1TPF | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	MSKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Comparison of the structures and the crystal contacts of trypanosomal triosephosphate isomerase in four different crystal forms. pubmed rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	94
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1994-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tpfA00

1H61A 2R8WA 3LCFA 4IMGA 4K38A 4QNEA 4AHQA 3MHUA 3S5NA 5BOOA 1TYGA 3R89A 2ATSA 3W74A 2VEKA 3S5YA 1GQNA 2I9EA 4GC4A 2NV1A 3CM4A 4EIVA 3G1SA 1PV8A 5FF0A 1VCGA 2ZZ7A 3KRSA 3NZRA 4ICNA 1ZY9A 3W1LA 3HB9A 2YCEA 4E0CA 3KX6A 3G1VA 2YPIA 5LNUA 3I65A 3W7DA 2E6DA 2ZTJA 1KFKA 3O8AA 4RZ5A 2QCMA 3WK0A 3NM1A 5AC6A 2EHHA 4OV9A 3OBKA 3DU0A 4O16A 3WJZA 3W84A 3I7RA 5G2HA 4DF1A 1S5TA 5AHEA 3UYCA 1MSSA 1SSGA 3FFSA 3GVGA 3W83A 1W31A 3HG3A 3LRKA 3W70A 4QITA 1QPRA 3DXIA 4M6PA 3DAQA 2VEPA 2Z6IA 3SY5A 4CCDA 2OZ0A 4IXXA 1JCYA 1T8XA 4FNRA 1G4EA 4CCEA 3G3DA 4LWWA 3W7OA 4BWLC 3U8GA 2J6XA 3UWYA 1FWTA 1FXPA 3LDVA 1OFPA 4N9BA 3W2JA 3IIVA 4WY0F 4LVFA 1R30A 1NSJA 2C0AA 1PVNA 1MEWA 3PBWA 4N6FA 1GTEA 5FEXA 1TIMA 4IWWA 3W7GA 3IVUA 4ML9A 2WNZA 4AH7A 3N2MA 3NVTA 4NNCA 4JD4A 3MW7A 1BKSA 2V5LA 4ZZ9A 4HKPA 2V82A 1ZAIA 4WXYA 4PC8A 1GJPA 2BZNA 4O11A 3W7PA 3DKJA 2GQ8A 2XN0A 3L0NA 3NM3A 4FEZA 2X1RA 4RX0A 5F4XA 3T4CA 1M6JA 3TSMA 3GB6A 4Y8FA 4DPPA 4EVZA 3BG3A 3EX3A 3G22A 2WO5A 4JXCA 1UUMA 5HUOA 2VEIA 3TSDA 3UD6A 2Q8ZA 3W7MA 3GDRA 4GBUA 3HMJG 3QPZA 2NX9A 5CZ0A 3LCLA 4JNMA 1X8FA 4WD0A 1ZFJA 3A5VA 3IEBA 2V0TA 2ZRVA 3RU6A 4O8RA 1FWSA 4GUFA 3M0ZA 3NXFA 3O1NA 4KFNA 4N6EA 4TIMA 4LRTA 1TSIA 3Q94A 4BFAA 3LHZA 1AW1A 4DELA 4JDBA 5LNSA 4PFMA 2BWGA 3L65A 2HSAA 5HWNA 1F6PA 4MZYA 1HO4A 1YTKA 3C2EA 3OG3A 2ZTKA 5F1UA 3EWWA 4KWWA 1AK5A 1OK6A 1ME7A 4L4MA 4UTWA 5KITA 3TUUA 3PWAA 4XTIA 1VCVA 3LHWA 1GYNA 4IUOA 3HGOA 4B5NA 3N2XA 5H91A 3GKFA 1O60A 3PUEA 3P5ZA 3HF3A 4MOZA 1B9BA 3ELFA 3VE7A 4IQLA 2B7NA 1G7UA 3W7JA 2YSWA 4AAJA 3WFAA 4UTIA 2DJLA 3GLCA 5SWUA 3TXZA 3NL6A 3STGA 1EWDA 3CWOX 3PUOA 3MBDA 3QQ0A 2J24A 4O52A 3BW4A 4IPJA 3STEA 3IRDA 1OF6A 2PURA 2E5BA 1G4SA 5AHIA 3N9RA 1MO0A 4AMAA 4AHOA 3INPA 1JVNA 1KM1A 3SIZA 2HTMA 4UMAA 2Z1BA 1YTEA 3BW2A 3LXCA 3W2MA 2YDAA 1ONRA 1TB3A 3DBPA 2W6RA 1DKWA 3OVPA 4S1FA 2EPHA 4MLRA 3M43A 2V81A 4LNYA 3KVMA 4LS0A 1F76A 2YYUA 1GVFA 1TPH1 5DBTA 3G24A 4JTIA 1TPVA 3ZR4A 2X30A 1DVJA 3W1QA 4GUJA 2CLMA 2ZBTA 3PBUA 4IMCA 4CQ8A 3R13A 3LM7A 4RKAA 1RVGA 4JTTA 3OVRA 2B7QA 1TPEA 1QFEA 3V1PA 3S8HA 4MFDA 4FXRA 2ZZ6A 4HSNA 1H7OA 2Y62A 2HS8A 1H7PA 3PAJA 3Q37A 4UR7A 1KV5A 5E0KA 3C56A 4Z1CA 3TH6A 3D0CA 3VFLA 3DH7A 4NJHA 2VFFA 3QFEA 1J5TA 4O12A 4YLWA 1XKYA 3LHUA 4PODA 1LROA 4FX7A 4KKXA 4XWUA 5LHEA 3E96A 2ABBA 2A5HA 4DO5A 3QYQA 4IX2A 3DI1A 3DFNA 4ADUA 4UIOA 1SQ7A 4JX6A 1RZMA 1IXQA 1PE1A 3HPXA 3KHJA 1AG1O 2CWNA 1RQEA 1XM3A 3RLUA 1L2UA 3BG9A 2YGYA 1JUBA 3GIYA 3A22A 3PBYA 4HIBA 4MY8A 3M9YA 1VRDA 4ADTA 1B4KA 3W2LA 3QMRA 2YW3A 3T40A 5HWJA 3BW3A 4O1CA 3EWBX 2NWSA 1M7PA 2DZTA 1F7BA 1LZOA 3HPZA 1GG0A 2ZA2A 4O54A 3M16A 3WJWA 1TMHA 5EMUA 4UCGA 4O53A 5DN1A 2I1OA 4EF9A 4RXFA 3M5VA 3W76A 1W5MA 4FIRA 1JQVA 1AW2A 1XDLA 1SW7A 3CLMA 4Z08A 1YDOA 2ZQ0A 2NUYA 4OQVA 2RDUA 1QOPA 1THFD 4WZHA 3WJXA 3OA3A 4I9AA 1IXPA 1VLWA 4DO4A 3F1QA 5G1YA 2I14A 5CZTA 2B7OA 1G67A 3W7CA 3G3MA 2CZFA 3ZWTA 4AVFA 3S9YA 4OBTA 3GNDA 4MZ8A 3IIOA 4QAIA 1TPB1 2E5CA 4M6QA 4Z1BA 5BRBA 4QISA 2EKCA 1DQWA 2FTPA 1G69A 3CEPA 3N14A 2VEMA 4M19A 1PCWA 1OFOA 1H1ZA 1K7FA 1G7VA 3TKFA 3B06A 2G95A 5HULA 3GKAA 2E6YA 4XTDA 1G6CA 4O4WA 4RXGA 1HO1A 3L5MA 4WQ6A 3W1RA 4A2RA 3CQ0A 4UNLA 2E1DA 2B4GA 5H2ZA 2UV8G 2DZSA 5I3FA 1WOAA 3G8EA 3THQA 4MY1A 4AWUA 1ZAHA 3W7RA 4E2DA 4JIPA 4HSOA 1N55A 3TW7A 3NO5A 4DQWA 1O5KA 2V2DA 1E51A 1LOSA 2ATMA 3S1UA 4QQ3A 1KW1A 3CIWA 4LVGA 3E12A 1PS9A 4A3UA 3LI1A 1OG0A 5TQLA 1KA9F 1K7EA 3N19B 4JTFA 1EUNA 1PCKA 2X16A 1JJKA 4UTKA 1R2SA 1TQXA 2NUWA 4DEFA 1LBMA 1LP6A 1TPUA 4MUZA 3KOFA 2BLEA 2VFGA 4RZ4A 3B8DA 4LUIA 3UWZA 3L0GA 4JYFA 4XQ6A 1W3NA 2ZZ5A 3W7EA 3DZ1A 3LLFA 4O15A 5AYZA 1VH7A 1MEHA 3H54A 5TBOA 1YXYA 2V8ZA 4N4QA 1TTPA 1Z41A 1JCXA 1KV8A 1T96A 5FF3A 5HJLA 1L6WA 4C1LA 3O07A 1VCFA 5J5DA 3RMJA 2PC4A 3A24A 4R53A 2E09A 4LS1A 1C8VA 5EY5A 5J5RA 2FFCA 3SGUA 4M7SA 1KTNA 3W23A 2GQAA 5CSRA 3GX9A 2OX1A 2JKPA 4GXMA 2J27A 5CZSA 3SJ3A 2J9YA 3ATZA 1U83A 5HQEA 1M7OA 2E6AA 1FWRA 4JGDA 3UY8A 1H7WA 1WA3A 3HG2A 4DBEA 1GVRA 1F2JA 4UR8A 1X6UA 4ZQCA 4JS3A 4S2BA 1TTQA 3IIZA 1SO3A 4AB4A 3S5OA 2A0NA 1CW2A 4AWSA 2QF7A 1ZHAA 3CB8A 1W1ZA 4IOTA 3IV3A 3NQMA 3USBA 2CLHA 2VENA 4K7YA 3M41A 1K7XA 5BMXA 3LHYA 2GOUA 4IXHA 2CLFA 1SO6A 3GAYA 5LHFA 1KFCA 4NJGA 5C5YA 1ZAJA 5D2VA 2GPTA 1HFBA 1QOQA 4MYAA 2H8ZA 1IIHA 5FI8A 1RD5A 3KFTA 3PG9A 4BK9A 3B0VC 4O1DA 3LLDA 1LRNA 2H6RA 3NQ8A 2RDTA 1JRBA 1QNVA 1DHPA 4PL2A 3W6YA 4RR4A 3NQCA 3U2OA 3TK7A 2BSLA 1TRDA 1WDWA 2XFWA 3W2NA 5DLCA 3L0KA 3QW4B 3W1NA 4HNNA 1SSDA 3SFKA 4FO4A 3BPWA 1JQXA 1LLWA 3LX9A 3TC7A 5CPNA 1OFQA 2HS6A 4LV9A 4HNUA 4JTLA 1XDMA 3LV5A 1I2NA 1QR7A 3TAOA 1A5BA 3I7SA 4UTMA 4O1AA 2VXNA 1FWWA 2C1HA 1TV5A 3QSTA 1UB3A 1S5WA 5U7SA 3T78A 1FWNA 3OHIA 3E9AA 3KRUA 2ZCGA 3G1FA 2FPTA 5G1TA 2QAFA 1A5AA 4NT0A 1BEUA 3C0JA 2Y7DA 3LCIA 2P10A 3RF9A 1MZHA 2ZZ2A 1XBVA 1JULA 3EB2A 3HG5A 3TXVA 1VQTA 4JY8A 3MI6A 2J9ZA 2YYTA 4NQ1A 4POCA 5LGZA 5A8GA 2CLIA 2NLIA 3NDOA 3PB2A 1R47A 3K30A 1B4EA 3TQ0A 1FY6A 1IGSA 3QRHA 4TMBA 1ME8A 5G4EA 4DPQA 3W1PA 5CG7A 4ZQRA 3W7IA 5K7JA 2ZA1A 4UFMA 3M1ZA 1VZWA 5L6UA 4ORMA 5T26A 3FJLA 3C2OA 1V5XA 4O57A 1EUAA 2Y89A 2A6LA 2DZWA 3NZ1A 2DU2A 3SZ8A 3W7KA 3QZEA 2JGYA 1OX6A 3W9ZA 2PCQA 3JR2A 5I3JA 3VE9A 3SECA 3N34A 1EP2A 5I3GA 3TNOA 2Y70A 5CSSA 5BMWA 3GXNA 4JDYA 3W73A 3BLIA 3UPBA 1OABA 5HNRA 3OVQA 1Q6LA 4MYXA 4PEKA 5D09A 1Q45A 2CU0A 4NXSA 2NWRA 1FCUA 3O15A 4GNJA 1QCWA 1W5QA 2EF9A 3TJXA 1W0MA 5K2ZA 3G1YA 5KZDA 3R12A 3W75A 1LTDA 3L66A 4N9EA 3L5LA 3M5YA 4JY9A 4LUJA 3C3NA 1VGAA 2Y88A 5HUPA 4NX5A 3LCWA 5AB3A 4K8HA 3GR7A 4ZL1A 1L6YA 1XFBA 3JS3A 2VC6A 3EKZA 4OT7A 2CLKA 3DHFA 5EYWA 3S5ZA 4UFJA 3GZ3A 3TE9A 1V7YA 3P62A 1H7RA 4UTLA 1VHCA 3TCEA 2PRHA 4JTHA 1WV2A 4GE8A 2QJGA 1TPC1 3LOTA 5DY3A 3C6CA 1MXSA 3ABQA 2QCFA 4LVBA 1VS1A 4A29A 2W79A 1TTJA 1I4NA 2C19A 4O18A 3L67A 2R14A 5K9DA 1RQBA 2WJZA 4IGHA 3MWAA 4WX2A 3PF3A 1N7KA 1ALDA 5A5WA 4NVTA 1WAUA 5CPMA 2GQ9A 3Q58A 3NQEA 1AW5A 4AWTA 3MP4A 4ORIA 3BVJA 3P5YA 4UC5A 5EBUA 3LERA 4XBSA 3W2UA 2WNQA 1TPFA 5D2YA 3SI9A 1SW3A 2A6NA 1EB3A 1O95A 5FF2A 4Z1AA 2Q3RA 1ZJIA 3IVSA 4YWIA 3FOKA 1HUVA 3LI0A 2C18A 3IIPA 4W9TA 4EF8A 1O4UA 4Z1DA 1Q6QA 4N2YA 4BI6A 4KFOA 4P61A 2EAWA 4RCXA 4WJEA 1KFEA 1XBXA 2BXVA 4O4VA 5AHLA 3TQKA 1D9EA 1JUEA 3TQVA 2XN2A 3GK0A 4X9SA 4QSHA 1SO5A 3WK2A 2B7PA 4UXDA 1GEQA 2A1YA 3W07A 5K4XA 3IIXA 5LZLA 3NL5A 2DZVA 1GVSA 3EWUA 1SR9A 3DENA 4FIQA 2BTMA 3CHVA 3LRLA 1WQ5A 5DXXA 1KM2A 3W1MA 2TSYA 3HOJA 4A22A 5D04C 4JTUA 2Q3OA 2RDWA 1Z44A 3M5ZA 2OMAA 4MIMA 3LBMA 3CEUA 1K8ZA 3W3OA 4M6VA 2E6FA 3QSRA 2QDGA 4LU0A 1EA0A 3MYOA 3E49A 3W87A 2A85A 1GVQA 4GUGA 1SW0A 5F4SA 5D33A 2Q8LA 3KVLA 1EP1A 2J88A 4NJKA 4RZ6A 2OT0A 1R46A 2WNNA 3NQDA 1NEYA 5FEWA 3S42A 2V30A 4ZVJA 3FKRA 2YXGA 3PSWA 4GUIA 2B0MA 5AN7A 1H60A 3GYEA 3EX6A 1GOXA 3C52A 3HPSA 3P61A 1I45A 1UBSA 1LOLA 2CFFA 4MZ1A 4UTTA 4NJJA 4ZQOA 5IBXC 3UWWA 1DJQA 1ZCOA 3CTLA 4UTUA 3JRKA 4Y90A 2JGQA 4LRSA 1ICQA 3GDTA 4GWEA 1XBZA 3DFPA 5KMYA 1M5WA 3ZWSA 5LGXA 3LB0A 3P7YA 1JCMP 1DV7A 1BTMA 3TC6A 2E77A 5F2LA 3QMTA 5EKYA 4YL2A 3NA8A 1Z42A 3I7QA 3NPVA 3SGZA 3GXPA 1OX5A 1DQXA 3PG8A 3LTYA 4Z0JA 2NV2A 5FESA 1L9WA 4NXKA 4O19A 5I3HA 3MUXA 4I7UA 3RFAA 3S1VA 3TFXA 2JK2A 3W7LA 1S3HA 3TMQA 1W56A 1WXJA 3TROA 1R2TA 4O50A 4JTKA 1DL3A 1SZFA 2Y61A 1TJRA 4HPXA 2VOMA 1ADOA 4UTWC 4MPQA 3B03A 4NX0A 1LBFA 3L2IA 1T0OA 3ABSA 4WY0B 2H3BA 2NUXA 2NXHA 4NZJA 5DCBA 1KM5A 2CZDA 2WSQA 1SU5A 4IMEA 4K37A 4I7VA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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