1S5W | Genus

Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	292
structure length	292
Chain Sequence	MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILFNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIKEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__385205040017026__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__385205040017026__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1S5W/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__385205040017026__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"385205040017026","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1S5W/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__385205040017026__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbffb4c85a9a330f04df3a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbffb4c85a9a330f04df3a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbffb4c85a9a330f04df3a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbffb4c85a9a330f04df3a/pdb.gz): 610 ms

reading 292 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

292 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:291});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	The Crystal Structure of Three Site-directed Mutants of Escherichia coli Dihydrodipicolinate Synthase: Further Evidence for a Catalytic Triad pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	105
structure length	292
sequence length	292
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2004-01-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1s5wA00

3L66A 5KZMA 2WOQA 3LBMA 1F73A 3IGXA 4ZVJA 3G18A 2E1DA 1OYBA 3KVJA 1H1ZA 1H7NA 4RX0A 3TW7A 1SQ7A 5CPOA 3C56A 3IRDA 3LRKA 1GYNA 4HIBA 1BKSA 4R34A 4CNOA 5LNSA 3LCLA 4YCPA 3GAYA 4S2CA 1G7VA 1NAL1 3DKJA 3Q58A 1YXCA 3W70A 3UY7A 1QNVA 2BSLA 4O4WA 2VEPA 1WYIA 1P5BA 4WD0A 3CWOX 1H1YA 1GVOA 1MSSA 5KZDA 1W31A 1SW0A 2VC6A 3KVKA 2O7SA 4IXHA 2V81A 3G0UA 2VXNA 3HG2A 1H7PA 3U2OA 1TRIA 4AWSA 1A5CA 4TR9A 3E02A 3L5MA 3ELFA 3BGJA 4GUIA 3MHUA 1XBYA 3IV3A 3OEXA 1JCNA 5I3JA 3M5VA 3G8EA 2W0UA 1QMLA 3NDOA 3HPXA 2OJPA 2YXGA 3GDLA 4IJBA 4H4IA 4XTIA 3O07A 2NUYA 5D09A 4BI6A 3FJ6A 4Q32A 3NQAA 3PVFA 5LZLA 4X9SA 4LRSA 2DU2A 4O4VA 3B4UA 5FEPA 1ME9A 1K7XA 3ZFHA 4FNPA 1SZFA 5HR7A 4JTFA 2J9YA 5G1TA 1W5NA 4PA8A 1TO3A 1C9DA 2X2GA 2WNZA 3LM7A 1LTDA 1TPC1 4GE8A 2Y7GA 1PHQA 4FIRA 1G4TA 2CLOA 1JQVA 3SECA 2G97A 4YL2A 5LNVA 4PL1A 1WXJA 2A2IA 1W3IA 5D2WA 5D37A 3L9CA 3FA5A 4MVAA 4HNTA 1A53A 3OG3A 2V5LA 4IPIA 4MZ1A 4O10A 3UWQA 3KHJA 4MY9A 2EKCA 1I45A 3S1VA 5LNWA 2W6RA 5G2IA 3UWVA 3TR2A 3P74A 1QPOA 4LS2A 3TQKA 1LM1A 3G1XA 1SU5A 1PCWA 1UASA 2A5HA 1ME8A 3A5FA 3THAA 1IIGA 4UC5A 4LS0A 1GQNA 2RH9A 1VLWA 3W7RA 1UUMA 3KXQA 2P0OA 3ATYA 1WX0A 3BW4A 1G6CA 3IGUA 4AEOA 1CI1A 3O6YX 4O13A 5IBXA 4LU0A 3P67A 4Y9AA 4DO4A 1H51A 4BWLC 3W1UA 2A1YA 3TXZA 3QYQA 1DJQA 2QCNA 2QKFA 5DCDA 2Y7DA 2YFOA 2ZCGA 4UTWA 3B8DA 3LI1A 2KZHA 1B9BA 1JUBA 4Y90A 3HG4A 3UPBA 3TMLA 1XBXA 4G1KA 4R7JA 3P5YA 4WY0A 3RMJA 3W7NA 4JR5A 1HFBA 3F03K 3NA8A 4IOTA 3GXNA 4OE7A 2UV8G 4IMGA 4JS3A 3QW4B 1NF7A 5EY5A 3HIJA 4N6EA 3PUDA 2CFFA 1DVJA 4O52A 4Y8FA 5AHIA 2VFGA 2R14A 1IXOA 1K7FA 2BXVA 3D0CA 2CLHA 3KFTA 1H62A 1T99A 3F1QA 1OABA 3TK7A 3A5VA 2VELA 4O8RA 3S0CA 3HBLA 2QCMA 4IGHA 3SY5A 7TIMA 4LVFA 4O1CA 4CNPA 4UMCA 4P61A 2GUUA 4MYAA 2HS8A 3CIXA 3O06A 1AL8A 2ATMA 1XC4A 3DHDA 3GZ3A 4ZQPA 4HNUA 4RJEA 5CG7A 4Z1DA 3LV5A 4IWWA 4M5PA 5AYXA 1LRTA 4GUGA 3THQA 3DHFA 3WK1A 5AHNA 4E2BA 3TFXA 1VCFA 1ZJIA 4W9TA 3QW3A 2QDGA 4A2SA 4I7VA 4DBEA 4HSOA 4XKYB 5EKYA 4LT9A 1TIMA 1VH7A 1B57A 1OYAA 3MUXA 4JTSA 5DY3A 1J5TA 1SZEA 4LW7A 3TW6A 1AL7A 1ICQA 1M7OA 3QJAA 4RLIA 3TIMA 3TDFA 1VS1A 2QUUA 4QM1A 1L9WA 1TPUA 4AAJA 3MP4A 4UTLA 3UZJA 2ZTKA 1E51A 1JCJA 1OHLA 4JYFA 2ISWA 1LYXA 3TCEA 2V0TA 1LOSA 1KFBA 3TAKA 3MBDA 4O17A 4X22A 3W86A 1Z48A 1UUOA 1GPWA 1ZENA 1Z41A 4PEKA 5D30A 1Z42A 2FFCA 1R2TA 5C2XA 3L21A 1SZGA 5C54A 3W7LA 3HGOA 1LOLA 3MJYA 1F6KA 4RKAA 1I2NA 4OV9A 3G1SA 4MUZA 2A6LA 3TJLA 3LTPA 5AB3A 5FF7A 1JCXA 5E0KA 2GOUA 2GPTA 1Q3NA 3AJXA 4LY8A 2C1HA 4C1LA 4RZ5A 3NPUA 1OJXA 3EXRA 3STEA 2Q3OA 3BLIA 4JIPA 1K3UA 3A23A 1RR2A 3O6DA 3H55A 1WA3A 1MEWA 4RZ6A 5U7SA 4M7SA 3ZS4A 3I7SA 5C5YA 1RQHA 4EWND 4JYDA 2V82A 1GTHA 2JKAA 2EGZA 3TH6A 1R2RA 1VYSX 4OHQA 1XFBA 3HGSA 4MFEA 1I2OA 5LNUA 1LP6A 1W8SA 2YYUA 2A4AA 5CKSA 3NVTA 2WV8A 1OX5A 3HPZA 4ZL1A 4LTSA 1OFQA 3UWZA 1F6PA 2H3BA 1K03A 2NV1A 4ZQRA 4O1BA 2RFGA 4NXSA 4JDYA 3P81A 5HMSA 1T8XA 4XKYA 4FNQA 5FF0A 3NAVA 3QSRA 4AVFA 1VRDA 3LDVA 5H91A 2GVGA 4K7VA 1VCGA 2OMAA 3LHTA 3TA6A 4AXKA 1GG1A 1O94A 3BLEA 1ZCOA 4NX0A 3QRHA 3I6RA 5TQLA 3B06A 3W2LA 5BMWA 4I7UA 5KITA 1PS9A 1WOAA 2FPTA 2RHGA 2JBMA 4MZYA 4TX9A 3KRUA 2J27A 3CPRA 1YXDA 3SFKA 4JTEA 4MYXA 3KAOA 3LCXA 5AHFA 3W7DA 4OWGA 2XN1A 4DF0A 1X7FA 2CLEA 3RNDA 1H61A 1KTCA 3FLUA 3VI2A 2Y89A 3QC3A 6ALDA 3OVQA 3BGGA 4N9DA 4FB7A 1OFAA 2GJLA 2JGQA 2WNNA 4PC8A 2JKPA 3B05A 4GUHA 2DZWA 4WXZA 1K8YA 2V2DA 3NM1A 2P10A 3TUUA 3TE9A 2CZEA 3IGSA 3LXAA 3W1XA 4NJIA 4A21A 3W1TA 3LI0A 4RXGA 5BW6A 4UTIA 3SGUA 4ZQMA 2Z6JA 3NNTA 4K37A 3B0VC 2TSYA 5AYZA 4RXFA 1O4UA 4NJGA 4ML9A 3FKKA 2E6DA 1DKWA 1EP2A 1LLWA 1KM4A 5D05A 1ZAHA 1NVMA 3W1AA 4TO8A 5I3KA 3VCRA 3PBWA 2ZZ6A 4HN4A 3QM3A 1C29A 1J4EA 3VNDA 2CU0A 4XQ6A 4U28A 6TIMA 3HGJA 3VE9A 3NQVA 5LHFA 3UXAA 1TSIA 2VFHA 3CT7A 5D32A 4LRTA 4Z0JA 2J9XA 5FESA 3I65A 1X1OA 2ALDA 2YFNA 1TB3A 3NPWA 3Q94A 4PL2A 2Q3RA 1EUAA 1JR1A 2ZZ3A 3PSVA 1TV8A 1H7RA 4UTHA 1JCYA 5BOOA 1FBAA 4IPJA 3LGEA 4AF0B 3G1FA 3M1ZA 3NL3A 1OFPA 4P2VA 3VFLA 3W1QA 2OZ0A 5K4XA 4RCXA 3QMRA 1F7BA 3V75A 1T0OA 4RZ4A 5D04C 1TTQA 3P8IA 1W3NA 1XUZA 3KRZA 3BARA 5D2VA 3PWAA 3BPWA 2YW3A 4GJ1A 3LCWA 4JTGA 1X6UA 4H6KA 2ZRZA 1PHWA 2ZRVA 5IM51 1GTEA 2Q8LA 4S1FA 1L6YA 3O1NA 5I3HA 2V2CA 3BG5A 4TIMA 4N6FA 3NG3A 3W7IA 3W22A 2DJXA 4QISA 1JRBA 1LBMA 3KVMA 3PBUA 4ICNA 1F76A 2EF9A 2VFDA 4LUJA 3TMQA 2F7FA 1EUNA 2B7QA 3IVTA 1LRNA 1UCWA 3CB8A 1I2RA 3GLCA 3CHVA 2Y88A 1VGAA 2X1RA 4DF2A 5L6UA 5EA9A 4UTUA 1X1ZA 4LVDA 5F2MA 3DKLA 3IEBA 4UFLA 5LSMA 4RR4A 1W56A 1GG0A 3MI3A 4JICA 4NU7A 1W54A 2Y63A 3TROA 3NPVA 4UMAA 3IVUA 4M6PA 2YDAA 3M0ZA 4JTIA 4Z08A 5K9DA 5GVJA 3QFEA 3A22A 1D3HA 3EEGA 1KFKA 3W84A 3BG3A 1UBSA 4NX5A 1LBFA 3M9YA 4GFSA 2ZZ7A 3W75A 3W3OA 2GVJA 4QJ1A 4QIUA 3MP3A 2C14A 4PTNA 3RF9A 4J9JA 1GJPA 1QO5A 1ZAIA 3MHFA 3EKZA 3C61A 1KM6A 1JUKA 4WY0B 1M6JA 3Q37A 2A7NA 1BEUA 1HUVA 4IMCA 2IQTA 4MZ8A 1I2QA 2HSAA 3DBPA 4M19A 4X2RA 3O15A 2CW6A 2D73A 3FEMA 3N3MA 4AF0A 2W79A 4CQAA 5HNRA 1AG1O 1H60A 3KRSA 1R46A 5HUPA 4FX8A 3T4CA 2DZXA 2ZDRA 3NQ8A 3LB0A 1ZAJA 3M43A 3DFOA 5TBOA 3NM3A 1OF6A 2YR1A 3EX6A 4POCA 3FKRA 4DO5A 1KM0A 1Q6LA 3W7GA 1PL9A 4FEZA 1J2WA 2YSWA 3HPSA 1TREA 4JTJA 1PE1A 3CWNA 3W23A 5DY2A 2H6RA 3QPZA 3G8RA 4MLJA 1O5XA 1G4PA 4MPQA 1GVQA 2TRSA 5FF3A 4UCGA 2JGYA 4KKXA 1UJPA 1TV7A 4R33A 4O0ZA 2ZTJA 3CEPA 2YGYA 4L4LA 3SJ3A 1LDCA 3OHIA 1VR6A 5K3VA 2C13A 3LTSA 4N2YA 4K36A 3T44A 2Y61A 3L65A 5CSSA 3G1HA 3UYCA 4UMBA 2C6QA 2B7PA 3T55A 4K8HA 5EBUA 1N7KA 2VFFA 4K7YA 3WFAA 1WOBA 3CLMA 3EWYA 3MW7A 4UFIA 1FDJA 1P1XA 5CPMA 3RLVA 3LOTA 5TIMA 5IBXC 1KW1A 4UR7A 1JVNA 1RPXA 2PRMA 3GX9A 2NLIA 1ZHAA 4AWUA 2A6NA 1XUUA 2AQWA 2CWNA 3IIVA 1YTKA 4NJJA 3L67A 3W7EA 4UTWC 1AW1A 4O53A 2PCQA 2QCEA 2FTPA 2NWSA 3R2GA 1AW5A 3ZR4A 1U83A 3EKLA 4RK8A 1TPB1 2EHHA 1KLYA 2NUWA 8TIMA 1TJPA 2ZRWA 1TMHA 4HPXA 2H90A 3G22A 2WPBA 5HULA 2E68A 4EOUA 5DN1A 3NQDA 1CX9A 2ZYFA 3HGRA 3EWBX 5G2HA 3DENA 3W76A 5I3IA 3W9ZA 3W73A 1FDZA 1YTEA 3FFSA 1VJIA 2QDHA 2VKZG 2VENA 5DXYA 1LRQA 3V1PA 1HO1A 2ZA3A 3O8AA 4HT3A 4O1AA 3ABRA 3STGA 1V7YA 2I14A 5CGQA 2J88A 3GXTA 5AC8A 1OYCA 2YW4A 4NXKA 4JTHA 3W2UA 2Y6ZA 4BFAA 1QPNA 2B0MA 4ZQOA 1QO2A 3WJWA 1YYAA 1FWWA 1JQXA 1SO5A 2V8ZA 2DORA 5FEZA 3C52A 1YDOA 5HINA 4GXMA 4QSHA 4FXSA 5LNRA 2QCFA 3PM6A 3GB6A 3NQCA 3NQMA 2X1TA 3QSTA 3USBA 3C6CA 5D33A 2G95A 3C2OA 2Y7EA 5K9CA 3EWUA 3W71A 1W0MA 2RKXA 1L6WA 5F2LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GTI A;  2WNW A;  1JDF A;  4AB4 A;  1XRF A;  1AQH A;  4GNJ A;  4HVX A;  4TV6 A;  1OK6 A;  3S2M A;  1OF8 A;  5SWU A;  2FPY A;  1WBH A;  4X61 A;  3S1G A;  4AQL A;  4PTV A;  3N12 A;  4B15 A;  3SO7 A;  3APG A;  3B8U A;  4GBU A;  4FXF A;  1SW3 A;  4NYU A;  4XSL A;  5E93 A;  3LPP A;  1DJH A;  2QT3 A;  1VFS A;  2GQA A;  1EF3 A;  1FCV A;  3S1X A;  3OVG A;  3FSU A;  3R94 A;  3GD6 A;  3HM7 A;  1RQB A;  4IFO A;  3QHN A;  3PZU A;  2PD5 A;  3GKF A;  3WUE A;  4LB3 A;  1ZB5 A;  4E8C A;  4OOZ A;  3W26 A;  1NP0 A;  2X0S A;  2ACR A;  3TSB A;  1VLI A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1S5WA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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