1SO6A

Crystal structure of e112q/h136a double mutant of 3-keto-l-gulonate 6-phosphate decarboxylase with bound l-threonohydroxamate 4-phosphate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
SLPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAKIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIQLTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYARSRDAQAAGVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVTGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evolution of Enzymatic Activities in the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily: Crystallographic Evidence for a Proton Relay System in the Active Site of 3-Keto-l-gulonate 6-Phosphate Decarboxylase(,)
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 82
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2004-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1so6A00
3E0IA 2X1RA 4E0CA 1YLVA 3AO0A 3HJZA 2VEMA 1NFBA 3QMRA 3THQA 4UTWC 5HQEA 1SSGA 4ALDA 3VNDA 3RLVA 5BRBA 1VLIA 2V30A 1YPIA 3IGUA 3HG5A 2YCEA 3W72A 1W5OA 1TPWA 4I7VA 5DY3A 1LROA 1W3TA 4FO4A 4Y96A 4O11A 4JYFA 4QNWA 2B7PA 3L65A 4MUZA 4NQ1A 4O14A 1HTIA 1K03A 2RDTA 3BW2A 5HNRA 1TREA 3ABOA 4HNNA 2EGZA 1O60A 3P8IA 4UFHA 3MHUA 3S1WA 1TRIA 3QFEA 3A23A 1YXCA 1R30A 4LUIA 1GVFA 2JKEA 4AHQA 3Q94A 4JR5A 4RK8A 3LCXA 3O6YX 4O28A 4AF0B 1KM2A 1F76A 3N2MA 3O16A 3TAKA 3W2MA 2PRHA 2GJLA 3DHDA 4NNBA 2O7QA 3TC6A 3M1ZA 1H1YA 3MP3A 4ZQCA 3UXAA 3YPIA 4ZVJA 3H53A 1EP1A 4N02A 4BI6A 1GVOA 1ALDA 1X8FA 2PURA 4QITA 3NQEA 3KVJA 3RNDA 1LYXA 1YTKA 4BWLC 1YADA 3S0CA 5F4WA 5AHMA 3DFTA 5MHBA 2E6YA 3LXBA 3EX2A 1PCKA 3Q2DA 5L9FA 3B03A 1NEYA 2YYTA 2A2IA 3JS3A 3LCFA 4MY9A 2DZXA 4LVDA 1EEPA 3NQ8A 3N9RA 3LLFA 1I2QA 3W1UA 4K8EA 2ZRWA 5HWMA 3O8AA 1GWJA 1GYNA 4MLRA 4XKYA 3C6CA 1J2WA 3LERA 3L0GA 3PF3A 1HO4A 1T8XA 3CQ0A 1JR1A 2YPIA 4JTTA 3STFA 1XUUA 4R53A 3W7DA 3SI9A 2A6LA 4FNTA 2D73A 3NDOA 3QJAA 1G4SA 4FX7A 4IXHA 1SZEA 2PRLA 1PVNA 1LBFA 1W31A 1HUVA 4IMGA 2CLOA 2QDGA 3LM7A 3N34A 5AFDA 2FPYA 1AMKA 2NX9A 3SECA 2NUWA 4BWLA 5KZEA 1CI1A 2NUXA 3OVQA 1ME8A 2FPVA 4UR8A 1WQ5A 2R94A 5AN7A 3NPVA 3TMQA 1OF8A 3NG3A 2NV2A 4HNTA 3PS7A 3EXSA 3C52A 3IRDA 4I9AA 4LV9A 2CLKA 2PC4A 2P1FA 4K38A 3IV3A 3EX1A 1C9DA 3M0ZA 3EWUA 3FKKA 5G2WA 4EVZA 3LHVA 1TJPA 1YDOA 1UUOA 2V2HA 1H50A 1OG0A 4Z0SA 1BWLA 2Q8ZA 4HPXA 5K9XA 1YTDA 1TPDA 3C2FA 1S3HA 2QUVA 2TPSA 1YPFA 3HPZA 5HULA 2NZLA 3G3DA 2V81A 2VENA 3QW4B 1ADOA 3TFCA 3MMTA 5K9DA 5KZMA 4OBTA 2NX1A 3GIYA 2OX1A 3LTPA 2XN1A 4PODA 4Y6GA 4M6QA 5C54A 1I45A 5I3HA 3NQVA 1KFBA 1ICSA 3JRKA 3MUXA 3OHIA 1TQXA 4FNPA 4JGDA 2BXVA 4HN4A 5FF2A 3W7IA 2JK2A 5GVJA 2ZZ7A 3CIXA 4TX9A 1A5CA 3F03K 3DI0A 1KLYA 5F2LA 3FOKA 1MEWA 4PEKA 3WJWA 1L2UA 4FXRA 4NJJA 4O4WA 2VFHA 5G2HA 3P74A 5CPNA 3W1QA 4AHOA 3RF9A 4MVAA 1W5PA 2DZUA 3QC3A 2ATSA 4TU1A 1NF7A 4MIMA 3G0XA 2FB2A 3W2NA 2YW4A 4NVTA 4ADTA 4FNRA 1KA9F 2A1YA 2OT0A 3BG9A 2CLHA 2FQIA 5AB3A 4NJKA 1OK6A 5D32A 1WBJA 4R33A 4X9SA 5CZJA 4UFJA 5G2IA 1KFCA 2I9EA 1TV7A 4DQWA 1Z41A 3UZ5A 2NV1A 2OJPA 1SO5A 2Q3RA 3BG5A 1I2RA 1YXDA 3LX9A 4HSOA 3LRKA 1RR2A 2C14A 4FEZA 3W6YA 3PVFA 3KRUA 1OJXA 3HG3A 4H6KA 3UWWA 4QQ3A 1KV5A 1JULA 3PBWA 4O1CA 1ZCOA 4UC5A 2QF7A 2HS6A 3W7OA 3B0VC 1DORA 3EX4A 3SFKA 3W3OA 2I1OA 2H90A 2P0OA 5FF7A 5DCDA 1SUXA 3FJLA 3B0UX 2XN0A 3BARA 4BFAA 1FY6A 3LLDA 4O1BA 1OFPA 1K8XA 3GYEA 2FFCA 3P8JA 4UMBA 1F05A 3C2VA 3DFNA 3R13A 1TJRA 3O6DA 1H7XA 3HGOA 2CFFA 1LRTA 1EPXA 4AWSA 1Q6QA 1KM5A 3M43A 3NL6A 4JY9A 1FX6A 3NQAA 2DP3A 2RDWA 3TQ0A 4IUOA 1F73A 3NM3A 1K7XA 4DEFA 5F4XA 4ML9A 1Q3NA 3PM6A 3TMLA 3W7HA 5EYWA 4DPPA 3DBPA 2ZA3A 3CU2A 4X22A 2QDHA 3L67A 4O16A 1KV8A 3TSDA 3W85A 2EF9A 1KW1A 2VFEA 3TNOA 3NPUA 3L21A 1RV8A 4PC8A 1JJKA 1AK5A 1VYSX 3NA8A 4AHPA 4FX8A 4FX6M 3G1VA 5LHFA 2QCHA 4WY0A 5AHNA 4CQ8A 3SW6A 1WA3A 3NL5A 3GDRA 3M5YA 5J5RA 1YYAA 1HL2A 3EEGA 2JKAA 2UV8G 4M5PA 3P60A 2Q3OA 1GOXA 1R2TA 4U4MA 2C15A 2PE4A 4E2DA 1CX9A 3SR7A 3ZR4A 2B4GA 4QNEA 5KMYA 3O07A 4MLJA 3U2OA 4OT7A 2VEKA 1F2JA 3KHJA 3TE9A 2G5WA 3LCHA 4LT9A 4ORMA 3P61A 3UWZA 2CLMA 4UUIA 3G1DA 2BWGA 2QR6A 3QMTA 3NOEA 2QKFA 1TSIA 1GG0A 4AVFA 2QAPA 1FWTA 5DXYA 3ANYA 5CZ0A 1EA0A 1A53A 5D38A 1DHPA 1TPFA 3ZWTA 4EIVA 3A5VA 3CHVA 1QOPA 3UYCA 4AWUA 2V5BA 2Z6JA 3UWVA 1LBLA 3N2XA 5LNRA 3IIVA 3KVLA 4GFSA 4IQLA 4ADSA 3N19B 3EWZA 3W7RA 3C2OA 2JBMA 1QAPA 3P67A 3OVPA 1SO3A 5EBUA 5KSWA 4IMCA 1ICPA 3QH2A 4H4IA 4PL1A 1LORA 3RU6A 1A5SA 4N6EA 1HFBA 1KM0A 3UWUA 5LHEA 4W9TA 3VI2A 4O8RA 1VH7A 1F74A 2X2GA 1AL7A 4A21A 3I7RA 3W23A 4P61A 4GJ1A 1JUEA 4BK9A 2ZZ4A 2GVGA 3C61A 2RH9A 5J5DA 4RXGA 3PSVA 2QCDB 5K9CA 1GT8A 2JGYA 4BR1A 3W84A 5FF3A 4IPJA 1ZY9A 2QCMA 3B04A 4CQAA 3QQ0A 3UD6A 1QO2A 2BLEA 1SPQA 3LRMA 4IX2A 4UCGA 3HQ1A 3KXQA 1EB3A 4CCDA 1WAUA 3T78A 5LSMA 3M47A 1KM6A 1JCNA 1W5QA 4O1DA 6TIMA 8TIMA 1SSDA 1DBTA 3M44A 2WSQA 2A5HA 2QEZA 1OHLA 5HMSA 1GJPA 4A22A 2C19A 1AW5A 4QSHA 5AYXA 4A2SA 3PAJA 5D2TA 1OX4A 4DF2A 1J5TA 2HMCA 4LOCA 3M5XA 3V75A 2Z0IA 3O1NA 3KAOA 4LW7A 3TC7A 4JEQA 4TMCA 2V0TA 4UXDA 4I7WA 2XN2A 1TPUA 1FXQA 4NU7A 3CIWA 2E5BA 3C2EA 3A22A 1GVQA 3FIGA 3H55A 2CZ5A 2B7QA 4K7YA 4JX6A 4UFKA 4N9CA 4FNUA 5D37A 4LC8A 4HKPA 2HS8A 1L6SA 2NXIA 4Z08A 1LRNA 3N9SA 2J27A 4O57A 3LHYA 5D30A 3GR8A 5FF0A 3LV5A 2A7PA 4UTIA 3TSBA 3TW6A 1SZNA 3KRSA 3S5NA 3QPYA 3EWWA 1QFEA 1TTPA 1B57A 1H7OA 4Z1DA 2WNNA 4TIMA 3BLEA 3W9ZA 3NO5A 3GX9A 3TXVA 5I3GA 4BF9A 3G18A 1P0NA 4GRSA 1TTQA 3FFSA 3A5FA 2DORA 4X2RA 3G24A 4A2RA 3IIXA 3C4UA 2NLIA 3RMJA 1G4EA 4JY8A 4PFMA 1OX5A 5TQLA 3KFTA 2FTPA 1E51A 2V2CA 3GZ3A 4GUHA 1B9BA 1N7KA 2YW3A 4JXCA 1THFD 1VHNA 4XWUA 2E6FA 2E68A 2ZTKA 1BWKA 2OT1A 4JTIA 2E09A 4OU1A 4GXMA 5K4ZA 1ML1A 4O12A 2J9ZA 5DBTA 3TSMA 4Z1AA 1NSJA 4O13A 1KM1A 4ADUA 2QCCA 4BI5A 2V82A 5AHFA 5F1VA 3TIMA 2TSYA 1QOQA 4LC6A 4Y9AA 5F2GA 1IIGA 1XBZA 2QCLA 4O1AA 2PCQA 3HO8A 4DO6A 2WPBA 5FEWA 4MOZA 3PG8A 2GUUA 4FIRA 4P2VA 3E12A 1IXQA 2P10A 4O4VA 2YFOA 3UPWA 5LNUA 3USBA 2VFFA 1P5BA 4O17A 5K7JA 1O5XA 1UBSA 3T7VA 3GKAA 4O19A 1U83A 2NWSA 3BGJA 3BK0A 5HINA 2TYSA 2VFDA 5C6MA 3LRLA 4O10A 3M41A 2WSRA 1TCDA 3BVJA 4JTJA 3LHZA 2GPTA 1MEHA 3GLCA 4CCEA 5KINA 1SW0A 5I3KA 4ZQOA 2E5CA 1V5XA 2VC6A 3KVKA 4NX0A 1SFLA 2Y88A 3G1AA 4PCFA 3IVUA 1VZWA 4E38A 3O15A 3LXCA 2J9YA 3L5MA 3LCLA 2X1TA 1TB3A 1QDSA 2Y70A 4XBSA 1WX0A 2CLIA 1XBXA 1KTNA 3R89A 3GR7A 3GDMA 1GQNA 3CLMA 2CLFA 2LLEA 1QPQA 3U8GA 1TV8A 4NJGA 1RQHA 5IBXC 1A50A 4IWWA 3CWOX 4AMAA 4BI7A 3O05A 1VR6A 3NQ2A 2H8ZA 4JX5A 4N2YA 1LCOA 2GVLA 4K7VA 5D04C 1H51A 1XL9A 1EUNA 4S2BA 1R47A 1H7PA 2VFGA 4KFPA 3C56A 1JCJA 5LKYA 4YWIA 4MY8A 5AYYA 2C6QA 3EX6A 4LNYA 1K8YA 1NAL1 1SZGA 4MZ8A 1ICQA 4ZMGA 1MEIA 1TPB1 4YXGA 4WXYA 1CW2A 3E49A 2FIQA 3LHUA 1FCVA 1RQEA 1SO6A 1Y0EA 5BMXA 4ZL1A 3FKRA 3L2IA 1UCWA 4FIQA 1KBJA 4AXKA 2DZVA 3TUUA 5IBXA 4N4PA 1H61A 2EKCA 4KWWA 3TV8A 4LS1A 2AAMA 2RHGA 3G1SA 4N9EA 2R14A 2BX7A 3G1FA 4EWND 1RQBA 3R5EA 5CSSA 3NAVA 5A5WA 3W7MA 3BW3A 2GQ9A 4QAIA 2ALDA 1H60A 1VQTA 1ME9A 3FYPA 3WJZA 4PH6A 1XUZA 3W1AA 3L9CA 4LVFA 2ZZ3A 3NZ1A 1DV7A 3UQNA 1VJIA 5L6UA 5BNKA 2VEPA 1VHCA 2J6XA 3BLFA 1JCMP 1YDVA 4S1FA 3ABSA 1IIHA 3NQCA 4MFDA 3EX3A 4FHAA 4IX0A 4XZ9A 2ISSA 5E93A 2E6DA 4OHQA 1ZFJA 2QUUA 4CNPA 4WY0F 1GVRA 4WXZA 3SGZA 3F4NA 3NQDA 3HF3A 3TQVA 4Q33A 5EA9A 1AL8A 5FF4A 5D33A 1TTIA 1I2PA 4HSNA 3LTYA 5H91A 4RXFA 2YR1A 3W86A 1EWDA 2CU0A 4YMZA 5HJLA 1I8JA 3S1XA 4K39A 4UTHA 1LP6A 2F7FA 1VPXA 4PTNA 1ZAHA 1AW2A 2DZSA 5ABTA 4RCXA 3L68A 5FEXA 5AOUA 1TQJA 4DPQA 3G8EA 5CPMA 5CG7A 5HWNA 1WOAA 2W6RA 1W56A 5LGXA 4WOQA 3BPWA 1Q6OA 3VFLA 3SZ8A 3B8DA 4L4MA 2H3DA 4NX5A 2C18A 2DJLA 4OGZA 2ABBA 2I14A 2J9XA 2G95A 2YGYA 1SFJA 3M16A 1FCBA 1OFEA 1ME7A 1WDWA 5FESA 1XCFA 1Q45A 2C1HA 3G0UA 4NXSA 2WNZA 1KTBA 1XBYA 1XDLA 3JR2A 3ZS4A 1O5KA 5EL1A 5U7SA 2DZPA 2AGKA 4RX0A 2ZZ1A 1LBMA 3I68A 2CZEA 1OFRA 1KM4A 5LNSA 1PL9A 5LNWA 3B4UA 4ICNA 3SIZA 2NUYA 4IJBA 4R34A 4GWEA 1SZFA 4M7TA 1D3GA 1GTEA 1K02A 1ZALA 4NUWA 4DF1A 4AEOA 3QMSA 1TV5A 1O4UA 5C55A 3W7KA 2Z1BA 3M9YA 3HG4A 4NNAA 3L5LA 4LWWA 2J24A 3LCGA 3L5AA 5SWUA 4KFNA 3PUEA 2FPTA 4ZQMA 2B7OA 5AC7A 1GYLA 3EXRA 1PHWA 3HBLA 1OK4A 4KWVA 4EF8A 2W0UA 3HGSA 4HPJA 5TBOA 1K7EA 2QJGA 3ABRA 2E6AA 4FF7A 5G5IA 4RZ4A 1J4EA 4XBKA 5FI8A 4FNQA 3IEBA 3TDFA 5D2XA 1VYRA 1ZENA 1LDCA 1ZHAA 3GDLA 4UMCA 3QYQA 3P81A 4XKYB 4UMAA 4O15A 2WKJA 3TQKA 2Y7DA 3SSJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MWA B;  3E0I A;  4OOU A;  1E6N A;  3QMR A;  3CT2 A;  1B5T A;  3VND A;  2IW0 A;  3U5Y A;  2V30 A;  1YPI A;  2CNC A;  4PUM A;  2YCE A;  5DY3 A;  3L65 A;  1HTI A;  3TA9 A;  3E2S A;  3BW2 A;  4DAI A;  1TKK A;  2PP3 A;  4HA0 A;  2E7F A;  3TTQ A;  1Q65 A;  3BLK A;  3ABO A;  3QXB A;  4H9U A;  3WF0 A;  2Z1K A;  2OQH A;  2P88 A;  1E6Z A;  1VBR A;  1F4A A;  1KXQ A;  3LMY A;  2BDQ A;  2F38 A;  3QFE A;  2HVN A;  1ECQ A;  4GNK B;  2JKE A;  1B2Y A;  3LCX A;  1HJW A;  5AEC A;  3TAK A;  3W2M A;  4XX6 A;  3DHD A;  2ACU A;  2E8Z A;  4BQ3 A;  2O7Q A;  1KB3 A;  3MP3 A;  4ZQC A;  4XVD A;  4C5Z A;  2BVW A;  3PZ9 A;  1EP1 A;  1M65 A;  4J1O A;  4N02 A;  2VUN A;  1NH6 A;  3FHQ A;  1P1M A;  3NXL A;  5DRC A;  2PDJ A;  3RND A;  1NWT A;  5MHB A;  2E6Y A;  3S47 A;  2YYT A;  3NJ3 A;  3V5F A;  3AIW A;  5LXE A;  4LVD A;  5BOE A;  4B5S A;  3WEO A;  1GWJ A;  2ZE3 A;  4MLR A;  3C6C A;  1W6T A;  3L0G A;  2POT A;  3BLL A;  1HO4 A;  1T8X A;  3CQ0 A;  4ATW A;  1XIF A;  4GI9 A;  1EOK A;  4DZH A;  1ITU A;  4FX7 A;  3J7H A;  3TN3 A; 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