1TO3A

Structure of yiht from salmonella typhimurium
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
LNNYTIKDITRASGGFAMLAVDQREAMRLMFAAAGAKTPVADSVLTDFKVNAAKILSPYASAVLLDQQFCYRQAVEQNAVAKSCAMIVAADDFIPGNGIPVDNVVLDKKINAQAVKRDGAKALKLLVLWRSDEDAQQRLNMVKEFNELCHSNGLLSIIEPVVRPPRCGDKFDREQAIIDAAKELGDSGADLYKVEMPLYGKGARSDLLTASQRLNGHINMPWVILSSGVDEKLFPRAVRVAMEAGASGFLAGRAVWSSVIGLPDTELMLRDVSAPKLQRLGEIVDEMMGKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of yiht from Salmonella typhimurium
rcsb
molecule keywords Putative aldolase yihT
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Salmonella typhimurium
total genus 95
structure length 291
sequence length 291
ec nomenclature ec 4.1.2.57: Sulfofructosephosphate aldolase.
pdb deposition date 2004-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1to3A00
5DCBA 3DHFA 3M5XA 1LRNA 1O60A 1Q6QA 3W23A 3BW3A 2VKZG 4AHPA 4G1KA 4DXVA 2B7NA 5FESA 1LOLA 4MUZA 1GTHA 1TPDA 2Y63A 1OVDA 3VE7A 4AVFA 3P5ZA 3M7WA 4BI7A 3W07A 1B9BA 4WUIA 3LCHA 5D30A 3LLFA 5C6MA 3P80A 4AWUA 3CEUA 1TRDA 5D09A 4GNJA 2V81A 3N2XA 5CPLA 5CKSA 2FPTA 3UD6A 5D38A 4GE8A 3TSMA 1TPVA 2PC4A 3DFOA 5K9XA 1W5OA 5KITA 2ZCGA 2OJPA 1PS9A 1UUMA 2V2HA 2YCEA 2PCQA 1I2PA 4K39A 4WZHA 4JR5A 3W2MA 2OT1A 1EIXA 4CNNA 1WBJA 5HQEA 3TX9A 3GAKA 3MO7A 4JNMA 3PC0A 5LNUA 4MLJA 2RDTA 3PM6A 1K7EA 1OF8A 1KFEA 5FF2A 1PL9A 3M9YA 3DFSA 1MXSA 3GXPA 3JRKA 1KM2A 5HWNA 1JRCA 3W7JA 3TU9A 3LHTA 3W85A 2DJXA 3LXAA 5HINA 1L6YA 1VYSX 3DFPA 4NUWA 4X22A 2NLIA 6TIMA 1S5TA 3D0CA 3LTPA 3W83A 1KM0A 4X3ZA 1QCWA 1ZHAA 4E2DA 5J5RA 1MEHA 2VC6A 1H50A 3NQ8A 3PY2A 1EX5A 3QRHA 1H63A 4LUIA 1DL3A 4NU7A 4NVTA 5FF7A 3B8DA 3WFAA 4JTKA 1R46A 3W1LA 1OYCA 2A1YA 2Y62A 3W1RA 3NYZA 4FHAA 1XKYA 4UMAA 4AEOA 4HPJA 1TJRA 3P74A 5DBTA 2VFHA 3NVTA 3W7MA 4O13A 1TV7A 3TE9A 3GR7A 2VFIA 4UXDA 4BR1A 4TU1A 3B0VC 5AHNA 4JTIA 1XUUA 3EWUA 3M44A 1SO4A 2CW6A 1B4EA 4DO6A 3LCLA 5EBUA 1QPOA 3WJYA 3P81A 3G1SA 3UZJA 4FXRA 4HNNA 2H3DA 3WK2A 4JTJA 1OYAA 2YX0A 3O16A 3KRUA 1K02A 1K8ZA 3LI1A 7TIMA 2CWNA 3C52A 5F1VA 2R94A 4RKAA 4JGDA 1H7OA 1THFD 4Z1DA 3UWQA 4ONVA 1TV8A 3BLFA 3NPVA 3S9YA 3TFCA 1L6SA 3W6YA 2A5HA 5SWUA 4FX7A 3Q94A 4Y96A 3W2LA 5LHEA 3ABSA 5LHFA 1K7FA 3R12A 3IVTA 2TRSA 3CIXA 4LC6A 3C4UA 3W74A 1SFLA 3GDLA 1G7VA 1ME8A 4MLRA 1O5KA 4S2CA 3UXDA 2WSYA 4Q32A 1YLVA 5BNKA 5H2ZA 1L6WA 3KAOA 5G1TA 2P0OA 4WD0A 4MPQA 1SZNA 1VCFA 3T7VA 2NXHA 3IGXA 1U83A 5TIMA 3EB2A 4YL2A 1PIIA 1G4SA 3UWWA 5J5DA 1VJIA 1KTCA 2ZA3A 4ZQOA 3GKFA 5AYYA 3W2NA 3B05A 1OFPA 4E0CA 2Y85A 4JTFA 4PL2A 4A2SA 3LHYA 2WNZA 2YYUA 5K9DA 2ZA2A 5BMWA 2E5DA 2QJIA 2Y6ZA 3H53A 1TCDA 2C0AA 2YYTA 5HR6A 3NQMA 1IXOA 2C13A 1F05A 3HBLA 1YYAA 1SUXA 4AHOA 2QJGA 3LXBA 5KZMA 1JCMP 1OF6A 3CT7A 4Y6GA 4UTTA 3LV5A 3TQ0A 2VEIA 3EX3A 3GDKA 3B0UX 1JUEA 3LERA 1JULA 5D37A 3A24A 3NXFA 3W70A 1JCXA 1YDOA 1RV8A 3NL5A 2NV2A 1OX6A 4O53A 4MY1A 5KZDA 4QIUA 3L66A 1A50A 2JKAA 1AW1A 1M7OA 1TMHA 1F6KA 2B0MA 5F1UA 1TQJA 1QPNA 5LNVA 4RJEA 3C6CA 4AWTA 1BKSA 4FNSA 1ICSA 1A5CA 4LY8A 1FXQA 1W37A 3W7QA 4MY8A 5D05A 3H54A 1FCVA 2WNNA 3P8IA 1B57A 2I9EA 4QNEA 3PBWA 4O28A 3TA6A 4K37A 2GQ8A 2VFDA 3BG5A 2C18A 4HN4A 3DXIA 5AN7A 2QCHA 5AYZA 3S1XA 3FKKA 2NUYA 1SW0A 4OWGA 1JCYA 2A7RA 1DJQA 3TAOA 5FF3A 3DI1A 5I3KA 2FB3A 2QF7A 4XWUA 4BK9A 3LOTA 4C1KA 4FNRA 1KW1A 2CLHA 5BOOA 2OX1A 1NF7A 4IGHA 4M6PA 3EWYA 3OA3A 4ADUA 3W7CA 2QUTA 3LV6A 1IF2A 1LOQA 4A22A 2CLIA 1UBSA 3BARA 1KM3A 4PEKA 4PL1A 4GBUA 3NGJA 3W2JA 4RX0A 2ZBTA 3HGRA 4KKXA 3HMJG 5LSMA 2ISWA 3NL2A 3QSRA 2VFFA 3RMJA 1H7XA 4M7SA 2A6NA 1XDLA 3E12A 4GRSA 3TQKA 2RFGA 2ZRYA 1GYLA 4LS0A 1FUYA 3WJSA 3P67A 3N73A 1DBTA 2E1DA 2ABAA 5BMXA 4YXGA 3L67A 2Y70A 3FIGA 1W56A 4IX2A 1FXPA 1WX0A 3VKJA 4RLIA 1NEYA 1SZEA 2YFNA 1M7PA 4QJ1A 3GNDA 1IIGA 1OFOA 2OT0A 3EX6A 1JCNA 2NXIA 3O6CA 2V2CA 5FI8A 3OIXA 5D2YA 3V1PA 1GVRA 4O15A 1SO3A 1VYPX 1NVMA 3O1NA 3O8AA 1HO4A 2GQ9A 3M16A 1JR1A 2CLMA 1LROA 1R2RA 5D2VA 4UR7A 2XN1A 1H7WA 5L6UA 4MKNA 3IIZA 3QMTA 1J4EA 1BTMA 3TMQA 2XFWA 2CZ5A 4EF9A 2R8WA 1ADOA 4MY9A 3NPUA 1EUNA 3HPZA 2B7QA 3DU0A 4GXMA 1OX5A 2ZFAA 4NX0A 4FIRA 4D2JA 3W1XA 2E6DA 3T40A 5AC6A 4U28A 4NT0A 5ABTA 1G6CA 4LW7A 1K8YA 2RDWA 3W7LA 2VEMA 4OBTA 1AK5A 3LRLA 5LGXA 2BSLA 2QCGA 3EKLA 1WXJA 2OCZA 1NF0A 3E96A 2ATMA 2Y88A 3W1UA 2RDUA 3C56A 3TV8A 1RQHA 1F76A 1TPFA 3FKRA 4FEZA 3DKJA 4XUGA 3LHWA 3ZS4A 4BF9A 3ABQA 4LNYA 3UY8A 3G1HA 4I7UA 1ONRA 1ZFJA 3SY5A 4CCDA 3PAJA 2Q3RA 2R14A 2ZRXA 1QAPA 3G0UA 4FNUA 4NJKA 3NM1A 4YWIA 2V2DA 3ZWSA 4Z1BA 4LU0A 1Y0EA 1VCGA 3S1UA 1DQWA 1H60A 2QKFA 1RQBA 3PWAA 4UTIA 4AMAA 1A5BA 2O7QA 4IX0A 4JTSA 4MZYA 1F2JA 2A85A 4DF0A 2C14A 2DZUA 1MSSA 4WXYA 4DF1A 6ALDA 1R2SA 4N4PA 5CGQA 3S5OA 2J9YA 5TQLA 4ICNA 1OX4A 1O94A 1LYXA 3MI3A 3ELFA 3N2MA 1YPIA 1YXCA 2WJZA 5L9FA 3PBYA 4LUJA 5HR7A 3W72A 1W54A 3HGOA 3MMTA 2VEPA 4N9CA 2C16A 2V5BA 3IEBA 3STFA 1QPQA 2YZRA 1XI3A 2CLFA 5HMSA 1ME9A 3O63A 1KTBA 2ABBA 3NQVA 8TIMA 1KLYA 4TIMA 2DJLA 1F73A 3QM3A 4IXXA 1LORA 4DPQA 3MI6A 1SR9A 2VFEA 2GVJA 1KBJA 3T44A 1QWGA 3B06A 1CW2A 4N2YA 4LRTA 3IGUA 4ADSA 1T99A 2KZHA 3MP5A 4ADTA 3TAKA 2BTMA 3UPWA 3HG3A 5AYXA 1RPXA 4PFMA 3EWZA 1EUAA 3QJAA 1HFBA 2DZPA 4W9TA 4IJBA 1YPFA 2QCDB 3NAVA 3PS7A 3S6DA 1D3GA 4M6VA 4R34A 3KHJA 2QCEA 3C0JA 1C29A 4N6FA 4Z1CA 4UFJA 4TX9A 5HWJA 5D2XA 1KM5A 1Q6LA 1GG0A 1TPEA 3N14A 1TIMA 1XCFA 1J5TA 1YADA 4KWVA 3BLIA 1B3OA 1XC4A 4LC8A 2ZA1A 1XXXA 3W7OA 3HG2A 3GKAA 4M7TA 2J6XA 4K8HA 2RH9A 4AF0A 2ZYFA 2ISVA 2JGYA 3G1XA 1J2WA 3QSTA 1VGAA 5C5YA 3TCEA 3LHUA 3R2GA 1S5VA 1QO5A 2QUUA 2X1SA 2A0NA 4CQ9A 4ML9A 1GJPA 4NNAA 1N7KA 1C9DA 4IQLA 5KINA 1AL8A 2VXNA 1Q6RA 3Q37A 5F2GA 3CLMA 5AHLA 3MBFA 3EX2A 3NNTA 4NXSA 3GDMA 3GVGA 4O54A 1SW3A 4CLMA 3AJXA 4L4LA 3HO8A 3TMLA 2LLEA 2H90A 4LRSA 3C2OA 3QH2A 1IIHA 3OVQA 3W73A 3QFEA 3QEZA 1ML1A 2JK2A 5I3JA 3N3MA 3EX1A 3SJ3A 4FNQA 2WSRA 1QPRA 5CZ0A 4UTMA 2H8ZA 4WOQA 2HS6A 3L2IA 3EKZA 4AWSA 5KZEA 2XN0A 1VHCA 1GQNA 3UYCA 3FS2A 5DN1A 4O4WA 4TMCA 1XL9A 1LZOA 3C8FA 3DBPA 2QR6A 3I65A 3CHVA 3NR0A 5D2WA 5D33A 1TYGA 5EL1A 1Q3NA 1H7PA 4NJGA 1H62A 2G97A 4LOCA 4JICA 1R30A 1M5WA 1PCWA 1GG1A 4E38A 5FEWA 1NAL1 3HF3A 3P7YA 3HGJA 3E9AA 4RXGA 1VLIA 3NZRA 4UC5A 3QF0A 3FJLA 3G1AA 1OK6A 4DBEA 4JYDA 1SU5A 3P82A 2GJNA 3S5NA 5K2ZA 4UFHA 4PA8A 4HSOA 5C2XA 1H1ZA 5D02A 3THAA 3PSWA 4UTHA 4DQWA 1T96A 1EWEA 1PVNA 4LS2A 1TO3A 4DELA 4O11A 5F4SA 4BI5A 4GUFA 1A5SA 1G7UA 5C54A 3P61A 3IV3A 4NJIA 3W2KA 4JYEA 3L0GA 2CLEA 2J27A 2QEZA 3STEA 2Z1BA 1D9EA 1SSDA 2ZZ5A 3G8RA 2NX9A 3G18A 3R5EA 4DO5A 4QISA 1XBXA 1P0NA 4MYAA 4O1CA 3CTLA 1F5ZA 3DZ1A 4XZ9A 1OABA 3W7HA 3M47A 1LBMA 1KA9F 3NL3A 1X1OA 1T8XA 3DGRA 3CM4A 3LRKA 3FLUA 4CCEA 4Q33A 4N9DA 2ZZ1A 3NQFA 3PULA 4EWND 3KRSA 2WNQA 4LWWA 2C1HA 3G24A 1G67A 2QCCA 2EKCA 2ZQ0A 3TFXA 1GWJA 1JVNA 4GUJA 3DKLA 5G4WA 3STCA 4TO8A 2VOMA 1TRIA 3HG4A 2TYSA 3F4NA 2PRLA 3UWYA 3PUDA 2YW3A 1SO6A 1HTIA 3W84A 3B4UA 4LS1A 3LHZA 3SSJA 4OU1A 4Y90A 3SFKA 4GUIA 1EP1A 1TTQA 3TJLA 4E2BA 4N4QA 4ZMGA 2ZDRA 4BI6A 1HO1A 2BWGA 3E0IA 1OK4A 1XM3A 2ZRWA 4POCA 4RZ5A 1SQ7A 2ZRUA 4K38A 3UZ5A 4UTLA 3W7DA 3CEPA 3LBMA 4Z0JA 1Q45A 3U6WA 2DP3A 3C61A 5G1YA 1KTNA 1P5BA 4OE7A 3PG8A 3LI0A 2NZLA 3EX4A 3GR8A 3KX6A 2X30A 3STGA 3LCWA 3IIPA 1YTEA 3GDTA 3LTSA 2YR1A 3DHDA 1W5NA 3F4WA 2GQAA 2W0UA 3O6DA 2ZRZA 2YPIA 3VFLA 1TPUA 2ALDA 1GTEA 1PCKA 3EXSA 4RCXA 3PSVA 1XBVA 2EHHA 4IPIA 4A21A 2X2GA 4CNPA 1ZY9A 3W7IA 1XBZA 2YXGA 2VENA 3I7SA 2YFOA 4QQ3A 2CLOA 4IMEA 3UY7A 5FEPA 3UQNA 4JDYA 3W3OA 3GDRA 3HGSA 3MW7A 4ZVJA 4X9SA 3T4CA 3OVRA 2EAWA 2W6RA 3QW3A 1WOBA 3A5VA 3SW6A 1OG0A 3IVUA 2P10A 3DFNA 3IRDA 3L21A 3ZWTA 2VELA 4CQ8A 5F2LA 1LRQA 4M6QA 4OGZA 3LM7A 4BFAA 2D73A 4U4MA 1F7BA 3H55A 1P4CA 4ALDA 4IXHA 1IXQA 3HOJA 4GUHA 2DZXA 2YGYA 2R91A 3TH6A 5G4EA 3LGEA 3FYPA 5FEZA 3OBKA 5AOUA 2EF9A 3G8EA 2FLIA 2JGQA 4MZ1A 4O18A 3LTYA 2V5LA 3TW6A 4FF7A 4JN6A 5D04C 3BV4A 1A53A 3KOFA 3SECA 1W3TA 2E6AA 3PUOA 4A2RA 4EF8A 4XKYB 5U7SA 3QQ0A 1NSJA 5EYWA 1TV5A 4O4VA 2A6LA 2CFFA 2E6FA 3C2EA 3MI2A 4UFKA 2A4AA 4ZQMA 5AC8A 2JBMA 3KXQA 3A5FA 4NZFA 5AFDA 3TK7A 1QR7A 4XBKA 5AHMA 1N55A 1X6UA 5AHIA 1TTJA 1Z41A 3M5VA 3MHGA 4KFNA 4HSNA 4QSHA 3W1PA 3PUEA 2PE4A 3BGJA 1G69A 1TPB1 3PVFA 5I3FA 4HNVA 2EPHA 4JX4A 4LVDA 2V0TA 1KBIA 4OV4A 2E77A 1ALDA 4ZL1A 2ZZ7A 3I7QA 4IPJA 3UWUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WC4 A;  4A3Q A;  3KBS A;  3M5X A;  2XVL A;  3RPT A;  2PDG A;  3BW3 A;  2QYG A;  3MV0 1;  4DUV A;  1R3T A;  1E0T A;  1W9P A;  2B7N A;  4X2P A;  5FES A;  4BQ4 A;  4QG6 A;  1LOL A;  4MUZ A;  1GTH A;  3P14 A;  2OXN A;  3P5Z A;  2PDM A;  3WZ0 E;  3M7W A;  1PSC A;  5JH1 A;  1S5M A;  2D2H A;  3TLQ A;  1TRD A;  3ARY A;  4GNJ A;  3TTE A;  2BVY A;  3BZG A;  2VC5 A;  5CKS A;  4RPQ A;  1Q7M A;  2FPT A;  6PTD A;  5LA0 A;  1TPV A;  4NRR A;  2JF7 A;  2DGA A;  1W5O A;  4RW5 A;  3M0I A;  2VR2 A;  1PS9 A;  3A47 A;  3GQY A;  2V2H A;  3W2M A;  4WZH A;  2OT1 A;  4OJY A;  1OZQ A;  4WLC A;  3GU1 A;  1XYM A;  3MO7 A;  4JNM A;  2G0W A;  4QGC A;  4G8T A;  4ERI A;  1K7E A;  1XSK A;  1YX1 A;  3GSM A;  2CWX A;  3GG7 A;  4H9Y A;  4GAB A;  1NWU A;  2DJX A;  3SUV A;  1FWE C;  1AZ2 A;  1G9H A;  1M7X A;  5HIN A;  2WPG A;  1VJS A;  1UKQ A;  3DFP A;  4NUW A;  1TWW A;  1GYM A;  3GC2 A;  4IM4 A;  6TIM A;  2IXU A;  4EAM A;  3W83 A;  3C0L A;  3VKD A;  3NQ8 A;  2OYM A;  4EAN A;  3WD0 A;  4BEU A;  3WQE A;  1EX5 A;  3AS1 A;  5M17 A; 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