1SO3 | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	214
structure length	214
Chain Sequence	SLPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAKIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIELTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYARSRDAQAAGVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVTGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__499354592141422__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__499354592141422__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1SO3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__499354592141422__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"499354592141422","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1SO3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__499354592141422__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Evolution of Enzymatic Activities in the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily: Crystallographic Evidence for a Proton Relay System in the Active Site of 3-Keto-l-gulonate 6-Phosphate Decarboxylase(,) pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
total genus	85
structure length	214
sequence length	214
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2004-03-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1so3A00

3ATYA 1IXQA 3TSBA 4AHOA 1H1ZA 3TMLA 1QCWA 1VPXA 4JTLA 4JTUA 3EWZA 3RLVA 2VFGA 4MY1A 3LV5A 4FNRA 1WAUA 3HGJA 1J2WA 2A85A 3CEUA 4PEKA 5DN1A 4AXKA 1MXSA 4WOQA 1KLZA 2NX1A 2DZXA 3M5XA 5D02A 3R12A 2D73A 3PB2A 3M5VA 2V8ZA 4O28A 2ATSA 2FLIA 2DJXA 3ATZA 1NEYA 3H53A 3TAKA 5I3HA 3SR7A 1K8XA 5K9CA 3RF9A 3HO8A 4N9EA 3S6DA 4HNNA 4NNBA 2OMAA 4WJEA 3EX3A 3GXTA 1V5XA 4LC8A 4NZFA 2R14A 4HIBA 3QH2A 4DO5A 2FPVA 3TC6A 1EB3A 4FEZA 4K7YA 1W5PA 4RXGA 5HMSA 3L5LA 1QPNA 2YSWA 4XBKA 1DJQA 2TYSA 4O8RA 1A5AA 1ONRA 3W1PA 3B0VC 2JBMA 4A3UA 3VE7A 4AAJA 1VZWA 3P81A 4O18A 3NA8A 2J24A 4LOCA 3L0NA 3NQVA 1K7EA 1GVRA 1SO6A 3C2OA 1AL7A 1IIGA 1FX6A 1SUXA 1ME7A 3W71A 1QWGA 3PR2A 4FXRA 5A8GA 1OF6A 3P62A 1ALDA 5D2TA 1H60A 4E2DA 3M5ZA 3WK1A 1JULA 4UFKA 1WOAA 3W9ZA 2VENA 4QNEA 3NPXA 1NSJA 1JQVA 3IVTA 5EMUA 2QCDB 3PSVA 4GUIA 4UTLA 4AF0B 3CU2A 3D0CA 3KVLA 3QRHA 4HN4A 1LORA 3SZ8A 4ALDA 3EKZA 1IXOA 3O8AA 1I2PA 2BXVA 2ZQ0A 3Q2DA 3G1VA 2PRLA 3KVMA 3P8IA 2QJIA 3UWQA 5BW6A 3GKFA 3P61A 3P74A 1NVMA 2AQWA 2PRHA 2Y61A 5HNRA 2RDWA 2BTMA 4QIUA 4ZVJA 1FDYA 3LM7A 3EX2A 1YPIA 4UFLA 3TA6A 1YXDA 1WBJA 3QSTA 3EKLA 1XUUA 2QCNA 5CPNA 4EF9A 5DLCA 4X22A 3LCGA 3CWOX 3I7RA 4MZYA 5D2XA 2QKFA 3TC7A 4A21A 2ZZ1A 3RU6A 3RFAA 3TKFA 1L6YA 4XTDA 2Z1BA 1Z48A 1F73A 3M0ZA 4NJHA 5D33A 1J5TA 1YXYA 3C2VA 4NJGA 1XKYA 1QPRA 3O16A 4JY8A 1OX6A 2H6RA 1NAL1 2ISVA 3QEZA 1JRCA 2RHGA 5CZSA 3KAOA 1LTDA 4JNMA 3C2RA 3N14A 3HJZA 5HINA 3PG9A 3W2KA 4JR5A 4UXDA 3M1ZA 3W87A 1OVDA 4UTWA 1FWSA 1FY6A 4UTIA 1LLWA 4K36A 4MFDA 3CHVA 5AFDA 1PVNA 3G8RA 4RR4A 3BARA 2GJLA 3UPWA 3GXNA 4RLIA 3TCEA 2ZDRA 1ZJIA 2OX1A 3OG3A 3W85A 1JCMP 1KLYA 1VCVA 1QPQA 4RZ5A 3W75A 5HJLA 2ALDA 1H51A 3G18A 1TPB1 4NT0A 4TR9A 1W5MA 1Z44A 4MYAA 3TSDA 4IPJA 2VC6A 2ZA2A 3BG9A 1TQXA 4GJ1A 5CSSA 3STEA 1KFKA 3L68A 5F2LA 2RDTA 1W5OA 5U4NA 1UBSA 4UCGA 1KFBA 3SFKA 4M6PA 4K8EA 1KFCA 1SPQA 1VYSX 2V2HA 4Z1AA 1O95A 4IJBA 1RD5A 5D38A 4OBTA 3UWUA 1W54A 4AVFA 4NXKA 1VGAA 5BRBA 4MYXA 3LHVA 4RZ4A 5D37A 4M6VA 2QCFA 1VHNA 4I7WA 4ZQPA 4DF1A 5EA9A 2VXNA 1OFPA 3MI2A 2A6LA 4JTKA 1FXPA 1Z42A 3OVQA 1JUKA 4RZ6A 4DPPA 3QM3A 2WNNA 3MP4A 5C55A 3P5YA 3VCRA 1BEUA 5AHFA 3WK0A 1Q6LA 2V0TA 4MY9A 1OYCA 1VYPX 5LGZA 3MI6A 4X3ZA 5LGXA 1EWDA 2V5BA 4DBEA 2NX9A 4O15A 2EHHA 4PCFA 4AWUA 1AW2A 2OT0A 5H91A 1T99A 4PFMA 3FFSA 1JQXA 1ICQA 3KX6A 2E68A 3NR0A 1WQ5A 4LUJA 1W5NA 4MFEA 1FDJA 2BWGA 1FWNA 3EXSA 4O1AA 4IQLA 1LOLA 3TUUA 4Y6GA 4JXCA 4W9TA 2ZBTA 4O4VA 1BWLA 1UUOA 5U7SA 1W3TA 4FNUA 1XFBA 3GAKA 4K7VA 4NZJA 4IPIA 1H62A 1QO5A 2O7SA 1YADA 3F4NA 3WJSA 2V82A 3HIJA 1DQWA 1JR1A 4HKPA 3TXZA 3DI1A 4CCCA 3MI3A 2NV2A 3STGA 2BX7A 5KSWA 3M6YA 3CEPA 3KRUA 2FFCA 3W7DA 1UB3A 3EWBX 1OX5A 3LLFA 4Z1BA 4O0ZA 4MKNA 1LZOA 2C14A 5LHEA 3W7LA 3G3MA 4JTFA 2JKPA 3P7YA 3GNDA 1X8FA 3NM1A 3W76A 3BGJA 2YCEA 5G1YA 3BW3A 3QC3A 1TB3A 1M7OA 4J9JA 5EKYA 2Q8LA 3ANYA 5LNWA 5TQLA 3C52A 4BWLC 5FI8A 3B04A 4DXVA 1R46A 3WJWA 1TPH1 1EIXA 5C6MA 4RKAA 4BI5A 4LV4A 2FIQA 1OFAA 2FJKA 3QZEA 3TFCA 4O57A 1TPEA 3EX6A 3IEBA 1GVFA 4IMGA 3IGXA 1MO0A 3NQCA 5KTLA 3P8JA 4RV8A 3KRZA 4C1KA 2EF9A 2R8WA 3W1RA 4K37A 3MP5A 4TMCA 2R91A 3NQ8A 1KFEA 1F6KA 3A24A 3CT7A 2ZZ3A 5HUPA 4BWLA 3N9RA 1TTJA 3R89A 3W7KA 3G8EA 1S5VA 4JYDA 2BZNA 1LBLA 2DZWA 1C29A 4JICA 1WYIA 4FXSA 4AWSA 3DFTA 2UV8G 4ICNA 5G2WA 3EWWA 3ABOA 5AN7A 4JIQA 5I3JA 1VHCA 3LHWA 3WK3A 3HPSA 2Z6JA 3FLUA 3G1YA 1Z41A 3QPYA 2QEZA 3G1SA 2ISWA 3MWAA 3OA3A 5G5IA 1OFBA 1GWJA 3L0KA 2CZEA 3MO7A 3NL2A 4HPXA 3S5NA 4EWND 5G1TA 3DU0A 2G96A 1TJPA 4GUGA 2YPIA 1IGSA 1OK4A 3UZJA 2ZZ6A 3L21A 4TU1A 1QFEA 1LOQA 1XXXA 4NU7A 3QQ1A 3A23A 1KBJA 1MEWA 2DU2A 1YTEA 5FF0A 2ABBA 3PUEA 4ADTA 3QMSA 1I45A 1W37A 2NV1A 2CZFA 4LVGA 4RK8A 1VC4A 4BR1A 3GDTA 3AJXA 3LRKA 1KTBA 2YW4A 3A9IA 2EAWA 5DCBA 3LXCA 5HR7A 3LDVA 2HMCA 2JKEA 3H55A 1G7UA 3NPWA 1O5XA 2O7QA 3LXBA 2RH9A 1NF7A 4HNVA 2CLMA 5FEWA 1HO1A 3UWVA 2A4AA 4LNYA 1RV8A 4XZ9A 3DFQA 1SFLA 1F05A 3M43A 1GVSA 1AW1A 2YXGA 4U28A 1HFBA 1VH7A 2P10A 5H2ZA 2WQPA 3NXFA 3I65A 4HT3A 1TQJA 2CLEA 4P2VA 1YTDA 5GVJA 5TIMA 3EWUA 1FCVA 4TO8A 4M19A 4WY0B 4CQAA 1T8XA 3L0GA 3NZRA 3NPVA 1LM1A 3HG5A 4IXHA 1G7VA 1VR6A 5AHNA 2E6FA 3EEGA 1LROA 4WXYA 4Z08A 1OABA 3GVGA 4PA8A 2VKZG 3PBWA 4JTJA 1K03A 7TIMA 5CSRA 3OHIA 1PCKA 3QF0A 4L4LA 1EWEA 2AGKA 3C8FA 2YW3A 3FJLA 4FX7A 1D9EA 3W7GA 3NQMA 1NF0A 3PBYA 2CLKA 1GOXA 4FIRA 3F03K 4IGHA 3F4WA 5KINA 4FX8A 4O16A 3O6DA 3GNNA 1OYAA 2JKAA 3S5ZA 5HWNA 3TNOA 2TSYA 1SSGA 3L66A 1FWRA 1TO3A 4XKYA 3W2LA 4KWWA 3QJAA 3T78A 2ZZ7A 1KM5A 1I2RA 4U4MA 2E6AA 1L2UA 4WQ6A 4OWGA 4NX5A 1FCUA 1R47A 2J9ZA 3W7OA 2CU0A 3BG3A 1RQEA 2Y89A 2E09A 4BF9A 1TYGA 3ZS4A 5BNKA 2DZSA 4HSNA 1PV8A 3HBLA 4CLMA 3P5ZA 4GUHA 3EX4A 4KWVA 3UD6A 5K2ZA 4CCEA 3HMJG 3Q94A 1PHQA 3MW7A 4UMCA 2C16A 5T26A 4DF2A 1UUMA 3WJZA 2JGQA 5CZ0A 1T0OA 1S5TA 2ATMA 1EX5A 3HGOA 1OFRA 1L6WA 2NWSA 2Y7GA 1VLWA 2P1FA 5F2MA 2V81A 4DO4A 1EUAA 3F1QA 3BV4A 4NJKA 4JN6A 4H4IA 5KZDA 3LCWA 4LS2A 5HWJA 4JYFA 3O15A 3MYOA 6TIMA 4ADSA 1TPDA 3IIZA 4BI7A 1H7XA 4JDBA 4O14A 4CQ8A 5EBUA 3HGSA 1XDLA 2PC4A 3DH7A 4ML9A 1F7BA 1C9DA 1G4EA 1OFDA 3G1DA 3NGJA 3T40A 4IMCA 4M5PA 2VEKA 2E5CA 2QCEA 4Q32A 1ZALA 3N73A 2R94A 4AEOA 1J4EA 3C6CA 1DKWA 5AYZA 1KM3A 3UWWA 3MHUA 4LVFA 1OK6A 4IX2A 4ORMA 4DELA 5KITA 4O13A 5AYXA 3C3NA 5DELA 2V30A 1TSIA 4BI6A 1G4SA 3B0UX 1Q6QA 2A2IA 3U6WA 2FQIA 1AG1O 4IUOA 4UNKA 3C4UA 5DXXA 5AB3A 3LCHA 1W8SA 1TCDA 2CZ5A 3CC1A 2WSQA 3W1AA 1DVJA 1IXNA 5J5RA 3LTPA 1W31A 1ME9A 1OX4A 3B05A 3PBVA 3TH6A 2H8ZA 4R7JA 1XL9A 4YCOA 1P1XA 4A29A 3QFEA 3W88A 1LOSA 1K8ZA 3LTYA 2VEPA 2PCQA 4LTSA 3A22A 1RPXA 3FA5A 3G1HA 1A5CA 1G67A 1JCYA 2B7NA 3BGGA 4CNOA 4UC5A 5D2YA 2FPYA 1KA9F 3M9YA 3W3OA 4O0KA 3B03A 2CW6A 3CB8A 1HO4A 3ABRA 1I2OA 4H3DA 1F6PA 4DPQA 3M47A 4UTWC 2WOQA 4JTGA 2VFFA 5BMXA 1Q6RA 3TW6A 3DAQA 3HG4A 3R8RA 2E77A 4ZZ9A 4FHAA 1XUZA 3NQGA 3NYZA 3O07A 4O17A 1KBIA 4TMBA 3GDRA 4O4WA 3L5AA 2DZUA 1F76A 3OVRA 3PWAA 4UFIA 3VKJA 3KVKA 3NQFA 3JRKA 5F4SA 1SZFA 1KM6A 1TREA 2Y7EA 3O6YX 2QJGA 3THQA 1NFBA 1TRDA 4O1CA 4EOUA 3FJ6A 3VNDA 2XN0A 1KTCA 2NXIA 5IBXC 4KKXA 1DV7A 1TV7A 3BW2A 1RQHA 5FESA 1FWWA 1YDNA 3C56A 2X2GA 1VCFA 4FF7A 5C5YA 3FS2A 1I8JA 2XN2A 1ZY9A 1OF8A 5FEXA 3CTLA 1VJIA 3HG2A 4WD0A 3VI2A 1H50A 1JJKA 4RJEA 2X16A 4GWEA 4B5NA 4IXXA 2FB2A 5DBUA 5I3KA 1XI3A 4Z1DA 2HS6A 1WV2A 2X1UA 4LV9A 4AHPA 4LRSA 5IBXA 3SGUA 3RK8A 3W6YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4L64 A;  2HSA A;  1UOZ A;  4QIS A;  4DY1 A;  2OPJ A;  1UOK A;  2POD A;  4QEE A;  2NXG A;  3M5Y A;  1TZ9 A;  3NO3 A;  1DID A;  1K7X A;  1KCL A;  4KFO A;  5ABE A;  1T96 A;  4AC1 X;  1SQ7 A;  4MJM A;  4Z2K A;  3GH4 A;  3V7P A;  4LYP A;  1TUF A;  1E6S M;  4MB5 A;  1N7K A;  4JTH A;  4PB4 A;  2E6D A;  2DOR A;  5BMW A;  3I6R A;  4KWS A;  3VIN A;  2BVW A;  8RUC A;  1Q6F A;  2F2K A;  1GW9 A;  1X39 A;  4W8L A;  2NUY A;  1LRT A;  4UB9 A;  3NJ3 A;  3S2C A;  2YXX A;  4XZW A;  4RDV A;  2FJU B;  4V27 A;  5E0C A;  4TVD A;  3CM4 A;  4W5Z A;  1XLD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1SO3A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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