1TUX | Genus

Total Genus 116

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	301
structure length	301
Chain Sequence	AAAQSVDQLIDARGKVYFGVATDQNRLTTGKNAAIIQADFGQVTPENSMKWDATEPSQGNFNFAGADYLVNWAQQNGKLIRGHTLVWHSQLPSWVVSITDKNTLTNVMKNHITTIMTRYIGKIRAWDVVNEAFNEDGSLRQTVFNNVIGEDYIPIAFRTARAADPNAKLYINDYNLDSASKPKTSAIVKRVKKWRAAGVPIDGIGSQTHLSAGQGASIDAALPNLASAGTPEVAITELDIAGATSTDYVDVVNACLDVDSCIGITVWGVADPDSWRASTTPLLFDGNFNPKPAYNAIVQLL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5585553680732973__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5585553680732973__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1TUX/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5585553680732973__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5585553680732973","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1TUX/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5585553680732973__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc1db589f985553e432165/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc1db589f985553e432165/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc1db589f985553e432165/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc1db589f985553e432165/pdb.gz): 62 ms

reading 301 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

301 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:300});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Crystal structure at 1.8 A resolution and proposed amino acid sequence of a thermostable xylanase from Thermoascus aurantiacus. pubmed doi rcsb
molecule keywords	XYLANASE
total genus	116
structure length	301
sequence length	301
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1998-10-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1tuxA00

4H8VA 3B9EA 4HZ7A 1KQYA 5D8WA 4IUGA 2JE8A 2D1ZA 3MUY1 2IXUA 1GVYA 2VZSA 1R87A 4S3JA 3BAJA 4FLOA 1YQ2A 1UR8A 4W7VA 1WZLA 1JD9A 3KL0A 4FF5A 2YKKA 2GDVA 2BY1A 2BHZA 3QR3A 1AVAA 4V2XA 4KWUA 4FLRA 2W92A 1CXEA 3AISA 6A3HA 3GH5A 4IPNB 4KRTA 1UZ1A 3ZR6A 3ALGA 1SR0A 3GNOA 4BA0A 4B3KA 3D3AA 3WQ8A 4WK9A 2YJQA 1QI3A 2ZIDA 2WMFA 3CHDA 1JZ3A 1GCYA 1VIWA 3WDJA 1IV8A 4EKJA 2F61A 2YIHA 5A2BA 3DYOA 3RO8A 4W87A 4WKAA 2WKGA 4J28A 4B3LA 4Q7NA 2QMKA 3K8LA 1X1NA 4XZBA 1E6XM 1HVXA 5FIPA 1E56A 5BCAA 1TA3A 2G3MA 4PMUA 1CGTA 1E4LA 2A3HA 1HJQA 3GNPA 2ZUVA 3BLPX 3MS8A 1CGUA 1LF1A 2D2OA 3ZM8A 5I3DA 3UCQA 1FHLA 2XG9A 2EPKX 3APGA 5A8PA 4UR9A 2WSKA 1KWGA 1JZ5A 4F9DA 4JCLA 3VIOA 4J3WA 5CQ1A 2X8RA 4A3YA 1QHPA 1HL9A 1OINA 4QCFA 5A6KA 1DWIM 2J25A 1UD4A 1EQPA 4HU0A 3T09A 3RPMA 2XJ7A 1PZ2A 4UFLA 5ABFB 4CGTA 2VZVA 1B0IA 4TX6A 2DPEA 5C71A 3D5HA 2Y8VA 4CD4A 3BSGA 3AOFA 1OBAA 2ZX6A 3PZQA 3PZTA 3FHQA 1E0XA 1TFVA 3WIJA 1BAGA 4AD4A 2V3DA 4UQBA 2OWXA 1MFVA 1J11A 1ZU8A 2EBNA 2XWDA 3PN8A 4AEFA 1ZBWA 1KB3A 4UCFA 5AYBA 4U3CA 1J10A 3AXXA 4GQQA 2YA0A 1O6IA 1BQCA 1XH0A 4JCMA 3TP4A 1XRVA 1E0VA 1BTCA 4YHGA 2FH8A 5DFAA 1FA2A 3BAXA 3G6MA 4M29A 2DT3A 2D20A 3NCOA 3AXHA 3QOKA 3WF2A 1H11A 2W61A 4UQDA 4AZBA 1EOMA 4OBSA 1OCQA 3AROA 1W1PA 4JHZA 2WCGA 2DIJA 1E4MM 3CZGA 4DM2A 4MNLA 1RP8A 2VCBA 4GI8A 1KFWA 2C7FA 1WZAA 1UWRA 3WEOA 4W85A 1NOUA 5I6SA 4AISA 3E1F1 1V6YA 3AIBA 3WQ5A 3VKKA 3MSGA 4F8XA 3LPOA 1G5AA 2WC3A 5DMYA 2WMIA 1E71M 4K68A 3CBWA 5AC5A 4MDOA 4H41A 3NDYA 5HOSA 3NUKA 1HJVA 1X6LA 3WQVA 1XYZA 3N15A 3OGSA 1UD2A 5C70A 5E9AA 3T2PA 1ISVA 1E4NA 2TAAA 5BRPA 1WDRA 2CPUA 1N82A 4MNKA 3U7BA 2AOSA 1UWIA 4HMDA 3ARXA 4W5ZA 1H4PA 5FKYA 5EB8A 3SEPA 4MB3A 6CGTA 4UQEA 4ZXOA 2NSXA 5A2CA 1CGYA 4GIAA 3WNMA 3T2QA 1KCKA 1W3HA 1QHOA 3AMKA 1KCLA 3AI0A 1FH9A 1JZ6A 1B31A 1HNYA 4UFJA 5E6ZA 1JFHA 3ARSA 3M6DA 5GNXA 1A3HA 4AD1A 3SCNA 5C8BB 4KGJA 1W3LA 3I3EA 2J7EA 1E72M 1VBUA 4PSRA 4L4PA 1KR0A 1M04A 2EPNA 3ZIZA 4MDPA 1E6NA 1VAHA 4AZIA 1KBKA 1K9DA 2O92A 2E0PA 3SCVA 5A2AA 1B90A 1CGVA 1JYNA 3EMQA 2V38A 3EMZA 1NWRA 4AIOA 3THCA 4Z2KA 2BY0A 2FHCA 3ARRA 3QHNA 4HP5A 1EQCA 1KQZA 3FY1A 3MO4A 3DECA 4PUEA 1DWAM 4JFUA 3DYMA 1GJUA 3ARQA 2CEQA 1EH9A 3VM7A 2DSVA 4AXNA 4ATDA 4CD7A 4JAWA 3AIUA 4RE4A 1V3HA 4U2YA 1HKMA 2ZICA 1H1NA 4UOJA 4D6FA 3ZQ9A 2VT0A 3PZVA 3AIRA 2JEPA 1UZ4A 1OIMA 3DC0A 2WC7A 4MAVA 4D1JA 3SIMA 5I24A 1ISYA 1BHGA 4L4OA 1UWTA 5GNYA 2ZX7A 1ISWA 1BG9A 4QLLA 1J0IA 2FHFA 3GXFA 3ZMRA 4TX8A 2G3NA 4EANA 7CGTA 2ZWZA 1BYCA 2RGMA 2WHMA 3WDIA 1LLOA 2OWWA 2J77A 4J7RA 4WF7A 1CGXA 5F7UA 3GXDA 3VD7A 3GTNA 4PMNA 1FP8A 4PSPA 2J79A 3N04A 4XUYA 1CGWA 1QNQA 4TUFA 2EXOA 1C8QA 4EAMA 2E8YA 1JXJA 1CLXA 3WD1A 1I1WA 2W91A 3CUHA 1PAMA 2WVSA 1QBBA 3K4DA 1CXIA 4GQRA 4AMCA 4JKMA 2A3CA 5CZKA 4A3HA 3GXMA 3MMWA 3TA9A 2CBIA 7TAAA 3SUSA 3KE0A 4DWSC 2ZUNA 1FOBA 1WZKA 5I79A 3SURA 4UTFA 4JL1A 2E9MA 3CMGA 2J7FA 1J01A 4XB3A 3GXIA 5HPCA 4TVUA 1NH6A 3BCFA 3UERA 3BLKA 4AY1A 1V6XA 2VO5A 4MB4A 1GJWA 4PYSA 2JALA 2W5FA 2XFFA 3W26A 2XPKA 2X0YA 1EGZA 1EHNA 1QI0A 1MW1A 2VMFA 5IDIA 1JAEA 5CPQA 1QVBA 1JI2A 3A4XA 3M7SA 1QW8A 1NP0A 4HA1A 1H0GA 1V6WA 1VEPA 4JIEA 2DT2A 5LYRA 2EQDA 1IZKA 4C7DA 1C7TA 2FGZA 5HPOA 1WPCA 1V3MA 3AMDA 3WFZA 1OD8A 2EPOA 4AD5A 3AS3A 1EXPA 3IJ8A 4PMOA 2CESA 1CYGA 1KXQA 4JL2A 4AZ5A 5A6BD 3BAYA 3IAQA 4UOZA 4D6EA 4JFSA 2VZUA 1H09A 1C3FA 3WF0A 1BYBA 3MKKA 5DEZA 1BGAA 2Z1KA 4D72A 3IK2A 4GKLA 1XCWA 4AIUA 1PX3A 2J47A 3OG2A 2GK1A 1UQZA 4DWSA 2WLYA 4W8BA 1CXKA 4WJXA 4J3XA 3N9KA 3NSXA 4AZHA 3U7VA 2OSYA 1QNOA 4CCCA 3SCQA 2D0FA 2VNCA 3EDKA 4Z2GA 3ARUA 5JUVA 1UH3A 4MAZA 1VRXA 2WVVB 4TTGA 2PWFA 2J4GA 1TE1A 1U2YA 5DT7A 3VIJA 2WMHA 1EO7A 1TG7A 1M7XA 2XWEA 4D71A 1JYWA 4ZFMA 1HJXA 3T2OA 1HX0A 2CCRA 4Q22A 2DGAA 4PMZA 4HZ8A 2VCAA 1E1FA 2WMJA 3AFBA 4PMXA 1CWYA 1GQKA 3NJ3A 3A3HA 4M56A 2VZTA 2J7HA 1PX4A 3BGAA 3S6TA 1FFQA 5IHSA 2VR5A 3AMCA 3UG4A 2PI6A 1GHSA 1QBAA 1GNXA 3RMEA 5A8OA 3RM9A 3CH9A 3L2LA 2J7BA 4MPKA 1TVPA 3PZ9A 2AAAA 3HU7A 1KWKA 5ABGA 3T0DA 5D9OA 3WBEA 3VMPA 2XGBA 5LA2A 4QFUA 4U31A 4D6JA 4P7RA 1E43A 3PZGA 4ZE5A 4R27A 1J0YA 2O9PA 3WF1A 3W6LA 3VMOA 1K9EA 3N17A 2ZWYA 4J3VA 2YDRA 1CXFA 1PBGA 3WH5A 1UD3A 1AMYA 2XM2A 5E6YA 1CXLA 1W91A 1F4AA 4UOQA 2BVTA 1CNVA 1I75A 1TA3B 2WAGA 2XTKA 1BFNA 2WYSA 5CLTA 2CITA 3HJEA 3AIEA 4OBRA 2ZUMA 3WUBA 1W9XA 3ZJ8A 1BYDA 3MUIA 1TR1A 3B9DA 3SUVA 3PTQA 4CU6A 2E40A 4JKLA 4HZ6A 3CUIA 4NZCA 4PMRA 1GPFA 1UA7A 3VDHA 1HKIA 3S2CA 1JFXA 1R86A 3POHA 1F4HA 4OIFA 3OLGA 3VIIA 5TD4A 1BLIA 4BQ5A 4LQ1A 2VZOA 2ZOXA 4BQ2A 1OWQA 2QPUA 2A3BA 4H2CA 4CN6A 4WLCA 1OGSA 1B3ZA 4W5UA 4AD2A 2WCAA 1GONA 2WB5A 4M1RA 2D3NA 2QV4A 1WP6A 1WE5A 1WZMA 2WWDA 4JFVA 1DWHM 2B31A 3BAWA 2WK2A 2VC9A 2PWGA 3CHCA 2X1IA 3WH6A 2VCCA 2XVLA 1V0NA 3GBDA 3PTMA 2BXYA 3M07A 2ZX5A 1GHRA 2YOCA 1ODUA 1ZBVA 1FHDA 4P8XA 1Z32X 2J8FA 1SYTA 3WSUA 1GOWA 4QDMA 1BSIA 1Q6FA 4W7UA 1OGGA 2JFEX 1ECEA 2D0HA 2D24A 5D9PA 4BZYA 4PCTA 2BNJA 3OZPA 5A6AA 3WD0A 3KL3A 4CD6A 1G9HA 3J7HA 3VILA 3O2LA 4Z2HA 1E6SM 1MVYA 1V3JA 1V3KA 4P7OA 2X05A 3VOCA 2EEXA 1HP5A 4C7FA 4OZOA 2FGLA 3ARZA 1ZS2A 1JG9A 2YL8A 4U33A 3MMDA 2QMJA 3VD5A 1UWQA 4UZUA 1DTUA 2WMIB 2YLAA 1H49A 4QLJA 5CGTA 4CVUA 4ML4A 4AC1X 3T08A 4PTVA 4AD0A 1UH4A 1B30A 2ZE0A 1KBBA 1E40A 4M82A 3SCUA 1E6PA 4CCDA 3MANA 1JDAA 2IUZA 5A69A 8CGTA 1GQLA 1MQRA 3TTQA 1E4IA 3VPLA 4U5IA 2A3AA 2D22A 2ESCA 3WKZA 5HDRA 3RIKA 4WKHA 5ABFA 2VX5A 5D9NA 3VNYA 1I1XA 1ZB5A 1W2PA 2ZUTA 1E15A 1OT1A 1Q6DA 2UY5A 1V02E 2WZHA 2CHNA 5A95A 4HOZA 4MNMA 1NM9A 4M80A 3WD2A 4PMYA 2PF0A 3PTKA 4GPNA 3K4AA 4JHOA 2DSUA 4U2ZA 4EK7A 2GJXB 1UOKA 1HL8A 1XD0A 3BAKA 4AD3A 2CBUA 1MYRA 9CGTA 1W1YA 5IFTA 1G94A 3VIKA 2XVKA 3OB8A 2ZUUA 1UKOA 4YPJA 3UESA 2W63A 2ZXBA 3WF4A 3WUFA 2WHKA 4QCEA 1VENA 3WUEA 1H0IA 4D6DA 3CGTA 1NWUA 2VQUA 3WMSA 3OLIA 4KGLA 2BV9A 3O9NA 4AW7A 4GI9A 1NP2A 2OSWA 1KGUA 3VDBA 1VFMA 2DSKA 3WEMA 2WPGA 1UD5A 1OM0A 2CNCA 2XFRA 2J78A 1H41A 2QF8A 3AIQA 2GDUA 3L4YA 3U5YA 4F66A 2ZXQA 3A4WA 3I3BA 4MADA 4NRSA 4HOWA 1QI2A 3PZUA 1CPUA 3N1AA 4D6HA 1HVQA 3MSDA 1E6ZA 3CIVA 4BQ4A 2ZXDA 2W4XA 4TOQA 2D23A 1EDTA 1LL6A 1UR9A 3U57A 3A6OA 3RJYA 2AMGA 1GZJA 1E70M 2WW5A 3T0AA 1C93A 1UKSA 4PTMA 3TOPA 5BXSA 5JIPA 2W66A 2WKLA 1J0HA 2J7CA 4AZCB 3VIPA 1VF8A 3BCDA 4P8VA 3ZJ7A 5A3HA 4QLKA 1BGGA 3VNZA 3WENA 2ZUSA 3AS1A 5HNNA 4GI6A 2X0HA 2ZX8A 2DQXA 3AHTA 3CZLA 3SCPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2R91 A;  3FIG A;  3QGK C;  3B9E A;  4GUG A;  3MUY 1;  2IXU A;  3U9I A;  2VZS A;  3B8T A;  1R87 A;  4GME A;  1U22 A;  4JDY A;  1YQ2 A;  3PJT A;  3ITX A;  2YKK A;  2GDV A;  3V18 A;  5CZS A;  3E3H A;  3QR3 A;  1AVA A;  2V0T A;  3H2A A;  4L6D A;  1DQX A;  3UR5 A;  2QGY A;  2WJF A;  4KWU A;  3AIS A;  6XIM A;  5FEP A;  5EMK A;  4KRT A;  3ALG A;  4DJE D;  3GNO A;  3VKD A;  3GSM A;  2EG7 A;  1UUM A;  2GYI A;  3MZ2 A;  4US5 D;  4AUB A;  3CL8 A;  1EIX A;  2ZID A;  2WMF A;  3QM3 A;  3EX1 A;  4EPB C;  1IV8 A;  2GJN A;  2F61 A;  2YIH A;  5A2B A;  4LBS A;  3WLQ A;  1Q7Q A;  3KBW A;  4PE8 A;  5FSD C;  4J28 A;  3PVF A;  5J5D A;  1E6X M;  1XIG A;  1HVX A;  2WJE A;  3TJL A;  2ABB A;  3CJP A;  1LLZ A;  3GNP A;  3BLP X;  5BOF A;  1D3G A;  1CGU A;  1GVS A;  3CB8 A;  3H4X A;  2D2O A;  5I3D A;  5SWU A;  4UR8 A;  2XG9 A;  1TZZ A;  1AOD A;  2X1S A;  5A8P A;  3R13 A;  1KWG A;  3VIO A;  1NTH A;  4A3Y A;  1QHP A;  1HL9 A;  3KAO A;  1E0T A;  2VEM A;  3CAS A;  1C8V A;  1VD6 A;  2CLI A;  4LC8 A;  4O1B A;  1XIM A;  3UZW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1TUXA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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