1SQ7 | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGLWATPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Gallus gallus
total genus	87
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2004-03-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1sq7A00

2FB3A 5HULA 3TE9A 2V2CA 3ELFA 4CQ8A 3S5NA 4LRTA 3PB0A 4PA8A 1IF2A 3QMRA 1I2QA 3LLDA 3PBYA 3QQ1A 2WPBA 1MSSA 3DFNA 1S3HA 1FWWA 1ZAHA 3JR2A 1SPQA 1DV7A 3TAOA 2E68A 1H5YA 3ZR4A 3NOEA 1VPXA 4O14A 3NQVA 1VH7A 5HWJA 3BLEA 1Q6OA 4FXSA 1SSDA 4GC4A 5D2VA 1LBFA 2BSLA 3GLCA 3MP5A 3NM3A 3TMQA 3Q58A 3C2VA 1SQ7A 3P61A 4JR5A 1K7FA 3EX1A 3DI1A 3W86A 4JYDA 2GQAA 2P0OA 1F73A 3TCEA 3CWOX 3C52A 5K3VA 5FF2A 1Q6QA 5D32A 3M5YA 1K8YA 4GE8A 4IGHA 3VCRA 4JEQA 1WXJA 5DXXA 4YCPA 1TIMA 4UTLA 3LXBA 3UNDA 2Y7DA 4O11A 1B4KA 2NXIA 2Y7FA 5FF4A 1JCNA 1IGSA 1PHWA 4LC6A 5DCBA 1C8VA 4K7YA 3EXRA 2CLMA 5G4EA 4GUHA 3NQCA 4IMCA 3B8DA 1TREA 1W56A 2WO5A 1FCVA 1YTDA 3N14A 1LYXA 4FNSA 4JDYA 5I3FA 5I3GA 4NX5A 1E51A 3MI3A 5HUOA 5KZDA 3E0IA 5T26A 4O4WA 2VENA 2PC4A 3JS3A 1TB3A 4K8EA 4A21A 4NNBA 5LNWA 5KSWA 4N9CA 2JK2A 1X6UA 1VYPX 1BTMA 1GTHA 5FF7A 1FBAA 3TNOA 3OVQA 4AWUA 3TKFA 1FQ0A 2QUVA 1G67A 5F1UA 4IOTA 4FHAA 2GQ8A 4UCGA 1KM2A 2A85A 2YSWA 3QMTA 4NJHA 2FPTA 5K4ZA 3ANYA 3W7GA 3KRUA 2QJIA 5AHLA 3MBFA 2QAPA 3BGGA 4HPXA 3H54A 2B4GA 4UIOA 1W31A 4HPJA 1LP6A 1OABA 1AL7A 1OYCA 1F74A 3TXZA 4Z0SA 4HNNA 1RV8A 1TTIA 1D9EA 3G1HA 5LGZA 2NWRA 1RZMA 1PL9A 5CG7A 3FOKA 2VEKA 1K8XA 2C13A 5AYYA 3IIPA 4IX2A 2GPTA 3LTYA 3LXAA 4LVFA 3UWUA 4O1CA 1R30A 3KRSA 2E6DA 4MFEA 2WOQA 4AHPA 4MZ8A 1DJQA 3TH6A 4K8HA 1A5AA 2Y63A 4NNCA 2B7NA 1H7OA 4YCOA 3DH7A 1WAUA 1WBHA 2FLIA 2WNQA 5EPDA 2FPVA 3O07A 4J9JA 3B06A 1JRCA 1K03A 2V8ZA 3QQ0A 4GBUA 4KWVA 4UR8A 1VR6A 3CT7A 3STGA 1G6CA 3L21A 3LDVA 4QQ3A 1VCVA 1YXDA 4DF0A 3LB0A 3NL2A 2VC6A 3W73A 1TPDA 3DFOA 3KVLA 4RXFA 1XBVA 3NQFA 3T44A 1QO2A 1T8XA 5IBXC 1H1YA 4O17A 4RX0A 4N2YA 4OGZA 4HSNA 1KTBA 4P2VA 2Q3RA 3HG4A 4LC8A 3S0CA 4TMCA 1G7UA 3G1AA 1JR1A 1GVFA 3EKZA 1JRBA 3O6DA 5F4WA 1HO1A 4C1LA 1X7FA 5K7JA 3EWUA 4HKPA 5CPLA 1K7XA 4N4QA 3INPA 1OFRA 2RDTA 5D37A 4H6KA 4U28A 4BI7A 4UFJA 4K38A 5AN7A 1TV8A 3IGXA 5F4XA 1FDYA 1GG0A 3QSTA 1SFLA 5CPNA 1CW2A 3FYPA 3TQKA 2CZEA 1DBTA 4ZQCA 2CW6A 3W7EA 4ORMA 5CZTA 3LLFA 3NQ8A 3WJXA 1ME9A 4WZHA 1KFKA 3T55A 2B7PA 3DXIA 3HIJA 4TIMA 3QFEA 2FIQA 3GX9A 5F1VA 3THQA 3W7IA 3KVJA 3STEA 4XQ6A 1SO3A 1Q45A 4JTLA 4JDBA 3PB2A 2FB2A 4UUIA 5EL1A 3OA3A 3GDMA 3NO5A 4GNJA 5IM51 1K7EA 4AB4A 4M6PA 3D0CA 3UPWA 4EVZA 3DFTA 1H1ZA 4UTIA 2EF9A 4WY0A 3P5ZA 1VCFA 3PG9A 5CZSA 2ALDA 5G2WA 3W1LA 3LTSA 4FNRA 4O19A 1JCMP 2E1DA 4JYFA 4GUJA 1NVMA 3W1NA 3L5AA 2ATMA 4XBKA 4LOCA 1AW1A 3TFCA 4KFOA 1SR9A 3GR8A 3BLFA 3LI0A 3PAJA 4WY0B 4WUIA 4O1AA 3B05A 4LVDA 3NR0A 4RR4A 3P5YA 1TTQA 1AMKA 2YDAA 5D2YA 1ML1A 4JD4A 5KZMA 3TSBA 3LCWA 4UC5A 5D2XA 1QO5A 3DZ1A 1IIHA 3MJYA 1ICSA 3W7KA 3KHJA 4LU0A 3NG3A 4ONVA 2X1SA 5CZJA 3TU9A 1OX6A 4HNUA 5C54A 3C56A 3LV5A 2QCNA 3NDOA 4JTGA 3GAKA 4NNAA 3GDLA 3SI9A 3TW6A 4W9TA 2HS8A 4LUIA 4GUFA 3WJYA 1W0MA 3HOJA 4FIQA 2WSRA 4NUWA 3HF3A 3MI2A 3B0VC 1VYRA 3KVKA 3QYQA 2GJNA 5AHIA 2E6FA 3YPIA 2H8ZA 2QF7A 1XL9A 3L66A 4YWIA 1KBIA 1VRDA 4MY9A 4K7VA 1TPB1 1V5XA 2OZ0A 1T99A 2R91A 3IVUA 4UTTA 1EPXA 2VEIA 3F03K 2YXGA 3NZRA 1GTEA 4XUGA 1DJNA 1XKYA 4FX8A 5I3IA 3UWWA 1PIIA 3GR7A 1G69A 4JTFA 1RQEA 2OT1A 1FCUA 4XTDA 2D73A 1KBJA 3P80A 3C61A 4GWEA 4FEZA 3STFA 2J9YA 1AW5A 1X8FA 5AHEA 1O5KA 2W79A 3BG5A 3W70A 3O06A 3SFKA 2ZRYA 2AAMA 3BW3A 2GVGA 3N3MA 3G0SA 3BO9A 1W37A 2AGKA 3EX3A 1VHNA 3W07A 4OU1A 4IPJA 3O6CA 1QNVA 2Y7EA 3HG3A 1EIXA 4POCA 5K2ZA 1ME8A 4IMFA 4MPQA 1SW7A 2DU2A 2Y6ZA 4LVBA 4MKNA 1JVNA 4NZFA 1NSJA 1XI3A 1RD5A 2Q3OA 5D03A 1TCDA 4UMCA 2QCCA 3CWNA 2BX7A 1YYAA 4HT3A 4MYXA 5D2TA 2A0NA 4AHQA 5C2XA 2RKXA 3IRDA 5K9XA 1VGAA 4AH7A 1TTJA 1WQ5A 3M0ZA 1WOBA 3TUUA 3S6DA 1GZGA 2IQTA 3HPXA 2YGYA 2QUTA 3B04A 1MEIA 3LBMA 3G18A 2Q8ZA 4UFHA 2Z0IA 2C6QA 1KFBA 4EIVA 4L4MA 3E02A 3UXDA 2EHHA 3W87A 3MHUA 3A22A 3W7DA 4Z1CA 2GVLA 3BPWA 2ZQ0A 1W5MA 4I7UA 3TV8A 1H7NA 1CI1A 1LDCA 3LHTA 3OG3A 5L9FA 3T7VA 4O12A 4AWSA 1M7PA 1ICPA 3O16A 3OIXA 4UTWC 2QKFA 3E9AA 2EGZA 3HGOA 1KFEA 4RJEA 4XWUA 3ZWTA 1OFQA 2ZZ2A 4O1DA 2YW4A 1DKWA 1LM1A 4BK9A 3HPSA 4MZYA 2Y7GA 3V1PA 4PODA 2CLIA 2CZ5A 2NV2A 2QJHA 4M6QA 2ZZ5A 4LTSA 3M47A 3Q37A 4ZMGA 2ZA3A 3QZEA 4WXZA 4A22A 1L6WA 4H4IA 5FI8A 3ABSA 2QDHA 3BG9A 3L5MA 1FUYA 3CQ0A 5DBUA 1EUAA 2CU0A 5C5YA 1TQJA 4IMDA 2QCHA 2TSYA 2VFIA 4LV4A 2Z1BA 4AHOA 3MP4A 3SZ8A 3Q94A 4Q33A 4WY0F 3O63A 2GQ9A 4FIRA 3LCXA 3S1UA 4N6FA 3S5OA 3P7YA 3LTPA 1F7BA 3GVGA 1M6JA 4RV8A 3VNDA 5FEWA 4AVFA 1H62A 4ZQMA 5HR6A 4HSOA 3FJ6A 5FEZA 1TPH1 2NUXA 3W2NA 5K9CA 1EEPA 4O0KA 5I3KA 2ZZ1A 3WJSA 1O4UA 1I2RA 3W76A 2VEPA 3LRKA 2PURA 5F2MA 1PHQA 4NXKA 1W3IA 3T78A 2J9ZA 3IVSA 3TMLA 2ZA1A 4IMGA 3HGJA 2F84A 1SFJA 3QEZA 4UTJA 2ZTKA 2DZWA 4MOZA 1WX0A 3PY2A 5EYWA 1UJPA 3ABOA 1DHPA 3IGUA 4O10A 1VLIA 3KRZA 4E0CA 3L0KA 2J27A 3QW4B 3E96A 4XZ9A 4OBTA 4BI6A 3R8RA 1FWTA 4ADTA 2NX9A 3MP3A 2H3BA 3U6WA 3GDKA 4DPPA 1TO3A 4EF9A 3O05A 3NPVA 1XDLA 1A53A 4M7SA 3CPRA 5HWMA 2V2HA 1EA0A 1OFAA 2HMCA 1H7XA 4DXVA 1GT8A 3EX2A 3UWVA 1JUKA 3FA5A 3SGUA 4ICNA 2ZFAA 1GVSA 5AHNA 3W2KA 2NXHA 1LRTA 1LTDA 2B7QA 3P62A 4UTHA 3EXSA 1ME7A 1IIGA 4O53A 3VE9A 1KFJA 2QR6A 3B03A 2QCFA 4MY1A 3T4CA 1P5BA 3L5LA 3TJLA 1TPEA 7TIMA 4FX7A 1F5ZA 5DLCA 1KTCA 1EP1A 3KFTA 3HBLA 1UUOA 1Z42A 3R2GA 4H3DA 3G1SA 3KAOA 2O7SA 3W1MA 5A5WA 5IBXA 5EBUA 3EWWA 2ZDRA 2DZXA 3CEUA 4R34A 3N19B 1CX9A 5G2IA 5E93A 3OVRA 1SW3A 1QR7A 1TQXA 2FTPA 1XCFA 1UCWA 3W7RA 4KKXA 1H60A 3PBUA 3M16A 4O57A 5U4NA 4FF7A 2HSAA 4DF1A 1MEHA 3GXPA 2Y85A 4I7WA 3I7SA 3FLUA 3S8HA 2DZTA 3NQ2A 3ZWSA 6ALDA 4Z0JA 2C14A 3ATZA 4ML9A 2O7QA 3G1VA 4ORIA 3VFLA 3AJXA 1KV5A 4UFMA 1TPVA 5AHFA 1MEWA 2AQWA 4PL1A 1OK4A 1SU5A 1IXOA 2ISWA 5DBTA 4RXGA 1HTIA 1OG0A 1L2UA 4I9AA 1WA3A 2Y61A 4RLIA 3M41A 4A2RA 4OWGA 2QJGA 3KVMA 4MLJA 5DCDA 5LHFA 3VE7A 2ZRXA 1XFBA 1H61A 4LUJA 4YLWA 1KM0A 2X1RA 4PTNA 3BG3A 3DHFA 4Z1BA 4Y90A 2Y62A 3TQVA 2QCGA 2XN1A 3A9IA 3EX4A 2WV8A 3TA6A 2PCQA 1P4CA 4UNLA 1A50A 4WD0A 3SSJA 1KW1A 2PE4A 4CNPA 2DZUA 4GRSA 5TQLA 1O60A 3S5YA 4LS1A 4NJIA 3SIZA 2UV8G 3PR2A 5G1TA 5EKYA 5HR7A 4JX5A 1S5WA 3F4NA 3G8RA 2ZBTA 4OQVA 4RK8A 4YL2A 2EAWA 3GZ3A 2DZPA 4R7JA 3CIWA 3LHYA 3T40A 4NJJA 3DKJA 3VI2A 3GNDA 3C0JA 1JULA 3M9YA 1LOSA 5I3HA 1TV7A 3HO8A 3R5EA 1RPXA 3DFPA 3UWQA 1HO4A 4O4VA 1OK6A 1G4PA 1ZJIA 1PV8A 3GB6A 3BVJA 3G0XA 3I68A 4IMEA 1FWRA 3QC3A 4OV4A 4Z1AA 4E2DA 3M43A 4A2SA 4OV9A 1UB3A 3MW7A 4BFAA 1QOQA 2QEZA 1QPQA 3NL6A 1ZNNA 3ABQA 3P8IA 5TBOA 4MYAA 3NQ7A 1ZALA 4JY8A 4WXYA 3W83A 2ZRUA 2JBMA 3W6YA 5CZ0A 1MXSA 3PM6A 4K36A 3CIXA 1QMLA 5LNVA 4JTUA 3TSMA 5D2WA 3NQGA 3LXCA 1G4EA 3N34A 1P1XA 3TFXA 4ZL1A 3W7LA 1TPC1 4DQWA 2G96A 1W5QA 1K3UA 1QPRA 3R13A 4WJEA 2H8XA 3HB9A 3QSRA 4LWWA 4MY8A 4N4PA 4UTKA 4MJMA 4LV9A 2LLEA 1GYNA 3C3NA 4UMBA 2NX1A 3DAQA 3NYZA 2FDSA 4R33A 3QPYA 5L6UA 3CLMA 5AC8A 1HFBA 1HG3A 3PSVA 4BWLA 3W7QA 3A5FA 4MZ1A 3EKLA 2ATSA 1LCOA 2BLEA 4XTIA 5AYXA 5BOOA 2ZTJA 1EX5A 3M44A 4TMBA 4GJ1A 2E5DA 5H2ZA 1VQTA 4O52A 3SECA 3N73A 3ZS4A 3G1FA 2PRHA 1GVRA 2J24A 1TYGA 4QM1A 5BRBA 5AFDA 1GEQA 4RZ6A 3M6YA 1KM6A 1JQVA 2ZZ3A 3NXFA 3P74A 2A7NA 1D3GA 3W7CA 3N2XA 1JCXA 1FX6A 3NQMA 5C55A 3HG5A 4O50A 3GAYA 4S2CA 1LBLA 1R2TA 4LW7A 4QAIA 3W2UA 2CWNA 5CSSA 1EP3A 3LV6A 5FEXA 1J4EA 1ZAJA 3QH2A 4PEKA 3W9ZA 2WSYA 3W2LA 1BWLA 4UTWA 3LHUA 5DELA 1QFEA 3LHWA 3C2RA 3L2IA 1YDVA 1S5TA 3EEGA 3THAA 5CPMA 1B57A 2RDUA 2P10A 3NM1A 1SZNA 5FEPA 2H3DA 3S1WA 1SUXA 2GVJA 2FFCA 3NPUA 1W8SA 3SR7A 3WK0A 4WOZA 3TJXA 4X3ZA 2GOUA 3W7PA 3RLVA 4DBDA 3R12A 1AK5A 3QW3A 4UR7A 4UFLA 1GWJA 5KTLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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