1TSI | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVRGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
publication title	Structure of the complex between trypanosomal triosephosphate isomerase and N-hydroxy-4-phosphono-butanamide: binding at the active site despite an "open" flexible loop conformation. pubmed rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	81
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1992-11-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tsiA00

3HOJA 4NUWA 4MFDA 1GTHA 4E0CA 3CT7A 1ML1A 4A2RA 2KZHA 4IUOA 3QQ0A 1SW3A 3KRUA 2ZZ3A 1Q6QA 5KZDA 3CEUA 3W2JA 4FNUA 4UTLA 4RXGA 1GQNA 4FNSA 3FS2A 2E5CA 1VLWA 2BTMA 1T0OA 4Y8FA 1OF8A 3W23A 2C6QA 3I7RA 3OVQA 3TMLA 4NX5A 4HHPA 5CZ0A 2ZZ7A 3NGJA 5DELA 1Z42A 1S5TA 1F2JA 3OA3A 4ML9A 4QISA 4AWTA 1H61A 1JCLA 1TPEA 1TREA 3PB0A 1FCBA 2BX7A 1SZEA 1B4EA 1JQVA 4KFNA 5KZEA 1WDWA 5AHMA 1KM5A 4BI7A 1HO1A 3O6CA 4AHOA 3IIPA 3EXSA 2CLEA 4UFJA 2QCHA 4UMCA 1ZALA 1SO3A 3W1MA 1TJPA 1HTIA 2J9XA 3W9ZA 4MFEA 2ZCGA 2ZZ2A 3BK0A 2DZXA 2I14A 5HJLA 1TPDA 1KM2A 4I7WA 2QJIA 3YPIA 1GZGA 3NL5A 3F1QA 4LY8A 2QCDA 3GR7A 1AMKA 1PCWA 4QITA 1SUXA 4XWUA 4GWEA 4QNEA 4PL1A 3P8IA 1OFOA 3W7JA 3FFSA 1SW7A 3UYCA 3NDOA 2AAMA 2YX0A 2XN2A 1J2WA 4O18A 3NQGA 1LRQA 4FHAA 2WSQA 2X1UA 4QQ3A 1H50A 4TU1A 2ZTKA 1RVGA 3TJLA 1H51A 3O16A 1DHPA 1ALDA 1KA9F 1LBLA 1TPB1 1FCQA 3LTYA 3Q2DA 3UWQA 2CLIA 2ZRWA 5HNRA 2C19A 4NX0A 1Q6OA 3TU9A 1DQXA 4JTHA 4NT0A 3IGXA 2QCLA 1G4SA 3LHTA 3PC0A 3TSDA 1FCVA 5KITA 1GVQA 3QEZA 4OGZA 1F05A 4QIUA 3I6RA 4O12A 4UTMA 4XKYA 1OX5A 1P0NA 3TFXA 3G1SA 4ORMA 3M5XA 2A2IA 2V2HA 4LS0A 3HGOA 3N3MA 3QSRA 5FF2A 5D33A 3S8HA 2A4AA 2AQWA 1TRDA 4R34A 4O1DA 3BLFA 1ICQA 2FFCA 3G3DA 1QDSA 4DXVA 2J9YA 5F2GA 3LI0A 3WFAA 1GTEA 3HIJA 3NQMA 3PVFA 4P2VA 1XUUA 4MOZA 4DEFA 4LV4A 5G1TA 1FX6A 5HUPA 3VE9A 3GNNA 2GQ9A 3STCA 5K3VA 1BWLA 1NEYA 2GUUA 3P84A 4MIMA 2Y85A 4M6PA 1WX0A 3S1XA 3EWYA 1I2RA 1RQHA 2FB3A 4Q33A 1DBTA 3OBKA 3W72A 2FTPA 3C2FA 1TRIA 1FXPA 4E2DA 3A24A 1R2SA 1PE1A 4I7UA 2GVLA 3LBCA 3G1FA 1TPVA 4PH6A 1XFBA 4O10A 3BW4A 3S1VA 3HPXA 3MUXA 1OJXA 4HPJA 2R91A 2Q8LA 5FEZA 1YPIA 2QDHA 6ALDA 5LGZA 2ZA2A 1I8JA 4QSHA 3W1TA 1OFAA 3SFKA 2VXNA 1QO5A 3GIYA 1RV8A 1L9WA 1GJPA 3BGGA 3SY5A 1O5XA 3ELFA 3KFTA 2W6RA 1Z48A 3NXFA 4YL2A 5I3IA 3R89A 3F03K 4O13A 4JX4A 1JCMP 3TV8A 4PODA 1PHQA 3BG3A 3SECA 4K8HA 3DFPA 3TSMA 1CI1A 1SR9A 4Y6GA 3S6DA 3S1WA 1QOQA 2FPVA 1DOSA 3SZ8A 4JIPA 4LVBA 4AH7A 1DKWA 5FF7A 2NX9A 2VENA 5G4WA 3GXPA 5FF0A 4JTFA 1ZAHA 1TQJA 5I3GA 2TSYA 2DZUA 3HGSA 1WQ5A 4EF9A 2JKAA 2QUUA 3RK8A 4UMBA 5FF4A 1KTCA 4K37A 3NOEA 2RDWA 3HMJG 1IXOA 4HNVA 1X6UA 1RZMA 1WBHA 3DI1A 2C18A 3CIWA 4DBEA 1OX4B 1FUYA 3HO8A 1M7OA 2A21A 1I2QA 4OT7A 3C52A 2QKFA 2QUVA 1EEPA 5FEPA 1VJIA 1KFKA 2Z6JA 4XQ6A 2WPBA 4FNQA 1D9EA 4NVTA 3FKKA 2PC4A 1H7WA 2A7RA 1Z44A 3IRDA 1WA3A 3LBMA 3L21A 3QZEA 1W0MA 4N9EA 4K39A 3GDRA 1GT8A 1WV2A 2JGQA 2TMDA 2ZA1A 3H55A 1OFBA 5HWJA 5BMWA 1EPXA 2NXGA 2VFFA 3MW7A 2PRHA 3IIVA 4WZHA 1A5CA 2NZLA 3GDKA 3NL2A 3WJXA 3O63A 1ZCOA 3TW7A 4I9AA 3O8AA 3LB0A 1K8ZA 3CPRA 2CLMA 1W31A 4FX6M 4O8RA 4FO4A 1MO0A 3W1PA 4IMGA 3GXNA 5CPMA 3TC6A 1VCGA 3B03A 3BV4A 3PBVA 3OHIA 3DFOA 2Y7DA 4WUIA 3BG5A 6TIMA 1OABA 3DAQA 5I3FA 4WD0A 3EXTA 3DFQA 2ZRVA 3GYEA 2V5BA 1ME9A 1M5WA 1PS9A 3NQVA 2YFOA 2C13A 5DBTA 3ABOA 3MI6A 4UTKA 1D3HA 3O06A 1LRTA 1OK6A 4BWLC 4X2RA 3FEMA 4GUFA 2H3DA 3W1NA 2V0TA 3TNOA 2DU2A 2V2DA 4PA8A 3P8JA 3P5ZA 3TQ0A 3PWAA 2E09A 1FDJA 4XTDA 3AJXA 3W2KA 2W0UA 4PC8A 2HSAA 5F2IA 4MLRA 4H4IA 2RKXA 3MI2A 1MZHA 1KFLA 4EF8A 2V82A 2CWNA 2OZ0A 3ZWSA 1ME7A 1S5WA 3L9CA 1TPH1 3B0UX 3PAJA 5E1QA 3GKAA 3RLUA 3DHFA 1QMLA 4OU1A 4ZQNA 1U83A 3VFLA 2YCEA 4QAIA 2Y61A 4AXKA 4IXHA 2XN0A 2Y7EA 3W7PA 1AW5A 2VFIA 1QCWA 4IMCA 3TW6A 1QOPA 3L0NA 3T55A 1LRNA 1A5AA 1T8XA 1F5ZA 2CU0A 4M6VA 4WXZA 2CLLA 4FXRA 5EPDA 3EX2A 1PL9A 1CW2A 4O17A 1DORA 2YZRA 2ISSA 2FPYA 3W6YA 4JDBA 4RXFA 2C0AA 3O07A 3S9YA 4DPPA 4AB4A 2Y89A 1OX4A 2HTMA 1K7FA 1XL9A 4MLJA 3G3MA 3PBYA 3I65A 4PL2A 3B4UA 1IXQA 5LSMA 3LM7A 1YXCA 1LOLA 1MEWA 3NA8A 2O7SA 3ABSA 3PSVA 4QJ1A 3EWBX 4O0ZA 1M6JA 1HFBA 3MBFA 3THQA 3RU6A 4O1AA 5EKYA 1OYBA 3MHFA 3LTSA 4WXYA 2CW6A 4AVFA 3QPYA 2QUTA 1EP3A 2ZA3A 4U4MA 1W56A 3HPSA 3NQFA 2QAPA 1UUMA 3EX6A 2UV8G 3W2UA 5EBUA 2WNNA 4UNLA 3QQ1A 1LOSA 3NQCA 4FF7A 3FYOA 4LUIA 3STEA 2DORA 7TIMA 3W76A 5ABTA 3LRMA 4MY9A 3EX1A 1TTQA 4JTSA 4JTTA 4Y90A 5H91A 3W71A 3DKJA 3TJXA 3NZ1A 4LNYA 1DVJA 1G4EA 3KRSA 2GPTA 3MJYA 1BTMA 1L6YA 1G7UA 3W7CA 4IWWA 3SI9A 4ZZ9A 4L4LA 3ANYA 3C2RA 3LERA 3IVTA 3TCEA 4JYEA 1R2TA 3O15A 2PCQA 3EB2A 4ONVA 2D73A 4RLIA 3PG9A 3M5YA 4XTIA 3KVKA 3T40A 4IOTA 3IVUA 4ZQCA 3NEVA 1Q6RA 2YW4A 2FPTA 5A8GA 1I2OA 3CIXA 3NPVA 4TIMA 3VKJA 3SIZA 3VNDA 1ZAIA 2Q8ZA 1FWRA 4OE7A 3JS3A 4O50A 5DN1A 3UWWA 3SR7A 3GDMA 3W1AA 1JQXA 1YDVA 1ICSA 2XFWA 3I7QA 2G97A 3DGRA 3UPBA 4HNUA 5HQEA 4LOCA 3N2MA 1IIHA 5HR6A 2FB2A 3KRZA 4UR7A 5F2MA 1VLIA 4Z0SA 2JK2A 4DF0A 5K7JA 4PFMA 3HBLA 3WJSA 3HB9A 5F4SA 3BVJA 5EL1A 5DLCA 2A85A 3QH2A 5KTLA 1F6PA 1DL3A 2OT0A 4BI5A 5CSRA 1UBSA 5IBXC 5U7SA 4LVFA 3R12A 4KFOA 3LCXA 1JUBA 4K8EA 2G95A 4LTSA 4O4VA 3G24A 2FLIA 3NYZA 5AC6A 4C1KA 4NNAA 3P61A 2ZRZA 1K3UA 1GPWA 3DBPA 5G2WA 1KBJA 3P82A 1W5QA 1OVDA 3L65A 4NQ1A 5CG7A 2G96A 5K2ZA 5LHEA 5FEWA 1QO2A 2EPHA 5G4EA 4N6EA 3DFSA 3PY2A 1XBVA 3W86A 3W7LA 1EIXA 3HG5A 3L5AA 1Q45A 5AC8A 2ISVA 3W7NA 1W3TA 2R8WA 4RZ4A 5CZTA 5IBXA 2FDSA 5LHFA 2GOUA 3G0XA 1TQXA 4U28A 3WK1A 1O4UA 4BR1A 5LNRA 3LOTA 3TIMA 3G1HA 1HUVA 1ZJIA 2Y88A 2WKJA 2NV1A 1C29A 2VC6A 4IPJA 3W3OA 4DPQA 5D04C 3CM4A 3UWVA 3P80A 4NNCA 4FB7A 4NZJA 3AO0A 5DBUA 4DO4A 1OYAA 4UTTC 3SSJA 2I1OA 3PBUA 1NVMA 1EUAA 3A5FA 2NX3A 3A23A 1TB3A 4UTHA 2WJZA 3LCGA 5LNWA 3LV6A 3INPA 3UQNA 2B7PA 2Z0IA 1I2PA 4Q32A 4YCOA 2V30A 2HS8A 1GEQA 1W8SA 4O57A 1W37A 4XZ9A 1OFPA 2VFDA 4I7VA 3FIGA 3WJZA 3JRKA 2TPSA 4LS2A 4M7TA 1YXYA 2EF9A 4O4WA 2YXGA 1KFEA 1RR2A 4UTTA 1YPFA 3ZS4A 4M19A 1TTIA 5DCBA 2DZTA 4AF0A 3MWAA 4CCCA 4JY9A 5DXXA 4IX0A 4Z1BA 3LCHA 4L4MA 2Y7GA 3C2OA 3C8FA 3FJ6A 3MHGA 2DP3A 2Z6IA 3GNDA 3L0GA 4K7VA 4FX8A 1QWGA 3T4CA 1TTJA 1BWKA 3RF9A 1C9DA 4RV8A 3STGA 3LDVA 4O28A 1OFRA 2P0OA 5K9DA 1H7PA 3OEXA 2J9ZA 4JNMA 4WY0F 2GVJA 5D2XA 1KLYA 3W7MA 4WOZA 1TPFA 3BPWA 2OX1A 1FXQA 4HSNA 3NM1A 3ZR4A 2ZZ4A 1SFJA 1ICPA 3DHDA 3R5EA 1MEHA 5C6MA 3CB8A 4H3DA 4POCA 1PVNA 4A22A 4DELA 5J5DA 3C3NA 4ZQRA 2H8ZA 4Z0JA 1XBXA 3QPZA 2ZZ6A 3L0KA 4ZMGA 2WNQA 2ATSA 2E5BA 4UFHA 2E6YA 3KX6A 5F1VA 1IXNA 1AG1O 5BOOA 2B4GA 2ZTJA 3HQ1A 4LV9A 3N9RA 5E0KA 5CGQA 1KV8A 2NUYA 3C2VA 2ZZ5A 1G7VA 3B0PA 3M44A 3W1RA 1W54A 4FNPA 3LLDA 1ZY9A 3R13A 5AHIA 1L6SA 3CQ0A 3Q37A 3B05A 3NZRA 2RDUA 1GOXA 2ZDRA 4DF2A 5FI8A 3M0ZA 3QRHA 1XCFA 3W7KA 1LCOA 3UXAA 4QM1A 1GVSA 4UXDA 1LDCA 1AL7A 1Y0EA 2LLEA 2JKPA 5J5RA 3S5ZA 3MO7A 3NQ7A 1VYSX 3IVSA 2Y63A 3LHYA 3USBA 3EKLA 1VHNA 3W75A 1UB3A 1NSJA 1XBZA 1KM0A 5C54A 1VR6A 1QPOA 4JICA 1J4EA 5D2VA 4MKNA 4AAJA 1DJQA 3SW6A 1AK5A 1W5OA 3BLIA 3P60A 3QM3A 2NV2A 1W3IA 3LXAA 1TPWA 1DV7A 3WK3A 1KM6A 3GZ3A 3BW3A 3DKLA 1W5MA 1XKYA 3N34A 3FOKA 5DCDA 2VOMA 3KVLA 3LCLA 3GKFA 2A1YA 3BO9A 3W70A 3WJWA 1KLZA 4LT9A 4DQWA 4MZ1A 4RR4A 4IQLA 4S1FA 1V7YA 5D2TA 5AFDA 5TIMA 1PV8A 4GUGA 5AYXA 2BSLA 3W7HA 3OVRA 4N9CA 1OK4A 1XUZA 4A29A 1LM1A 3H53A 1O95A 2E77A 1F73A 4MY1A 2YR1A 4N02A 4UFLA 4N2YA 3RLVA 3EKZA 3NG3A 1FY6A 3IGUA 4GUIA 3TK7A 4O15A 1SPQA 4Z1AA 4YWIA 3GDTA 5LGXA 3P5YA 1M7PA 1VC4A 4W9TA 2WSRA 5LKYA 4NJIA 5D37A 2WV8A 5AN7A 4R33A 3TSBA 3KOFA 1UASA 1ZFJA 3SJ3A 1XI3A 3VI2A 3PUOA 1KFJA 2F84A 3L66A 4UTUA 4DO6A 4O52A 3PB2A 3LHUA 3N2XA 3Q94A 4FXSA 2ATMA 1P0KA 1V5XA 1CX9A 1W3NA 4JTGA 2RDTA 3LXBA 5T26A 3PULA 1LTDA 3CWNA 1B9BA 4UMAA 1BEUA 5BNKA 1H5YA 3OVPA 3QMRA 4UTIA 1K8YA 4K38A 3E96A 5HWMA 3TAKA 3M6YA 1A50A 1JVNA 1GYNA 4RZ6A 1B4KA 2B7OA 1JUKA 1R2RA 2GQAA 2HMCA 1H63A 1YADA 1A5SA 1AW1A 3NQDA 2H3BA 1JCJA 2WO5A 2PRMA 4NJGA 5C5YA 1TSIA 4LC6A 4O11A 2JKEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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