1SO5A

Crystal structure of e112q mutant of 3-keto-l-gulonate 6-phosphate decarboxylase with bound l-threonohydroxamate 4-phosphate
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
LPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAKIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIQLTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYHRSRDAQAAGVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVTGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evolution of Enzymatic Activities in the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily: Crystallographic Evidence for a Proton Relay System in the Active Site of 3-Keto-l-gulonate 6-Phosphate Decarboxylase(,)
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
molecule keywords 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
total genus 84
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2004-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1so5A00
1DL3A 2A6NA 3TAOA 4QM1A 2OT0A 3DKLA 3BW2A 3W7RA 1HL2A 3W6YA 4DO5A 2JGYA 1W3NA 1D9EA 5LGZA 1KFEA 2FPYA 1T99A 4UNKA 1R47A 1UUOA 4HNVA 4K7VA 1SQ7A 2I9EA 3GDRA 3GDMA 3HBLA 1ICSA 5C55A 1YADA 2YYUA 4TIMA 2R94A 1TPH1 4QNWA 3CHVA 1OFEA 1GZGA 2HS8A 1KLZA 1JRCA 3SSJA 1K03A 1OX4B 3LB0A 3MWAA 1IXQA 3C0JA 4NZFA 2DZTA 3QF0A 3Q2DA 3R12A 2EKCA 1IXOA 3RK8A 4N9BA 4XKYA 3NYZA 2B7OA 5D33A 3B4UA 1H7PA 1FCUA 5CG7A 4M7SA 1L9WA 3PULA 2A21A 1Q6LA 3UWZA 4NZJA 1FCVA 4E2DA 4LVAA 1UCWA 3L5AA 1IXPA 4I9AA 4GWEA 1YXYA 2ZA1A 1GTHA 4UTTC 5D2WA 2GJNA 2V2DA 3THAA 3KRUA 2E09A 4S2CA 2A5HA 4O0KA 3HJZA 1R46A 4KKXA 3PUOA 4CQ9A 3LBMA 2C0AA 1EIXA 5AFDA 3ZWTA 4OT7A 3HGJA 2CZ5A 5D03A 3R5EA 3IIPA 3PSWA 1XI3A 2V2CA 1KFKA 4C1KA 4ZQNA 3GXTA 3FFSA 3TSMA 1QDSA 1SO3A 1HFBA 5K4XA 2CLFA 5E0KA 3TIMA 4FX8A 4O18A 2ZDRA 1SO5A 4XTIA 3G24A 1EP2A 3UWYA 3NPUA 2Y70A 2H3BA 2XFWA 4FNQA 2CU0A 2DZVA 3N2XA 4HSNA 4S1FA 3W72A 3D0CA 1H7WA 3W7CA 2B4GA 3S9YA 3KRZA 3GIYA 3G1AA 4WY0A 2C3ZA 1NF7A 3TQVA 5D2XA 4Y90A 4EF9A 5J5RA 1RV8A 2PRLA 3GKAA 5D2TA 1OFAA 4TMCA 4RZ5A 3C2EA 1QOQA 4UNLA 2V8ZA 4ALDA 2QAPA 3NXFA 1VH7A 3E02A 3FIGA 5G1YA 4M6QA 3W83A 1K8XA 1FCQA 4PTNA 4LVDA 2YW3A 4FEZA 4JTFA 3G18A 1WX0A 1JR1A 2F7FA 1QFEA 3NQ7A 4JYFA 3M5ZA 3STFA 5FEPA 3H54A 3U2OA 3CT7A 1R2SA 4ZQOA 4FO4A 5H2ZA 4A22A 3UWQA 3QMTA 5E93A 4EWND 3LTSA 3HIJA 5CPLA 5CKSA 3WJWA 2PURA 3IIVA 3MP3A 5AC7A 3A23A 5LNVA 1KM6A 2E6YA 3W2KA 5D02A 1KM1A 1DV7A 1G6CA 4R7JA 3LCIA 1ZAIA 3W84A 1NSJA 1KM0A 4ICNA 3V1PA 1DQXA 1GYNA 2VFEA 2ZZ6A 3VCRA 2DZXA 1RD5A 3GK0A 3DFNA 3S5ZA 4HN4A 3ZS4A 1J5TA 3DZ1A 2D73A 2JGQA 4Y9AA 1GEQA 1SW3A 3GDKA 4YCOA 1KBJA 2FPTA 3W23A 4IXXA 5CSRA 3KVMA 4DQWA 1GT8A 1UB3A 4AF0B 1YDVA 1OJXA 1K02A 4HPJA 4JYDA 4LUJA 3F03K 2VOMA 3SY5A 2RDWA 4K7YA 4LTSA 5LNSA 2Y85A 4NXKA 1G4PA 3TW7A 3OVQA 3L0KA 4WXZA 4ADSA 3W07A 2IQTA 3HGSA 3O8AA 4TR9A 3PAJA 4FB7A 2ZFAA 1LRQA 1F2JA 5D30A 4LS2A 2CZFA 5EPDA 1UUMA 4RK8A 4UFHA 3G0SA 4A2RA 5D2VA 1KM3A 2E6AA 3TJXA 4XZ9A 4N9CA 3LGEA 5HINA 4YL2A 2A7NA 2TYSA 3S0CA 3RNDA 4UTWC 3S5OA 3CEUA 3TE9A 2BX7A 3WK2A 5KZDA 3NDOA 5FF4A 4JTGA 3LTPA 2WNZA 2ZZ5A 3HG5A 2X1UA 2BXVA 4IPJA 5HJLA 1KFBA 2E6FA 1W8SA 3B04A 3CTLA 4JN6A 2BWGA 3GX9A 3NQCA 4NJHA 4Z08A 4O28A 3EX1A 3SZ8A 2QDHA 1ADOA 1EP3A 2XN1A 3MBFA 3S6DA 4O12A 2GUUA 5G5IA 3B05A 3UWUA 3W88A 4NXSA 3C52A 2ATSA 4HNUA 3GNDA 1LLWA 2E6DA 4POCA 3W7MA 3CIXA 4IMDA 1ZAHA 3LCXA 1PVNA 2ABAA 1OF8A 2Q8ZA 4KFNA 1FWWA 1TQXA 3G1DA 4JTKA 3L21A 1JJKA 5LNRA 3TMLA 3VE7A 1HO4A 4GJ1A 1R2TA 2JBMA 3FKKA 4RX0A 4N9DA 1XKYA 3L2IA 5HR7A 5K9XA 3NNTA 3DGRA 2CWNA 3EKLA 3PS7A 4PEKA 2DORA 2E68A 4R33A 3KX6A 5HQEA 3LXBA 3L5LA 4UTIA 1IXNA 5D38A 4RLIA 4MY1A 1GTEA 3PY2A 1XBYA 4BK9A 3TAKA 1LP6A 3MYOA 1SZNA 2HS6A 3P67A 3NR0A 2J27A 3V75A 2VEPA 4UCGA 3MMTA 4BWLA 2C16A 2V0TA 3IVUA 1H7RA 4O19A 3GYEA 5L6UA 1V5XA 2FQIA 3CIWA 3P80A 3BARA 4NNBA 5HUPA 3I6RA 4HHPA 4O1AA 1X6UA 2VXNA 3BW4A 1QCWA 2NWRA 2ZA3A 2QDGA 4UXDA 4CCCA 3NL2A 4O1BA 4QAIA 3L67A 1WOBA 3W7QA 4FIRA 1YXCA 1H60A 1MSSA 1GWJA 1FDZA 1VYRA 1TPC1 3H53A 3W3OA 1LDCA 1GVSA 1H62A 1LBFA 2VKZG 1EUNA 5K7JA 3O05A 5I3JA 1G67A 4O14A 5C6MA 2CLLA 5LKYA 1I45A 3SECA 3HG2A 1OG0A 2JKEA 4MUZA 5SWUA 1OYCA 4PL2A 3O06A 1H50A 5AHFA 1Z41A 1EEPA 3F4NA 1I8JA 3TXZA 1RQEA 5DCDA 3M43A 4O54A 5EMUA 1SPQA 3GDTA 3LERA 2VC6A 3IVTA 4IMGA 3KVKA 1I4NA 4FNRA 1L6WA 1SO6A 2QCDB 1PHQA 4RCXA 5D09A 3TSBA 1ME7A 4LC6A 1TB3A 1YTDA 1FY6A 3N73A 1QR7A 3SI9A 2R14A 4GUGA 2OJPA 4GUFA 4GUHA 1SSDA 4LNYA 4QJ1A 3ABQA 4DF1A 1XM3A 1CW2A 1YLVA 5GVJA 2ZTKA 4O8RA 2P1FA 2ZZ3A 3JS3A 3M44A 2QCCA 1QO2A 2OX1A 1WBJA 4UTMA 3PBUA 4M19A 4HNTA 2DJLA 2QCNA 1U83A 2EF9A 4XKYB 2CLIA 2Y7DA 1F6KA 2ZRWA 4U4MA 2YFOA 3O1NA 1C9DA 2ALDA 1P1XA 3M0ZA 4LUIA 4IX2A 3W1AA 7TIMA 4LC8A 3GDLA 4UC5A 3UD6A 3W7IA 1H51A 4W9TA 2X16A 1EPXA 3DFTA 5I3KA 2QCMA 4GUJA 4LWWA 1I2OA 1LBLA 1W0MA 2C1HA 2GQ9A 4AHOA 2Z1BA 3OVRA 3I68A 3MP5A 4LW7A 1X1ZA 4LVFA 3C4UA 2YYTA 1W5MA 3THQA 4ONVA 3EWBX 3FS2A 1GG0A 1KM2A 4UMAA 1UJPA 4H4IA 3PBWA 1MEWA 1VYSX 2ZQ0A 3NQ6A 1W56A 2EHHA 5F4WA 5FESA 1FWRA 4MFEA 5DBUA 1LCOA 5G2HA 5F1UA 5AHLA 3G1YA 5DELA 3BLEA 3OHIA 4YCPA 4JICA 3B8DA 1FXQA 3RMJA 1QPRA 1EWEA 1YPIA 3TC7A 4JGDA 3M7WA 3EX3A 4R53A 3UQNA 1XFBA 2CLMA 1OABA 1K7FA 5I3HA 1UBSA 3W85A 1PIIA 4MKNA 2C6QA 3LV6A 1WBHA 1SZEA 4UUIA 1AK5A 1L6SA 1AW5A 4KWWA 1TSIA 3M9YA 4RZ4A 2YX0A 4Q4KA 5L9FA 1H7XA 3TKFA 1XXXA 1WV2A 4R34A 1W31A 2FB2A 3G22A 5KZEA 1XBZA 3P61A 3NQEA 4MJZA 4GBUA 4WXYA 3WJXA 4N4QA 4ZQMA 3NA8A 2A0NA 3N2MA 4OV9A 1LBMA 1QO5A 1AW1A 5HWJA 2Y88A 1TPFA 4BI5A 4G1KA 1BEUA 5J5DA 4J9JA 3HB9A 2CLEA 4UTTA 3S1VA 3W1MA 2J9XA 1ME9A 3LHWA 2O7SA 3ABRA 1PCKA 2WPBA 2NUWA 3S42A 2YW4A 3OG3A 2GVGA 1HO1A 3T4CA 1FWSA 2QF7A 1QPOA 5MHBA 1JUKA 3M47A 2J9ZA 1OVDA 3S1WA 4JYEA 4A29A 5KMYA 1A5CA 3BGJA 3CQ0A 3DBPA 5U4NA 3TQKA 1KFJA 2A85A 4GUIA 2PE4A 1FQ0A 3E49A 1H63A 1XBXA 2GOUA 2CW6A 3S1XA 5HWMA 2A4AA 3NQ2A 5KINA 3W75A 4FNSA 2H6RA 3F4WA 4OGZA 3MHGA 2G5WA 3SIZA 4M6PA 1RQBA 3NM3A 1F76A 5EA9A 3LHYA 2YSWA 2FPVA 4WOZA 2UV8G 4N6EA 1GVQA 1XUZA 2I1OA 2NUYA 4LS1A 3BPWA 3QPZA 4N6FA 3EWUA 3GR7A 4X2RA 5DY3A 5AHMA 5AYYA 2X1TA 1LLZA 2WSQA 3S5YA 2E5CA 2Y7EA 4E0CA 3L66A 2C13A 4FHAA 4DBDA 1W5PA 4JTIA 4IMCA 5FEWA 1LRNA 5F2MA 3DFPA 3SW6A 3UZJA 1THFD 3B03A 3RLVA 1TPB1 4JXCA 1OFQA 2WO5A 2P10A 1VZWA 5LHEA 3PWAA 4A3UA 3LLDA 5CSSA 1ZAJA 3KVLA 2RHGA 3EB2A 2VFDA 2ZTJA 3RF9A 3LI1A 4DF2A 3E0IA 3TFCA 1F74A 3MJYA 1KM4A 4XBSA 2ABBA 3C2OA 1MEIA 1TTQA 3QEZA 3S1UA 5LNWA 3UNDA 2AQWA 1O95A 3NPWA 4C1LA 2VFIA 2V5BA 4JX4A 4UR8A 1Q6QA 4WZHA 4FX6M 2NV1A 2KZHA 3W2MA 1VCGA 3TH6A 1R2RA 1N7KA 3ELFA 1MO0A 2YZRA 4DXVA 3QH2A 1LRTA 3O07A 4DPPA 4MZYA 3IGSA 1DJNA 1S5TA 4MOZA 3CWOX 1O94A 1WOAA 4L4LA 3U8GA 3L65A 3NZRA 3KVJA 5CZ0A 2NX1A 4NNCA 2CFFA 2WKJA 4WX2A 4AH7A 1M7PA 1SW0A 5FF0A 3I7QA 4CCEA 8TIMA 2FFCA 1TJPA 2DZWA 3R13A 5FEXA 3O6YX 3Q37A 1ZALA 3LTYA 1MZHA 1IIHA 1VRDA 2W6RA 3KXQA 3TCEA 2NWSA 2XN2A 4H6KA 3UWWA 1A53A 1PHWA 2Y63A 2Q8LA 1O60A 1VR6A 2YDAA 4JIQA 3CU2A 1HTIA 4X3ZA 3B0PA 4Y6GA 1OX4A 3C2VA 2GVJA 2H3DA 4O1CA 4KWVA 1V7YA 3P5YA 4UFMA 5G1TA 5I3GA 2J24A 5BW6A 3G0UA 1FBAA 3W7EA 1OK6A 2Y7FA 3E9AA 1OYBA 1OX5A 2Y62A 1SFLA 4PCFA 2GPTA 1VJIA 4DELA 4E38A 1ICPA 1TCDA 1FWNA 3I7SA 1HG3A 1W1ZA 2I14A 5CZTA 3T55A 2ZRXA 5DLCA 4CNNA 3BO9A 1AL7A 1YTKA 1G4TA 4IPIA 2ZRYA 4NJJA 1RQHA 3PG8A 2TPSA 3EWWA 1LOLA 3C6CA 3NQAA 3P74A 4UTWA 1AG1O 4JDBA 2X30A 4JX5A 1SU5A 1JCXA 3B0UX 4HKPA 5KZMA 3U6WA 4AWSA 1JQVA 3A24A 3MHUA 1ICQA 3W7LA 1GQNA 4E2BA 5DXXA 5D05A 1TRIA 1OX6A 2DP3A 4XTDA 3UYCA 3NPXA 4KFOA 1DJQA 3UXAA 2WNQA 4WQ6A 2O7QA 2A7RA 3UY7A 3ABSA 1F5ZA 3W7DA 4Z0SA 3LDVA 1KTCA 3W7HA 5BNKA 4UFIA 3QJAA 4UTHA 5K3VA 1OYAA 1SFJA 3EWYA 2QCLA 3WJSA 1OHLA 4TX9A 3NPVA 5BMWA 1XBVA 2Z6IA 5DXYA 1B4KA 4LRTA 3W1PA 1DORA 2YFNA 1GOXA 4P61A 1K8YA 4UIOA 4X22A 4LVBA 1T8XA 3QZEA 4ZZ9A 3W7JA 3LRMA 2TMDA 4WY0F 4Q32A 3R2GA 5CPMA 1Q45A 3M6YA 2B7PA 6TIMA 4ZQRA 3A22A 1TPUA 1VPXA 1TIMA 1P5BA 1TYGA 3P84A 3LCLA 2YXGA 1A5AA 1GPWA 4OV4A 1LYXA 4AB4A 1JCJA 3CPRA 3TMQA 5F2IA 2RKXA 4JR5A 3N9SA 3TQ0A 3PBYA 3BW3A 2A1YA 3LXCA 4MY8A 1OFRA 1KM5A 3EXRA 3VFLA 4MLRA 1N8FA 4N02A 1EWDA 1PCWA 3TUUA 5TIMA 4CNOA 3GVGA 3P8JA 1TO3A 1TPVA 3W1NA 2H8XA 3G1SA 3IGUA 5LGXA 4MVAA 2NX9A 3G3DA 4AHPA 1DOSA 3NM1A 1XC4A 3PUDA 4N9EA 1QPNA 3GLCA 1LROA 4JS3A 5U7SA 1TRDA 4BI7A 4OWGA 1VS1A 2J9YA 4Z1AA 3LXAA 3KAOA 3L9CA 3CB8A 1XDLA 3HGRA 4AF0A 1SR9A 3MI3A 4N4PA 3GB6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4QM1 A;  4W86 A;  3BQ6 A;  2PDW A;  2VZS A;  1XX1 A;  2NQZ A;  2CLP A;  3GDM A;  1ICS A;  5C55 A;  2G4F A;  3WD4 A;  2VC5 A;  2R94 A;  4B90 A;  2AMG A;  4J3S A;  1RJR A;  3NWR A;  2FFI A;  4DHG A;  3AC0 A;  1KLZ A;  1JRC A;  1NP0 A;  3SSJ A;  5XIM A;  3C0J A;  2BDQ A;  2DZT A;  2WAG A;  3UR5 A;  3QF0 A;  2YA1 A;  3T8L A;  2EKC A;  1IXO A;  5TNV A;  4N9B A;  4R9O A;  3NYZ A;  2B7O A;  3VO0 A;  3B4U A;  1H7P A;  3SCO A;  4M7S A;  2A21 A;  2P3Z A;  3ONB A;  3DDM A;  4S3J A;  1IR1 A;  3TN6 A;  3APT A;  3FV9 A;  4GWE A;  1YXY A;  2XUC A;  3THA A;  5FCZ A;  4XZI A;  2E09 A;  4XZW A;  2WC4 A;  3CQJ A;  2X0Y A;  3HJZ A;  1BTC A;  3ZT6 A;  1WCG A;  4K1G A;  2F9R A;  2VDH A;  1I0B A;  4KKX A;  1RBL A;  4HSH A;  4CQ9 A;  1EIX A;  1M03 A;  4ZTX A;  1Y7V A;  3EA3 A;  4OT7 A;  2CZ5 A;  5D03 A;  1OGG A;  3PSW A;  2V2C A;  1KFK A;  2FVK A;  1W9U A;  3UG3 A;  3GXT A;  5JH2 A;  5K4X A;  2HPM A;  4XD6 A;  4O18 A;  1SO5 A;  6PTD A;  4Z42 C;  1TVL A;  1EP2 A;  4ERI A;  4C6P A;  4AZ7 A;  1EEX A;  2BVW A;  1KBL A; 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