1SPQA

Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
245
structure length
243
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGKTKTPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Gallus gallus
total genus 86
structure length 243
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2004-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1spqA00
1GTEA 3DENA 1B9BA 3KRUA 2GJLA 1KM5A 1QCWA 5D33A 2ZDRA 3STGA 4UFIA 2Q3OA 5LNRA 1FXQA 4NZFA 2VC6A 4UTWA 3QMTA 5F4WA 2YW3A 1BEUA 2A2IA 4DO4A 5HWNA 3LCFA 4I7WA 1R46A 3QW4B 2E1DA 2GPTA 2E77A 2VELA 3NR0A 1YTDA 4JTIA 1W3IA 3WJSA 4I7VA 1LRNA 3RF9A 2WKJA 2PURA 2ISWA 2X2GA 2QJGA 4HKPA 3B03A 1MEIA 4N9DA 5CPNA 4LUJA 4MZ8A 1KFCA 1L6YA 4H6KA 4RZ6A 5HNRA 3GVGA 4RV8A 1YADA 3TJLA 5BNKA 4K8HA 5AHLA 3UXDA 4MY8A 5CZJA 5FF7A 3NQGA 4UTLA 4ORIA 1E51A 3MO7A 1RPXA 3MWAA 4JYDA 3TIMA 2J27A 4L4MA 4O13A 1LDCA 1OX4B 4O8RA 1TPFA 1XBXA 2R8WA 3G1SA 3QQ1A 4UUIA 2QUVA 3DFPA 4TIMA 2Y70A 4IJBA 1LOSA 3LCWA 4OBTA 5AHFA 3NDOA 4UNKA 2C15A 2A7NA 3LLDA 2ATSA 4N4QA 3EWYA 1J4EA 2TMDA 2RHGA 1JJKA 3S9YA 3DFOA 5E1QA 3NQAA 3GLCA 2FQIA 3LTYA 2VXNA 3VKJA 2WV8A 1GOXA 4ADUA 1JULA 3M7WA 2C13A 1OFAA 4JDBA 4OQVA 3GAYA 3TMQA 5HJLA 4JIPA 3DKLA 5DXXA 4JX5A 2NXHA 2R94A 1LP6A 3PSVA 3LHYA 3H54A 3GXPA 1X1OA 3P7YA 3G3MA 3S1WA 2ZTKA 3P81A 5MHBA 3QC3A 1I45A 5FEZA 1FCBA 2CZDA 2GJNA 1JCLA 3EKLA 2BX7A 1QWGA 2V5LA 5DY2A 4JTUA 3SGUA 3Q37A 1ZJIA 2PCQA 4RZ4A 3SY5A 4QITA 5K9CA 3NEVA 4NZJA 5T26A 3SECA 3GR7A 1YXCA 4FIRA 3U2OA 3P67A 2G95A 2YDAA 3W1TA 4DQWA 4JX6A 2QCDB 3W1PA 5A5WA 2CLFA 3OBKA 2Y89A 1JCYA 3S0CA 3MI2A 1K7EA 1LM1A 4N9BA 3R5EA 1ONRA 2ZRZA 1LRQA 4BF9A 1O5KA 4M6QA 1W3NA 1SPQA 3TXZA 1LYXA 2VEMA 2ZA1A 3W72A 3O1NA 1HG3A 2DU2A 2ZRWA 4LVAA 3IVTA 1WX0A 3C2EA 4Y90A 2PRHA 3GXTA 3HB9A 3N19B 2NUYA 3PS7A 1KLYA 3KRSA 1ZNNA 3HO8A 3UWUA 1MZHA 5AYXA 2NUXA 3SSJA 4DBEA 3LTPA 4KWWA 4O4VA 1A5CA 1TREA 5EMUA 1F6PA 3N3MA 4GFSA 4FX7A 1W8SA 3JS3A 4O54A 2CLLA 2RDUA 2NX1A 3AJXA 2B7QA 3L21A 4I7UA 4UIOA 4B5NA 4GWEA 1AW5A 5K3VA 1IIHA 2QAFA 1BWKA 4PFMA 2GQ8A 4PODA 3CWNA 3NAVA 1KFEA 3TH6A 4YCPA 2J9YA 3V75A 3W3OA 2CLEA 1VC4A 4ZL1A 2CWNA 4CCEA 3B4UA 4BFAA 3FA5A 4BR1A 2QCLA 1GYLA 3LHTA 1NVMA 1B4EA 3N9RA 3FOKA 4MFEA 1OFEA 5KMYA 1I2PA 5DY3A 1DHPA 5C55A 3HPSA 4TX9A 2Y7FA 1YTEA 5DBTA 3QH2A 4UMCA 3HPZA 4ZQNA 2X1RA 2DZWA 1F76A 2GQ9A 5FEPA 2HS6A 3QQ0A 3O6DA 4NX0A 1ICSA 3NQFA 3FYOA 1T0OA 3L9CA 2J6XA 4G1KA 1K03A 3HGRA 4ONVA 1WAUA 4O11A 1DBTA 1MSSA 4LU0A 1SO6A 1AMKA 1GPWA 1P4CA 4KFNA 5AHNA 4O0KA 2P10A 4LS2A 3IIXA 4UFHA 1FWRA 5DXYA 4C1LA 5J5DA 4LRTA 5IBXC 1AL8A 3O06A 3WK1A 1H7OA 3EX3A 1IXQA 4MFDA 5D2XA 3W7MA 3UWWA 3E0IA 3N73A 5LNVA 1AL7A 3TW6A 3W7JA 1LORA 1RQBA 4AWTA 4JYEA 1ICPA 2VEIA 5I3KA 1I2OA 1Q45A 4QISA 3HJZA 2Q8LA 1R2RA 3H53A 3DU0A 2ZFAA 3ABOA 4M7TA 2B7PA 1KFKA 1QFEA 3HGSA 4UC5A 1O94A 1ZFJA 4OT7A 4ZQPA 4NNCA 1RV8A 3BG3A 3P74A 1I2NA 3QMRA 3UYCA 1HO4A 1VGAA 3HG5A 1G4TA 5BMXA 1TYGA 4Y6GA 4C1KA 3PC0A 3SR7A 3W7OA 1XDMA 4ORMA 2Y61A 3UZ5A 5BRBA 4FNTA 1FDZA 4O10A 2OZ0A 1A53A 1N55A 5KTLA 3G1HA 3LRMA 4GUIA 2TYSA 3CIWA 1JCXA 1HL2A 3OVPA 2J9XA 3W07A 3C6CA 3DGRA 3L0KA 3F1QA 1SZNA 3V1PA 1CI1A 5LGXA 2E6AA 1SO5A 2TPSA 1FCVA 3UPWA 5G2IA 1DJQA 3EX1A 4RXFA 3LXBA 1KTBA 4ZQRA 5FF0A 3IIVA 4UTTA 3QM3A 4DO6A 3E9AA 1TQXA 1JUBA 3HQ1A 3RNDA 3NL2A 3WK0A 5AC7A 1YDNA 4RKAA 3W75A 4XTDA 4QQ3A 3CTLA 1XKYA 1QR7A 5H2ZA 4YCOA 2ZZ6A 1B4KA 3E96A 2D73A 1KBJA 3NQ7A 1CW2A 1GZGA 5E0KA 3HG2A 1QOQA 4MOZA 4LVBA 4ZVJA 3M41A 3G0UA 5HMSA 1FCQA 3PG9A 3C8FA 3W1LA 4UTWC 2YW4A 1F73A 2Z6JA 2CW6A 2B7OA 3LTSA 5K4XA 1VJIA 3C61A 1EPXA 3BLFA 5BOOA 5CG7A 3IVSA 1KTCA 1ZAJA 3KVKA 1BWLA 1WOBA 1XDLA 3W7IA 2FPTA 2J88A 5D05A 3R89A 3W7LA 5G2HA 4OWGA 3E12A 5I3FA 4WD0A 1OX4A 1G4PA 3VFLA 3G0XA 4DXVA 2RDWA 4U4MA 4HNNA 3M0ZA 2NXGA 4PTNA 2DZXA 3A5FA 3P62A 1M7PA 4EVZA 3ABQA 1T99A 2ZCGA 4NJKA 3C52A 2AQWA 3LCGA 5D2VA 1SW0A 1OFDA 1VH7A 2YSWA 3PAJA 4NJJA 4XWUA 2XFWA 1EUNA 1TJRA 3YPIA 2C18A 5F2LA 4A22A 3TR2A 5AB3A 1H7XA 1UBSA 5G1TA 5LGZA 2EF9A 2HMCA 1H61A 4M19A 1PV8A 3C2RA 2NZLA 1YPFA 1YYAA 3Q94A 1TPUA 4A2RA 4QIUA 1YPIA 3BW2A 3P61A 3NQVA 3G1AA 3W2JA 3NPUA 4RXGA 5H91A 3W2KA 5I3IA 1K8ZA 1O95A 1OFRA 3UWQA 3TCEA 2GVGA 4O1BA 3P5ZA 5K2ZA 3UWYA 3ABSA 5LHFA 3VCRA 4PCFA 4PL2A 1X7FA 2WPBA 2H3DA 3MI3A 2NWSA 4O1CA 3UXAA 4OU1A 4XQ6A 1FUYA 3C4UA 3M47A 3WK2A 2O7SA 3PVFA 3I65A 2ZZ5A 1EP1A 1UASA 3HPXA 3O8AA 4E0CA 2B7NA 3TROA 2NWRA 2Z0IA 4AXKA 1TPC1 2QCDA 4UTJA 4AH7A 3CC1A 5FF3A 4LT9A 4XTIA 2AGKA 3STFA 4CNPA 1T8XA 3U6WA 2WNNA 6ALDA 3DI0A 1DOSA 3THAA 4KFOA 1M5WA 1TTJA 4DPQA 1SUXA 1IXNA 4JIQA 1JR1A 2P1FA 3A9IA 5J5RA 1F2JA 3B0PA 4Z1AA 4AHOA 1QAPA 3MHGA 3EWXA 2FPYA 3QYQA 3MHFA 1ADOA 1H7NA 1H50A 3TXVA 4QJ1A 4HSNA 1NFBA 3F4WA 4NXKA 1N8FA 3W87A 1LCOA 1XBZA 2RKXA 1LOQA 4XKYB 4DF0A 2V2HA 1H7WA 1ZAHA 4TR9A 3LXAA 4MJZA 1U83A 3FS2A 2JKAA 5TIMA 4MPQA 3D0CA 1O4UA 4GBUA 4HSOA 4JICA 2TSYA 1Q6QA 4N2YA 1KLZA 1L2UA 3A24A 5LZLA 3DFTA 2E6YA 3GYEA 3DBPA 4EIVA 3O07A 3LOTA 2E6DA 3C0JA 4O18A 4QSHA 1TMHA 2XN0A 1F6KA 4IGHA 1K8YA 4R53A 3NQ2A 5G4EA 3CWOX 5CPOA 1P0KA 2QCNA 3IEBA 5EL1A 5AYZA 2ISVA 3WFAA 3MMTA 2ZZ4A 5K9XA 5C6MA 4IXHA 1RZMA 2CZ5A 4X2RA 2V5BA 3PBUA 2HSAA 3QPYA 4HT3A 3QF0A 3W85A 1GQNA 3BLIA 3G1DA 4OV9A 3OVRA 1EX5A 3P82A 4UTIA 4FEZA 4BI6A 1DJNA 1GWJA 3B8DA 3W23A 4UFKA 3FLUA 4AHPA 4O28A 1VLIA 1YTKA 3MP4A 5HULA 5CPLA 1WYIA 4GNJA 5G1YA 4DELA 2QAPA 5DN1A 1M6JA 3IGSA 2Y7DA 4JTTA 2H8XA 4O14A 4LNYA 1HUVA 4S2BA 3W70A 3G1YA 1A5SA 1FDYA 3FYPA 4PEKA 5BMWA 4WZHA 4IPJA 4JNMA 4MY1A 3B0VC 1PCWA 3CIXA 3N34A 1GG1A 3HG3A 2LLEA 2A4AA 3L0GA 2NLIA 3M5XA 3SGZA 1LBLA 2VEPA 5C2XA 2R14A 3LRLA 5CZ0A 1XI3A 3BW3A 2VOMA 4PA8A 1J5TA 1Z41A 2C6QA 4E38A 3BPWA 3LHZA 2Y7GA 3NQDA 4FF7A 4O4WA 3W7GA 1GYNA 4ZZ9A 1NF0A 3L68A 4FNRA 5DELA 5GVJA 4Z0SA 4BWLA 3I7RA 1W5QA 1OFOA 1I2QA 4YWIA 2ZZ7A 4AAJA 2HS8A 2QDHA 2Y85A 3N9SA 1LLZA 3MYPA 3TSDA 3QMSA 1VLWA 1MEHA 1UCWA 3DAQA 2A85A 4WUIA 4LS1A 3G8RA 1TCDA 4MUZA 4WXYA 1OX5A 2ZA2A 2OX1A 3PF3A 3DKJA 1QO5A 2Y88A 3WJWA 4JTEA 3L0NA 3TUUA 2ZA3A 3CB8A 3IIPA 2PRMA 2Y7EA 3O16A 3QEZA 4NNBA 4O16A 3IV3A 3NYZA 2CLKA 2Y63A 4M6PA 4MVAA 1TIMA 1Q6RA 3NA8A 4K37A 1UJPA 1FY6A 3EXSA 1K3UA 1VYPX 2YFNA 4UFJA 1I8JA 5SWUA 2KZHA 3RU6A 1G4SA 1PL9A 3LDVA 4UFMA 5KZDA 3GXNA 3PR2A 3QSTA 2YCEA 3C3NA 3NPVA 4HNVA 1PHQA 3PB2A 2BZNA 5IM51 3WJXA 2BTMA 1DV7A 4NU7A 1SW7A 3O6CA 2H90A 3LXCA 2YGYA 3S42A 3GDKA 3SIZA 1DKWA 4JEQA 4TU1A 3S6DA 1RVGA 3O63A 3TMLA 1R2SA 5AYYA 1Q3NA 4UTTC 3TQVA 5LNSA 3GDTA 2YR1A 2FDSA 3PM6A 1NSJA 3P84A 5U7SA 1S5WA 4M7SA 3TFCA 1EWEA 3F03K 2V81A 2J9ZA 3SZ8A 1OG0A 3T78A 3TAOA 4Q4KA 4ALDA 3KVJA 2ZQ0A 3W2NA 5FF2A 1QPOA 2R91A 4O12A 2VFDA 4JR5A 2RFGA 4O57A 1TV5A 1U5JA 4LVDA 3MW7A 5FI8A 4AWSA 3HF3A 1GT8A 2JKPA 2YFOA 1VQTA 2YPIA 3EEGA 4FIQA 4DF1A 2ZZ3A 1GVFA 3IIOA 4K7VA 5HUPA 1XUUA 2C1HA 1R2TA 1SZGA 2X1SA 4RZ5A 4JDYA 3CU2A 3RLUA 3EX4A 3HGOA 2GVLA 3LERA 4CNOA 3ZWTA 3QPZA 3R12A 4UTMA 3G1VA 4L4LA 4MLJA 1JRBA 4CLMA 1ME9A 2F7FA 3HOJA 3DHDA 3W7RA 2CLOA 3BGGA 3QZEA 1KM0A 3OVQA 1TV7A 4JN6A 2X1TA 4PH6A 1KM3A 3IVUA 1TV8A 1O5XA 2Y6ZA 5C54A 2UV8G 2ABBA 1FWSA 1W5OA 3BV4A 3QRHA 3EKZA 3P8IA 1AW2A 1FDJA 2BWGA 5CZSA 4UFLA 7TIMA 3LI1A 4GRSA 4XUGA 1S5TA 4JY9A 1GVQA 1TTPA 1UB3A 1SFJA 3EB2A 5EBUA 4NUWA 3S5YA 4RR4A 3TE9A 5CSSA 3KOFA 4LC6A 4LOCA 2J24A 3W1UA 3PUEA 1G7UA 4Y8FA 1VCVA 4IOTA 1LZOA 2B4GA 4Y9AA 3E49A 2YYTA 1G4EA 1R47A 5HQEA 2YZRA 4N02A 1HO1A 4NJHA 1FWNA 2O7QA 2WSQA 5FEXA 2CZFA 2NUWA 1SQ7A 2OT0A 3MYOA 3NM3A 3FEMA 1LBMA 2A1YA 1SU5A 3B05A 2DZUA 1GVSA 4AB4A 2ZRUA 3M6YA 3W1RA 1BKSA 4UMAA 5D03A 2V2DA 2C0AA 2ISSA 4BI7A 3QFEA 2WJZA 1GTHA 1N7KA 4JTFA 1WDWA 3SJ3A 2VFIA 1SO3A 1VPXA 1KW1A 1KFBA 4XBSA 4FXRA 3HMJG 4LVGA 4XKYA 3NL3A 3DXIA 1FXPA 2E6FA 3C2VA 4JTSA 2WNZA 3FFSA 4WY0A 3W7KA 4M5PA 4P61A 3F4NA 5G2WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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