1TJPA

Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with 1-[(2-hydroxylphenyl)amino]3-glycerolphosphate
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGALPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the structural basis of the catalytic mechanism and the regulation of the alpha subunit of tryptophan synthase from Salmonella typhimurium and BX1 from maize, two evolutionarily related enzymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 99
structure length 267
sequence length 267
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2004-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tjpA00
3WJWA 4XUGA 3PBUA 4JTFA 3M5YA 3TU9A 2ZRYA 1L6SA 1IXNA 5DN1A 3I65A 3S1UA 2Y89A 3B03A 4JTIA 2NWSA 3NR0A 1K7EA 2JGYA 5F4SA 3G24A 4MOZA 1A50A 4RZ6A 2RKXA 2DZSA 4Y96A 1ZHAA 2QDHA 1WA3A 3G1SA 1QO2A 4BI5A 4LV4A 4X9SA 2RDTA 3C6CA 1F2JA 4JTUA 4Y8FA 4OWGA 5F2GA 3GIYA 2I14A 3NZRA 1LYXA 4ALDA 1J4EA 3BO9A 3NNTA 1X8FA 5D05A 3B4UA 3DGRA 4UFKA 3P67A 3GR7A 3TSMA 3HBLA 3F4WA 2A6NA 3TX9A 3FS2A 5C6MA 1SW3A 1WAUA 1VLIA 2DU2A 1PCWA 3TE9A 5ABTA 3W73A 3LV6A 1TMHA 2CZDA 5D2TA 4FNPA 2FB2A 3TSBA 3PSVA 1YTKA 3E9AA 3M1ZA 4WD0A 4MY9A 2ZQ0A 1S5TA 1KTBA 1KBIA 2W79A 3W2UA 3AJXA 3ZR4A 3TKFA 1LDCA 1ZAIA 4UIOA 5F1VA 1I45A 4KWWA 2A7PA 2PE4A 2QJGA 1R30A 3NQ2A 2RH9A 2BWGA 1W5QA 3LCXA 1YTDA 3LCHA 4ONVA 3NAVA 1ZJIA 2DZTA 3PF3A 4UXDA 3UZJA 1VZWA 4UCGA 3EWXA 3MHGA 5EA9A 4XBSA 4O0ZA 3TROA 1G69A 2PRHA 3QFEA 3OBKA 2A7NA 1LBFA 5J5DA 4WZHA 1TPFA 4GUIA 2V2CA 3GKAA 3LOTA 4Q32A 3F03K 4Z1DA 4DBDA 3QC3A 3HGOA 4GWEA 4FX8A 5KSWA 1SZFA 5AC6A 2E5DA 1FCUA 2RDWA 1OFRA 4YMZA 1X1ZA 1W3IA 5LNWA 5TBOA 3NL6A 2OT1A 4C1KA 3B04A 5AHIA 5EBUA 5LHFA 1KA9F 1NEYA 4ORMA 5D38A 4L4MA 4CNNA 3TXVA 3INPA 3OA3A 2B7OA 2AAMA 2WQPA 3LRKA 1T8XA 5G2WA 5FF0A 3SY5A 3BGJA 4JDBA 1L6YA 2J9YA 3B0PA 4HKPA 4GUJA 4WY0F 2GPTA 4UMBA 3PR2A 2V82A 3VI2A 3N73A 1PVNA 3M5VA 2V5LA 3C52A 3KXQA 1KTNA 2TMDA 3NO5A 1Z42A 3W6YA 2CZ5A 1K8ZA 1XCFA 1EEPA 2H3DA 2BZNA 3TQVA 4BWLC 1LBMA 3NQDA 1KM4A 3IIVA 1Y0EA 1RPXA 2NXHA 5F4XA 3RLUA 3MHFA 2DZPA 1F05A 4IX2A 4IPIA 2GOUA 1JUBA 4UTLA 2ABBA 4R53A 4MYAA 3GLCA 4WX2A 4LC8A 3W7OA 1LRTA 5FF4A 4HNVA 2ISWA 3GAKA 3D0CA 4PA8A 4TX9A 5DY3A 1TTPA 1FUYA 3A22A 3C61A 4CQAA 3HG4A 2FPTA 3W2MA 3EWYA 4H6KA 4PEKA 2ZZ6A 2FB3A 1BWKA 3M5ZA 3W74A 3LHTA 1SU5A 3H53A 3MMTA 4UNLA 3TNOA 1XBZA 4FIQA 1KBJA 3E96A 4HSOA 4BI7A 4LUIA 1YDVA 3Q37A 5AHNA 3G3MA 3TMQA 3TW6A 2Q3OA 2W6RA 1GOXA 3NQ6A 3PC0A 3LBCA 3MI3A 4M19A 3M43A 1RQEA 1NAL1 2DORA 4O4VA 1KFBA 1VYRA 4A21A 4O52A 2VEMA 2W0UA 5D37A 3HPZA 4WQ6A 3W1RA 3TR2A 2NX3A 2Q3RA 5K4XA 4AHQA 4NXSA 3P7YA 2Y7GA 3FKKA 4NJJA 2KZHA 3DHDA 5LZLA 1JCYA 5FEPA 1HUVA 4WUIA 3ZWTA 3P8IA 2VEPA 3H55A 4JS3A 2ZRXA 1PL9A 2ZRVA 1AW2A 1DV7A 2WO5A 4PC8A 3N19B 3H54A 2E6FA 1TPH1 4AHPA 5CKSA 3IRDA 1FWSA 2V9DA 4O1BA 1OG0A 4PODA 4JTLA 3WFAA 2QF7A 5FESA 5E1QA 1Q6RA 2YSWA 3C2EA 4GXMA 3QH2A 1GJPA 4LW7A 4Z1BA 4AF0A 1PIIA 2C18A 4O18A 3W7HA 2D73A 3RMJA 1D3GA 1OFPA 2CLKA 5IBXA 3IIOA 4KFNA 2YYTA 1FX6A 1OFEA 4JX4A 4ZQPA 1JCLA 4GC4A 4LTSA 1YPFA 1OX4B 3W85A 5KZEA 4W9TA 1GZGA 3TFXA 4K8EA 5HWJA 2ZRZA 3LCLA 1ME9A 2VXNA 4O50A 1O4UA 2VEIA 3WJXA 1OFBA 4EWND 1LLWA 1XM3A 4N02A 2J88A 5D2WA 2HSAA 3U6WA 3CT7A 4X2RA 3KAOA 4QQ3A 4CLMA 2A85A 3W1PA 3SGZA 3IVSA 4Z0SA 3NL5A 3BARA 3GDMA 2WV8A 3DBPA 1GT8A 2HS8A 4U28A 2P0OA 3P61A 4JYEA 1LZOA 5K9XA 3WK1A 1YYAA 3EX2A 4MZ8A 2ZZ4A 4YCPA 1XBVA 3L0GA 2GVLA 2PC4A 1VLWA 3HG3A 4IGHA 4TO8A 3UNDA 4DO5A 3T40A 2V81A 5DBUA 1VHCA 2VC6A 5G1TA 2GVJA 4LVGA 4AAJA 1QO5A 2YR1A 1YDNA 5CPNA 2PCQA 1L2UA 3SSJA 3S9YA 3SR7A 3FEMA 2E6YA 3CLMA 4MFEA 4Y9AA 1H5YA 2WKJA 1IIGA 3EKZA 5I3FA 1NF0A 5CGQA 2CU0A 2RDUA 2FPVA 4N4QA 1H1YA 4E2DA 4XZ9A 2YYUA 3L0KA 4IXXA 4UNKA 4A22A 3AO0A 2Z6JA 1OJXA 2NUXA 3OVPA 4OU1A 5FF2A 1IIHA 3LRMA 1LOLA 2ISSA 2GQAA 3QM3A 5TQLA 1W56A 2BX7A 3W1TA 4G1KA 5MHBA 3DI0A 4HPJA 3KVKA 3W84A 4DO4A 2CFFA 1O5KA 4AEOA 3EXSA 1FQ0A 2JKPA 3NPWA 2J9ZA 4FX7A 3G8RA 5AC8A 3DKJA 3CC1A 3P82A 4YXGA 3W7QA 2VFDA 3UY8A 3L68A 3A5FA 1AMKA 1HFBA 3DHFA 4RKAA 4YL2A 4O12A 3KFTA 3OHIA 3OG3A 1R47A 3M16A 4TU1A 1G4PA 4RR4A 1AK5A 3S1VA 1H7PA 3QF0A 1H1ZA 4MFDA 2I9EA 3PUEA 1ZALA 4JTSA 4K8HA 3MHUA 1FY6A 3W7KA 3W7IA 1YDOA 3OEXA 4ICNA 4XKYB 2X2GA 3BW3A 5HNRA 1KTCA 2QAPA 2CW6A 1RQHA 4WOQA 3GZ3A 3WK0A 3QPZA 1F74A 2A6LA 2EHHA 4LUJA 1H7WA 2C1HA 4TR9A 3W1AA 3I7SA 3LDVA 1I2PA 3G18A 3RU6A 4FHAA 4N9DA 1M7OA 4FNRA 3USBA 5GVJA 2VFEA 1YPIA 4DQWA 2P1FA 4BR1A 3F1QA 3STGA 1VCFA 2IQTA 3RF9A 1ZY9A 1LORA 5HWMA 3S6DA 3NM3A 4ZQOA 3GB6A 1G7UA 4HN4A 3NVTA 3ZS4A 5DXYA 2ZDRA 4ZZ9A 1SO5A 4XBKA 2QCDB 4M6QA 1TPC1 4A2SA 1GVRA 2V2HA 3BW4A 4EIVA 3GXPA 2C6QA 3P62A 4EF9A 3CHVA 3S1XA 4RV8A 3Q2DA 4NNAA 1R46A 5AHFA 2VKZG 3W1MA 4AWSA 1B4KA 4RLIA 4IMCA 2QCCA 3O06A 4QNEA 1KFEA 1WXJA 4JICA 4EVZA 3UZ5A 3KVLA 4O17A 3M47A 2CLIA 1TPUA 4MUZA 3TAKA 5AHMA 2WSQA 3JR2A 1IXQA 4LVDA 2ATMA 3TXZA 4O15A 3TC6A 1LOSA 5DY2A 4NX0A 1WOAA 4QJ1A 2F7FA 4RJEA 2RFGA 3GYEA 3ABSA 3FFSA 4WXYA 4PTNA 1FCQA 3MBFA 1F5ZA 4GFSA 4EOUA 2ABAA 3G1DA 3JS3A 5D32A 5I3KA 3Q58A 5F2IA 3E02A 5D30A 1H51A 1TQJA 3ELFA 4AH7A 3RNDA 4JIQA 3G1HA 1GQNA 3LCFA 3LHZA 3W7MA 4N9CA 5CPMA 1SSDA 3UWWA 5C55A 4UTKA 4N4PA 1YADA 2DJXA 1GTEA 3LHWA 1F76A 4CCCA 4Z0JA 5G2IA 2FPYA 4JX5A 1EUNA 4HNTA 4KKXA 3QQ1A 3LRLA 3PWAA 4FF7A 2ZCGA 3WJSA 1AG1O 4HT3A 5G1YA 1XL9A 4MY8A 1BEUA 5HUPA 1QAPA 5G2HA 5HUOA 1H7NA 1Z41A 3NEVA 1VCGA 4KFPA 2G95A 5LGXA 1OYBA 3CWOX 4NZFA 5D2VA 5J5RA 3LX9A 2DP3A 1F7BA 3VE7A 1FCBA 3U8GA 4LS2A 3E12A 3W3OA 2BTMA 2E09A 1G7VA 3EWBX 2QUTA 4PL1A 4JTEA 3EKLA 1DOSA 4UTUA 3IGUA 3P60A 1K8YA 4DF2A 5L6UA 1JULA 3MP4A 1W0MA 3C2OA 3LTSA 5EMUA 3KOFA 4IMDA 4MYXA 5LNVA 3W7JA 4I7UA 1K3UA 4B5NA 2B7NA 1KFJA 2BSLA 2PURA 4BWLA 4K7VA 3PULA 1P5BA 3DZ1A 5CZ0A 4IX0A 3T44A 2CZFA 3W75A 3FKRA 2J6XA 2H90A 3HG5A 1ME7A 1C9DA 3B0UX 2GJLA 3TFCA 3QSTA 1SFLA 5TIMA 1QOQA 4UTTC 3L9CA 4H3DA 1X7FA 1QR7A 1QOPA 1A53A 1R2RA 2ZRUA 1FWNA 2AQWA 5CPOA 2ZA1A 1JQXA 4PL2A 5I3GA 1RVGA 1VGAA 4YCOA 1VPXA 3S5YA 1XDMA 2QUVA 3HG2A 4BI6A 1ICSA 1OX6A 1UJPA 2FTPA 3WJZA 1CW2A 1QNVA 4XQ6A 5K3VA 1OVDA 5BW6A 3DU0A 3O6YX 3N2XA 4MIMA 1Q45A 3PG9A 4O8RA 3C8FA 4NVTA 1QPQA 1X6UA 1KM2A 4RX0A 3EWUA 4JXCA 1RV8A 4WY0B 2R8WA 3DI1A 2NV1A 4GJ1A 4E38A 2E6DA 4IPJA 1Q6OA 1U5JA 4UMAA 3M9YA 3M7WA 2NX9A 1QPRA 4R33A 1ICPA 1QPNA 1NF7A 1SSGA 4KFOA 2V30A 1DQWA 3UPBA 1ME8A 4UC5A 1F6PA 1FDJA 1VHNA 3HQ1A 1JQVA 4Z1CA 1XKYA 3TC7A 3C2FA 1W3TA 1GG0A 4O13A 3W1UA 3GAYA 3W7EA 5DCEA 1LP6A 1Z48A 5F4WA 2ZA3A 5K4ZA 4MJMA 5BRBA 3V1PA 1T96A 5E93A 4LOCA 2H8ZA 3LCGA 1QFEA 3C56A 4NXKA 1XDLA 3HOJA 4JTKA 2EGZA 3GXTA 1MXSA 3R89A 1GYNA 4DF1A 2QCFA 1FDYA 1PCKA 4YWIA 2J9XA 3NL2A 1ML1A 3G22A 2ZZ2A 3S5OA 3L67A 4UUIA 1AW1A 5K7JA 2G97A 1KW1A 3NYZA 2P10A 4NJGA 3P8JA 1ZENA 4S2CA 3TIMA 2VFHA 1K03A 1F6KA 4UTJA 3SI9A 1CI1A 1KV5A 4N9EA 1W8SA 2OZ0A 4UR7A 4XTDA 1VC4A 3TMLA 3O63A 2OCZA 4M6PA 5I3HA 4A2RA 2Y7DA 2OT0A 3O6DA 1FCVA 3QEZA 2V5BA 3IGXA 3CQ0A 3TUUA 1GVFA 1YXYA 4ML9A 1TJRA 4Y90A 3TW7A 2V8ZA 4NQ1A 5G4WA 5IM51 3NG3A 1SUXA 4OHQA 2H3BA 3PB2A 4ZQCA 3EX4A 3MYPA 4RK8A 3BG3A 3NPVA 4OV4A 1H60A 3EWWA 3F4NA 2CLLA 1EWEA 1I4NA 3NQFA 4ZQNA 2VENA 1XUZA 3STFA 4QNWA 3SECA 2QCMA 4N6FA 3SIZA 4HIBA 3VCRA 3NOEA 2OX1A 4J9JA 5A8GA 3DFSA 2ZZ7A 3L5LA 4QISA 1RD5A 2NXGA 3ANYA 1C8VA 3NPUA 1SR9A 3TCEA 5LSMA 1EB3A 4ZL1A 2LLEA 2ZRWA 1H7OA 4PH6A 5C5YA 3I68A 5D09A 3TA6A 1KFKA 3EB2A 3LHYA 5LNUA 3EXRA 1DVJA 3SW6A 4WY0A 4DXVA 5CSRA 3W07A 5U7SA 4S1FA 3MWAA 1AL7A 4O28A 1EUAA 5LGZA 2Y61A 3W7LA 4JD4A 1ZNNA 1M5WA 1UB3A 3QMRA 2DZVA 3IIZA 1JRCA 3G0SA 4MLRA 1I2OA 1MEHA 3NPXA 1WYIA 2C15A 4JTJA 1KM1A 2WNQA 4O14A 1CX9A 1A5AA 4O1CA 3PB0A 2QAFA 5I3IA 3LV5A 4IOTA 1KM5A 3G1AA 1TQXA 2G5WA 3C4UA 4X22A 4UTWC 2YX0A 3QW4B 4IQLA 3CEPA 5EY5A 3P80A 2HS6A 3PBYA 1S3HA 3GX9A 5AN7A 4P61A 1I2RA 3STCA 3NDOA 3KRUA 4AWUA 1F73A 3TSDA 3EX6A 3SFKA 3U2OA 4HNUA 3LI0A 4IWWA 2TRSA 3UYCA 1V7YA 1DL3A 1DJQA 3DXIA 3MW7A 4NUWA 2YPIA 3W2LA 2G96A 3FJLA 3GXNA 4QAIA 1IXPA 3ABQA 3DAQA 4RXGA 5EKYA 1TO3A 5HMSA 1VH7A 1SO3A 1GVOA 1TRDA 3TQKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ES8 A;  2YCL A;  4XUG A;  1IR1 A;  3PBU A;  4JTF A;  3M5Y A;  4S3K A;  1Q6E A;  3GTI A;  1L6S A;  1IXN A;  3B03 A;  3CUJ A;  3EMC A;  3G24 A;  4GAC A;  4MOZ A;  3F5L A;  3APY A;  2D2G A;  1ZHA A;  1XSJ A;  3T2P A;  3PNZ A;  3DGB A;  1YW1 A;  1QO2 A;  1SM9 A;  3IJI A;  4X9S A;  2RDT A;  5XIM A;  1EGZ A;  2WHJ A;  1U22 A;  1JD7 A;  3PZN A;  2BS9 A;  1CCW B;  3NZR A;  2EPM X;  1LYX A;  1OG6 A;  4ALD A;  2VZU A;  3NNT A;  3EOL A;  4UTF A;  3RJX A;  3T8Q A;  2J7G A;  1XD0 A;  3TSM A;  3TX9 A;  3FS2 A;  2D22 A;  2I7G A;  4S38 A;  1WAU A;  6A3H A;  2PDY A;  1YDY A;  5ABT A;  4GK8 A;  2BVW A;  5D2T A;  2FB2 A;  4ZOA A;  1DXI A;  3KBW A;  1NP0 A;  4MY9 A;  1BRL A;  2OEK A;  2XIJ A;  2W79 A;  1Q2R A;  3AJX A;  2J75 A;  4J35 A;  6TAA A;  4Q6J A;  4Q22 A;  4UIO A;  5F1V A;  3MUA A;  2OEL A;  4KWW A;  1WUF A;  2WZH A;  4LYR A;  4YU1 A;  5EML A;  1O6I A;  1UWI A;  5C2G A;  2IPF A;  3CZK A;  2BWG A;  2GSE A;  1W5Q A;  4L4P A;  1XCW A;  4ONV A;  4AXN A;  1ZJI A;  2DZT A;  4HNO A;  4UXD A;  1VZW A;  4X9Y A; 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