1SFJA

2.4a crystal structure of staphylococcus aureus type i 3-dehydroquinase, with 3-dehydroquinate bound
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
236
structure length
227
Chain Sequence
HVEVVATITPQETLIQKINHRIDAIDVLELRIDQFENVTVDQVAEMITKLSFKLLVTYRTKLQGGYGQFTNDSYLNLISDLANINGIDMIDIEWQADIDIEKHQRIITHLQQYNKEVIISHHNFESTPPLDELQFIFFKMQKFNPEYVKLAVMPHNKNDVLNLLQAMSTFSDTMDCKVVGISMSKLGLISRTAQGVFGGALTYGCIGEPQAPGQIDVTDLKAQVTLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus
publication title Crystal structures of Staphylococcus aureus type I dehydroquinase from enzyme turnover experiments
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
total genus 85
structure length 227
sequence length 236
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2004-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1sfjA00
2VKZG 3A22A 3BW4A 3CWNA 4Z0JA 4EIVA 1R46A 2ZRXA 3T55A 1TQJA 3R13A 3P84A 4LS1A 2ZA3A 1ICQA 2V2HA 3EX1A 4WXZA 4TMCA 5FF0A 2CLLA 1T99A 3UXDA 4ADUA 4LTSA 3C2FA 3QW3A 1H1ZA 5I3GA 3NPUA 1VC4A 1A53A 1ZFJA 2RDTA 4JTHA 3O8AA 3NQDA 3FEMA 3P5ZA 2Y70A 2DZXA 3G1DA 2J27A 4HPXA 2E5DA 1YTKA 1EIXA 4NNAA 1QOQA 2BWGA 1SFJA 2VOMA 3W7OA 3PSVA 1WBJA 4HHPA 1PV8A 1YDNA 3M6YA 1FCQA 2VC6A 2YSWA 3PULA 4WZHA 3LV5A 4K7YA 2Z1BA 4IX0A 4MUZA 3UWVA 1AMKA 2NXIA 4FO4A 2JGYA 3CIXA 2QJHA 3W85A 1WX0A 4BFAA 2Y85A 3B8DA 3IGXA 3RLUA 2G5WA 3NZRA 4ADTA 4IQLA 3TQ0A 4U4MA 3DKJA 3U8GA 5KMYA 1ZAIA 3HBLA 4XKYA 3CU2A 3RF9A 3WK1A 1W56A 3EX4A 2GOUA 5I3JA 4CCDA 1GWJA 2C19A 3F03K 3HF3A 2V2DA 2C6QA 5LNSA 4N6FA 3HB9A 5D33A 4UTTA 3NQMA 2EKCA 1IIGA 5DELA 1UBSA 1LOSA 2E5BA 3PF3A 4HIBA 4PCFA 1SZGA 2ABBA 1X1ZA 3DENA 3SW6A 4C1KA 1KFEA 4YL2A 4JTJA 3AO0A 3HG2A 2OCZA 3IV3A 3KVMA 4WOZA 1GJPA 4AWSA 5I3IA 3W1PA 3G1FA 2OMAA 1R30A 3W7DA 1VJIA 3LTYA 5HWNA 3S0CA 4EF9A 3NQGA 4IUOA 4N9DA 4O0ZA 3TJXA 1K8ZA 5J5RA 3U2OA 4LC8A 2B7OA 3W1QA 2H90A 2GJLA 3QMTA 4FIRA 3BLEA 1Q45A 3AJXA 2NUWA 3ABSA 4Z1DA 2IQTA 1ZALA 5KINA 3NDOA 4O57A 1QPOA 4JTSA 4E2BA 1JUEA 3IVSA 1O5XA 4IXHA 3DI1A 1FBAA 2RHGA 4MVAA 1LRNA 1TPFA 1VPXA 1N55A 3E9AA 3UXAA 1RQHA 2G96A 3LM7A 5EL1A 3W7LA 3HPZA 4MLRA 3QQ0A 4LV9A 3TCEA 3W7KA 2ZZ5A 1NFBA 4MYXA 2CZDA 1TB3A 2QUTA 3LI0A 4CNOA 1E51A 3W88A 1FDYA 3LX9A 3L2IA 3B03A 3TUUA 5C54A 3LBCA 1D9EA 3W7GA 2ZFAA 4ZQOA 4E0CA 2G97A 4UMAA 3MBFA 3O63A 1MEHA 3I7SA 3FOKA 1WBHA 2QDHA 3B0PA 5H2ZA 1SU5A 1OFRA 1B57A 1LBLA 1GTEA 4HNNA 5DBUA 1X1OA 2H3BA 1YPFA 3L5LA 3M5XA 5CG7A 2Q3OA 4M19A 4JTTA 3THQA 3TW6A 5CZTA 1QOPA 4GFSA 1B9BA 4YXGA 4MKNA 1DVJA 4CQ9A 3KFTA 4JN6A 3W1LA 2ATMA 1PE1A 3B04A 5D02A 1TV8A 4LW7A 1KA9F 3FKRA 4AMAA 2P1FA 3MUXA 3M0ZA 1KLZA 3SGZA 3I7RA 4K8HA 1HO4A 3G8RA 3MHFA 3TMQA 3OBKA 2ZZ3A 5A5WA 1OYBA 4Y6GA 3MP3A 3MI3A 1FX6A 3RK8A 3LOTA 3STFA 4MYAA 4ZQMA 1DORA 2TMDA 3KX6A 3NL5A 4UCGA 2YW4A 3R12A 4LU0A 2DP3A 3DHDA 3C2OA 2V82A 4LVAA 3FYOA 1TV5A 5G1TA 2PRHA 2QCHA 4UFLA 1YDVA 3W86A 4DF2A 2A6NA 3W7EA 3G3DA 3I65A 2GQ8A 3QF0A 4QJ1A 2J88A 4GBUA 1NF0A 2Q3RA 1TRIA 1TTIA 5K9XA 4A3UA 3NQ2A 3QRHA 5D2VA 1DV7A 4WUIA 5K4XA 2C16A 4CNPA 4YCOA 1EUAA 2PRMA 2QKFA 3PSWA 2C15A 5CPNA 1RVGA 3SY5A 2BZNA 1GVSA 5AYXA 1AG1O 2A7PA 4Y9AA 3DXIA 1L2UA 3SZ8A 4WOQA 3QSRA 1I2NA 3W84A 5KZDA 3NQAA 2QAFA 2UV8G 3R5EA 3L21A 4FXRA 1NSJA 2PURA 4ML9A 2WPBA 3GVGA 3A5VA 2ZTKA 5AYYA 3QMSA 1LBFA 1VHNA 4G1KA 2VFGA 2YFNA 4ZL1A 1TSIA 5CPLA 3JR2A 1AW5A 5AOUA 1OX6A 4FXSA 4RJEA 4I7UA 3EXRA 2PE4A 1R2SA 3LERA 1I8JA 2A4AA 1GTHA 5AB3A 3LHUA 5U7SA 3ABRA 1KM0A 3M9YA 1EWDA 3RLVA 4L4LA 4R34A 4O1CA 4ZZ9A 1Q6OA 3NXFA 2VFHA 1DQXA 4D2JA 2G95A 2YYTA 3Q2DA 3OG3A 1OFBA 1YDOA 3NEVA 2FTPA 3W7RA 1BKSA 1GYNA 3ZFHA 3SR7A 2GUUA 4CCEA 2ZRZA 4N4QA 3WFAA 1JCYA 3VNDA 2Y88A 1EB3A 1X7FA 5CPMA 4HPJA 4Y96A 4Z1BA 4TMBA 1TPWA 3W2NA 3FYPA 4UXDA 3QPZA 1I4NA 1XUZA 2JGQA 3IIOA 2BX7A 2XFWA 1QAPA 2WNZA 5K4ZA 2RFGA 3DKLA 4FIQA 4JGDA 3RNDA 4P61A 1G4TA 4NT0A 5AC6A 4UTHA 1KFJA 3GB6A 5LHEA 4JIQA 1KTCA 1TPVA 5AYZA 5L6UA 1S5VA 1OF8A 3W1AA 4A2RA 5DLCA 4QISA 1Z42A 1LYXA 2ZYFA 1OX4B 2ZZ2A 3M5VA 2H8XA 3PB2A 2QJGA 4O15A 5HUPA 3ZS4A 3IGUA 3I68A 4JY9A 1GEQA 4O50A 2YCEA 3V75A 4RLIA 3STGA 4PTNA 4UTIA 3LCFA 2GPTA 2YXGA 4FNTA 3TC7A 4NU7A 4GXMA 3PS7A 3STCA 3NPWA 3G22A 2GVJA 2ALDA 4FNUA 2YR1A 4AWUA 3KOFA 1XM3A 1ZENA 3L5AA 3S5YA 1DQWA 4GNJA 3OA3A 1OFAA 2XN2A 2WSQA 3NGJA 4UTWA 2V0TA 1KM3A 2ISWA 1P4CA 4WXYA 2ZQ0A 5I3KA 4H6KA 1BWLA 1H1YA 4NX5A 4RZ5A 1ZCOA 2CLOA 1W3NA 2WSRA 3P81A 1B3OA 2NXHA 5KSWA 3WJXA 2P10A 2F7FA 4DQWA 3EWWA 4K36A 1YLVA 4IPIA 2NUYA 3W1NA 3WJWA 4XUGA 5D09A 5DXXA 1LLZA 3LXCA 2YFOA 1K8XA 2WOQA 3G1SA 3W7IA 3PWAA 3KVKA 1TYGA 3D0CA 4L4MA 3EKZA 3VE7A 4O52A 3TK7A 3NZ1A 1PHWA 5G2IA 3INPA 1LZOA 4TIMA 1UCWA 3N19B 3EKLA 4JX6A 3VFLA 3NM1A 1OG0A 5FEXA 4UR8A 2Y7GA 1P0KA 4O1DA 4UIOA 4AWTA 2DZSA 4UTTC 3O15A 1KBIA 5AHFA 3OHIA 5L9FA 1G67A 1XUUA 2RKXA 5FI8A 1RQBA 1JCXA 3NVTA 4UMBA 5IBXA 3WK0A 3DHFA 4O8RA 5TIMA 1DKWA 1EA0A 4JTGA 4HKPA 3HQ1A 2PRLA 4NNCA 4TU1A 1CI1A 2AQWA 1VCFA 3KRZA 1OX4A 3W7QA 3W1RA 2A2IA 4MZ8A 1XCFA 2QDGA 3MP5A 1DOSA 1K02A 2O7SA 3P8IA 4WQ6A 5D04C 4M5PA 4JTFA 4O1AA 3M44A 2NZLA 3SIZA 3PUDA 3HG5A 3DFSA 3THAA 1XBYA 1K3UA 1RPXA 4NQ1A 3S6DA 2C13A 4IMGA 2VFDA 4RX0A 2CU0A 1LDCA 1JQVA 5G4EA 2GQ9A 4S1FA 4JS3A 1F05A 1FXQA 4O17A 1ME9A 2VEMA 3EXSA 3EWXA 1FDZA 1TCDA 1SZEA 3GDTA 1ZJIA 3GYEA 2NXGA 6TIMA 4CNNA 3KRSA 3O6YX 5G2WA 2QJIA 4I7WA 2Y61A 2LLEA 4LVFA 2GQAA 3CQ0A 3GKFA 4JX5A 4FNQA 2E6YA 3F1QA 2NV2A 1AW2A 1YTEA 3HPSA 4XTIA 3TV8A 5D03A 3HIJA 3PG8A 4XBSA 4N9CA 4LC6A 5AFDA 2DZUA 2Z6IA 3SSJA 3QQ1A 3ABQA 2X1SA 5EY5A 3BW3A 3N14A 1IXQA 1JUBA 3PBWA 2V81A 2EAWA 1TIMA 2R8WA 3C6CA 2FFCA 1J5TA 3PUEA 3FS2A 3EX3A 2EPHA 4Z1AA 4GC4A 5EA9A 3EWZA 1YYAA 3QJAA 3NPVA 4O4VA 5TQLA 4CCCA 4CQ8A 3GKAA 2JBMA 1GT8A 1F76A 5AHIA 2CWNA 3W74A 2D73A 5BMWA 2C14A 3L0GA 4ZQRA 3PAJA 4ZVJA 3A23A 4IMEA 3TQVA 3L68A 2Q8ZA 5FF4A 5AHEA 2JKPA 2FQIA 3GK0A 4BF9A 4DPPA 1MEWA 2WNNA 2HMCA 2H6RA 4KFPA 1JJKA 2NLIA 3WK3A 4JXCA 1FCUA 2X2GA 3N73A 2WKJA 3TR2A 4O28A 1A5CA 4X9SA 4QNWA 1WOBA 4OU1A 3LV6A 4WJEA 5D30A 1OK6A 3MYPA 1WAUA 4O53A 4FX6M 3HMJG 1Q3NA 1R2TA 3KHJA 4HSNA 3SECA 4ONVA 4JD4A 2DORA 2V5BA 2O7QA 2DJLA 4QM1A 1XBXA 1ZY9A 2RDUA 4X2RA 1I2PA 1OFEA 1GYLA 2YYUA 4O10A 4DO6A 3H53A 3I6RA 3G24A 1OFQA 2HS8A 3P60A 1OYAA 5FEZA 3PVFA 5K7JA 3NR0A 1HUVA 3P80A 3W71A 4HNUA 5E93A 3LCLA 1JQXA 4O1BA 1F2JA 3DH7A 2QUVA 3GDKA 5CSRA 1W0MA 3L9CA 5F2GA 1W37A 3W2UA 3UNDA 4Y90A 4MJMA 4BR1A 2QCCA 3FJLA 3G1VA 3IIXA 4XQ6A 2ZZ1A 4Z0SA 5FESA 2ZTJA 2CLIA 1VH7A 4PFMA 3TXZA 3ATYA 4O14A 5KZEA 1FWWA 3ZWSA 3MWAA 2C1HA 3PBUA 3V1PA 1QDSA 3E49A 3IRDA 4DO4A 1XKYA 1JRCA 3LTPA 3B4UA 4LVBA 1F5ZA 4UFMA 1JCJA 3S1VA 1Q6LA 3A9IA 3EWBX 1LCOA 3C2EA 3HGOA 3TA6A 4IWWA 1AW1A 3P7YA 3R8RA 3SFKA 4AEOA 1B4EA 1LRTA 1G4SA 2GVGA 1GOXA 5C6MA 1C29A 1O95A 2KZHA 4H4IA 2CLEA 5LNRA 1W3IA 4RXFA 5DXYA 3N2XA 3MJYA 2QCFA 1BEUA 3Q94A 4FHAA 3RU6A 1SO6A 3L5MA 4Q33A 1JUKA 2RDWA 1K7FA 3C3NA 1PVNA 4IMCA 1OFOA 3PG9A 2CFFA 3UQNA 4PODA 4QSHA 1L6YA 1W54A 4EVZA 1EX5A 1PCKA 3O16A 1G69A 1C9DA 5K9CA 5LNVA 3LDVA 3NQCA 3C56A 3FJ6A 1JCLA 3OVPA 4AVFA 3DBPA 1EPXA 2X30A 5D37A 1L6WA 3EEGA 5EPDA 1I2OA 1QPNA 1GQNA 4NVTA 3S42A 1O4UA 3BVJA 3CT7A 1FCBA 1F6KA 3S9YA 4XTDA 2E68A 4I7VA 3MHUA 3NQ7A 4O54A 2QR6A 2WV8A 1P1XA 3IGSA 1F7BA 1SW0A 4CLMA 1H7NA 3ATZA 4DPQA 4UTLA 1KV8A 4OV9A 2QCEA 3T7VA 3W75A 1Z48A 1W3TA 1OX5A 3G8EA 2J24A 3BGJA 1TRDA 4XWUA 1HG3A 1T0OA 1TV7A 3L0KA 4GUHA 3YPIA 4JTKA 1HTIA 1IXOA 2R91A 2ZA2A 1IIHA 2VEKA 1SO4A 4UFJA 5HWJA 2C18A 2WO5A 1H60A 1WQ5A 2OJPA 3CIWA 3WJSA 1TJRA 1GZGA 2TSYA 4TR9A 4HT3A 2FPVA 4FEZA 1UJPA 1EP2A 2Q8LA 3CLMA 3STEA 1QMLA 3C2RA 3A21A 1R2RA 1QWGA 5BW6A 4QQ3A 3LHYA 2CLMA 1U83A 3EX6A 1DJQA 2WSYA 3B06A 1YXYA 3EWYA 4GWEA 1YXDA 4BWLA 2B7NA 4DO5A 4HSOA 4K38A 1HL2A 3G0SA 3GAKA 5HMSA 3WK2A 2RH9A 4R7JA 3MMTA 4UTWC 5GVJA 1QR7A 1V5XA 3VE9A 4WY0F 4O16A 3DFTA 1HO1A 2FLIA 3KAOA 3UZJA 1B4KA 1RV8A 2P0OA 3EB2A 2BTMA 5AC7A 3G0XA 4MZ1A 5I3FA 1G7UA 1I2QA 3M47A 4LS0A 2NWRA 2A0NA 1Y0EA 1FWSA 1QNVA 3VKJA 5DCEA 4A21A 3TSDA 1Q6QA 2NV1A 3OVQA 3EXTA 4NNBA 4Q4KA 2XN1A 3C8FA 4O19A 1SPQA 4JEQA 5DY3A 1T8XA 5T26A 1JULA 4GJ1A 4M6VA 4NZFA 3GNNA 4UTMA 1RZMA 4LVDA 4NXSA 2J6XA 2QCDB 1H50A 1X6UA 3FA5A 4MOZA 3GZ3A 3W2LA 3M5ZA 3SI9A 3W2JA 1ML1A 4NZJA 5LNUA 3GR8A 2X16A 1SSGA 5KTLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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