1TPB1

Offset of a catalytic lesion by a bound water soluble
Total Genus 91

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYDPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (6-11)TI6 (223-226)TIV1 (12-15)S3 (60-63)TIV2 (92-95)EMPTYAH1 (18-30)AH11 (238-245)TI1 (34-37)AH9 (198-203)TI2 (56-59)S2 (37-42)3H1 (45-47)AH3 (80-86)AH5 (106-119)S4 (90-93)S5 (122-127)AH4 (96-101)TVIII1 (154-157)TI3 (156-159)AH7 (138-152)AH6 (131-136)S6 (160-164)S7 (205-209)3H2 (167-169)TII2 (169-172)TI5 (213-216)AH8 (178-196)TIV3 (209-212)TI8 (233-236)AH10 (216-222)TIV4 (231-234)TI9 (234-237)TI7 (232-235)S8 (228-231)AH2 (48-54)TII1 (74-77)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Gallus gallus
publication title The structural basis for pseudoreversion of the E165D lesion by the secondary S96P mutation in triosephosphate isomerase depends on the positions of active site water molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 91
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence 2
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1994-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tpb100
1F74A 3Q58A 1GTEA 1SPQA 4O28A 3LBCA 3G22A 3PSVA 2C18A 2ZQ0A 4TR9A 1S5WA 4IPJA 1K7FA 3HO8A 4OGZA 2ZZ7A 3LB0A 4NXKA 1MSSA 1WA3A 2QCCA 1QPRA 1VCGA 4JDBA 3DFNA 4KFOA 1KBJA 4HNVA 4LTSA 5EYWA 3NR0A 1G4EA 1TPB1 1KV5A 3MI2A 5C55A 3PS7A 2JBMA 3LERA 2VFIA 3PUEA 4M7SA 1VQTA 2C13A 3P81A 3FYPA 3GX9A 1OFEA 4JTSA 5D05A 3E96A 3RMJA 3A22A 5D03A 2BX7A 3LCXA 3O6YX 2AAMA 3QPYA 4N9BA 2CU0A 1XFBA 3G0XA 4MOZA 3L67A 1BEUA 3G24A 4CCDA 1WV2A 5KINA 1Z48A 1I2RA 5LNVA 1FCVA 4UFMA 4RCXA 2B7QA 3BV4A 3E49A 4H6KA 3W74A 4FX8A 4N9EA 4PA8A 4QM1A 4HSOA 1RV8A 4MPQA 1JUEA 4PC8A 1KLZA 3A21A 3UWVA 1SFLA 1SZFA 3CT7A 2B7NA 4NUWA 4UTJA 3CIXA 3DFTA 3TXZA 3RFAA 2WSRA 5FEZA 1JUKA 1TPFA 3PBYA 4E2BA 1JR1A 3M6YA 1DKWA 3NNTA 1LRTA 4K38A 3UWWA 4BFAA 3N19B 2CFFA 5HJLA 4M7TA 3VNDA 4JTFA 5FEWA 3CU2A 1TIMA 3EXRA 5CPLA 4MYAA 1VPXA 3LHVA 4IMCA 4PTNA 3STCA 3EX3A 3TQKA 3HGSA 4H3DA 3G0UA 3P80A 1LZOA 4TO8A 2FDSA 5DELA 4UTMA 4HNUA 1H7RA 1KFBA 1YTKA 2WV8A 1LYXA 2J24A 1AW1A 4LWWA 4X3ZA 1TSIA 4A2RA 3SIZA 4XTIA 2X1SA 3UWZA 5E93A 5AB3A 1ZAJA 3R5EA 1VCVA 3KRSA 1QO5A 3C3NA 2V30A 5D37A 1GPWA 1FY6A 2H8ZA 2QAPA 3TAOA 1TPC1 3GLCA 3DH7A 3NM3A 3QQ1A 2DZPA 3NPVA 5LKYA 3N34A 3S8HA 4OBTA 3HJZA 1EP3A 2VOMA 2TRSA 4UTTA 1IXNA 3O06A 3KX6A 1YXCA 1DL3A 1QPNA 3RNDA 4O1BA 1W5MA 2QCDB 3VI2A 4FNQA 3MO7A 5EPDA 3PBVA 4WQ6A 3QMRA 5DCDA 2YFOA 3DGRA 1R46A 2JGYA 1EA0A 1GVQA 1WBJA 4OE7A 3PB2A 5AHFA 3V1PA 1DBTA 4UIOA 1TV7A 1PCKA 3N2XA 1H1YA 4WY0A 3W7OA 1DHPA 1VYSX 4EWND 3IRDA 5ABTA 3NQEA 4IMDA 1KFJA 4N02A 1PVNA 3S1WA 3LM7A 3W7IA 3C2FA 1Z41A 3EX2A 1P5BA 4NJIA 2EKCA 3OVQA 1BWLA 1IIGA 2X1RA 2ZRYA 3LOTA 4ZMGA 4JTGA 5EA9A 4AWUA 1G4PA 2JKPA 4LS2A 4XKYB 5L6UA 1GOXA 1A5AA 3W2UA 1OFDA 2HMCA 2GQ9A 2Z0IA 4JX4A 3C6CA 1TTPA 3GKFA 4EF9A 3MHUA 4M6QA 4O1DA 5HWNA 2X1TA 3O16A 3P82A 3PY2A 3SFKA 2OZ0A 2E77A 3DHFA 3PSWA 3HGRA 1SR9A 2A21A 3O07A 1H60A 1O5XA 1FXQA 2DU2A 3O05A 3Q37A 1Y0EA 3PWAA 3GB6A 4GBUA 4UC5A 3W87A 5L9FA 3KRUA 2NUWA 1OYAA 3WK2A 4C1LA 2EAWA 4R34A 1H62A 5HINA 1LBLA 2G95A 4DQWA 5FF0A 3DU0A 2EPHA 5I3GA 1FCUA 1W37A 4ONVA 3G3MA 2QCHA 2GQ8A 4O8RA 3C2VA 3UD6A 1ONRA 3LI1A 2ZRZA 4N4PA 4O0KA 1KTBA 1TB3A 3QW3A 5A5WA 3MUXA 5FI8A 1Q6LA 2YPIA 3NM1A 5BMXA 4I7VA 2PE4A 1KM1A 5G1TA 1G4TA 4Y6GA 3HG4A 4UTWA 4K6AA 3M5XA 2G5WA 3PVFA 4A22A 1OJXA 3T55A 1LOQA 3VKJA 4QJ1A 2QUVA 1H51A 1FWTA 1B9BA 2NXHA 3PBUA 1ME9A 1GJPA 4RXGA 3C52A 3MI6A 3W76A 3L66A 3NYZA 4QISA 3QQ0A 3W72A 4OWGA 2ZZ5A 4IXXA 4LV9A 4RJEA 1D9EA 1A5CA 4MIMA 3NQ2A 5HNRA 4EOUA 5K4XA 2A7PA 2ALDA 5KTLA 5AHIA 5LSMA 5EL1A 2UV8G 2C3ZA 3W1QA 4HKPA 2H90A 4WOZA 3ZR4A 4MZ1A 2CZDA 2C15A 4WOQA 3STEA 7TIMA 3ZS4A 1FBAA 1TPVA 3T44A 1YADA 4ZQCA 3U8GA 1LOLA 3BGGA 3AJXA 4HIBA 1XXXA 3QMTA 3MP3A 2KZHA 1SU5A 4P61A 3RF9A 5I3IA 4XTDA 2QCNA 1QPQA 5D2YA 4HPXA 1HUVA 1GVSA 3LRKA 1TPDA 3AO0A 3L2IA 4BF9A 1XBXA 3KFTA 2ZZ3A 1HFBA 3S5NA 1KW1A 3W7KA 5U4NA 3IIZA 1EWEA 3TSMA 2IQTA 5AC8A 4LC6A 2Y7FA 5D02A 4GUJA 3EWWA 1YXYA 1SQ7A 3FLUA 4E38A 3NQFA 4IMFA 1KLYA 1TQJA 5E0KA 4JEQA 3P61A 5FEXA 3I7SA 3GZ3A 1I2OA 2Q3OA 4RZ5A 3W7GA 1AW5A 3ABSA 1RQBA 2DZWA 3TV8A 2CLOA 2WSYA 4DBEA 2B7OA 2A7RA 1A5SA 3L9CA 1GWJA 4QITA 3B06A 5C2XA 1F7BA 4GUHA 3CPRA 3FYOA 3TJXA 2VFHA 4LVFA 4GFSA 3DAQA 4GE8A 2J27A 2XN1A 1X6UA 2E6DA 1KM4A 3A5FA 3GDMA 4LS0A 3VCRA 4UTKA 2V9DA 3NL6A 4YWIA 2YCEA 3MYPA 3IGSA 3O6DA 4Z08A 3W3OA 4E2DA 3U2OA 3M41A 5HWJA 3F4NA 3W1LA 3C56A 1W3IA 2WJZA 5AOUA 1AL7A 3PUDA 3GXTA 4NX0A 4AAJA 1X1ZA 4LVBA 5DLCA 1NF0A 3MYOA 3GAKA 4DO4A 2V8ZA 1K7XA 2V5BA 4HT3A 4K37A 2RFGA 4JICA 1JCYA 3KOFA 3TJLA 1W8SA 5DBUA 2JKEA 1FDZA 4FNPA 2PRHA 2YW3A 4O1CA 4DEFA 4O57A 1NSJA 3OG3A 4NJJA 4XKYA 3MHGA 2GVGA 4WX2A 5TBOA 3S5OA 2LLEA 3IIVA 5F2GA 1M7PA 2TPSA 4LV4A 4ZQMA 3W2JA 4K36A 1J4EA 3HPSA 3TSBA 1IXOA 1QNVA 3V75A 3A24A 3C4UA 1TRIA 5J5DA 3NQVA 4Y9AA 5MHBA 3L0GA 4FNTA 4PEKA 3QSRA 4XZ9A 4JTIA 3M16A 4ZL1A 3A23A 1G7UA 1ZHAA 1RQEA 3FJ6A 3DFQA 3IGUA 4GC4A 3NQ6A 3CTLA 1W0MA 2C16A 4IQLA 1KM5A 4ADTA 4AEOA 3B0UX 1FWRA 1JJKA 1JULA 4FHAA 4WY0B 3LCIA 1SO6A 3LRMA 2I14A 1ICSA 2QUUA 3PG8A 3HF3A 1H7PA 3MHFA 1M7OA 4BR1A 1DQWA 4AVFA 2W6RA 2CZFA 3QW4B 3TQVA 5CGQA 4XBKA 5D2WA 1FWWA 3W73A 5LGXA 1FCBA 4MYXA 3HG2A 3S0CA 1W54A 2JK2A 3CLMA 3FA5A 1ZALA 5CSSA 3N73A 4JN6A 1OFAA 1YDVA 3TQ0A 1R2TA 5BOOA 2YFNA 3QMSA 3IVTA 1MEHA 4ZVJA 3EX4A 3CWNA 3VE9A 5F2IA 3F03K 3SGUA 1LRQA 3ZWTA 4EF8A 5DXXA 4MKNA 4OV9A 1W5OA 1O60A 2Y62A 5CZJA 1OFQA 4UFKA 3E02A 1L6WA 3IEBA 2DJXA 3W7JA 3GDKA 4FIQA 1OABA 4NX5A 4DPPA 2V0TA 1RVGA 2PC4A 1JCJA 3TROA 3W1AA 5EMUA 1XC4A 3KVMA 4O18A 1X7FA 3W1NA 4LRTA 3LCLA 4IWWA 2V2HA 3Q2DA 1T96A 1IXQA 3BPWA 3OBKA 5TIMA 4OV4A 3STFA 3HPXA 4G1KA 4R7JA 1YXDA 3DI1A 5SWUA 3BVJA 5E1QA 1GQNA 1LDCA 5K9CA 2WNZA 4BI7A 2CLFA 2V81A 4M5PA 3KVLA 2A6LA 1EIXA 1HO1A 3GR8A 3O15A 4UFJA 3S1XA 2NUYA 1I2QA 2OMAA 4FX6M 1WYIA 5I3JA 3NPWA 1HG3A 4BI5A 3G1FA 3W1XA 4A2SA 3G8RA 2ZRUA 3WJWA 2C1HA 2NXIA 1J2WA 1MZHA 3B03A 1GEQA 3W23A 3W71A 3UXDA 3F1QA 2FJKA 2CLIA 1KBIA 1YTEA 3LXAA 1OK6A 3L0KA 1WX0A 4Y96A 4JTKA 3L0NA 3B8DA 4O15A 2WNNA 2YXGA 1MEWA 1EP2A 1KM6A 1RQHA 4ADUA 3ZWSA 3SJ3A 4CCCA 5AHEA 4EIVA 3M5YA 5LHEA 3W7NA 3HGOA 3C2RA 1YPIA 2FFCA 4IOTA 1XBYA 3WJXA 5C54A 1C8VA 4YXGA 1N55A 4O4VA 1H7WA 3TUUA 3TR2A 1H7XA 2FTPA 5I3HA 1PV8A 4UMCA 2NUXA 2Q8LA 4A3UA 2CZ5A 2A7NA 3NZRA 3TC6A 3NL5A 4RZ4A 4UTLA 1Z44A 4Q33A 3W75A 4TMCA 4MZ8A 3DFPA 2GUUA 5AHLA 1LBMA 3W2NA 2FQIA 3MMTA 4ML9A 3B05A 3K30A 2YW4A 3W6YA 1TJPA 3IIPA 3I65A 2FLIA 3BW2A 3N14A 5CG7A 5BNKA 3S6DA 5KZEA 4AH7A 4CNPA 1R2RA 3G1AA 4WY0F 1KV8A 4HPJA 2VEIA 1F6KA 3STGA 4YCPA 5LNRA 1L2UA 2X30A 2CLHA 3MP4A 1M5WA 1QPOA 4Q4KA 1SUXA 2XN2A 1SZNA 4KKXA 4YCOA 2Y88A 1LBFA 3W1RA 3HPZA 3W86A 4A29A 4AB4A 3GK0A 3BG3A 3L65A 1F76A 3QRHA 3TW7A 3ABQA 4IX0A 4UXDA 4KFPA 1OYBA 5F2MA 5HWMA 1ADOA 3KHJA 4JIPA 2RKXA 3W9ZA 5DXYA 1LP6A 5AFDA 2QF7A 3IIXA 4ZQPA 5AHNA 3TH6A 3LTYA 4GNJA 3NQ7A 1LOSA 1VRDA 3QYQA 2GPTA 4M19A 1VCFA 1RD5A 1OF6A 5K9XA 2HSAA 4I7WA 1ME8A 3LX9A 1XBZA 5HMSA 3R13A 3KRZA 1BTMA 2VKZG 4PFMA 3GIYA 2FB2A 5BRBA 2H6RA 3CQ0A 2NX1A 3PM6A 4UNLA 1FX6A 2E68A 2VELA 1K8ZA 3LCHA 2H3BA 4QIUA 4NVTA 4O12A 4YL2A 4HNNA 2PCQA 1H1ZA 1TV8A 4FB7A 2YYUA 5K9DA 2X16A 2ZRWA 4PH6A 4PL1A 3L68A 3W2LA 2B4GA 4DO5A 4DELA 3NXFA 5AC6A 3R2GA 4NXSA 2GOUA 4WUIA 2BXVA 2R8WA 1FDJA 3NQMA 1VGAA 4FEZA 2PURA 3BG5A 5U7SA 4UMAA 2CW6A 3FJLA 1SW7A 2Y7GA 1EEPA 4NJGA 2P1FA 3ABOA 5F4SA 1LROA 1FUYA 3B0VC 4O11A 3FKRA 3LHTA 1EB3A 1BWKA 3C0JA 2QCMA 3DFOA 2ATMA 2RDTA 4N9CA 3UYCA 2ZTKA 1QR7A 1YDOA 2Y6ZA 1ME7A 4K7YA 1T99A 5C6MA 2HS6A 3BARA 3N2MA 3S42A 3LDVA 1UBSA 2D73A 3INPA 2QDGA 4JXCA 4R53A 4K8EA 3HBLA 5J5RA 4MLRA 4FNUA 1Q6QA 4JYFA 3W2MA 1JUBA 4Z1AA 1Q3NA 1SO5A 3C2EA 2GQAA 8TIMA 4UUIA 1KA9F 2R14A 4QSHA 4O19A 1I2PA 3CEUA 1JCXA 5FF3A 1LORA 2NWRA 3DKJA 4D2JA 1V7YA 4TIMA 4ZQRA 1G7VA 4UR7A 5DY3A 3MBDA 3OVRA 4FNRA 4R33A 3G1YA 3LHZA 3PBWA 1I4NA 3GAYA 3SY5A 3LI0A 3QH2A 3O1NA 4IXHA 4FX7A 4DBDA 1WXJA 3JR2A 4U28A 1GZGA 3IGXA 3H53A 2R94A 1UJPA 2OCZA 1YPFA 4UFHA 3EB2A 2VEMA 1SFJA 1KM3A 3EWBX 1OG0A 3QC3A 4RZ6A 3B4UA 3OA3A 2A4AA 5D2VA 4LU0A 3FEMA 2WSQA 3GXPA 3UZJA 3TAKA 1Q45A 3EX1A 1PCWA 4NNAA 3RK8A 3UWQA 3RLVA 3W1TA 3H54A 3S9YA 4M6PA 1XKYA 3SGZA 4UTUA 3C61A 3W7QA 1KFCA 3NAVA 3S5ZA 3U6WA 1YDNA 2VFFA 1FXPA 2ZZ6A 5T26A 4M6VA 1W31A 1G6CA 1D3GA 1UASA 2V2CA 2C14A 2J6XA 2Z2UA 3O6CA 1DV7A 1VH7A 4WD0A 5LNUA 1SSDA 4ICNA 1W1ZA 5KMYA 1EWDA 4I9AA 5AC7A 1OX4A 1T8XA 1AG1O 3P8IA 5TQLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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