1TSI | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVRGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of the complex between trypanosomal triosephosphate isomerase and N-hydroxy-4-phosphono-butanamide: binding at the active site despite an "open" flexible loop conformation. pubmed rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	81
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1992-11-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tsiA00

2OZ0A 1H1ZA 3KVLA 1CW2A 3QM3A 3BO9A 4AWSA 1YXYA 2PRHA 3UWWA 5E93A 1P4CA 1YDNA 3OHIA 3QW3A 2GJLA 4M5PA 3W1XA 1FX6A 1ML1A 2DZTA 4WZHA 4I9AA 4JYEA 5EA9A 1O5XA 3ZR4A 2BZNA 3KXQA 4FX7A 5CPLA 3G18A 3PS7A 3STCA 1A50A 1A5SA 2DZUA 4QM1A 1XCFA 3I7QA 1OJXA 1OX5A 1OHLA 3IVSA 4PA8A 1RZMA 1UCWA 4GUIA 5K9XA 3TA6A 5AYXA 3C3NA 4O17A 3TFCA 4RR4A 1DQWA 3QQ1A 5F2MA 1JCXA 2NZLA 2XN2A 1F05A 3MI2A 1XBVA 1RQHA 5K4ZA 1QNVA 3NNTA 1ZY9A 5L6UA 1EX5A 1H61A 4TMBA 1R47A 1TRIA 1VYPX 1ZAJA 1XXXA 3FOKA 4EF8A 3QC3A 4MZ8A 4RK8A 1T8XA 4DXVA 5HR7A 2AGKA 5D2WA 3LCWA 3ABQA 3DFTA 3N19B 3T7VA 2EAWA 4IPJA 2NV2A 3OVRA 5DLCA 1DOSA 1MEIA 1EWEA 2E5DA 4UTKA 1TV5A 3MI3A 2PRLA 4UTWA 1H7OA 1WQ5A 5BW6A 2OCZA 4JTTA 1U83A 3G0XA 4JS3A 4GFSA 5HUOA 1QO5A 2CZEA 1YDVA 4O52A 4ORMA 3BW4A 2XFWA 4HIBA 3M5YA 1JRCA 3R5EA 3PB2A 1Z44A 3DKJA 1G6CA 3ZWTA 3DBPA 3LXCA 4UFJA 4DO4A 1JJKA 1H7WA 3L66A 2GOUA 5SWUA 2C15A 1JVNA 4ZVJA 3C2OA 1KM1A 1FCBA 4JR5A 5K2ZA 4R33A 4JTHA 4M19A 1IF2A 4MLRA 1OABA 2C0AA 4NZFA 4JX5A 2YYUA 3BG9A 4YMZA 1P1XA 2V2DA 1VZWA 5CZJA 5LNSA 3NA8A 1LP6A 3W7GA 1TO3A 3MYPA 2QAFA 3HB9A 2LLEA 5D2TA 1LOLA 3W7JA 5AC8A 1ADOA 3H55A 4IMFA 4LOCA 1HG3A 3NZRA 2ZQ0A 3B4UA 3QMRA 3S1WA 3NL2A 1ZFJA 3R13A 3BW2A 1GTEA 3A9IA 3E49A 3A21A 1WA3A 2CWNA 2QCLA 1V7YA 5EL1A 2H3BA 3MYOA 1QAPA 3UWVA 4IXXA 1LM1A 4WUIA 4NVTA 3VFLA 4ONVA 4NJJA 5C55A 2Y85A 3S0CA 2ZYFA 4JDBA 3N73A 1TTIA 2YX0A 3TROA 5E0KA 2Y7DA 1AW5A 3QSRA 4JX4A 4M6QA 2DJLA 3OIXA 2Q3RA 1I45A 4JIQA 3L0GA 1VH7A 1O5KA 1MEHA 4MKNA 3PBWA 3LI1A 4WD0A 2JBMA 4N9BA 1LLZA 2QCGA 5TQLA 4LVGA 4AWUA 3T55A 3LLFA 3L5AA 4JN6A 4NJIA 2R91A 3HG5A 1EP2A 1THFD 1W5MA 2ISVA 3SFKA 4N9DA 4ADSA 3GR8A 1ONRA 3BV4A 4JTIA 2CLLA 4O15A 2ZFAA 3NYZA 1OVDA 2W0UA 4UTHA 1TPUA 1OFRA 3BLIA 1M7PA 3O1NA 1SW3A 3LLDA 2CZ5A 3W1TA 3W83A 3O63A 1IXPA 4MFDA 3FJLA 1VCFA 5C54A 1Q6RA 3MMTA 3THAA 3GK0A 1KFJA 1IXNA 1YXCA 3M9YA 1F6KA 5TIMA 4QITA 5KMYA 3W86A 4Z0JA 3S9YA 5U4NA 5CSSA 3GZ3A 1SZGA 4GUGA 3UD6A 2ZCGA 4AMAA 3B06A 4FNQA 4NNAA 3HGRA 4KFNA 1F5ZA 2VXNA 5D2XA 3IIOA 1W3NA 3DU0A 5IBXC 1OG0A 3LRLA 2VEIA 2ZRXA 5K7JA 2J9ZA 1AL8A 1LOSA 2GQ9A 3UPBA 4JTKA 1A53A 3T4CA 2XN0A 4HSNA 4NQ1A 1OF8A 5K9CA 1Q45A 4QIUA 3ABOA 3TJXA 3NL5A 3GDTA 3TJLA 3VE9A 1RV8A 5AOUA 1H50A 5LKYA 2NXGA 4K36A 3CQ0A 4DBEA 3CWOX 4HN4A 3UYCA 3BW3A 1IXOA 4K38A 5IBXA 3GNDA 3NM1A 3G1FA 2FLIA 3TAOA 3G8EA 2I9EA 4WXZA 4MJMA 2QR6A 1G69A 1HO1A 4O16A 3BGJA 2V30A 5LNUA 2DJXA 2QF7A 3TE9A 1ZJIA 1W54A 4EF9A 3IVTA 3LCLA 1RQBA 1MSSA 4UTIA 3INPA 3W2KA 4O8RA 2O7QA 3HGOA 3O6CA 5AYZA 4O1CA 2X1SA 3ELFA 4JIPA 3AO0A 2H6RA 3I7RA 3W7NA 1W37A 2RDUA 1F6PA 1PHQA 4AEOA 2TRSA 1KM3A 2YZRA 5K3VA 1OYAA 2C19A 1Q6LA 1FWNA 3ATYA 4NJGA 3DKLA 3MBDA 4GE8A 5F1UA 1W56A 3B05A 4Q4KA 3TDFA 3HG4A 2Y89A 2CLHA 4W9TA 5DCDA 3B0PA 3WK2A 4ZQCA 3RU6A 3DHDA 3TV8A 1SU5A 2ZZ1A 3L5LA 3LHYA 4LVAA 5FEZA 1GVFA 3C56A 3PULA 1LRTA 3SI9A 3DH7A 5FI8A 2ZZ6A 3RLUA 4JGDA 3BG5A 3ZFHA 3LB0A 5AHEA 2VFIA 1G4PA 1A5BA 1AW1A 2Q8ZA 3W22A 1F7BA 1SR9A 1JR1A 3C4UA 1YLVA 1H1YA 1DQXA 2BX7A 5HUPA 2C14A 3O8AA 5IM51 2X16A 4MLJA 4LC6A 5E1QA 3OVQA 3KRUA 1KFEA 2Y88A 2FPYA 4ZQOA 4U4MA 4MY8A 2BTMA 1GG1A 3W70A 1UB3A 4RLIA 4XBKA 4FNTA 2DZSA 3EX6A 4LS0A 1TJRA 2YW4A 2B7OA 1K7XA 1ZENA 2V0TA 2P1FA 3W76A 3W7MA 4OT7A 4AF0A 2KZHA 2DZXA 1PS9A 1MXSA 3SZ8A 3M7WA 3SSJA 1V5XA 5G4EA 1XUZA 5G4WA 1K7FA 4WY0A 3N9SA 3WK0A 1KV8A 3O16A 4O0KA 1VJIA 3A5VA 1SPQA 1WXJA 3LCGA 3NPXA 3P80A 3W2LA 2V2CA 4O4WA 3OEXA 2FQIA 2ZDRA 1B3OA 4NU7A 4TR9A 3SY5A 4P2VA 1W3IA 4EIVA 2G97A 2TSYA 3W1MA 2CW6A 1VC4A 1WOAA 1K03A 3CTLA 3IVUA 1KBIA 4OGZA 1HO4A 5BOOA 3NQDA 4DPPA 4NJKA 1GVRA 1H62A 2JKEA 1KLZA 5DELA 5D2VA 1G4EA 3T40A 2GVLA 5FEWA 1WAUA 3SGUA 1ICQA 4ZQMA 1QOPA 2B4GA 3PM6A 4WX2A 2P0OA 3DGRA 4QSHA 5F2LA 2OJPA 4C1LA 5D05A 1RD5A 1OFAA 4AHQA 5KZDA 3R12A 4PTNA 1FXPA 3PUDA 1OK6A 3HOJA 3SECA 3L0KA 1SO6A 3WJSA 4LUJA 4PODA 5G1YA 3UWYA 1TPH1 2TMDA 5CGQA 3LDVA 3EXRA 2WNNA 2V82A 1RVGA 3F4WA 5FF2A 4XBSA 3PC0A 3M47A 2Y61A 1JCNA 4IQLA 5BNKA 2QCMA 5G2WA 1Z42A 5GVJA 1GWJA 4JTJA 3L2IA 1G67A 3P7YA 3P61A 3B8DA 3LV5A 2PCQA 2E68A 2QUTA 2B0MA 3NL6A 1EUAA 3CIWA 1QO2A 2PRMA 1AL7A 2A2IA 1SSGA 1ZHAA 2A6NA 3NZ1A 4LV4A 3LRMA 4K8EA 3G1DA 3B0VC 1EEPA 3HG2A 1UUOA 1VRDA 5AHNA 4UTTC 5EMUA 2A4AA 1LOQA 2FB3A 3TR2A 3OBKA 1N55A 1X1OA 1O60A 3NGJA 3IGUA 4AH7A 3PUEA 3HIJA 1FCVA 5HJLA 3MO7A 3UY8A 4KFOA 5FF7A 1O95A 1GQNA 2VELA 1BTMA 1FUYA 1HTIA 3FFSA 4EOUA 3FIGA 3MHFA 3ABRA 3C2RA 3UXAA 4UUIA 1DV7A 2WNZA 3S1VA 3BARA 4OV4A 1J4EA 3LHWA 2TYSA 4MYAA 4O1BA 5C5YA 4JYFA 5G1TA 3W7EA 3GB6A 4JD4A 4UTTA 2NV1A 3NG3A 1VS1A 3A22A 3PR2A 2VFFA 1F76A 4GUHA 4UTWC 1Q3NA 1O94A 4MZ1A 2ZRVA 3I7SA 3NQGA 2QJGA 3WJXA 3LBMA 5TBOA 4N4PA 3WJZA 4RZ6A 1CI1A 4O50A 1MEWA 5FF4A 4AF0B 1JQVA 1X6UA 3SR7A 3M5XA 1JCJA 1LTDA 1B57A 2CLMA 1KFLA 3T78A 3B03A 3QW4B 2FB2A 2ATMA 3CU2A 1XKYA 4B5NA 1JUBA 3GDMA 2NLIA 3TMQA 4WY0B 3KRZA 3QRHA 2PC4A 2Z1BA 1XI3A 4Z1BA 5C2XA 3I65A 4K8HA 3W7KA 5LZLA 1SO4A 2J9YA 4CCDA 1DKWA 3V1PA 1JCYA 2BLEA 3EX3A 4OHQA 5D09A 1VCVA 1EA0A 3O6YX 3EWZA 2A7PA 4ZQPA 2ZBTA 5FF3A 4LY8A 3W88A 4UTJA 2Y7GA 3KAOA 4UCGA 4JXCA 3W7DA 4U28A 4BI5A 2IQTA 1B9BA 4CCCA 3N2XA 1G4SA 2Y7EA 2Q3OA 4UTMA 3RNDA 3FJ6A 1JCLA 1ME8A 3P74A 4RXFA 1YYAA 3W1AA 3GIYA 1LROA 4UMCA 2NX3A 5DBUA 5K9DA 4O53A 4AVFA 4Y6GA 4O10A 5AC6A 2JKPA 2E09A 4UIOA 1UASA 4A21A 2J27A 3UZJA 3O15A 2JK2A 1YPFA 3O07A 3NQMA 2DZWA 3CB8A 3EWBX 1KLYA 3FYPA 4FHAA 3KHJA 3KX6A 3LOTA 2CU0A 2ZTKA 1VYSX 3DFNA 3QH2A 2NX1A 4PC8A 2CLKA 3S1UA 2BWGA 2A6LA 3W87A 4BI7A 3WK1A 1TPEA 2Y62A 1BEUA 5HNRA 1EB3A 5KZEA 2ALDA 1F2JA 4DQWA 3DFQA 5CG7A 2E6AA 1JUEA 3QQ0A 4ICNA 1SFLA 4XTIA 4UNKA 1ME9A 1DJQA 1W5NA 3DFOA 5F4WA 2J88A 4J9JA 4TMCA 1NSJA 3TSMA 5I3GA 4ML9A 3M1ZA 3N2MA 4OE7A 1TJPA 4QISA 4E2DA 5FF0A 1TYGA 1D9EA 3MWAA 5AFDA 3FYOA 4ZQRA 5CSRA 1D3GA 2PE4A 4JY9A 3VI2A 1OF6A 1NFBA 3TK7A 1SUXA 5DY2A 4LU0A 2ZRZA 3MP4A 4O14A 4O19A 1LBFA 1GPWA 1GT8A 2HS8A 1LDCA 3HG3A 3MW7A 4TX9A 3Q58A 5HULA 3TU9A 4UXDA 4GJ1A 4GWEA 4WY0F 1FQ0A 2ZZ3A 4NX5A 3ANYA 4ADTA 2FPTA 5DCEA 3P62A 3NQCA 1F74A 2QCHA 3V75A 5CPNA 4Y9AA 1A5CA 4FIQA 4EWND 5KSWA 3THQA 3DXIA 1FCUA 3DI0A 1DHPA 2RH9A 5D33A 1G4TA 1B4KA 1QPRA 3TW7A 2RDWA 2I14A 3GXNA 4FO4A 1TTJA 4LVFA 3GDLA 3N3MA 3P82A 1AW2A 1QMLA 2OMAA 1FDJA 3NQ8A 4AHOA 2QEZA 5EPDA 1JUKA 4QAIA 4TIMA 4DF0A 5CZSA 2YPIA 2B7QA 4H6KA 1O4UA 4DO6A 2JGQA 2GUUA 3GXPA 1LBMA 2QJHA 2VEKA 4UC5A 1BWLA 4UR7A 1XUUA 4X2RA 1L9WA 4RJEA 5HQEA 3NQ6A 4QQ3A 4WJEA 3UPWA 4AB4A 5HINA 2VFDA 4O18A 3JS3A 4H4IA 3DENA 4K6AA 3P60A 4JTEA 2QUVA 1S5VA 2CLOA 2WKJA 4JTUA 1KM4A 2V9DA 3LI0A 3U6WA 4MY1A 1YDOA 3UZ5A 4IXHA 3NVTA 4Q32A 2ABBA 1YPIA 4O28A 3W7HA 1L6WA 1GVQA 2E5BA 3LXBA 3P81A 2R8WA 2VEPA 1B4EA 2A1YA 3N9RA 4WOZA 1VQTA 3TAKA 5F2GA 3S5YA 1R2SA 4L4LA 5DN1A 1W1ZA 4A29A 1TV8A 3SJ3A 3LBCA 1VLWA 1LLWA 5AHLA 4N9EA 4R53A 3W2JA 3NDOA 3GYEA 3NL3A 4PH6A 5LHFA 3W2UA 5AHIA 4CQ8A 3ABSA 3EEGA 1HUVA 3NXFA 3L21A 5G5IA 3W1NA 3HBLA 1JULA 4AAJA 4PFMA 4NNBA 4QNEA 4BK9A 3W72A 2W79A 2OT0A 5HWJA 4MJZA 1EPXA 2XN1A 3KOFA 2NX9A 3KVKA 4FNPA 4BR1A 4UTLA 4YCPA 4Z1AA 3MJYA 3S5ZA 4GUJA 3G1AA 2QCFA 2Y70A 4N6FA 3LCFA 3P5ZA 4FNUA 1OX4B 4CLMA 1R46A 4UFMA 2ISWA 2V8ZA 4JTLA 4WQ6A 1QPOA 1I2PA 2G95A 3C6CA 3G0SA 1HL2A 1QPQA 4FEZA 3EWYA 1PV8A 3G1YA 3E9AA 4RX0A 1H7NA 1SQ7A 4IUOA 1K8ZA 4JDYA 1KW1A 2V81A 4KKXA 1BWKA 1LRQA 3EKLA 4IOTA 4O12A 4JTGA 1E51A 2Z0IA 2VFGA 1XC4A 4N02A 1TB3A 1VHNA 1VR6A 3Q37A 2H8XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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