1TE1 | Genus

Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	274
structure length	274
Chain Sequence	AGGKTGQVTVFWGRNKAEGSLREACDSGMYTMVTMSFLDVFGANGKYHLDLSGHDLSSVGADIKHCQSKGVPVSLSIGGYGTGYSLPSNRSALDLFDHLWNSYFGGSKPSVPRPFGDAWLDGVDLFLEHGTPADRYDVLALELAKHNIRGGPGKPLHLTATVRCGYPPAAHVGRALATGIFERVHVRTYESDKWCNQNLGWEGSWDKWTAAYPATRFYVGLTADDKSHQWVHPKNVYYGVAPVAQKKDNYGGIMLWDRYFDKQTNYSSLIKYYA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__939122127055373__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__939122127055373__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1TE1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__939122127055373__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"939122127055373","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1TE1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__939122127055373__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc1454e7ef679294de01dd/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc1454e7ef679294de01dd/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc1454e7ef679294de01dd/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc1454e7ef679294de01dd/pdb.gz): 2095 ms

reading 274 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

274 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 33 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:273});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase inhibitor/hydrolase
source organism	Penicillium funiculosum
publication title	The Dual Nature of the Wheat Xylanase Protein Inhibitor XIP-I: STRUCTURAL BASIS FOR THE INHIBITION OF FAMILY 10 AND FAMILY 11 XYLANASES. pubmed doi rcsb
molecule keywords	xylanase inhibitor protein I
total genus	92
structure length	274
sequence length	274
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-05-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1te1A00

1F4AA 3THCA 5IFTA 1JGIA 3WIJA 4PSPA 3M6DA 3OB8A 1EO7A 3L4ZA 4JL1A 3PTKA 1NOUA 1QNOA 4FF5A 2E8ZA 4UOJA 3MUY1 4D6IA 3ALGA 1H2JA 4GO9A 4U2YA 5IFPA 3GXMA 3CZJA 3G6MA 3ZT5A 5CPQA 4AZCA 4BF7A 4AZHA 3N15A 3UG5A 2VCCA 3FAXA 2CNCA 1FP8A 4J7RA 1GQJA 3B8SA 3POCA 3AMLA 5IXEA 3CPUA 2O9PA 1KB3A 2JF6A 4OIFA 4H04A 1KXTA 2J7HA 1OB0A 5A6SA 4V2XA 1EH9A 1GORA 2IXUA 3VMPA 5M3WA 3L4TA 3CHFA 4HA4A 4HU0A 1QNQA 5A1AA 4DUWA 3GXIA 1PIFA 4U3AA 2Q8XA 4DUVA 3AS1A 1PPIA 2J7FA 4J3UA 1E43A 1UQZA 2JEPA 3SUWA 3VUPA 3W28A 4CD8A 5A6LA 1ISXA 3W37A 1TVNA 4D6EA 2GJXA 2BXYA 4MJ2A 3GNPA 4UFJA 1EOMA 4A3YA 3ARWA 1KWGA 3MS8A 1SMDA 1E4LA 3BCDA 1K6AA 3VGHA 4N0RA 3M7SA 1HP4A 1ZJBA 1E72M 2J77A 4ATWA 1UD2A 4QLLA 1CLXA 1OM0A 1MW2A 3IANA 3ARTA 4U2ZA 1TA3A 2G3IA 2VZTA 2XSAA 5AY7A 3SCTA 1S46A 1C7SA 2X09A 4J3WA 3PZUA 1XCWA 4OOZA 4J3SA 5I23A 2WC3A 3NDYA 3W4RA 1HT6A 3AS3A 4GQRA 2ZUWA 3U57A 3RDKA 4UQCA 3T0AA 4LYQA 1LL7A 3A4AA 2B31A 1J0IA 4MTVA 4PTWA 4JKLA 2EPOA 3PZOA 3JUGA 3N12A 3W26A 1JAEA 3BAYA 5BWFA 4KH2A 4QP0A 2PWGA 1E6SM 4JIEA 3MSGA 3CGTA 1E3ZA 4HZ8A 2NW0A 3EBVA 1JZ2A 5LA1A 2AMGA 3MU7A 3ZO9A 1MXGA 3KEHA 3SIMA 1WZKA 1PX4A 3VIJA 3VIIA 4BZYA 4Z2LA 4AD2A 4LYRA 3N9KA 1UHVA 1W3KA 3NSXA 2ZWZA 3AMKA 3FY1A 2JE8A 1KQYA 1LG2A 1QI5A 1M04A 2YKKA 1O6IA 1H0IA 2D0HA 4GPNA 1VB9A 4XZBA 4UFIA 3VPLA 3HU7A 2D3NA 3AS0A 4B9ZA 1W9VA 4D71A 4D6GA 2CKSA 1E4NA 2PI6A 4PUDA 3BAXA 3AIEA 3QOMA 2DSWA 4OUEA 1Q6GA 3QR3A 2E8YA 2VMFA 1U33A 3OZPA 2G8ZA 1JZ4A 1EQPA 1B9ZA 1HJXA 4W87A 2YBTA 4PN2A 1MYRA 3QHMA 2XIIA 3VTRA 3WDPP 1JZ3A 3W29A 4C7DA 2YA1A 1TR1A 3CLWA 5D9NA 5E09A 3VGBA 4PTMA 1R7OA 5A6MA 1CGWA 4GI6A 1DHKA 1JNEA 1LL6A 2YBUA 4M81A 1EO5A 2JF7A 3MKKA 3AQUA 1E3XA 3LMYA 1E6QM 3AHXA 4GI8A 2XTKA 1M7XA 2EXOA 4LYPA 4CKQA 3W6MA 1Q4NX 2J62A 5IDIA 1LG1A 1KCLA 1VENA 1EXPA 4AZCB 3VILA 3SCUA 1E4MM 2VL4A 1R87A 3EDEA 4CN4A 5A8NA 1E6XM 1UD4A 1WKYA 4TTGA 3EDFA 2C8NA 3RM4A 3AIRA 1GQIA 1ISVA 2VC9A 5A2AA 3BAJA 3VGEA 2C7FA 4W88A 4AC1X 4L4OA 1B30A 3SCNA 2EO7A 1W3JA 3T2OA 1AQ0A 3HMCA 4F66A 4UFMA 2QMKA 3WH9A 4MNKA 1UKTA 5LA2A 5EMYA 2WAGA 1OGBA 1HL9A 2X1IA 2XGBA 3HN3A 5ABEA 3WMBA 5GQBA 3CUJA 1H1NA 3TONA 2YJQA 9CGTA 1FH7A 2RGLA 5KEZA 2FHCA 1GCYA 2VR5A 5FD0A 4OBSA 1A47A 1JNDA 4AD1A 1HKKA 1ITXA 2GJXB 3DYMA 3GNRA 2D24A 2BY2A 1RPKA 1JFXA 2VX7A 4NRRA 1CGXA 1VFMA 2AAAA 3VOCA 1GOIA 4EANA 3PZGA 3N1AA 4U31A 4MAVA 2WMGA 1CXLA 4P8XA 4M8UA 3RJXA 2WHJA 4PMYA 1TA3B 1FH8A 3MMUA 4CVUA 4ZFMA 4BQ4A 7CGTA 2CIPA 2WW5A 1NH6A 2V38A 1TVPA 1Y7VA 4V27A 2WCAA 1CGTA 4AZ5A 3CTTA 4HPGA 5DT5A 2VT0A 3PZMA 4AZ6A 1BQCA 2UWFA 3WKZA 2XFYA 3ZM8A 2D1ZA 1MW3A 1J01A 4KGLA 5CSUA 1JIBA 2TAAA 2CBJA 3K4AA 2WHMA 3ZT6A 3CMGA 4WF7A 2VRKA 2WSKA 3K1DA 4WKHA 4P7QA 1QBAA 2ZXBA 5ABHA 1KR0A 2A3BA 3GM8A 3FW6A 3SCQA 1BF2A 1LF1A 1MFUA 2QMJA 3CZEA 2XVNA 4JKKA 1EDQA 1QHPA 4MB4A 3IAPA 2VRJA 3AXHA 4AD4A 4TVCA 1W9BM 4HZ6A 3BC9A 2F2HA 2FGZA 3SUTA 1WNOA 1RP8A 1VEPA 4XZWA 4D6DA 2G4FA 2J8GA 1MW1A 1E70M 1QNRA 4IISA 2X0YA 1BG9A 4IPLA 2OSYA 1V02E 2W66A 1W32A 3GH5A 5A8MA 3UCQA 1OD0A 5GPRA 1WAWA 2PWFA 3N18A 4J3XA 2BY1A 3ZJ8A 3OGRA 2WK2A 4HA1A 3ZMRA 1VJZA 2J47A 3L2MA 4W8LA 1E1FA 4N42A 1D2KA 3AIQA 2E3ZA 3AISA 4AIEA 1EGZA 2GUYA 1WP6A 4PMVA 4X9YA 2PWEA 3W27A 1C8QA 3B9EA 3GBEA 4WIWA 1B3ZA 5CLTA 3RMEA 4JHOA 3WEZA 5CGMA 1BTCA 3FHQA 3QOKA 3SUUA 3QGVA 1E0VA 1E6ZA 4PMQA 3T09A 1CTNA 4MDPA 3DHUA 3NIYA 2ZX5A 1B2YA 2G3JA 2HISA 4LQ1A 5DT7A 3I3DA 4LGXA 2YDRA 1UWTA 3ZR5A 1NM9A 2EBNA 2ZXDA 1DWAM 3BMVA 1LLOA 2ESCA 5AC4A 4TVDA 5I77A 2W5FA 3U5YA 1K9EA 3VNZA 3WFLA 3ZT7A 1WB0A 2WZHA 3CZLA 1FHLA 1CGUA 4FLSA 1GQLA 1MFVA 3A6OA 1UOKA 1WCGA 5I79A 4GZEA 2OWWA 2BVDA 3ZOAA 3WDQA 1TFVA 1QW9A 1UZ4A 3TTQA 2QHAA 3RM8A 1QW8A 3VDAA 4W86A 2FH8A 3PTQA 3EMZA 1ISWA 4FLRA 2G3NA 3ARSA 2E9MA 1JF6A 1BHGA 4AEEA 1H0GA 1VBUA 1BSIA 3RO8A 2XM2A 2EJ1A 3AZSA 2PF0A 5HPCA 1BYDA 1KFWA 4D1IA 1HN1A 4FMVA 1UWQA 1H09A 1W3LA 2UY3A 2BVYA 4FK9A 4EKJA 2VX5A 2V3DA 2J75A 3NYDA 4ZEPA 4Z2KA 3VIOA 2EPKX 2Y4SA 2EEXA 5GNYA 3NUKA 2IUZA 3VM5A 3SCVA 1UWRA 1US3A 3GYCA 1XCXA 1OGGA 3AXIA 1V03A 4F9DA 2WYSA 1KGUA 4NI3A 4TX8A 3DC0A 4YHGA 1HJUA 2JIWA 4QAWA 1CZ1A 4JFVA 2J7CA 3K8KA 1JL8A 3VIKA 1AQHA 1CWYA 5A6JA 1OT2A 4KWUA 1GVYA 4MADA 5EB8A 3U7VA 1H5VA 1XH2A 5CPTA 1DTUA 1GONA 3CUFA 2WVVA 2E40A 5KZ6A 3VVGA 4LXFA 4OOUA 2WM0A 1BAGA 3ZR6A 1D7FA 4PRWA 3SCRA 1WZMA 2CERA 1J0HA 2WHLA 1B3XA 4QDMA 3ECQA 5CPSA 1B3YA 1EHAA 5HDRA 2D23A 2G3MA 5A6AA 3N17A 4ATLA 1RD6A 1I75A 4QCFA 5D4YA 5A69A 1V0MA 3CH9A 3UR7A 4WJXA 3CZKA 3NSMA 3VIFA 1HXJA 1NWTA 1JDCA 1GOQA 2WLZA 3WUGA 2EPMX 3VD3A 5E6YA 2ZUNA 3N11A 2XWDA 1E56A 2OYMA 2XPKA 4CN6A 2J7EA 3BAWA 2WPGA 4DWSA 2VOTA 3WL1A 1YQ2A 2VRQA 2VZOA 4J27A 1CXFA 3D3AA 2YL5A 1G01A 1LQ0A 1ZJAA 1KXVA 1JAKA 5BRQA 1BYCA 1ZU8A 1UR4A 2XG9A 1TG7A 1QPKA 4FLOA 4P7RA 2UY2A 4CCCA 3VIMA 2V5CA 4HP5A 3W82A 2ZE0A 2VX6A 2BXZA 3WH7A 3S2CA 2XJ7A 1DWGM 3OGVA 3GTNA 5F7UA 2DSZA 4KMQA 4AIUA 1M03A 3WNMA 5C8BB 2XFFA 4TOQA 2XYLA 2NT1A 4MB1A 1ITCA 2DIEA 4M1RA 4AMCA 4PCTA 2BS9A 2QLYA 2X8RA 1W9DM 3I3BA 3DHPA 1XSIA 3APGA 3VMNA 4AEFA 3F5JA 2GJRA 1BLIA 3EMQA 2CYGA 3ARZA 2OYKA 1R85A 3K4DA 1G0CA 4Q7NA 2XHYA 2BHZA 1V6XA 1J9YA 3VDHA 1U2YA 2OWXA 4JFUA 1AMYA 3WH5A 1PX8A 2ZUUA 4MPKA 1QOXA 4F9JA 3A3HA 4OKDA 4HOZA 1M01A 4YPJA 4JCLA 2W92A 2Y8KA 2OSWA 1V3KA 1LL4A 1CXIA 1QBBA 2X2YA 3DYPA 1OIMA 1UZ1A 2IXVA 3A4WA 5FCZA 2PWDA 4PMNA 1HL8A 1UUQA 3LPPA 1OT1A 2PB1A 3AFBA 1OBAA 4AD0A 4MJ4A 1B3WA 1VBRA 2Y8VA 5I2UA 1GOOA 5I3DA 3PHAA 5IHSA 1JYWA 1KR1A 2BY3A 4P7NA 2BHUA 3SUVA 5HOSA 1VAHA 2CITA 1UA7A 1G1YA 3U7BA 1H49A 1W3HA 3T2PA 5A2CA 2GVYA 3NSNA 4UZUA 3VDBA 3CHDA 3W6LA 4F79A 1K9TA 1R86A 4KRTA 3WUFA 3EDKA 8A3HA 2XVLA 4X0NA 3KZSA 4MB3A 3ZIZA 1TMQA 4HMEA 3A4XA 3EDDA 3MMWA 4DM1A 2VVSA 1UKOA 3CHEA 2A3AA 1E6RA 2WCGA 4J3TA 3VIHA 1Q6DA 2MANA 4CCDA 1HP5A 4ZENA 4F8XA 2O9OA 2VR4A 3AIBA 3L4VA 3CUGA 1V0NA 2PC8A 1GOKA 3AHZA 4TXEA 1TZ7A 4IM4A 3T2QA 4W5UA 1V0KA 2QF8A 3VX1A 3AMGA 5D8ZA 1UQYA 1H11A 1HKIA 1SMAA 3VM7A 2D2OA 1G94A 3RILA 2YDSA 4GKLA 5D9OA 3SCOA 4P8UA 2WVVB 5ABGA 1ODUA 3WD0A 3AIUA 1WDSA 1BPLB 4R5EA 4ZXLA 5A6BA 3K8LA 1PEZA 5LA0A 2CBVA 1C8YA 3O2LA 1PX3A 1UR0A 3WDRA 3EYPA 2O9RA 4U5IA 3KWXA 3MSDA 1CXEA 4OZOA 1CENA 4J3VA 2WSPA 2VO5A 2J7BA 3TTYA 3WQ6A 3CMJA 1BG4A 1BVZA 1RH9A 2DGAA 1H41A 2EQDA 4JHZA 4TVUA 2DEPA 5JUVA 1PBGA 2YIHA 2WHKA 1FOBA 2A3EA 2VCAA 2YL8A 3GH7A 3MUIA 4DWSB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1TE1A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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