1TPDA

Structures of the "open" and "closed" state of trypanosomal triosephosphate isomerase, as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the "open" and "closed" state of trypanosomal triosephosphate isomerase, as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 94
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1994-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tpdA00
4HT3A 4OBTA 3THQA 4GUIA 3TXZA 4WY0A 1TO3A 3UPWA 1LCOA 2OMAA 3I7RA 1MZHA 5DCEA 2E09A 4FB7A 4AEOA 2QJIA 3MP4A 2NWSA 5D03A 4MOZA 1H61A 1IIHA 4NT0A 5J5DA 3HG3A 1DBTA 1K7EA 2WO5A 1EUAA 2WJZA 5I3GA 1UASA 3GYEA 5LHEA 1RQEA 1ZNNA 2Z1BA 5AYXA 3KRZA 4FHAA 4DO6A 3UXAA 4FNSA 4K7YA 1VH7A 3HG4A 5L6UA 4O50A 3QRHA 3BPWA 3LHWA 3WJZA 1MO0A 3GK0A 3LCHA 4RXFA 4GNJA 4LW7A 4AHQA 2NX1A 1J4EA 3DU0A 3NL5A 4IMDA 3W7JA 5LGZA 1XDLA 3W71A 3WK0A 2ZZ4A 1WOBA 1BKSA 3C4UA 2A6LA 1I2PA 3G1SA 3IGSA 4O4VA 2ZZ2A 4PEKA 1H51A 4O16A 2FLIA 2NXGA 4TMCA 4YXGA 2E5DA 3MBFA 1OF6A 3HOJA 1L9WA 1OFOA 3CM4A 5EA9A 4EIVA 2H90A 3DHDA 1VS1A 5K3VA 4XTDA 2RH9A 1EPXA 4CNOA 4MJZA 2YX0A 2VFFA 4W9TA 4N02A 1YDVA 4GUJA 3PAJA 4HSNA 2Z2UA 2CLKA 3BVJA 2NUWA 3IGXA 3TE9A 4M7TA 5K4ZA 2FJKA 4JY9A 5HINA 3TU9A 2RKXA 1A5BA 3EWUA 5DELA 4LRSA 5DBTA 2GOUA 3FJLA 3W87A 3G24A 5A8GA 1EP3A 1ME9A 3TMQA 1CI1A 3NQ8A 1TJRA 4YLWA 3NA8A 1OK4A 4JYFA 3QJAA 4ZQRA 1O60A 5G1YA 2ZZ6A 3NPXA 1KBIA 5CKSA 3EX4A 1TV7A 3W2LA 1VRDA 1NEYA 2YYUA 2YXGA 3P84A 3QF0A 3TQVA 3S1VA 2V82A 3TSDA 3UZ5A 1P0KA 4QNEA 4WX2A 4QITA 3IRDA 1TPFA 5A5WA 3LCLA 3ELFA 3W7IA 1G6CA 1RD5A 2QR6A 1B3OA 4X9SA 2R14A 2DORA 3GIYA 3NQ2A 1O95A 4FIRA 2A85A 3LHZA 4JTGA 4JTHA 1JVNA 1JCJA 1JQXA 1OFBA 1X7FA 4XQ6A 1LM1A 4O1AA 1ME7A 2IQTA 2VELA 3EEGA 4UFMA 1Z41A 3SJ3A 2H3DA 4E38A 1QO2A 2CFFA 3EX2A 2JKAA 1O5KA 1UUOA 2NV2A 3CT7A 3G1HA 4Y8FA 3O16A 3OVPA 1J2WA 4BK9A 2FTPA 5IBXA 4O11A 1F7BA 4GUGA 2R8WA 4RR4A 5HUPA 4UUIA 3W7PA 4Y96A 4ZQPA 2ZRUA 4NJJA 5EL1A 3L5MA 1JCMP 5F1UA 2HSAA 2GJLA 3HGOA 1OX5A 4MZ8A 1X8FA 2ZTJA 4RJEA 5EPDA 3M7WA 1Q6OA 4M7SA 4AHOA 3PWAA 2TYSA 3UZJA 3RU6A 3M41A 2I14A 3LGEA 4ZL1A 3KX6A 4XTIA 3PBWA 4E0CA 1KTBA 3HGRA 2QKFA 2QDGA 1JR1A 3PC0A 2VFIA 5BMWA 3W2MA 1KFLA 4WD0A 1KV5A 2OCZA 5G5IA 3TAOA 1YDNA 1W37A 2F7FA 1PL9A 5CZJA 2ZCGA 4BWLA 4KFPA 5TBOA 2J9XA 2Y70A 1LOQA 2A7PA 1QO5A 3BO9A 4WOZA 4GJ1A 4TX9A 5U4NA 3P80A 3H55A 4B5NA 3TJLA 3G1AA 2EGZA 3ATYA 3HIJA 1QOPA 3L5LA 3T4CA 4UNLA 3W2JA 1LTDA 3NPWA 3BARA 1KFEA 3FS2A 4LUIA 4YCOA 4LOCA 1Y0EA 4LC6A 3LBMA 2X30A 2OX1A 4JTEA 1ONRA 3DFPA 4HPXA 3T44A 3PBVA 3TC6A 2J88A 3W1TA 2E5CA 2V9DA 2WOQA 2B7OA 3IIZA 1N55A 3LM7A 2P1FA 3VKJA 1X1ZA 3MYPA 5DCBA 2CZFA 5FEZA 3NVTA 3OVQA 3G3MA 2C0AA 4FX8A 3O15A 3WK1A 2ATSA 2X1UA 3PSVA 3W74A 4M6QA 4Z1AA 1CX9A 4ONVA 4RX0A 3TROA 3B0VC 1UCWA 3W3OA 3DI1A 4K39A 1WA3A 1EWEA 3EX3A 1HUVA 3GDMA 1SFJA 1IIGA 1TV8A 3E12A 3NYZA 4XBKA 4UTHA 3KVKA 5CSRA 3QQ1A 3IIVA 1TPDA 3S5ZA 4UFKA 2G97A 1I2QA 5FEPA 1DOSA 5HWNA 3L67A 1H50A 4UTKA 4UCGA 4RV8A 3EX6A 3TX9A 2Q3RA 3TJXA 7TIMA 5KZEA 1QPRA 3JS3A 2J9YA 2WNZA 4WXZA 4JR5A 4UFLA 3W1XA 2CLLA 1YTEA 3NG3A 4C1LA 5G2IA 3W2NA 1QWGA 2OJPA 3M5XA 4MYXA 4Y9AA 3GB6A 4LY8A 3C2FA 4AB4A 3KRSA 3E0IA 2EHHA 4JTIA 4X3ZA 1B57A 3P7YA 2A5HA 2WSRA 3B06A 5BMXA 2YYTA 2ISSA 3SECA 3UWYA 4JY8A 4K37A 4C1KA 3RK8A 4YMZA 5HR7A 3KVMA 4IX2A 1N8FA 2CZDA 1Q6LA 1VZWA 3BG5A 1EX5A 2Y7DA 3L68A 3DAQA 4ORMA 3NR0A 1WBJA 5G1TA 1EB3A 4NNAA 1ZAHA 5D02A 1MSSA 3TW7A 4CNPA 4TR9A 5D2WA 2BWGA 3EWZA 4MJMA 1GVRA 5BNKA 1GG0A 4JDYA 3W76A 3N73A 2FB2A 1G7UA 1VGAA 2CLHA 1ICQA 2P0OA 2DZPA 3EB2A 1C29A 2BZNA 1F2JA 1SZEA 4Y90A 5D37A 2PC4A 1OJXA 3LTPA 2Q8ZA 1XDMA 4IMEA 5D04C 3E49A 4UR8A 1GVFA 4R33A 3PUOA 3C56A 3O8AA 3NL3A 1E51A 1FXQA 3S42A 1V7YA 3LLDA 1XM3A 2UV8G 5F1VA 3TQKA 1YXYA 5LZLA 4M5PA 1LZOA 5KZDA 1H7RA 5J5RA 5LNSA 2FPYA 2GPTA 3M16A 1TTQA 4CLMA 4FIQA 2DZWA 4Q33A 1WXJA 3UWVA 1OG0A 3W1AA 3IIOA 5LNWA 3P74A 4QIUA 4LVFA 4UTWC 5BW6A 3G22A 4O14A 1K02A 2G5WA 1SO6A 2VKZG 4Q4KA 3NQGA 5F4SA 2EAWA 3Q2DA 3PBYA 1NAL1 2NWRA 5DN1A 1XFBA 1J5TA 1M6JA 4RZ5A 1W5NA 3O63A 1FY6A 2DU2A 1SSGA 2V2HA 4JX5A 5K4XA 3SW6A 3P8IA 5LGXA 2WNNA 4MIMA 2J9ZA 2P10A 4A22A 4BI6A 1C9DA 3NQCA 4IPIA 2ZDRA 1SW7A 1PS9A 4HIBA 4O15A 2VFDA 1ADOA 4UFJA 4OU1A 1LBMA 1G4SA 4QM1A 3MBDA 5AC7A 1WBHA 4OQVA 5I3JA 1Z44A 1HO4A 2ABAA 1W56A 2Y85A 3P82A 1EIXA 2RDWA 3M43A 2ZA3A 3HB9A 1B9BA 1W5QA 1M5WA 1OFEA 3C3NA 3HG2A 3A22A 3B8DA 2AQWA 2B4GA 2V5LA 1KFJA 1VHCA 3DFNA 4WOQA 5TQLA 1VC4A 5DLCA 5GVJA 3N2MA 5K2ZA 1XC4A 2O7SA 1K8XA 1VR6A 1UBSA 1W5OA 3TAKA 3QPYA 3W86A 1GVQA 2QCCA 1UJPA 3BLEA 4TMBA 4WQ6A 4DPPA 4DBDA 3KFTA 2BTMA 1GYNA 3C2RA 3KHJA 3O07A 2ZQ0A 1LRNA 3LX9A 5LNRA 1K3UA 2YZRA 1KTCA 3TKFA 2WSYA 1W31A 3WJXA 5FESA 4Y6GA 3QYQA 5BOOA 2FPTA 5AHLA 1H7WA 1GVSA 3OVRA 4QSHA 3SFKA 2O7QA 3DENA 4DQWA 4XWUA 5KITA 1RQBA 2ISWA 3O6YX 3TH6A 5CZTA 2Y89A 5D30A 3FFSA 1DVJA 1BWKA 1GT8A 2V2DA 3TNOA 3CB8A 1WOAA 3S1UA 3CWNA 4UFIA 3W7MA 4O52A 3C0JA 2VEMA 5FI8A 4GRSA 4YWIA 1T99A 3EKZA 1DKWA 1FCVA 2V0TA 2I1OA 1P0NA 3I65A 3S5YA 1SQ7A 2YSWA 4O13A 3UY7A 5H91A 2NXIA 3LCFA 4IUOA 1AK5A 4AWUA 3M47A 2V30A 1JRBA 5FF4A 1L2UA 3C2EA 1N7KA 3ABSA 1NVMA 4DF0A 3WK2A 1FXPA 3NQEA 3IVSA 4DPQA 3NOEA 4NX0A 3G1YA 1FQ0A 4MVAA 2A7NA 3DH7A 1XI3A 2BX7A 3QMSA 3W72A 4N4PA 2Y7GA 1TTIA 5I3FA 2QCLA 3NM1A 4GWEA 2JKPA 4QQ3A 4JTLA 4N9DA 1Q3NA 3W75A 4BR1A 1FWNA 2JBMA 1ALDA 3LXAA 2Y63A 5DXYA 4NNBA 3NQ6A 4QAIA 2HS8A 1JCXA 3GXNA 1YDOA 1PCKA 3LXBA 3NQDA 2HS6A 4UTTC 3QPZA 1PHWA 1R47A 3BW4A 4NJIA 3S0CA 4HNNA 2AAMA 3MWAA 4JS3A 4DO4A 1IXQA 2YCEA 3GVGA 4CCDA 1IF2A 1ZAJA 4PODA 1SFLA 1IXPA 5BRBA 3LCXA 3IIXA 1FWSA 1LRTA 1JQVA 1F6KA 4LS0A 1F6PA 5F2IA 3B05A 4K6AA 4I7VA 3JRKA 3Q58A 4FNUA 4Z0JA 3RF9A 4QISA 3QMRA 4UMAA 1LROA 3LRMA 2GQ9A 4MLRA 4XBSA 5D2TA 1U83A 4KKXA 3R89A 1KW1A 4MKNA 1KM5A 4A21A 2ZRWA 4AWTA 3WJSA 3PF3A 2RDUA 3BW3A 1IXOA 4LVGA 3PB0A 3LRKA 5DCDA 2B7QA 2DZTA 5FF2A 1ZJIA 2C18A 1I4NA 1XBVA 3BG9A 4KFOA 1QR7A 1OYBA 5K9CA 1AG1O 1LLZA 4FNPA 1OFDA 3Q37A 3P60A 1F05A 4XUGA 5D05A 1MXSA 1T96A 1GYLA 1I45A 2YW3A 3HPXA 2EPHA 4O19A 1KV8A 4QJ1A 1T8XA 1SO3A 3GKAA 3GDTA 1VCGA 5IM51 3MP3A 4UTIA 3KVJA 1D3HA 3LTYA 4H3DA 1MEIA 1W5PA 4BFAA 3TSBA 4JXCA 1OX4B 1TREA 2DZSA 2W6RA 1M7OA 4PA8A 3SGUA 1DJQA 2A21A 5F4WA 1TRIA 2GVJA 2ABBA 4ICNA 4WZHA 1PVNA 4MYAA 3SGZA 2WQPA 4LTSA 1F76A 3TQ0A 4IGHA 1AL7A 1QMLA 1ZHAA 1SSDA 3NM3A 5T26A 5CZSA 3OA3A 3L0GA 1NSJA 2DZXA 1ZFJA 3NQVA 3GZ3A 1KM1A 3LHUA 3TXVA 5FF0A 1TPC1 1F5ZA 1QOQA 4OGZA 4FF7A 4MZ1A 3G8RA 4IXXA 4UTLA 1DQWA 1QFEA 1DV7A 1B4KA 3JR2A 1DQXA 3U8GA 1GPWA 3W07A 2CLEA 4YCPA 4GXMA 3STFA 3QC3A 3MJYA 4EVZA 1AL8A 4FNTA 1TB3A 2C19A 4L4MA 4MUZA 4NNCA 2DJXA 3HG5A 1GZGA 1Q6QA 1RPXA 4UFHA 3T78A 1GVOA 5CG7A 5DY3A 2AGKA 1W5MA 1VYRA 5CPLA 4UIOA 1K8YA 3LV6A 1KM0A 4G1KA 1KLYA 4WJEA 4ZQMA 1H60A 3EXTA 4Z1DA 2VC6A 1FX6A 2ZZ3A 4GC4A 5HUOA 1XBYA 3IGUA 1JRCA 1VYSX 1WAUA 4NUWA 3GR8A 3QZEA 2HTMA 3N14A 3BLIA 1TPWA 4LVDA 5D09A 5D2VA 2A0NA 1O5XA 3ZS4A 3HMJG 1FUYA 5KSWA 2XN0A 1R2RA 4O18A 1PE1A 4HN4A 2TRSA 3PB2A 3M5ZA 5HWMA 4O28A 4HPJA 3L65A 3MHGA 1LBFA 3W7GA 3LRLA 4JYEA 4AF0B 1PIIA 3UWWA 3PVFA 5CPMA 1OHLA 3C61A 2QCNA 3DBPA 4R34A 4Q32A 4JTTA 4LRTA 3UWQA 1GG1A 3PR2A 1W0MA 1Z48A 3SY5A 2H8ZA 2B7PA 3O6CA 1TPEA 1DORA 4K38A 3TC7A 4KWVA 3TR2A 3UYCA 3W1RA 4LC8A 5FEXA 1L6YA 3VI2A 2NV1A 3PG8A 1NF7A 2Z0IA 4AH7A 4JTSA 4JDBA 4BI7A 5CPNA 4JNMA 4MZYA 3DHFA 3UNDA 3W1PA 1OFPA 3S6DA 3LOTA 4LUJA 3CQ0A 3UQNA 1VCFA 3G1DA 3VCRA 5CZ0A 4BWLC 2DJLA 4A3UA 3LTSA 3H54A 1LRQA 3QFEA 4ZQNA 4NJHA 2XN1A 1G4PA 1F74A 3HPZA 3F03K 2ZFAA 1H7PA 4ADUA 4FNRA 2QCDB 3W9ZA 3STGA 2GUUA 1YXDA 5K9DA 3QW3A 4AVFA 3HJZA 1XUZA 1FWWA 5AHNA 4BI5A 4UTWA 3TV8A 2ZRZA 4WY0F 2YFOA 4TU1A 4XKYB 3BK0A 3EXRA 3W1QA 2Y7FA 3THAA 5ABTA 2PRMA 3W1NA 1S5WA 5HMSA 2W0UA 5F2LA 5C6MA 4LU0A 4KWWA 4M19A 2H3BA 1G67A 1LLWA 2A4AA 3W73A 3KRUA 2PRHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3JZU A;  3WQF A;  1GPF A;  4NL1 A;  4GUI A;  1LCO A;  1MZH A;  3POH A;  3UJS A;  1PTG A;  5I7G A;  3DG6 A;  3SCP A;  2CES A;  2OZ8 A;  1LJY A;  3GIP A;  3MP4 A;  1ITQ A;  2QDE A;  4ZO8 A;  4NT0 A;  4R7W A;  5ENL A;  4ERG A;  2ZVR A;  2PDM A;  1UYQ A;  3UXA A;  4FNS A;  4K7Y A;  1DJH A;  3QRH A;  5C9Z A;  3BPW A;  2DW6 A;  3VCN A;  2C1I A;  3GK0 A;  3PBG A;  3EPO A;  2X8R A;  1U5V A;  1RBA A;  1WB0 A;  1QT1 A;  3DU0 A;  4MAZ A;  2WHM A;  1JYW A;  4HCL A;  3W7J A;  3DHU A;  4L6H A;  3LA4 A;  4H6E A;  1XDL A;  2E25 A;  3W71 A;  1TMQ A;  3WK0 A;  3VMO A;  1WOB A;  1KRA C;  1Q85 A;  4O4V A;  1V3K A;  2ZZ2 A;  2G4J A;  4O16 A;  2FLI A;  4RZB A;  5AYI A;  2NXG A;  3GWQ A;  3QY8 A;  4NZ3 A;  3UER A;  1L9W A;  2UY3 A;  3CM4 A;  4I5R A;  4EIV A;  4FI4 A;  4F9J A;  4XTD A;  2RH9 A;  3UA3 A;  1SR0 A;  2OEK A;  4GVF A;  1X97 A;  2HPI A;  4L1G A;  2CLK A;  3BVJ A;  5CJN A;  4DNM A;  4K68 A;  3TE9 A;  5K4Z A;  2FJK A;  2Y4S A;  2J7B A;  5DBT A;  4H00 A;  1ZPT A;  2FH8 A;  3WLN A;  2V5K A;  1ME9 A;  4QXI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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