1SW0 | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGLWATPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Gallus gallus
total genus	93
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2004-03-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1sw0A00

3BW4A 5T26A 2J88A 4A29A 1DKWA 4N6EA 3GNNA 3E12A 2GJLA 4TX9A 2FB2A 1B57A 2NXHA 3DGRA 1TTIA 1R47A 4I7VA 4N4PA 4K36A 4FHAA 4WY0F 4FXRA 4O10A 4Z1CA 5BOOA 2CLOA 3HO8A 2VKZG 4ZQRA 2XFWA 4UTUA 3TAOA 1FWWA 3PUDA 3LHWA 1KM3A 1QO2A 3FYPA 1AW5A 3P84A 1QDSA 4WXYA 5AYZA 3RK8A 4UFLA 2BTMA 4Y8FA 2ZA1A 2QAFA 2C18A 4E2BA 1FWTA 3B06A 3O63A 5HUPA 5IBXC 4ZZ9A 1FCQA 1K7FA 1K8XA 1JCNA 2JKPA 2Y70A 2RDWA 2X30A 3GDTA 3SZ8A 2LLEA 4QQ3A 2VFDA 1F7BA 3BLFA 5KITA 3GR8A 1PV8A 3DI1A 5FEXA 3WK0A 1X7FA 1G7VA 4OU1A 1Z41A 2F7FA 1Y0EA 4FIRA 5D02A 1DORA 3STCA 3BG3A 3EX3A 4GFSA 5D2YA 1LZOA 4O14A 1K8YA 2XN0A 3W1LA 4FNSA 3B4UA 5LHEA 1KLYA 1P5BA 5I3GA 4HSOA 3EWUA 4TO8A 3LERA 3NYZA 4J9JA 2HSAA 2E5DA 4A21A 5C55A 3FEMA 1ALDA 1EWEA 1TPH1 5HWNA 3VCRA 3WK2A 1TPDA 5K3VA 4O15A 2ISSA 4UTWC 4O1CA 3G3DA 1R30A 4ONVA 3ZWTA 4DQWA 1P0KA 4GUIA 4LS2A 2WOQA 2RHGA 5K7JA 2ZRYA 4JTEA 3OVPA 1G69A 3W1QA 4UFKA 1KTNA 5LNWA 2HS6A 5D04C 1EUNA 2YGYA 3LHVA 4PEKA 4JY9A 4NJGA 4JYFA 4ZQMA 3YPIA 2VFHA 3GIYA 4IX2A 3W2MA 4JTKA 5CZ0A 3TQVA 1QWGA 3QF0A 4POCA 3W74A 1AW1A 2Y7DA 3LX9A 3TA6A 3CPRA 1VYRA 3P8IA 1VPXA 5HINA 3S1VA 3HG2A 2E5CA 3B0VC 3BG5A 4JDBA 3G0SA 1VCGA 1LP6A 4TMBA 3QMRA 5AOUA 1EPXA 5BW6A 1XUUA 4DPPA 2GUUA 4RV8A 5AB3A 3C2VA 1OG0A 1DHPA 3GX9A 3HMJG 1I4NA 4IXHA 3TROA 1W56A 1YLVA 3NQGA 2BWGA 1I2NA 1ZENA 2BSLA 2G5WA 2EPHA 4K38A 3TK7A 1NF7A 1SW0A 5K4ZA 4I9AA 4YLWA 5EL1A 3SIZA 5AHMA 3HG3A 1RQBA 3QQ0A 1YTDA 1VHCA 1LRQA 2J24A 3HPXA 2IQTA 1RVGA 2P10A 1NEYA 1EP3A 3PUOA 4NXSA 4CNNA 2DZXA 4O57A 1VCFA 2QCFA 3AJXA 5U4NA 3A24A 4Z0SA 1TCDA 4IWWA 1OYAA 3TFXA 1XBZA 1J5TA 4UFHA 4MLRA 3W1PA 3QQ1A 2E6YA 4MY8A 1C29A 1NAL1 5LHFA 5EY5A 4JTGA 3P61A 2RDUA 3SGZA 2QJIA 2ZRUA 1BTMA 2TMDA 3PM6A 3F03K 5D2XA 4AHOA 1FDZA 3OA3A 3W2UA 3RMJA 3DFPA 1DV7A 4FEZA 1P0NA 2DZTA 2WNQA 3BV4A 1OK6A 1GPWA 1RD5A 3HPSA 1RQEA 3V75A 2V0TA 1VR6A 3G3MA 3KRUA 1HFBA 4LOCA 3QMTA 4KFNA 2D73A 3A5VA 2EKCA 4OV9A 1ZFJA 1TO3A 4O1BA 5FESA 4Q32A 1H61A 2F84A 3VFLA 4ALDA 5AN7A 5AHEA 2DZPA 2NLIA 1X8FA 1W5PA 3G24A 1TMHA 4Y96A 3S5NA 1K7XA 1FWSA 2DJLA 2A85A 2CZ5A 2ZZ4A 1YTEA 3M5YA 7TIMA 1AK5A 2NX9A 2YXGA 3HB9A 3CWNA 2B7PA 3LRMA 4AHQA 2AAMA 3LCGA 2YPIA 4MOZA 4O54A 1TJPA 5F2MA 4A2SA 5HUOA 3W7KA 3EXRA 4QNEA 1SUXA 4Z08A 1UB3A 3QPZA 3THQA 1SO5A 2QUVA 1ICSA 3W7PA 1OFDA 4FX6M 3LI0A 4U28A 1TREA 1AL7A 1MEIA 1H7RA 2DZSA 3B0UX 1PL9A 1I2RA 4HKPA 3M16A 3IVSA 1VLWA 2B7OA 1XUZA 5LKYA 4QIUA 1HO1A 1KFBA 3SR7A 4UFMA 4ORMA 3DFTA 3NPVA 3S5YA 3LCXA 2QAPA 1W3TA 2FTPA 4LVFA 3ABOA 1QMLA 3IEBA 2WPBA 1XBVA 3NL3A 3DFOA 2C19A 5DY3A 5E0KA 3PVFA 3Q94A 1TV7A 3P5YA 2J27A 5D2TA 3TC7A 3QRHA 4L4MA 3CHVA 4MLJA 3W70A 4I7WA 4O1DA 5U7SA 2ZRZA 3TJLA 5AHLA 2QCDA 1K7EA 2OCZA 3KX6A 1H7NA 1GVQA 2BX7A 2YDAA 3W1RA 2DZUA 4C1KA 1AG1O 2V5LA 5F2IA 5F4WA 3L66A 3M5ZA 1FWNA 1VCVA 4AMAA 4GXMA 2JK2A 3A9IA 1GVRA 3IIXA 5LGXA 1XL9A 1ZHAA 1QPRA 4LVGA 3NPXA 4JX5A 4LNYA 1OYCA 3N73A 3E96A 2JGQA 3TH6A 1A5SA 4LTSA 1WQ5A 4R7JA 4QSHA 3MUXA 1Z48A 1W37A 5HULA 5AC6A 1HUVA 1S5TA 3FFSA 4P2VA 3UZ5A 4OE7A 3VNDA 3GAKA 4MFEA 5HQEA 3TIMA 2C16A 1LOLA 2FJKA 4HN4A 4N9DA 4UMAA 2ABBA 2DP3A 3LHZA 4CQ9A 4OQVA 2YFNA 1O94A 5AFDA 5F4SA 1OX5A 3EX2A 3GR7A 1G6CA 3W7RA 2DZWA 3FOKA 3TU9A 3SECA 2CZDA 4IUOA 3F4WA 3MP3A 4DO6A 2RKXA 3A23A 2YYTA 1QFEA 1J2WA 4X9SA 3C0JA 4JTIA 1ZAJA 1OYBA 4LU0A 3W84A 1TPVA 2QJHA 3UPWA 2NUYA 4GWEA 1ME9A 1OJXA 5J5RA 3GDRA 4IX0A 3TSBA 4M7SA 4BFAA 3NQDA 3BK0A 2CZEA 3TSMA 2VXNA 2VFEA 3EB2A 3R89A 1NVMA 3PB2A 3DFSA 3ZFHA 3VKJA 4IMGA 2X2GA 4UTMA 4X22A 3BO9A 4UTTA 5C54A 3W88A 1W54A 3G1SA 1PIIA 5AHFA 4LV4A 1W5MA 5HR7A 6ALDA 2DZVA 5D37A 1U5JA 1LTDA 1VZWA 3RFAA 5CSSA 1I2QA 4RKAA 3W1NA 1SZFA 2E77A 3BG9A 3THAA 4Z1AA 1C8VA 3DFQA 4LC8A 3BGGA 4RZ5A 1SU5A 2FB3A 3TKFA 3NQ6A 2WQPA 4XBSA 3NG3A 2XN1A 1ME7A 3NQMA 3WJSA 4GRSA 1ZCOA 2R94A 1KFLA 3N19B 4K6AA 2A5HA 1QNVA 5G4WA 4O13A 4Y90A 3SY5A 2V81A 2ALDA 4TMCA 5CPLA 3NAVA 2UV8G 4LW7A 3TR2A 1KFCA 4BR1A 4O53A 1IGSA 4P61A 4PC8A 2V2HA 1GVOA 5F1UA 1SO3A 1Q45A 1TJRA 3M5XA 4AWTA 1O5KA 2G96A 4N9EA 3MYPA 4E2DA 2OJPA 2A7RA 1FCBA 2QCCA 4MYXA 4GC4A 3UQNA 4MVAA 1YXCA 3UPBA 3FKRA 3IGSA 1YPFA 3TC6A 3I68A 5AHIA 2ZRXA 2ABAA 5DXXA 1OABA 3LI1A 4NVTA 4AWUA 1Q6RA 1QPOA 3W86A 3T78A 1VJIA 1QOPA 3NQVA 1GYNA 4N2YA 2YR1A 1JCMP 2VEMA 2V30A 5MHBA 1GT8A 4O17A 2BLEA 3W3OA 4HPJA 1TQJA 1Q3NA 1LRNA 1UCWA 3TAKA 2NUWA 1FCVA 1V5XA 1I2OA 1F6KA 4MZ8A 3H55A 5D05A 3ZS4A 5BMXA 2C13A 4OT7A 3N14A 5HWMA 3G1YA 1TPFA 4N4QA 4MPQA 2Y85A 2A0NA 3HBLA 2A6NA 1T0OA 4DXVA 5K4XA 1OFQA 3GXNA 2ZZ7A 1M6JA 5IM51 4YMZA 3CIWA 4O0KA 3UWWA 2WSQA 1KM1A 1KM6A 3L5MA 1XI3A 4A22A 1BKSA 2CLKA 3FJ6A 4LS1A 4JGDA 2YX0A 3MMTA 5C6MA 1U83A 1SZEA 3UY7A 3W7JA 4AF0B 4ZMGA 4AVFA 1G4PA 3W7IA 2A21A 1MXSA 1JR1A 3PS7A 4BWLA 2H6RA 4FNUA 3TX9A 5I3KA 1TRIA 3L9CA 1CX9A 3E9AA 4X2RA 2CLMA 3DXIA 4UCGA 1GVFA 4MUZA 2B0MA 2W79A 5D33A 4S2BA 3SGUA 1TPUA 3B05A 1SFJA 2ZZ3A 4LVDA 2YCEA 3LTPA 4M5PA 3R8RA 4YXGA 2C6QA 4JX4A 3KXQA 3NA8A 3W7DA 3BLIA 5EA9A 3CM4A 1LBLA 1W5QA 2YYUA 2QCMA 2Z6IA 3ATYA 2EF9A 3O07A 2ZCGA 1YTKA 3LTSA 1KM0A 1RR2A 5CKSA 5LGZA 4DPQA 4PODA 1NSJA 2WJZA 4YCPA 5K9DA 3MBDA 4XZ9A 3S1WA 4DF1A 1TPWA 1EP1A 3NQ7A 3LV5A 4DO4A 3L2IA 1IF2A 1ADOA 1NF0A 2H8XA 4QAIA 3P60A 3NZ1A 4UC5A 4B5NA 4UMBA 3NVTA 3GDMA 1N7KA 5G4EA 2RH9A 4PA8A 1FQ0A 3EX1A 4JIPA 3MJYA 2VFIA 4GUHA 3M7WA 2P0OA 3CTLA 3EWXA 3DBPA 4RXGA 4D2JA 3G1HA 3C56A 4O18A 1PCWA 1BWLA 2QUUA 3N9RA 2W0UA 5AHNA 4OGZA 4JN6A 3GNDA 4K39A 1PHQA 3KFTA 3PG8A 4IPJA 3RLVA 3TSDA 3HGRA 4W9TA 1P4CA 1DL3A 1JCYA 2RDTA 2Q3RA 4DBDA 3LBCA 2GVLA 1T96A 3IGUA 2NX3A 4MIMA 1ZY9A 5TBOA 3ZWSA 1C9DA 2RFGA 5FEPA 1JJKA 1EEPA 4JD4A 4M6QA 3WJZA 4MKNA 3O15A 3W1XA 4LRTA 4AEOA 2PRLA 3C52A 1TPEA 4O1AA 4CNOA 1FDJA 3W71A 2XN2A 3BARA 1TYGA 1VRDA 2JKEA 3MBFA 2Y6ZA 5AYYA 3DZ1A 2ATSA 1QO5A 1XM3A 4UTJA 4ADSA 5BRBA 3KRSA 3QSRA 4BI7A 3LCFA 4FO4A 5K9CA 3LXAA 1WAUA 1XBYA 2Y7EA 3L67A 1LORA 1H1ZA 1X1ZA 5HNRA 3T4CA 2X1UA 5D30A 5G5IA 4ZL1A 4M7TA 1HTIA 4HNTA 5KINA 1D9EA 3DFNA 5LNRA 4DELA 4NJHA 3JS3A 3RU6A 1Q6LA 4YL2A 3QSTA 5I3IA 1WDWA 3P7YA 3HGJA 2V5BA 1FWRA 2ATMA 3ABQA 4IGHA 2C1HA 4HNNA 3L0KA 1EX5A 2GJNA 2YW3A 4NX0A 4ZQPA 5FEWA 3NL5A 3DAQA 3B8DA 3O05A 1H60A 3MHUA 4NNAA 4AAJA 1I2PA 4Z1BA 3SFKA 4CQAA 4JICA 3P62A 2V8ZA 1FCUA 4UNKA 4FXSA 3TW7A 3OEXA 1H1YA 4UR8A 3R2GA 1AMKA 4FNPA 1YDOA 1OFOA 5CGQA 4UTTC 1KFJA 3G1FA 2B7NA 1UUMA 2FLIA 3PAJA 1TV8A 3NL2A 4HNUA 1GTEA 3NQFA 3NOEA 1SW7A 5EBUA 3W7LA 1OK4A 4K8HA 3UD6A 4N02A 4LWWA 1B4KA 3W9ZA 1LDCA 2WNZA 1OF6A 4FIQA 2J6XA 1W5OA 4Q4KA 5KSWA 3LDVA 3LXCA 3BPWA 4R33A 4AWSA 5LSMA 2ZBTA 4WD0A 3EWWA 5CPNA 3C2FA 2X1SA 3ELFA 4Y9AA 3W85A 2G95A 1K3UA 1IXPA 1LLWA 1KTCA 2E6FA 4EF8A 4WQ6A 1TPC1 2ZDRA 1SSDA 1H50A 1J4EA 4PTNA 4NJJA 4NQ1A 5F2GA 3HOJA 3P5ZA 1QAPA 3S1UA 2C14A 3L68A 1WBHA 3NQEA 1WOBA 4HNVA 4N9CA 1JVNA 3OVRA 1A53A 3LV6A 3PY2A 3CEUA 3P82A 3LCLA 1QPQA 3FKKA 1YXDA 1OX6A 3M43A 1YYAA 3LM7A 1SQ7A 2ZTJA 1F5ZA 2V2CA 4FNRA 3USBA 3BGJA 1B3OA 3GDLA 4QITA 4E0CA 5DBTA 4O19A 5DXYA 1A50A 1PE1A 2J9XA 1IXNA 4R53A 4XQ6A 1R46A 3N34A 4HPXA 3A21A 4WZHA 3W7EA 2NXGA 3W23A 4FX7A 2PCQA 1GG0A 3MO7A 5BMWA 3EXSA 3IV3A 3KVLA 1CI1A 4UFJA 2WSRA 2NZLA 3NQ2A 2TRSA 4PL2A 3I6RA 4LRSA 2Z2UA 3TUUA 5EKYA 3LLDA 2A6LA 3W7MA 3UNDA 3TXZA 1S5WA 4DO5A 3NO5A 3W7NA 3FS2A 2J9ZA 4NJKA 1HL2A 2VENA 1YADA 2PRMA 1YDNA 4ZQOA 4Y6GA 2Y7FA 2H90A 3T40A 1F6PA 4MY1A 1KTBA 3UWUA 3Q37A 3EX6A 4OBTA 2NXIA 4IJBA 4QJ1A 1EB3A 5K2ZA 5CPOA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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