1TREA

The structure of triosephosphate isomerase from escherichia coli determined at 2.6 angstrom resolution
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEMYIDMAKREAEGSHIMLGAQNVNLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQPDIDGALVGGASLKADAFAVIVKAAEAAKQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of triosephosphate isomerase from Escherichia coli determined at 2.6 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Intramolecular oxidoreductase
source organism Escherichia coli
total genus 87
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1992-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1treA00
1Q6LA 2OT1A 2CZDA 4WD0A 3M41A 2C16A 1UCWA 2R94A 5EKYA 2CLFA 4MJZA 4QSHA 1FXQA 1RD5A 2FLIA 1EIXA 4N6EA 3FFSA 4PH6A 2DP3A 1QPOA 2FPVA 3EX1A 1VLIA 2B7NA 5TIMA 4UTWC 3TJXA 4XTDA 2GQ8A 4ADTA 3KHJA 1T0OA 1DBTA 2E6YA 4UIOA 4DF2A 1JUBA 4DELA 4KFNA 4LC6A 1XC4A 5U4NA 3FA5A 3NA8A 4MJMA 1VZWA 4O1CA 4O28A 4CCCA 2WNQA 2A85A 1CX9A 3EX4A 4CNNA 2I14A 3FYOA 3PVFA 3HIJA 4D2JA 3PSVA 3RNDA 2QUVA 2HS6A 4Y8FA 5F4XA 4I9AA 4EF9A 3AO0A 4RXGA 1X6UA 1LP6A 3NL5A 3LB0A 1TTJA 2NZLA 3B05A 4AH7A 1RZMA 3SI9A 2GVJA 1MEHA 1VR6A 4LUJA 1IXNA 2ZRWA 3MBDA 1SZEA 1K02A 5G5IA 5CPLA 5K4ZA 5J5RA 4NJKA 1TJPA 3LX9A 3TAOA 4O1DA 3N34A 1UUOA 4UNLA 5CPOA 1OX4B 4KWVA 3NYZA 4BI5A 3DFPA 1YLVA 4Y6GA 4UFLA 3FJ6A 1GT8A 3RF9A 3WJZA 5I3JA 2JGYA 1W31A 3L0GA 3NVTA 3PUEA 1XI3A 2EAWA 5FEXA 3PM6A 5KZDA 3EWWA 1WOBA 4GUJA 3KRSA 1RQEA 1UUMA 2P1FA 4LTSA 4BWLA 3LV6A 1UB3A 3P62A 3PG9A 3W73A 1P4CA 4BI6A 1TV5A 2FIQA 1S5WA 3N3MA 5G2WA 2Y7DA 5K3VA 2ZZ4A 1VYPX 3NOEA 2DZVA 3DFNA 2G96A 3O1NA 3PF3A 2NWSA 1TJRA 3JR2A 4JN6A 3PBWA 1H63A 2CZ5A 1X1OA 3HG4A 3QSTA 4PL2A 4Y9AA 3MBFA 4NQ1A 1AG1O 3GZ3A 4QM1A 1WDWA 3H54A 1G7UA 1A5CA 5A8GA 2VFFA 2DZSA 3NQGA 4PL1A 5D38A 2AGKA 1SU5A 1VYSX 2W0UA 2WO5A 4XZ9A 3HGSA 1KM4A 4OGZA 2ISWA 4XBKA 5ABTA 3DI1A 5AYXA 4TU1A 3HG5A 3GX9A 1VCFA 3KXQA 3N73A 3HMJG 2ZZ7A 4AMAA 1PS9A 3BG3A 4LV9A 2ZYFA 4E2BA 2GQAA 1LRNA 1KA9F 1FCBA 1AL8A 2H3DA 2X16A 2H3BA 3TCEA 1KM6A 4ZMGA 4LVBA 1FWWA 3FKRA 3LTYA 2RDWA 3M1ZA 1ZAHA 3GAKA 5F4WA 1R46A 2ATSA 3NQ2A 1T96A 2ZRZA 4GUIA 3G1SA 5FEZA 5KZMA 4O1AA 5EPDA 1TQXA 2HSAA 1QPQA 1P5BA 3QC3A 1TRIA 5D03A 2CLMA 1JQVA 3MI2A 1I2QA 4UR8A 3S8HA 3QH2A 1H1YA 4YXGA 2ZCGA 2Y63A 2EF9A 3W7IA 5E1QA 3DU0A 3W1PA 1PL9A 1SFLA 4GC4A 4NNAA 3NO5A 3OBKA 5D05A 1SUXA 4O10A 3P74A 5CZSA 2BX7A 1WQ5A 2FB3A 3TSMA 3NM3A 2DZXA 1XBXA 2G5WA 3HGRA 3CEUA 2EHHA 1FWTA 5AC8A 5K4XA 1OFEA 3LHVA 1G4EA 2NXHA 3LXCA 5CKSA 2CZEA 2OCZA 1LOLA 5G1YA 4UMAA 1S5VA 3MMTA 1TPB1 4O57A 2E6FA 4HT3A 4OU1A 3B0VC 4IQLA 1JQXA 4JTGA 4LS0A 5LSMA 5AHMA 1SO4A 3W70A 3P7YA 3AJXA 3LCHA 4N4PA 3WJSA 1J5TA 3TAKA 1MSSA 5CZTA 1K8XA 2VOMA 4UFIA 5D37A 3ATZA 3G18A 2VC6A 3C2OA 2C13A 3S5NA 4MIMA 3TX9A 5DY2A 5KTLA 1Q6QA 1R47A 1F05A 5HMSA 2ZDRA 3MP3A 1QWGA 1OYCA 5BMWA 1VQTA 3NL6A 4JDYA 2VFGA 3NPVA 1DOSA 3CWNA 3GIYA 4K6AA 4LVAA 1QNVA 4WX2A 3IVTA 1OF6A 1JJKA 3PULA 3N9RA 3W22A 1I2NA 3BPWA 3NQ8A 3C2RA 3NNTA 4HNUA 1OF8A 5EL1A 3P60A 3LRKA 1LBLA 4M6VA 1SSDA 1W56A 3THAA 3IVUA 3W86A 2A21A 3C4UA 2J24A 1DJNA 3GK0A 1IIGA 3CB8A 3NQDA 2P0OA 3C0JA 1LRQA 1AMKA 2R14A 3W7EA 4QJ1A 3Q94A 3C2FA 1YXDA 2WV8A 3V75A 1SPQA 3GXPA 2A2IA 3N2XA 4AEOA 1KM1A 2BWGA 3LCGA 4G1KA 3B8DA 3OVRA 3BLFA 5I3IA 4XKYA 4MY1A 3E9AA 5I3KA 2YW4A 5DBTA 5EA9A 3C52A 2C19A 3GNNA 3GR8A 5AB3A 1LCOA 1W5QA 4IXHA 3UPBA 1XBZA 4DPQA 3W2NA 5HQEA 3G24A 4YCPA 4JNMA 2GQ9A 5F1UA 4EWND 4Z0JA 1W0MA 3KOFA 1YTEA 1XCFA 1JCMP 2ALDA 4FNUA 3M6YA 1QO5A 3B04A 1O5XA 1XDMA 2VFDA 4A3UA 1FXPA 1C29A 3QMRA 3S6DA 1B9BA 4UFKA 1Z48A 2ZFAA 4N6FA 4RZ6A 5CSRA 1W1ZA 2GOUA 3UXAA 1JR1A 1FWSA 4HHPA 4YCOA 3BGGA 2QDGA 2WNZA 1TTQA 4UCGA 2CLEA 1GVOA 4UUIA 2NXGA 2J88A 1SZGA 1NSJA 3WK0A 3SGUA 1ICPA 1F73A 2ATMA 3PB0A 3GAYA 3G3DA 3NGJA 4IMFA 2C6QA 5DXYA 2JK2A 1KM2A 1GVQA 1ZNNA 4Z1BA 1NF0A 3S9YA 3TK7A 1B3OA 4ICNA 2BTMA 3QPZA 3QSRA 2RDTA 3TSBA 3IGUA 3LRMA 3FYPA 3DFTA 3B4UA 2E6DA 2V30A 3LHYA 1K7EA 3UWZA 3PSWA 5E93A 1HO1A 5D2VA 1W5OA 3I65A 5C55A 1W3TA 2QAFA 1I4NA 1S5TA 3FS2A 4QQ3A 2E5DA 3PUDA 1YADA 3ZFHA 3GDTA 5G4EA 3S5OA 3GNDA 3NXFA 3BK0A 5CGQA 1X7FA 1QMLA 3CHVA 1GYLA 4AF0B 1JVNA 3EKZA 1K03A 1KM5A 1LBFA 3W72A 4CNPA 5BW6A 3B0UX 1R2RA 5KSWA 3VI2A 2YCEA 3GXTA 1A50A 1THFD 1L6WA 3G8EA 2ZZ1A 3W7JA 3VNDA 1LM1A 5EMUA 3O15A 4O54A 4W9TA 3HPSA 2CZFA 5EBUA 4FF7A 3L5AA 5KINA 2HS8A 4O0ZA 3A9IA 4PA8A 4JTFA 1YDOA 3PY2A 3SIZA 3KVLA 2F84A 3CIWA 4WZHA 3E12A 1XXXA 1G4PA 3T40A 2WNNA 3PAJA 3GR7A 4H4IA 3EWYA 3G1XA 1VCVA 2YW3A 1XUUA 3RLVA 3G0SA 3TR2A 3TIMA 3S0CA 3O63A 2C14A 1WYIA 3W7GA 3LGEA 3GB6A 3N14A 1JUEA 5K7JA 1TTPA 1ONRA 2X30A 3W7LA 4JTHA 4LW7A 4JX5A 2PE4A 2A6LA 1DHPA 3TFCA 1JCNA 2ZRVA 5LNRA 3L5LA 1ME9A 4UTHA 1Q3NA 1NVMA 4EIVA 2CW6A 4JX4A 4O50A 1OK4A 3S5ZA 3BARA 4LV4A 3EXRA 3LCIA 3OVPA 3G1YA 1D3GA 2H6RA 2PC4A 1YTKA 3L21A 3L5MA 3M9YA 3GKFA 1X8FA 4Z0SA 3TUUA 4I7VA 2QCDA 3S1WA 3PR2A 2WPBA 3W2KA 4XKYB 3VCRA 3W83A 1KV5A 3EWBX 1GZGA 4UNKA 2ABAA 2GPTA 2CFFA 1W54A 3ABSA 2Y62A 4CQ9A 3N9SA 5FF4A 3DKJA 4NUWA 1KM3A 3V1PA 4O18A 2ZZ2A 2A5HA 3GYEA 1FDZA 4GUFA 1FY6A 2E77A 3W1MA 3W6YA 3BV4A 3OHIA 3QZEA 2CLIA 4GE8A 3M43A 1M6JA 3FKKA 1W8SA 1P0NA 3BG9A 2BXVA 5AHFA 3TDFA 1DQWA 3UWWA 1YDNA 2EKCA 5F2LA 3H55A 3LHUA 1J4EA 5DCDA 2XFWA 3QQ1A 4DO5A 3BG5A 3LV5A 2BZNA 5I3FA 1I45A 1TYGA 1LLWA 1VRDA 3R2GA 1KM0A 3BW4A 4IPIA 4QNEA 4JTEA 4HSOA 3W1LA 4X2RA 1KTBA 3WJWA 3TMQA 5D09A 3W2LA 4Z1CA 3IIOA 2NLIA 4IXXA 3WFAA 4MLRA 4MLJA 2RDUA 3F03K 3W74A 5F2MA 4NX5A 4DF1A 4JTLA 3EEGA 1SW0A 4HPJA 1F5ZA 3W7RA 3O8AA 3TROA 3W75A 4POCA 3E96A 2FTPA 7TIMA 4X22A 4O13A 2ABBA 4M6PA 4TX9A 5G1TA 3I7RA 1GYNA 4ADSA 2AAMA 2B4GA 2QUUA 1Z42A 4MPQA 5HUPA 1L9WA 1V5XA 1PIIA 4HPXA 3SSJA 1G67A 5FF2A 4O17A 3MYOA 4OHQA 5EYWA 3FIGA 1XBVA 2X1RA 4NNBA 2H8XA 5LHEA 1IIHA 1TIMA 3GXNA 4MOZA 4UMBA 2VENA 3W1TA 4MY8A 3G0UA 4LRSA 5AOUA 2PCQA 4Y96A 3M5VA 3IIPA 2V2DA 4DPPA 1KFKA 1V7YA 5MHBA 4HSNA 2VELA 4JX6A 3MI3A 4GUHA 3UXDA 1X1ZA 2QF7A 4TO8A 3TH6A 3LTSA 4LY8A 5FF3A 4M7SA 1SQ7A 1B4EA 4UFJA 3NEVA 1W5NA 5LKYA 4ONVA 2ZZ6A 2VEMA 2ZA1A 4GWEA 2CLHA 2TPSA 1FDJA 5HULA 4XWUA 2YSWA 1TO3A 3W7NA 4PODA 1H7OA 3F4NA 3LCXA 5LGXA 1BKSA 3NPUA 4FHAA 4DBEA 2B7PA 4P61A 4FXRA 4NJGA 1J2WA 5LNWA 5C5YA 2DORA 2YZRA 5AHEA 4UTMA 3I7SA 2Y6ZA 3UD6A 3T55A 1QCWA 4NJIA 3P8IA 1AW5A 4JICA 4U28A 1ZAIA 3NZ1A 1FBAA 1O95A 3NAVA 3S42A 1H60A 1DJQA 3A21A 2QCDB 1ZALA 3SJ3A 1KBIA 1MO0A 4R34A 1JCXA 3QW3A 4FX7A 1ICQA 4JD4A 3UZJA 5D30A 5DXXA 1D3HA 4AWUA 4TR9A 3W1RA 1GTHA 2FJKA 2PRMA 1OFOA 3G1AA 3VKJA 2Y61A 4PFMA 3M47A 3W2MA 3TJLA 2YFNA 3B03A 5CPNA 1OFDA 4BI7A 1I2OA 3UWUA 1KLZA 1R2SA 1VHNA 4IMGA 4JY9A 5DCBA 3BLIA 4CCEA 1VGAA 3M5XA 4FNRA 2ZRYA 1WV2A 3TW7A 4RR4A 3CQ0A 1SFJA 1OHLA 3MW7A 2JGQA 3LLFA 4O53A 3FEMA 3M0ZA 3KVMA 4A29A 4QIUA 1K3UA 1VHCA 5D2TA 2NV2A 3W84A 3KVJA 3NQFA 2OZ0A 3SECA 1SO5A 4HNNA 4LVGA 1TPH1 3KVKA 5TBOA 4WQ6A 1QOQA 3C6CA 3NQ7A 4S2CA 1IGSA 4MVAA 4Q4KA 3W1AA 4K8HA 4A2RA 4XUGA 3GDMA 2H8ZA 2IQTA 2C18A 3T78A 2RKXA 3S1VA 4YL2A 3NR0A 3PUOA 3QMTA 2QDHA 4GUGA 3CWOX 1AW1A 4PCFA 4MZ1A 3P81A 3MO7A 1Z41A 1A5AA 5BOOA 5FF0A 2R91A 3HGJA 3T4CA 4EF8A 1MXSA 3TW6A 1NEYA 1H61A 1SZFA 4GXMA 1S3HA 4RLIA 4MUZA 3LXAA 2X2GA 3SZ8A 2QR6A 3D0CA 2E68A 1K7XA 2GJNA 3M5ZA 4UTJA 2E1DA 3P5ZA 1PV8A 1LYXA 1EPXA 3S1XA 2QCEA 3G1HA 3HF3A 2UV8G 3UY7A 1FDYA 2VEIA 2YDAA 4H3DA 1DKWA 5H91A 4K7YA 2DZPA 5I3HA 3GVGA 2TSYA 2QCFA 1ZFJA 4WOZA 4PEKA 1B4KA 2VEKA 4DO4A 3M16A 3CC1A 4LRTA 4FIQA 2V81A 1KTCA 1ZAJA 2GVGA 3W2UA 3STGA 2QKFA 4BFAA 3IIXA 3PWAA 3VE9A 4BWLC 5HWNA 3MHGA 4UFMA 2QUTA 1L6YA 4Z1DA 5DY3A 4JS3A 1A53A 3HB9A 4RKAA 4A2SA 3WK3A 1LROA 1NF7A 1LZOA 3SGZA 1OK6A 3NDOA 1KFBA 1FUYA 4JYDA 2NWRA 2B0MA 4LS1A 1YXCA 3HG2A 4FO4A 3W7PA 3KFTA 5FEWA 4NX0A 3GLCA 3S1UA 2VFEA 5D2WA 2HTMA 4M6QA 4O14A 4K38A 3HJZA 1U5JA 1EUAA 2V0TA 3SR7A 1OX5A 1ICSA 2Z6IA 3C61A 4UR7A 4E0CA 1CI1A 3U6WA 3LDVA 4JR5A 2EGZA 3OG3A 2Y70A 5F2IA 1XL9A 3L9CA 4OV9A 3ZS4A 3G22A 2E5BA 2J27A 4OV4A 4DXVA 4YMZA 4UTWA 5CSSA 3NQCA 4GNJA 3UWVA 4MFDA 1OABA 3RU6A 1ZY9A 1JRCA 3ZWSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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