1SZF | Genus

Total Genus 131

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	412
structure length	395
Chain Sequence	GETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAYYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATGLCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTAASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKFSNGASRALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__859853946282841__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__859853946282841__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1SZF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__859853946282841__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"859853946282841","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1SZF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__859853946282841__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc0c9cde8926c64a35ff91/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc0c9cde8926c64a35ff91/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc0c9cde8926c64a35ff91/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc0c9cde8926c64a35ff91/pdb.gz): 643 ms

reading 395 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

395 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:394});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Altered Substrate Specificity in Flavocytochrome b(2): Structural Insights into the Mechanism of l-Lactate Dehydrogenation pubmed doi rcsb
molecule keywords	Cytochrome b2, mitochondrial
total genus	131
structure length	395
sequence length	412
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date	2004-04-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00173	Cyt-b5	Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1szfA01

5D09A 4O54A 4IGHA 1XBZA 5BRBA 4FX8A 4M7SA 5F2MA 4IQLA 2EAWA 4OE7A 3RNDA 1Y0EA 3VKJA 4UXDA 3Q94A 3NM3A 2V82A 1SW7A 3CT7A 1FDJA 3N9SA 3PM6A 3HPXA 1GQNA 4UTWA 5AB3A 4HHPA 2B7NA 4Z1CA 3GNDA 3MP5A 1TMHA 3GNNA 3GDRA 1XXXA 3L21A 4GRSA 4PEKA 5FEZA 1YPIA 1O60A 2PRMA 4JTHA 3CLMA 3PSWA 3ZWSA 3D0CA 3QYQA 5G2WA 1FUYA 3W1QA 3EXRA 2A7NA 4NZFA 1DOSA 1SO4A 2QDHA 1P1XA 4JTUA 4RZ6A 4N6EA 4LOCA 4UMAA 1K03A 4AXKA 3ANYA 4GUGA 4QAIA 2OZ0A 1KLYA 3H53A 1XL9A 3G1XA 4LW7A 3GK0A 1K7EA 2FB3A 2CLOA 5LGXA 4M6QA 3IIXA 3MHGA 1VCFA 1J4EA 2A7PA 2NUWA 3KAOA 5FEPA 2WO5A 5LZLA 2DORA 4UTTC 3ABOA 4UTJA 2X1RA 5LKYA 3EXTA 4DO4A 2X16A 3TCEA 1K3UA 5LNVA 1ICPA 4I9AA 4FXRA 1VYRA 4ADUA 2Q3OA 4MY8A 4TMBA 3UWWA 1JVNA 5AHEA 3W2UA 4NU7A 2NLIA 3MO7A 4BWLC 1KM2A 4QNEA 3NL2A 1KM6A 3P5ZA 1GVFA 3M7WA 4XQ6A 4Y90A 3LHZA 3QZEA 4QM1A 4UTKA 1QPRA 2VEIA 3UWQA 5D2VA 1YLVA 2V30A 1XUUA 2PE4A 3UZ5A 1IIHA 5C5YA 4JXCA 3E12A 3DFTA 3STGA 4B5NA 2FTPA 4DPPA 3KVKA 1LORA 4LS0A 1QFEA 1SFJA 5D2WA 4HNVA 2B4GA 2WSYA 4IX0A 5I3KA 1QAPA 4QISA 3TJXA 1QR7A 3LX9A 3QH2A 1XUZA 3LBCA 1TRIA 5K7JA 4YCOA 3IIOA 3W73A 1R2TA 4O12A 3W7IA 2QAPA 3W70A 2GJNA 2H6RA 5CSRA 3RFAA 3NQ2A 3PAJA 2VFGA 3N2XA 4JX5A 2Y7DA 4ZQCA 1I2QA 2R94A 2ZDRA 3DFQA 5I3JA 1PCWA 4AEOA 1WQ5A 1JCYA 3G3MA 2ZQ0A 4FIQA 5FF2A 4N2YA 4TR9A 1ZENA 3LDVA 2WPBA 4ZQNA 4R34A 2FB2A 1UUOA 3QRHA 1MSSA 1K7FA 2AQWA 3LCXA 3FFSA 3M5XA 5DY2A 5F4XA 1LBFA 5TIMA 3KRZA 4I7WA 1FWRA 5D2XA 1R46A 3MWAA 2C14A 3RF9A 2A0NA 3C6CA 3KX6A 1WYIA 3QPZA 1C29A 3S0CA 3I7QA 5KZDA 3STCA 4LC6A 1TV7A 2XFWA 4NJJA 4O4VA 2CFFA 3DFNA 1VR6A 1R2RA 3FKKA 1K8YA 1CW2A 3LRLA 3DU0A 3GR7A 3O05A 3NQEA 3W6YA 4JY9A 1OX4B 4GBUA 2GVGA 3NQVA 2CLFA 1Z42A 1PIIA 4HKPA 3IIZA 1PE1A 4WXYA 3C0JA 3C2FA 4JYEA 5F4SA 2C15A 5CPLA 3RLUA 3T44A 2NWSA 1M6JA 2J24A 5CKSA 3W2JA 2J9ZA 1JUBA 3W74A 1GVOA 1MZHA 5FF7A 3UXAA 5BOOA 4NJHA 1YPFA 3JR2A 4LNYA 3KVLA 2DJXA 3UY7A 3PG9A 1H62A 3C3NA 4Z1DA 2EF9A 5F1UA 3BW2A 3STFA 3ABQA 1YXDA 2FLIA 1GVQA 3EX1A 1SZNA 2YYTA 5DCBA 4YWIA 3LLDA 4DPQA 3R2GA 5G5IA 3M44A 3C2VA 4GWEA 4DQWA 4ALDA 4R7JA 2RKXA 3BPWA 4UTTA 3QSTA 4UFLA 1D3GA 2I9EA 2OJPA 4K6AA 1A53A 5EA9A 3MMTA 3NPWA 4KFOA 5DCDA 1K02A 1FWSA 4PFMA 4IMDA 3TU9A 4LVDA 1FWTA 2AAMA 4JDBA 2ZRUA 1QPQA 4BWLA 3SR7A 2CLIA 1LP6A 3WK0A 3NG3A 3WK1A 4PL1A 2G97A 3W86A 1TQJA 3O07A 1TPC1 5K4ZA 4ICNA 2A2IA 1AK5A 3FIGA 3M1ZA 4PCFA 4XKYB 3UPWA 5HNRA 3DFSA 3UYCA 1ML1A 1OK4A 2GVLA 1E51A 5DBTA 5CZ0A 2P10A 3LHTA 3W7LA 3EWXA 4FO4A 3W23A 2O7SA 1EUAA 2GUUA 5A5WA 1QWGA 5IM51 4HSOA 1TB3A 3ABSA 5HWNA 1A50A 4NNCA 1BWKA 3E9AA 3HG4A 2YFNA 3AO0A 3BG3A 3LHWA 4AF0A 1GVRA 2E5BA 1F73A 3TFXA 3FYPA 3HIJA 1KV5A 2NUXA 4Z1AA 4JTSA 3EX2A 1DQXA 1L2UA 1C8VA 4E2DA 4MVAA 5FESA 4QJ1A 2ZRXA 1H1YA 2YDAA 5HUPA 3HB9A 3M5ZA 1W1ZA 4ZL1A 5E0KA 5T26A 2CWNA 3B8DA 3PBUA 4RJEA 1TPWA 3TAKA 4NNAA 5E93A 3MW7A 1XM3A 2YGYA 4P61A 2Q3RA 4U4MA 4JR5A 3ZFHA 2PURA 4IXXA 4JDYA 3FKRA 1ME9A 3ZR4A 3OEXA 1L6SA 1OX4A 2YW4A 5K9XA 4JTIA 2WNZA 5EKYA 3W2KA 1YYAA 2JK2A 3M16A 1NF7A 3NR0A 1EA0A 1HO1A 1SSGA 4GUHA 5I3HA 2VEMA 3S8HA 5CZJA 1VCGA 1OHLA 3TXVA 4NNBA 5KITA 4EWND 2VOMA 1TV5A 1XBVA 2Y7EA 1IGSA 3MI6A 3DGRA 4PTNA 1OFAA 5U4NA 1LRNA 2PRHA 3S1UA 4A29A 4BF9A 2B7QA 1F5ZA 4O17A 4R33A 4JD4A 4JTTA 3FOKA 2A6LA 3W83A 3HGOA 2WKJA 3I7RA 1HTIA 1SZGA 2Y6ZA 2UV8G 3YPIA 3HJZA 1VHNA 2CZFA 1B4KA 3WJYA 2ZA3A 1FXQA 3T7VA 5FF0A 1UCWA 5D32A 2LLEA 1B57A 2GQ9A 5D02A 4MYXA 3S1WA 1XBXA 1KFLA 4RXGA 4HT3A 1F76A 3MI2A 2FIQA 3NPUA 3PC0A 4MZYA 4IX2A 2QCEA 3M5VA 1VZWA 1EWDA 3C61A 1NAL1 2O7QA 1X8FA 4WUIA 1TCDA 5F2IA 1H7XA 2ZZ2A 3TROA 4AWSA 5CZSA 1FCUA 5KTLA 4IUOA 1I2PA 2C0AA 2TMDA 3CIXA 3KRUA 5F2LA 1S5WA 3E02A 3EX6A 1W3NA 3W22A 4ZZ9A 1NEYA 3W2NA 3HMJG 5D33A 5G1TA 2VFDA 1DORA 5AYYA 3O6CA 3B04A 4KFPA 3TC7A 2BSLA 1GOXA 2X1TA 4LTSA 4X9SA 3E49A 1FX6A 2GQAA 3P8IA 1DJNA 4XKYA 1LRQA 2NXHA 4GUFA 1FQ0A 3MI3A 3W7MA 4HSNA 4BR1A 3V1PA 2ZRWA 1YTDA 3ATYA 3CEUA 4XUGA 1FDYA 3HO8A 1H7WA 3QQ0A 3WJSA 2Y89A 1QNVA 4LS1A 4K8EA 2ABAA 4AHQA 3SGUA 4A22A 1VPXA 1VHCA 1NVMA 1JJKA 1HO4A 2P1FA 5AHNA 1TREA 3OG3A 4MFDA 1H60A 2E5CA 2V5BA 3TV8A 1H61A 1VQTA 1EIXA 1W3TA 1IIGA 2DZUA 4O1AA 4FNPA 4JYDA 4O15A 4O4WA 5I3IA 3QFEA 2J9XA 1EX5A 3P82A 5DBUA 1TTJA 5LNWA 1S5TA 1LOLA 2VEKA 2ZFAA 4DXVA 1D9EA 3T55A 4NZJA 1G6CA 4MKNA 3NOEA 1PL9A 1FDZA 2ZZ6A 3UNDA 3PF3A 3HGSA 8TIMA 2Q8ZA 4O16A 3N2MA 3L5AA 4FNQA 1TPEA 2ZZ3A 4LUIA 4IPIA 1TPUA 3P81A 1X1OA 3VI2A 3BARA 1X7FA 4DBEA 1KBIA 4LT9A 4MFEA 3EWUA 3LCWA 3IRDA 2EHHA 3PULA 3G1FA 1GTEA 3R13A 3KVJA 3PUEA 1XBYA 3HPSA 4HNNA 1BKSA 2HSAA 3CTLA 3M0ZA 1BEUA 3NQ7A 1K7XA 2Q8LA 2EPHA 3B03A 1C9DA 1EWEA 3LCHA 3NPVA 3S5YA 1DBTA 1ICQA 1KW1A 1G4PA 1JQXA 1VC4A 3EWBX 3TXZA 3R8RA 2J88A 1PVNA 3L5LA 5KMYA 1H51A 1FBAA 1TQXA 3LXCA 2E6AA 4O28A 4LS2A 3UQNA 1P4CA 1GVSA 3S5NA 3HGJA 3P74A 3NGJA 3VE9A 4YXGA 1ZAHA 2V8ZA 4UMBA 4IMFA 1TTQA 3C52A 3KXQA 2CLLA 2YX0A 5DXYA 3TNOA 3LRKA 4GXMA 3UWYA 4O8RA 3NYZA 4JICA 1W0MA 1JUEA 3EB2A 4Q33A 4WQ6A 3WK2A 1OG0A 3MUXA 4E0CA 3SZ8A 4MUZA 4W9TA 2FDSA 4TIMA 2WQPA 1JCNA 3STEA 2V9DA 1HUVA 3QMSA 1W5OA 2Y62A 2CW6A 1HG3A 3A9IA 3OVQA 2Y61A 5D2TA 4PC8A 3W07A 2R14A 1XI3A 4H6KA 1LDCA 1KM0A 2Z0IA 4KWWA 1Q6RA 1VLWA 1YTKA 1W5NA 2GQ8A 3H55A 2QCGA 2W79A 3TW7A 4K37A 2C16A 1VS1A 3N19B 3BW4A 4MJZA 1A5SA 1DKWA 1G4TA 5HUOA 4WZHA 3QW4B 3G1HA 3LV6A 5AHFA 4IMGA 3E0IA 1Z44A 3SIZA 3GKFA 3LCLA 5HWMA 3TQ0A 1R2SA 1GTHA 4AMAA 1ZY9A 4EOUA 2B0MA 3QW3A 1N8FA 3W7PA 1GPWA 1PS9A 3DFOA 3NZRA 3LV5A 3ABRA 1FXPA 3MYOA 3JRKA 3O6DA 4TMCA 4N4PA 4O19A 1ALDA 2Y7FA 1F6PA 4OQVA 2Z6IA 4Z1BA 3LHUA 4Z08A 1A5CA 1YDVA 3QMTA 4JNMA 5CSSA 1N7KA 4LV4A 4LRTA 4AF0B 3PBYA 1X1ZA 5G1YA 3S5OA 2BXVA 1RVGA 5K9DA 3LI0A 2TRSA 4UTLA 1KM4A 1ZAIA 4QIUA 2Y85A 3GVGA 4UTUA 2KZHA 1AW1A 4NVTA 1FWWA 3SY5A 4UNKA 4JX4A 4O11A 2CU0A 4CCDA 1V7YA 3UXDA 3L5MA 3NNTA 4CQ9A 3B0UX 2QCCA 4NQ1A 1WOAA 3N3MA 5CPOA 5K9CA 3HBLA 4WOZA 2F7FA 2VC6A 1KV8A 3G1VA 2E5DA 4M6VA 3Q58A 2ATSA 3G1DA 3NQFA 3NQAA 2QUUA 2ZZ7A 2QCFA 1DVJA 5HR7A 4HPJA 5KINA 5SWUA 3G3DA 3P80A 3BLEA 3SI9A 2ZZ4A 3NL3A 3PG8A 3TIMA 2J27A 4K7YA 1U5JA 1ME8A 4WOQA 4O53A 4O57A 1A5BA 5J5DA 1M7PA 3O1NA 4UFKA 1AW2A 2I1OA 2DZSA 3INPA 5H2ZA 2QKFA 5ABTA 1TSIA 4K39A 1LLZA 2YFOA 1RQEA 4ONVA 3NQ8A 4M6PA 4RR4A 5FF4A 5D04C 1W37A 5C54A 1F6KA 3IVSA 3NQGA 3R12A 4RLIA 1KM1A 1XCFA 4S2BA 1L9WA 4L4LA 3SFKA 1OYBA 2ALDA 3FYOA 3TW6A 3W7JA 3W7CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1SZFA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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