1TPF | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	MSKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Comparison of the structures and the crystal contacts of trypanosomal triosephosphate isomerase in four different crystal forms. pubmed rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	94
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1994-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tpfA00

3OVRA 1VCFA 3RF9A 4CCDA 2FDSA 2H90A 4FNUA 5CGQA 3TV8A 2FLIA 4OU1A 3PG9A 3F03K 3S5ZA 1EUAA 4JTJA 1H7OA 4ZQPA 2QUVA 2HTMA 3CHVA 4P2VA 2C16A 3UY8A 4I9AA 3TUUA 4HNVA 1NF0A 3HPXA 4UC5A 3A24A 4JTSA 1KFEA 3LTPA 1AW2A 3H55A 3UNDA 4M5PA 1SR9A 4UTKA 3HBLA 3W2NA 5CZTA 3PBVA 4UFHA 4H4IA 4QITA 3N9SA 4EF9A 1UUOA 1GVFA 2V2HA 2JGYA 2A4AA 3GIYA 3P60A 1EP2A 3WK2A 1M7OA 3VCRA 3CWNA 1ICPA 5AHNA 1G4PA 4M7SA 2XFWA 3GLCA 1HO1A 5AB3A 5G2IA 2V0TA 3EWXA 5FF4A 3HGRA 5HJLA 2YR1A 1FXPA 1TV8A 3TXZA 1G4EA 4ZVJA 3NQ6A 2ZRWA 3THAA 5U4NA 3UWWA 3W7GA 3LDVA 1K8YA 3W87A 1SW3A 5CZJA 2X1SA 5I3FA 3ANYA 1KBJA 1P0NA 3W7HA 3C6CA 2TPSA 4K39A 5I3IA 3P80A 1UBSA 3TNOA 3I6RA 1LOLA 1DJNA 4FNRA 4J9JA 2P10A 3B0PA 3HG5A 5HWJA 1W5MA 3C2FA 4E2BA 3IGUA 1EWDA 3CLMA 3IIPA 1X1ZA 2W79A 3HJZA 1VPXA 1W3IA 4N9EA 1YDNA 2QCDB 1XBYA 3W9ZA 3DI0A 5AFDA 1WYIA 3E9AA 1T8XA 5I3KA 3NM1A 3RLVA 3SIZA 4D2JA 2DJXA 2E6AA 4LOCA 1I2RA 3TQVA 2E6DA 2Y7GA 1AL8A 2YFNA 1LYXA 2GVJA 4MOZA 2QDHA 4NJKA 4JTIA 2JK2A 4UFMA 2J27A 3G3DA 1N55A 3L5LA 4AHPA 3PR2A 3NYZA 1BWKA 4JIPA 4R53A 3MP5A 4JTHA 5K4XA 2GJNA 3BLFA 4UTMA 1NEYA 2C18A 5DY3A 4LVAA 1X7FA 1XBZA 2E5CA 4WXZA 2DZWA 1IIGA 1GOXA 4DF0A 1B3OA 3GDMA 4IMDA 1H60A 4X22A 1DKWA 3FJ6A 4O17A 4JTGA 3HPZA 3S5OA 5FF0A 4HNNA 1RR2A 3WJZA 3BW2A 4R33A 2NXGA 3IVUA 3L5MA 5F4WA 3CT7A 4IWWA 4LC8A 1S5VA 2FJKA 3GAKA 3O06A 1XBVA 1JCJA 3DU0A 5FEZA 1SO5A 2FQIA 3CIXA 1EP3A 3DKLA 3QEZA 4ZMGA 1QO2A 4LV9A 1H1ZA 1VRDA 1OFDA 1ZAHA 1KW1A 2QAPA 2CLKA 3INPA 3B0UX 2A7RA 2GOUA 3LCLA 4OWGA 1QFEA 4MYAA 2CZDA 4RKAA 1JJKA 3B04A 2BTMA 3PAJA 1JR1A 4DF2A 3W2KA 1JCXA 1N8FA 5HUPA 2WO5A 1F05A 2NX9A 4MIMA 2ZZ5A 4NT0A 4O4VA 3BK0A 1VR6A 3FEMA 4O50A 3NZ1A 3W6YA 1TTPA 1LLZA 4QISA 4AF0B 1Q3NA 4GUJA 3W76A 1SZNA 2NUXA 1H1YA 1T96A 3V75A 1PVNA 1O4UA 4PODA 1KM2A 1KFKA 2JKPA 3GNNA 3HGJA 4XKYA 1YTEA 3R13A 1J2WA 3OBKA 4QNEA 3UQNA 2B7QA 4ADSA 3W7LA 4RZ6A 1W8SA 5G4EA 2H3DA 2ZA3A 3TAKA 5LNWA 3EXTA 5G1YA 4RX0A 5TQLA 1R47A 3BG3A 4FX7A 4JICA 3TJLA 1F5ZA 1G7UA 4A22A 3MO7A 4LTSA 3W23A 4HHPA 1O5KA 1OVDA 1GWJA 2QCMA 1OX4A 1DORA 3FOKA 4GC4A 1MSSA 3G1DA 3DHDA 3QM3A 5K4ZA 1GPWA 4IXHA 1YDOA 1GYNA 2A7PA 1GTHA 1MEHA 3FIGA 3TC6A 3FYPA 3W2UA 3SGUA 3ZS4A 3HB9A 5EA9A 3PWAA 3NA8A 3WK0A 2E77A 3W1MA 3KOFA 5EBUA 3R89A 1JRBA 2NX3A 3THQA 3LOTA 3T40A 1BWLA 4BK9A 3NPWA 3I7RA 1H63A 1Z48A 1AG1O 2F84A 2A21A 4A29A 5HMSA 5FEXA 3LB0A 1XUZA 5F4XA 2CWNA 1YDVA 3HG3A 1BKSA 3G22A 2A1YA 2Y85A 5AN7A 1H7PA 4QAIA 3CM4A 4LV4A 1HTIA 4UCGA 2C15A 3P61A 2ZA2A 3UWYA 2RH9A 2WPBA 2ZZ6A 3I65A 3LGEA 3ELFA 4NXSA 1WAUA 4GUGA 3T78A 1A5BA 2PE4A 1ZALA 2DU2A 2P0OA 2ABAA 4CNNA 1NFBA 1PCKA 3QF0A 4AH7A 4Z0SA 3GB6A 3EX4A 3F1QA 5KITA 3EKLA 5F1VA 3VE7A 3IIOA 1J5TA 1W56A 1TSIA 2CLMA 3P5YA 4K8EA 4FNSA 4JTLA 4DQWA 5BOOA 2WQPA 2Y6ZA 5I3HA 4UFIA 5BRBA 3O16A 1D9EA 3GKAA 4IMFA 3PSWA 5G2WA 1UJPA 6TIMA 1DHPA 1K7FA 4FEZA 3IIXA 3LERA 3CTLA 5EMUA 1BTMA 1FWNA 1VLWA 1OHLA 2Z1BA 3E96A 3R12A 4GE8A 3MMTA 4M6QA 4ZQMA 4LNYA 4R34A 1N7KA 4UMAA 1KM3A 3RK8A 4RR4A 4RXFA 2ZRYA 4WY0B 3MP3A 5EPDA 2W6RA 2GQ9A 5E0KA 3SY5A 4FO4A 3Q37A 3QFEA 1TPH1 2Y89A 2QJIA 1YTKA 2QKFA 1XXXA 4EF8A 1XM3A 4LVDA 1EB3A 3VNDA 1I45A 4UTJA 3RLUA 1K8XA 3B4UA 3NEVA 4LT9A 3S5NA 4HN4A 4NVTA 3CIWA 2YW4A 3B03A 2CFFA 2EGZA 5F2LA 3STGA 4CQAA 3W1RA 3NQMA 3L67A 1KTNA 1W5PA 3H53A 1VCGA 5FF2A 3GZ3A 1XFBA 4DELA 1W5QA 5LKYA 5AHEA 2ATMA 3W88A 1QR7A 1DBTA 1SZGA 3KVLA 4CQ8A 1G67A 1JCLA 3A23A 4QIUA 2O7SA 3UY7A 3GXNA 2FPTA 3I7QA 3LCHA 4LRTA 4IXXA 3TU9A 1ME9A 4E2DA 2TRSA 3QQ1A 1ONRA 2YZRA 5L9FA 1EEPA 3PB0A 5AHLA 3P62A 4O1BA 5AHIA 1LP6A 5D2YA 5DBTA 1LRQA 2E68A 3S8HA 3SECA 3M0ZA 3QQ0A 3LCFA 1VYRA 3W22A 2AGKA 3DENA 2Q3OA 2CLOA 4XQ6A 1TTIA 4XTDA 3KRSA 3P7YA 5DLCA 2VKZG 3BG5A 3LTYA 1SQ7A 3TFCA 5KZDA 4K8HA 3G1FA 1KM0A 2W0UA 2V81A 1QOPA 1LOSA 3LHZA 3NGJA 5D03A 5C2XA 3QMTA 4AEOA 1YXYA 3IV3A 1GG1A 2GJLA 3CEPA 1C9DA 4NQ1A 2X1RA 2FPVA 3MUXA 3RNDA 3W2LA 3GYEA 3SFKA 5AC7A 3M5XA 4O52A 1KFBA 3NO5A 2H8XA 4DBEA 3P67A 3LHYA 5K2ZA 5HR7A 1T0OA 4UNLA 2NWSA 3C52A 4LS0A 3UZJA 1QDSA 3M41A 4K6AA 4HNTA 4FHAA 4ZQOA 4MZ8A 3G1YA 3PUOA 2GUUA 5ABTA 4O4WA 2V5BA 3TDFA 4O16A 4L4LA 3GKFA 1OFBA 3TIMA 4IMCA 3P74A 1AW1A 1W37A 2WNQA 4HSNA 4A3UA 3LRLA 3SGZA 3FFSA 2OX1A 1TRDA 2ISSA 4O1AA 3M44A 3FKKA 1F6PA 1SZFA 4AWSA 4WOQA 3DFSA 4IGHA 4FX8A 1GTEA 4AB4A 3KHJA 3G0SA 3TW7A 3W2MA 5DCDA 3UZ5A 4C1KA 3EKZA 2Z6IA 3VE9A 2QCEA 1PV8A 5D38A 4ORIA 1ZFJA 3FS2A 3ATYA 4HSOA 3UWZA 1MXSA 3C2RA 3LCGA 4TX9A 2DZVA 1ICQA 3P84A 1FCQA 1IIHA 2Y63A 3F4NA 4RZ5A 5DBUA 2QCDA 1PL9A 2NUYA 3KFTA 5D05A 4RZ4A 3WFAA 4N4QA 4WXYA 3TMQA 1JCYA 2R94A 3PVFA 1LBLA 5HQEA 3G8EA 3W1XA 2WNNA 2OCZA 4N6EA 1QCWA 2NLIA 1OYAA 1XDMA 1K7XA 3EB2A 3G3MA 4TIMA 1R2RA 4TU1A 2CLHA 4Z1AA 4OV9A 4MJMA 3ABSA 1GJPA 1DQXA 1FDJA 1ADOA 4ONVA 3EX2A 3DFOA 4LWWA 2DORA 3ABQA 1LORA 4PFMA 1I8JA 3MI3A 3L5AA 1YADA 3IGSA 5IBXA 4PEKA 5CKSA 4PC8A 4L4MA 4EWND 1R30A 3EXSA 4UFLA 3T44A 1RQHA 1KFJA 1X1OA 4UXDA 3QJAA 1BEUA 1ZNNA 3W7RA 4QQ3A 2B7NA 3I68A 5CG7A 2QAFA 3MI2A 1Q6RA 2ABBA 4IX0A 5F2MA 2J6XA 4MPQA 2EKCA 4FIQA 3BPWA 3LI1A 2WNZA 2BSLA 4O0KA 4O19A 5IM51 4LS1A 1UASA 2YSWA 4S1FA 3TK7A 1TYGA 1FY6A 4ZL1A 3NQAA 2O7QA 2OT1A 1D3GA 4MZYA 2WV8A 1H62A 1I2PA 2J9YA 3LXBA 3NNTA 3M5VA 4UTWA 4M6VA 1FWTA 4O14A 1ME7A 4G1KA 4MY1A 3SR7A 2WSQA 4Z08A 4CCEA 1QWGA 4DO5A 1JCMP 1MO0A 1KM6A 2OT0A 3LLDA 2NUWA 3EXRA 1OF6A 3O6CA 3GVGA 2RKXA 4AWTA 1QPRA 4AF0A 1LRTA 2ALDA 3V1PA 3C4UA 2ZZ7A 2GVGA 2VXNA 1NSJA 3PUDA 3G1XA 4KFPA 3MHGA 1CW2A 4M19A 3TJXA 1A5CA 3LRMA 3NM3A 4IX2A 1KV8A 5LSMA 4IPIA 1TPVA 3FA5A 1S5WA 4POCA 3HGSA 3FJLA 4NZJA 1VCVA 5GVJA 4U28A 1TJPA 1Q6LA 2WSRA 1QNVA 1M6JA 3L0NA 1IXPA 3UWUA 1F2JA 2CLIA 2EHHA 3A5FA 5K9DA 4O1DA 2C3ZA 4JX5A 5D33A 1VJIA 1DL3A 1SPQA 4UR7A 1ZAJA 4H6KA 1THFD 4OQVA 1Z41A 3W7OA 4N9CA 1HUVA 3S9YA 1YXCA 4RLIA 3E12A 4M6PA 5D30A 3HGOA 4MZ1A 3G1SA 2VFFA 4JEQA 3PF3A 3GR7A 1FUYA 1O95A 4FNTA 4WY0F 3W1PA 2QCNA 1AK5A 2EPHA 3BARA 3M16A 4PCFA 1U83A 3HG2A 3CEUA 3DH7A 2X1TA 1JUEA 1GQNA 4RXGA 3NQGA 3LRKA 2PCQA 4WQ6A 4O15A 1XKYA 1OFEA 3HF3A 3N73A 3P8JA 2R14A 2Z2UA 1LCOA 2H8ZA 3STCA 3TQ0A 1SO6A 3NL3A 1JVNA 2Y7FA 2Y61A 2ZDRA 1GYLA 4AXKA 2C14A 4KFOA 3EX6A 2Y88A 4NJIA 1W5NA 1EPXA 5CSRA 4BR1A 3ZWSA 4YXGA 5D2XA 5DCEA 3NQ7A 1I2OA 2VENA 3TAOA 4Y6GA 1PHWA 1CX9A 2VFIA 3DGRA 4GUFA 1G6CA 4UTIA 2ZZ2A 3GR8A 5DELA 3LHWA 4Y8FA 1HO4A 1XC4A 2J9ZA 3TSDA 2ZBTA 3HMJG 3Q94A 3QRHA 2YW3A 3OIXA 1LTDA 5I3GA 5HUOA 1OYCA 3D0CA 5CSSA 2DZXA 4ZQCA 4JR5A 5CPLA 4E0CA 1ZY9A 3N9RA 3S0CA 4K36A 2R8WA 3IVTA 1NAL1 4WX2A 3NPUA 2Z0IA 4NZFA 4H3DA 2C13A 3OVPA 1D3HA 3ZR4A 4K38A 2VC6A 1LBFA 1R2TA 5IBXC 4UFJA 5D2TA 2B0MA 2NWRA 1TIMA 4U4MA 3UPWA 5U7SA 4NUWA 3C2OA 3LXAA 5FI8A 3VFLA 3IEBA 3W7DA 3ATZA 4QNWA 1WX0A 1P1XA 5FF3A 3BGGA 3PS7A 4AAJA 3G0XA 3TSMA 4Z1CA 3LM7A 4OT7A 3UD6A 3MHFA 1GG0A 1KTCA 4JDBA 3LTSA 3EWUA 3W3OA 3O07A 2V30A 3VI2A 1ZJIA 1PIIA 3LLFA 1YPFA 4WY0A 4ADTA 5DY2A 4ORMA 1FCUA 1ZENA 4O0ZA 4UTWC 1RZMA 3TX9A 1KTBA 1X6UA 3QMRA 2C0AA 4BWLA 3LXCA 3O8AA 3NG3A 5A5WA 3DAQA 4DXVA 4HNUA 5BNKA 3NXFA 1H50A 2E1DA 3KVKA 1TPWA 1A50A 5AYZA 5DXXA 5J5RA 4N2YA 5HNRA 4NJGA 4LC6A 1LROA 3LHTA 4MFEA 4RJEA 5LNVA 1TPC1 4HKPA 2OZ0A 2TYSA 3W7KA 1GT8A 2G5WA 2QCFA 5AYYA 4LY8A 4YL2A 1TPB1 1HG3A 1WA3A 3BLEA 2QUTA 4PH6A 3PULA 4DBDA 2A6NA 5H91A 2E5BA 3CC1A 1C8VA 3MYOA 1R2SA 1VQTA 1KM4A 7TIMA 5BW6A 1GVRA 1O94A 3C2VA 3YPIA 1XCFA 1MEWA 3BW4A 1ICSA 4GJ1A 4JY8A 1OK6A 1U5JA 5KMYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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