1TVLA

Structure of ytnj from bacillus subtilis
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
430
structure length
390
Chain Sequence
RADFIQFGAMIHGVGGTTDGWRHPDVDPSASTNIEFYMKKAQTAEKGLFSFIFIADGLFISEKSIPHFLNRFEPITILSALASVTKNIGLVGTFSTSFTEPFTISRQLMSLDHISGGRAGWNLVTSPQEGAARNHSKSNLPEHTERYEIAQEHLDVVRGLWNSWEHDAFIHNKKTGQFFDQAKLHRLNHKGKYFQVEGPLNIGRSKQGEPVVFQAGSSETGRQFAAKNADAIFTHSNSLEETKAFYADVKSRAADEGRDPSSVRIFPGISPIVADTEEEAEKKYREFAELIPIENAVTEAKARNLTLREVAQEMAFPRTLFIGTPERVASLIETWFNAEAADGFIVGSDIPGTLDAFVEKVIPILQERGLYRQDYRGGTLRENLGLGIPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Bacillus subtilis
publication title Structure of YTNJ from Bacillus subtilis
rcsb
molecule keywords protein YTNJ
total genus 138
structure length 390
sequence length 430
ec nomenclature ec 1.14.13.-:
pdb deposition date 2004-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1tvlA00
3FGCB 1BRLA 2I7GA 1NQKA 4J2PA 2B81A 3C8NA 4UWMA 5AECA 1YW1A 1TVLA 1FVPA 1LUCB 1RHCA 1BSLA 1BRLB 5DQPA 1NFPA 4US5D 5LXEA 3FGCA 1XKJA 1Z69A 1M41A 3B4YA 3RAOA 1EZWA 3SDOA 4US5A 1F07A 1LUCA 3B9NA 3B9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PG9A 2YCIX 2YA1A 1TV4A 3NSMA 1XYBA 1XH0A 2IKIA 2Z26A 2H3BA 2ZRYA 3ECQA 4ZA0A 4ZB2A 1RP8A 4BKNA 1WBHA 3VD5A 4Q3MA 4H9MA 3D3AA 4U3CA 2ZX6A 2QUTA 4YVVA 2BGQA 4H9UA 2OPJA 4LUTB 3SDOA 3CGTA 2V3GA 4XX6A 3W24A 1PBGA 1RUSA 3PWIA 2XH2A 3UG4A 2PDBA 4IFKA 1EL3A 4YL2A 1LBLA 2CBIA 3MHFA 3PK7A 2HTMA 4L4PA 3AI0A 4M7TA 4QJ1A 3W86A 3W74A 2XJ7A 2PWVA 4G1NA 4FEZA 3SBFA 1V08A 4Z2LA 3KP1A 3WJYA 2O9TA 1F3EA 1EOMA 1UKPA 1TWSA 3WUEA 2QZRA 1NOWA 1THFD 1UWSA 3BXWA 3RLGA 4POCA 2QXWA 3FGCB 1OG6A 1LRTA 4F0MA 4IFOA 4MY8A 4LAZA 4L1WA 4BI5A 1ZCOA 4J28A 4PRWA 1S3HA 5I24A 4ALDA 2H3DA 5E5CA 3W2UA 1QO5A 5HR6A 1E55A 4QE5A 1Z89A 1R38A 3LN3A 4EPEC 1VC4A 4LT9A 2QPUA 7XIMA 3BMVA 3WF2A 1BVWA 3IARA 3BARA 1RXOB 4KFNA 4CVWA 4CNSA 4AD4A 4IIDA 1J2WA 3A4JA 2GDUA 3CPUA 4WJEA 4J3WA 1VIZA 1DHKA 4ML4A 4MLJA 2D23A 1V3LA 1MO0A 1DJNA 2TSYA 2Z24A 4MB3A 3UR7A 5EMYA 1RHCA 1YPIA 1JVNA 3WBXA 4AZ7A 4D6EA 3MMDA 1V0LA 1XLCA 4MJ2A 3VKCA 2HNEA 3N1AA 2PWDA 5M3WA 2PBOA 3NEHA 3AIRA 2DH2A 1Z8AA 4NJHA 4GI4A 2E4TA 4CCDA 3WJZA 1H49A 2DZAA 2A5HA 3Q2DA 4P7LA 4J7RA 7CGTA 3DG7A 1MMFA 1XLHA 3UY7A 5K7JA 2VT0A 4IPNB 3ISIX 1OINA 2ZCGA 4Z1CA 1GKQA 5A6BA 4RZ4A 4A4AA 1X6UA 3EKLA 4QITA 4EX4A 1SO4A 3O6CA 3A5FA 1GPFA 5FJUA 1E0VA 1QPKA 5EPDA 4GVHA 3F5LA 4UTKA 1LLWA 4GGBA 1KGWA 3TNBA 4YXGA 2PZNA 2RDWA 3RU8X 3GDRA 2ON3A 1WAUA 2VX6A 1AW5A 1NU5A 5BRPA 1YDOA 1VYPX 1S2VA 1XL9A 3DFOA 1ADDA 4GUFA 4PUMA 5HK4A 1Q8AA 3A6OA 3AUOA 3MUY1 2XSBA 3IK4A 1C29A 2P1FA 3TCEA 3FEMA 4O1DA 1M5WA 2UWFA 4U2ZA 1AD1A 3TYAA 2IKGA 4TR9A 4PODA 2PDFA 1TV8A 4KWSA 1P43A 3SUSA 1MW2A 3DFSA 5A6MA 1XLGA 4MHBA 2O55A 5G2HA 1E51A 4V33A 2PD5A 1C8XA 1H0GA 3PUOA 5AY7A 1R86A 3N2BA 1NWUA 1AVAA 4S39A 4HU8A 3TP4A 3APTA 4DZAA 3VNZA 4N9EA 3TFCA 4GJ1A 3VIJA 1EA9C 4LUJA 1PIIA 5A6TC 2J8FA 4ZQMA 2WLYA 3AC0A 1SYTA 1FDZA 3GZ3A 4JTFA 4JTDA 1KR0A 4ZZ9A 3T0TA 3QW4B 5CZJA 3UVIA 4JFTA 1A5KC 3EWZA 5HINA 3HQOA 2WV8A 2J47A 4PSRA 4JL1A 3AS0A 2DT3A 4AF0B 3ZWTA 2G97A 1E56A 1IWPA 1Q2RA 1EH9A 1MEIA 3SAZA 1GK8A 2R24A 3C61A 3NPWA 1OHLA 4V2XA 5HUOA 4EPKA 3NL3A 3CEPA 2H9AB 2QCGA 3VNYA 1G94A 2D3LA 2XWDA 3CEUA 1TUXA 3GKFA 1R8LA 3HF3A 1Y5WA 4PB5A 4S3KA 4K7VA 3UXKA 4BQ3A 3GU1A 3WQEA 1DIOA 2VQUA 1R2TA 3GVWA 3W7EA 2AAMA 2PDCA 2WZEA 3GHUA 4GYPC 3WNPA 3MP5A 1E9IA 1QI3A 1D9EA 1XFCA 4D6JA 1ZP4A 1L6WA 1OZMA 4MPKA 3S2LA 3CL8A 4EXBA 1TSIA 3ZT7A 4DWSD 1E70M 1MI3A 3WFLA 2YCLB 4DJFC 1K9FA 2X1SA 3D3FA 2B7OA 3ZLGA 3KTXA 4I9JA 4CCEA 4QQUA 4L1GA 3LUTA 4IGSA 4CU8A 3C2VA 4ZSTA 1YNYA 4C6IA 1SJCA 1WYIA 1YRRA 3AYVA 4PCTA 4BQ2A 3TYUA 4JYFA 3D5HA 3SGUA 1KV8A 3WQDA 4U28A 1F73A 4N02A 3LQLA 4ML9A 4JFSA 1L2UA 3ARZA 4E4UA 3NSNA 3QR1A 4ZODA 1HJUA 1LUCA 3TXZA 4RZ5A 2VZVA 4IMFA 1TV7A 4UWMA 8XIMA 3VDCA 1QOPA 4FX8A 3BZJA 3KW3A 1JCJA 3HG4A 1Y7VA 3ZOAA 3URAA 4O1FA 4M1RA 2NQZA 3QH2A 1UZHA 1YNQA 3NQAA 3U57A 3TW7A 5G1TA 5CAHA 4K37A 1IEVA 4I5RA 2FVKA 3THAA 1P1MA 4HKPA 4QS6A 4ECLA 2VCBA 3BW2A 4WX2A 3SUWA 2QF7A 3O1NA 2Y7DA 2DY3A 1RPXA 4HYWA 4TVCA 3UESA 3MDUA 4KESA 4R88A 1EBHA 4ZOEA 1KC7A 3UZXA 3UWEA 4CCCA 3N2CA 3L12A 1LJYA 5CZKA 4D71A 3UBPC 4EXQA 1FP9A 2BVYA 4A29A 5I3DA 1KD0A 1UWUA 1GZ1A 4IOTA 5AHFA 3EBVA 1JEZA 3G0SA 1XLDA 3KWSA 2PDYA 7A3HA 2BGNE 1J5TA 1BQCA 1BFNA 1Q5MA 3STCA 3HV8A 2D2OA 3OGRA 1E3ZA 2R1PA 3R7MA 4JIRA 3WX7A 2E9LA 2YL9A 3W1RA 4IIEA 1DJYA 2XVGA 1BQGA 2VUYA 1B3YA 3WJWA 2Q8ZA 3O3RA 4V27A 1Q7QA 2W9MA 1K1DA 3MMWA 2DQXA 4BQ5A 2CZVA 3AYSA 4G8TA 4K68A 2VGFA 4AFYA 3CT7A 3NOEA 4ZQPA 2D0GA 4B3ZA 3VIMA 1N55A 1SO6A 4JTQA 5DCEA 4AVNA 1DJQA 1WDWA 5LNWA 7TAAA 2H8XA 1XBXA 1E1CB 3U9IA 4CU7A 3TSMA 5F4WA 2ZRXA 1UR3M 3BDKA 4OFCA 2OELA 5LA1A 4QS5A 1S5TA 5C9XA 3CXOA 1PYFA 2ISVA 5DRCA 1TQXA 2ZX9A 3ZLHA 4X9SA 4W4QA 3VDGA 5HJXA 4B5NA 6TIMA 1H5VA 2NUYA 3WK1A 1RJPA 3WK3A 3WLHA 4E38A 4PB3A 5HPCA 5G1MA 3BMWA 3KOXA 4AHOA 2OEMA 3L65A 4EP8C 2NLYA 2GUBA 1GQNA 3DU0A 4P7QA 2DT0A 3B8VA 3VIHA 1BTMA 4PUDA 1UA3A 5J8LA 4Q4QA 1EJRC 2HV5A 2RGMA 4GG9A 5ENLA 2UV8G 3JZUA 4BY3A 3D46A 2ATMA 3CZJA 5KSWA 4M19A 4PMDA 2WZTA 4US6A 5KZ6A 3OHMB 1I2OA 2Q71A 1TPUA 5DX7A 2QDDA 2DSKA 4O57A 3L2IA 4XIMA 1TPEA 4LGXA 2H6RA 2DT1A 5AZ1A 5CG0A 1EX1A 1SPQA 4JQ3A 4UZSA 2DJXA 3CUJA 3QV8A 1TTIA 2GOUA 5CC7A 2PAJA 4RZ6A 4XZWA 4OBRA 3A23A 3AIVA 3PBMA 1V6VA 5U7SA 3FDKA 4UNLA 4NI3A 3NO3A 2O9OA 4LANA 3N04A 4AISA 4KCWA 1GOXA 3TTYA 3WQ5A 3E5BA 1EEXA 1DJWA 1ISYA 2ZZ7A 2DGAA 1MW3A 3TSDA 2QJMA 1BKHA 4GYKA 1JDEA 4OUIA 1UASA 4D8LA 3LS9A 2ASHA 3R8GA 5B7ZA 2FVLA 5KZDA 5CBJA 3QW3A 2Y2WA 3AJ7A 3MA8A 1SMAA 1HJWA 4LRTA 2EXOA 2HJPA 1RVGA 3QHOA 1PHQA 2AKMA 2BXYA 4KH2A 1XBYA 4TOQA 3FW6A 3CO4A 5KTLA 3GNRA 4LUTA 1TZ9A 3CHVA 3A24A 1LROA 5F2LA 3W01A 6XIAA 2Q3RA 1CGYA 1T8XA 3QMTA 4J1OA 3GIYA 3IJQA 2ZRWA 2XGIA 1JL8A 2XG9A 3DC0A 4MZ1A 3VKKA 4QSHA 3TLLA 3RRAA 3V0UA 2QJNA 1UP3A 1UOZA 5FJOA 4B9ZA 3PC0A 1HFBA 2FDSA 1F8IA 1PSCA 2JK2A 5C54A 3OVQA 4GKTA 5HQEA 1J0IA 5DN1A 3MB9A 3DBPA 4RV3A 4C6NA 3EEZA 3VZZA 4GUIA 3UJ2A 5CJMA 5DY3A 4FAMA 1GW9A 5HJLA 2VZSA 2J8TA 3OP2A 1YQ2A 4WJ8A 4WDTA 4NP7A 3NURA 3NQGA 3FYPA 2EG6A 3BG3A 2WKLA 1C7TA 5AC8A 5C71A 1MXGA 3W7KA 1EGZA 2EKCA 4XBJA 1WZLA 4NZCA 1GHRA 1ZLPA 4NZ4A 4ZQCA 2FJUB 3KRBA 3RCNA 1UD6A 3TNOA 4MWAA 1FHUA 1SZRA 3PZUA 1VEPA 2QUUA 2UY3A 3JW7A 2HNHA 1G1YA 3GFXA 2NWRA 2WMKA 1QNPA 4R33A 4KGLA 1PL9A 3C4UA 1V0KA 4LCSA 4EACA 1M7PA 2GGEA 2V3FA 1O4UA 3MU7A 3VMNA 2UBPC 1E9YB 4UTIA 2YBVA 2GVGA 1KM4A 1FH9A 1QOXA 4BWLA 4RE0A 1BVNP 3WD2A 2J9XA 1QT1A 3WNOA 4CVUA 1XSIA 2NUWA 1T6MA 3T2QA 3I4KA 3UCCA 1V3HA 2Q02A 5LIWX 4IPPA 1SQ7A 4FALA 3S5ZA 3KDOA 3LXAA 1UZ1A 1W1ZA 4QJ5B 3C2EA 4IH3A 3C0SA 2ALRA 3F2CA 3KL3A 2DW7A 4J3VA 3GVGA 4ES4A 5AC4A 4JAWA 4R9XA 3E0VA 3LLXA 3BLPX 1CYGA 4B5UA 4L6HA 3L4UA 1E0XA 2CBUA 3G24A 2QQ6A 3IAPA 4HTBA 3UZWA 4BZYA 1UKSA 1FWSA 3W1LA 4DF1A 4C6OA 1WE5A 3H7UA 4C7DA 1OB0A 1AQ0A 2GDQA 5LIKX 4XD4A 1XLLA 1XLIA 4GWEA 3OQEA 1HIZA 4GCXA 4FX7A 2VD8A 4NILA 1ISZA 2YCJA 3PY2A 3B8SA 3IJ7A 3D47A 1KGUA 4P61A 3UA4A 4D6GA 1H0IA 3W7NA 4ZO8A 1N7KA 1E6SM 1UKOA 3H2NA 3WJSA 1JZ5A 1B31A 1C92A 1UYQA 3H8AA 2E28A 4GBUA 1DWAM 1LOLA 4UR9A 5DMLA 4H41A 1SVDA 4PULA 3DI0A 3A64A 2UY2A 1UH3A 5LNVA 3BOLA 5JBEA 1VYRA 1JNDA 1E73M 2E5BA 1FHLA 3R2GA 4V15A 9XIMA 4AF0A 3RG6A 4DO4A 1TFVA 3QFWA 5DT7A 4AVOA 1G9HA 1D7FA 1XIHA 1Y5XA 4W8LA 3A9IA 3LCGA 3HQPA 3ELFA 4N7QA 2H9AA 3TOYA 1GOWA 3TH6A 1FH7A 4S3EA 3GH5A 2TYSA 5DF0A 3TZFA 1B90A 3UVAA 5DMYA 1R46A 4XSLA 1EF3A 5HMSA 2Z6IA 3UP8A 4CNNA 4RE2A 3N13A 2OZ3A 3R25A 1QW9A 4U2YA 2JIWA 5I6SA 2CIPA 2WPGA 3SFKA 1R3WA 5LXEA 3O06A 2IXUA 1X8CA 2P76A 1X1ZA 1FHVA 2VI0A 1YE6A 2YCLA 1KRAC 1DWIM 4QSFA 4LJ3A 2D2GA 3SUUA 4H9YA 2PDNA 1CXKA 2B7PA 3DKJA 6ENLA 1E6NA 1GOKA 4XKMA 1P0EA 3DFPA 3UPWA 1ZTVA 4MF4A 4UTTC 5BW6A 3W7HA 5TQLA 1CGUA 4JEJA 4GX9A 4L4MA 3DFHA 3ZT5A 1QHOA 4ZQRA 3T6CA 1A5BA 4UFLA 1H11A 2AL2A 4OU1A 1XPYA 3LNMA 3RLHA 1XX1A 3ID7A 4FZIA 3LNPA 3N34A 2ISWA 5LKYA 4DJEA 2P3ZA 1EO7A 1QW7A 4XAPA 3LXBA 4NAFB 1VFLA 1W1B1 1W8GA 3OG3A 1P0BA 1L8NA 2EEXA 4IHCA 1O95A 3M0XA 3PBWA 1GYNA 5CBIA 2ZXQA 3OJGA 4LQ1A 2VFFA 3W7IA 5A94A 2VVSA 1A3HA 1UWTA 3DXIA 3MUIA 3C6CA 1S5NA 3LPOA 3GXPA 4W84A 2PGWA 4LX4A 4J2MA 3P61A 1X96A 5BYWA 3QJAA 3POHA 2ATSA 4XAZA 4HOXA 1UWRA 4PEKA 2D3NA 1MYRA 2CW6A 3QZEA 4CD6A 1IF2A 4DO7A 4P5UA 3M7WA 2Q8XA 4AYSA 2YJQA 1V02E 1AZ2A 5I3IA 5BCAA 3L4ZA 1H63A 4NZ3A 5HNNA 3M0ZA 2GQAA 1W3TA 1XYZA 3W07A 4C5ZA 4DO6A 3UWWA 4HPNA 4TX9A 1X97A 3TJXA 3M5YA 4UFMA 1CTNA 1DJGA 5F4XA 2CZEA 1W5MA 4JTKA 2BG5A 2ICSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3FGC B;  1BRL A;  2I7G A;  1NQK A;  4J2P A;  2B81 A;  3C8N A;  4UWM A;  5AEC A;  1YW1 A;  1TVL A;  1FVP A;  1LUC B;  1RHC A;  1BSL A;  1BRL B;  5DQP A;  1NFP A;  4US5 D;  5LXE A;  3FGC A;  1XKJ A;  1Z69 A;  1M41 A;  3B4Y A;  3RAO A;  1EZW A;  3SDO A;  4US5 A;  1F07 A;  1LUC A;  3B9N A;  3B9O A;
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