1TIMA

Structure of triose phosphate isomerase from chicken muscle
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
APRKFFVGGNWKMNGKRKSLGELIHTLDGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFQETKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAVQSRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic coordinates for triose phosphate isomerase from chicken muscle.
pubmed rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Gallus gallus
total genus 72
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1976-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1timA00
4UUIA 5AC7A 4O4VA 1OG0A 3CIWA 2GJNA 1ONRA 3O07A 4OV4A 5D04C 4TMCA 3W1NA 3PWAA 3W7OA 4PCFA 3NQ7A 5H2ZA 2F84A 3A24A 3OEXA 3H55A 1OX6A 3O6CA 3W7IA 2VEMA 4E2BA 2JGYA 3PUOA 2NUYA 4NJKA 3G1XA 3GR8A 4IWWA 1VPXA 4R33A 3P8IA 3KRZA 4IGHA 1N8FA 1H51A 3LRLA 2FFCA 4JGDA 3A21A 1FWWA 4E2DA 1Z48A 1DQWA 5F1UA 5MHBA 2E6AA 4GNJA 2NUWA 4MY1A 1F5ZA 1TPB1 3WJZA 2A7NA 3OBKA 5D2WA 3THQA 2ZRZA 2QJGA 5AYZA 2DZUA 5LGZA 3ABQA 4MFEA 4LC8A 3NXFA 4Y96A 5H91A 3SZ8A 3C2EA 1QOQA 5D02A 4DO4A 4FNUA 4BF9A 1OFDA 4WJEA 1K8YA 2NUXA 3W84A 5BOOA 5KTLA 4XWUA 4X2RA 5HULA 5BW6A 1KFLA 3O6YX 3S0CA 3HF3A 1YYAA 2Z6JA 5L9FA 3EX6A 3DI0A 4GE8A 3KRUA 3M0ZA 3S1WA 1AL8A 3YPIA 4B5NA 2RHGA 4K8EA 3LHTA 5C6MA 4CLMA 5I3HA 1LDCA 1OFPA 2JBMA 1LYXA 1W5QA 3LI0A 3W2NA 2ZDRA 2J9ZA 3BG5A 5IBXC 1KFKA 3HBLA 2J27A 3M44A 3NPXA 3RU6A 3C8FA 4TMBA 3CC1A 4AXKA 3GNDA 4LU0A 2Y88A 1HL2A 5CG7A 5LNRA 3UWZA 4KFNA 1KM1A 1LBFA 1TV5A 3RFAA 1TPVA 2E6DA 3W70A 1V5XA 4HPXA 5AHIA 4Z1CA 3HGOA 1A50A 2C18A 3UY7A 1QPRA 5D32A 1ICSA 2ABAA 5G2IA 3IIOA 1ZALA 1FWSA 4LUIA 2DZPA 4FIQA 1IXQA 4ZQRA 4Z0SA 3BV4A 1CW2A 1W5MA 3DFNA 4M7SA 3SJ3A 1UJPA 1SUXA 3SGZA 4MJZA 4MZYA 3W23A 1BTMA 4K36A 2B7QA 1LRTA 4O54A 3R13A 1ME7A 4GUIA 4QNEA 1I2OA 5AYXA 1Q3NA 1FDJA 1FY6A 3ZWTA 4CQ9A 5F2MA 1XBZA 1T99A 1DJQA 1LOLA 1PV8A 3HB9A 1BEUA 3TAOA 4UTTC 3P60A 4MLRA 3FJ6A 1QPOA 1R2TA 4UFMA 5EA9A 3AO0A 3M5XA 1J5TA 5EMUA 1EX5A 3NM1A 2GPTA 1Y0EA 2FDSA 3DFPA 3TR2A 3W6YA 3JS3A 4LVFA 2BZNA 3LCFA 3NO5A 3TU9A 3MO7A 5FEPA 4CCEA 4CCDA 2G95A 2I9EA 4UXDA 3LM7A 4YMZA 1UUMA 1DKWA 3FKKA 1M7OA 3C2FA 4TU1A 1VYRA 2YFNA 4WUIA 3MW7A 4KKXA 5DCDA 1KM4A 2RKXA 2ZTKA 5HQEA 4BFAA 5ABTA 3LDVA 3TW6A 3NQVA 3OA3A 4P2VA 1GYLA 2YW3A 4YCPA 4TIMA 3I6RA 5GVJA 4DO6A 1L2UA 3O63A 1VS1A 1VRDA 3FS2A 1TQJA 1M6JA 1Q6OA 1W37A 1UASA 4ZMGA 3GAKA 4DELA 1WA3A 4O19A 1O5XA 4GUJA 2VXNA 1EUNA 2R14A 3FIGA 2PE4A 5E1QA 2IQTA 4OE7A 1TTIA 2ALDA 2BX7A 3GIYA 2QUVA 1EA0A 1VYSX 2TYSA 1YTDA 2YYTA 1N7KA 2V2DA 3DZ1A 1TTPA 3NNTA 1C29A 1FWNA 4Y6GA 1F6KA 1E51A 2EF9A 1R30A 2VKZG 3UXDA 3N2XA 4ZZ9A 1ZCOA 1JQXA 3GDMA 4FNQA 4WX2A 3QJAA 1R2RA 5CSRA 1TPFA 2Y6ZA 3NVTA 4MFDA 1Z44A 3Q2DA 5D30A 3EWWA 1H1YA 4C1LA 4WY0F 3N2MA 3QMSA 3BGJA 4Q4KA 3NQCA 4JTUA 2NX1A 1JCMP 1JCNA 3G22A 3HG5A 3SW6A 3W07A 1TREA 4O15A 4PL1A 5FF0A 4X9SA 2AGKA 4S2BA 4BR1A 5SWUA 1P0KA 4S2CA 3GLCA 4ADSA 1VC4A 4UNKA 1PL9A 1TRIA 1OFBA 1VR6A 3GKFA 3P84A 3QW4B 1OVDA 1TO3A 4MKNA 4O57A 3P82A 3MP3A 1WX0A 1SO5A 1FWRA 3W7NA 3QSTA 2NXHA 3STCA 2OZ0A 3UY8A 5AHNA 1LBMA 4JYEA 2VFFA 1IF2A 3W88A 1ZENA 3LHWA 1FDZA 2A1YA 3C6CA 4O50A 5I3JA 2PRLA 3W1AA 2B7NA 3LHYA 2GQ8A 1JR1A 4QQ3A 5DBTA 3LBCA 3W7HA 4ML9A 2G97A 3KVLA 1K02A 1BWKA 4XUGA 2ISWA 3PUEA 5HR7A 1K7XA 2W6RA 3B4UA 5DY3A 2VC6A 4AMAA 2A7RA 2Y89A 1ICPA 2C1HA 2DZXA 1LM1A 2Y85A 4HT3A 1JCXA 2Z1BA 1F6PA 4M7TA 2FPVA 2KZHA 3F4NA 5HWMA 4K38A 4RZ4A 2QCCA 3MP5A 4CNPA 3HMJG 3KRSA 4KFPA 4MYXA 3ATYA 3KOFA 3LHUA 4O53A 1EIXA 4YL2A 1EWDA 1O94A 4DEFA 3DENA 2FIQA 4UMAA 3F03K 1XFBA 3G18A 5CPNA 3TAKA 4FF7A 4UTJA 2GUUA 2J9YA 5D33A 3W74A 2PRMA 1W0MA 4UFIA 3TROA 3A5FA 1QPNA 3PSVA 3NPWA 1ZHAA 3PS7A 3NL3A 1HG3A 4A29A 3TSMA 3W73A 5K7JA 3LHZA 4GFSA 3TX9A 2P10A 2Z6IA 2CLHA 2V2CA 1PS9A 2RDUA 4N9BA 1B4EA 3PG9A 4CQAA 1NEYA 3W2UA 1W5OA 1G7UA 1KTNA 4N6EA 4TO8A 4JTJA 2LLEA 3M5VA 5U4NA 2QJHA 3T78A 2XN0A 1VYPX 3FEMA 5G5IA 1DHPA 3FYOA 4O17A 5LNVA 1TPC1 1DJNA 2VOMA 4LNYA 4AH7A 3C52A 1H50A 2E6YA 5BRBA 5I3GA 5D2TA 1ADOA 3UWWA 1H61A 1XM3A 5G2WA 3PULA 3N19B 2ZYFA 1S5WA 1XBXA 1TTJA 3HO8A 4EF9A 3W7PA 1W5PA 4U4MA 2QAFA 1XDMA 5AB3A 3BGGA 3LGEA 1QWGA 5D2VA 2X1TA 3I7SA 4NJJA 4O28A 2OT0A 4XBKA 2A21A 5KSWA 4NXSA 2NX3A 1L6YA 5F4XA 5J5RA 2QCMA 3S1VA 1GG1A 1VJIA 4JX5A 4K6AA 3NQAA 3IV3A 1YDNA 2VFHA 3TCEA 5FF7A 3HG3A 2X1RA 4H4IA 1JUKA 5J5DA 4MY8A 3IEBA 3JRKA 3EB2A 3S1UA 1H7XA 2CU0A 4A3UA 4GUHA 3P74A 1SFJA 3R5EA 1DQXA 2WSQA 2P0OA 2WJZA 4ORMA 3E12A 1PHQA 1K7FA 4RJEA 5CKSA 2CZDA 2HS8A 3NGJA 4JS3A 4WD0A 5A5WA 2YZRA 1JUEA 3ZR4A 2ZZ6A 4RLIA 4QIUA 4AAJA 5G4WA 3W2JA 5CPMA 3I7RA 3LRMA 2DZTA 3EX2A 3QMTA 3G3DA 1KLYA 1JCJA 1FBAA 3LTPA 4RXGA 3S5YA 1JULA 2NZLA 3WJYA 3QM3A 4H6KA 4I7WA 4UFHA 4JTGA 1X1ZA 5C2XA 3MYPA 4E38A 3R12A 3UNDA 5AHLA 1TSIA 3H54A 4DF1A 2E77A 1CX9A 1TV8A 1I4NA 1S5VA 2BWGA 5D03A 4CQ8A 1H1ZA 1OYBA 2JKEA 3C4UA 4N4QA 2QUUA 4K39A 1WOBA 4NNCA 5HMSA 1WQ5A 4LRTA 1QAPA 4RX0A 4CNOA 3B8DA 3BW3A 2TSYA 3BG9A 2A6LA 5D2YA 5AHFA 5LNSA 1VCGA 2GQ9A 1W1ZA 5DCBA 3M5ZA 2Y7DA 1B3OA 2YPIA 5K9CA 3W71A 5HWNA 3B0UX 2QDHA 4MOZA 3W83A 2DJLA 5LHFA 1O95A 3INPA 3DH7A 8TIMA 1SR9A 1A5CA 3G24A 5DBUA 4H3DA 2E6FA 3KVMA 5BMXA 5TIMA 3TE9A 3W75A 1EP1A 3BARA 2ZZ2A 4LUJA 3LERA 3IIPA 4JY8A 4UFJA 4WZHA 4UFLA 2VENA 1ME8A 3USBA 3I65A 4JTFA 4OWGA 4UMBA 1SU5A 2GVJA 1QOPA 1GTEA 5KZEA 4FNPA 2X1UA 3QMRA 1DV7A 1DOSA 1C8VA 4A22A 2EKCA 1X8FA 1YLVA 1A5SA 4ADUA 4Z1AA 4Z0JA 1OYCA 3HGJA 5FF4A 1FCVA 2JKAA 3T55A 3QPYA 1IXOA 2Z2UA 2QF7A 2GVGA 4BI6A 2V9DA 2H90A 3EXSA 4PA8A 2C3ZA 3O16A 1H5YA 1TJPA 3U6WA 3Q37A 3NL6A 1KTCA 1SW0A 3UWVA 3LOTA 1K3UA 3MI2A 4NZFA 3GDKA 4PH6A 1TIMA 2X30A 3G1FA 3CM4A 3IVSA 3GB6A 4XTIA 5C55A 3LCIA 5FF3A 3NL5A 1TPEA 4Z1BA 3G1VA 1F76A 1EPXA 3G1AA 1WBHA 5K4XA 3A5VA 1L6WA 4NU7A 1GVFA 3TQVA 2VFIA 1XXXA 3TJLA 2WPBA 3LLFA 2Q3RA 4W9TA 3TA6A 4JX4A 1FWTA 4JICA 4ZQNA 3WJWA 4M19A 4NNAA 1SZNA 4FB7A 1MEWA 2H6RA 4RXFA 4O18A 5HINA 6TIMA 5D05A 3N73A 4Q32A 4YLWA 2QKFA 1A5AA 4UTHA 5KITA 4O0ZA 4JYDA 1YTEA 3M7WA 3FA5A 4O11A 2A85A 1RV8A 4JXCA 3W1TA 4IXXA 1IGSA 1FCUA 3V1PA 3CU2A 4LS1A 4UTWC 3KHJA 2ZA1A 2YX0A 2X2GA 1LBLA 1GOXA 4IOTA 5LGXA 3W7RA 1PCWA 1LLZA 3L0NA 4WOZA 1VCVA 1P5BA 5KMYA 5CSSA 4N9EA 3UWQA 2YW4A 1NFBA 2CLMA 3W7DA 1EP3A 2DORA 3BO9A 1LLWA 1S5TA 1D3HA 2PURA 4AVFA 5K4ZA 3PY2A 3L5AA 5EY5A 2JKPA 3STFA 1W54A 4BI5A 3GNNA 1YDVA 3TUUA 4YXGA 2E5CA 2FTPA 1NVMA 4AB4A 3Q58A 3W2MA 1GVRA 3TC7A 2FJKA 3EX1A 3WK2A 1G7VA 1W3IA 1B9BA 2UV8G 3TC6A 3T4CA 1OK4A 2C0AA 4BWLC 1KA9F 1QCWA 1OX4A 5FEWA 1W3TA 1DL3A 2XN2A 5D09A 3IGSA 2BXVA 1KFCA 4ADTA 1OYAA 2ZTJA 3UXAA 2FQIA 4XTDA 1KM2A 4ONVA 1MZHA 2A2IA 4GC4A 4ICNA 3L68A 3LV6A 4FXSA 3B05A 5T26A 1OHLA 3WK3A 1PIIA 4WY0A 4N9DA 1KFBA 5K3VA 5HUOA 3CB8A 5L6UA 4AHPA 1G4SA 1RZMA 3G1DA 1PHWA 2A6NA 2CZEA 2QAPA 3C61A 1Q6LA 2ZRVA 2DZVA 1HO4A 3BLIA 3VKJA 3OVRA 5AFDA 4HSOA 2QR6A 5AHEA 4GUGA 4LY8A 4XBSA 3SFKA 5C54A 2QEZA 1SW7A 3P80A 4NNBA 1SFLA 1Q6RA 3S5NA 3NOEA 4JTKA 3QYQA 5AN7A 1XUZA 1HO1A 3QPZA 3TW7A 3SSJA 3BLEA 3O1NA 3GAYA 3QFEA 3W7JA 3W1PA 2ATSA 2WSRA 4RR4A 3C2VA 1G4EA 1BKSA 1B57A 2V5LA 4G1KA 2WNZA 3M6YA 3O15A 3QC3A 3DFQA 3GXPA 3S9YA 3HOJA 3L9CA 3D0CA 2ABBA 3G0XA 4Y90A 3S5OA 4K7YA 3KVJA 4QNWA 3N9SA 1XUUA 3SY5A 3L66A 2ZZ3A 2RDTA 3UPWA 2V2HA 5F2LA 4K37A 2VEIA 3HJZA 3W87A 6ALDA 1H7PA 3WK0A 3NQ2A 2VFGA 4BI7A 2B0MA 1SO6A 1SZFA 3W7EA 3LCHA 1LZOA 1H60A 1R47A 2H8XA 4FX6M 4MPQA 4XKYA 2J6XA 1QDSA 3M41A 4Q33A 3QW3A 5BNKA 2C6QA 3C0JA 5HWJA 5EKYA 1EWEA 2Q3OA 5FI8A 1LCOA 3Q94A 2YXGA 2CLIA 1AW5A 4JIQA 5F4WA 1GJPA 2X16A 1RR2A 3TK7A 5IBXA 1H7RA 3NPUA 3CIXA 4MYAA 4AWSA 1H7WA 4RV8A 2CLOA 3CPRA 3TNOA 4HPJA 5U7SA 4R7JA 1YADA 3I68A 4UFKA 4JTTA 4EVZA 1B4KA 4BK9A 4O16A 3BLFA 3GDRA 1GVQA 4FX7A 2ZRUA 3KX6A 3S5ZA 3A22A 5AC8A 2ZZ5A 4JEQA 2E5BA 2ZZ4A 1SO3A 4DBDA 1QNVA 3LCLA 3SECA 4NXKA 4WOQA 3W76A 3NPVA 3TFXA 3CLMA 3CEUA 3WK1A 3BW2A 4IXHA 3L0GA 1EP2A 4ZL1A 4ALDA 3NQ6A 3TDFA 3LXBA 1VH7A 4IMDA 1TPDA 2OT1A 1OFEA 4N02A 4DF0A 4KWWA 2X1SA 5IM51 1W56A 3BVJA 1MSSA 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 2R94 A;  3WFA A;  1XBV A;  1VZW A;  1EB3 A;  2CLE A;  3GKA A;  5DY2 A;  4X22 A;  2GJL A;  1T96 A;  4LV9 A;  3PC0 A;  3L5M A;  1KFJ A;  1HUV A;  4IX0 A;  1SO4 A;  4GUF A;  3W1L A;  3N3M A;  3FJL A;  3GDL A;  2VFE A;  2R8W A;  1FCB A;  4IME A;  3A9I A;  4NUW A;  3LTS A;  1LP6 A;  1EEP A;  3M9Y A;  3HPX A;  3LRK A;  4J9J A;  4LRS A;  1RQH A;  1EUA A;  1F05 A;  4Y8F A;  3NAV A;  1YPF A;  3OG3 A;  2AQW A;  1G4T A;  3EX3 A;  1NAL 1;  3O8A A;  4WXY A;  1GTH A;  2WO5 A;  3ZS4 A;  2RH9 A;  3DKJ A;  3MHF A;  2OCZ A;  4MZ8 A;  3R2G A;  1QO2 A;  1OJX A;  2CZF A;  1OFO A;  3G0S A;  1TRD A;  2WNN A;  3O06 A;  2TRS A;  4JTI A;  3BPW A;  2J24 A;  2I1O A;  2ZZ7 A;  2B7P A;  4ZQC A;  3UWY A;  4CNN A;  1P4C A;  4POD A;  4IMC A;  1WYI A;  3HGR A;  3TSB A;  3SGU A;  3W1M A;  1TPU A;  1LOR A;  3GK0 A;  3NYZ A;  2ZZ1 A;  3M43 A;  4XZ9 A;  4K8H A;  3MHG A;  4K7V A;  1IXN A;  3VE7 A;  4O4W A;  4HNN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EJV C;  4G7F A;  4O4V A;  2DY3 A;  4RDV A;  3FAW A;  4Q8M A;  3O07 A;  3VGE A;  3PWA A;  3NQ7 A;  3BSG A;  3UPM A;  4JKL A;  1OX6 A;  1E0V A;  2UWF A;  2CXG A;  3SY8 A;  3PUO A;  3HQN A;  3BAX A;  1NM9 A;  4PRR A;  4F0K A;  1IWB A;  1UWU A;  4MNL A;  4GIR A;  1ISY A;  1Z48 A;  5DX7 A;  5MHB A;  2QDD A;  3FX4 A;  5D2W A;  4D6G A;  2INZ A;  3ABQ A;  1DXF A;  1QHP A;  4Y96 A;  3SZ8 A;  6REQ B;  3BUR A;  1U1H A;  2JF6 A;  1JEZ A;  4DO4 A;  4FNU A;  2NUX A;  3W84 A;  4F3H A;  3WFL A;  3SCQ A;  1YYA A;  2BMB A;  3DI0 A;  4QXI A;  1HF6 A;  3S1W A;  2VC5 A;  3ZJ6 A;  1GGO A;  3VX1 A;  4K8E A;  4FA3 A;  5C6M A;  3GDB A;  1AQH A;  4HHH A;  1DXI A;  4Q4Q A;  1JYX A;  3HBL A;  4Z17 A;  3NPX A;  1DWJ M;  4KS0 A;  1C91 A;  1HL2 A;  5CG7 A;  4CKQ A;  4DZ5 A;  1PTA A;  4GIN A;  1MQP A;  2VRJ A;  1KGX A;  4ZXL A;  1VFT A;  4GQQ A;  5AHI A;  1R8L A;  1A50 A;  3P6L A;  2FVL A;  3THC A;  1JDE A;  1ICS A;  2ABA A;  5CLT A;  5G2I A;  3RXZ A;  4S3A A;  3IIO A;  1QI3 A;  1FWS A;  3WNL A;  3H7R A;  2E9L A;  2R1N A; 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