1SQ7 | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGLWATPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Gallus gallus
publication title	Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	87
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2004-03-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1sq7A00

4PCFA 5BMWA 2ISWA 1Z41A 3CQ0A 3TMLA 4UTTC 2J9XA 3QZEA 3FEMA 2Y7FA 5F1VA 3PBVA 2HS8A 1TPVA 4BF9A 3QC3A 1DJQA 2CFFA 3NQCA 4KFPA 1IXPA 4CNOA 3W1RA 5I3KA 5K4ZA 5AHFA 4O50A 4AF0B 3L0GA 2NX3A 4BK9A 1GVSA 4UTUA 5K2ZA 2ALDA 3KVKA 4X22A 3W1TA 4E2DA 4UR7A 1KM5A 4UFIA 3GXNA 1LOSA 5F4WA 3Q58A 5K3VA 5HINA 1PS9A 3PM6A 5CZSA 3O16A 3M5YA 3EWWA 5T26A 4KWWA 4C1LA 2ZZ2A 1GYNA 5DXYA 3LBMA 4S1FA 1KM4A 4MOZA 1GTHA 3RFAA 1OG0A 1Q3NA 4S2CA 1KTCA 3G8RA 2DZTA 2KZHA 4UR8A 1TB3A 5LZLA 1IXNA 4O54A 3LRLA 1QPOA 2A5HA 5J5DA 5HWMA 3B8DA 3KRZA 4JD4A 2RHGA 3M6YA 3MJYA 1H60A 3TE9A 2C16A 4HPJA 4AAJA 1H1YA 2ZYFA 5DY2A 3WFAA 1VC4A 3PWAA 1SW3A 5C6MA 1SO3A 4IXHA 3LI0A 4WXZA 3OIXA 1XBZA 3B04A 3P5ZA 4PH6A 4MLRA 3TCEA 1O60A 3PG8A 2VEPA 3DHDA 4O8RA 3TROA 3TSDA 5FEXA 4LC8A 2DZWA 2W6RA 3M5VA 2ZCGA 3JS3A 4K7VA 4NJKA 3DH7A 3EEGA 4Y8FA 5D09A 1F05A 1L9WA 1P1XA 2CLFA 2AGKA 2VEMA 4NJHA 1LRNA 3PB0A 1KA9F 4DQWA 1KBIA 1L6SA 4IX0A 4KKXA 5HWJA 2WOQA 5F4SA 4HKPA 4H6KA 1RV8A 3HIJA 1E51A 2J6XA 1SZNA 1ZFJA 4MZYA 1K3UA 3A22A 1QNVA 1K7EA 3UXDA 1OK6A 5FF7A 2E77A 3NYZA 3W22A 2Y6ZA 1MEWA 3DZ1A 2WPBA 4KFNA 1Z44A 1TO3A 3DAQA 1WDWA 4IGHA 4AHOA 5BOOA 4TX9A 4U28A 3I6RA 4XBSA 3A24A 3DHFA 3CEUA 1XC4A 1FDJA 2TSYA 4Y6GA 3MI2A 4NU7A 1EEPA 1G7UA 3NZRA 1W56A 1RQHA 3P61A 3LOTA 3WJXA 4AF0A 3V1PA 4UMAA 2WJZA 4ORMA 2Z0IA 5CKSA 3NDOA 3CT7A 4OBTA 3G24A 3I7SA 3HO8A 2PCQA 1TPFA 3W86A 4A3UA 1N8FA 1OFRA 3M1ZA 1YXDA 2VENA 3GAYA 1KV8A 5A8GA 3DFPA 3HGSA 3ABSA 3N9RA 3FKRA 1TTIA 4NJJA 1F73A 1OFEA 4R7JA 1H50A 2VFGA 1OFAA 2ZTJA 2DJLA 3DXIA 1X1OA 4M5PA 3LV5A 2BXVA 2QCFA 1ZALA 1TV5A 1W5NA 1Q6OA 3OG3A 2CWNA 1K8XA 1TQXA 5E0KA 1B4EA 5AYYA 4EWND 2OZ0A 3EWBX 2C0AA 4KFOA 2V2DA 4CLMA 3G1FA 1W3IA 2V30A 2ISVA 4AWSA 3H54A 1OFQA 3LRKA 4GUFA 4WJEA 1MZHA 4NJIA 4ALDA 4BI7A 2AAMA 1SW0A 4O0ZA 3IIZA 3UXAA 4NNAA 4HNUA 1SW7A 2EHHA 3P67A 3W2UA 1KFBA 1SSGA 2ZRXA 3BV4A 5E93A 2ZQ0A 1YPIA 3BW2A 3CM4A 2CLKA 3T78A 4PL2A 2ABAA 1VZWA 4K37A 4LUJA 1QAPA 1CI1A 2QCDB 2TRSA 3DU0A 2EF9A 1DHPA 3F4NA 3GR8A 3T40A 1M7OA 1GOXA 4GUJA 2BTMA 1XXXA 1ZJIA 3W71A 3TMQA 4XKYA 4L4MA 3TU9A 3W1UA 4JR5A 1KFKA 1ME7A 2YSWA 2H3BA 4O13A 3THAA 3TNOA 4N9EA 4WQ6A 1F7BA 3THQA 2A85A 4HPXA 4O52A 5AYZA 1GYLA 1KFJA 3UWYA 3TV8A 3TXZA 1H7OA 2NUXA 5EBUA 5F2IA 3U6WA 3L21A 4GJ1A 1AL7A 3P84A 2FPTA 4MFEA 4K8EA 5LGXA 2H6RA 3OHIA 1SZEA 3P8JA 2R8WA 3LHTA 2J9ZA 3W1PA 4LOCA 2YDAA 2XN0A 3TX9A 2NUYA 2WO5A 4MZ8A 1ONRA 4JY8A 1KFEA 5CSRA 2E5CA 4ADSA 1P5BA 4LVAA 1R2TA 4UTWA 5BRBA 4NNCA 4A2RA 2YR1A 1G4EA 3MUXA 2QUUA 2YXGA 1XI3A 3NQAA 3TQVA 4O18A 4JTLA 1KTNA 3PC0A 3DFNA 3BG5A 2HMCA 3W2NA 4ADUA 2V5LA 3CC1A 3PY2A 4AHPA 2ZA2A 1V7YA 1TPB1 2E5DA 1C8VA 1H5YA 1TYGA 2BWGA 4GUIA 3M5ZA 4IWWA 2QUTA 5FEWA 4AHQA 4ZMGA 3PSWA 5LHFA 1TTQA 2NXGA 4OGZA 3N14A 3P60A 4O19A 2WKJA 2C14A 5D38A 3GKAA 2VEKA 1KTBA 3G1SA 3P82A 2DORA 3PULA 3NNTA 4PODA 3B0UX 3SR7A 2Q8ZA 1SUXA 6TIMA 1TQJA 1Z42A 2RDWA 3MYOA 5HUOA 3S9YA 1WYIA 3I7RA 3ELFA 1DV7A 4MVAA 1ADOA 3W2LA 4O12A 4O53A 1QO5A 2PRLA 4ZQCA 2CLLA 1KM0A 3LCFA 4N9CA 3C52A 5KZMA 1JCNA 1H63A 2QKFA 4HNTA 1BTMA 3MP3A 3QM3A 5D2XA 1VGAA 1MEIA 2C15A 3WK3A 4QNWA 5C55A 3R12A 2ZZ3A 5CGQA 1W3TA 4MPQA 2X1SA 2QDGA 2VFIA 2QCDA 4HHPA 1GWJA 1FQ0A 2X1UA 1YDNA 2V5BA 4OV4A 1F74A 1Q45A 3HGRA 4UTTA 4ZQNA 2CLIA 4FNQA 1DBTA 1TV8A 3IVSA 2ZZ7A 4WZHA 3W73A 3GNDA 1AK5A 4AB4A 2D73A 1RQEA 5TBOA 1F6PA 2PC4A 3QW4B 1G4TA 3W7IA 4QNEA 2QF7A 5HWNA 3O6DA 3GVGA 4YCOA 2ZZ1A 3ABRA 4Y90A 1MEHA 4LC6A 3W3OA 2DP3A 1KM2A 1VLWA 4AXKA 4NXSA 2RDUA 3B05A 3W74A 3CLMA 1TRIA 1YXCA 2E1DA 2FJKA 3Q2DA 3SGZA 3QMTA 5C54A 2XFWA 1KM3A 3VCRA 4E0CA 4IMDA 4IJBA 2ZRVA 3W7CA 3G22A 4M19A 2JGYA 1UUOA 2V82A 3W1AA 2O7SA 2Y63A 5G1YA 1BEUA 4UIOA 4JEQA 4WXYA 4NUWA 3VE9A 3R8RA 1EA0A 2R94A 1XDMA 1H62A 1YXYA 3SECA 1TJRA 3EXRA 1XM3A 3G1XA 1ICPA 4OV9A 3KFTA 4AEOA 5LNRA 5F4XA 4N2YA 2H8ZA 3PS7A 5D05A 2A7PA 2E6AA 3W2JA 2BSLA 1GG0A 1SFLA 1IXOA 4Z1CA 4CNPA 2ZRWA 4Z08A 3HGOA 1HO1A 1LOLA 2G95A 2RKXA 1P4CA 1QWGA 4JYEA 1OVDA 4LNYA 4GUGA 3TQKA 2A7NA 3I68A 5LNWA 1TIMA 4WD0A 3CIWA 1LM1A 1FCUA 3LCXA 4GWEA 4LV4A 3EX4A 5D37A 5EY5A 3KOFA 1I2QA 4C1KA 3QYQA 2H8XA 3SZ8A 4JTFA 4NXKA 3F4WA 1ALDA 2JBMA 2Y85A 3W23A 1VH7A 1JCMP 3STGA 2OT0A 4TIMA 1EX5A 1ZCOA 3FS2A 3CEPA 3BG3A 2YX0A 4ZVJA 1VCFA 3NGJA 4OQVA 4FX6M 4RR4A 3NQFA 1GZGA 1KLZA 3MHGA 1VHCA 3LDVA 1DQWA 3QJAA 3GNNA 5EA9A 4WY0F 3P5YA 5HUPA 3CU2A 3EX1A 1D9EA 5CZTA 1EUNA 1EP2A 1IIGA 3U8GA 3BGGA 4H4IA 3S5NA 3PBYA 3GDRA 1N55A 2NXIA 3LCWA 4DO5A 3CWOX 3C4UA 1LYXA 4IMFA 4ML9A 5ABTA 3QPYA 3LXAA 4S2BA 3EKZA 4PTNA 1VCGA 3ATYA 2TYSA 5DCBA 5CG7A 3NAVA 1HUVA 1J2WA 4O4WA 3LHUA 3M44A 3OBKA 1OABA 3UPWA 1QO2A 3LHZA 4X9SA 4UMCA 3ANYA 3NPUA 1QDSA 3E12A 2YPIA 1G69A 2B7PA 4K8HA 4ZL1A 3W84A 3O1NA 1Q6QA 3O8AA 3W7LA 3LHVA 4M7SA 3M9YA 5LNVA 2QJHA 1FWWA 3IGUA 2W0UA 4DO4A 1XFBA 2G5WA 2GVLA 3Q94A 1KFCA 4FX8A 3PSVA 5CPMA 1K03A 4I7UA 2QCNA 2YYTA 3GB6A 2VKZG 5H91A 5G4WA 1JQXA 3C6CA 1LRQA 3GKFA 2PRMA 2OX1A 3VKJA 1PV8A 4UTIA 4ICNA 2HS6A 5TIMA 1PCKA 1THFD 1LBFA 1JJKA 4NZFA 4IMCA 3NQMA 1R2RA 2V2HA 1NF7A 2Y88A 1HFBA 3V75A 1YADA 4O10A 1DORA 5L9FA 3HBLA 2GVJA 3W88A 4Q32A 1FWNA 1R30A 2NV2A 4GRSA 1LTDA 4BWLA 4N4QA 3S5OA 5LKYA 1IGSA 5EMUA 1PHQA 4RKAA 3L68A 2E6FA 5D2TA 5DBUA 3MP5A 1H1ZA 4QISA 5H2ZA 5G1TA 4MYAA 3OA3A 2EPHA 4UFLA 4MJMA 3TH6A 1A5BA 4FIRA 4FO4A 5HMSA 3W07A 1JQVA 3L0NA 3CWNA 3FKKA 4FXRA 4EF9A 1GQNA 3NQ8A 3IGXA 2YGYA 3LTSA 4HNNA 4UTKA 3P81A 1WOAA 1RVGA 2EGZA 3UZ5A 2P1FA 1G4PA 2QUVA 3NQDA 1TPDA 3IIOA 8TIMA 3F1QA 1MO0A 1R46A 2Y62A 1TPH1 4M6PA 4DF1A 1ZAIA 4FF7A 1YDOA 4XKYB 3QMRA 3IV3A 4CCCA 3PUEA 1O5XA 2YYUA 4W9TA 4UCGA 4I7VA 5K4XA 3BW3A 4P2VA 4HT3A 3EX6A 1VCVA 3MW7A 3KRSA 1DL3A 2DZPA 3DFTA 4LY8A 2TMDA 4ONVA 3G1DA 3MBFA 3W7HA 3P8IA 1GT8A 4JGDA 5LNSA 4RZ5A 4WOQA 3O6YX 4ZQPA 4RJEA 4JS3A 3CHVA 1RD5A 3TA6A 1L6YA 3LHWA 5HR6A 2YCEA 3N19B 2ISSA 2JK2A 4ZQOA 5U7SA 3W7RA 4JX4A 4TU1A 5AYXA 2FPYA 1JRBA 2A1YA 3HJZA 3FJ6A 4D2JA 2QCEA 4LUIA 5DY3A 3VFLA 5D2VA 4MZ1A 3KAOA 2ZZ4A 2JGQA 2YFNA 4ADTA 3UWUA 2J9YA 1UASA 2NX9A 1R2SA 3EXTA 5D03A 1GVQA 4K7YA 5G2HA 3N9SA 4MY8A 4CNNA 1UJPA 1S5VA 5KTLA 1RR2A 1QPNA 1UCWA 5KINA 2FLIA 1ZHAA 3C8FA 1IXQA 1H7RA 5K9CA 3B0VC 1M6JA 3TIMA 1U5JA 4UFJA 3TR2A 3M5XA 3CB8A 4J9JA 4ZQMA 1DOSA 4LTSA 4CQ8A 4GFSA 1LLWA 2TPSA 4MY9A 1VRDA 1W8SA 3SFKA 2Z2UA 3KX6A 2UV8G 5EYWA 3TKFA 1GG1A 1W54A 4UMBA 2A4AA 1GPWA 4RLIA 4QIUA 4XBKA 4YL2A 5HR7A 5IBXC 3DI0A 2ZRUA 3NQ2A 3W6YA 1OF6A 3UWQA 4UNLA 3SIZA 1D3GA 3L2IA 4HSOA 3G0SA 1TPC1 2X1TA 3QH2A 1SO4A 2P10A 2ABBA 3S8HA 5AHNA 2CZFA 4JN6A 1UUMA 2CLMA 3GK0A 4UNKA 1LOQA 1O94A 1G67A 1DJNA 4I9AA 3SY5A 4XZ9A 4UUIA 2QAPA 1LRTA 4CQAA 4OU1A 2ZA1A 4IMEA 3BVJA 5DXXA 2AQWA 1QPQA 4IXXA 3NOEA 1O5KA 3S42A 4RXGA 3KXQA 3CPRA 1WBJA 3GZ3A 4LS1A 1ME8A 3MBDA 3C2FA 1XBYA 1VQTA 1F5ZA 3E0IA 1JVNA 3FYOA 1TPEA 3OVPA 1OX6A 3T7VA 3LM7A 4JX5A 5U4NA 2G96A 1YTEA 1WBHA 3ZS4A 2B0MA 1KFLA 1QPRA 3UPBA 1Q6LA 2O7QA 1OK4A 3MYPA 5A5WA 3TC7A 4LS0A 3S1XA 3FIGA 4JX6A 2DZXA 3C56A 3LTPA 3I65A 4WX2A 4K36A 5EL1A 1OFBA 3U2OA 3UZJA 3JR2A 5C2XA 3DFSA 2Y7GA 3TSBA 2NV1A 3EWZA 2E68A 1KV5A 2QJIA 4UTMA 3ABQA 4MFDA 3BLIA 3GXPA 1A5SA 1KM6A 3EWXA 2XN2A 1B4KA 1WOBA 2EKCA 4FNTA 2GQ8A 1XDLA 3NL3A 1G7VA 3HB9A 4JTEA 3RLVA 4FNPA 3PBWA 2NLIA 2X30A 4R33A 4PFMA 4POCA 1LLZA 3EB2A 4IUOA 2GOUA 3SGUA 2FQIA 1GVFA 5CPLA 2B7NA 1FY6A 3ZR4A 1JUBA 2WNNA 2E6DA 3HOJA 3MP4A 3P7YA 3G18A 3NQ6A 3R13A 4QAIA 1FX6A 3E9AA 3O07A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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