1SZE | Genus

Total Genus 128

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	412
structure length	392
Chain Sequence	GETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAYYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATALCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTAASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKFASRALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Altered Substrate Specificity in Flavocytochrome b(2): Structural Insights into the Mechanism of l-Lactate Dehydrogenation pubmed doi rcsb
molecule keywords	Cytochrome b2, mitochondrial
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	128
structure length	392
sequence length	412
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date	2004-04-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00173	Cyt-b5	Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1szeA01

3BVJA 3TJXA 4CQ9A 5KTLA 4O11A 3CM4A 3N19B 3CPRA 1TQXA 4RLIA 3IVSA 1V7YA 1QPQA 3MP4A 4X9SA 3NL5A 2VKZG 3S1VA 5K9XA 4ZQOA 2OMAA 4NX5A 4QJ1A 5CPMA 4WY0B 4O1BA 4TU1A 5HJLA 4KWVA 3W7NA 4AXKA 3B0VC 3DXIA 3GAYA 2C16A 1UASA 4HNUA 4UTWC 2C14A 4M19A 4XUGA 5CKSA 4Q4KA 4I9AA 5HWNA 2Y61A 3W1MA 2AGKA 1K8XA 4O13A 4ONVA 2VFFA 2VFGA 4Y8FA 2DJLA 4PC8A 1LDCA 5D37A 3W88A 1LP6A 1PL9A 3P74A 4GUHA 1SW0A 3GKAA 3P62A 4AWSA 2DZSA 4GFSA 3PBYA 3PC0A 1VHNA 1VRDA 1ZAIA 2ZA1A 3QFEA 3P67A 1FXQA 1FDJA 3THAA 5KZDA 1KBIA 3DGRA 3TXVA 3KVJA 3NPWA 2YFOA 4TMCA 3L21A 3ZR4A 1U83A 3TV8A 2V8ZA 1EB3A 3QC3A 6TIMA 1VJIA 3BG3A 3WJXA 3TMQA 2H6RA 5C54A 5IBXC 4LUIA 1VHCA 4QITA 5K3VA 3GIYA 4TO8A 1OFRA 3H53A 3TJLA 5KSWA 3G1HA 2ZRZA 2ZRUA 4RXFA 1LYXA 4PL1A 1OK4A 2X1TA 2NWSA 1OVDA 3CQ0A 3IRDA 2VXNA 1W1ZA 5U4NA 1G7UA 2QUTA 3N34A 1XCFA 3L65A 3CEPA 1Q6LA 3C6CA 2ZZ2A 5D02A 2ALDA 3NXFA 1GVSA 4MY9A 4UTJA 3C2OA 3P61A 3TQVA 2DORA 3N9RA 2ZCGA 5CZSA 5I3FA 3NEVA 4I7UA 4W9TA 2RFGA 4Y90A 3BLFA 4HN4A 3W23A 5FF2A 3SGZA 5HQEA 5FI8A 4MYXA 3W1QA 2ISVA 1I2OA 3RLVA 1JRBA 2CLHA 3THQA 1HO4A 1UJPA 3EX2A 1FDYA 2VFDA 3LRMA 4LC6A 3F4NA 1T8XA 3LB0A 1JCXA 4UMBA 3BW4A 2B4GA 4GC4A 1TTPA 4WUIA 2C18A 3W07A 2ZTJA 4FO4A 4DO5A 4IMFA 5TIMA 1O4UA 3LCFA 3CLMA 4LWWA 3STEA 3W9ZA 5AB3A 1GQNA 4ZQCA 1CW2A 2VFHA 2E5DA 1TPVA 4IJBA 4AHPA 2DZWA 2XN0A 3T4CA 2Q8ZA 1JJKA 1XBVA 3L66A 1ICSA 3MO7A 3G22A 1ZFJA 3QRHA 5EBUA 3BGGA 1OG0A 3R13A 3QPZA 1JCNA 5I3GA 3G0XA 3PUOA 1V5XA 2H3DA 3OA3A 5CPOA 3QPYA 1WOAA 2GQAA 4LVDA 2QJHA 3S42A 3JR2A 4IMCA 1SFLA 4ADTA 4H4IA 1L2UA 2CLKA 1WV2A 2WPBA 4XWUA 4Y6GA 1F74A 1OFDA 4WOQA 2C3ZA 3L68A 3LXCA 4Y9AA 1YTEA 4I7WA 3VFLA 3LV5A 5FESA 3SGUA 1XUZA 5HINA 3E12A 3GDKA 4WJEA 4L4MA 2A7RA 1YXYA 4N6FA 4O16A 1DJNA 3O6CA 1S5WA 4MKNA 4R33A 4UTKA 3KFTA 3MI2A 5DY2A 3EX1A 4K39A 4LS2A 4UTWA 1KM1A 1LLWA 2QCGA 1GOXA 4AWTA 2Y7GA 3DI1A 3W22A 1OX4A 1W3NA 3OVPA 4N6EA 3O06A 3DKJA 1LOQA 3NL6A 3WK1A 3IIXA 3C2RA 3C52A 4EF8A 3NQ6A 4Z08A 3W2JA 5GVJA 5EL1A 1TRIA 1I8JA 3O07A 2HTMA 5F2IA 4X3ZA 2A6LA 4MPQA 1H62A 4JD4A 5CSRA 2NUYA 1K3UA 2ATSA 4HHPA 5K9DA 4NZJA 4GUFA 1H7OA 1WA3A 1G4PA 3W1XA 1OFPA 3B04A 4WQ6A 5TBOA 1NF0A 1VH7A 1W3TA 1QR7A 1OYAA 2O7QA 4FNSA 1F2JA 3LHUA 1M6JA 4JIPA 3ANYA 2HS6A 3A5VA 3W2LA 5C2XA 1TV8A 3H55A 3NYZA 2KZHA 1K7FA 3QSRA 5G2WA 2EPHA 3W7KA 3LM7A 2E68A 4O53A 3QJAA 4CQAA 3D0CA 2CFFA 5FEZA 1RD5A 2ZQ0A 5BNKA 3C4UA 5DCBA 1Q6QA 3RNDA 3LXAA 2X1RA 3L5LA 4RXGA 1MEHA 1J2WA 1EP2A 4QM1A 1KFJA 1GVOA 1ONRA 2NZLA 3NOEA 3R12A 1VQTA 1Y0EA 5HR6A 2QDHA 1PCWA 5MHBA 3P5YA 3LCGA 5EY5A 3VE7A 3W7JA 5F2LA 3I7QA 2FDSA 2A6NA 3GAKA 1OF6A 1TPWA 3RK8A 3ZWSA 1PHWA 4NJIA 1GZGA 3N2XA 4FHAA 4LY8A 2YR1A 1QO5A 5DCDA 4RJEA 1IIHA 4YXGA 2Z6JA 4AWUA 1ADOA 2E6FA 2NXGA 2CWNA 2CW6A 3NA8A 1W31A 3S1WA 2CLEA 3O63A 3W75A 2XFWA 5FEPA 1A50A 3TSBA 4LU0A 1KFKA 2QAPA 4NZFA 3NM3A 1FCUA 4ZQPA 5K9CA 2X2GA 1UBSA 1DJQA 3SSJA 5F2MA 3LCLA 1OK6A 3OIXA 1SZNA 4O15A 4BK9A 3M5XA 4JXCA 1KA9F 3ABOA 1H5YA 3A21A 5H2ZA 1H7PA 2QEZA 3LRLA 1SSDA 4GRSA 3TIMA 3S1XA 1A5AA 4H6KA 2DP3A 4GUGA 3PB0A 2PRLA 2JBMA 2ABBA 3W7DA 2B7PA 1IXNA 3TC7A 1EP1A 4ORMA 3R8RA 1PS9A 3EWBX 3PG9A 1VR6A 1TJRA 1XBZA 3KXQA 2F84A 4GWEA 3FIGA 3LDVA 1W5NA 1XDMA 3QQ0A 3TCEA 4IMDA 1THFD 1ZALA 1LRQA 1TPB1 4RR4A 3C3NA 2WV8A 2ZTKA 2I9EA 4HSOA 4K7VA 4N9EA 2NUXA 4DBEA 2C1HA 3N3MA 4R7JA 4FX7A 1JQXA 4MFDA 1H7WA 5F4XA 1XXXA 4ALDA 3IGXA 4N9CA 1VCGA 1LRNA 3UD6A 4XKYA 4Z1BA 1SSGA 3QF0A 4O0ZA 4EVZA 5I3JA 4JTUA 3EKZA 4O4VA 1LROA 1TV7A 2CLMA 4U4MA 3B06A 3HG4A 2TPSA 3A24A 3M6YA 1EIXA 1GVFA 4G1KA 1Z44A 1OHLA 1KM2A 3TAKA 7TIMA 1OF8A 3G8RA 3E9AA 3NZ1A 1DOSA 2A7PA 1PCKA 2FPVA 3YPIA 1UUMA 1K8YA 2ZA3A 3W2MA 3W1NA 1X7FA 3GNNA 3QQ1A 2WO5A 4E38A 3W7OA 4EOUA 5D04C 1EP3A 4S2BA 4UFKA 1M7PA 4KFPA 5DY3A 1W5QA 3SZ8A 1TMHA 1SZFA 3LX9A 4IOTA 5SWUA 6ALDA 1QPNA 2QCCA 3QYQA 1HG3A 3L0KA 5LHEA 1EX5A 4JGDA 3OVRA 4O52A 3HPSA 1GTEA 3C0JA 3EWWA 1CX9A 1KFLA 3EWYA 2RH9A 4K37A 4QNEA 4AVFA 3W7IA 1YDOA 1E51A 4GBUA 3W7PA 2FJKA 3HOJA 5FF4A 5BRBA 1L6YA 2PCQA 3OHIA 1H7RA 1JUEA 1SPQA 4UC5A 2YFNA 3QM3A 3BO9A 1EWDA 1N8FA 1GWJA 2RDWA 3E49A 3W1TA 1Z48A 2V0TA 3M9YA 5J5DA 2ZRXA 1FWNA 4KFNA 3IIOA 2ZZ5A 1TRDA 1S5VA 3LERA 4NXKA 4KFOA 4UNLA 4PTNA 5G2IA 5BOOA 3W7LA 1M5WA 1ALDA 4BWLC 1Z42A 1XBYA 4LS0A 4N4QA 5CSSA 4B5NA 1FCBA 3JRKA 2O7SA 1AW1A 2AAMA 2FIQA 1EEPA 1XUUA 1F6PA 2Y88A 2Y70A 2YXGA 3STGA 1I2RA 3F03K 3FJ6A 1YDNA 4UTIA 1K03A 1F05A 3T55A 4O17A 1R2TA 4K38A 4K8HA 1I2NA 1JVNA 4FNPA 4PA8A 2A2IA 5J5RA 5CGQA 4BI5A 1SFJA 5DXXA 4BFAA 3V75A 3N73A 3B0UX 1GTHA 2QUVA 3FKKA 4WX2A 2E09A 3TDFA 1AW2A 4JICA 3WK2A 4IXHA 4ORIA 3G1FA 1JQVA 3DHDA 3UXDA 5FEXA 4K8EA 3T78A 4Q33A 1LLZA 2JGYA 3HG5A 4OV9A 3W71A 4Y96A 1I2QA 5CG7A 1L9WA 1UB3A 2TSYA 5D03A 3TQKA 3SR7A 3W85A 3RFAA 2DU2A 2TYSA 2R94A 1G4TA 5D2TA 1N55A 4FNQA 1C29A 2Y7DA 1J4EA 1BWLA 1T99A 3G18A 3DFOA 4MIMA 1VYPX 5AHLA 1FWSA 2CLFA 3PM6A 1JRCA 5KINA 3NL2A 2DJXA 1TB3A 4OV4A 4O4WA 4LRTA 2QR6A 3M1ZA 1O60A 1OABA 1EA0A 3LTPA 2B7QA 3P8IA 4AAJA 2PC4A 1JUKA 4UR7A 4AH7A 4DO6A 3M5ZA 2Y62A 4DF1A 3EXSA 1D9EA 3LTYA 4Z1DA 1PE1A 4CQ8A 2WSRA 1VS1A 4MYAA 3W6YA 2VENA 3E0IA 4TMBA 4AMAA 4HKPA 3STCA 3QW4B 4IX2A 1FWRA 1N7KA 3KOFA 1GVRA 4IMGA 1O94A 1WDWA 4N9DA 2G95A 1IIGA 2WJZA 3DFPA 4PCFA 3PULA 1XKYA 1X8FA 4FXRA 4X2RA 1SZGA 3TR2A 3WK0A 1JULA 1W37A 4HSNA 1IXOA 1GT8A 4RV8A 3ABSA 1WBHA 3UWUA 3QMSA 2RKXA 3IIPA 2VELA 3MW7A 4UR8A 4DEFA 4O1AA 4A2RA 5EKYA 4H3DA 4PODA 3LHYA 4C1LA 4X22A 3W3OA 4BI6A 3SI9A 5CZJA 3GKFA 5KITA 3GZ3A 3QEZA 2JGQA 1ZHAA 4FNUA 3P80A 3N14A 3W7QA 1G7VA 5CZ0A 1NSJA 4JTIA 3ELFA 2QCHA 5EMUA 1LRTA 3W2KA 1FCQA 4JYEA 3W86A 2ZZ1A 1R47A 3NQAA 3PB2A 3P81A 3FEMA 2W79A 5A8GA 3TK7A 3FLUA 3S5OA 3W72A 4KKXA 4MLRA 1Q45A 5U7SA 2QKFA 2FLIA 4A3UA 4UIOA 4XQ6A 4NNAA 5I3HA 2F7FA 3NPUA 1KBJA 2NLIA 2X16A 4XKYB 4QIUA 3PBWA 3C2VA 4WD0A 1H7NA 3W7MA 5D05A 3DENA 3PBVA 3M43A 3TQ0A 4MY8A 1DORA 1JUBA 1B3OA 2OJPA 3BG5A 3G1AA 4JX6A 2NX9A 2QJIA 1SZEA 4ZQMA 1OFBA 3L2IA 4TR9A 2HSAA 5A5WA 4BWLA 3MHGA 5KZEA 2J9YA 4QISA 3NAVA 3W1UA 4IUOA 3UY8A 3NQ7A 5D2VA 2VOMA 3O6YX 4UMAA 2CLIA 4NJGA 5HNRA 1SO4A 1AK5A 3TAOA 4DPPA 1DL3A 4JTGA 4ZVJA 4LV4A 1HO1A 1KLYA 1K8ZA 3DFQA 5BMXA 3KRUA 4LTSA 2V5BA 3MHUA 2C6QA 4FX6M 1TREA 2EAWA 3L9CA 1LTDA 3W74A 1QPOA 1SUXA 4AF0A 2CU0A 4R34A 5I3IA 3GDTA 4UNKA 3TA6A 2V82A 5D09A 4QSHA 3VNDA 4A29A 5LZLA 5DBUA 1SR9A 3RU6A 2OT1A 2Q3RA 3MP5A 4MY1A 3EWZA 4O8RA 1XM3A 2QUUA 1GYNA 3ATZA 3W87A 2GOUA 1TQJA 4AHQA 1R2RA 2ZRYA 3SJ3A 3NPVA 4L4LA 3L5AA 2VEPA 2VC6A 3VE9A 4QAIA 5LKYA 3LOTA 3W1PA 1TPC1 4JTTA 2YW4A 4NUWA 5HWMA 4FXSA 2W0UA 2C13A 1KM4A 1MEWA 2GQ9A 1OX5A 1M7OA 5AYZA 2A5HA 4DQWA 1RR2A 1G4EA 4HPXA 3WK3A 3M47A 2EKCA 4D2JA 1W5MA 4LS1A 3BG9A 1F7BA 3BLEA 4MUZA 1HUVA 4MJMA 3GLCA 2WKJA 4MZYA 5LNWA 1XI3A 4TIMA 5D2WA 4O28A 4OHQA 4ZZ9A 1LBFA 5D2XA 1QPRA 1MZHA 2H90A 4MZ1A 3CIXA 2G5WA 2QCEA 3DZ1A 4QQ3A 3DAQA 3W1RA 4YCOA 3LBCA 4R53A 3K30A 3UWWA 1AW5A 4CLMA 3GR8A 2PURA 1WYIA 2NWRA 4NVTA 4S1FA 3NQCA 3LHVA 4RZ4A 5AOUA 1RQBA 3GXNA 1LBLA 3M44A 3F1QA 4GE8A 2R8WA 3U6WA 1J5TA 1JCYA 1GVQA 1XL9A 4FX8A 3QH2A 4FF7A 1HL2A 1KV5A 4ZL1A 4MLJA 3G1VA 1LORA 3PR2A 3NM1A 3OEXA 1ICQA 1K02A 4XBSA 3LV6A 1P0KA 5F1VA 3TMLA 1VC4A 5C6MA 2Y7EA 4YWIA 3QW3A 1P4CA 4JEQA 5AC8A 3QZEA 2A4AA 3C2EA 4NU7A 1FWTA 2A21A 1RQEA 2J27A 1PHQA 3W7HA 3GR7A 2XN1A 4JS3A 5HMSA 1KFBA 3NQGA 5T26A 2ATMA 1SU5A 4ZQNA 3HQ1A 4JY8A 2NXHA 2V81A 3NR0A 4DPQA 3IV3A 1ZY9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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