1T8XA

R106g kdo8ps with pep and a5p
Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCGQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Effects of the Arg106==>Gly mutation on the catalytic and conformational cycle of Aquifex aeolicus KDO8P synthase.
rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 92
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2004-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1t8xA00
1OHLA 1AW1A 2H3BA 2ZRXA 3C61A 3MP3A 3LXBA 3LBMA 1CX9A 4MY1A 1QFEA 3GKAA 5AC8A 2V2CA 3STEA 3G0SA 4JGDA 4FIQA 2H90A 3NQ7A 4YL2A 4NUWA 4L4MA 4TX9A 1XBZA 4LVBA 4LUJA 5FEXA 3HPZA 1UJPA 4FNTA 1TPWA 2ABAA 1VH7A 5HUOA 4UTWC 3WJSA 2DZWA 3DFSA 2EKCA 4LRTA 1JUBA 1PL9A 1TYGA 1Z42A 3FYOA 3OG3A 3P5YA 3TSMA 2A7NA 5BW6A 2V5LA 5DBTA 1QWGA 5T26A 4N6FA 3S8HA 1LBMA 4JS3A 3W76A 3PBUA 3U8GA 2CLOA 2CWNA 4UC5A 2PE4A 1GPWA 5KINA 5BNKA 3HGJA 1WYIA 4WY0F 3NQCA 4AMAA 3EX2A 2YW3A 3LHVA 3W1QA 1H7RA 4RX0A 4ZZ9A 5D2WA 3LCGA 4ZQNA 1KFEA 3PUEA 4QISA 3G1DA 3WK0A 3NGJA 2ALDA 4UUIA 2ISWA 3UYCA 4YLWA 3TQ0A 1P4CA 3L2IA 3QQ0A 4OV4A 1VYSX 3L5MA 4TR9A 4NZJA 3PULA 5E0KA 4IPIA 4Y9AA 5K9CA 1JCJA 5KZMA 5D2TA 2ZZ6A 2I9EA 3TIMA 4NJIA 1JQVA 3D0CA 4O15A 1ZAJA 2TPSA 2WQPA 1IF2A 1LOSA 5G4WA 1EX5A 1RQBA 3Q2DA 1SQ7A 4XKYB 5FI8A 3L0GA 3TW7A 2A85A 2WSRA 1DL3A 1KM1A 2FPYA 5D33A 3S5YA 3LOTA 3I65A 3PUDA 3L67A 2A6NA 4XWUA 4IUOA 5C55A 3RU6A 4IMEA 2E77A 4FXSA 1DORA 2A4AA 5HINA 4EIVA 1OG0A 4ZQCA 3R8RA 2ZTKA 1ZJIA 3S1WA 4K7YA 1L2UA 2RKXA 3W74A 3HIJA 1QOQA 2EAWA 2Y7FA 1QPQA 3LHTA 3N2XA 4N9CA 2ZTJA 3P62A 4HPJA 1UCWA 3F1QA 4XBSA 2RHGA 3GAYA 3DFQA 3DI1A 3M16A 5FF2A 3W1UA 1I2QA 1IXPA 3NXFA 4JXCA 1JR1A 1JVNA 4JYDA 1X6UA 3V1PA 1SZFA 5AB3A 4UFJA 4N9BA 4AF0A 3GYEA 5AHIA 4LS1A 4TU1A 3W23A 3LV6A 3PAJA 5KZEA 4LWWA 1AG1O 4MY9A 3E96A 4ZQPA 3PC0A 1OX5A 1QO2A 2YX0A 1H62A 3USBA 5G2WA 2R14A 5F4XA 3IGSA 2NX3A 2Z6IA 3HG4A 1D9EA 3P5ZA 3EWXA 3Q58A 4JICA 3U6WA 3NQ6A 4NNCA 1ME7A 5C54A 5F2GA 2FFCA 3LCXA 2EPHA 4LVGA 3TV8A 1HL2A 2ISVA 4BI5A 2GQ9A 3O07A 1WV2A 3SR7A 3W2KA 4CCEA 1K3UA 2ZRVA 4WOQA 4X3ZA 5DCDA 1N8FA 2GJNA 3W7LA 5AYYA 2QJIA 3PBVA 4BFAA 4EF9A 3W84A 3W7IA 1ML1A 3N3MA 3TU9A 1KW1A 1I2NA 3C6CA 3G18A 4QNWA 4MJMA 3C2RA 1LCOA 1KBIA 2ABBA 5DY2A 3A5FA 3CC1A 3MI6A 3VE9A 5D30A 3NQ8A 1VHNA 1W3IA 5CPMA 5LGXA 4BWLC 3CQ0A 3TCEA 2QDGA 3G0XA 4GJ1A 3BK0A 5F2MA 4LY8A 3NAVA 3G1XA 3NDOA 3TH6A 3TSBA 1G7UA 3DH7A 1C29A 4DF1A 2A0NA 3S5NA 5HWJA 3MYOA 3O06A 4MVAA 4K38A 3WK1A 5G1YA 4YXGA 3WK3A 4QM1A 1KFBA 1OJXA 4KFOA 5HR7A 5FF3A 3W1AA 2QJHA 3L9CA 3MI3A 3RF9A 3GLCA 1NF7A 1XM3A 3G1AA 1ZCOA 2E5DA 1JCMP 1EEPA 3PB2A 2NLIA 1J2WA 2E5BA 2ZRUA 4U4MA 5TQLA 3SECA 1NF0A 4OT7A 3QW3A 1C8VA 2A1YA 2QAFA 1X1OA 2TSYA 3L66A 3FLUA 3NQVA 3HPXA 2WV8A 4O1BA 2XN2A 1OX4B 4KWVA 1H5YA 1W37A 3GNDA 4LC8A 4WY0B 1TTQA 1F74A 1LM1A 3P81A 3VKJA 4BF9A 4LVFA 3BLIA 3MMTA 2C0AA 3QF0A 3G8RA 2J9ZA 1LZOA 2C16A 4PFMA 2Y61A 3NM3A 2WNNA 3RLVA 1KFKA 1D3GA 1W5PA 1WOAA 3PWAA 4MIMA 2DJXA 4LTSA 3TDFA 4R33A 4WXZA 3HOJA 3T44A 5IM51 1LRNA 1F6KA 1BTMA 4PCFA 5CPOA 2WJZA 2NUYA 4HNTA 1OFEA 4OV9A 4FX7A 3B03A 3UWQA 4NNBA 4GE8A 1KBJA 4MLJA 1XCFA 4HKPA 2GJLA 4DELA 1QR7A 5FEWA 1OK6A 2CLMA 1ZENA 4JTHA 4CQAA 4JY8A 3W86A 2QJGA 1W8SA 2C19A 3EX1A 5FF4A 3W1PA 2HTMA 2B7OA 2OT0A 4AWUA 3Q94A 4JN6A 4DF0A 2CLIA 2R94A 3G22A 4JX4A 4XTIA 3WJWA 4DBEA 2YYUA 4N4QA 4NT0A 3TAOA 4PC8A 4E38A 2X1SA 3GIYA 2GOUA 4GWEA 3W70A 4TMCA 2C6QA 2FB3A 3M5ZA 3NQAA 1PV8A 1TPEA 2C13A 4R7JA 3CU2A 2V82A 4POCA 1X1ZA 4Z1BA 4I9AA 4N9DA 1BWKA 2NWRA 4DF2A 3M5XA 2DZVA 3NNTA 4RLIA 2VEKA 3OA3A 4LV9A 1VCGA 3B4UA 1ZHAA 2EGZA 3NVTA 5CPNA 1MEWA 5I3KA 3CM4A 3W7RA 3R13A 4ML9A 3C0JA 4QSHA 5LHEA 3LCHA 4OU1A 1LBFA 1TPVA 1ICSA 4RZ6A 3EEGA 4M7TA 1GT8A 1LDCA 1XKYA 4IXHA 2NWSA 4X2RA 1JULA 4RXFA 1O94A 1TO3A 3ATZA 2DZTA 3JRKA 1RV8A 4K7VA 2VKZG 4FNSA 1HTIA 1SPQA 1Z44A 3STGA 1PCKA 1JCXA 4M19A 1ICQA 2Q8ZA 1A5AA 3TC7A 1XI3A 2JGYA 4DEFA 3BVJA 3SIZA 1TQJA 5FEZA 5KSWA 3G1VA 2Y7DA 2NUXA 3GXNA 1XBXA 3LCLA 3IIZA 4O13A 4WXYA 5DBUA 4O0ZA 3TE9A 3O6YX 3UY7A 2E1DA 3N9RA 3ATYA 3E49A 3UWUA 1T96A 3TNOA 1DKWA 4UMBA 1YXDA 3WFAA 3W1TA 5KITA 3FOKA 3QPYA 3MWAA 2VFHA 1WXJA 3MO7A 4IX2A 3NR0A 1K8ZA 3HPSA 3LI1A 1DV7A 5U4NA 1QAPA 4JTTA 4GUGA 3UWWA 1LORA 3KAOA 1ZFJA 3VCRA 1TV8A 4CCDA 3ZS4A 4NU7A 4HSNA 2OMAA 2WO5A 3FIGA 3TFCA 3DAQA 3FYPA 3F4WA 4M6VA 3LERA 3GR8A 2VC6A 2G97A 4C1KA 2ZBTA 2Y88A 2RFGA 3P7YA 3P80A 1H51A 5CG7A 3CIWA 2D73A 3QSRA 5AHLA 3I7QA 1VCFA 1WBHA 1ZNNA 2Z1BA 3S1VA 1QPRA 3IGUA 2A7PA 3TUUA 3NZ1A 4H6KA 4MYAA 4Y90A 3ABRA 2VENA 3N73A 1KA9F 1IIHA 3DZ1A 1MZHA 1NEYA 1TREA 1IXQA 3INPA 1U5JA 1H63A 4ZL1A 3W7EA 4QJ1A 1JUKA 1YDOA 3KVKA 4W9TA 3W7DA 1RD5A 1L6YA 4FEZA 1B3OA 2B4GA 5E93A 2E68A 3NQDA 1DHPA 3W3OA 4JIPA 1SFJA 1NAL1 2YFOA 3NM1A 4RCXA 1O60A 1FY6A 2QCDB 3IV3A 1OFOA 5D32A 4IOTA 1AMKA 3E9AA 1X7FA 1VHCA 3GKFA 1GQNA 3NQEA 5A5WA 3NL2A 3NEVA 5EY5A 2QUVA 1A5CA 2ISSA 1B57A 2VFGA 4XQ6A 2GVJA 1K7FA 4WZHA 5D37A 1JCLA 1T0OA 1DJQA 2X1UA 1FUYA 1H60A 3MP4A 4JX6A 3UXAA 1LP6A 4IX0A 2E6DA 2YGYA 4OE7A 1YDVA 2XFWA 1YLVA 2HS8A 5I3HA 4RZ4A 3DI0A 2V2HA 3PG9A 4TIMA 2JKPA 2BZNA 2O7QA 4K36A 1SZEA 3FA5A 2E5CA 3DHDA 4GUHA 4JD4A 5D05A 2WPBA 2E6AA 3M6YA 1H50A 4UTJA 4NVTA 1QPNA 1FDZA 3UZ5A 1J4EA 2V8ZA 2Y63A 1VPXA 4MFEA 5TIMA 1TPB1 2QCHA 3UQNA 3M0ZA 3TJXA 3W7OA 2OCZA 1OYBA 4JDYA 4IJBA 1GYNA 4JNMA 4WX2A 3LDVA 5J5RA 4R53A 1UASA 3O05A 4LUIA 4M7SA 4HIBA 3I7SA 3S0CA 1SO6A 2OX1A 4H3DA 1VJIA 2ZZ2A 4A21A 1IXNA 3U2OA 5L9FA 2DZPA 3G0UA 5K9XA 3DU0A 2RDTA 3C4UA 3EXRA 4LC6A 3M47A 3EWYA 3UWVA 5K4ZA 5LGZA 1VS1A 4CLMA 5FF0A 2JKAA 2Z0IA 1J5TA 3NQ2A 4O28A 4QQ3A 1K8XA 2F84A 1F7BA 4AHQA 1NFBA 3S42A 3ZWSA 2C18A 4MY8A 4GFSA 4R34A 3SJ3A 4Z0JA 4K37A 1FWNA 1YPIA 4NZFA 4FB7A 2VFEA 4HHPA 3W7KA 1XL9A 2ZZ7A 2DZXA 3EKLA 4JTFA 3CWNA 3NPXA 1VR6A 2YR1A 3GDMA 4O1AA 3S5OA 4QIUA 4O11A 4ALDA 1WA3A 3QZEA 2NXHA 4JX5A 4OGZA 3TW6A 3BLFA 4ZQMA 2YSWA 4A22A 4HT3A 1R46A 3SSJA 1FQ0A 2Z6JA 2P0OA 3W73A 2Q3RA 1DOSA 2FDSA 2NV2A 1G4EA 3AO0A 4B5NA 4NJGA 1I4NA 5G2IA 3FFSA 5CKSA 1T99A 4GBUA 1ZAIA 3GVGA 4Z0SA 3LI0A 3DFOA 1VYPX 4EF8A 2FIQA 3P8IA 5DY3A 3CHVA 2QDHA 3G8EA 1K03A 2Q8LA 3W9ZA 1PE1A 3BG3A 4CQ8A 4TMBA 3M44A 4A3UA 1EWEA 3PB0A 2P10A 4BR1A 1EP3A 1LRTA 5LNWA 4UCGA 5FF7A 4ICNA 1G69A 2ZFAA 2VXNA 5HUPA 4PEKA 2J9YA 4YCPA 4Z1AA 5G4EA 3I68A 1EA0A 4YWIA 2Y62A 4NNAA 4A29A 1G6CA 4MKNA 2JK2A 3FJ6A 1A50A 1JRCA 2QUUA 4UMCA 2R8WA 1RVGA 4CNPA 4JTLA 1XUZA 2FQIA 4Q32A 4NX0A 1K02A 1JQXA 2B7NA 1P5BA 4O0KA 3NQMA 1YTEA 5G1TA 5EL1A 3PVFA 3IRDA 4JIQA 1GTEA 1ME8A 3HF3A 4NX5A 1IXOA 1WOBA 3R5EA 3SFKA 3W1MA 3O1NA 3DGRA 3M1ZA 3W87A 4JTSA 4TO8A 1JCYA 3NOEA 2HS6A 4I7VA 5C6MA 4MPQA 3IVSA 5I3FA 3W7JA 1M7OA 5AYXA 1N7KA 2Y70A 3HBLA 2NZLA 4UTHA 3DENA 1YPFA 2QCCA 4FF7A 3WK2A 3GDRA 4Q33A 1PHQA 4X22A 3G3MA 4J9JA 3WJZA 2TYSA 3RK8A 4S2BA 4XKYA 3L68A 1T8XA 2ZRWA 2VOMA 4FX8A 3CWOX 5F1UA 2CU0A 2RDWA 1L6SA 1KM0A 1OFRA 2H8XA 1QCWA 2A7RA 1DQWA 1FXPA 1UB3A 2V81A 3NPVA 3QMSA 1O95A 4ZMGA 3SW6A 4LU0A 3CEPA 3BV4A 1R47A 3DFTA 3W72A 1KFCA 3KVLA 1I8JA 5DCEA 1VZWA 3HGSA 1VQTA 4UFLA 4QNEA 1EWDA 3TX9A 1I45A 3W2LA 1I2OA 4O10A 4WOZA 2JKEA 1EUAA 4E2BA 1ONRA 5K4XA 3LTYA 1AL8A 1X8FA 1TIMA 1W5NA 4O4VA 3RLUA 3LV5A 2HSAA 2V0TA 3OVPA 4HPXA 4U28A 4M6PA 3BARA 4GUFA 1F05A 4JY9A 2WNZA 3HGRA 2CLKA 4LW7A 1TRDA 5LKYA 2CZEA 4ZQOA 3QMRA 2EHHA 5D2VA 4EOUA 2J27A 1KM4A 5CPLA 1MSSA 3ABOA 3DXIA 1XUUA 3F4NA 5BOOA 3W6YA 1WAUA 5G2HA 1KTBA 3BGJA 5LNRA 4MFDA 3VE7A 3EKZA 3CIXA 3EXSA 4MZ1A 5MHBA 3B05A 3BO9A 4NXKA 4UFHA 5F4SA 1GVFA 4GUJA 1CW2A 5D2YA 3W88A 4AAJA 2E6FA 1ME9A 3CPRA 3G1FA 5DCBA 5I3IA 3MP5A 2CZFA 1A5BA 4O19A 3EX6A 4IMCA 2GVLA 3P74A 4JR5A 2V2DA 1IGSA 3TR2A 1OX6A 4AHOA 1SR9A 5C5YA 4LOCA 3BW2A 3TXZA 2YPIA 5K7JA 3BGGA 2X16A 1WX0A 5D38A 2R91A 5AFDA 3VNDA 4O18A 3B04A 4DPPA 6ALDA 3R89A 4K39A 2YZRA 4JTKA 2GQ8A 4RZ5A 3BPWA 1KTCA 2B0MA 2FLIA 3W1NA 4XZ9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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