1TCD | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	248
structure length	248
Chain Sequence	KPQPIAAANWKCNGSESLLVPLIETLNAATFDHDVQCVVAPTFLHIPMTKARLTNPKFQIAAQNAITRSGAFTGEVSLQILKDYGISWVVLGHSERRLYYGETNEIVAEKVAQACAAGFHVIVCVGETNEEREAGRTAAVVLTQLAAVAQKLSKEAWSRVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEVHELLRRWVRSKLGTDIAAQLRILYGGSVTAKNARTLYQMRDINGFLVGGASLKPEFVEIIEATK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Differences in the intersubunit contacts in triosephosphate isomerase from two closely related pathogenic trypanosomes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma cruzi
total genus	93
structure length	248
sequence length	248
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1998-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tcdA00

3P62A 4UTTC 3EX4A 5AC7A 3M6YA 1H7RA 1DHPA 2Y7EA 3THQA 5I3FA 3W9ZA 1ZENA 1FWRA 4WJEA 3HQ1A 5CZ0A 1BKSA 1LRTA 5DBTA 1WX0A 3PM6A 4IX0A 1C29A 4QISA 4WXYA 3MO7A 2WV8A 3MI6A 3L5LA 1SSDA 5HWNA 3VKJA 1XBZA 1LOSA 1SO3A 4GFSA 2V0TA 3PB2A 1L9WA 5D02A 3E12A 5KZDA 3BW4A 3TQVA 3R5EA 4JYEA 1W5PA 1J2WA 4JEQA 2NLIA 1SPQA 1H63A 1RQEA 3DGRA 2BXVA 3EXSA 4UTIA 5F2GA 1FQ0A 3E02A 3P67A 1T99A 4OQVA 1TYGA 3W7IA 2A7RA 3A21A 5CZSA 3TROA 2DU2A 3NZRA 2O7QA 3RK8A 1RZMA 4IPIA 4BI5A 1YXYA 1L6SA 3STEA 3CIWA 5EKYA 4UTKA 4UXDA 3HGOA 2WNNA 4JD4A 1S5WA 2E5BA 3O15A 1B4EA 1W3IA 3GNNA 3KXQA 3EWYA 3LLFA 2GOUA 3FS2A 1OK4A 1GT8A 5FEZA 1FCVA 2GVJA 2EAWA 4MLRA 1HO4A 4JTEA 1JCMP 1D3HA 3BGJA 3M1ZA 1TO3A 3QSTA 3BVJA 3TW7A 1FWTA 4AAJA 4NJGA 3FOKA 3W7NA 2NXHA 3KVMA 2A21A 3IIVA 1TPFA 4E0CA 2QEZA 4O54A 4NNBA 3CPRA 1TRDA 4BK9A 1JQXA 1OHLA 4O10A 2G96A 2NZLA 2G95A 4JIPA 3G1HA 1G69A 1J4EA 2J9XA 1VHNA 1TJRA 2A6LA 4NZJA 4P61A 4UC5A 4ORIA 4MLJA 4N9EA 5D38A 4NUWA 3LCXA 1H50A 1R2TA 5E1QA 2CFFA 1AMKA 3MMTA 1Z42A 2RH9A 2V8ZA 3UQNA 4UR8A 2FPVA 1VYRA 1A53A 1XBVA 5I3HA 3I7RA 1FXPA 1QPOA 3KHJA 1KM2A 1VS1A 1YADA 3TFCA 2ATSA 1ZCOA 3DHDA 2B7OA 4WD0A 1SUXA 3NYZA 1SO6A 5BW6A 4LVBA 1QPRA 3W3OA 3NQMA 4BR1A 2VFDA 3GXTA 1GZGA 2X16A 3B04A 1JULA 3PSWA 4NVTA 4JNMA 3DFPA 3CLMA 3W7DA 1WA3A 2WQPA 4JY8A 4K8HA 3EWXA 1ZAHA 3NPUA 1THFD 3G1FA 1TIMA 3FLUA 1KA9F 4CLMA 3W7JA 4XTIA 5G1TA 2Y70A 4FNRA 2ZCGA 3LDVA 1IF2A 5AYZA 1AK5A 5D30A 4UTHA 1C9DA 1QNVA 3Q58A 1BWLA 2ZRWA 3G1SA 1FCUA 5A8GA 2E6FA 3LCWA 4XTDA 3PB0A 1UUOA 3P5YA 3T4CA 2ZZ1A 3IGXA 4BWLC 3FEMA 1OK6A 2G5WA 5FESA 2C18A 4MY9A 2NV2A 3NPXA 4N6EA 2V2CA 2RDTA 3CEPA 4IPJA 5F2MA 2VFGA 4NZFA 1OF8A 4JXCA 2KZHA 3W1PA 2J9ZA 3G8EA 5G2HA 3ZWTA 2A7PA 1AG1O 1FCBA 4DO5A 4RV8A 4HKPA 2G97A 3SGUA 4MJZA 2ZBTA 1GWJA 3BO9A 2TMDA 2HTMA 2CZ5A 3T44A 1LTDA 1TTJA 3T78A 3WJYA 4Z0SA 2OJPA 3NQ7A 1H60A 3I68A 3LXAA 3O07A 3S1UA 4CNPA 1H61A 4JN6A 4P2VA 5KMYA 1P4CA 1ICSA 1A5SA 4A21A 5K7JA 3E9AA 3TSBA 3P84A 2Z6IA 3N34A 4DXVA 3MUXA 4ZQPA 1S5TA 1ZALA 1K8XA 3W7LA 2CZFA 4M7TA 3NQ2A 1TPB1 3TC7A 3LRKA 4ORMA 4PODA 5K3VA 4RK8A 4K37A 1KM0A 3QQ0A 1JJKA 4MFDA 2DZUA 3FA5A 2E1DA 4KKXA 2HS8A 1IXQA 4N9CA 3W71A 1JUKA 4R7JA 3NL3A 3M5VA 5D2VA 3RF9A 1Q6OA 3DFSA 3IIXA 4LVDA 3W7MA 4O12A 4DF1A 2FFCA 1RQHA 1PIIA 3OG3A 5TQLA 4O19A 5HMSA 3UWUA 2R8WA 3GAYA 4N4PA 3UZJA 2JK2A 3ABSA 3Q37A 1WV2A 2QCLA 4LRTA 2JKEA 1L6YA 3L66A 3GDMA 1GVFA 1OG0A 3WJZA 2DJXA 3BLFA 4O0KA 1JRBA 3TU9A 4LVAA 4QIUA 3INPA 4AHPA 3LM7A 2A2IA 1AW1A 5DY2A 3TSDA 1Q3NA 4JTGA 2ZTKA 4K8EA 4ZQNA 4JTSA 3F1QA 4LTSA 2BX7A 1PCKA 1W0MA 4XKYB 3UWVA 5KITA 1OJXA 3C56A 2DZVA 2NX1A 3KVLA 4UMBA 4UTWC 5AHLA 3NQGA 3G1AA 3ZR4A 4FX6M 3T55A 3LCFA 2CLMA 4UFJA 2ISSA 1WAUA 4NNAA 1SZFA 1EP2A 5HWJA 4IXXA 2VOMA 4UFIA 1KM3A 3GLCA 4HHPA 2C19A 1XUZA 1DKWA 1G7UA 3HB9A 2WPBA 3WK0A 3ABQA 8TIMA 3RU6A 5A5WA 1O5XA 2Y6ZA 1MEHA 5AYYA 2P0OA 1ZJIA 3L0NA 4GUIA 3W74A 3G1DA 5LHFA 1TCDA 2PRHA 5HULA 5CSRA 2LLEA 4X3ZA 1NVMA 1EP3A 4DO4A 2DZTA 1O5KA 3MJYA 1KFLA 4HT3A 3GIYA 3WK2A 1F76A 1LDCA 2C6QA 3W83A 1IIGA 3PY2A 2YDAA 1I2OA 4A22A 1LP6A 5AC6A 3A5VA 4AHOA 3BLIA 4LVGA 4EF9A 2QKFA 3TQKA 3K30A 2CZEA 3QJAA 3UWYA 2H3BA 4DELA 4IUOA 1BEUA 4M6QA 1UCWA 2TSYA 3DI1A 2DZWA 4O17A 4ZZ9A 1MEWA 4A2SA 1KM1A 2QCGA 3L2IA 4BI7A 3G18A 3LHVA 2WSYA 1KTNA 4PH6A 2AQWA 1C8VA 3W2NA 1LM1A 3NOEA 3Q2DA 4K39A 1J5TA 2P10A 4GC4A 1K7EA 4CQ9A 4C1LA 3M5YA 4TIMA 2YGYA 3ZS4A 2EKCA 3IVUA 1TTIA 1RR2A 3C2FA 3PUOA 1G7VA 4M6PA 2ZZ6A 3ATZA 1QR7A 2PC4A 3BG3A 1JCLA 1XKYA 2JKAA 4PTNA 4O13A 4K6AA 1Z44A 2YW3A 3UPWA 5CKSA 1KTBA 1OFBA 3IEBA 2DZXA 2X1RA 3ANYA 4N02A 3O6YX 3LBCA 3MHGA 5BNKA 5D03A 1QMLA 2BTMA 4YLWA 4IOTA 4JICA 2EF9A 4JYFA 1FDJA 1OFQA 3V75A 4O14A 4MIMA 1ZFJA 2ZFAA 2I1OA 4KWVA 1EUAA 2Y89A 2QCEA 4HSNA 3NVTA 1VC4A 3LTPA 5HNRA 4LRSA 1WOAA 4WZHA 3PBVA 2EHHA 4DF2A 3TK7A 1UUMA 3VCRA 4WY0B 2Z6JA 4AB4A 1X1ZA 3W2JA 5K4ZA 3STFA 1IGSA 3M43A 5L6UA 4IGHA 4WX2A 1EUNA 1BTMA 1A5CA 1AW5A 1W3NA 2E68A 3WJWA 2C15A 2I14A 4LS2A 1NFBA 2VEIA 3PUEA 2NUXA 4LV9A 4NJIA 2GPTA 4O52A 3R89A 1F73A 5AHFA 3BLEA 3P61A 1LOQA 3W07A 1YLVA 1GVQA 4I7VA 1W5OA 3DH7A 1HUVA 3GR7A 4QQ3A 1SSGA 1OVDA 3W2MA 5T26A 1YPIA 2YFNA 1GVRA 1WBHA 3W72A 3R8RA 1R47A 5D2WA 1KFCA 3NQCA 4KFNA 4NX0A 4IJBA 3N73A 1XM3A 3W70A 2WOQA 4PCFA 1ONRA 3RNDA 5CZTA 2VEMA 3DBPA 3NL2A 3GNDA 4N9DA 1R2SA 3PSVA 1P1XA 1OYAA 1TQJA 4O18A 3P5ZA 2ZRYA 5D09A 3NQDA 3OVRA 2YSWA 4DO6A 4MJMA 1EPXA 1VGAA 3TJXA 3LTYA 2WSQA 4IQLA 1DVJA 3A9IA 1SO4A 3NGJA 1S3HA 1KW1A 1LLWA 3E96A 2PRMA 5SWUA 5G4WA 2ZA1A 2FTPA 3CIXA 3L21A 4AWTA 5F4WA 3F03K 4JTHA 5EYWA 4GRSA 2ISVA 3VE9A 1K8YA 3PWAA 2QCHA 3FFSA 3JR2A 1QO5A 5F1UA 3DHFA 2ALDA 4GUHA 2Z1BA 2EGZA 1GTHA 2ZRUA 3B03A 1I2QA 1W54A 3I6RA 3W1UA 4OV9A 2GJNA 4LNYA 4BI6A 2DZPA 4FEZA 4ONVA 3QZEA 4FB7A 4FNPA 4BWLA 2ISWA 3W7RA 5LNWA 3EXTA 2WNZA 3L5MA 4UNKA 4WY0F 1W8SA 3DFQA 2BLEA 2ZZ5A 2B7NA 1TPUA 5AHNA 4UTMA 5H91A 5E93A 3TX9A 4JS3A 4J9JA 1AW2A 3W88A 5AN7A 4K36A 3TR2A 3H54A 3R2GA 3C6CA 3EX6A 1VYPX 1VRDA 3NQEA 4N2YA 1IXPA 1JCYA 4JTLA 4PA8A 1EWDA 3N2XA 3BG5A 5EMUA 4A2RA 3KRZA 3O63A 4B5NA 3UWWA 1MSSA 5U7SA 3KX6A 3LHUA 4M7SA 3OBKA 1FWNA 4PL1A 2FJKA 5F2LA 3B0PA 4L4MA 1NAL1 1FWSA 3BW2A 2GQ8A 1YXCA 5CPLA 5I3JA 4MVAA 3IVSA 1F5ZA 2E5CA 3I7QA 4MZ8A 4AXKA 3CU2A 3SGZA 2ABBA 5G4EA 4FNUA 4K7YA 5LGZA 3NM1A 4WUIA 2CU0A 4C1KA 4PFMA 1P0KA 4S2CA 2FLIA 1K3UA 1KFEA 2Y63A 1JVNA 5D33A 2GQAA 3O6DA 4Y90A 5AHMA 5D32A 3NA8A 5F1VA 1N55A 2B7QA 3FJ6A 3DFTA 1YDNA 1G67A 2A1YA 3U2OA 5K4XA 5LKYA 3A5FA 4ADTA 4K38A 5U4NA 2QUUA 2FPTA 3FKRA 5C6MA 1TB3A 3DKLA 5K9DA 2VC6A 1FWWA 5EPDA 1OX4A 1SFJA 4S2BA 3P8JA 1AL7A 1SO5A 5LNSA 4FNQA 2QCCA 1I2NA 2FDSA 5TBOA 3TAOA 1H7WA 1QAPA 4X9SA 4Z1BA 4A3UA 4X22A 1HO1A 2Y7FA 2WSRA 1RQBA 4LS1A 2OMAA 4RZ4A 1KTCA 4O1AA 3PS7A 2V5LA 2H90A 1DQXA 2VKZG 4AEOA 1XCFA 4AVFA 4O8RA 3N3MA 5DY3A 3EEGA 3L0GA 2CWNA 4NJHA 5DBUA 3RLUA 4EOUA 3DKJA 3IVTA 4CCCA 4FIRA 4XQ6A 3CWOX 4UTWA 1OX6A 4XZ9A 3MYPA 4FXRA 1EEPA 2QCDA 1A50A 3R12A 4X2RA 3OVQA 2RFGA 2YFOA 3NPVA 5D05A 4TR9A 4GBUA 1F7BA 5D2XA 3LB0A 3TMQA 3EX3A 1JUEA 1VZWA 3B0VC 2I9EA 2VFFA 2AAMA 3GR8A 2YZRA 1ICQA 5CG7A 4FF7A 4RXFA 2P1FA 1P5BA 3CB8A 1TPVA 2TRSA 4YL2A 4AWSA 2QUVA 2RDWA 1ME7A 3G0UA 2J6XA 2W79A 3NO5A 4AHQA 1B3OA 4WXZA 4U4MA 4H6KA 4FHAA 4LUIA 3QW4B 4YMZA 1GYLA 1XXXA 3L5AA 3PAJA 3W2UA 1EA0A 4FXSA 4HIBA 3QF0A 2VFIA 5FF0A 4E2BA 1YTKA 1TPH1 2XN2A 4JYDA 3B4UA 3NQ8A 5I3GA 4O57A 3TMLA 5FF2A 1MXSA 1GEQA 1KLYA 2VEKA 3C2EA 2YYTA 2H8ZA 3ATYA 3HIJA 2W0UA 3I65A 3GKAA 4LS0A 1EIXA 3NQ6A 3ELFA 5LNRA 4N4QA 3HG2A 5C55A 3PR2A 3M5ZA 1S5VA 3LLDA 3CT7A 1WOBA 4IX2A 4CNOA 1QWGA 1TPEA 1EWEA 4ZVJA 2A7NA 3EWZA 3G3MA 2FB2A 1R46A 1LCOA 4AF0A 5LSMA 1QCWA 4KFOA 3C0JA 3MYOA 2OT0A 4D2JA 4IMFA 2VEPA 3LCHA 4QM1A 3G3DA 1CI1A 4AMAA 1F2JA 3M9YA 1SZGA 1VCGA 3DI0A 3V1PA 3CQ0A 3G1XA 4UFLA 3L0KA 1Y0EA 5K9XA 4LVFA 2RHGA 3W7CA 3NQAA 3BW3A 5AHIA 3QFEA 1HFBA 1SU5A 4ICNA 3PBWA 1KM6A 1T96A 3FYPA 4RX0A 2VENA 2H8XA 1B4KA 5DXYA 2JKPA 5AFDA 1GG0A 3TUUA 2DZSA 1MO0A 1VR6A 3QMTA 5EL1A 3W76A 3VFLA 4IWWA 3UYCA 3W85A 1L2UA 2V2HA 1ALDA 1Z48A 3EB2A 3U8GA 2BSLA 4GWEA 4CCEA 2YXGA 4LY8A 3W75A 1UASA 5KTLA 3KRSA 2E6YA 5CPNA 4RJEA 3GXPA 2YR1A 5C5YA 4HPXA 3IIPA 4NU7A 2A6NA 3DXIA 3M7WA 1KFKA 1GG1A 2WNQA 3ABOA 3LHTA 3W7KA 2DJLA 3DAQA 4O16A 3S5NA 3ZFHA 5J5RA 3IGSA 2QDGA 1TRIA 4NXSA 1W5QA 3LX9A 4NT0A 2H3DA 3TSMA 2F7FA 1N8FA 2X2GA 1H1ZA 1PE1A 3KOFA 3NPWA 1EP1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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