1TCD | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	248
structure length	248
Chain Sequence	KPQPIAAANWKCNGSESLLVPLIETLNAATFDHDVQCVVAPTFLHIPMTKARLTNPKFQIAAQNAITRSGAFTGEVSLQILKDYGISWVVLGHSERRLYYGETNEIVAEKVAQACAAGFHVIVCVGETNEEREAGRTAAVVLTQLAAVAQKLSKEAWSRVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEVHELLRRWVRSKLGTDIAAQLRILYGGSVTAKNARTLYQMRDINGFLVGGASLKPEFVEIIEATK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Differences in the intersubunit contacts in triosephosphate isomerase from two closely related pathogenic trypanosomes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma cruzi
total genus	93
structure length	248
sequence length	248
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1998-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tcdA00

1KFKA 2J24A 3PBUA 2Y61A 3P80A 1OX4A 1Q6LA 5K7JA 4AHOA 3O6DA 5D2VA 5F2MA 2PRHA 1XDLA 1LRNA 4BF9A 1QOPA 2Y7FA 2PCQA 1I8JA 4N2YA 4FHAA 3UPWA 4XQ6A 3NQCA 4GXMA 1V7YA 3L0GA 3RK8A 1TCDA 5HWMA 1LRTA 3VNDA 4ZVJA 1X1OA 5CPMA 4JTSA 5A8GA 3A23A 3QPYA 1I2OA 1AW5A 1DQXA 4GFSA 4IXHA 2B4GA 1TYGA 4POCA 3MMTA 5I3IA 2CLHA 2Z6IA 1VZWA 3A22A 5HWJA 1W37A 3OVPA 5FF0A 3UNDA 3TW7A 2DZVA 5H2ZA 1T96A 1SW3A 2NXIA 3NPVA 4UFJA 1ME9A 3HGRA 1O95A 2RDTA 3LX9A 4R53A 1UJPA 3BPWA 4FXSA 2YW4A 3BG3A 3IEBA 3L65A 1LCOA 3MO7A 5AHIA 5KMYA 3G0XA 1H1ZA 2P1FA 2CZEA 3CU2A 1VCVA 3ELFA 1W54A 3HQ1A 3H54A 3M43A 2GJNA 4GE8A 3PF3A 1GVRA 1TTQA 1J4EA 2ZZ6A 3PR2A 4WXYA 3OA3A 5K9CA 5C5YA 3LBCA 4AHQA 3G1FA 1JRBA 2DZXA 3LOTA 4LW7A 3S9YA 4ORIA 1R2RA 3UWQA 5EKYA 3FFSA 4UTTC 4X9SA 2ALDA 5A5WA 3UY7A 3LCLA 3Q37A 1LOLA 4LUJA 2VEPA 2NXGA 2QKFA 3GAYA 1KW1A 4JS3A 4LUIA 1IXPA 3BLEA 1VQTA 2V2CA 2BZNA 3TK7A 1ZCOA 2ZRZA 3CTLA 5I3JA 5K9DA 3CWOX 1DBTA 3PUDA 3JS3A 4Z1DA 1IXOA 2FFCA 2WOQA 4RK8A 3YPIA 3I7SA 4GRSA 3WK0A 5KZEA 1RZMA 3LCIA 2A6NA 2VXNA 3PC0A 4AAJA 1Q45A 4PL1A 2QCDB 3L5LA 4AF0A 1J5TA 4NNCA 1QAPA 3F03K 4P2VA 3VI2A 3P7YA 4RLIA 3PS7A 1Z42A 3LCWA 2TPSA 5LKYA 1XBYA 3R5EA 3ABRA 1VPXA 1RD5A 3SIZA 3KXQA 2J88A 1OF8A 2YFNA 5D03A 3MP3A 2RFGA 3MWAA 4ZQCA 1OFBA 1GJPA 1B4EA 2YXGA 1PV8A 3N14A 4QNWA 1HG3A 1YLVA 3P67A 2Z0IA 3GDKA 4Q32A 3UPBA 3LM7A 3NVTA 3M7WA 1F6KA 4WXZA 4TX9A 4CCCA 4A21A 1RV8A 4LS0A 4S2BA 1JUKA 1VHCA 2V82A 3NZRA 4O53A 4X2RA 5F2LA 1JULA 3EX6A 1OX6A 1W5PA 3IRDA 1UB3A 4BR1A 1U83A 3UZJA 1BTMA 4JN6A 1G7UA 3EKLA 2CW6A 4IQLA 4NJHA 4UTWC 1GZGA 3OEXA 2ZA3A 1VH7A 2V5BA 3T7VA 2BX7A 4JTEA 3C2VA 4UFLA 1QOQA 3PWAA 1FX6A 4UMAA 4MOZA 4HN4A 3USBA 3HG2A 1KA9F 3NZ1A 8TIMA 1QFEA 3NNTA 4QIUA 2WKJA 2C18A 5FEWA 5HULA 3W7KA 4GUIA 1QNVA 5HUOA 3QC3A 7TIMA 3EWZA 4JTLA 4EIVA 1H51A 3NL3A 3LXCA 4HPXA 1X7FA 3NYZA 3M5XA 2A85A 4RXGA 2C16A 3P5ZA 1YDOA 1SO6A 5CKSA 2E68A 2QJGA 1OVDA 2JKEA 3OG3A 2DU2A 4XTIA 3NQVA 2DZSA 1W31A 4N02A 1HO4A 1HO1A 3NQEA 3N2XA 3O16A 4YWIA 2A7NA 5CZTA 3HGSA 2JKPA 3EX1A 4IGHA 2H90A 2ZCGA 5AHLA 4PEKA 1A5AA 5G5IA 3LCXA 2DJLA 3BARA 3HG5A 3IGUA 6ALDA 1F05A 1OYCA 1L6YA 2WSYA 3G1XA 3CC1A 1K8ZA 3L68A 5HNRA 1KFJA 2CZFA 4GUGA 2ZZ1A 2YPIA 3LCFA 2C13A 4LS1A 4Z08A 4O10A 3IVUA 1KTNA 3LB0A 2E6FA 3GIYA 1ZAJA 3N34A 1JQXA 1FCUA 2AAMA 3OBKA 5E1QA 3W71A 1OG0A 2H8ZA 2HS6A 1A5BA 1VS1A 3N2MA 4Y8FA 5LGXA 1K7EA 3TDFA 4JXCA 4LVAA 5KTLA 1IGSA 4DO5A 5I3GA 1H7OA 3C2RA 4RKAA 3DFNA 1TV8A 3TUUA 1U5JA 3W83A 2FQIA 4UR7A 4LU0A 2E6YA 1FWSA 3BG5A 5I3HA 4JY9A 3HG4A 5KINA 3TV8A 3EWXA 5DY3A 2JGQA 4H4IA 2Y63A 3GYEA 3M5VA 3CB8A 3STCA 1L6WA 4GC4A 4K8HA 2B7PA 2X1SA 4A22A 2A7PA 3QYQA 3HB9A 1WBJA 1W0MA 1K03A 3ABSA 3C2FA 2GVJA 1BWKA 3LLDA 3WK3A 3R89A 1O5KA 3S1WA 4HKPA 1B9BA 1YDVA 4I7WA 3S1XA 4HNTA 5AYZA 3W7HA 3W7JA 3NQDA 5CSRA 1D3HA 4LC8A 4QITA 5DLCA 1FWNA 5DCBA 5TQLA 4IMGA 4J9JA 4IX2A 3OVQA 2O7SA 3THAA 2C3ZA 1XL9A 2BTMA 1B3OA 5I3KA 1H5YA 4ZL1A 5D09A 4AF0B 5KZDA 1FCBA 1G4TA 1J2WA 3C6CA 3HG3A 1H50A 1WOAA 3KVJA 3BW3A 1P0NA 3QQ0A 4K6AA 1GVOA 1THFD 4DO6A 2DJXA 2FLIA 2WSQA 4L4MA 3TJXA 2VFGA 1DOSA 3BG9A 4LVFA 1KM6A 3C2OA 4IMCA 3T44A 4FIRA 3M9YA 1SW0A 4JNMA 1NFBA 1KFBA 1SO3A 4O13A 1TJPA 2FPTA 5SWUA 3CM4A 3K30A 3F4WA 3NPXA 5G4EA 1VGAA 2ZFAA 4UMBA 1WA3A 4IPJA 1JQVA 4MFEA 4L4LA 3KVMA 4CCEA 1IIHA 4A2SA 3B0PA 2YFOA 4N9DA 5FF4A 2C6QA 3M1ZA 4I7UA 5AC7A 1EWEA 3PB0A 2QAFA 5HQEA 4ADSA 3O05A 3H55A 4JDBA 2C19A 3MP4A 4LTSA 3STFA 2DP3A 2W6RA 4YMZA 4NZJA 2VOMA 2A1YA 5HINA 3HPZA 3IIPA 2CWNA 3W1UA 3UWUA 4LVDA 5F1UA 2Y7DA 4BI5A 2TRSA 1N55A 3LRKA 2AGKA 2VELA 3C3NA 1N8FA 2OMAA 4DPQA 4UTMA 5C6MA 1YTDA 1IXNA 2QAPA 2QDGA 3N9RA 1TPUA 1ZY9A 3B04A 1Q6OA 3W1TA 1TJRA 1AG1O 3A5VA 2WO5A 1DORA 2Y89A 1VRDA 2RH9A 3ZWSA 3UXDA 4QJ1A 1SFLA 1CX9A 4O54A 3GKFA 4RR4A 2C14A 4UCGA 2NV2A 1L2UA 3EWYA 3MHFA 3G0UA 1I2PA 2Y88A 4UTTA 3W2JA 5E93A 4MY9A 3NL6A 1YYAA 4U4MA 5AC8A 1SO5A 3D0CA 1QR7A 2QDHA 1KBJA 4WD0A 1D9EA 1BKSA 1CI1A 2CZDA 1DV7A 3NR0A 3QJAA 2A2IA 4TR9A 4CQ8A 4QM1A 2ISSA 4Y6GA 4NXKA 3TMLA 4BWLC 4LC6A 1VJIA 2X1TA 3EXTA 3W22A 3QEZA 3I6RA 1WQ5A 3O07A 4U28A 3ZFHA 1H7WA 2RKXA 4NJKA 4O28A 4MIMA 4RZ4A 2RDUA 1VYPX 3SZ8A 5AHNA 3JRKA 3MUXA 3SECA 2ZRUA 3S5OA 3HPSA 2A7RA 5F4XA 4HIBA 6TIMA 1R2TA 3DZ1A 1W56A 4UNKA 2ZRVA 4JDYA 3KVLA 1Q6RA 2JBMA 2HMCA 1AW1A 4NJIA 2VFFA 2ZRXA 1LOSA 2E5DA 2LLEA 5DY2A 4FX7A 3OVRA 1UCWA 2H3DA 4ORMA 5D2WA 3LBMA 1YPFA 1EUAA 1OFAA 3FS2A 3L9CA 4JTKA 4Z1AA 2GOUA 3TJLA 1O60A 3EKZA 4E2DA 5CSSA 4XKYA 1H61A 4HSNA 4O12A 1VR6A 3W84A 4DXVA 1TV5A 2CZ5A 3FIGA 2FPVA 5CG7A 4O1BA 2QCCA 5G2WA 3VE9A 4QNEA 1XI3A 3W1NA 1LDCA 1G67A 1JR1A 1JUBA 4PL2A 3QZEA 4RXFA 3WK1A 3TW6A 4B5NA 1H7XA 1WOBA 4MFDA 3W1AA 1L9WA 1XUZA 2DORA 2ABAA 3DU0A 3FJLA 4UTWA 3TSBA 3W7LA 2H6RA 4KFPA 5K4XA 5MHBA 3TKFA 3NPWA 1W5MA 5FI8A 4LVGA 4MKNA 5BMXA 1D3GA 3KOFA 3W1RA 1GVSA 3OHIA 3QFEA 4ADTA 1SZNA 5D05A 3M5YA 4XBSA 1R46A 3TSDA 4QSHA 1H62A 1B4KA 2FTPA 5DXXA 1OK6A 1JCJA 1HTIA 4JTGA 1P1XA 4LNYA 1OFRA 2PURA 3UWZA 2DZWA 3L0KA 3STGA 4CNPA 1QPRA 3CEUA 3STEA 1UUOA 3DI0A 3I7QA 3C8FA 3WFAA 1GTEA 2W0UA 1QPNA 2YX0A 2GQAA 2A21A 4KWWA 2E6AA 1H63A 3U2OA 3W73A 2A6LA 3GNDA 4IMFA 5K9XA 4YCOA 3HMJG 3ZWTA 1OFDA 4MJMA 4FXRA 4GUFA 1XC4A 1PL9A 4DBDA 3MHGA 3BLIA 5G4WA 1JCXA 4O8RA 1W3TA 3O06A 1V5XA 3MYPA 2FB2A 2VFDA 4CQ9A 3G0SA 3S42A 3C52A 3B0UX 1FCQA 1Q3NA 1QCWA 3IIVA 4CNNA 2H3BA 2QR6A 1OX5A 3R12A 2BXVA 1GQNA 4O0ZA 4AHPA 4DQWA 3LXAA 2NWSA 2B7QA 3C56A 3B8DA 3NQ2A 2C15A 2WSRA 4JTFA 3BVJA 5CZ0A 1W5QA 2Q3OA 1VHNA 2QEZA 2NUWA 2GVGA 4MPQA 4O4VA 4KWVA 5FESA 1TRDA 3T40A 1S5WA 4UFMA 3LHUA 3P8JA 5LNVA 4LRTA 3PM6A 3GDLA 3TC6A 3ABOA 2CLIA 1TPB1 3QSTA 4NNBA 3T55A 3DHDA 4RX0A 1OFEA 3B03A 3KHJA 3SW6A 4HT3A 3DAQA 5G2IA 3P8IA 2QCLA 4I9AA 4DEFA 1KFLA 4CNOA 5LGZA 2D73A 4CLMA 1DJNA 5D38A 3G24A 1GTHA 2EAWA 1EB3A 1NSJA 2YSWA 2X1RA 3M5ZA 2NX9A 1VLWA 1A5CA 5CZSA 1X1ZA 3O15A 3TA6A 4OWGA 4JICA 3MBDA 1SZEA 3FOKA 4IPIA 5LNUA 5AB3A 3EB2A 4ZMGA 1OHLA 1EP2A 1SQ7A 4GJ1A 1CW2A 3UZ5A 1W8SA 3W07A 4O11A 1RQHA 3QH2A 3DFQA 2Y62A 4UFIA 4JGDA 1Z48A 4O15A 1MEWA 1Y0EA 3PSWA 4OE7A 3AJXA 3W1PA 5BOOA 3N9SA 3UXAA 3VFLA 1VCFA 4K7YA 3NO5A 5DBTA 2GUUA 2QCHA 2R94A 2I14A 4FO4A 1VYRA 1QPOA 4PA8A 4XWUA 3G3MA 1P0KA 3ZR4A 2F84A 1TTJA 2V5LA 3CPRA 2ATMA 1R30A 4WX2A 1BEUA 1KV8A 2JK2A 3TSMA 1T8XA 2E5CA 4HPJA 1YXYA 2EGZA 2GQ8A 3GDRA 2ISVA 2PE4A 3L66A 4N6FA 3V75A 3SY5A 1AK5A 3HPXA 2WV8A 4C1KA 1JJKA 1YPIA 1OX4B 3HIJA 3NOEA 2AQWA 4N9BA 4EOUA 2CU0A 1KFCA 3IVSA 3HGJA 3O63A 3W7CA 4FX8A 3DGRA 5D30A 3W7NA 3RLUA 2VFHA 4O0KA 1H7PA 3EWWA 3P81A 1YTEA 1AL7A 4M7SA 1OK4A 3VE7A 2TSYA 4G1KA 1MO0A 3IIXA 3W72A 3DH7A 3M6YA 2X2GA 2NUYA 2V9DA 4S1FA 2ZRYA 3L21A 1XBXA 1LBFA 5AHEA 1XCFA 4IX0A 3EX4A 4O18A 3W74A 4MYXA 1XKYA 4OQVA 3NA8A 3W1MA 1DQWA 3EWUA 3PB2A 1G7VA 1Z41A 4MLJA 4AWSA 2A4AA 3KX6A 2BWGA 5KSWA 1XBVA 1E51A 3WJWA 2ZZ3A 3MJYA 3NM3A 5D33A 4FX6M 1ZNNA 3R2GA 3DFPA 3S5YA 4PH6A 1TREA 3ATZA 3C61A 4FNRA 3N3MA 4NX0A 1XDMA 1DL3A 3WJYA 3DFSA 2CLMA 4FNTA 3CWNA 1JCLA 3W70A 2WPBA 1WAUA 3GX9A 5CPLA 1SR9A 1PCKA 3TXVA 1SPQA 3TMQA 3FYPA 4BWLA 3SFKA 2Y70A 3CEPA 1S5VA 5DCEA 4NQ1A 3CLMA 1LP6A 1FBAA 2JGYA 3ZS4A 1EIXA 2E77A 1KV5A 1RPXA 1G4EA 3FKRA 2NV1A 4YCPA 2FB3A 3TIMA 3NL5A 3P60A 1Z44A 3MI6A 4FIQA 4H3DA 3LTSA 3G1SA 4PC8A 2VKZG 3W7QA 4DBEA 4E2BA 1LLWA 4JX4A 3TX9A 2EPHA 3TROA 2A0NA 3BLFA 1GWJA 1UASA 2NUXA 1OFOA 1T0OA 1I2RA 3WJSA 3W2UA 1S5TA 3LI1A 1O4UA 1EX5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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