1TPC1

Offset of a catalytic lesion by a bound water soluble
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHPERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYDPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structural basis for pseudoreversion of the E165D lesion by the secondary S96P mutation in triosephosphate isomerase depends on the positions of active site water molecules.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Gallus gallus
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 91
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence 2
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1994-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tpc100
2NWSA 3C2VA 1Z44A 3GXPA 1TPH1 4IQLA 1W8SA 1N7KA 1OHLA 1SO3A 5K4XA 1ZAIA 1ZCOA 1SPQA 3UWZA 3ABQA 4LS0A 4ONVA 4CNOA 4YLWA 4JEQA 4M5PA 1FXPA 1P1XA 1G7UA 1YYAA 1YPIA 3PAJA 2VELA 1ME9A 1WYIA 3HOJA 3R5EA 1K8ZA 5AHEA 3NQ6A 1RD5A 3H54A 1KA9F 5L6UA 2ZCGA 4YMZA 3RU6A 1H63A 3WJWA 3O6DA 3WK2A 4O0KA 1KFBA 2FPVA 3MP5A 2ATMA 1XBVA 5G4EA 2VFFA 3IGUA 3HPSA 4AWSA 3DFTA 4AH7A 3T78A 4GFSA 3P5ZA 4GUJA 2I9EA 1LOLA 1F7BA 1GJPA 1MEWA 4ZZ9A 2NUXA 3F4WA 3A5VA 3RLVA 3IVSA 1OFBA 2NX1A 1F74A 1G4PA 2ZZ6A 3ZWSA 5L9FA 4OQVA 4UTMA 3CIWA 1LZOA 1VH7A 1SO6A 3HG4A 3KVLA 3TXZA 1N55A 2Y89A 3OVQA 4HPXA 4RR4A 1VCFA 4FHAA 3W1QA 1I2PA 3W74A 4WD0A 1TSIA 4UNLA 1KFJA 1YPFA 1VYPX 3UNDA 4BWLC 1D9EA 1YDOA 1H62A 3F1QA 2BX7A 3WFAA 1UCWA 2H90A 1X1OA 4GUFA 3G24A 1OK6A 2J24A 1WOBA 4UMAA 2FTPA 4IUOA 2C19A 4JR5A 3DBPA 1ICPA 3ZFHA 1AW5A 2H8ZA 1TPFA 1SZEA 3MW7A 5FEWA 2B4GA 3W2KA 3TQKA 1TPB1 4S2CA 2X1SA 4O18A 4TMBA 4FX7A 3MHUA 5E93A 2PURA 1Q6RA 1IXOA 1AL7A 3W83A 5C54A 2QCGA 3EX3A 4DBEA 5F4SA 1RZMA 1LTDA 4MFDA 4Z1DA 4E2DA 1QO5A 4M7TA 2B7OA 2ZZ4A 3A22A 4MIMA 4N4QA 1VS1A 3QMRA 1OABA 1FBAA 1DJNA 1OFPA 3LCXA 5K7JA 4O8RA 1AW2A 3JRKA 5BRBA 4O54A 5AYZA 1H7XA 3U6WA 4ADUA 5FF2A 2YW4A 3MYPA 2WSRA 2YYUA 3GB6A 3NNTA 3QC3A 3GXNA 4XKYA 3HG5A 2GOUA 1JCLA 4WZHA 4CQ9A 1QWGA 1QPRA 2R94A 4GUGA 4FXRA 1KFEA 4FNSA 2BXVA 4IPJA 4Z08A 2JGYA 3YPIA 3MUXA 1W5NA 3ABOA 4Q4KA 3UY8A 2ISVA 3T40A 1P0KA 3HB9A 2CZEA 6TIMA 4IGHA 1R46A 3FKKA 3OEXA 4DEFA 4JD4A 5BMWA 3OVPA 4IMDA 1LORA 3G8EA 1GPWA 4GUIA 2QDGA 5FI8A 1GZGA 3O06A 2WV8A 1SW0A 2QAPA 4FNUA 3C3NA 4XQ6A 1X7FA 3BGJA 4XBKA 3W7KA 4M6QA 4A3UA 2Z2UA 2G5WA 3BO9A 3EX2A 1J2WA 2Y70A 1TCDA 4R33A 5ABTA 3N34A 4LTSA 4AEOA 4UTUA 4UTKA 5AYXA 5F1VA 3C56A 3GAKA 1O5XA 5DCBA 2Y7GA 2NV1A 3EKZA 2ATSA 1W3TA 4LUJA 4WX2A 3UXDA 5CKSA 4QIUA 4FX8A 1ME8A 1Q3NA 5IM51 1TPVA 5J5DA 2A0NA 3VCRA 2ZRUA 3S1XA 4DXVA 1P0NA 3SJ3A 4DO6A 3W71A 5G4WA 6ALDA 4TR9A 5CPLA 1UJPA 2QJGA 4MJZA 3CU2A 3LM7A 5D2WA 3NQEA 3MYOA 4UMBA 2X1TA 3W86A 1S3HA 1ME7A 2VFGA 2ZA2A 3I6RA 4K38A 5HMSA 3NL5A 1TV5A 3W7LA 1KM0A 5FF7A 4MLRA 3P60A 3Q94A 3MJYA 5LZLA 2BSLA 1W5PA 5MHBA 1FWTA 5U7SA 1R30A 2WPBA 3UXAA 1V5XA 3M6YA 3W2MA 3BW4A 4GRSA 3QW4B 4ZQRA 1T96A 5T26A 4K7VA 3TE9A 4JTEA 1G4TA 3TSMA 1OX5A 4YL2A 3KXQA 5AYYA 3WK3A 3E49A 3B8DA 2JK2A 2JKEA 1QO2A 2GQAA 1GT8A 2CLIA 3P67A 4UFKA 2ABBA 1KBIA 3PSVA 1S5VA 2CLOA 2QCEA 3KVKA 2AAMA 2QCMA 3TMQA 3O16A 4IXHA 1SW3A 4MPQA 4O1DA 4JGDA 2C15A 1WDWA 2ZDRA 1P4CA 2C6QA 4KFNA 3W9ZA 2J9ZA 1SO4A 4BK9A 3ANYA 2V30A 2VOMA 1SW7A 2ZRZA 5A5WA 3B06A 2VFIA 5FEXA 3WK1A 1N8FA 3RF9A 3W7JA 1MEHA 1LRNA 3DENA 1AMKA 3U8GA 4PCFA 3USBA 3CWNA 1SR9A 2AQWA 4HHPA 3C8FA 1GVRA 2ZZ3A 7TIMA 2GQ9A 3CWOX 4ZL1A 3W72A 1NFBA 2GUUA 1T99A 3TC7A 4JDYA 5KSWA 1WX0A 2HS8A 4O10A 1FCQA 5FEZA 4NNBA 5AHFA 4OWGA 4AHPA 4N6FA 1VCGA 1PVNA 3WJYA 3G8RA 4AF0A 4EF8A 4LT9A 1K02A 2GJNA 4IX0A 4LUIA 3NM3A 3M5YA 2Y7DA 3E9AA 3LCHA 1KTBA 4AB4A 3G0SA 2ZRXA 5LGZA 4LS2A 5K9DA 1VHNA 1XL9A 2H8XA 5BMXA 3BW3A 3PC0A 4NJJA 5AOUA 3QM3A 2WSYA 3HGRA 2ZA3A 3IVUA 4OV4A 5F2GA 1AL8A 5HJLA 4K8EA 1XUZA 4LC8A 4LNYA 1KBJA 1GYNA 1RQEA 1YTDA 2ZRWA 4P61A 3KVJA 5EYWA 4Z0JA 1TV7A 2DJLA 3LXCA 1H7PA 4M7SA 5KZMA 4Y9AA 3TJLA 4EVZA 3KRZA 1TO3A 3EEGA 5HUPA 3C0JA 4K6AA 2JBMA 4B5NA 1KLYA 3G1VA 1KFCA 1PCWA 3A5FA 5HR7A 2CLEA 1GVOA 3N9SA 5AHNA 2ZZ1A 4TIMA 2E6DA 1WBJA 2W0UA 1KTCA 2BZNA 1QAPA 3CT7A 5G2WA 1QOPA 2A7NA 3DZ1A 5EBUA 3HGJA 3G1YA 4ALDA 1L6SA 5H2ZA 5CSSA 3W85A 4BFAA 4NT0A 1YLVA 3UD6A 5C6MA 1MXSA 3TXVA 4EOUA 4TX9A 4UC5A 1K03A 2G97A 5DLCA 2F84A 5LNWA 1EPXA 4HT3A 4AWTA 3I65A 2EGZA 4UIOA 3HF3A 4ZQNA 4PC8A 4JX6A 2YXGA 3PBYA 5D38A 2O7SA 1J4EA 2QCFA 3CM4A 3GXTA 4N4PA 4XTIA 1O94A 2Y63A 1OFRA 3PUDA 3L5MA 4O0ZA 4O4WA 1B4EA 2OT0A 1DL3A 1QPNA 2P1FA 3H53A 1G4EA 4LV9A 4O1CA 3FEMA 3QJAA 3TAOA 1Q6LA 1F6KA 2R8WA 4R34A 3ELFA 3DKJA 1X1ZA 4HIBA 2ZTKA 1NF7A 3SGUA 3N9RA 1DKWA 1PE1A 5C5YA 4HSNA 4UXDA 2LLEA 4DPPA 4EWND 2QAFA 1H1YA 4LRTA 2Y85A 1YXYA 1LOSA 4O53A 1JUEA 2A6LA 4UTHA 3EB2A 3LX9A 1FY6A 3NOEA 3A21A 3LGEA 4JTJA 4AHQA 1FQ0A 1RPXA 2PRHA 3I7RA 3NR0A 3OIXA 1FCUA 1Q6QA 1TPDA 3ABRA 1FWWA 3PBVA 1HTIA 3NGJA 2QCHA 4LRSA 4QNEA 3N3MA 2A7PA 1C8VA 2CWNA 3STFA 2CZDA 1KTNA 3HIJA 2XN0A 1JJKA 1GVQA 3E12A 5KMYA 1PL9A 4YCPA 3TCEA 4PEKA 3W76A 4AVFA 1NEYA 2R14A 3W70A 1H61A 2NV2A 2ZBTA 1PV8A 1Q45A 4I9AA 5KITA 1O5KA 4H6KA 5GVJA 3QPZA 1H7WA 1BKSA 5LNRA 2X1RA 2WNNA 4RXFA 1ZNNA 4IMFA 3FOKA 1L6YA 4UTWA 4JDBA 2DZPA 5CPMA 3UPBA 5I3GA 4O28A 3G0UA 3LI1A 4CCDA 1K7FA 1TJRA 4OV9A 1QPOA 3L67A 2FJKA 5LGXA 1XBZA 4JY8A 4Y6GA 2VENA 1GVFA 4JIQA 4MOZA 3M0ZA 3L65A 3C2EA 3UWUA 1VYRA 1TRDA 2DZSA 3LOTA 2Z6IA 4IX2A 3TFCA 4NX0A 4LU0A 1H1ZA 2CLLA 1TTPA 2QCDB 3G1XA 2YPIA 4PL1A 3G1AA 3M5ZA 3LB0A 3PBUA 4UR8A 4I7VA 1OYBA 1ML1A 4N02A 4IMGA 1VR6A 4OU1A 4DPQA 1LOQA 3N2MA 1FDZA 4A2SA 2B7NA 3W7OA 2QKFA 3EKLA 3DXIA 5D2VA 1I2QA 5LHEA 3VKJA 3TH6A 1RQHA 4UTTC 1E51A 2FB3A 2V9DA 2JKAA 3EXSA 3LRLA 3DHFA 5D03A 1M7OA 3OHIA 1HUVA 1JVNA 5K3VA 3TJXA 1M6JA 3KHJA 4UTIA 5KZDA 2F7FA 3FYPA 3GDLA 1AW1A 4FF7A 3HJZA 1IXPA 2ABAA 3HO8A 2E5BA 3LTSA 4G1KA 4JTSA 4K37A 4LS1A 4FXSA 1OX4B 3Q2DA 3GNDA 2DZXA 5D05A 3NZRA 2WKJA 4K39A 5U4NA 4PL2A 2V8ZA 1A50A 4O52A 3TKFA 2NX9A 5K9CA 2FIQA 1H5YA 3GNNA 2V2CA 2C1HA 3B03A 4Z1BA 3W88A 3NO5A 1QPQA 2J9YA 2NXIA 3TFXA 4QITA 3W7GA 1SUXA 3GDTA 2J27A 3S5YA 1ZAHA 3EX1A 3L0KA 3W2UA 3SFKA 3W1TA 2DZUA 3JS3A 4UTLA 3W2JA 1TJPA 4JTLA 1EP1A 2WOQA 2Y62A 5D2YA 4ZQMA 3W1RA 1SSGA 1GWJA 2Q3RA 4WQ6A 4D2JA 5F2IA 1W54A 1OVDA 3M1ZA 2R91A 3BV4A 4E2BA 3W2NA 2HTMA 3G18A 3PSWA 1XDMA 3NPVA 4HSOA 1IIGA 5AC6A 3TU9A 1TREA 4RK8A 4KFPA 5HINA 3VNDA 5E1QA 3EWBX 4RKAA 5AHLA 3R12A 5DCEA 1SZFA 2W6RA 4Z1AA 3NVTA 1W5OA 4MFEA 4Z0SA 3QH2A 1QOQA 2GVLA 3IGXA 2I14A 4JYDA 1JRBA 3SGZA 4Y90A 2C16A 2FFCA 4IXXA 1V7YA 4IOTA 3M16A 4CLMA 4Z1CA 1IXQA 1ZY9A 4MY1A 4WY0B 1QR7A 2WJZA 2GVJA 3QF0A 3S5ZA 3C2FA 1EB3A 1WAUA 1CX9A 1WXJA 1Z42A 3LDVA 3HBLA 3L5LA 1U83A 5TBOA 5HWNA 1OFQA 3QEZA 3DI0A 2ZRYA 2DORA 2ISSA 5D30A 2GVGA 1K8XA 1F76A 5I3FA 1XCFA 3M43A 3S5NA 2E5CA 3RLUA 3HG3A 3DFNA 4EF9A 1KLZA 1ALDA 4JTUA 4S1FA 4WXYA 4NJIA 5KINA 3SW6A 5I3KA 3A24A 1OFAA 1VJIA 4MVAA 3B0UX 1TQXA 3KRSA 1CW2A 2Z0IA 1P5BA 3NPUA 4LC6A 4LV4A 3N14A 2V82A 2DP3A 4QISA 4HNTA 3A23A 4XUGA 1VZWA 1GG1A 2NX3A 1EWEA 4C1LA 3GDRA 3OVRA 4X9SA 2A85A 3MBFA 1DQXA 2BLEA 2H3DA 4NXSA 1TTJA 3PG9A 4H4IA 1RQBA 1I8JA 1VC4A 1W31A 2VFHA 3MI3A 1NAL1 4U28A 2E5DA 1L6WA 1O60A 3G3MA 4WUIA 1TTQA 3UWQA 5K4ZA 1IF2A 3TNOA 1JQXA 2WSQA 3CTLA 3STCA 1TPC1 2RDTA 2PRMA 3W1MA 4A2RA 1UASA 2E6FA 3C2OA 3ZR4A 1RVGA 2CLHA 1C29A 5D09A 3RNDA 4PFMA 3HG2A 3SSJA 3GX9A 3P82A 4ZQCA 3DKLA 3NQVA 5CPNA 3TSBA 5BW6A 4DQWA 4UR7A 4H3DA 3NQDA 3IV3A 1VPXA 4TO8A 3NAVA 5D02A 3BLEA 4M19A 2ZQ0A 4AWUA 2UV8G 3DU0A 1VLIA 3I7QA 3DFQA 3O05A 2CLFA 3UZJA 1ZALA 3OA3A 2H3BA 1JCNA 3CB8A 5TQLA 2E6AA 4HNVA 3W84A 2XN2A 2C3ZA 4TMCA 3G1SA 1I2RA 3BARA 3W7DA 3SR7A 2HS6A 3TUUA 1B3OA 2V0TA 2RFGA 1D3HA 1YADA 3KVMA 3LV5A 2DZTA 4WY0F 5EKYA 3GLCA 1I45A 1Z41A 1XKYA 2NXGA 2TYSA 4GWEA 3W1LA 5LNVA 1A53A 1I2NA 1SQ7A 5CG7A 1PIIA 2RKXA 3O6YX 3PWAA 3ATYA 2NXHA 3GIYA 1Q6OA 2Z1BA 4NJHA 2Y88A 3W22A 4PA8A 2EHHA 1VCVA 1BEUA 1W3IA 4A21A 2CU0A 2V81A 1EUAA 3KFTA 3P7YA 4MYXA 1LP6A 3DFPA 4JTFA 4FNPA 3TAKA 3RFAA 3ZS4A 2BTMA 1M5WA 3PBWA 2X2GA 2NZLA 5DCDA 3W7QA 1IXNA 4DELA 4YXGA 3L66A 2JGQA 2JKPA 4JTIA 5AC7A 1FUYA 3PB2A 1LYXA 3PR2A 2V2HA 4RV8A 2HSAA 4JYFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VI0 A;  3FJ4 A;  4NI8 A;  1TPH 1;  1I1W A;  4IQL A;  3KW3 A;  1SO3 A;  2PBO A;  5K4X A;  3VAB A;  3TZN A;  1KBB A;  3RUB L;  3SY8 A;  4G7E B;  2J66 A;  3ABQ A;  3UWZ A;  3QKE A;  1Q6D A;  4ONV A;  4DNH A;  4UCF A;  1R0M A;  1FXP A;  2Z7K A;  4JHO A;  1RCO B;  2QGH A;  3IAC A;  4GIN A;  4EPB C;  3PAJ A;  1WYI A;  2VX5 A;  3HOJ A;  5REQ A;  2VCA A;  1BVW A;  2ZUS A;  5L6U A;  1EZW A;  3THU A;  1H63 A;  1K1D A;  3M0I A;  3WJW A;  3O6D A;  4PYS A;  4TVC A;  4DJF C;  1KFB A;  1V8E A;  2XVP A;  1FHL A;  1XBV A;  3CGT A;  5BU6 A;  4AWS A;  2AQO A;  1TUX A;  2PWD A;  1BGG A;  2YL5 A;  2BHZ A;  4GUJ A;  2YXO A;  2I9E A;  1LOL A;  3WSU A;  1B0I A;  3KP0 A;  3NDZ A;  2EPL X;  5JIW A;  3WD1 A;  4ZZ9 A;  3F4W A;  3A5V A;  3RLV A;  3UA4 A;  5IHR A;  2FJU B;  2PSN A;  1OFB A;  2BP1 A;  5MKG A;  1JPD X;  3FND A;  1HVX A;  1IEX A;  1LZO A;  1VH7 A;  1SO6 A;  3HG4 A;  4PTD A;  3RLH A;  3TXZ A;  2Y89 A;  1OWQ A;  4FHA A;  2IKJ A;  3W1Q A;  4O1E A;  4C6L A;  3GUW A;  1ODZ A;  1EHA A;  4UNL A;  4GPN A;  2OVL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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