1TPF | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	MSKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
publication title	Comparison of the structures and the crystal contacts of trypanosomal triosephosphate isomerase in four different crystal forms. pubmed rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	94
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1994-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tpfA00

5LGXA 3SY5A 3LCWA 3SFKA 4WUIA 5AFDA 3L5LA 2Q8LA 2QCCA 2ZFAA 1UCWA 3H55A 4I7VA 3THQA 1OFAA 3IV3A 4NJIA 3C2OA 3UZJA 2DZPA 5EKYA 3O07A 1ICQA 5D03A 2HSAA 3TV8A 2NUXA 3GAKA 2J88A 5KZMA 1ZHAA 1ICSA 2FDSA 4HKPA 2TMDA 2W0UA 2GJNA 5IBXC 1F2JA 1H61A 4I7UA 1U83A 1YXYA 5CPMA 2WOQA 1LLZA 4JTTA 5CGQA 3W1MA 5K9CA 4M5PA 3B0PA 3B0VC 3C4UA 3QSRA 3MUXA 2J6XA 3D0CA 3DGRA 1GVSA 5D2YA 5EMUA 3P74A 4O16A 5AB3A 1C8VA 4RK8A 4XZ9A 3KRSA 4Y8FA 4AHQA 3TNOA 4NJJA 4NT0A 5FF2A 2VXNA 5G2WA 3M6YA 2YW3A 3UWYA 3KFTA 1U5JA 2EAWA 1K8ZA 4OU1A 2R94A 3SGUA 4M7SA 4FX8A 3FS2A 3GVGA 3P61A 2YSWA 4JTEA 2C14A 1SO6A 4NXSA 2A5HA 5HQEA 1KFKA 2BXVA 2H90A 5D09A 1OX6A 4CNPA 3KVKA 3LCFA 3DI0A 1KLYA 4O1BA 4O10A 2ZZ3A 4UFMA 5CZTA 3W23A 3QMTA 4JTSA 2QCGA 1JCYA 2CLFA 3P60A 3QPYA 1EIXA 3FFSA 1XCFA 1MEIA 3GDLA 4QSHA 1YTDA 4KFPA 1SZFA 3FEMA 2V2CA 2FPTA 3P8JA 1K7EA 2VC6A 4YL2A 1R46A 4IUOA 3PF3A 2ZBTA 5CZ0A 3SGZA 5HWNA 4JTGA 2NX3A 4A29A 2H8ZA 3W7KA 4UR7A 3WK0A 1EA0A 1QPQA 4FNQA 4ORIA 3C6CA 5AC8A 1FX6A 5DCEA 4JIQA 2NUWA 1YLVA 1NSJA 3W2NA 3QJAA 4UFIA 5HNRA 1YXCA 3NDOA 5J5DA 1C9DA 1XUZA 3B0UX 4WOQA 4GUJA 3W2MA 1UUMA 1TTQA 4N9CA 3HOJA 1PHQA 4Z1BA 5FEWA 3RMJA 3NQEA 4AWUA 3RFAA 3PWAA 3TW7A 3PB2A 4UTKA 5AC6A 3W7IA 5D04C 3TJXA 3T44A 1AK5A 3HPZA 3TH6A 1QDSA 2VEIA 4UTWC 4CQAA 3BLFA 3HB9A 1TB3A 3OVQA 1Z44A 4O54A 3HMJG 2ZA2A 2YDAA 1LOQA 3B05A 3CWOX 3PR2A 3LLDA 3HO8A 4BR1A 3N14A 4PEKA 4FX6M 5I3FA 3EWUA 4DQWA 2CU0A 4ALDA 4YCPA 3O63A 3W88A 2CFFA 5KTLA 3LHTA 2X1UA 5U7SA 3CM4A 1GVRA 3ABOA 1V5XA 1W5PA 5BMWA 3AO0A 1LROA 2WO5A 4WY0F 1RD5A 3ZFHA 1PIIA 4JDYA 4YWIA 1KM0A 1Z42A 2E1DA 4LV9A 2Y7FA 4IX2A 5AHIA 5HULA 3BGGA 3NL3A 4LC8A 1XBVA 3IIXA 1KFCA 4JTKA 1TPH1 2Y7GA 1D3GA 1GZGA 1FDJA 3TQ0A 5SWUA 2DU2A 2E5DA 3TFXA 4X2RA 4A2RA 3W86A 2NX9A 5DY2A 4O1DA 1L6YA 3DU0A 2J27A 3O6CA 3E02A 3S5OA 3I68A 3EX3A 3EX2A 3W7EA 4AEOA 3S5ZA 3QSTA 4YCOA 2HTMA 2QUTA 2CW6A 1YDNA 1H60A 1ZAHA 3KXQA 2A4AA 3DBPA 3IGXA 3PM6A 3W7QA 4LOCA 3A9IA 1ALDA 5FF3A 2J9XA 1MEHA 4XWUA 3EXSA 5D33A 3UWVA 3CHVA 2PRHA 3GYEA 4WOZA 3B4UA 1GG1A 3I7SA 3STEA 3BW3A 3LCIA 1F6KA 1FUYA 2VENA 5HR6A 2NWSA 3CIXA 3W70A 1KV5A 3G3MA 1I8JA 2ZYFA 5D05A 2ZRZA 1DQXA 1K7XA 3OVRA 4LS2A 1BEUA 1T99A 1LBFA 2HMCA 1DBTA 3TROA 3GDKA 3C0JA 3BG9A 4DELA 2HS8A 3W85A 1SFLA 1G4PA 4MZ1A 1SZNA 2FQIA 4K36A 4JDBA 5G1TA 4J9JA 4YXGA 3NM1A 3G1FA 5CPLA 1TRIA 3QQ0A 2V2DA 5LNVA 4TR9A 4R7JA 3LV6A 1H7WA 3MBFA 3GKFA 3GIYA 2BLEA 4R33A 2C1HA 4OV9A 5K3VA 4UFHA 3NL6A 1LP6A 3M5VA 2UV8G 1L6SA 3GX9A 4S1FA 4JXCA 3LDVA 3OHIA 1T96A 1FWSA 1TQJA 2JKAA 3P82A 4MIMA 1TTIA 4QJ1A 1FY6A 3TUUA 3TCEA 1KTCA 1AW1A 3L21A 3PULA 3CIWA 2WSYA 1W0MA 1WX0A 5D02A 4UTTC 4UTMA 3KX6A 2GJLA 4UTWA 4WX2A 4TIMA 3L0NA 4Z08A 2FB3A 3WK2A 5AHFA 3VE9A 4RR4A 3DHDA 2WNNA 2ZRXA 1FWRA 1NF0A 3UPWA 5C55A 1TSIA 3UXDA 3LLFA 4RXGA 4Y90A 4LS0A 5AHEA 3TAOA 3TSDA 4ZQPA 3M9YA 1SFJA 3HGSA 5I3KA 3WK1A 2ZZ2A 5TIMA 3KRUA 3LRMA 2DJXA 2GOUA 4MY8A 4EWND 4UMCA 5I3IA 4FXSA 4K39A 1EWEA 4G1KA 1G4TA 1TPUA 2R91A 4FNSA 3KHJA 2G5WA 4L4MA 3TDFA 1HO4A 4AWSA 3CPRA 2VKZG 3PY2A 5G2HA 3T7VA 3VKJA 2VEKA 3MHGA 3L66A 1G69A 4GBUA 4O4WA 1GEQA 2GVGA 1Q6QA 3G22A 4A3UA 4L4LA 1N8FA 3TK7A 4HSOA 2V0TA 3EX4A 3G0SA 4DPQA 1ZAIA 3EX1A 1K3UA 4RJEA 5ABTA 1GWJA 1TPWA 4LTSA 3EX6A 3RLVA 1H7XA 3RNDA 2QAPA 1O94A 2DZTA 3I6RA 4RV8A 4M6VA 3FYOA 3IIOA 3R12A 4RCXA 4JTUA 1ME9A 3S8HA 4U4MA 3W74A 4A22A 3S5YA 1IGSA 4A21A 3B04A 1WYIA 2C13A 1VJIA 4UTLA 3MHUA 2E09A 2AAMA 3MP4A 4N4QA 2X2GA 3TIMA 1OK6A 4GUHA 4TMBA 3QW3A 4LVBA 1B9BA 5DCBA 3LBMA 4JX6A 1LORA 1VLIA 4OWGA 1WXJA 2NV1A 4NJHA 2Y7EA 3JR2A 1EB3A 2DZSA 1WBJA 2OT0A 1LBLA 2QCEA 3HQ1A 3C2EA 2ZDRA 1RQHA 4KWVA 1LOLA 3EWWA 4CNOA 3P84A 1I2OA 4XKYA 3MJYA 2NV2A 1M6JA 3NQAA 7TIMA 3DENA 2V30A 2B7PA 1M7OA 4JYEA 3UYCA 4N4PA 1VH7A 1ZCOA 1X7FA 4PFMA 4ZQNA 3SJ3A 4IOTA 2A85A 5KMYA 4XKYB 4GFSA 4CQ8A 2Y88A 4Z1AA 3RLUA 4EIVA 2YR1A 1YDVA 1JCLA 3LOTA 1SR9A 3GDMA 3N19B 1VC4A 1L2UA 4UTTA 3LHWA 3C8FA 4KKXA 2J24A 4FX7A 3ZS4A 1IXPA 3PC0A 1DV7A 4LW7A 3CU2A 1OHLA 5CG7A 4N02A 4AWTA 3QW4B 3TQKA 3SW6A 1UUOA 4MJZA 4O1AA 1LRNA 1G67A 1XXXA 1FXQA 4NJGA 2TYSA 2C0AA 4TU1A 4IMEA 3MP5A 4WJEA 3Q37A 4LVGA 4QNWA 4JR5A 4K7YA 2JGYA 3A23A 3CTLA 5E0KA 2JKPA 4CLMA 3GNNA 2ZRVA 2V9DA 2OCZA 3CB8A 2JKEA 6ALDA 1GTEA 1P0KA 2VFFA 5D2VA 1ZENA 3M16A 3SSJA 1I4NA 5H2ZA 1OFRA 2PCQA 2JK2A 4UMAA 2RH9A 3MWAA 3R8RA 3SECA 1GTHA 4GUGA 1H1ZA 2GUUA 3W71A 1XBXA 2ISVA 1BWKA 1QPNA 5EPDA 1NFBA 4NZJA 5K4ZA 4CCCA 1K02A 3P81A 3KVLA 4LRTA 1TIMA 4MYAA 4O14A 3BLIA 2J9YA 1K7FA 2PRMA 2NZLA 1QNVA 2WNZA 3M1ZA 4C1LA 2CZDA 1F73A 1KM3A 3R13A 2D73A 4AHPA 1OJXA 2ZZ7A 3JS3A 4FIRA 2E5CA 1CW2A 1W54A 2ZZ1A 5K7JA 1WOBA 3TAKA 1KTBA 4MYXA 5LKYA 2AGKA 4PL2A 1XL9A 5J5RA 3L68A 1FCQA 3O15A 3GDTA 3LHVA 2CLOA 3DAQA 3W07A 2Z1BA 3PB0A 5G4WA 3GXPA 4IXHA 2TPSA 3QZEA 4OQVA 4C1KA 4O50A 1NF7A 2BWGA 3W7LA 4K37A 3WJZA 4LU0A 5G1YA 3DFPA 5CZJA 4DO4A 1JUEA 4XTDA 5D2XA 1S5WA 4O19A 4OBTA 3TE9A 4MPQA 3MW7A 1P5BA 2VELA 4IGHA 3A5FA 4GUIA 3FYPA 2FTPA 3TC7A 4DBDA 3BG5A 4POCA 1MSSA 1QAPA 5LNSA 1W1ZA 3LRKA 2VFDA 4B5NA 3LXCA 3W84A 2RDWA 1RQEA 1TTPA 1F6PA 5HR7A 2VOMA 3OIXA 1FWTA 1FDZA 4OV4A 2YXGA 2Y89A 4HSNA 4MVAA 1QR7A 4DPPA 2BTMA 2PRLA 1VR6A 4UTUA 2Y70A 2O7QA 1A5AA 2EKCA 1QPOA 4IWWA 1YADA 1VZWA 3FA5A 1XFBA 1FCVA 3DXIA 3EWBX 4O28A 2VEPA 4UIOA 3LGEA 5D38A 4K7VA 3UQNA 2QCMA 4LV4A 4EF9A 2H8XA 3IGUA 4RX0A 4EOUA 3NA8A 3P7YA 3S0CA 3KAOA 3A21A 3A5VA 4JX4A 1W5QA 1JJKA 1W56A 4NU7A 4S2CA 2CLKA 1T8XA 1BKSA 1GVOA 3E49A 3IGSA 1P1XA 3TW6A 4LVAA 1B4KA 1N7KA 1RV8A 3NQ6A 3E9AA 3G0UA 5HINA 1PVNA 1DQWA 5I3HA 4IXXA 5HUPA 3LCHA 1SO4A 2E77A 3W76A 3PG8A 3UZ5A 3PG9A 3WJYA 3G18A 3UY7A 2P0OA 4U28A 4E38A 3TC6A 2ZA3A 3NPXA 2QF7A 3NL2A 1JUBA 3W7JA 1QFEA 4K8EA 2FFCA 4IMGA 3MHFA 4GUFA 2OT1A 4OHQA 2Q3RA 3W9ZA 5FEPA 2EHHA 3VNDA 3WFAA 2Y63A 2X30A 3LTYA 1SSDA 2CLMA 4NNAA 3GLCA 3G1XA 4FF7A 3Q94A 3IIZA 1LYXA 2B7QA 2WSQA 1UBSA 4Z1DA 4UNKA 3LB0A 4BFAA 1OVDA 1F5ZA 4GWEA 4BWLA 1JRBA 1IIHA 5F1UA 3L67A 3MYPA 3W1LA 4OGZA 3M7WA 1Q6RA 5HJLA 2YW4A 3W1RA 2A1YA 5K9XA 3DKLA 2OJPA 4IPJA 3LHUA 4PL1A 4LVDA 1KM1A 5C6MA 2ABAA 5LNWA 1QOQA 2E6AA 1MZHA 2X1TA 3G1YA 2QDGA 2QCHA 4DF0A 1O5XA 1B57A 4GRSA 4FB7A 5KZEA 1HTIA 1KFBA 4BI6A 2B7OA 2PURA 3TKFA 1H51A 4PC8A 3TJLA 3BG3A 2Y62A 3NXFA 2WQPA 3THAA 1PCKA 2A6NA 1LZOA 2H6RA 3A24A 4Q32A 2FPVA 1JULA 4PH6A 4PA8A 3MI6A 2G97A 1TO3A 1MEWA 1OF8A 4Y96A 5DCDA 1ONRA 3UNDA 2RFGA 2Y61A 3W1QA 2CLEA 5I3JA 2F84A 3WJSA 3P62A 3U2OA 1W31A 1TJPA 1KFLA 4NX5A 3HF3A 1D3HA 1LDCA 4BF9A 3NYZA 1H5YA 2ZRWA 3ZWTA 3G1VA 4H3DA 1MO0A 1TCDA 2ZRUA 1BTMA 3W73A 2B0MA 3NL5A 2CLHA 2C16A 1H50A 3P80A 1LM1A 1PCWA 1SU5A 3TQVA 3USBA 5KINA 1HFBA 1W5MA 1TPB1 3TXZA 1EUAA 1DHPA 4LVFA 1TYGA 2GVJA 5HUOA 2H3DA 4LC6A 3TXVA 2V5BA 3S1VA 4JICA 3UWUA 5AN7A 5C5YA 4UFJA 4R53A 3M44A 3G3DA 5F4SA 1TPFA 2GQ9A 1AL8A 3EXTA 1TV5A 5LHFA 4UTIA 3I7RA 3IIVA 4QQ3A 1RVGA 1CI1A 1EPXA 3UY8A 1I2QA 4E2BA 3EKZA 5F2GA 1ZY9A 4HN4A 3EWXA 3O06A 1TV7A 3GDRA 3S1XA 2ISSA 5LGZA 2XN0A 1VYPX 5FF0A 1F05A 2R14A 4FEZA 3NPUA 5EYWA 4DO5A 1Z48A 3GB6A 3DI1A 3U6WA 1HO1A 3L0KA 1FCUA 4WD0A 3QC3A 3LCLA 3B06A 3P67A 4O12A 2ZA1A 1M7PA 3LCXA 3G8RA 3HIJA 1R47A 3NNTA 3QYQA 1JUKA 1OYAA 3C56A 1D9EA 3BLEA 4UR8A 1TPDA 3VCRA 3W7MA 2Q8ZA 4AF0A 3MO7A 3LI0A 2E6YA 2OZ0A 4NXKA 3W1NA 1GQNA 4ZMGA 1ADOA 2Y7DA 1JCNA 1JR1A 3F4NA 1Z41A 3IEBA 1VQTA 3E12A 4EF8A 4KFNA 4BK9A 4RZ4A 4RXFA 2YCEA 1QO5A 2I9EA 3L5AA 2FPYA 1K8XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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