1S5WA

Crystal structure analysis of a mutant of dihydrodipicolinate synthase--residue tyr133 to phe133
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILFNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIKEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of Three Site-directed Mutants of Escherichia coli Dihydrodipicolinate Synthase: Further Evidence for a Catalytic Triad
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 105
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2004-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1s5wA00
1JQVA 3TMQA 5K9DA 3LCHA 3IGXA 1QWGA 3FYPA 3UWVA 3L5AA 1UJPA 3EKLA 3W1MA 2JGQA 1OJXA 3KAOA 1EPXA 4YCPA 1FCVA 2NX1A 1VS1A 4RZ4A 5G2IA 5AYYA 3HF3A 5K2ZA 1DJQA 3DKJA 1DJNA 1ML1A 3IIXA 3LHUA 2WNZA 3W6YA 5LNSA 1D9EA 2QAFA 3DI0A 1EUAA 1TV8A 3S42A 3MW7A 2B0MA 4JX6A 4JIPA 3O8AA 3CEPA 3LBCA 3LRKA 4HPXA 4NU7A 4GUGA 1HFBA 1MXSA 1W3IA 3QPYA 1DHPA 1I45A 4MLJA 3ABOA 5CG7A 3MYPA 1KLYA 3SFKA 2Q8LA 1OFOA 3QZEA 4XKYA 1WA3A 2CZEA 1THFD 3EWZA 3U2OA 3PUOA 5AYZA 4RJEA 3SY5A 5U4NA 3WK2A 3WJYA 2VEKA 2QCFA 1TV7A 4CNNA 4MOZA 3C61A 4FNQA 1U83A 4YL2A 2DP3A 3IIVA 5J5DA 2WV8A 4R33A 5D2YA 1W37A 4JY8A 3C2RA 4EIVA 2VFGA 3U6WA 1B57A 3W7HA 4NJIA 1XBYA 4LV9A 1WDWA 4JXCA 2EF9A 2QCDB 1OF6A 4LVAA 3R2GA 2GQ9A 3KVJA 4LVGA 3LOTA 4RKAA 4BK9A 3NQFA 3S5ZA 2NV1A 2J6XA 3T44A 1QOQA 4OV4A 1JCLA 1SUXA 3O05A 3A24A 4Y96A 5HR6A 3VE7A 1EEPA 2Z0IA 3WK1A 4JR5A 3IGSA 3W1UA 3P5ZA 3C2EA 2A7NA 3E12A 1KV5A 1VCFA 3VKJA 3FLUA 3N9SA 1RPXA 3KHJA 4O57A 2A7RA 3W3OA 2QDGA 4MY9A 3PM6A 4UTKA 1AG1O 4CQ9A 4PH6A 3A23A 2OMAA 2Y7DA 4CLMA 3NO5A 4AHQA 4ICNA 3KRSA 7TIMA 5HUPA 1RV8A 3NG3A 1NSJA 1QO2A 3L67A 4JTJA 3LXAA 3TV8A 3GXNA 1TPUA 4LUJA 1K3UA 1T96A 2ZZ5A 3W70A 4OT7A 1J2WA 2NV2A 5CPLA 2J27A 2ZFAA 4LTSA 3BLEA 2NWRA 1SW0A 3GAYA 3R8RA 4JTGA 2DZSA 5HMSA 1FDZA 4IQLA 4JN6A 1BTMA 3H55A 3NL3A 3P82A 4HSOA 3BGGA 3BG3A 3UPBA 2G96A 5E93A 3C3NA 3LI1A 4JICA 1QO5A 3E49A 3CPRA 1ZJIA 1C29A 2ZZ4A 1PL9A 1I2NA 1TO3A 1TTPA 4GUHA 2BWGA 1P1XA 2A85A 1TMHA 2QJIA 3QRHA 1H7OA 4PODA 1FUYA 2ZA1A 3G8EA 3KVMA 1DORA 2GVLA 3OVQA 2VFHA 3MMTA 1XL9A 4RXGA 3C2FA 2BTMA 3NOEA 1QPQA 3W1LA 1FWWA 4WZHA 5BMXA 1WX0A 1DVJA 3DFSA 3UWWA 4LY8A 4UFLA 5D38A 3P8IA 5IBXC 4QM1A 4UCGA 1GVOA 1KBJA 3DKLA 3ABSA 4C1KA 5ABTA 3N34A 2CLEA 1TIMA 1VH7A 4JTUA 3SW6A 3STEA 3LCLA 1PV8A 1H7WA 1XUUA 4W9TA 3UYCA 3Q58A 4ZQCA 1MEWA 3QQ1A 3TJXA 1KW1A 5DY3A 1IF2A 3RLVA 3UY7A 1P0KA 2PE4A 3GDKA 5D2TA 2ZRYA 3IIZA 1VYRA 4HNUA 3B4UA 2H8ZA 1K7FA 4AMAA 2DZWA 3N9RA 4S2BA 3C4UA 3W88A 5IBXA 2CLFA 4NJGA 1P0NA 1WQ5A 2CLKA 1QOPA 4PEKA 3HOJA 3SJ3A 4OQVA 2XN0A 1JCYA 3SGUA 4TMCA 1DBTA 4BI6A 1OG0A 4JY9A 4DF0A 1XCFA 1V5XA 1WOAA 2RFGA 3M1ZA 4MVAA 3TIMA 4MKNA 1YDOA 1Y0EA 3UZJA 4JTLA 3W7CA 1KM5A 1QPOA 4MFEA 1NVMA 4O1BA 1O4UA 4QNWA 3DFNA 5GVJA 1H51A 3GDMA 3L5LA 2ZZ3A 1PIIA 3IVSA 2E77A 2VFFA 3HPSA 1YTKA 3EWYA 1OX4A 3C2OA 4O16A 3NQCA 2JBMA 1MO0A 3PB2A 2G5WA 3DHDA 3W2KA 1FQ0A 2A6LA 3LX9A 3UXDA 4UTTC 1F73A 1XBVA 1KV8A 2ZQ0A 5D05A 3P5YA 3A5VA 1SW7A 1VLWA 3LTYA 4GNJA 3GDTA 1VQTA 5D09A 4DF2A 3HBLA 2ISSA 1QPNA 1N8FA 3W1AA 1VYPX 1P5BA 2ZZ2A 4HN4A 3GXPA 3INPA 2E6AA 3S5YA 4JDYA 3ANYA 1N55A 4Q4KA 3N3MA 2C6QA 1BKSA 1IIHA 3G1YA 4IPIA 3RLUA 3DH7A 3WJWA 4UTWC 1IGSA 3I6RA 3LXCA 3BGJA 3S1VA 2V2CA 4O4VA 1Z44A 4O54A 2ABAA 1HTIA 4K36A 2R8WA 3KX6A 3G1AA 1VCVA 2VXNA 4UTTA 2WSQA 2YXGA 3KFTA 4WXZA 4FX6M 2CZDA 4O10A 4MZYA 5G2WA 4HKPA 2V0TA 3H53A 1LP6A 1R2RA 3DI1A 3E0IA 1PHWA 3UWYA 3G1DA 1GVRA 3DFPA 3W1PA 4AXKA 1A50A 1TTQA 5AOUA 1F2JA 1VR6A 2OCZA 3NPWA 1IXOA 1FDYA 4UTWA 2HS6A 3IVUA 3PSVA 3N2MA 4MPQA 3TCEA 4JTFA 4MIMA 2PC4A 3LI0A 1UCWA 1AW2A 3LLFA 2VEPA 5F2LA 5KZMA 3NZRA 1W3TA 2Y7EA 1IXNA 3VFLA 3S0CA 3HG2A 4JNMA 3THQA 4YCOA 1PCKA 4NZJA 4RR4A 2CLHA 3PG8A 4N6FA 1ZCOA 4LT9A 2E5CA 5EMUA 3UZ5A 1H60A 2NZLA 4TR9A 3W1RA 1ZFJA 3F4NA 1YDNA 1YLVA 1UBSA 4LVFA 1ZNNA 3VI2A 3QMSA 4NZFA 1LRTA 4WY0B 1GT8A 2BSLA 3OHIA 4RLIA 1GQNA 2Z6IA 3G3DA 1AL8A 4POCA 3C8FA 5G2HA 4FNUA 1TPVA 1A53A 1PS9A 3NEVA 1YYAA 1F05A 1G4TA 1SO6A 2WSRA 3E9AA 1KM0A 3OG3A 4K38A 3TU9A 1IXQA 1FWRA 3CIWA 3CTLA 2YW3A 2IQTA 3TR2A 4XTIA 1TPDA 2VFEA 3T40A 3EWWA 4CCDA 3NQGA 4D2JA 4O28A 3BW3A 4WOZA 3TK7A 3DGRA 4EF8A 3MUXA 1LTDA 5C55A 5CSRA 5FF7A 4H6KA 3LV5A 3G1SA 3TX9A 1SFJA 2RH9A 3QSTA 2NUWA 1KFJA 3EX3A 4WOQA 2R14A 1OX5A 1H7RA 1X1ZA 3G22A 2RKXA 3UWQA 5CZ0A 3W7IA 5D02A 4RZ6A 1VGAA 3AJXA 5DCBA 3EWBX 4M5PA 1RR2A 4Q33A 3A5FA 4MZ8A 1KTCA 3PBUA 1OX6A 5FF3A 4RZ5A 2C13A 3TA6A 4JTIA 3GXTA 2HTMA 4ZQRA 4H4IA 1N7KA 5EPDA 1S5WA 1YTEA 2YGYA 3W75A 2TMDA 3WFAA 5G1TA 4XBSA 3PBVA 5KITA 4PL2A 5LNUA 2GVJA 1DV7A 3HGJA 4A21A 1I2OA 4EVZA 5KINA 3BG9A 4XTDA 5F1VA 3MP4A 5FF2A 2JKPA 1VLIA 4UR7A 5CZTA 2V2HA 1V7YA 1ME8A 2CLMA 3JRKA 5D2WA 2GQAA 1GPWA 4FO4A 3C0JA 1SW3A 3DHFA 3V1PA 3W2JA 1QNVA 1GVFA 3GKFA 4P2VA 3CM4A 4Z0JA 1LDCA 1JCJA 5K3VA 1K7EA 2ZA3A 3ZWTA 2QCCA 4M7SA 1LCOA 4G1KA 2WNNA 5HWNA 4RXFA 3S5OA 1VRDA 3EXSA 5AN7A 5LHEA 3GDRA 2Z6JA 2OX1A 4MLRA 2QEZA 3IVTA 1J4EA 2D73A 4AHPA 1CW2A 1OX4B 1W5NA 1YXCA 1MSSA 1J5TA 3TROA 1SSDA 5F1UA 4KWVA 2GOUA 3G1FA 3NVTA 3PG9A 4GWEA 3NR0A 3O6YX 3SZ8A 1GVQA 1KM1A 3HPXA 2TRSA 2YDAA 5HNRA 3G18A 4WX2A 5K9CA 2HS8A 2X2GA 2YW4A 3NAVA 1L6SA 4JTKA 1H50A 1F6KA 3KRUA 1FWTA 3BLFA 2J9ZA 5FEPA 4JEQA 1YPIA 4ZQNA 1XC4A 2A0NA 2Q3RA 1VJIA 4LC6A 1UASA 2WPBA 4FNRA 3PWAA 4LS2A 1HUVA 1GYNA 3KOFA 4IMGA 3TXVA 4UFJA 3QH2A 2XN2A 1NEYA 1B4EA 2PRLA 1HO4A 3PB0A 1H7XA 1Z48A 1TB3A 1ONRA 3TXZA 2AQWA 4Q32A 3HG4A 4FHAA 4DXVA 1GTEA 2FFCA 5F2MA 5I3GA 1O94A 3O6CA 1GYLA 5C54A 3IEBA 3MHUA 3TW7A 4C1LA 1JJKA 3IRDA 3CQ0A 1LOQA 3M5ZA 4K6AA 1OFBA 1RQBA 4U4MA 5DELA 3L9CA 3HQ1A 4AAJA 3W72A 1GWJA 4WUIA 4A2RA 2X16A 5I3FA 1RVGA 3OBKA 3HGRA 3W2MA 1ZAHA 3QYQA 5LNRA 5LNWA 1JRBA 1XFBA 3NXFA 4WXYA 2Y70A 1F76A 4DBDA 1SFLA 4R7JA 1JCXA 2Z1BA 2NLIA 4JGDA 3LXBA 1OK4A 5HR7A 3LM7A 2H90A 3NQ6A 2QCMA 4QAIA 2JK2A 3L65A 4UMAA 3EEGA 1WAUA 2AAMA 3N73A 2BZNA 2XN1A 5D33A 4Z1DA 1EWDA 1OFPA 4K8HA 4IXHA 1EIXA 4J9JA 4LUIA 2ZZ7A 4TX9A 3FJLA 1IIGA 3T78A 3DZ1A 2Y62A 3D0CA 5AHLA 5IM51 4O15A 3W2NA 4UR8A 4NNCA 1UB3A 5CZJA 1R46A 2P0OA 1SQ7A 3MI6A 4LU0A 4NUWA 3FJ6A 4ORIA 3A9IA 2B4GA 4UC5A 1K03A 2G97A 4I9AA 1ICSA 4S1FA 5BMWA 3QSRA 1XKYA 4GE8A 1NAL1 3W1TA 3PS7A 3DXIA 2A2IA 1EA0A 3GYEA 1F7BA 3G0XA 3I7SA 3BO9A 4OU1A 4CCCA 2O7SA 3MHGA 2C18A 1HO1A 2I9EA 4FNPA 1Z41A 2OJPA 1OYAA 3L66A 4QQ3A 2NX9A 2ZRXA 2O7QA 1A5BA 3RF9A 2ZZ1A 3NL5A 2E6DA 3UXAA 4B5NA 1SZEA 3TSDA 4IMFA 1AW1A 2H3DA 1PE1A 3QFEA 4JIQA 4K7VA 4LOCA 4GFSA 3NPXA 4PC8A 3SIZA 1RZMA 2YYUA 3M44A 4HIBA 2YPIA 5AHMA 4JTTA 1L2UA 4HHPA 1EUNA 3LHWA 5U7SA 4UTJA 5F4SA 4IOTA 3NPVA 1FY6A 3LHYA 2X1UA 2ZBTA 1YADA 1F74A 2XFWA 5I3IA 1ZAIA 4RCXA 5TBOA 2EKCA 4UUIA 3UD6A 4TMBA 2QUVA 4UFHA 3TC7A 1GZGA 2VFIA 3P60A 1OF8A 1A5SA 2CZFA 4XBKA 4E38A 3GB6A 1W5PA 3ABQA 3W7NA 1M6JA 2H6RA 2V8ZA 2X1RA 3PF3A 1LRNA 4AF0A 1LRQA 1D3HA 3C52A 3TQ0A 3W9ZA 4OV9A 4UIOA 5AC8A 2QAPA 3LB0A 2ZA2A 4H3DA 4AWSA 3MHFA 2DZVA 3NQ2A 4JYEA 4L4MA 2QCEA 3G0SA 3P81A 4UNKA 2W79A 4N9BA 5EA9A 4EWND 3MP5A 1O5XA 1I2QA 1X6UA 3V75A 2WO5A 3E96A 3FKKA 4MYAA 4GBUA 1XM3A 1R2SA 3B03A 4DPQA 1VYSX 1W31A 3NDOA 1LBMA 2ZRVA 1ALDA 1VHNA 1SPQA 3DFOA 3GR8A 4GUIA 1H1YA 2DU2A 3BG5A 3L21A 2RDUA 1ZAJA 2W0UA 1QMLA 3NGJA 4K39A 1T8XA 4L4LA 3DFTA 4OWGA 2YSWA 1KFCA 4N4QA 2JGYA 4HNTA 2ZCGA 2A21A 2J9XA 5CGQA 3LGEA 4ADSA 1TQXA 3I68A 1PVNA 1SO5A 3CB8A 3FKRA 2QJGA 4KWWA 2C14A 3E02A 2R94A 3GK0A 1OFQA 3LCGA 3FEMA 4I7UA 1EWEA 5D32A 3UNDA 3W83A 5HJLA 1L6WA 5CPMA 1AK5A 2VOMA 3PULA 2B7QA 2Y88A 3L0GA 2Q8ZA 1UUOA 3DENA 4MJMA 5HUOA 3TSBA 2FB3A 2FLIA 1TRIA 5BRBA 2Z2UA 3TQVA 2WKJA 1B9BA 2H8XA 4XKYB 3IGUA 4NNBA 4UTHA 2ZTJA 2VELA 5DLCA 4PA8A 3P80A 1ICPA 3MP3A 3HGSA 4OE7A 3F03K 4DPPA 1OK6A 2C3ZA 1TPWA 2GJNA 2ZDRA 1YPFA 2J24A 3MBFA 5KMYA 2JKEA 1AW5A 4FNTA 4QISA 4A22A 1RQEA 3TAKA 3IV3A 4PFMA 5FF4A 1EX5A 3JS3A 4CQ8A 4Z0SA 3M43A 3PC0A 2VFDA 5LKYA 5BW6A 3TC6A 4NX0A 1O95A 3BW2A 1W54A 3LBMA 1QFEA 4UTIA 4TU1A 3VNDA 2RDWA 3YPIA 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 4LNY A;  3UPW A;  4QNE A;  2E09 A;  2B7P A;  2FTP A;  5EKY A;  5DN1 A;  3GR7 A;  1P4C A;  4NJK A;  4UMB A;  3VE9 A;  1LOS A;  4PCF A;  2Y89 A;  2TPS A;  1LOR A;  3EX6 A;  3WJX A;  4JX5 A;  2FQI A;  2YCE A;  1TPH 1;  1TSI A;  5KZE A;  3OEX A;  2JKA A;  3TSM A;  2E68 A;  3FIG A;  3CWN A;  5AC7 A;  3SSJ A;  4ML9 A;  4UTM A;  1FCB A;  1H7N A;  3TFX A;  3O63 A;  5FEZ A;  2HMC A;  1WV2 A;  2OT0 A;  4QIU A;  3B06 A;  1JQX A;  1U5J A;  4NT0 A;  1W1Z A;  3W71 A;  3WJZ A;  3QF0 A;  2Y7F A;  1K8Z A;  1H61 A;  1FWN A;  6ALD A;  4O12 A;  4BWL C;  5AYX A;  2Y6Z A;  2C0A A;  2YX0 A;  2VEI A;  2A6N A;  4QSH A;  3NQ8 A;  1K8Y A;  3R89 A;  2DOR A;  3P67 A;  3ABR A;  4PL1 A;  1YTD A;  3B04 A;  1LLZ A;  2E1D A;  1FDJ A;  1Q6L A;  5FEW A;  3NQ7 A;  4ZZ9 A;  5KSW A;  4P61 A;  3P7Y A;  1H62 A;  5EL1 A;  5SWU A;  1GG1 A;  3W73 A;  3WK0 A;  3KVL A;  4XQ6 A;  2BXV A;  1GJP A;  5HQE A;  1B4K A;  2YZR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4E2O A;  3TMQ A;  5K9D A;  1VIW A;  3E5P A;  4W86 A;  1UJP A;  4XBJ A;  3K5X A;  3H2O A;  1R9X A;  3CYV A;  4RZ4 A;  4W93 A;  1LG1 A;  5AYY A;  1FWB C;  1E6S M;  1ML1 A;  3IIX A;  1PKM A;  3GZA A;  3DFY A;  1TV8 A;  3S42 A;  4JX6 A;  3LBC A;  1E4M M;  3WD4 A;  3LUT A;  3Q45 A;  2PFH A;  2BDQ A;  4B2D A;  3MYP A;  1Q65 A;  2Q8L A;  4DO7 A;  4XKY A;  5A94 A;  3T09 A;  4S3F A;  4W7W A;  8CGT A;  3GXF A;  3BDK A;  4RJE A;  4H9M A;  4R27 A;  4CNN A;  4Q8T A;  4YL2 A;  2DP3 A;  1QUM A;  5D2Y A;  5ABH A;  3VM5 A;  3KBW A;  1XBY A;  3AML A;  5D8W A;  4MSS A;  1UJQ A;  2EF9 A;  1OF6 A;  4H9U A;  3R2G A;  3H7R A;  3LOT A;  4DVO A;  3OJG A;  3TTE A;  2DDX A;  4PUN A;  2NV1 A;  1V0L A;  1M53 A;  4OV4 A;  4Z2H A;  3A24 A;  4Y96 A;  3PBM A;  3VGG A;  3LD5 A;  4NY2 A;  3NFU A;  3W27 A;  2HNE A;  2UWF A;  1Y5W A;  4DUX A;  1W1T A;  3XIS A;  3FHA A;  3H23 A;  3N9S A;  1K4H A;  3IAP A;  5DEZ A;  5DML A;  4UTK A;  2HRW A;  3A23 A;  4F48 A;  3K8L A;  3PZO A;  3NUR A;  3CO8 A;  7TIM A;  3E2S A;  2XH0 A;  1YMY A; 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