1T96A

R106g kdo8ps with pep
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
263
structure length
256
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCGQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Effects of the Arg106==>Gly mutation on the catalytic and conformational cycle of Aquifex aeolicus KDO8P synthase.
rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 91
structure length 256
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2004-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1t96A00
3HO8A 2V5LA 2RKXA 2ZA2A 2Y7GA 3L2IA 3LM7A 1L2UA 2WSRA 1TPB1 4IXXA 4J9JA 3DHFA 1KM2A 1PHWA 4MZ1A 3W07A 2C3ZA 3CM4A 1JCNA 1YPIA 4O16A 1EX5A 2YFNA 3G8EA 3GX9A 3LHTA 3C6CA 4OV9A 3M44A 3OIXA 3W1AA 3N14A 3LXAA 3B0VC 4K8HA 2R91A 2ABAA 2CLFA 4HNTA 4IMDA 4NXSA 3CIXA 4R34A 3LI0A 3FS2A 1SU5A 4QITA 5IBXA 5HMSA 3EX4A 1WBJA 3LCIA 1R46A 5KZDA 3LRKA 5CPOA 3P74A 4P61A 3U2OA 3QC3A 1G4TA 4QNWA 5H2ZA 1K03A 4HKPA 3WK0A 1TPH1 4CQAA 3DFNA 3L5AA 5D03A 1UJPA 2X30A 1KFKA 3ATYA 4GUFA 1FWRA 3O15A 2ZZ1A 4K39A 1PHQA 4K37A 2EAWA 1LRNA 3TW6A 3W87A 2O7SA 3GAKA 1OX6A 5DY3A 2E09A 4Y90A 4Z1DA 4WXZA 5EA9A 3GNNA 3L5MA 1LYXA 1ZALA 3R8RA 2OX1A 2A7NA 3LTYA 4PCFA 3E9AA 2J9YA 2E6YA 3DFSA 4R7JA 4JY9A 1QAPA 2V30A 3PSVA 1TPEA 4CCCA 1TTIA 3AO0A 1I2RA 3C56A 3EX6A 1NF0A 4D2JA 4RZ6A 2ZRWA 4N9DA 2R8WA 1WV2A 4LS2A 3E12A 3TH6A 4GNJA 3DKLA 1KM3A 1GPWA 1WOAA 1TCDA 1YTEA 3GXPA 3NOEA 3HGRA 3MI3A 1SW0A 1Z41A 3M1ZA 2A4AA 2V8ZA 2CLEA 2GVGA 4JTSA 1ZAHA 5EL1A 1JRBA 4MY8A 4CQ8A 2GVJA 1H50A 3HOJA 1W56A 1FDZA 5DXXA 4XUGA 3LV6A 3W73A 2ZRVA 4NX0A 3LHVA 1EP2A 4UTIA 3QJAA 3NR0A 1VR6A 3S1UA 1AW1A 2PURA 3L66A 4ZQPA 4JTIA 4TMCA 2QCFA 3TMQA 2Q8LA 1UB3A 1QMLA 2ZA1A 3BO9A 1QNVA 4OGZA 4RKAA 3EXRA 4YL2A 1OABA 1O4UA 3DZ1A 4S1FA 4FO4A 4GJ1A 2V82A 3RMJA 3W7LA 5K9XA 1VCGA 3I7SA 4LVGA 3GAYA 1JQXA 5BMWA 1XFBA 3S6DA 3GK0A 1HFBA 3LBMA 3EXSA 3NZ1A 2JKAA 3CT7A 4JXCA 2NXHA 1F74A 5LZLA 2YW4A 4BFAA 3UNDA 3T55A 5I3GA 3K30A 1GYLA 1FQ0A 1W5QA 1PIIA 5CSRA 1G7UA 1AG1O 1UUOA 1H1ZA 4EWND 4GXMA 2O7QA 3IEBA 3LOTA 3WK3A 1H62A 2NXIA 4O4VA 1U83A 2FDSA 3GIYA 3VKJA 3TA6A 4WOQA 3W2NA 4JTUA 5F4WA 3PB2A 4DO6A 3SI9A 3NL6A 4RXFA 3H55A 2RH9A 1DHPA 3TQVA 1SUXA 1A50A 3N9SA 1TYGA 3M6YA 3O6DA 4LUJA 2FFCA 2VC6A 1FCVA 2Y62A 2ZZ3A 4I9AA 4FX7A 3QH2A 2YXGA 4H4IA 1JUBA 1KM1A 7TIMA 3FJ6A 3TDFA 4BK9A 1DV7A 3VCRA 3MP5A 1MEHA 1V5XA 4FNTA 3UWZA 2QAPA 5FI8A 2V81A 5HUPA 1FWTA 3EB2A 5LHEA 3U6WA 1IIHA 1QOPA 1ZY9A 1MSSA 2P1FA 3LRMA 4JYDA 4LRTA 4GWEA 2BWGA 1I45A 1H7PA 5G2WA 1EUAA 2QJIA 2AQWA 5U7SA 2OT1A 1F5ZA 1F2JA 3A5FA 5HJLA 5CSSA 4UFKA 2CZFA 3PBUA 3QW4B 3MBFA 1XBXA 5HINA 1BWLA 2X1UA 3IIPA 4GBUA 4GRSA 4M6PA 3BLEA 1PV8A 2V5BA 3H53A 3W70A 3LGEA 3G8RA 3WK1A 3S5NA 3LLFA 2QEZA 1I2NA 1S5VA 3W83A 3Q94A 3MMTA 4M6VA 1HUVA 4R33A 1VCFA 4LC6A 4DQWA 2A6NA 1NSJA 3LRLA 4JX6A 1BTMA 2JKPA 3SIZA 3DKJA 3KRSA 1OYAA 5FEWA 1X1ZA 3IGXA 3CQ0A 2CLMA 3IIXA 3JRKA 3EEGA 3C2EA 4WUIA 5DCDA 3W1XA 2A7RA 2GVLA 3BW4A 1Q6LA 3C2RA 1DQXA 3ABOA 2X1RA 5D30A 8TIMA 1QPOA 4EF8A 5C55A 3P82A 4HSOA 3LHZA 1ZJIA 4H6KA 4WY0B 5TBOA 3B04A 5LNVA 2OJPA 3Q2DA 3O6CA 4FNSA 4CNPA 3IGSA 3HB9A 1LORA 4XBKA 3MYOA 4DELA 1O94A 4JICA 1HO1A 4MFDA 1GTEA 2Z6JA 3PWAA 4IX0A 3T44A 1JQVA 4UTHA 4UTTA 2QUUA 3P62A 2QCGA 3NQDA 4A29A 3G0SA 3A24A 1KM4A 3QYQA 3G1YA 1NEYA 4HT3A 4UNKA 1AL7A 4FEZA 2TYSA 1TV8A 2GOUA 1R47A 3W75A 3YPIA 4UFMA 3V1PA 1ZAIA 4JTLA 5F2IA 3SZ8A 4JTHA 4TR9A 4ZVJA 5T26A 1DVJA 5TIMA 2TMDA 1JCMP 4O19A 1KM5A 3C8FA 3OBKA 3ABSA 5EY5A 4M19A 4HN4A 2VXNA 2ATSA 3I7RA 3G1FA 1SR9A 1F6PA 3N19B 3C4UA 1X8FA 5LGXA 4MKNA 3EX3A 4IX2A 1VHCA 3TV8A 3TJXA 4OV4A 4ZZ9A 1G6CA 2PC4A 4GUGA 3LXBA 3NQ6A 4UC5A 3PS7A 3CWOX 1ALDA 2D73A 2FQIA 1XBZA 5AYXA 3UD6A 4O50A 1GQNA 2RDUA 1ICPA 2KZHA 2YGYA 3GB6A 4FIRA 1IXQA 1VRDA 2CLOA 2LLEA 2WNZA 3DAQA 4DO4A 4OQVA 3NYZA 2WOQA 5FF4A 4JYEA 3G18A 3P61A 2PRMA 2Z0IA 3F1QA 3IIVA 3MI6A 1BKSA 1GVRA 1U5JA 4O13A 1K8YA 2YFOA 1O60A 3UYCA 2YZRA 5TQLA 3KRZA 3HGOA 1YPFA 4ORIA 4CNOA 1O5XA 2OT0A 3B0UX 1GG0A 1VLWA 4ZL1A 5J5DA 1QCWA 2ZZ5A 3TKFA 3L67A 3W7IA 3LB0A 4MYXA 3W7DA 2WKJA 2WSQA 1GTHA 4HHPA 1QPNA 3S42A 2Y88A 3TAKA 3EXTA 3P5YA 2QCHA 3W1QA 3C2FA 3SR7A 2CLIA 1OYCA 1TPUA 4ZQNA 1TMHA 2NV1A 3I68A 1HTIA 3W7JA 5DY2A 3QPYA 4DO5A 1EUNA 2E6AA 3EWBX 2C0AA 5J5RA 2Q8ZA 5LGZA 1BEUA 1LP6A 1GWJA 2WJZA 3NZRA 4CCDA 4DBEA 1FDJA 1KA9F 3INPA 3AJXA 1TQJA 4NJIA 4X3ZA 2QCDA 1TTPA 4JX4A 3S5OA 4Z0JA 3THQA 1HG3A 1W3NA 1G67A 3SFKA 2B7QA 1RVGA 3QSTA 2EHHA 5D32A 4AWSA 1TV5A 3NNTA 1K7XA 4DBDA 1JCJA 3NQMA 4YCOA 3MWAA 3ABRA 1H63A 3NXFA 4E0CA 1PE1A 3W86A 1A53A 2NZLA 2WV8A 3R13A 4E2BA 2PE4A 2YCEA 3TK7A 3L0KA 4LV9A 3LTPA 4LVBA 3KVKA 2V9DA 2CFFA 2G5WA 4Z0SA 1ZCOA 1OF8A 1KM6A 3GXNA 1E51A 2YPIA 4AXKA 4LRSA 1VGAA 5DXYA 4DF0A 2BZNA 1S5WA 3W2UA 5DBUA 5D09A 2A6LA 2Y61A 4RLIA 2V2DA 3NQVA 3W7OA 1VH7A 5FF7A 4A3UA 4NZJA 1NAL1 3BG9A 2WSYA 3W2KA 1W0MA 4UTUA 3B03A 4LVFA 3W85A 3GR7A 3EWUA 2ZZ7A 3NL5A 1H7RA 1FXQA 4UTWC 4L4MA 1RQBA 2A1YA 5DN1A 3PSWA 3KAOA 1KTNA 2ZRUA 3CWNA 4KWVA 4Q4KA 3MO7A 2FPTA 2J24A 4KWWA 1YTDA 3M41A 2P10A 2NV2A 1QDSA 1W5NA 1K8XA 4DEFA 1QO2A 5HR7A 1LRTA 4TO8A 1DJNA 3BVJA 3PUDA 2C14A 3HF3A 1B4KA 3TROA 3ANYA 1OF6A 3QEZA 2RDWA 1L6SA 3N3MA 3E49A 5BOOA 4XKYA 1ONRA 4JN6A 3A23A 1TO3A 3IVUA 4O18A 3IGUA 5AC6A 3N9RA 2C1HA 3TU9A 1NF7A 2TRSA 1W54A 4JTEA 4UFHA 2X2GA 4N4QA 3DFOA 3NVTA 1N7KA 1P0NA 3W7CA 3B0PA 4U4MA 3L21A 5FEZA 1I8JA 1M5WA 4NT0A 2VEIA 1LBMA 4QQ3A 3STGA 3G3DA 3NQCA 2CZEA 3QSRA 2DZUA 2Z6IA 2E5DA 2C6QA 2YX0A 4IJBA 3NPUA 1QPRA 1TRDA 4E2DA 1Q3NA 5CG7A 1ML1A 3MHFA 1L9WA 4WOZA 3UXAA 3TSBA 4QJ1A 5BW6A 5C54A 2Y7FA 1M7OA 4N2YA 4BWLA 2GPTA 2J88A 1SPQA 3T7VA 3O07A 2TSYA 5CGQA 1LOQA 1OVDA 4S2CA 2PRLA 1B4EA 3BW2A 2I9EA 4HPXA 3DI0A 4WY0A 4LC8A 1LDCA 4N6EA 1RQEA 2QAFA 3BLFA 4ZQOA 1EP1A 3LHYA 1EEPA 4OWGA 1H7OA 4FX6M 4KKXA 4M6QA 3S1WA 5LNSA 1KFJA 3GVGA 4PL1A 2E5BA 2YYUA 4GFSA 4UTLA 1K8ZA 3CHVA 3IIOA 2H90A 4I7UA 3QFEA 1F05A 3TE9A 1FBAA 1LM1A 4A22A 1VC4A 3NQFA 4QNEA 3A5VA 4JIPA 3S0CA 3L65A 3UXDA 4NXKA 2VELA 1GVFA 2E5CA 4PEKA 3UZJA 1MEIA 3PBWA 1UUMA 3GNDA 2DZVA 1SFLA 1TTJA 3NM1A 3CEUA 1CW2A 1PL9A 3O16A 4K6AA 3CLMA 4WX2A 3S9YA 3RK8A 4Y8FA 2X1TA 1C8VA 1KFLA 2DZXA 4EIVA 2H3DA 1LZOA 5EYWA 2ZZ6A 1JRCA 1H7WA 4IXHA 3NGJA 3PUOA 3EX2A 4KFNA 5LHFA 5K2ZA 1H60A 1OG0A 2DZTA 4K38A 4RK8A 5A8GA 1OX4B 3KFTA 4I7WA 3JR2A 4JDBA 3ELFA 4IPJA 4BI6A 4OE7A 4AWTA 4JTTA 1AW5A 4LVDA 1ZHAA 3W1PA 2FTPA 5G2HA 4IMGA 4MPQA 1AL8A 3W7PA 5HULA 2RHGA 5CZ0A 3TMLA 3DENA 3M43A 1L6WA 3LCXA 3NQGA 4LWWA 3NA8A 3MYPA 3QM3A 3PG8A 5FF2A 1N8FA 3LCWA 4E38A 4DPQA 1FWWA 3GXTA 4AAJA 1WXJA 1IIGA 1P1XA 3FKRA 4UTKA 2B7NA 2H8ZA 4JGDA 2FB2A 3PB0A 4PTNA 1PS9A 5D2VA 1Z44A 1WOBA 2HSAA 3HGJA 5KINA 5HQEA 4AHOA 3QF0A 3HBLA 4UTJA 4WY0F 1ADOA 3DFTA 2NX1A 4OBTA 2OMAA 5IM51 5AHEA 4BI7A 3BG5A 4RXGA 2Y70A 1AMKA 5F2MA 3LERA 3SGZA 1THFD 3P84A 1VHNA 4HNNA 2GQAA 1OJXA 4DF1A 5F2GA 1UCWA 1WYIA 4FF7A 2ZRZA 3LHUA 2NUWA 3SGUA 1KTBA 1KFCA 1DBTA 2A7PA 4N9BA 5G1TA 5HWJA 1XM3A 4WXYA 5G1YA 1WA3A 4CQ9A 1OYBA 4UFLA 1YTKA 3TNOA 3VE9A 4M5PA 1GZGA 4NUWA 5D37A 2F84A 4MUZA 3BW3A 4UMBA 4RX0A 3TQ0A 3C2VA 3W7NA 2QKFA 1X7FA 3FA5A 2DJXA 4MIMA 5MHBA 1WAUA 3DFPA 3WJXA 3E02A 1KW1A 1KFEA 3LCLA 1ZAJA 2ZTKA 4C1LA 3Q58A 3HPXA 2GUUA 2CLLA 5AHIA 1A5SA 4ALDA 5CZSA 2H3BA 3NL3A 1IXPA 3PULA 1G69A 4X9SA 2I14A 3LLDA 3O06A 1EP3A 4C1KA 1DOSA 3TCEA 1D9EA 4Y96A 1KLYA 1W5MA 5G4EA 2CLHA 1K02A 3RU6A 5AYZA 2Z1BA 5IBXC 3W76A 1VPXA 4AF0B 3DXIA 3M16A 3UPBA 5FESA 3W22A 4MY9A 1YDOA 3OG3A 1X1OA 3S1VA 3W1TA 3E0IA 2PRHA 1H61A 2QDGA 2ZBTA 3GDKA 3CU2A 4Q33A 4NNCA 4ZQCA 4FNRA 3VNDA 3PM6A 1OHLA 2BLEA 2WO5A 2G95A 5AHMA 5AYYA 4QIUA 3W1RA 1TJPA 5G5IA 2J27A 3W88A 1JCXA 1G4SA 1ME8A 4HIBA 4O57A 4MJMA 1OFOA 3P67A 5KMYA 3S5ZA 5KZEA 1VZWA 3B8DA 2HS6A 1I2PA 2XFWA 5BRBA 1TTQA 3CTLA 2F7FA 1RZMA 2JGYA 5A5WA 3WK2A 5K7JA 5L6UA 4DPPA 3W74A 3LCHA 3NL2A 2E1DA 4ADUA 3D0CA 3HG2A 1F7BA 3DH7A 5D2TA 4NU7A 2YSWA 2QCNA 2JKEA 3NO5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4LGX A;  1ADO A;  3DFT A;  3HA1 A;  4I8D A;  4GK8 A;  5A8O A;  2OMA A;  1QAS A;  4DNH A;  2ON3 A;  3MSG A;  4RXG A;  5HK4 A;  3N29 A;  5F2M A;  3SGZ A;  1NM9 A;  1THF D;  4XUY A;  3R43 A;  4YHE A;  1UCW A;  4X60 A;  3R1Z A;  2G3N A;  3WCZ A;  1FWI C;  1KFC A;  1DBT A;  2IPG A;  4N9B A;  1V3I A;  4U2Z A;  1XM3 A;  3KL5 A;  4WXY A;  1JZ5 A;  1WA3 A;  3WML A;  3RLG A;  1YTK A;  3B9O A;  4AIU A;  2WMI B;  3RHG A;  5D37 A;  4Q4P A;  4ENL A;  2F84 A;  4MUZ A;  4UMB A;  1Q8J A;  3C2V A;  4US5 D;  3W7N A;  3AHX A;  5E6Z A;  3FA5 A;  2W62 A;  2WMF A;  3T0C A;  2YL9 A;  2PDX A;  1WAU A;  4NAE A;  2Y5E A;  4LBR A;  1R3R A;  1ZAJ A;  4LAK A;  4MDO A;  4C1L A;  1B5T A;  3LGG A;  3Q58 A;  3T2O A;  2P3E A;  3D47 A;  2CLL A;  3AUJ A;  4XSM A;  1AQH A;  1S3T C;  3N3T A;  1IXP A;  3NL3 A;  3SRF A;  1VFL A;  1W2V A;  4LCQ A;  4LAU A;  4RPQ A;  8RUC A;  1RBA A;  4Y96 A;  1ODU A;  2JIW A;  1ZZM A;  2CLH A;  2E28 A;  5AYZ A;  2Z1B A;  3W76 A;  3BAJ A;  2C0H A;  4DM1 A;  3E2V A;  5FES A;  4QSF A;  5DT7 A;  4MY9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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