1SQ7 | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGLWATPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Gallus gallus
publication title	Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	87
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2004-03-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1sq7A00

1IXQA 2BZNA 3IV3A 1PL9A 3NXFA 4AEOA 4HNNA 4WXYA 3W1MA 3W2JA 3MMTA 1KV8A 1VZWA 1WBHA 2ZRZA 1CX9A 4O4VA 3TMQA 2J88A 1ICQA 4XQ6A 4UFHA 4O57A 4XTDA 1LRQA 1H50A 3UPWA 1W8SA 2J6XA 1X7FA 1TPWA 1TPEA 3NZRA 3TW7A 3WFAA 3TSDA 1W5NA 2ZZ3A 1YTDA 3FKKA 3HJZA 4CLMA 4GXMA 4LWWA 1H1ZA 1G7UA 1KM1A 3LV6A 1BKSA 2BX7A 4LS1A 2VEKA 5LNWA 4A29A 4QQ3A 5G2WA 4Z0JA 1WQ5A 1DVJA 5I3GA 2TSYA 3UWQA 4KFOA 5AFDA 1BWLA 1VYRA 2EPHA 4EVZA 2C1HA 3GDKA 4NUWA 3NQ6A 3LXAA 4M6PA 2DU2A 3LOTA 1KBJA 3STEA 3B0UX 1LM1A 3W07A 4FX7A 2YFNA 5HINA 3C2VA 4D2JA 1LBLA 1C8VA 5L9FA 4LRTA 1GG0A 1LRTA 1LRNA 2C14A 4UTKA 1BTMA 5G2IA 4CCDA 2FPTA 4MIMA 2C3ZA 1I2PA 4MYXA 5G4EA 1LOLA 1MSSA 4O12A 3HGSA 2B7OA 1YDVA 1SO6A 3H54A 3P62A 4M5PA 3NL6A 4JTHA 3C0JA 1KM6A 1S5WA 3QQ0A 3OVPA 4UTTC 2OT0A 3G0XA 2ZRXA 4LTSA 1SFJA 3P81A 3O6DA 4JIPA 3TK7A 5EKYA 3DKLA 5AHLA 1YXDA 4UTTA 4C1KA 1EA0A 2B7QA 3F03K 4RKAA 3C2FA 5DCBA 3QZEA 3I68A 3W71A 4AWTA 3EX1A 2QCNA 3NL5A 3DXIA 1H7NA 3NQVA 2GPTA 1S5TA 4PFMA 3PY2A 2C6QA 4NNAA 2WO5A 4WJEA 4UTWC 2WQPA 3ABSA 3LHTA 4K6AA 2W6RA 4CCCA 4KKXA 4QISA 3LB0A 1MXSA 4S1FA 2PC4A 2YCEA 1O94A 3CC1A 4UTWA 3TAKA 5LNUA 1X1OA 1M6JA 3MO7A 3MW7A 3NEVA 2GQAA 3UD6A 1KM5A 3HGRA 3KX6A 1TTIA 1PE1A 1R46A 4O1BA 4QIUA 1IGSA 5U4NA 1N55A 4IOTA 4N4PA 1DOSA 3HPXA 3A24A 2V82A 2J27A 1EP3A 4O8RA 5KTLA 4UR7A 1XBXA 1PS9A 3PBUA 3ZWTA 3TH6A 4WOZA 4GRSA 1T0OA 5FI8A 4AXKA 4TX9A 1TV5A 3G1HA 5LHFA 1OF6A 3TXVA 1QAPA 4HKPA 5EY5A 4JTKA 4R53A 5CPMA 3M44A 2RDTA 5AYZA 5D05A 1VGAA 1B4KA 4UUIA 2QCMA 5HR6A 3MUXA 3M7WA 4XTIA 2RH9A 5BW6A 3S1XA 2A7RA 2VFEA 1FWTA 3TDFA 4ADTA 1T8XA 2J9ZA 3L21A 4DELA 5AC6A 5F4XA 2DORA 2BTMA 1FBAA 2Q3OA 5D2TA 3WK0A 5ABTA 2VEMA 3E12A 1YDOA 1PCKA 1K8XA 2NUWA 4BF9A 2WNNA 3S5NA 5HULA 3GZ3A 3QF0A 2CLHA 1ML1A 2C19A 3RLVA 1F74A 2I1OA 1FWSA 4JIQA 3G1SA 4LRSA 1TTQA 5LKYA 3PBWA 4H4IA 4IMFA 3QFEA 5I3HA 1KFLA 4K7VA 3E0IA 3M9YA 4MVAA 3SJ3A 3N9RA 1NSJA 3A23A 2RFGA 2F84A 1WDWA 1FX6A 1N8FA 1W0MA 4CCEA 2C15A 2CZFA 3EWXA 1BWKA 3L67A 3VNDA 4NJIA 2E77A 1HUVA 4NVTA 1TCDA 3B4UA 3ELFA 1ZAJA 4XBSA 3TU9A 3HOJA 3O6CA 1I45A 1K8YA 1TMHA 1JCLA 2LLEA 1K7FA 4O1DA 4QITA 1WV2A 3EEGA 1TPH1 3S9YA 4NX0A 1G6CA 3NQ2A 1GQNA 1H1YA 2V5LA 2ZTJA 1B57A 2DZWA 4DF2A 5CPNA 3W83A 2TMDA 3QEZA 1Q45A 5C5YA 2GJNA 3QH2A 2WNQA 4M7TA 4MKNA 3LRLA 4GUGA 3KRZA 4QNEA 1YXCA 3NPVA 2A4AA 3HQ1A 3O07A 3TFXA 3PSWA 1XDMA 5FESA 3EWUA 5KZEA 4ALDA 1FY6A 2UV8G 2E5CA 1K02A 5I3IA 2B7NA 3P80A 1I8JA 3ZFHA 5F1VA 1P1XA 2VFGA 1L2UA 1Q6LA 4YL2A 2Z6JA 3CM4A 4ZZ9A 2VFIA 2ISSA 1TRDA 1KFJA 3G3DA 3TROA 3W7KA 2NXHA 3A9IA 2QDGA 1B3OA 4N9EA 1OFBA 5U7SA 5HR7A 3B0VC 2AGKA 1OABA 3UNDA 4KWWA 1LZOA 2JGYA 6ALDA 3P61A 4BI6A 2GJLA 2ZRVA 1Q3NA 3INPA 3NG3A 3EKLA 4PCFA 4ML9A 1QWGA 1GYNA 4DPQA 3GLCA 5D09A 1YADA 2ALDA 4Z0SA 3W23A 3BPWA 4NU7A 5HWMA 1E51A 3LXBA 1FCBA 1KW1A 5D33A 1A5AA 5AC8A 4YCPA 4LV9A 1A5CA 5FEZA 1F6PA 1RVGA 4DO5A 2E6AA 3G8RA 3NM1A 1G4EA 2Z0IA 1WYIA 3LBCA 4M6QA 2VFFA 1VHNA 3LCFA 3UYCA 4FX6M 1VYSX 4K7YA 4O1AA 3TCEA 3U6WA 3EWBX 5G5IA 1GVFA 1J4EA 2WNZA 2V2CA 5C54A 2QCLA 3NAVA 1KV5A 1OX6A 1GOXA 1EWDA 4O19A 3LX9A 4EF8A 3FA5A 1U83A 1VHCA 2V81A 4H6KA 4GC4A 5DBTA 3FJLA 1OX5A 3NPUA 3TIMA 3N9SA 4GFSA 1GVSA 1ME8A 2ZA2A 1YPFA 3GYEA 3AO0A 3NQCA 4ZL1A 4GBUA 4AVFA 4JTFA 2ZRYA 4PEKA 1SU5A 3P8IA 4FNTA 3EWZA 1TYGA 4P2VA 3IGUA 5LNRA 4OT7A 3C6CA 2PRMA 1LP6A 1ZALA 3W7MA 1OG0A 1M5WA 3IIOA 2I14A 1XDLA 4O16A 1QDSA 3W7NA 3NQGA 5MHBA 3IVSA 2GUUA 5CPOA 4HT3A 1HL2A 3QYQA 4LVBA 5K4XA 1AK5A 5FF0A 2H8XA 3BLIA 2AQWA 3IIXA 2C18A 4BWLC 2PRLA 1G4TA 1IF2A 2P0OA 1LOQA 4LOCA 4JTUA 4BWLA 3S8HA 3G1XA 1CW2A 2TRSA 3GNNA 1JUKA 4RZ4A 3G0SA 3QMSA 3TUUA 2A6LA 3S1WA 5AB3A 2JBMA 3W22A 3M47A 3DFQA 2EAWA 4OU1A 3M41A 1WBJA 1VQTA 2VC6A 2H8ZA 5AHIA 1G4SA 1OYCA 4HN4A 1SQ7A 1UUMA 3PB2A 4JTSA 3S5ZA 1G67A 1RV8A 4M19A 4PODA 3W7IA 2X16A 1SR9A 1VLWA 2A85A 1W5MA 3C4UA 3PG8A 1HFBA 3HGJA 3R12A 4BI5A 3GR8A 4HNTA 3FYOA 5AHFA 5K7JA 1C29A 2DZSA 4KWVA 3W70A 3NM3A 3FFSA 4ZQCA 1XM3A 2RHGA 1O5XA 3PUOA 3FS2A 1GVQA 1R2SA 1TJRA 1YPIA 5EBUA 2X1SA 1I2OA 1AL8A 3M5YA 4IXHA 3M5XA 1TV7A 4O52A 3ATYA 3EWYA 4DXVA 1YTEA 4TR9A 1Z44A 4IGHA 2NX1A 2TPSA 2ZFAA 2A5HA 3WJSA 1ZCOA 2CZDA 3VKJA 1L6SA 3W86A 1VCGA 1W3IA 1FWRA 1QCWA 4MY1A 3W2LA 3LTYA 1H7RA 3N19B 4M7SA 2J9XA 1W5OA 2QCFA 5LNSA 2OX1A 1GYLA 1ZENA 2A1YA 3DI0A 4XBKA 4NNCA 5BNKA 1WAUA 3ABOA 3MHGA 3NQ8A 2E6YA 3MWAA 1OFOA 1Q6OA 4HHPA 1W3TA 2HS6A 3HBLA 3LGEA 4IMCA 1RQHA 4QJ1A 3LCHA 3UPBA 4S2CA 4EOUA 2QEZA 3G1AA 1QOQA 3ZWSA 3PULA 2YXGA 3L65A 1TPDA 5D38A 1WOAA 1YDNA 2QR6A 3NL2A 3DFOA 1K7XA 3BLEA 3QC3A 3W7GA 4Z1DA 1EP2A 2J9YA 3G1VA 7TIMA 3S1UA 1SZEA 4JX4A 3MP4A 1OF8A 2B0MA 2ZZ2A 2XN2A 1SW0A 3OG3A 2VKZG 1VR6A 4I9AA 4NJHA 2FFCA 3W7HA 2J24A 1TQJA 3GB6A 1FUYA 1LTDA 1TV8A 3EXTA 2EGZA 3STCA 1OFPA 1NAL1 4WXZA 5BOOA 1QPOA 2AAMA 4FNPA 3NL3A 3G1YA 3FIGA 3TQKA 1F73A 2ZYFA 4LY8A 4JN6A 3TW6A 3G8EA 3TQVA 1KM4A 2X30A 3GIYA 5FEWA 2A7NA 3W7RA 3M6YA 1G69A 3QJAA 2H6RA 3TSMA 2YFOA 4UC5A 5CSSA 2VOMA 2ZBTA 3GDMA 4DF1A 2JKPA 1GJPA 3HPSA 2NX9A 1OK6A 1FDZA 5D30A 1NF0A 3PUDA 1K7EA 3LXCA 3GAYA 1JCYA 5KMYA 2YW3A 2CLLA 4CQAA 4O14A 1TTJA 2ISWA 5BMXA 2NV1A 2O7SA 1W1ZA 3SGUA 1KTBA 3SZ8A 2GOUA 3HG5A 5CZTA 1O60A 3TQ0A 2QCCA 1SZGA 4NNBA 5LHEA 4LNYA 2XFWA 1FQ0A 1EUNA 5DCEA 4IMGA 4GUHA 4R33A 3W1TA 2WSQA 2CLFA 4YLWA 4LVFA 2PRHA 3A21A 4YWIA 3JS3A 3SECA 2KZHA 3T44A 1VCFA 4POCA 3CEPA 1XL9A 2ABAA 4ZVJA 3TC6A 3BLFA 2R91A 3UY8A 3LHZA 4BK9A 5AOUA 1KTNA 3SIZA 4K39A 5E93A 4RR4A 4O53A 3NQAA 4XKYB 1JRCA 1R2RA 2Y7GA 4JY8A 2C0AA 3SW6A 5EPDA 3W1QA 3LHYA 2PE4A 3UWYA 2RDUA 2GVGA 3W1LA 2JKEA 1DBTA 3WJXA 3MJYA 4XUGA 2CU0A 4IMDA 5DBUA 4A21A 1WX0A 3B05A 3SY5A 1H62A 3I7SA 1FDYA 1TPUA 5I3JA 3ANYA 3OIXA 4WOQA 4UFIA 3NA8A 3G18A 1HTIA 3CPRA 4O15A 3MI2A 2A2IA 2VEPA 3DZ1A 3LI0A 1JRBA 1PV8A 3R2GA 5A5WA 1ICSA 2ZA1A 3FLUA 2Q8ZA 2QCGA 1TREA 4ADUA 4LW7A 3UZ5A 5KSWA 4N6FA 4ZQPA 2TYSA 4NT0A 1EX5A 2RKXA 2EHHA 3L66A 3W76A 2QUVA 4LVAA 1ZNNA 3P5YA 4ORIA 5CGQA 2YR1A 3NQMA 2GQ8A 3TSBA 4O11A 1L6WA 5TBOA 1KLYA 4L4MA 3L0GA 1W56A 3IEBA 3W72A 2X1UA 1A5SA 4GWEA 4LVGA 4UTHA 4FNUA 4XKYA 2GVJA 4AHOA 3L2IA 3QRHA 1U5JA 3WK2A 4BFAA 1SFLA 2JK2A 1AL7A 1H7PA 1MZHA 2R14A 2JKAA 2E6DA 1VCVA 3U8GA 1H51A 3BW2A 1KFBA 1F7BA 3QMRA 1O5KA 1DJNA 3N2MA 5IM51 3E02A 5D04C 1RD5A 4OV4A 1JUBA 3LTSA 1H61A 2ATSA 2CLMA 5F2MA 3W84A 1H7OA 3PBYA 1IXPA 3OVQA 2HTMA 1SO4A 2WV8A 4XWUA 4MZYA 1W31A 4XZ9A 3C3NA 5HWNA 4HPJA 5LSMA 4FNQA 4JTGA 4X2RA 5AYXA 1QOPA 4WZHA 2YPIA 3NR0A 4K38A 1A50A 2CZEA 3DGRA 2D73A 5DXYA 3CIXA 1L9WA 3W1NA 5KITA 1DORA 3N14A 3MI3A 3I65A 1TB3A 3ABRA 2ZZ1A 1TSIA 6TIMA 3DI1A 3BK0A 4OE7A 5AYYA 1QO5A 1KA9F 4HIBA 3VI2A 3OHIA 3R13A 3W7LA 4RXGA 4MUZA 3UWZA 2QCHA 1ADOA 1MO0A 4Z08A 2DZTA 1UUOA 3MI6A 1Q6QA 3HPZA 3IVTA 5KINA 3KRSA 1MEWA 3QMTA 4AB4A 4N9CA 3VE7A 1TPVA 2VELA 1AW2A 5CKSA 3L9CA 2Y6ZA 1F76A 1B9BA 1KFEA 4TO8A 5AHNA 1R30A 4K36A 3WK3A 3NGJA 3MHFA 3IRDA 3NZ1A 1SZFA 4GJ1A 4DO4A 1OX4A 2YX0A 3CTLA 4AAJA 4ZQRA 3KRUA 3M5ZA 5I3KA 4WD0A 2A0NA 1QO2A 3R8RA 1W37A 5HUOA 4MY9A 1SW7A 1KBIA 1HO1A 1F6KA 1TRIA 5FEPA 5DLCA 2G97A 3NPXA 1NF7A 3MHUA 3BG5A 3DAQA 4R7JA 3W2UA 3G22A 3P67A 2V8ZA 3W7OA 1GG1A 1LCOA 3M1ZA 1S3HA 1ME9A 5AN7A 2QAPA 1DV7A 5KZMA 3NQ7A 1ZFJA 3KAOA 3O63A 3T4CA 4RXFA 4JR5A 2ZQ0A 3IIPA 1SSGA 3B04A 4ZQMA 4GUFA 4QM1A 5FF4A 3PUEA 3Q94A 4ONVA 4LUJA 4WY0B 3D0CA 3PSVA 3TJXA 5H91A 3LM7A 4AMAA 2NUXA 1VLIA 4RJEA 3L68A 3KVMA 5CSRA 1IIHA 4O17A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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