1TPEA

Comparison of the structures and the crystal contacts of trypanosomal triosephosphate isomerase in four different crystal forms
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVRGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the structures and the crystal contacts of trypanosomal triosephosphate isomerase in four different crystal forms.
pubmed rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 95
structure length 249
sequence length 249
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1994-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tpeA00
1YDNA 4LUJA 1D3HA 2WKJA 3GKFA 3W7CA 5CZSA 2FIQA 3HG2A 5FF2A 2A7RA 5HUPA 2YFNA 3N9SA 4FNQA 2Z6IA 1KM6A 3N2MA 5HWMA 3L66A 2V5LA 3WK2A 3LBMA 2G97A 2OZ0A 3QYQA 4PL2A 2YX0A 3LTSA 1KM1A 1JQXA 5HWNA 1ICSA 2J9XA 2ISVA 1ME8A 4HNVA 1ME7A 4YCPA 4ML9A 4HT3A 3NQDA 2ZA1A 3EWBX 3L2IA 2NXIA 1G67A 1B4EA 1GWJA 4MFEA 2YXGA 1LYXA 3A24A 3NL2A 5CZJA 1OX6A 3P60A 4UTWC 5FI8A 2CW6A 1S3HA 3O1NA 4I7UA 2WSQA 3LCGA 3MO7A 3W2LA 1G4PA 4CCCA 1TTQA 4I7VA 3G0XA 3L0KA 3MI6A 4N9BA 1TTPA 4ONVA 2H3DA 4DO4A 5KMYA 1H5YA 4PH6A 1KM3A 3SGZA 1N7KA 1JRBA 2ZZ4A 3LERA 4UFIA 3NG3A 4IX0A 1PV8A 3BLEA 1PIIA 1GQNA 3L0NA 3NVTA 2LLEA 2J24A 4MYXA 5L9FA 1Q6OA 3NQ6A 1KBJA 3SIZA 4AWSA 2CLEA 4O12A 1KFLA 1OFEA 3DHFA 1FXQA 4UTIA 4ORIA 3HIJA 1Z42A 1DQWA 3HB9A 1TB3A 2VFHA 4DF1A 1Z44A 2NV2A 5A8GA 1RR2A 4Y90A 3M5YA 1ZAHA 1WOAA 4HNUA 4ZQNA 3VI2A 3PWAA 2TYSA 2QF7A 3O06A 2TRSA 5D04C 3EWZA 1I2PA 4HNNA 5IBXA 2O7QA 5BOOA 3MI3A 3T4CA 3LV6A 4N9CA 2J6XA 4EIVA 1W54A 1HL2A 2Y7GA 4Y6GA 3TMLA 3G1FA 4JTKA 2QCLA 3LLDA 4E2DA 4K8HA 4XQ6A 3W73A 3B04A 3T7VA 1CW2A 1JUKA 2Y7DA 3MJYA 3TXZA 1QR7A 3QQ1A 3W1PA 5I3GA 5LZLA 1DJNA 5CPMA 2BWGA 1AK5A 3JS3A 2QEZA 4O57A 3EWWA 1OFBA 5E1QA 1W31A 1GYNA 3I65A 3UPBA 1R2TA 1A5BA 1FCQA 1XDMA 3M5ZA 1L6YA 3H55A 4QISA 1EUAA 4Y8FA 1K8YA 3MHGA 3DHDA 2Y7EA 4BI5A 1ME9A 5CSRA 3PY2A 3N2XA 5C5YA 5EYWA 2VEMA 2YZRA 5D2TA 4TR9A 3UZ5A 4GE8A 3P5ZA 3GR8A 1PHQA 2X1UA 4JIQA 4XTDA 1OK4A 2A4AA 4Q4KA 4I9AA 2NUWA 3UXAA 4O28A 4FIRA 3BG3A 3NR0A 2GVGA 2ZBTA 5D30A 2EGZA 4AMAA 1ZHAA 3V1PA 2Y6ZA 2FJKA 2FPVA 3ZFHA 2A1YA 4HNTA 2AGKA 1DVJA 1VYRA 1JCXA 4OHQA 5G2WA 1LDCA 2WQPA 2WSYA 1BWLA 3PC0A 2WNNA 3G0UA 4GC4A 2QCCA 1PS9A 4NT0A 1SO5A 4FHAA 1K03A 3NM3A 3TE9A 4UR7A 4XWUA 3S1UA 3GKAA 4Z08A 3OHIA 2QUTA 4K36A 2ZZ5A 5ABTA 4RXGA 2I1OA 5FF0A 3T78A 2E6YA 1RD5A 2GPTA 4K6AA 5D2XA 2Q8LA 3C6CA 2X1SA 1TPC1 5LNSA 3VNDA 4NUWA 3PBUA 5DCDA 1XBXA 1SO4A 3GDTA 4NXKA 4AH7A 4UTKA 3NO5A 5A5WA 2ZTKA 4UTLA 1XFBA 3NQEA 4OT7A 2NLIA 1KM2A 1VLIA 2R8WA 3GR7A 5FEPA 5DN1A 5C6MA 4LW7A 4FB7A 4GJ1A 2YDAA 4GWEA 4OGZA 1F6KA 3GAYA 1OHLA 3STFA 3PBYA 5EA9A 1F73A 2EAWA 2ZZ6A 3Q37A 3DFPA 3GXTA 2DORA 4Z0JA 5KSWA 1L9WA 1YYAA 4JTGA 4TMBA 2FDSA 2C0AA 3SSJA 3L67A 2WNZA 2YYUA 3W3OA 4DEFA 3FLUA 2PURA 5KZDA 1H51A 1C9DA 3ZS4A 1G4EA 1XL9A 2HS8A 2QCNA 2CLLA 2HTMA 1TMHA 2ZRUA 3M44A 4LVDA 4MPQA 4ADTA 3M47A 2OMAA 1X1OA 3GLCA 4N6EA 2XFWA 3EB2A 4IMCA 3S6DA 1QAPA 1XCFA 2JKEA 4MLRA 1TREA 1YTKA 3MWAA 1QPQA 1OG0A 1GT8A 3HG3A 3NNTA 1A5CA 3U8GA 4J9JA 3B0VC 1DL3A 1SSGA 1ALDA 1ICPA 2GVJA 3F4NA 4DO6A 4GUGA 1L2UA 5DLCA 1W5PA 1GVFA 3UWUA 1ZAJA 3W6YA 3GNNA 1M6JA 4IMFA 1GPWA 1XDLA 3FJLA 3ZWSA 1KV8A 1LCOA 5HNRA 3NGJA 1G7UA 1KTCA 4FNPA 1GZGA 1VR6A 2B7QA 3GZ3A 3NL6A 1SUXA 1EIXA 4BR1A 3W23A 1X7FA 2ZA3A 3RF9A 4H4IA 1OYAA 3G1DA 1SFJA 4MUZA 2QCMA 4OV9A 1MEWA 3CWNA 4NJKA 4MIMA 3W1UA 3N19B 3E0IA 5AN7A 1A5AA 4QNWA 2B7NA 4E0CA 4CCEA 4HIBA 4LTSA 1XI3A 1AL7A 1G4SA 3W7MA 1QCWA 5LSMA 3NQVA 1I45A 3M5VA 2V9DA 4O1CA 3L9CA 3HPSA 5F4SA 3KAOA 5I3JA 2OJPA 3KXQA 5HR6A 3C3NA 3S1WA 2Z6JA 3KHJA 1ZJIA 1VC4A 1KM0A 4UFKA 3W7RA 4DF2A 3HMJG 3MI2A 4Z1AA 5LNRA 2G95A 4P2VA 4RJEA 4JEQA 4UMBA 3UQNA 1MEIA 1OYCA 2VXNA 3FIGA 3I7RA 4GUJA 3G0SA 1YPFA 1IF2A 3NPUA 4O0ZA 5LGXA 3N9RA 5AC6A 1SO3A 4HPJA 3DKLA 4GXMA 4AAJA 1W3NA 3DFSA 1SFLA 4KFPA 3UWYA 1WBJA 1H60A 2E5DA 1MZHA 1TQJA 4UMCA 4W9TA 4OU1A 3W9ZA 1W5OA 3LCHA 3NZRA 5F4XA 3LHWA 4DBDA 1GG1A 3AO0A 4S2CA 2DJLA 3RLVA 1K8ZA 3B0PA 1T99A 4LC6A 1ADOA 3W2KA 1LM1A 3MHUA 5FF4A 2XN2A 1VS1A 1SZNA 4X2RA 3TJXA 5G5IA 5C54A 5K4XA 4JTLA 4HSOA 4UTJA 5HQEA 2OT0A 3W7OA 4N2YA 1SO6A 4EF9A 4DXVA 4Z0SA 1TRIA 2DZSA 3L65A 3L5MA 3NQAA 4QQ3A 1DHPA 2PE4A 2NX1A 3U2OA 3QMRA 5AB3A 1YXYA 3STCA 4E38A 4JN6A 1X8FA 2JGYA 3S8HA 3SGUA 4DELA 5HINA 2X30A 3QQ0A 5AHMA 1JCNA 5G2IA 2YR1A 4A2SA 3PG8A 1VYPX 3HGRA 1I2NA 3O15A 3NL3A 4DO5A 1JCLA 1TTIA 5F2MA 5TIMA 3P81A 4X9SA 3TC7A 3TROA 1IIHA 1WAUA 4KWVA 1J4EA 1OJXA 3FFSA 3I7QA 2QCEA 2DZUA 4PL1A 3U6WA 3B8DA 4UMAA 3W86A 3W1QA 3LOTA 4N02A 4EOUA 3IIXA 4O16A 3FYOA 2A6NA 3TSBA 3W1NA 1VLWA 4JR5A 1EWDA 1I8JA 4MY8A 1ZFJA 3CB8A 4LY8A 4O52A 4JTFA 1SSDA 3Q94A 1NSJA 4AVFA 1EB3A 1FWRA 1W5NA 3LRKA 1OFOA 3O8AA 3R8RA 1VCVA 4LRSA 1O95A 3IGXA 1WXJA 3KVKA 3C8FA 4JX6A 3EXRA 5DCEA 2Z2UA 1ICQA 2F7FA 2Y70A 5H91A 4LV9A 3IVTA 5CZTA 1EUNA 3G3MA 4X22A 3HOJA 1SQ7A 3PUEA 1IXOA 3NM1A 4WX2A 2FTPA 3IVUA 5TQLA 1GTHA 2QUUA 5KTLA 4N9DA 4FX6M 2Z0IA 4K39A 3KVJA 3WFAA 3GX9A 2NWRA 3M43A 4AHQA 4DF0A 2J88A 1VYSX 2H6RA 1QFEA 2NXHA 5BRBA 3ATYA 1VGAA 4UNKA 3UPWA 3S1VA 1W5QA 1R2SA 3G1YA 2Z1BA 1TV5A 3IIOA 3NL5A 1NEYA 3A9IA 3HGSA 3LXAA 2DU2A 1I4NA 1FQ0A 3QW4B 4HSNA 3PULA 3E02A 1YTEA 2V81A 4UR8A 3SY5A 1WV2A 2D73A 2AAMA 4IMDA 1XM3A 3LXCA 1YXCA 3NEVA 1A5SA 2B7OA 2DZVA 1F74A 1LRQA 4FF7A 5BMXA 3MP5A 5FEZA 1ZALA 2CLFA 2Q8ZA 5EBUA 3THQA 2WNQA 4IGHA 3A22A 3QH2A 4UTHA 3BG9A 2Y63A 4BI7A 3DI0A 1FXPA 4RZ5A 3RFAA 2CLOA 4LWWA 4EVZA 5LHEA 3Q58A 1MXSA 1G6CA 4JD4A 4L4MA 3NQCA 1HUVA 2FPTA 3RK8A 1KTNA 2X1RA 3LBCA 3RMJA 3K30A 4O17A 3W72A 3HGJA 2C1HA 4QAIA 1GEQA 4ZZ9A 1LTDA 4FXRA 3C2VA 4NZJA 1KM5A 1GVOA 1SW0A 3FOKA 1IXQA 2VELA 3HPXA 4JTUA 5H2ZA 3CWOX 1HTIA 4RXFA 1AW2A 3DFTA 3EWUA 5K7JA 4FEZA 3H54A 1IXNA 3BGGA 4CNOA 4PEKA 4UTWA 2J9ZA 2AQWA 3W1LA 3NPXA 5EY5A 2KZHA 4O11A 2WPBA 3W83A 4YXGA 3QPZA 2VFEA 3L5LA 3L0GA 4ZVJA 3MW7A 1S5WA 2CLIA 3O6YX 4RCXA 3TNOA 4RV8A 1XBZA 2Q3OA 5F1VA 3A5FA 1FY6A 1D3GA 3W1MA 4MJMA 4FNRA 1KFKA 5AC8A 4UTMA 3C2FA 2YPIA 4N4QA 1B57A 1UBSA 5DBTA 1PCWA 3WJYA 3TA6A 4GNJA 3MHFA 3BPWA 3G1VA 3ZR4A 3VE7A 1HG3A 2FLIA 4LNYA 2A2IA 1KFEA 2WO5A 3IIVA 3WK1A 5K2ZA 2VFDA 5G4EA 1LZOA 3NAVA 4MZ8A 5BNKA 4N6FA 3W85A 3TMQA 2VENA 5K9CA 1H61A 1FWNA 2G96A 3O6DA 3W70A 3WK0A 4PTNA 3QRHA 3RU6A 4RZ4A 4GFSA 2RH9A 4NVTA 3R5EA 3HG5A 2BZNA 5HMSA 2DZTA 3G1HA 3NQ7A 4NJHA 5D02A 5G4WA 1OF8A 5HULA 1JCYA 4A2RA 2RHGA 1FDZA 5MHBA 4RZ6A 2E5BA 4RKAA 3W87A 1JVNA 1EEPA 4EF8A 3O63A 3DFNA 3FKKA 2YW4A 4DPPA 3MBDA 3C4UA 4IQLA 4N4PA 1KM4A 6ALDA 3NYZA 2EKCA 2FB2A 4LUIA 3TU9A 1TCDA 4JNMA 1P0NA 1LLZA 1NF0A 1VHNA 1N55A 1SU5A 4UTTC 5DBUA 3UZJA 3ZWTA 4CCDA 2FQIA 3W74A 5I3FA 3W2JA 3P82A 3S1XA 4P61A 1OK6A 1OX5A 4KWWA 3OBKA 1RQBA 2ZZ2A 3ANYA 4UFJA 3UNDA 1WOBA 5G1TA 4UNLA 5C2XA 5LKYA 1W37A 1UUOA 3QSRA 1OFDA 3N3MA 1W8SA 4NNBA 4IX2A 3BG5A 4BWLC 1GYLA 1F6PA 4LVAA 3STEA 4MFDA 4AF0B 1Z48A 5K9DA 2E68A 3C52A 4AF0A 4GRSA 2WJZA 1KV5A 4ADSA 2E77A 2QKFA 3SZ8A 3EXTA 2Y85A 5AYXA 4O1DA 3EWYA 1HFBA 4WOZA 1P0KA 1PL9A 2V82A 2YW3A 4GBUA 3LB0A 1TPWA 2GOUA 4FIQA 4O19A 3W71A 2VFGA 3CQ0A 4G1KA 3GDKA 4M6VA 3W07A 5HUOA 2NX9A 3MYPA 1W3TA 2BLEA 3TAKA 2YSWA 4CQ9A 1Q6LA 3W7KA 5LNUA 4K8EA 2XN1A 2NV1A 2P10A 4FX7A 1H1ZA 1J2WA 4FO4A 1B9BA 2ATMA 3P67A 2BX7A 1EP1A 1UUMA 3B4UA 3L68A 1TPH1 2V5BA 4ZQMA 3QW3A 3T44A 3W7DA 1NVMA 3M9YA 4WY0F 3JR2A 2QCGA 3FA5A 3G18A 5CGQA 5EKYA 3LLFA 1Q3NA 4UXDA 3C2OA 1OABA 1XKYA 2C18A 4O50A 5T26A 3NPVA 4LT9A 1VJIA 2QAPA 2FPYA 5GVJA 2E5CA 3TW6A 3PBWA 5AHEA 3OA3A 1VRDA 2VEIA 3LHTA 3LGEA 3LV5A 1RV8A 4WUIA 3W2NA 3W7EA 2YYTA 4ICNA 4DBEA 1EP2A 2H3BA 2E09A 3LM7A 5G2HA 2ABBA 2W0UA 3OVPA 3VE9A 2TMDA 3LHUA 2QDHA 2NWSA 1SZFA 3TSMA 4JTHA 4JY9A 3CEPA 3G8EA 4AXKA 4AWTA 2Y62A 2RDUA 4S2BA 3W7HA 1B3OA 1WX0A 3A23A 3W1RA 2DP3A 3GYEA 3NQGA 2PRHA 5AC7A 3M6YA 4OE7A 1BTMA 1VH7A 3P84A 5D2YA 1JR1A 1TPDA 5HJLA 3PSWA 3TK7A 4JX5A 3TQKA 5KZMA 1YADA 3JRKA 2NXGA 5FF7A 3DH7A 3FJ6A 3GDRA 4NNAA 3MYOA 3W1AA 3QPYA 1IIGA 5U4NA 3CEUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RXO B;  1QUM A;  3RXZ A;  3W7C A;  2FIQ A;  5HUP A;  4FNQ A;  3N2M A;  2E8Y A;  1BFN A;  1YBQ A;  3L66 A;  5HWM A;  2SFP A;  4ERA A;  3TZF A;  4KCV A;  5C9X A;  2UWF A;  2QZR A;  4DJD D;  2FMN A;  5D9P A;  3QYQ A;  4AD2 A;  4PL2 A;  3OJG A;  3LTS A;  2CIP A;  1ICS A;  1HJS A;  2IKI A;  1YQ2 A;  1ME7 A;  4HNV A;  3NQD A;  2ZA1 A;  1OD8 A;  2VZV A;  3L2I A;  3UNT A;  5FCZ A;  4ZGY A;  1B4E A;  2GUY A;  1K77 A;  2OSW A;  3O1N A;  4I7U A;  5ABE A;  4E4P A;  2XGI A;  3W2L A;  4C6J A;  1G4P A;  3BUR A;  1J18 A;  2JQX A;  4YJ5 A;  2XIS A;  3MI6 A;  4D8Z A;  3QGA C;  1E15 A;  2VI0 A;  5LA1 A;  1U2Y A;  4UFI A;  3QFW A;  3V3W A;  4IX0 A;  3BLE A;  2D0H A;  4XX6 A;  2LLE A;  1D2K A;  1MDL A;  1SM9 A;  2F2K A;  3H2E A;  3PZ9 A;  1O68 A;  1RJR A;  3R10 A;  1KFL A;  3ENL A;  1PYF A;  5E0F A;  4PUD A;  1DQW A;  4AUB A;  2JIW A;  2NV2 A;  5A8G A;  3KBW A;  1V79 A;  3ZLF A;  1XLL A;  4DYE A;  3OLG A;  4ZQN A;  4JL1 A;  4XKM A;  3VI2 A;  5A6K A;  1RHC A;  1TZ7 A;  4NYU A;  2QF7 A;  4CUC A;  2HPI A;  3EWZ A; 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