1THF | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	253
structure length	253
Chain Sequence	MLAKRIIACLDVKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELVFLDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVSINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVAIDAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEILLTSIDRDGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIASGGAGKMEHFLEAFLAGADAALAASVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLEGL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural evidence for evolution of the beta/alpha barrel scaffold by gene duplication and fusion. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HISF PROTEIN
molecule tags	Lyase
source organism	Thermotoga maritima
total genus	88
structure length	253
sequence length	253
ec nomenclature	ec 4.3.2.10: Imidazole glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	1998-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
D	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1thfD00

3GVGA 1KTCA 4Y9AA 2W6RA 2ZA2A 3G1DA 2CZFA 2AQWA 4JIQA 5D2XA 1JCYA 4TR9A 3GDLA 3UQNA 1VCVA 1SPQA 4DBDA 3G1SA 1PVNA 4EWND 2C19A 2NV2A 3M44A 4PFMA 2I14A 3G1HA 4IPIA 4XWUA 3KRUA 1WDWA 3W6YA 4KFNA 1HO1A 3OVPA 3LB0A 2P10A 2HS6A 3W1LA 2W79A 2ZRXA 3WFAA 1KLZA 4JY8A 2H8XA 1RPXA 5LNSA 4AWUA 3KHJA 3ZR4A 3LCGA 3MUXA 5HUPA 2VKZG 3BO9A 3OEXA 3HGSA 4JTUA 3HGRA 1VYPX 3PBWA 5AFDA 3G22A 2OJPA 1UUOA 2W0UA 2J6XA 4MOZA 5DCEA 1H7PA 3E0IA 4MJZA 2A21A 4MVAA 4A3UA 4K7YA 3W2LA 1X1ZA 4IX0A 2Z2UA 4AWSA 4E2BA 2X1RA 3C4UA 2FTPA 3SFKA 3P8IA 3CLMA 3FEMA 3R2GA 3WJSA 2Y7EA 3TQ0A 1ZAHA 2V82A 1IF2A 3NZRA 3E12A 3R12A 1A50A 2JKAA 3EWUA 1DKWA 3LTSA 5KITA 1LBFA 1TPEA 1W31A 1TPB1 1KBJA 4OE7A 3G0XA 4I9AA 3B03A 2JGYA 4LC6A 4X3ZA 1GG1A 1R47A 3P8JA 1EB3A 5I3GA 2J9XA 5LSMA 5AC7A 3BG3A 3DGRA 3GR8A 5IM51 2A1YA 2QCFA 1YPIA 3CQ0A 3M5ZA 1Z44A 2ZDRA 3S5YA 1KV5A 3EWZA 3IGXA 1THFD 1G7UA 4JYDA 2ATSA 1A5AA 4UNLA 3DHDA 3NG3A 1XUUA 3LM7A 4MY8A 4LS1A 1WBJA 3BW2A 3LDVA 1BKSA 1D3HA 4P61A 1M7PA 3PVFA 3H53A 3SJ3A 3C8FA 2QF7A 4JIPA 3LRKA 3TJLA 4IOTA 4QNEA 4HNUA 2WSRA 7TIMA 1DV7A 1RQBA 4MPQA 4POCA 5DXYA 4JX4A 3WJWA 2VELA 3GXNA 3EWYA 3GDRA 4FXRA 3BARA 3IVTA 4CCCA 1UASA 1WA3A 4IXHA 1P0NA 1XKYA 2Y88A 1QDSA 3G3DA 4U4MA 4UMAA 3TFXA 4ZQOA 1F2JA 5CZSA 1S3HA 2G5WA 3NQMA 1VZWA 4N6FA 4H6KA 4O57A 3ZWTA 2Y7FA 5E1QA 5L9FA 3S5OA 4AB4A 4CLMA 4TO8A 1SU5A 4K37A 1K7EA 2ABBA 3A5FA 1KM0A 1BWKA 2ZTJA 4MFEA 2X2GA 4MUZA 1LOSA 1MEWA 1GEQA 3QW3A 2VFIA 1YDVA 3G0UA 1N7KA 3GAKA 2QUTA 1H7RA 2XN1A 3TSBA 4UTUA 3DENA 3DKJA 4KFPA 3GXPA 1M7OA 3FKKA 4PODA 1AL7A 3CT7A 5CSSA 3MI6A 3IIVA 4K6AA 1GZGA 4NNCA 4DO6A 3G1YA 1B9BA 3OBKA 2I1OA 3HF3A 5I3IA 5ABTA 4O16A 1B57A 5FF2A 2YYUA 1QOQA 1TRIA 2QJHA 4IXXA 4JX6A 2FPVA 3UNDA 2QCDA 1QPNA 2FIQA 3O06A 4MYAA 1S5WA 4CQAA 1H63A 4M19A 3TA6A 4DF1A 4O13A 3N73A 4O17A 1TMHA 1XBZA 3W7RA 5TIMA 4JTFA 1FWSA 2PE4A 5SWUA 1W54A 3NQ6A 3ABQA 1ICQA 2QCMA 5D2TA 2DP3A 4M6QA 5DLCA 3L21A 1X1OA 3PBYA 8TIMA 3G0SA 3CU2A 4N9BA 3VE7A 5KTLA 5K4ZA 3NM3A 3NPUA 1S5VA 2ZZ5A 3UZ5A 4HT3A 1H50A 1ALDA 2C1HA 1I2RA 4UFJA 1YDNA 2A4AA 3A9IA 2QDHA 4JTTA 1U83A 3HG3A 4PL2A 3VKJA 1EWEA 2GQ8A 3G24A 3I7RA 2R91A 3KXQA 3S1UA 1YADA 3A24A 4S2CA 4MY1A 2BLEA 3L5MA 2ZZ1A 3B05A 3G1AA 1UJPA 4FNPA 1YXDA 1H7NA 3QPYA 5G4EA 3TSMA 1XBVA 4N9DA 1YTDA 2B4GA 4EVZA 3T4CA 1KW1A 2FPYA 4LTSA 4PCFA 1VHNA 3L0GA 2UV8G 2GPTA 3PUDA 4RXGA 1VCFA 3DFTA 4RXFA 5AHNA 1SO5A 4LRSA 1J5TA 2CLHA 3C61A 5AHFA 3THQA 1EP3A 2Y85A 4XTIA 5EMUA 4LW7A 6ALDA 1AW1A 2YFNA 1NFBA 1NSJA 2HMCA 3LOTA 3OVRA 4QISA 5CKSA 1VJIA 4BFAA 1RVGA 3VE9A 2V5BA 4JS3A 1C9DA 3NL5A 3NR0A 2Z0IA 1TPUA 4Z0SA 1QR7A 4WJEA 1KFBA 3W71A 1OK6A 1ZENA 3L65A 3IV3A 5KZEA 2G97A 1RV8A 2GVLA 5CG7A 3C0JA 2HSAA 1S5TA 1DORA 2NXIA 2QCHA 2VOMA 3VFLA 2E6DA 4AMAA 2C3ZA 5HQEA 3PB0A 2EAWA 1A5CA 3I65A 1E51A 1KFCA 4O54A 3Q37A 2TYSA 2YFOA 3LTYA 1JCLA 3PUEA 4LVGA 4O50A 1F7BA 5TQLA 3EWBX 3NO5A 1OFEA 5HMSA 3T40A 4UTLA 3QEZA 2EF9A 1OYAA 1FDZA 1FX6A 2AGKA 1SO4A 1SZGA 2Q3OA 3KRZA 3OA3A 3MO7A 2YZRA 3UY7A 5DCDA 1GTEA 1WAUA 1TREA 1DQXA 2PRHA 2WPBA 3QFEA 1QPOA 5CZJA 1GVOA 2OT1A 4BR1A 3NQDA 4IMDA 4HPXA 3NL3A 4ZQMA 3UY8A 3DFPA 5F4SA 3M5YA 5AB3A 3Q58A 5D37A 1R2RA 2QCNA 5LHFA 1LRTA 1HFBA 1KM2A 3WJYA 4UTTA 2QCEA 2CLMA 3TU9A 2Y70A 3LXAA 4QITA 1JRBA 4UMBA 3LLFA 3P60A 3QW4B 4LVDA 3N3MA 5FF7A 5F1VA 1KV8A 2WOQA 3RLVA 5HR7A 3O6CA 3TUUA 4A2RA 4MZ8A 3IVUA 2DJXA 4IPJA 2Z6IA 1HG3A 1YTKA 3RNDA 3LTPA 2BWGA 4GUFA 3G18A 4JEQA 1HUVA 4I7UA 4AAJA 1Q6QA 3IIPA 3IEBA 3G8EA 4AHPA 5LGZA 2A6NA 5LZLA 1JUBA 2X1SA 3DFOA 4GUHA 4LU0A 1BWLA 2YW3A 4N02A 4NX0A 4DXVA 4RZ6A 2GQ9A 3LI0A 4WZHA 1TPFA 2V5LA 1MZHA 1SZFA 3B04A 4Z1AA 3QMSA 4M6VA 2EGZA 1KTBA 1ZALA 2PCQA 4MLJA 3GX9A 1K8XA 1W3IA 1GVRA 2A0NA 1N8FA 3HBLA 4E0CA 2GVJA 1EPXA 1OVDA 1EUNA 3O1NA 4O0ZA 1PE1A 2JGQA 2WSQA 1G67A 2C14A 3UXDA 3TDFA 2VEKA 4M7TA 3BK0A 3FYOA 3P5ZA 4WXZA 1PCKA 5I3KA 5BRBA 1Z42A 3PB2A 1L6WA 1WX0A 2H3BA 4FNUA 5G2WA 3P80A 5K9CA 1SR9A 1V5XA 4N9CA 4NU7A 4A29A 2TPSA 3HIJA 3O16A 1W5PA 2CZ5A 4HNNA 2WJZA 4K39A 3BVJA 4JTIA 5DCBA 3NOEA 1ME9A 1LDCA 2ZCGA 1H7WA 3M5VA 4X9SA 1O5XA 3O05A 1F74A 2Q8ZA 3P7YA 3LCXA 1OF8A 4UTTC 1LOQA 2QCDB 3LV5A 4N2YA 3GZ3A 3IGSA 5FESA 4OHQA 4UFLA 5F1UA 3NQGA 3ELFA 1SFJA 5K4XA 5BMWA 3TNOA 2DZUA 3S1VA 4JICA 4IQLA 5KZMA 1VCGA 3QMTA 3W2UA 4YXGA 4QSHA 5K3VA 5K2ZA 3W7PA 3W2KA 4FNQA 1Z48A 1NF0A 4KKXA 2Y7DA 2VENA 3NL6A 4TMCA 4LVFA 2CZDA 4ADTA 2ZA3A 5C54A 4O1AA 1H7XA 1VH7A 2B7PA 3SR7A 1GPWA 2Y6ZA 4JY9A 3EX6A 4FNTA 3W75A 2VEPA 4HNVA 1P4CA 2E6FA 1W0MA 1I45A 1VLIA 4Z1BA 4GNJA 3KAOA 3T55A 5BNKA 4N6EA 1NF7A 1QOPA 1V7YA 1O60A 5EY5A 3S0CA 4BI5A 3B06A 1P1XA 1VQTA 2J24A 1KLYA 3NA8A 3SSJA 4LRTA 4PEKA 4P2VA 4IJBA 3HGOA 5G1TA 2B7OA 3A22A 3LCFA 1LLWA 4CNPA 3C2EA 5MHBA 3MHFA 1X6UA 2QR6A 2ZQ0A 1ZCOA 2OCZA 3NDOA 4QJ1A 1A53A 1MXSA 2WQPA 3NQCA 4NXSA 4TX9A 1FXPA 1JCXA 3BG9A 3MJYA 4JDBA 3L5AA 2DZSA 3BGGA 5L6UA 2GVGA 4RCXA 1OG0A 1PIIA 1TIMA 2CLEA 2C18A 4CCEA 4XUGA 4KWVA 3ANYA 3M6YA 1EUAA 2ISWA 4QM1A 3DI1A 3GDMA 2DZVA 2YDAA 1LCOA 1W37A 1EIXA 1CI1A 5D30A 2R8WA 4S1FA 4XBKA 4JNMA 4RX0A 3LXCA 1VHCA 4O53A 1JQVA 5D03A 2WNQA 3W1NA 3G3MA 4UIOA 2QJIA 3BGJA 3A5VA 5DBTA 4ZQCA 2GOUA 2FPTA 2R94A 2VFDA 4ZZ9A 2NV1A 4GBUA 3TC7A 3UWQA 4OGZA 2VFHA 3EXSA 4E2DA 2B0MA 3DHFA 5BMXA 4R7JA 2ZZ7A 1VS1A 4RK8A 3TW6A 5HWNA 3TW7A 4O19A 2Q8LA 1LM1A 3W1AA 4ONVA 1UUMA 1IXQA 3BLEA 4O11A 4AHQA 1OYBA 5DBUA 1F05A 2JBMA 3B4UA 4FX6M 4FNRA 3EEGA 5FF4A 3PWAA 3NNTA 2TSYA 4FHAA 1P5BA 4UFIA 3UPWA 4D2JA 3ZWSA 4YLWA 2V8ZA 4Q4KA 4UMCA 1OX4A 3CWNA 2YSWA 5KSWA 1W56A 2QJGA 4XQ6A 1H5YA 2BTMA 4EOUA 1DJQA 3BLIA 3TX9A 4BK9A 1JRCA 4HHPA 5AYYA 2Z6JA 5D32A 1JULA 2WKJA 1LP6A 3RF9A 2O7SA 1M6JA 3GB6A 2PRLA 3GYEA 5FEWA 1G4PA 4EIVA 1I2NA 2GJLA 5HJLA 1O4UA 5EPDA 2QAPA 2Z1BA 3W3OA 3W7OA 3TK7A 2KZHA 5D2VA 1R30A 3S6DA 5LNUA 5K9XA 4ML9A 3CB8A 1T99A 3EXTA 1TTPA 1QO5A 1XUZA 2Q3RA 5F2IA 3W2MA 3FJ6A 4JYEA 5AC8A 1GVFA 4OBTA 4OT7A 3W1XA 3PUOA 3PF3A 3LCWA 3E02A 1QPRA 3LCHA 4X22A 4NUWA 3L66A 4MJMA 1AG1O 1L9WA 1A5BA 3UPBA 1GYLA 2VFEA 3AJXA 1TV8A 1ZJIA 3CWOX 3UWYA 1I4NA 3TIMA 1TV7A 4BI6A 3GIYA 4NJKA 2X30A 2ZZ3A 4FO4A 2OT0A 4JTSA 1FCBA 2YW4A 3GNNA 1Q6OA 5F2MA 5LNRA 1DBTA 1O95A 4LV9A 3MBFA 3EX3A 3STGA 3TH6A 1QO2A 3M16A 4L4LA 3U2OA 1P0KA 5AOUA 2C13A 3GDKA 4LV4A 4GWEA 4EF8A 1YYAA 1J4EA 4LS0A 1R2TA 5F4XA 4Y90A 1KTNA 1TSIA 3G8RA 5AYZA 3O6YX 2VFGA 4UR7A 2E5CA 4PH6A 1SSGA 2ATMA 5I3FA 2NUWA 3ZFHA 2YGYA 4HIBA 3MWAA 1VR6A 4FX8A 4C1KA 4UC5A 3NQVA 1W5QA 4BI7A 1OABA 3FLUA 5FEXA 2ALDA 2NLIA 4RKAA 4O52A 3R8RA 1PHWA 3C2VA 2LLEA 3A23A 1VC4A 5BW6A 2FJKA 4QIUA 4RR4A 4Q33A 1KM4A 1W3TA 3L68A 2VC6A 3EX4A 4JTKA 4NZFA 1XFBA 1FBAA 1RR2A 4LT9A 2EPHA 3PS7A 2A7PA 2DU2A 4AXKA 4HN4A 3T7VA 2ZRUA 3MYOA 5FF3A 4UFHA 1TTQA 3MW7A 1RQHA 1F6PA 3C3NA 3L2IA 3CEPA 3FA5A 1OFPA 1TRDA 4FIQA 1IIHA 3SECA 3S42A 3NXFA 2Y62A 1MO0A 3L67A 4CQ9A 2ZZ2A 3LBCA 5F2LA 3LX9A 3S5NA 3RK8A 1YTEA 3MP3A 3O8AA 2E68A 1OFBA 5LKYA 1OYCA 4NZJA 3W1MA 2A85A 3HQ1A 1SFLA 3LHUA 1XDLA 4TIMA 4NQ1A 4FX7A 2G95A 1LORA 4UFKA 1H51A 3LHZA 3QF0A 3PBVA 3R13A 1K7XA 2EHHA 2A6LA 4K38A 4O1CA 1TQJA 3MBDA 3ABOA 1WQ5A 2J88A 4HKPA 5A5WA 3LLDA 1K03A 4WX2A 4BWLA 4UNKA 3TAKA 4OWGA 3V1PA 1FCUA 1SQ7A 4XKYB 1IIGA 4Z1DA 3WK2A 4QQ3A 1SO6A 1OX6A 1K8ZA 4DF0A 1OFDA 3NVTA 1WOAA 2Y61A 5HNRA 2XN0A 4I7VA 1SO3A 4M6PA 4UR8A 3YPIA 3P61A 1PS9A 2V30A 3PBUA 4AF0B 4UTIA 3UWZA 1SW3A 2V2DA 3NM1A 4HNTA 3NGJA 2FLIA 1RD5A 1K3UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1THFD

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