1TRI | Genus

Total Genus 96

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	242
structure length	239
Chain Sequence	SKPQPIAAANWGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The crystal structure of an engineered monomeric triosephosphate isomerase, monoTIM: the correct modelling of an eight-residue loop. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	96
structure length	239
sequence length	242
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1993-10-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1triA00

4HPXA 4GXMA 2YW3A 2BLEA 4LV9A 4X22A 3RFAA 4KWWA 3R5EA 4Z0SA 1P1XA 2C0AA 4U28A 3MMTA 1JUKA 2DJXA 3HMJG 2VC6A 3WJSA 3TFCA 1QMLA 3NO5A 1T96A 5IBXC 3W7CA 4NJGA 3GDMA 4GJ1A 1L6WA 1TPC1 2DJLA 2GVGA 4RV8A 2CZ5A 3SW6A 3CTLA 3U8GA 1Q6OA 3HG5A 4OQVA 5C54A 4A2RA 2C15A 4K6AA 3LCGA 5CZTA 5D37A 3C4UA 2CLMA 2VEKA 3SY5A 1KBIA 3KHJA 3E12A 1HG3A 1LLZA 3LV5A 2XN1A 1LOQA 2E1DA 5F4SA 3N9SA 2NX9A 1TPDA 2WKJA 5LHEA 4WQ6A 1S3HA 2B7OA 1F6KA 4MZ1A 3DAQA 3PUOA 3UWZA 5F2MA 4DBEA 3MBFA 4HNUA 4IMGA 4P61A 3FJ6A 1L6YA 2Y63A 3G1AA 3OA3A 5A5WA 1GT8A 3MP3A 3NDOA 4KFOA 2VFDA 3NQDA 1FX6A 3IGUA 2AQWA 3GR8A 3UZJA 3QMSA 1JQXA 1F7BA 5D2YA 2CLEA 1SW0A 3W2LA 1D3HA 4NJIA 3W87A 6TIMA 1J5TA 4HN4A 3S5OA 1I2PA 3EB2A 4JXCA 5HUOA 3NEVA 1PV8A 1YADA 1YYAA 3UZ5A 1LROA 3WJZA 2GQ8A 3KVKA 1KA9F 1SPQA 4O53A 5D32A 4XWUA 2QR6A 5G2HA 4K7VA 2X2GA 5KMYA 5LGZA 2QCLA 1TV7A 1H61A 4GUHA 1KM4A 2J27A 3GDKA 3OHIA 3GKFA 1SQ7A 3PBWA 1FCVA 3G8RA 1SZFA 4PEKA 1ADOA 4A2SA 4LC8A 1I45A 4RXFA 3IEBA 4R7JA 2Y88A 2ZZ5A 3A9IA 3P60A 3WJXA 4QQ3A 5DN1A 3B0UX 1O95A 3A22A 4FNRA 3BG9A 1UB3A 4NXKA 3M5ZA 4OV9A 3KRZA 1TSIA 1U5JA 3EXRA 3TQ0A 3TROA 4AEOA 2J9XA 1ME7A 2WV8A 1W3TA 3P8JA 1QOPA 1OFAA 4JDBA 1YDNA 3L67A 1TQJA 2YPIA 4O54A 3T40A 4RX0A 1KW1A 2FTPA 3HPXA 1EA0A 2VENA 1H1YA 1KM3A 3W6YA 3P7YA 1JCYA 1LRQA 4WY0F 4UR7A 4MIMA 3TW6A 1IGSA 5EYWA 5AHNA 3PY2A 2HS6A 2I14A 3UXAA 3C0JA 3GR7A 1FWRA 1EP1A 1LDCA 3DFNA 3VI2A 3OIXA 2FQIA 3UD6A 3TR2A 1GYNA 5F1UA 1F05A 4NX5A 4FNUA 1XBVA 2V5BA 1T0OA 2YDAA 4JTSA 3BVJA 4Y96A 3W7EA 1KFEA 1TB3A 3WK2A 4TMCA 1TPEA 2A0NA 5AC7A 1AW2A 1OFRA 1CW2A 3F03K 1B57A 1TTIA 2YW4A 1JCNA 3SJ3A 3V75A 2CLLA 4Q32A 4DBDA 1B3OA 1YXYA 3CB8A 3HGOA 4JTFA 4UIOA 3IVTA 1QR7A 1XI3A 1UCWA 2V30A 2C18A 3TC7A 1W5QA 1WQ5A 3BO9A 3LBCA 1W5OA 1GG0A 1GVRA 1KLZA 3GXTA 4UNKA 3EX2A 1A5SA 5I3FA 2QCEA 4LNYA 4JX4A 1K03A 3GXNA 4O16A 4RR4A 2ATSA 4E2DA 5I3JA 5FEPA 3MUXA 1AL7A 2E5DA 2ZRUA 3MYPA 3O07A 5EPDA 1F76A 1TQXA 5DCEA 1VJIA 1XDLA 4DO4A 4GUFA 2R14A 1GVSA 3G0XA 2H90A 2DZXA 3W72A 3EWZA 1LTDA 1HL2A 4X2RA 1H7XA 3LTPA 3B4UA 4BK9A 3QJAA 1SW7A 4Z1BA 1AL8A 3WJWA 5HWNA 2RDWA 1EPXA 3W7HA 3Q37A 1OYCA 4JICA 4NX0A 3K30A 1HO1A 4JTGA 3CU2A 2GVLA 4UTIA 2QUVA 1ZENA 1MEIA 2ZRVA 2Z1BA 3TV8A 4XBSA 2H3DA 4UTLA 4AWSA 4JYEA 3P8IA 5AHMA 1M7OA 1THFD 4EF9A 2YFOA 3BV4A 3IGSA 4GRSA 2H3BA 4MJZA 1MZHA 1H51A 1XBZA 4PFMA 1RVGA 3NL6A 2WNZA 3H53A 2OMAA 3UXDA 1KLYA 3FJLA 1GG1A 2Y7EA 3C61A 1YPFA 3O6YX 3FS2A 1FDZA 1U83A 1W5PA 3P81A 4O12A 5F2IA 5DY3A 4FB7A 1WOBA 4EWND 3G0UA 3GYEA 2J9ZA 1FCUA 5ABTA 2FJKA 4O1CA 3S1XA 4DO6A 4MY8A 2WQPA 5BMXA 3NQ6A 1DORA 1K02A 2X1TA 2ZRZA 1H1ZA 2CLOA 2FPVA 3C52A 4FIRA 3E9AA 4UMAA 1M6JA 3T78A 4O0ZA 3LRLA 5GVJA 3A5VA 2ZBTA 3NAVA 1FWNA 1GWJA 1WYIA 2B7PA 4I9AA 5I3IA 4ZL1A 2PE4A 2RFGA 2V9DA 4UTKA 2Y7DA 3LLDA 5E1QA 4EF8A 2JKPA 3I68A 3L0GA 4WY0A 2DZPA 2X1UA 4XKYA 4MFDA 5AFDA 3C2RA 4IMDA 4MYXA 2E6YA 2GJLA 3QZEA 3A5FA 1O5KA 1G6CA 4TX9A 3R8RA 4N9CA 2YSWA 2X1SA 3FEMA 1GVFA 4Z1AA 3N14A 3FIGA 2NUXA 1W8SA 4HNTA 4K8EA 4Z1DA 5FF3A 3RU6A 2QJHA 2NXGA 3G1DA 1FXQA 1KM0A 4AHOA 4P2VA 1K8ZA 1HTIA 1QDSA 1W54A 4FXSA 1SUXA 3GLCA 1ICPA 2YZRA 3N19B 1B9BA 3O6DA 1JRCA 3EWUA 2W6RA 4AHQA 1TO3A 1WAUA 2A21A 1P0KA 3RLUA 1OFBA 4O4WA 1LLWA 1QPQA 2OT0A 4M6PA 3ZFHA 4WX2A 4NU7A 1G4TA 4I7WA 4WZHA 3CEUA 2PRHA 5H2ZA 1F73A 3M5VA 4PL1A 4POCA 4I7VA 5HR7A 3TXZA 4JY8A 1Y0EA 1IXQA 3EKZA 3ZR4A 1XDMA 4PTNA 3LHYA 7TIMA 1LOSA 4K8HA 2UV8G 3QF0A 1GQNA 5CSRA 1V5XA 2BWGA 4JTLA 3C2EA 3C8FA 1FQ0A 2ZRYA 1K7FA 1VC4A 3CQ0A 5K2ZA 4FNSA 1JVNA 1EX5A 4ALDA 3QM3A 3EX6A 2A1YA 1Z48A 5LKYA 1X6UA 3NQCA 5AYYA 3WK3A 5DY2A 5LZLA 4UTTC 3CM4A 1H63A 1VPXA 1GYLA 2WSQA 2V5LA 4JX6A 3S5NA 1LP6A 1O94A 2OCZA 4G1KA 3PSVA 1IIGA 1KTBA 3QPYA 4ZZ9A 4WOQA 4NVTA 3PAJA 4OBTA 1JUEA 4QITA 1FXPA 4IOTA 2O7QA 3WK1A 3NL3A 1XFBA 4M6VA 1ZAHA 3PUEA 5CZ0A 3UY7A 5C6MA 5HNRA 3W7RA 3QQ0A 1DV7A 5K9DA 3S1VA 1XUZA 1WOAA 4M7SA 3PBYA 1XXXA 3NNTA 4DPPA 2C19A 4IWWA 4N2YA 3G3MA 1P5BA 3LTYA 3KRSA 1Q6QA 3PC0A 4QM1A 3W85A 4BWLC 1DHPA 4QSHA 5LNRA 3PSWA 3LXCA 5DBUA 1OFPA 1A53A 2DORA 3W2KA 2EAWA 4CLMA 3TC6A 4O15A 5CPOA 3CHVA 3KVMA 3STGA 3L5LA 5K9XA 5H91A 2QJIA 1KM1A 2NV2A 3TCEA 2P1FA 1DL3A 4UTUA 5DCBA 3FYPA 1LBLA 5CPNA 4LU0A 3TMQA 2JK2A 1W56A 5EMUA 3SFKA 2Q8LA 5HMSA 2QEZA 3G8EA 1XL9A 1JJKA 1SO4A 2F84A 2Z6JA 1G4PA 4LVAA 3HJZA 3I7RA 1DBTA 2V8ZA 5BMWA 3VCRA 3P74A 3PB0A 2TSYA 4OGZA 1BKSA 3TJLA 3LRKA 5AHFA 1FCBA 2VFGA 1NAL1 1OYAA 5L6UA 3VE7A 3TDFA 4O50A 1ME8A 1BEUA 3QC3A 5LSMA 1H60A 1VHNA 4LUJA 2FIQA 1WBJA 5CGQA 2ATMA 3ABSA 4LV4A 1H7PA 3W7PA 3M5YA 3HPSA 1NSJA 4OWGA 1EUNA 5D2VA 1W5NA 2C14A 4W9TA 3PF3A 1IIHA 3M44A 3JS3A 4EOUA 2HS8A 3P80A 3KXQA 2DZUA 1C9DA 4JGDA 3M5XA 1H62A 3W75A 4AF0A 4E38A 4O11A 3W1XA 3TW7A 5LNWA 1S5TA 1I2NA 4O52A 2YYUA 2ZZ3A 1TV5A 3DI0A 1OX5A 5AHLA 1QO2A 4M6QA 2WSRA 3HGJA 3MO7A 3L0KA 2X30A 1ZHAA 3M47A 3M9YA 1OFQA 2VOMA 2ALDA 2OZ0A 2V2DA 2NX1A 3I65A 3UWVA 5K4ZA 5K9CA 4WJEA 2Y70A 3W22A 3L0NA 1JCJA 1TPUA 1H7NA 1J4EA 1VCVA 4M7TA 2YR1A 2YFNA 4UTHA 3TSMA 2VFEA 1EWEA 1QNVA 2GUUA 5HUPA 2I1OA 3SZ8A 1MO0A 1KV8A 2CZEA 3LI1A 4IXXA 4CNOA 1C8VA 3T7VA 3KVLA 2A5HA 1XUUA 1YLVA 4IUOA 3E0IA 1XC4A 2Y7GA 1ICSA 3S1WA 1GVQA 3B03A 4HKPA 5CSSA 5FESA 1H7OA 4KKXA 2NUYA 4ADTA 3ABQA 2ABBA 4H3DA 3LI0A 4BI5A 4LVFA 5TQLA 3GDRA 3W1UA 2NXIA 4MY1A 5D2WA 1H7RA 3UNDA 3NZ1A 4UXDA 2I9EA 3UYCA 4TR9A 2EGZA 3GIYA 5J5RA 3W2NA 3LHWA 2X16A 3R13A 1JCXA 3DFTA 5AN7A 5DCDA 1O4UA 4N4PA 2KZHA 2Q8ZA 3QMRA 3DI1A 2DZWA 2NUWA 3TQVA 2Y85A 4C1KA 4DQWA 3L21A 3E02A 3GDLA 4IX2A 1LCOA 4JDYA 5KZMA 1CX9A 3LBMA 1X7FA 3GKAA 4JR5A 4IMFA 1IXNA 3NL5A 3T4CA 3EX1A 4IQLA 2CW6A 3LDVA 1K3UA 1JR1A 3UY8A 1Q6LA 2WNNA 2QCDA 2ZRXA 2E6DA 1TPH1 3LCFA 3P5YA 3DFSA 2VXNA 1H5YA 3PM6A 5KSWA 5BW6A 1NF7A 3ZWSA 1W1ZA 3TA6A 3RF9A 4XZ9A 2WPBA 1MXSA 3NQGA 3RNDA 1KTCA 3AO0A 4EVZA 3BGGA 3W7OA 4Z1CA 4JIQA 4R33A 3GK0A 3BG5A 5HWJA 3W76A 1SZGA 3LERA 4FXRA 4PH6A 2FLIA 3IIVA 2C13A 1LOLA 3Q2DA 5I3HA 4CCDA 3JRKA 3HF3A 4PL2A 1KFKA 4DPQA 3B0VC 3EX4A 1KBJA 3THQA 5I3GA 3DKJA 1SO3A 4Y90A 4NNAA 1W0MA 1YTDA 3HGSA 3T44A 3OBKA 1D9EA 2ZA2A 3TE9A 5D09A 2E77A 4HT3A 3W1MA 3UWUA 2Y6ZA 2DP3A 3F4NA 5I3KA 4ADUA 1WXJA 1XKYA 4TMBA 3LX9A 1OF6A 3W74A 2GOUA 5G2IA 2ZQ0A 4AH7A 2H8XA 5DXXA 4UFJA 3PS7A 4JX5A 3EWWA 3G0SA 3I7SA 4RK8A 3I6RA 2E68A 2Z2UA 3TMLA 3EEGA 2V2CA 1R2RA 2EF9A 1S5VA 4O17A 3O63A 4ADSA 2A6NA 3NQEA 3L2IA 4A21A 3NXFA 4YWIA 2CU0A 4Z0JA 3OVRA 1S5WA 4M19A 3RK8A 2F7FA 2R94A 4GBUA 3EXTA 2PRLA 2PURA 5CPMA 2OX1A 4LC6A 4R34A 1RZMA 2RDTA 3O05A 1W31A 3FA5A 2CZDA 1G7VA 4S1FA 5D30A 4QAIA 4LY8A 1YTKA 2ZZ4A 1TMHA 2QCNA 4LS0A 5AYXA 1QPNA 3NM1A 5KZEA 5AC8A 4J9JA 4XUGA 3GDTA 3S8HA 3USBA 3PR2A 2VFIA 4JTIA 4IXHA 4D2JA 3QSRA 1TPFA 4XQ6A 3CWOX 1QPOA 3AJXA 3IIOA 5EA9A 1AMKA 1PVNA 3NA8A 1G7UA 4DXVA 2QUTA 5SWUA 2A4AA 1K7EA 3KOFA 3MW7A 2JKAA 3B06A 4FNQA 4YCOA 2G97A 1LM1A 3ABOA 3W07A 1LRNA 3GZ3A 5F2LA 1BTMA 1EB3A 1JULA 2TPSA 3TXVA 4LVDA 3TFXA 3TQKA 2QDGA 3S0CA 1VZWA 4QISA 3P62A 3W73A 1PL9A 1LBFA 1ML1A 3FOKA 4ZQCA 4ZQNA 1OABA 4HPJA 3STCA 4BR1A 4NJKA 1K7XA 5D2XA 2A85A 2O7SA 3LRMA 1XBXA 1RQEA 3GAKA 4LRTA 3HG3A 3LXAA 1TIMA 2Q3RA 3PULA 1GZGA 2CZFA 3HBLA 1SO6A 1TRIA 4K37A 1EP2A 2QAPA 4JN6A 1JRBA 2X1RA 3N3MA 5E93A 5LGXA 3LHVA 1VLIA 2E09A 4GUIA 1K8XA 3M6YA 3W1RA 4WXZA 4Z08A 2ISWA 3TJXA 5LHFA 1YTEA 5HJLA 1MEWA 5HR6A 3HQ1A 1FBAA 1X1OA 2TYSA 4NZJA 4JTEA 3QRHA 3RLVA 4AMAA 5L9FA 2V81A 1L9WA 4U4MA 1PIIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1TRIA

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