1TIMA

Structure of triose phosphate isomerase from chicken muscle
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
APRKFFVGGNWKMNGKRKSLGELIHTLDGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFQETKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAVQSRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic coordinates for triose phosphate isomerase from chicken muscle.
pubmed rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Gallus gallus
total genus 72
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1976-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1timA00
4O0KA 5KZDA 5K3VA 3L0GA 1O60A 1WYIA 4MY8A 4UC5A 3TX9A 1W0MA 1OABA 3MYOA 1PCKA 3G0SA 3RFAA 1P0KA 4K8HA 4M5PA 3S0CA 4PEKA 4O0ZA 5KSWA 5D04C 4QJ1A 1T0OA 2Y63A 2V0TA 3PBVA 3PUEA 1IXQA 3OBKA 1OF6A 1EPXA 1M6JA 2RDWA 2W6RA 3MWAA 5BW6A 5G2HA 1YDOA 2JKAA 1OX4A 3W7KA 2WSYA 1GVSA 4NJGA 4K7VA 3EX2A 5K7JA 2DP3A 3D0CA 1XFBA 3BW4A 4YCOA 1YADA 5D38A 1F7BA 3DENA 4N9CA 1TQXA 5EPDA 2ZCGA 5LGXA 1SFJA 1ZFJA 1VHCA 1CI1A 4O54A 3GLCA 2NUWA 5TQLA 2C19A 4JICA 1B4EA 3MHFA 2X1TA 2TPSA 1LOSA 5U4NA 4AF0A 4KFNA 2BLEA 1ICQA 1GG0A 3PBWA 4GUJA 4Q33A 3L5AA 4LS0A 2I9EA 4QM1A 2ALDA 4RZ5A 2DZXA 2RFGA 3QMTA 1WOAA 4AWUA 3W83A 1VYRA 5EMUA 5HUPA 3NQ6A 3O6DA 4LNYA 3L65A 4AXKA 3JRKA 4IMGA 2DORA 1VPXA 3UY7A 5IM51 2PRLA 5KZEA 3G1AA 4BK9A 3VCRA 3USBA 2V9DA 4DQWA 2TRSA 3M44A 3VE9A 1ZCOA 4O8RA 2A6NA 3BLEA 4EOUA 1UBSA 5FF4A 3F1QA 3LXAA 1K8ZA 1JUEA 3GXNA 2ISSA 1JRCA 5FF2A 4FX8A 4RK8A 3TMLA 2H90A 1QFEA 3CQ0A 3O6YX 1LRNA 3S1WA 3PUOA 1PHQA 3BVJA 3GZ3A 3R89A 3UYCA 4FB7A 3W2NA 4WX2A 1QPNA 4ZQRA 1KV8A 3FJLA 4HNVA 4IXHA 3F4NA 3BW2A 3AJXA 3MP5A 5CZ0A 4YL2A 3QW4B 3EWYA 4M6VA 1MZHA 3O05A 3QW3A 1XDMA 3TAKA 4HNNA 2X1RA 4FIQA 3WFAA 1R2RA 2QCMA 2ZRUA 4O1DA 3UWZA 5C5YA 2WNNA 2NWSA 1Q45A 1O5KA 4LS1A 4QAIA 1ICPA 3FIGA 2XN2A 4BI7A 2HSAA 1W5MA 4QNEA 1FCVA 3GDMA 1VQTA 2DJXA 4QNWA 1K7FA 1XC4A 3OHIA 2ISWA 1LCOA 5C54A 4RZ6A 5FEXA 5LSMA 3LHUA 1JRBA 4CNPA 1YXCA 3W3OA 2R14A 2ZFAA 2DZUA 4EF9A 5BMXA 2OZ0A 3L0KA 5DXXA 1WBJA 3MHGA 3A5VA 3GKFA 3TNOA 1LOLA 4OV9A 2J9XA 2X1UA 3RLVA 3DI1A 3M5ZA 3ATYA 4MLJA 2CLKA 3A9IA 4LT9A 3ZS4A 1XXXA 2F84A 1H63A 3FFSA 4O28A 2JKEA 2QKFA 1K8XA 1CW2A 1R47A 5D09A 3CIXA 4O4VA 5G1YA 3NQ2A 2DZSA 3OG3A 3CM4A 3NL3A 5EKYA 3M16A 3W9ZA 3M9YA 2VFHA 5LGZA 1XCFA 1IGSA 1SO4A 1EWDA 4UFLA 1YXYA 1UUMA 2CLFA 3FKRA 1EP2A 3MYPA 2VFGA 4PCFA 3PY2A 2E5DA 3UZ5A 5AHFA 1DL3A 3OIXA 2H8XA 4LTSA 2GJLA 2QJGA 1AMKA 3GVGA 2ZBTA 6ALDA 3BV4A 2NXHA 4A22A 3MP3A 3UNDA 4AAJA 2ISVA 1FWWA 4O15A 5L6UA 4N2YA 4UTJA 1SW0A 3EWXA 3MHUA 1K02A 3W1PA 2JBMA 1LBMA 1H61A 1EB3A 1W3IA 3C2EA 1FWNA 3BLFA 3SGZA 3DZ1A 3EEGA 3M0ZA 1SZGA 3EWBX 3HPSA 4AWTA 3W74A 3O07A 1S5WA 3MW7A 4EIVA 1OFPA 3N19B 3KXQA 3SJ3A 3EKZA 3HG2A 5HWJA 3NL6A 3LI0A 4DF0A 1F73A 4DBEA 1YLVA 4LVFA 4ADUA 7TIMA 8TIMA 4TMBA 4UTLA 4CNOA 4LV4A 4DXVA 3SSJA 4UMBA 3ELFA 4L4LA 5IBXA 1A53A 4N9DA 3RU6A 3STEA 1KTCA 2YW3A 3S5OA 4O52A 1TRIA 2FTPA 3B0UX 1LP6A 1MO0A 1FDJA 3W2UA 3O1NA 3JR2A 3NOEA 3QRHA 3KVKA 4OWGA 3GDLA 3EXSA 5H91A 4NX5A 3TE9A 1SO6A 5E93A 2ZZ1A 1FWRA 3W1MA 4IQLA 5TIMA 3UQNA 2JGQA 5KINA 4FEZA 1O95A 2E77A 1FCUA 4N6FA 3GB6A 1JQVA 1TCDA 4X22A 3R2GA 1N8FA 1NEYA 4JX6A 4JIQA 5HINA 2X2GA 3N9RA 1YPFA 3NQ8A 3W22A 2DZWA 2O7QA 3GDTA 4LC6A 1YDVA 3E9AA 5DLCA 1OFOA 2JGYA 1LYXA 1KFLA 1QOQA 4XKYB 1AW5A 4UR7A 4X3ZA 3N2XA 3LHVA 3STFA 2P10A 2DZVA 4Y96A 2FPTA 1C8VA 1FUYA 4O53A 2Y88A 2FDSA 3IV3A 3UY8A 2C16A 4KFOA 3HGSA 4AHOA 2YW4A 5I3FA 2EGZA 2C0AA 3PAJA 3GR8A 3QFEA 4Z08A 3W6YA 1X1OA 2ABBA 1LM1A 1OHLA 3LX9A 1XBXA 5HWNA 4O11A 4X2RA 4A2SA 2ZZ2A 3A24A 5T26A 3HGRA 5LNSA 2YFNA 3E12A 3HJZA 3G24A 3W7NA 1FXPA 2Y61A 4JTJA 3TSDA 3WJSA 3LLDA 2Y7GA 1I45A 3P60A 3S1VA 1GVOA 1QO2A 5KITA 4GUFA 5F2IA 1P1XA 3ANYA 4I7VA 1TPVA 4L4MA 3NZRA 3CHVA 2QCEA 3UXAA 1AW2A 5KZMA 2OCZA 4HNUA 1W31A 2CZ5A 1I2PA 4ALDA 4TR9A 2R94A 4S1FA 1C9DA 3BGJA 5MHBA 2VEPA 1Z41A 3HG3A 3PG8A 2CLOA 4OQVA 1SO5A 1OFEA 3GK0A 5E1QA 3L9CA 2WKJA 4K38A 2A2IA 2CWNA 2KZHA 3OVPA 4JEQA 3WK2A 4LC8A 2V2HA 2V2CA 3LTSA 3LCFA 3BO9A 2C14A 4RR4A 4GJ1A 1A5AA 2C18A 1DBTA 1W5NA 3NQDA 4GFSA 4ZZ9A 3GXTA 4Z1DA 3LTPA 1TTPA 3W71A 3S1UA 4ZQOA 4U28A 5HWMA 2FJKA 1VLIA 4JD4A 3STGA 1DJNA 1EEPA 4FXRA 2E68A 1NSJA 3W2JA 1ME9A 1IIGA 2C3ZA 2FLIA 4GE8A 3THAA 3TW7A 3C3NA 1TYGA 3W7IA 3TR2A 4GUIA 2NV2A 1DVJA 1OFDA 3C2RA 1ZAIA 1KFEA 1TPB1 2QDGA 2QF7A 2V81A 3MI3A 2DZTA 2QAPA 3NQAA 3W7OA 1XUZA 4JTTA 2G96A 2Y89A 3VI2A 1TTIA 2B7QA 4JY8A 2A21A 4K7YA 1DQXA 5IBXC 4Z1CA 2AAMA 4MPQA 3LRMA 3PS7A 4TO8A 3KOFA 3LOTA 4W9TA 1RV8A 4O16A 3VFLA 3LCIA 1FWTA 3W7PA 3S6DA 3ABQA 5DELA 2OT1A 1LZOA 1PL9A 2VFDA 1GEQA 4IMCA 1EWEA 3IIZA 1TV5A 3M5VA 3G1DA 1KFBA 3BG5A 3NL2A 2ZRZA 4JX4A 2VEIA 3NM1A 2OT0A 2ZA3A 3PB2A 5AC8A 5AYXA 4HPJA 1LTDA 2Y70A 1JCJA 3WJZA 4YCPA 2ATMA 1DORA 3KVMA 3LBCA 4JTFA 3SY5A 5D30A 3W87A 2ZZ4A 5A5WA 3O06A 3NPXA 3IVUA 5DY3A 4WQ6A 3BGGA 3LCGA 5D2XA 5CPNA 3P81A 1KM1A 3QQ1A 1PCWA 3HOJA 1SSDA 4NJHA 3IGXA 2CZEA 1F2JA 1K7XA 4UTIA 2ZZ3A 5AOUA 3V1PA 4KWWA 1H62A 3ATZA 4FNPA 4E38A 4IMDA 3NQFA 3QH2A 1L6YA 2A7PA 3W7GA 3GYEA 1RZMA 1XM3A 3W1TA 4BF9A 3TV8A 2BZNA 3K30A 4N02A 4CNNA 4PTNA 2NUXA 4O50A 4RCXA 4MVAA 3TJLA 1R2SA 3FKKA 1VRDA 2YR1A 1UJPA 4PL2A 1J4EA 1ZHAA 3CIWA 1EUAA 4KFPA 4LV9A 1OK4A 4R33A 1XBZA 1B9BA 5F4SA 1B57A 4D2JA 5EY5A 1B4KA 4EWND 3P5ZA 2YCEA 1LROA 4PH6A 4YWIA 3KFTA 1WA3A 2GQ8A 2R91A 2JK2A 1VS1A 3A5FA 1ZAHA 3S9YA 4JTKA 4FXSA 2NWRA 4Y8FA 5LZLA 3AO0A 1XBVA 5AHLA 3NPVA 4UFJA 1KM2A 2OJPA 1WBHA 4HN4A 3H54A 3PSWA 4JYEA 1CX9A 4RLIA 4UTHA 1H5YA 3W7DA 1VCFA 1HG3A 3T44A 5D2TA 2Z2UA 1DV7A 3EXTA 1BKSA 1AK5A 3TFXA 5LNWA 4RX0A 4FO4A 2J6XA 1OVDA 5U7SA 3NG3A 4ZMGA 4OHQA 1GJPA 4PA8A 1KFJA 5D2YA 1FCQA 1LLZA 3LV6A 2Z0IA 3NVTA 1H1YA 3DHFA 3U2OA 3TC6A 1IXPA 4FNRA 1TO3A 5DN1A 2TSYA 1X6UA 2E6YA 1KM0A 2G95A 4ZL1A 1KW1A 5F4XA 2EHHA 1FDZA 2ZRVA 1OX5A 3S42A 3HBLA 3P80A 3P7YA 1ML1A 5DCEA 4XZ9A 4EF8A 1H60A 1YXDA 3C61A 3RNDA 3IEBA 1I2NA 3NQMA 2NXGA 3KX6A 5I3GA 1RQHA 3LI1A 4DEFA 1YYAA 4CQAA 4IJBA 3B06A 3GXPA 3VE7A 4UIOA 4DO5A 5FF7A 4O1BA 3C2OA 2FQIA 4MZ8A 3T7VA 4GC4A 3L68A 2EF9A 1OG0A 1G7UA 1H7XA 3JS3A 2WNQA 1LOQA 1WQ5A 4R34A 2WPBA 3TK7A 3WJYA 3DKLA 1TQJA 1SPQA 5CPMA 1YTEA 1SZFA 2BXVA 4DELA 4NUWA 1ME7A 1FBAA 1NVMA 5ABTA 4JS3A 1T96A 5CSSA 2XFWA 3STCA 4PL1A 1T8XA 4RV8A 1FX6A 4OV4A 4UUIA 5I3KA 1JUKA 4UR8A 3WJXA 5CSRA 3M1ZA 3QPYA 4RJEA 2A7RA 2YDAA 3PC0A 3CEUA 4JTUA 4JN6A 1UB3A 3I7SA 1QPQA 2XN0A 3UD6A 2VFEA 1LRTA 4XTIA 4IMEA 1HO1A 1VH7A 3W1RA 1M7PA 3E96A 3IRDA 1A5SA 2QUVA 2QCDB 3L5MA 2GOUA 3MBFA 1EP1A 5C6MA 1DJQA 5D33A 1HL2A 3OEXA 1GQNA 3I65A 1JR1A 1TB3A 5HULA 4MKNA 3DH7A 2QR6A 4JDYA 1H7WA 3P74A 1QCWA 2EKCA 3T78A 1HTIA 2YPIA 4A29A 2O7SA 5LNUA 3DFTA 3GX9A 1TIMA 1SZEA 1C29A 4TU1A 1SQ7A 4IUOA 2ZRXA 5FEPA 5E0KA 4QSHA 2BWGA 3B03A 4AWSA 1SSGA 2XN1A 1L2UA 3BPWA 4OT7A 4LVDA 1QR7A 1NF0A 4P2VA 3W86A 3T4CA 4S2BA 5FEWA 2QCGA 3EKLA 3E0IA 5G4EA 2HS6A 4GUGA 5AYZA 2A0NA 3UWWA 3P5YA 1TJRA 1MEHA 3FA5A 2CFFA 3W75A 2VFFA 2ZA1A 3T55A 3UWVA 3P82A 1N55A 3W1QA 5D37A 4DF1A 5K4ZA 5FESA 1V7YA 2V5BA 3LXBA 4JY9A 3I7RA 4WOZA 2WNZA 3NZ1A 1RQBA 3NR0A 2H3DA 4I7UA 2ATSA 5DBTA 3CB8A 3I7QA 3NM3A 3C2VA 3TAOA 1IXOA 3CLMA 3NQGA 3E49A 1GVQA 1TPUA 3SGUA 5SWUA 3M7WA 3EX6A 1R30A 5AHIA 4UTWA 1I4NA 3MP4A 1QPOA 3B0PA 4ZVJA 3PF3A 4ADSA 2G5WA 5A8GA 4FF7A 3NGJA 5BOOA 4O1AA 3G22A 2B7PA 1VJIA 1PIIA 4JYFA 4NXSA 1FDYA 3F4WA 3SIZA 1HUVA 5K9DA 1LBFA 6TIMA 4FNQA 1P4CA 5CPOA 3GIYA 3CPRA 3DFSA 3QEZA 3R12A 4M6QA 1EIXA 1LBLA 3NQVA 2BX7A 4GUHA 4CLMA 3C4UA 1VR6A 2OX1A 3LCWA 3L2IA 1OFQA 4HNTA 5EL1A 3P61A 4WY0B 2H3BA 1J5TA 4FX7A 1KBIA 4IPIA 1GT8A 2FB3A 4LW7A 4UCGA 3P84A 4YMZA 4Z0SA 4XUGA 1W5QA 3QMRA 3G1XA 4MLRA 4NX0A 2NX9A 5DCDA 1TV8A 3NAVA 3QSRA 1WV2A 4I9AA 3OVQA 2FPVA 3C2FA 2CW6A 4LUIA 3ZWSA 1LORA 3I68A 2QJHA 1NFBA 3W2LA 1TJPA 2HMCA 3PM6A 2WJZA 1EP3A 1W54A 3IVTA 1OJXA 4RXFA 1GTHA 5L9FA 1M5WA 2YFOA 1AL8A 4JTGA 2V82A 4HKPA 3CU2A 3BG9A 3LCHA 3LDVA 4N9EA 2YYTA 1I2QA 3LRKA 5J5RA 1K7EA 3C56A 3EXRA 2B4GA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PSV A;  3PG9 A;  1KM3 A;  1P5B A;  3G1Y A;  1R2T A;  4LWW A;  2QDH A;  1TTJ A;  4E2B A;  2WO5 A;  1NAL 1;  2ZA2 A;  1VCV A;  4NZF A;  2CZF A;  4UTT C;  1VZW A;  3W1A A;  3TRO A;  4QQ3 A;  1F76 A;  3MBD A;  3TMQ A;  4CQ8 A;  3PBU A;  3W2K A;  2A7N A;  4PFM A;  1Q6O A;  2Y7D A;  4MYX A;  3LCX A;  3W76 A;  3DAQ A;  2B7O A;  1GVR A;  3L5L A;  4NJJ A;  1AL7 A;  2F7F A;  2WOQ A;  4M7T A;  1TRE A;  3N73 A;  3VKJ A;  1OYC A;  4BWL C;  4Y90 A;  3TCE A;  1VLW A;  5F2G A;  1JUB A;  1G6C A;  1W3T A;  2W0U A;  3LRL A;  4WY0 F;  2ZRY A;  1I2O A;  1H7O A;  1KFC A;  2EAW A;  3B0V C;  4UTK A;  3CC1 A;  3FLU A;  4K39 A;  2CU0 A;  5HQE A;  3QQ0 A;  4K36 A;  5G4W A;  3DU0 A;  3L21 A;  4LRT A;  3U6W A;  5BRB A;  1Q6Q A;  5DBU A;  1LDC A;  4OU1 A;  1D9E A;  1GTE A;  4LVB A;  3MMT A;  5BMW A;  3G8R A;  3PUL A;  1S5V A;  4O57 A;  3WK3 A;  4MIM A;  3NNT A;  1SU5 A;  5K4X A;  4NNA A;  4JGD A;  5G2W A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EPV A;  4WSJ A;  3L0G A;  3RPD A;  1HKM A;  3NEH A;  4UC5 A;  3TX9 A;  5C8B B;  3H70 A;  2EG6 A;  3MYO A;  1QW7 A;  4Y8E A;  4Z2J A;  1S2T A;  3CV6 A;  1P0K A;  4REQ A;  4GJI A;  5KSW A;  5D04 C;  2Y8K A;  4QJ1 A;  2Y63 A;  2V0T A;  3PUE A;  3WD1 A;  1IXQ A;  1EPX A;  1G5A A;  1XCW A;  4L5Z A;  4X63 A;  5A94 A;  2P88 A;  3QR1 A;  4E2O A;  5C9X A;  5G2H A;  2JKA A;  4J3U A;  3W7K A;  2CZV A;  3ALF A;  4KET A;  3B8V A;  3D0C A;  3C0Q A;  2HPI A;  3O2L A;  1XG4 A;  4JHO A;  3DEN A;  1E9Z B;  4N9C A;  5T91 A;  4AZI A;  1SFJ A;  4JIC A;  3ONB A;  1B4E A;  3CS2 A;  3VGG A;  2P8B A;  3MHF A;  2X1T A;  2TPS A;  5U4N A;  1JI1 A;  2BOE X;  5EFF A;  5HA7 A;  3UZZ A;  2WMJ A;  2X0H A;  4XZH A;  4Q33 A;  4QM1 A;  1RUS A;  2DZX A;  4ENL A;  1WOA A;  2GVE A;  4HNO A;  3IWP A;  3WFZ A;  4GPN A;  3W83 A;  1VYR A;  3MQT A;  4DWD A;  3LMY A;  4I9T A;  1A0C A;  4CD8 A;  1GKR A;  5D4Y A;  4AXK A;  3EPO A;  3OBA A;  4C65 A;  3UY7 A;  2PRL A;  3QGV A;  4AZC B;  3G1A A;  3Q4D A;  3QR3 A;  3USB A;  4A8N A;  5C70 A; 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