1TPC1

Offset of a catalytic lesion by a bound water soluble
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHPERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYDPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structural basis for pseudoreversion of the E165D lesion by the secondary S96P mutation in triosephosphate isomerase depends on the positions of active site water molecules.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Gallus gallus
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 91
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence 2
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1994-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tpc100
2C19A 1RQHA 3MP4A 3HIJA 3ZFHA 3NAVA 1I2NA 4N4PA 3THQA 3TKFA 3W7RA 2NV1A 1GG0A 2FB2A 4RK8A 1KFLA 4WXZA 5HWJA 1XDMA 4GE8A 3GR8A 5F2IA 3PWAA 4DPPA 1VCFA 2VFDA 3OEXA 4FO4A 3BPWA 3C2FA 1KFBA 1YDNA 1P0KA 4AAJA 2YXGA 3W84A 3G0XA 3UD6A 4BI7A 3QQ1A 2ZZ2A 1FY6A 1BWLA 3TC6A 3IVUA 5DY3A 4WY0F 5LNVA 3TE9A 3QH2A 1OFDA 4WOQA 1WOBA 3NOEA 1W3TA 1SW3A 4GWEA 1U83A 3L5MA 3LI0A 2EKCA 3GB6A 4MFEA 5MHBA 3NVTA 3W1XA 5FESA 2KZHA 4GNJA 4DPQA 4UFLA 3UQNA 1ZY9A 2YR1A 4O10A 1TPFA 4XUGA 3LHYA 3LCXA 3TNOA 3ABQA 1KTCA 3LV6A 5AFDA 1W0MA 3C2VA 4JX4A 4X3ZA 4BF9A 1I8JA 1SW7A 1DQXA 2HMCA 3PC0A 2VENA 3ABSA 2WO5A 3BG9A 4N2YA 3DFOA 1VPXA 1GTEA 3GXTA 1JQVA 3CHVA 4JN6A 1TTIA 2ZRUA 4LY8A 4N9DA 3LXAA 4YCPA 4LT9A 3B03A 4JTKA 2CW6A 1WX0A 1LOSA 2CZFA 4MZYA 4FNTA 3NQFA 3EEGA 4HPXA 3M0ZA 4O1DA 2J9XA 4MJMA 3UWWA 3B05A 3TDFA 1SSDA 1L6WA 3NG3A 4MZ1A 5E0KA 3A21A 3UPBA 1ONRA 1HL2A 1Y0EA 4FEZA 3TAKA 2YCEA 4Y6GA 5FEWA 5LSMA 1A5BA 3T7VA 3IGXA 3ZR4A 4WJEA 1R2TA 3PULA 5C5YA 4UTWA 1KFEA 1LTDA 1QPQA 4HT3A 2ZRXA 4ADUA 3B06A 2QKFA 2H3BA 3DZ1A 1WOAA 4X2RA 3UY7A 1KV5A 3NDOA 1L9WA 1GEQA 1NVMA 1XI3A 4QITA 4U28A 1L6SA 4XTIA 4O16A 1F74A 3L21A 5CZTA 2FPTA 1TREA 3W7NA 3GDKA 1X7FA 2CFFA 5EKYA 3A23A 4Q4KA 3W83A 3LGEA 4JTTA 3W1NA 3G1HA 4MYAA 4OQVA 2NLIA 4O54A 2E6YA 5D33A 3G1YA 3TCEA 1JQXA 2VEKA 1EUAA 3FJLA 1YDOA 5BNKA 1WBHA 3DGRA 3T44A 4EWND 4UTTC 4OWGA 3IVSA 3L2IA 2VXNA 1FWTA 1SPQA 4UTMA 3W1RA 2H8XA 1R46A 3G1AA 1YTKA 2V30A 3W75A 3NZ1A 1SUXA 3NL6A 3TFXA 3G1XA 5FEXA 3EWYA 4GUIA 4JDBA 5L6UA 3CIWA 1LROA 3O6CA 2B7PA 3W7JA 3VE7A 3ATYA 3QJAA 4NXKA 1XDLA 1W37A 2QF7A 2Z1BA 1FWNA 5G2HA 2D73A 1YXCA 3O16A 3C4UA 3MJYA 1MEIA 1LYXA 4N4QA 3P60A 4JX6A 3MI3A 3NQ6A 2G5WA 2OJPA 5KZDA 3TV8A 4GBUA 4UNLA 5CPNA 3UY8A 1GOXA 3HGRA 2X30A 4O18A 3U8GA 3WK1A 1JULA 3O15A 5SWUA 2ZTKA 1DL3A 1B4KA 4HN4A 1PCWA 4NJKA 3L68A 1A50A 3KX6A 1J2WA 2GOUA 3HPXA 4AH7A 3U6WA 1O5XA 1KM1A 3ELFA 3TU9A 4O52A 1CX9A 5LNWA 4KFOA 3QMTA 5D04C 3G1FA 5F2MA 3HO8A 1W1ZA 5F4XA 3UZ5A 3W23A 4Z0JA 3T40A 2R14A 2ZRWA 3DXIA 4PH6A 2G95A 4BWLA 3LV5A 1LBFA 3R89A 3W1QA 5G1TA 1CI1A 1D3HA 4X22A 3BGGA 3FLUA 5HJLA 3TAOA 4EVZA 3G1DA 3NQ7A 3N9SA 1DBTA 1CW2A 3WJSA 4HIBA 1F7BA 5D05A 2ZRVA 1GWJA 2P0OA 4HKPA 3EWUA 4RLIA 4NZJA 3TIMA 2E5BA 3AO0A 3W76A 1LDCA 1HTIA 4R7JA 2C6QA 4AWSA 2YPIA 4WX2A 1UUOA 5D38A 2ZDRA 3IVTA 4NT0A 1AMKA 2CLLA 2YX0A 3W70A 4LUJA 3GNNA 2CU0A 4LTSA 5BOOA 2V82A 1KBJA 3FKRA 3ABRA 3N19B 1J5TA 3QRHA 1TJRA 2XN2A 2ZQ0A 3PS7A 4QISA 4XKYA 4TU1A 3HF3A 2PCQA 1IXPA 3NNTA 1TV7A 3V1PA 1IGSA 3CWNA 2PRMA 3S42A 5K9XA 5AHLA 1VLWA 4IXXA 1DJQA 3HQ1A 3GX9A 8TIMA 3NPUA 1W56A 3TJLA 1XUZA 3GDLA 2QJHA 4ZVJA 2A6NA 2VELA 1LZOA 2VFHA 3GVGA 2A7PA 4BI5A 2ISVA 1FDJA 2QDHA 5LKYA 4AWUA 2B7NA 5DY2A 3ZWTA 1H62A 3S9YA 3HPZA 4A2SA 2E6AA 1JCNA 4N9EA 4Y96A 4M19A 3E0IA 5I3FA 2JKAA 2B7QA 3LHVA 4ML9A 3NQDA 4DO5A 3WJWA 3OVPA 3USBA 3SI9A 4QM1A 4YL2A 1JRBA 4O4WA 4YMZA 2QEZA 4DELA 3PUEA 3UWZA 1N8FA 2OT1A 4UTIA 1TTJA 2ZA3A 1G4EA 1QO2A 5CPLA 1ME9A 1MZHA 3PBUA 1XFBA 2QJGA 1MEWA 1D9EA 3EWZA 1R2SA 3QEZA 4Z1AA 1DVJA 1JCJA 2ZFAA 2RKXA 5DBTA 3TSBA 4TMBA 1WQ5A 3LLFA 4MY1A 3SGUA 1BWKA 5CSSA 2VFGA 1I2PA 3CB8A 3UPWA 4UXDA 4ZQOA 4HNVA 3NQGA 1C9DA 4QQ3A 4PL1A 1ZCOA 4OU1A 3GXPA 4O50A 3P81A 4JIQA 5CPMA 4RXFA 3NXFA 3NQAA 4AWTA 4LWWA 2VFIA 1L6YA 1QMLA 1UASA 3HOJA 5AYXA 2BLEA 3E96A 2O7QA 1J4EA 1IIHA 3B04A 4FHAA 1V7YA 3G22A 1VYRA 5F2GA 2A4AA 3I7RA 5FEPA 1ICPA 2OCZA 2YYTA 1VGAA 4N9CA 2ABAA 3SFKA 4AF0A 2DZTA 4Z1CA 1JCLA 3L5AA 1OG0A 1DQWA 3VCRA 1RQBA 3QW4B 2EAWA 2ZA1A 3BLEA 3W1LA 3LTSA 3LCFA 2WQPA 1S3HA 1B57A 1H51A 4E2DA 5FF7A 3OBKA 3LXCA 3W7HA 4E2BA 3LTPA 1Z42A 4O53A 1TPH1 2NWSA 4IWWA 5DCEA 3MBDA 3PBWA 4NJJA 2TRSA 2ZZ5A 3SZ8A 5A5WA 1LCOA 3LHUA 4BFAA 1KLZA 2CLOA 4K7YA 4NX0A 5FI8A 1DKWA 1EPXA 5EPDA 1TRIA 1LOLA 3NL3A 1SZFA 1ME7A 4WOZA 2VFFA 1SZEA 4AHPA 3KXQA 1FXPA 3WK0A 3P8JA 1S5TA 4Z0SA 2Y7DA 4XZ9A 3G1VA 4JY8A 3THAA 4ADTA 5K4ZA 1GYNA 2QCEA 4JTIA 1EA0A 1Q3NA 1GG1A 1H61A 4HNNA 4UMBA 3IIPA 1W8SA 4Q33A 1H1YA 2JKEA 4JR5A 5HR6A 2R94A 1DV7A 4FNPA 1EP1A 2VKZG 1FDYA 2QJIA 2BSLA 3FOKA 3IEBA 2QAFA 3GDMA 2WJZA 2I14A 1LM1A 3TA6A 2NWRA 3NQ2A 1ZENA 3LRLA 1KM0A 2A2IA 1JUEA 5G5IA 4CCDA 3S6DA 1VHNA 3RFAA 3TSDA 2W79A 1A5SA 2WKJA 1AW5A 3H53A 3NR0A 4O28A 3A5FA 3DU0A 2UV8G 1ZAJA 3W74A 2OZ0A 1P1XA 4QNEA 4UFJA 4MLRA 5EYWA 5DXXA 3ANYA 5AB3A 1VYSX 3PSVA 5D09A 4EF9A 1FX6A 4H6KA 3R2GA 1PHQA 1OF8A 4DBDA 4UTTA 2AQWA 5H2ZA 4ZQNA 3FYPA 3LBCA 4OHQA 2J9YA 4JYFA 5D02A 2CLHA 4NJHA 4CQAA 1QPRA 4LRSA 3WFAA 2FJKA 4WD0A 5I3KA 3ZWSA 3SJ3A 5LHFA 3A24A 2V2DA 4GUFA 4UFHA 3NGJA 3S1UA 4LC8A 4BR1A 3NL2A 3QQ0A 3SECA 3ATZA 1SSGA 1NAL1 4UTHA 2VEIA 1G7VA 2DZXA 4IXHA 1WYIA 1W3NA 2NXHA 4Y90A 1NSJA 5D2VA 3H55A 1OK6A 2X1SA 1QCWA 5AC8A 4XTDA 3CTLA 2TYSA 3JS3A 3UXAA 2V2CA 3GLCA 2QUVA 3DI1A 2V8ZA 1OYCA 1PCKA 2FIQA 4FNSA 3C2EA 1KTBA 1OFBA 3TMLA 4GUHA 2Y62A 1KFJA 4IMCA 4UIOA 1TV5A 1K8XA 3W7PA 2Z0IA 3CQ0A 3IRDA 3LI1A 5HMSA 2EPHA 3MI6A 3N14A 3W6YA 1OVDA 3GKFA 1T96A 2C14A 1Q6LA 1HO1A 1QPNA 3W7IA 3KRSA 3NPXA 2OX1A 2FTPA 2BX7A 1G4PA 2GQ9A 3W1UA 2NUWA 3N2MA 5AHFA 1IIGA 3DFSA 1OFEA 4MKNA 4ORIA 5CZSA 4KWVA 1TTQA 3RU6A 4C1KA 3UWYA 1IF2A 2W6RA 3HG5A 3SR7A 1WV2A 3MP3A 4KFPA 3NA8A 5K3VA 2Z6JA 3EWBX 1W3IA 3TMQA 4E0CA 2QCDA 4FNRA 4YLWA 1F05A 2XN0A 3FYOA 3QM3A 5K2ZA 1KLYA 2RFGA 4R53A 1THFD 1TPWA 1W31A 5D2YA 5TBOA 4WXYA 5I3GA 4N9BA 2XN1A 3S5NA 4E38A 3FIGA 1Q6OA 3BG3A 4JXCA 2B7OA 5FF3A 3D0CA 3BO9A 1K03A 2VC6A 4Q32A 4FX6M 1XL9A 1TPUA 4MY9A 1GZGA 3MO7A 3LTYA 1TB3A 1FXQA 2C1HA 1EB3A 1MEHA 3F4WA 3PB0A 4MOZA 4MY8A 2X1RA 4OV9A 1TTPA 1YXYA 3L0NA 5IBXA 2WSRA 3W7KA 2E09A 2Z2UA 3BG5A 2GUUA 3HBLA 1OX4A 3WK3A 3W1AA 4IPIA 4DO6A 2GJLA 4GUGA 4DF0A 3P8IA 3N73A 2YGYA 3I7QA 3C61A 1KM2A 5AHIA 1GVOA 3DH7A 2NXIA 1G6CA 5DLCA 1SO6A 4GFSA 4Z1BA 2H6RA 4LV4A 5FF2A 4NNCA 4K6AA 1GJPA 1U5JA 5CZJA 1YTEA 4ADSA 2CLIA 4TMCA 1TCDA 5IM51 1ZAHA 3GNDA 3M47A 1LOQA 3MMTA 3JR2A 3N34A 4LV9A 1G4SA 3EX1A 5HULA 1FWRA 2C0AA 3HPSA 3KFTA 3QSRA 4OBTA 3LHZA 1EIXA 3TC7A 5D32A 3M43A 3GAYA 3PB2A 1H50A 2V81A 4FIQA 3TR2A 3NPVA 4MUZA 3W3OA 3TQKA 1WXJA 4NU7A 2NX9A 2QUTA 3KAOA 3UNDA 1B4EA 1OYAA 4ICNA 4O14A 3C2RA 4UTKA 2GPTA 2H3DA 3P74A 4QJ1A 3W1PA 4GXMA 2PC4A 4A29A 3PUOA 4UR8A 3T55A 4LNYA 1PS9A 2Z6IA 4UTLA 1Q6RA 4O11A 3WJZA 1NF7A 2B0MA 5J5DA 1SO4A 4TIMA 1H7NA 4M6QA 1K3UA 3P82A 3EKLA 2CLMA 1KFCA 3RNDA 1T0OA 3EX4A 2NUXA 4BK9A 1XXXA 3P80A 1W5OA 1FWWA 4WUIA 3PUDA 1VC4A 4KWWA 3TXVA 1W5NA 2E5CA 3TXZA 3M5VA 1W5MA 3CC1A 3MYOA 1XM3A 2XFWA 2ZCGA 1AK5A 2QCHA 3GAKA 3SSJA 4DO4A 1IXOA 5HUOA 4GJ1A 3QSTA 3CEUA 2Y7EA 2RHGA 2E6DA 2X1TA 3LHTA 1KM5A 1WDWA 3H54A 3DAQA 4JIPA 5KZEA 4RX0A 3I6RA 2Y61A 5I3JA 5ABTA 5TQLA 4OT7A 1SFLA 4KKXA 4WQ6A 4AHQA 3S5ZA 3QMRA 5K9DA 3C56A 3PBYA 3HG3A 5C2XA 4JX5A 4PA8A 3O07A 3N2XA 2A5HA 4O1BA 3DFQA 3EB2A 5DN1A 1WAUA 3TX9A 3WJXA 3SW6A 2G97A 5D2XA 5HWNA 2FFCA 2E5DA 3FFSA 4FX7A 1LRQA 1F6PA 5HR7A 4PC8A 1KBIA 1I2RA 2A7NA 1SQ7A 4LVBA 3P67A 2E1DA 3TJXA 3OHIA 1LLWA 4YWIA 3T78A 1G7UA 2VFEA 2Y70A 2ATSA 3KHJA 3A9IA 1AL7A 1JUBA 2GVLA 1LLZA 4DBEA 2AAMA 1DOSA 4R33A 1YPIA 3HG4A 1N55A 3QFEA 4UCGA 5FF4A 5FF0A 1B3OA 1LP6A 3L0KA 1LORA 4XKYB 2H8ZA 1AG1O 1S5WA 3BW4A 4A2RA 3NQMA 4MJZA 5AN7A 2W0UA 2EGZA 2FLIA 4DQWA 2H90A 5CGQA 4RCXA 3N9RA 1EWEA 2VOMA 1VS1A 4I7UA 5G2WA 4LVFA 2Y7FA 2GJNA 1G4TA 5EY5A 2J24A 2P1FA 4LS1A 3QW3A 1SW0A 4L4MA 3P62A 4M6PA 3TW6A 3W85A 3MHUA 4TR9A 3GZ3A 3PG9A 4JTHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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