5CZ0A 3W07A 4JY9A 1XBYA 2NXGA 2VENA 1FCUA 3CPRA 3GIYA 4O13A 3W7IA 3VFLA 3IIPA 3E12A 3PY2A 2VELA 1LBFA 2TRSA 3B0VC 4QISA 2ZFAA 2BLEA 5F2IA 1IXOA 2JKEA 4BI5A 5G2HA 3TFXA 4JTTA 2NUXA 2CLFA 4LY8A 4HNVA 1YTDA 4D2JA 1H62A 4H4IA 1KA9F 4IX2A 3ZR4A 1F5ZA 4K6AA 1WXJA 3N73A 5BMXA 4O16A 4MKNA 2WNZA 3W75A 5F2LA 2ZTJA 4HKPA 3W1NA 3KVJA 5LNRA 2I1OA 1S5WA 1DOSA 3ZFHA 3W22A 3NZ1A 3PSVA 4ZQOA 1T96A 1V5XA 3LCIA 3P67A 3MJYA 3N3MA 1QAPA 3CWNA 1TPB1 3IVSA 3CU2A 5CZTA 2ABBA 4FXRA 2RHGA 4BR1A 2RH9A 3NQ6A 2Y63A 4WX2A 4PCFA 1X7FA 4MYAA 1VJIA 3PULA 3NNTA 3TC7A 1OFDA 3A5FA 3QEZA 4A2SA 5L6UA 4PL1A 4JN6A 1H63A 3W73A 3MW7A 2FDSA 3TW6A 1SZNA 1EUAA 4MY1A 3TMQA 3LXBA 3FYOA 3AO0A 3KVKA 3HIJA 3V1PA 2Y6ZA 4O19A 3TQVA 2QCEA 3IIZA 4YWIA 3W2MA 4CNPA 4AMAA 1M6JA 4QAIA 1IXPA 3I7QA 1EPXA 4NNCA 3B8DA 4WXYA 1XM3A 3TQKA 4XWUA 4MFEA 1OF6A 3HB9A 1CX9A 4WZHA 1T8XA 3NZRA 2F84A 4NJJA 1QPOA 2QAFA 5K7JA 3TJXA 3M41A 1KM0A 2FPTA 1VC4A 3LV6A 1JCJA 3W7JA 4LS2A 5D2VA 1UJPA 4N4PA 2IQTA 4FF7A 3UZ5A 1TV7A 5GVJA 3IV3A 3N2XA 3QW4B 1AMKA 4ZQPA 1BKSA 3SIZA 1HTIA 3S42A 4ZQMA 2QCGA 4X9SA 4X22A 4LC8A 3OA3A 1PIIA 4IPIA 1FBAA 2CZDA 3D0CA 1MSSA 4MYXA 4O54A 4UMAA 4AB4A 3CIXA 3O63A 2DJXA 3MO7A 4IMEA 3QPZA 4POCA 1T99A 4BF9A 1AL8A 3PAJA 5D2TA 2WNNA 2A7NA 1ZAJA 4IPJA 4W9TA 3G3DA 4C1LA 1W3TA 2DZWA 2NUWA 4RLIA 4PC8A 4MFDA 4O50A 4KWWA 4MVAA 4UTWC 1OFBA 3H53A 2H8ZA 2ATSA 1DV7A 3W7OA 5CZSA 1LORA 4M7SA 5K9XA 4AWUA 1A5SA 5AYXA 1WAUA 1UB3A 1UCWA 1KV5A 2GPTA 3BLIA 1OFPA 3WJWA 2BSLA 1G67A 4OV9A 2ATMA 2YW4A 2V2CA 4FIRA 5CZJA 5LSMA 1I2RA 1VH7A 5BW6A 1UBSA 3P61A 3C0JA 1M7PA 4MLRA 4XUGA 1KM1A 4WQ6A 3E02A 3G1VA 3T7VA 4N9CA 1IGSA 1BWLA 1H61A 1F74A 4GUFA 1A5AA 8TIMA 1I2QA 1G69A 2CU0A 3QMSA 1PE1A 5CSSA 3KVMA 1W37A 4LT9A 3LTSA 5G4EA 1OFRA 2QCCA 3BLEA 1LRNA 4IX0A 4X2RA 4Y6GA 4P2VA 1TQXA 1WOAA 2VFEA 3G22A 1DQWA 2X1UA 4EWND 1OK4A 4R53A 1HUVA 1WOBA 2QDGA 4AWSA 4IWWA 4GJ1A 1R2SA 6ALDA 4ML9A 3W1MA 1ZHAA 3QMTA 1EX5A 3M1ZA 3S6DA 3EWZA 3T55A 4Q33A 3W7LA 3N14A 2QUTA 4AH7A 1X6UA 4O1DA 3MI2A 4MZYA 3ABQA 3N9RA 3EWXA 2QCLA 2YYUA 4FEZA 5D33A 2V30A 4UUIA 2A7PA 3L21A 1XI3A 3STFA 3EWWA 2XFWA 3M9YA 1H7RA 5EYWA 1XKYA 3E0IA 4LOCA 3NQEA 1RQHA 2NX3A 3B06A 4CLMA 3S1UA 1N55A 5K4XA 3W84A 1KLYA 1LLWA 2P0OA 2Y7DA 5AHMA 5CPOA 3HG4A 4Z1DA 4EOUA 1VCFA 4DBEA 3TH6A 5F4WA 2FQIA 3GAYA 3GDLA 3FLUA 5FF2A 5HINA 1NEYA 1FUYA 3W2UA 3BO9A 3G1HA 4CQAA 4XKYB 3TCEA 2Y85A 5D02A 2B7QA 4OBTA 2C18A 3MWAA 2PURA 4WD0A 1SU5A 5CPMA 3L9CA 5I3KA 2CLKA 1EP3A 4GE8A 2G97A 1MXSA 1KTCA 2V81A 1H1YA 3PG9A 4JDBA 4NXKA 3N34A 3BVJA 3NQFA 2C14A 1QCWA 2KZHA 1V7YA 3O1NA 4BWLC 3GDTA 2FIQA 3EXSA 3FIGA 3GNNA 1I2OA 3W7DA 4AXKA 4UCGA 1VCVA 4HN4A 3IIVA 5C55A 4KWVA 3P81A 2ZZ2A 5ABTA 2B7OA 4JEQA 2HMCA 3QPYA 1FWRA 3C2VA 1EA0A 3STCA 3N2MA 3PUEA 3NQVA 1LOSA 1XCFA 2P1FA 1JJKA 1ICSA 2R8WA 4UIOA 3M5ZA 3LHVA 3GXNA 1W0MA 5K3VA 2B4GA 1TJPA 3HO8A 4M19A 4ICNA 4RZ6A 1VS1A 3QJAA 1O95A 1FQ0A 4UTTC 3DFNA 3CEPA 1YTKA 1H7WA 2E6FA 3NQAA 4GC4A 2P10A 1J5TA 4LV9A 4OU1A 5C54A 3MHFA 4JGDA 4N2YA 2H6RA 3B0UX 3I65A 4RK8A 4MPQA 1GG0A 4ORMA 3MHUA 1GG1A 3LHWA 4CCEA 1KFCA 4RXFA 5CG7A 5DN1A 1Z44A 1H50A 1K03A 1TTQA 2C19A 2YFOA 4UFJA 4DQWA 4JTFA 4NX5A 3GYEA 3PUOA 4RXGA 2A2IA 1L6YA 1QPRA 1K02A 3C4UA 1SZEA 5HWNA 4MLJA 3SY5A 3HPSA 1ICPA 1KM5A 4FNUA 4ZZ9A 1B4EA 2J9ZA 1ML1A 1EP1A 4QNWA 3L66A 5AYYA 4JR5A 1F6KA 1XBVA 4JICA 4RV8A 3O16A 5DCDA 4JTIA 1DL3A 3M7WA 3MMTA 4XTDA 4LWWA 2NZLA 3LBMA 1KFLA 3CT7A 1WX0A 1B9BA 3EX2A 2B7PA 1AK5A 2X2GA 3CWOX 3WK3A 3ZWTA 5CPLA 4E0CA 1MO0A 2VXNA 1N8FA 3CM4A 2Y62A 2CLMA 3TQ0A 1CW2A 1OYBA 3P82A 2QDHA 3PF3A 3TDFA 4CNNA 3TKFA 1W1ZA 1Z42A 2CW6A 2H90A 1WBHA 4DO5A 1PS9A 3STEA 3W6YA 3LBCA 3BLFA 1YPFA 5F2MA 5I3HA 3HGJA 4EIVA 1JUKA 3UXDA 1G4PA 1BEUA 1IXNA 3LCFA 3PBWA 3GDMA 1SO6A 1Q45A 3MI6A 1YADA 3BPWA 2V8ZA 3T4CA 1ZAHA 4UC5A 1XBXA 4LS0A 1KFBA 2WSYA 1TRIA 3W2LA 1Q6LA 3LRMA 3NYZA 1JVNA 5G4WA 4UFLA 1E51A 3TV8A 4Z1BA 2A6LA 5AHNA 3G0XA 4O8RA 4LS1A 2A0NA 3IIXA 3LCHA 4NT0A 4OT7A 3FFSA 1F2JA 3BG5A 3TNOA 1ZJIA 5D03A 3WJZA 4O57A 2B0MA 2GVLA 3A5VA 5H91A 4NNAA 2JGQA 2GQ8A 1K8YA 5HUOA 3OEXA 1TV8A 3DFQA 1M5WA 1VYRA 3VCRA 1F6PA 4N9EA 2A5HA 1FY6A 2A7RA 1XBZA 3LCXA 2X1TA 2JKAA 4JYFA 3NPUA 3G1FA 3L5MA 1Q3NA 2YX0A 4JIQA 4K7VA 1G7VA 3LB0A 4CCCA 4K36A 3GB6A 3QYQA 3BG9A 3MYPA 3M5VA 1IIGA 1KFJA 4GUJA 5K4ZA 1HFBA 2WPBA 4U28A 5BOOA 1DORA 2QUVA 3G3MA 4WY0F 4EF8A 2YZRA 3GZ3A 1TCDA 1IIHA 3W7QA 4HNTA 3TSDA 4MY8A 3W7RA 1HO1A 1OFAA 1O4UA 3OVQA 4XBKA 1NVMA 3NQDA 4RR4A 1YYAA 2GVJA 3F4NA 1Q6QA 1FDYA 1OYAA 3KHJA 2J27A 1VGAA 4HNNA 4JTSA 1I2PA 4AAJA 4CCDA 4O4WA 4O53A 3L0NA 3LTYA 2WQPA 3G1SA 2FB3A 3GDKA 5IBXC 3HG5A 1DJQA 3LHTA 2Q8LA 5G1YA 1ZCOA 2DZXA 4MZ1A 5FI8A 4KFOA 1O60A 4M7TA 3G1YA 1T0OA 1FWWA 2Y88A 5EY5A 1TJRA 4NZJA 3QQ0A 5FEZA 5DY2A 5HNRA 4WY0B 1GEQA 4FNSA 5G2IA 3HPZA 1VZWA 2H3DA 5E93A 1LRTA 3GKFA 2R94A 4NJGA 2ZZ7A 1KM4A 2H3BA 2VEKA 1YXDA 3EWBX 3R8RA 2ISSA 1LBLA 3NDOA 1OK6A 2ZRYA 3MYOA 1BWKA 1RPXA 4Z0SA 2CZEA 3M43A 4YCOA 4GFSA 3HGOA 3LX9A 5FF3A 4S1FA 2E5CA 3EWYA 2C13A 2WKJA 4DO6A 3W7EA 3LCWA 1RVGA 5K9DA 1DBTA 3HOJA 3LRLA 3HMJG 4MIMA 2ZRWA 4GUHA 1H7NA 3EX6A 4L4MA 4FO4A 1PL9A 1TQJA 1JCXA 4WY0A 5DXXA 4UMBA 2RDUA 3P62A 3F4WA 3HGSA 4O28A 3W7CA 4UNKA 3NQ7A 2FPVA 3W76A 4A3UA 2C3ZA 4QIUA 3PR2A 2BWGA 4HSNA 3DI1A 4A22A 1H7OA 4LVDA 1D3GA 1SW3A 3TFCA 1GYNA 4TO8A 2QCHA 3TSMA 1XFBA 3DZ1A 3S5NA 1LM1A 1QMLA 2NV1A 2I14A 2PRHA 4Y90A 1I45A 3FEMA 3MBDA 2BZNA 4O14A 3DFPA 3CEUA 1FDZA 4NJIA 2E6DA 3ATZA 3SW6A 1FCVA 4Y96A 5FF0A 1EP2A 3DENA 4TX9A 2XN0A 3NL5A 4K8EA 3R12A 5LGXA 1JUBA 1XUUA 3LOTA 4TR9A 1LZOA 4GBUA 1P0NA 4K37A 4JS3A 3RMJA 3NPVA 4NJKA 4U4MA 1RR2A 2VFIA 1J2WA 2VFFA 3IVTA 3USBA 5FEWA 1WYIA 1Q6OA 1L6WA 3H54A 3IVUA 3SGZA 5J5DA 1VYSX 4H3DA 1NFBA 2WJZA 3EEGA 3KOFA 1ONRA 3SECA 4ADTA 1LDCA 1ME7A 2ZZ5A 1FCBA 5DBUA 3O6YX 1O94A 2YDAA 3FYPA 4HSOA 3EKZA 4M6PA 1Q6RA 2W79A 4Q4KA 4Q32A 1DQXA 2J24A 1VHCA 1XC4A 2E77A 3KAOA 2A6NA 4KKXA 1D3HA 1UUOA 1ZALA 1JCLA 1SUXA 3NL2A 4QM1A 4R34A 4DO4A 4JDYA 5D04C 4IMCA 1KFEA 1KM3A 5LNVA 1M7OA 3EX4A 4JTEA 1P1XA 4PEKA 3IGXA 4NXSA 3O15A 3SJ3A 3L67A 1VQTA 3O6DA 3F03K 5HUPA 1FWTA 4K7YA 3DKLA 1EIXA 3GDRA 4TIMA 2VFHA 3W1QA 3C2FA 3R5EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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